Fsica biolgica

Energa, informacin, vida

Fsica biolgica
Energa, informacin, vida

Philip Nelson
University of Pennsylvania con la colaboracin de Marko Radosavljevic y Sarina Bromberg

EDITORIAL REVERT, S. A. BARCELONA - BOGOT - BUENOS AIRES - CARACAS - MXICO

Ttulo de la obra original: Biological Physics. Energy, Information, Life. Edicin original en lengua inglesa publicada por W. H. Freeman and Company, New York and Basingstoke 41 Madison Avenue, New York, NY 10010, USA Houndmills, Basingstoke RG21 6XS England Copyright 2004 by W. H. Freeman and Company
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Versin espaola por Prof. Dr. David Jou Mirabent Catedrtico de Fsica de la Materia Condensada Universidad Autnoma de Barcelona (Espaa)

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Edicin en espaol: Editorial Revert, S. A., 2005 ISBN: 84-291-1837-3 Depsito Legal: B-24466-2005 Impreso en Espaa - Printed in Spain Impreso por Alvagraf, S. L. 08120 La Llagosta (Barcelona)

ndice analtico
Al estudiante Al profesor Agradecimientos xvii xxii xxvi

Parte I Misterios, metforas, modelos

Captulo 1
1.1

Lo que saban los Antiguos

Calor 3 1.1.1 El calor es una forma de energa 4 1.1.2 Un poco de historia 6 1.1.3 Avance: el concepto de energa libre 8 1.2 Cmo la vida genera orden 10 1.2.1 El rompecabezas del orden biolgico 10 1.2.2 El flujo osmtico como paradigma de la transduccin de energa libre 13 1.2.3 Avance: el desorden como informacin 15 1.3 Excursin: comercio, filosofa, pragmtica 16 1.4 Cmo mejorar en los exmenes (y descubrir nuevas leyes fsicas) 19 1.4.1 La mayora de las magnitudes fsicas tiene asociadas dimensiones 19 1.4.2 El anlisis dimensional puede ayudar a detectar errores y recordar definiciones 21 1.4.3 El anlisis dimensional puede ayudar a formular hiptesis 23 1.4.4 Convenios de notacin relacionados con el flujo y la densidad 23 1.5 Otras ideas clave de Fsica y Qumica 24 1.5.1 Las molculas son pequeas 24 1.5.2 Las molculas son distribuciones espaciales particulares de tomos 26 1.5.3 Las molculas tienen energas internas bien definidas 27 1.5.4 Los gases a bajas densidades obedecen a una ley universal 28 Visin de conjunto 29 Va 2 32 Problemas 33

viii

ndice analtico

Captulo 2
2.1 2.1.1 2.1.2 2.2 2.2.1 2.2.2 2.2.3 2.2.4 2.3 2.3.1 2.3.2 2.3.3 2.3.4 Va 2 66

Qu hay en el interior de las clulas

40 41 45

37

Fisiologa celular

Grandes rasgos de la anatoma interna Grandes rasgos de la anatoma externa Molculas pequeas 48 Molculas de tamao intermedio Molculas grandes 53 Ensamblajes macromoleculares 55 La membrana plasmtica Motores moleculares 60 Enzimas y protenas reguladoras 61 59 51

Lista de los constituyentes moleculares 47

Tendiendo el puente: dispositivos moleculares 58

Flujo global de informacin en las clulas 62 65

Visin de conjunto Problemas 67

Parte
3.1

I I Difusin, disipacin, impulso

La danza de las molculas
72

Captulo 3
3.1.1 3.1.2 3.1.3 3.1.4 3.2 3.2.1 3.2.2 3.2.3 3.2.4 3.2.5 3.3 3.3.1 3.3.2 3.3.3 Va 2 108

71

Los aspectos probabilsticos de la vida Distribuciones discretas 72 Distribuciones continuas 73 Promedio y varianza 76

Reglas de suma y de multiplicacin

78 81

Descifrando la ley de los gases ideales 81 La temperatura refleja la energa cintica media del movimiento trmico La distribucin completa de las velocidades moleculares es experimentalmente mensurable 85 La distribucin de Boltzmann Relajacin al equilibrio 91 92 93 100 86 89 Las barreras de activacin controlan las tasas de reaccin

Excursin: una leccin sobre la herencia La influencia de Aristteles 93

Identificando el portador fsico de la informacin gentica 106

La sntesis de Schrdinger: la informacin gentica es estructural

Visin de conjunto Problemas 109

ndice analtico

ix

Captulo 4
4.1

Caminos aleatorios, friccin y difusin

113

Movimiento browniano 114 4.1.1 Un poco ms de historia 114 4.1.2 Los caminos aleatorios conducen a un comportamiento difusivo 116 4.1.3 La ley de difusin es independiente del modelo 123 4.1.4 La friccin est relacionada cuantitativamente con la difusin 124 4.2 Excursin: el papel de Einstein 127 4.3 Otros caminos aleatorios 128 4.3.1 La conformacin de los polmeros 128 4.3.2 Perspectiva: caminos aleatorios en Wall Street 132 4.4 Ms sobre la difusin 134 4.4.1 La difusin rige el mundo subcelular 134 4.4.2 La difusin obedece a una ecuacin sencilla 135 4.4.3 Prediccin estadstica precisa de procesos aleatorios 138 4.5 Funciones, derivadas y serpientes bajo la alfombra 139 4.5.1 Las funciones describen los detalles de relaciones cuantitativas 139 4.5.2 Una funcin de dos variables puede ser representada como un paisaje 141 4.6 Aplicaciones biolgicas de la difusin 142 4.6.1 La permeabilidad de las membranas artificiales es difusiva 142 4.6.2 La difusin establece un lmite fundamental al metabolismo bacteriano 145 4.6.3 La relacin de Nernst establece la escala de los potenciales de membrana 146 4.6.4 La resistencia elctrica de una disolucin refleja la disipacin por friccin 149 4.6.5 La difusin a partir de un punto da un perfil gaussiano que se va ensanchando 150 Visin de conjunto 152 Va 2 155 Problemas 162

Captulo 5 La vida en va lenta: El mundo a bajo nmero de Reynolds

5.1

167

5.2

5.3

Friccin en fluidos 168 5.1.1 Partculas suficientemente pequeas pueden permanecer en suspensin indefinidamente 168 5.1.2 La tasa de sedimentacin depende de la viscosidad del disolvente 170 5.1.3 Mezclar un lquido viscoso es difcil 171 Bajos nmeros de Reynolds 173 5.2.1 Una fuerza crtica delimita el rgimen fsico dominado por la friccin 173 5.2.2 El nmero de Reynolds cuantifica la importancia relativa de la friccin y la inercia 176 5.2.3 Las propiedades de una ley dinmica con respecto a la inversin temporal indican su carcter disipativo 179 Aplicaciones biolgicas 182 5.3.1 Natacin y bombeo 182 5.3.2 Agitar o no agitar? 188

ndice analtico

5.3.3 Forrajear, atacar, huir 189 5.3.4 Redes vasculares 190 5.3.5 Arrastre viscoso en la horquilla de replicacin del DNA 193 5.4 Excursin: el carcter de las leyes fsicas 196 Visin de conjunto 197 Va 2 199 Problemas 202

Captulo 6
6.1 6.2

Entropa, temperatura y energa libre

209

Cmo medir el desorden 210 Entropa 213 6.2.1 El postulado estadstico 213 6.2.2 La entropa es una constante multiplicada por el valor mximo del desorden 215 6.3 Temperatura 216 6.3.1 El calor fluye de modo que maximiza el desorden 216 6.3.2 La temperatura es una propiedad estadstica de los sistemas en equilibrio 218 6.4 La Segunda Ley 221 6.4.1 La entropa aumenta espontneamente cuando eliminamos una restriccin 221 6.4.2 Tres observaciones 224 6.5 Sistemas abiertos 225 6.5.1 La energa libre de un subsistema refleja la competencia entre entropa y energa 226 6.5.2 Las fuerzas entrpicas pueden ser expresadas como derivadas de la energa libre 228 6.5.3 La transduccin de energa libre tiene eficiencia mxima cuando se lleva a cabo en pasos pequeos y controlados 229 6.5.4 La biosfera como mquina trmica 232 6.6 Sistemas microscpicos 233 6.6.1 La distribucin de Bolzmann deriva del postulado estadstico 233 6.6.2 Interpretacin cintica de la distribucin de Boltzmann 235 6.6.3 El principio de mnima energa libre tambin se aplica a subsistemas microscpicos 239 6.6.4 La energa libre determina las poblaciones de sistemas complicados de dos estados 241 6.7 Excursin: El plegamiento del RNA como un sistema de dos estados 242 Visin de conjunto 246 Va 2 249 Problemas 256

Captulo 7
7.1

Fuerzas entrpicas en accin

263

Interpretacin microscpica de las fuerzas entrpicas 264 7.1.1 Estudio a volumen constante 264 7.1.2 Estudio a presin constante 265

ndice analtico

xi

7.2

Presin osmtica 266 7.2.1 La presin osmtica de equilibrio sigue la ley de los gases ideales 266 7.2.2 La presin osmtica produce una fuerza de deplecin entre molculas grandes 270 7.3 Ms all del equilibrio: flujo osmtico 273 7.3.1 Las fuerzas osmticas surgen de la rectificacin del movimiento browniano 274 7.3.2 El flujo osmtico est relacionado cuantitativamente con la permeacin forzada 278 7.4 Interludio repulsivo 280 7.4.1 Las interacciones electrostticas son cruciales para el funcionamiento adecuado de la clula 280 7.4.2 La ley de Gauss 282 7.4.3 Las superficies cargadas estn rodeadas por nubes de iones que las neutralizan 284 7.4.4 La repulsin de superficies con cargas del mismo signo surge de la compresin de sus nubes de iones 289 7.4.5 Las superficies con cargas opuestas se atraen por liberacin de contraiones 292 7.5 Propiedades especiales del agua 293 7.5.1 El agua lquida contiene una red mvil de puentes de hidrgeno 293 7.5.2 La red de puentes de hidrgeno afecta a la solubilidad de molculas pequeas en agua 297 7.5.3 El agua genera una atraccin entrpica entre objetos apolares 300 Visin de conjunto 301 Va 2 304 Problemas 312

Captulo 8
8.1

Fuerzas qumicas y autoagregacin

317

8.2

8.3

Potencial qumico 318 8.1.1 mide la disponibilidad de partculas de una especie 318 8.1.2 La distribucin de Boltzmann tiene una generalizacin sencilla que incorpora el intercambio de partculas 321 Reacciones qumicas 322 8.2.1 Hay equilibrio qumico cuando las fuerzas qumicas se contrarrestan 322 8.2.2 G proporciona un criterio universal para el sentido de las reacciones qumicas 325 8.2.3 Interpretacin cintica de equilibrios complejos 330 8.2.4 La sopa primordial no estaba en equilibrio qumico 332 Disociacin 332 8.3.1 Los enlaces inicos y parcialmente inicos se disocian fcilmente en agua 332 8.3.2 Las fuerzas de los cidos y de las bases reflejan sus constantes de equilibrio de disociacin 333 8.3.3 La carga de las protenas vara con el ambiente 335 8.3.4 La electroforesis puede proporcionar una medida sensible de la composicin de las protenas 337

xii
8.4

ndice analtico

Autoagregacin de anfifilos 339 8.4.1 Las emulsiones se forman cuando las molculas anfiflicas reducen la tensin interficial aceite-agua 340 8.4.2 Las micelas se autoagregan sbitamente al llegar a una concentracin crtica 342 8.5 Excursin: sobre el ajuste de los modelos a los datos 346 8.6 Autoagregacin en las clulas 347 8.6.1 Las bicapas se forman por autoagregacin de anfifilos de dos colas 347 8.6.2 Perspectiva: plegamiento y agregacin molecular 352 8.6.3 Otra visita a la cocina 355 Visin de conjunto 357 Va 2 360 Problemas 362

PARTE III Molculas, mquinas, mecanismos

Captulo 9 Transiciones cooperativas en macromolculas
9.1

367

9.2

9.3

9.4

9.5

Modelos de elasticidad de los polmeros 368 9.1.1 Por qu funciona la fsica (cuando funciona) 369 9.1.2 Cuatro parmetros fenomenolgicos caracterizan la elasticidad de una varilla larga y fina 371 9.1.3 Los polmeros se oponen al alargamiento con una fuerza entrpica 373 Estirando macromolculas individuales 377 9.2.1 La curva fuerza-extensin puede ser medida para molculas individuales de DNA 377 9.2.2 Un sistema de dos estados explica cualitativamente el alargamiento del DNA a fuerzas bajas 379 Valores propios para el impaciente 382 9.3.1 Matrices y valores propios 382 9.3.2 Producto de matrices 385 Cooperatividad 386 9.4.1 La tcnica de la matriz de transferencia permite un tratamiento ms preciso de la cooperatividad de curvatura 386 9.4.2 El DNA tambin presenta elasticidad lineal de alargamiento a fuerzas aplicadas moderadas 390 9.4.3 La cooperatividad en sistemas con ms dimensiones da lugar a transiciones infinitamente abruptas 391 Conmutacin trmica, qumica y mecnica 392 9.5.1 La transicin hlice-ovillo puede ser observada mediante luz polarizada 392 9.5.2 Tres parmetros fenomenolgicos describen una transicin hlice-ovillo dada 395 9.5.3 Clculo de la transicin hlice-ovillo 398 9.5.4 El DNA tambin presenta una transicin de fusin cooperativa 402 9.5.5 Una fuerza mecnica aplicada puede inducir transiciones estructurales cooperativas en macromolculas 403

ndice analtico

xiii

9.6

Alostera 405 9.6.1 La hemoglobina enlaza cooperativamente cuatro molculas de oxgeno 405 9.6.2 La alostera hace intervenir a menudo desplazamientos relativos de subunidades moleculares 408 9.6.3 Perspectiva: subestados de las protenas 409 Visin de conjunto 411 Va 2 414 Problemas 427

Captulo 10
10.1

Enzimas y mquinas moleculares

433

Panorama de los dispositivos moleculares hallados en las clulas 434 10.1.1 Terminologa 434 10.1.2 Los enzimas presentan cintica de saturacin 435 10.1.3 Todas las clulas eucariticas contienen motores cclicos 437 10.1.4 Las mquinas de un solo tiempo contribuyen a la locomocin celular y la organizacin espacial 440 10.2 Mquinas puramente mecnicas 442 10.2.1 Las mquinas macroscpicas pueden ser descritas por un paisaje de energa 442 10.2.2 Las mquinas microscpicas pueden cruzar barreras de energa 446 10.2.3 La ecuacin de Smoluchowski da el ritmo de las mquinas microscpicas 448 10.3 Desarrollo de los principios mecnicos a escala molecular 456 10.3.1 Tres ideas 457 10.3.2 La coordenada de reaccin proporciona una descripcin reducida til de un proceso qumico 457 10.3.3 Los enzimas catalizan una reaccin enlazndose al estado de transicin 460 10.3.4 Los motores mecanoqumicos se desplazan mediante caminos aleatorios por un paisaje bidimensional 465 10.4 Cintica de enzimas y de mquinas reales 466 10.4.1 La ley de Michaelis-Menten describe la cintica de enzimas sencillos 468 10.4.2 Modulacin de la actividad de los enzimas 471 10.4.3 La quinesina bicfala como trinquete perfecto y fuertemente acoplado 472 10.4.4 Los motores moleculares pueden moverse incluso sin acoplamiento fuerte o sin golpe de potencia 481 10.5 Perspectiva: otros motores moleculares 486 Visin de conjunto 487 Va 2 490 Problemas 500

Captulo 11
11.1

Mquinas en membranas

505

Efectos electroosmticos 506 11.1.1 Antes de los Antiguos 506 11.1.2 Las diferencias de concentracin de iones producen potenciales de Nernst 506 11.1.3 El equilibrio de Donnan puede producir un potencial de membrana en reposo 511

xiv
11.2

ndice analtico

Bombeo de iones 513 11.2.1 Los potenciales de membrana observados en las clulas eucariticas revelan que stas se hallan lejos del equilibrio de Donnan 513 11.2.2 La hiptesis de la conductancia hmica 515 11.2.3 El bombeo activo mantiene los potenciales de estado estacionario de la membrana y evita grandes presiones osmticas 518 11.3 Las mitocondrias como fbricas 524 11.3.1 Barras conductoras y ejes propulsores distribuyen energa en las fbricas 524 11.3.2 El teln de fondo bioqumico de la respiracin 526 11.3.3 El mecanismo quimiosmtico identifica la membrana mitocondrial interna como una central de conversin de energa 528 11.3.4 Pruebas del mecanismo quimiosmtico 530 11.3.5 Perspectiva: las clulas utilizan acoplamientos quimiosmticos en muchos otros contextos 534 11.4 Excursin: Alimentando el motor flagelar, por H. C. Berg y D. Fung 536 Visin de conjunto 538 Va 2 540 Problemas 542

Captulo 12
12.1

Impulsos nerviosos

545

12.2

12.3

12.4

El problema de los impulsos nerviosos 546 12.1.1 Fenomenologa del potencial de accin 547 12.1.2 La membrana celular puede ser considerada como un circuito elctrico 550 12.1.3 Las membranas con conductancia hmica llevan a una ecuacin lineal de cable sin soluciones del tipo de onda viajera 555 Mecanismo simplificado del potencial de accin 559 12.2.1 El rompecabezas 559 12.2.2 Analoga mecnica 560 12.2.3 Un poco ms de historia 563 12.2.4 La evolucin temporal de un potencial de accin sugiere la hiptesis de compuertas reguladas por el voltaje 566 12.2.5 Las compuertas reguladas por el voltaje conducen a una ecuacin no lineal del cable con soluciones ondulatorias viajeras 569 El mecanismo completo de Hodgkin-Huxley y su base molecular 574 12.3.1 Cada conductancia inica sigue una evolucin temporal caracterstica cuando el potencial de membrana vara 574 12.3.2 La tcnica de pinzamiento zonal permite estudiar el comportamiento de canales de un solo in 579 Nervios, msculos, sinapsis 587 12.4.1 Las clulas nerviosas estn separadas por sinapsis estrechas 587 12.4.2 La conexin neuromuscular 589 12.4.3 Perspectiva: computacin neuronal 590

ndice analtico

xv

Visin de conjunto Va 2 594 Problemas 595

591

Eplogo Apndice A Lista global de smbolos y unidades

599 601

Notacin 601 Nombres de magnitudes 602 Dimensiones 607 Unidades 608

Apndice B

Valores numricos

611

Constantes fundamentales 611 Valores 611 Valores especializados 613

Crditos Bibliografa ndice alfabtico

617 619 631

Al estudiante
Este libro se dirige a estudiantes de Ciencias de la vida que estn dispuestos a utilizar el clculo y a estudiantes de Ciencias Fsicas y de Ingeniera que deseen reflexionar sobre las clulas. Creo que, en el futuro, todos los estudiantes de cada uno de estos dos grupos necesitarn saber el ncleo esencial de los conocimientos del otro. Empec a preguntarme cmo estos dos grupos, tan diversos, podran superar el sndrome de la Torre de Babel. Lentamente fui advirtiendo que, aunque cada disciplina conlleva su inmensa carga de detalles experimentales y tericos, an as las fuentes primordiales de sus caudales son accesibles y provienen de un mismo manantial, un puado de ideas simples y generales. Vi que, pertrechado con estas pocas ideas, es posible comprender una buena parte de la investigacin de frontera. Este libro explora estas ideas comunes primordiales y no duda en dejar las ms especializadas para un aprendizaje posterior. Tambin me di cuenta de que mi propia educacin como estudiante de licenciatura haba pospuesto muchas ideas bsicas al ltimo ao de mis estudios (o incluso a estudios posteriores) y que muchos de los programas siguen teniendo este carcter: construimos meticulosamente un edificio matemtico sofisticado antes de introducir muchas de las ideas realmente grandes. Mis colegas y yo nos hemos ido convenciendo de que este enfoque no sirve para las necesidades de nuestros estudiantes. Muchos de nuestros estudiantes de licenciatura empezaron a investigar desde el primer ao y necesitaban cuanto antes una visin de conjunto. Muchos otros han desarrollado programas interdisciplinares propios y quizs nunca llegarn a nuestros cursos avanzados especializados. En este libro, espero hacer accesible la visin de conjunto a cualquier estudiante que haya cursado la Fsica y el Clculo del primer curso (ms un recordatorio de la Qumica y la Biologa de bachillerato), y que desee ir un poco ms all. Cuando ya empezamos a estar formados, deberamos estar en condicin de leer trabajos actuales en Science y Nature. Naturalmente, no comprenderemos todos los detalles, pero s las ideas esenciales. Cuando empezamos a ofrecer este curso, quedamos sorprendidos de ver que tambin muchos estudiantes de doctorado deseaban seguirlo. En parte, esto reflejaba su propia educacin compartimentada: los estudiantes de Fsica deseaban leer la parte de Biologa y verla integrada con sus otros conocimientos; los de Biologa queran lo mismo, pero con la Fsica. Para nuestra sorpresa, hallamos que el curso se haca popular entre estudiantes de todos los niveles, desde primeros aos hasta el tercer ao, con los ltimos profundizando ms en los detalles. Como consecuencia de esto, muchas de las secciones de este libro han incorporado unas adiciones denominadas Va 2 que se dirigen a este grupo con ms experiencia matemtica.

xvii

xviii

Al estudiante

Ciencias Fsicas y Ciencias de la Vida. A comienzos del siglo XX ya estaba claro que, en trminos qumicos, no somos muy diferentes de una sopa de lata. Pese a ello, podemos hacer muchas cosas complicadas y divertidas que no hacen las sopas de lata. En aquel momento, se dispona de muy pocas ideas correctas sobre cmo los organismos vivientes producan orden, hacan trabajo y efectuaban clculos a partir de los alimentos tan slo un montn de metforas inadecuadas inspiradas en la tecnologa del momento. Hacia mitad de siglo, empez a resultar claro que las respuestas a muchas de esas cuestiones se hallaran en el estudio de molculas muy grandes. Ahora que empezamos el siglo XXI, irnicamente, la situacin se ha invertido! El problema es ahora que tenemos demasiada informacin sobre dichas macromolculas! Nos estamos ahogando en informacin: necesitamos una estructura, un marco, en el que organizar billones de datos! Algunos cientficos de la vida desdean la Fsica como reduccionista, tendente a menospreciar los detalles que hacen que los sapos, por ejemplo, sean diferentes de las estrellas de neutrones. Otros, en cambio, creen que justo ahora resulta esencial disponer de un marco unificador para tener una visin de conjunto. Creo que la tensin entre las ciencias de desarrollo/historia/complejidad y las universalistas/ahistricas/reduccionistas ha sido tremendamente fructfera y que el futuro ser de aquellos que puedan transitar fluidamente entre ambos tipos de consideraciones. Dejando a un lado la Filosofa, es un hecho que el ltimo par de dcadas ha contemplado una revolucin de las tcnicas fsicas de explorar el nanomundo de las clulas, interrogarles fsicamente y examinar cuantitativamente los resultados. Por ltimo, un montn de ideas fsicas subyacentes tras los modelos simplificados presentados en los libros de biologa celular estn superando los exmenes necesarios para ser confirmadas o rechazadas. Al mismo tiempo, incluso algunos mecanismos no necesariamente utilizados por la naturaleza han demostrado tener un inmenso valor tecnolgico. Por qu tantas matemticas? Lo dije en hebreo, lo dije en holands, lo repet en alemn y en griego; pero olvid por completo (y mucho lo siento) que usted slo habla y entiende el ingls! Lewis Carroll, The Hunting of the Snark

Los estudiantes de Ciencias de la Vida podran preguntarse si todas las frmulas matemticas de este libro son realmente necesarias. Mi premisa es que la manera de asegurarse de que una teora es correcta es efectuar predicciones cuantitativas a partir de modelos simplificados, y compararlas con los resultados experimentales. Los captulos siguientes proporcionan muchas de las herramientas para llevar a trmino estas ideas. En ltimo trmino, quisiera que usted pueda enfrentarse a un problema poco familiar, escoger la herramienta adecuada y resolver el problema. Soy bien consciente de que ello no es fcil, al menos al principio. En realidad, es cierto que a veces los fsicos exageran los anlisis matemticos. En cambio, el punto de vista de este libro es que las ecuaciones hermosas son generalmente un medio, y no un fin en s mismas, en nuestro esfuerzo por conocer la naturaleza. Habi-

Al estudiante

xix

tualmente, las herramientas ms simples, como el anlisis dimensional, bastan para hacerse una primera idea de qu est ocurriendo. Slo cuando se es un buen cientfico se alcanza la recompensa de efectuar algn clculo matemtico realmente elaborado y ver que sus predicciones toman vida en un experimento. Los otros cursos de fsica y de matemticas le darn la formacin bsica necesaria para conseguirlo. Caractersticas del libro. Al redactar este libro, he intentado seguir algunos principios. La mayora de ellos son tcnicos y aburridos, pero hay cuatro que vale la pena mencionar aqu: 1. Siempre que ha sido posible, relacionar las ideas con fenmenos cotidianos. 2. Decir qu est pasando. En lugar de dar tan slo una lista de pasos, he intentado explicar porqu estamos hacindolos, y cmo podramos haber conjeturado que un paso resultara til. Este enfoque exploratorio (orientado a descubrir) hace intervenir ms palabras de las que encontrar habitualmente en los libros de Fsica. El objetivo es ayudarle a efectuar la difcil transicin de escoger usted mismo sus propios pasos. 3. Evitar las cajas negras. La temida frase puede demostrarse que ... casi nunca aparece en la Va 1. Casi todos los resultados matemticos mencionados son realmente deducidos, o llevados hasta un punto en que le resulte factible abordarlos como problemas propuestos. Cuando no pude obtener un resultado mediante un anlisis a este nivel, opt generalmente por omitirlo. 4. Evitar los datos fantasma. Cuando vemos un objeto que parece una grfica, casi siempre es realmente una grfica. Es decir, los puntos son realmente datos de laboratorio obtenidos por algn investigador, generalmente citado. Las curvas son algunas funciones matemticas reales, habitualmente deducidas en el texto (o en algn ejercicio). Los esquemas que parecen grficas, han sido claramente identificados como tales. De hecho, cada figura contiene una indicacin un poco pedante que revela su categora lgica, de manera que es posible decir qu son datos reales, qu son reconstrucciones y qu son simples esquemas ilustrativos. En general, los grficos reales no son tan hermosos como los datos fantasma. Necesitamos enfrentarnos a resultados reales para poder desarrollar nuestras capacidades crticas. En efecto, algunas teoras sencillas no funcionan tan bien como podramos pensar al verlas en clase. En cambio, algunos ajustes aparentemente poco impresionantes de la teora al experimento apoyan realmente conclusiones importantes; se necesita prctica para discernir los rasgos verdaderamente importantes. Muchos captulos contienen una seccin titulada Excursin. Dichas secciones exceden la lnea argumental general. Algunas son artculos breves de investigadores lderes sobre sus experimentos, y otras son breves ensayos histricos o culturales. Tambin hay dos apndices. Tmese un momento para examinarlos. Incluyen una lista de todos los smbolos utilizados en el texto para representar magnitudes fsicas, definiciones de las diversas unidades, y valores numricos de muchas magnitudes fsicas, algunas de las cuales resultarn especialmente tiles para resolver los problemas. Por qu la historia? ste no es un libro de historia pero, an as, ver que examinamos muchos resultados relativamente antiguos. (Mucha gente cree que antiguo significa antes de Internet, pero en este caso lo utilizo en el sentido algo ms clsico de antes de la

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Al estudiante

televisin). No utilizamos estos aspectos algo antiguos para dar una ptina de academicismo, sino que un afn recurrente de este libro es poner de manifiesto cmo medidas fsicas han desvelado a menudo la existencia y la naturaleza de dispositivos moleculares en las clulas, mucho antes de que los ensayos bioqumicos tradicionales hubieran podido identificarlos con precisin. Los pasajes histricos documentan estudios de esos casos; en algunos de ellos, el intervalo entre una cosa y la otra ha durado dcadas! Incluso en la actualidad, con nuestro arsenal inmensamente sofisticado de biologa molecular, la estrategia experimental tradicional de bloquear un gen y ver qu tipo de ratn sale puede resultar mucho ms lenta y difcil de realizar e interpretar que un enfoque ms directo de entrar y manipular. De hecho, el men de nuevas herramientas extremadamente ingeniosas para aplicar fuerzas fsicas al funcionamiento de las clulas o sus constituyentes (hasta el nivel de una sola molcula) y medir cuantitativamente sus respuestas ha crecido rpidamente en la ltima dcada, y ofrece oportunidades sin precedentes para deducir indirectamente qu debe estar ocurriendo a nivel molecular. Los cientficos capaces de integrar las lecciones de los enfoques bioqumico y biofsico sern los primeros que puedan acceder a la visin de conjunto. Saber cmo esto ha ocurrido en el pasado nos ayuda a prepararnos para nuestro turno. Aprender este tema. Si su formacin previa en Fsica es un curso de primer ao de universidad en Fsica o Qumica, este libro tendr un gusto ligeramente diferente del de los textos que ha ledo hasta ahora. Este tema est evolucionando rpidamente; mi presentacin no ha consistido en redactar unos resmenes ptreos y autoritarios sobre un tema fijo y bien establecido, ni debe ser as, sino que he intentado transmitirle la excitacin de un campo en progreso, al que podr efectuar nuevas contribuciones sin tener que aventurarse en la jungla de los formalismos elaborados durante una dcada. Si su formacin previa es en Ciencias de la Vida, puede que est acostumbrado a un estilo docente que insiste en la presentacin de los hechos. Pero en este libro se supone que muchas de las afirmaciones, y la mayora de las frmulas, se siguen de las anteriores, de una manera que usted podra y debera comprobar. De hecho, observar a menudo las palabras nosotros, nuestro, intentemos, a lo largo del texto. Habitualmente, en el estilo cientfico, esto es una manera pomposa de decir yo, mo, miradme; pero en este libro se refieren a un equipo formado por usted y por m. Es necesario que usted intente advertir cules de estos enunciados son informaciones nuevas y cules son deducciones que puedan ser obtenidas a partir de los conocimientos previos. A veces he indicado algunos pasos lgicos especialmente importantes en preguntas indicadas como Su turno. La mayora de ellas son lo suficientemente breves para que las pueda responder en el lugar correspondiente, antes de proseguir. Es esencial que las trabaje para poder adquirir las habilidades necesarias para construir nuevos argumentos fsicos. Cada vez que en el texto introducimos una frmula, dedique un momento a examinarla y a reflexionar si es razonable. Si dice x = yz/w, tiene sentido que al aumentar w deba disminuir x? Funcionan bien las unidades? Al principio, le guiar en estos pasos, pero posteriormente los deber realizar por s mismo, automticamente. Cuando vea que utilizamos alguna tcnica matemtica con la que no est familiarizado, acuda a su profesor lo antes posible, en lugar de dejarlo para ms tarde. Otro recurso til es el libro de Shankar (Shankar, 1995)1.
1. Vea la seccin de bibliografa al nal del libro.

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xxi

Ms all de las cuestiones del texto, hallar problemas al final de los captulos. No son tan fciles como los de la Fsica de primer curso; a menudo necesitar un poco de sentido comn, un juicio cualitativo sensato, e incluso algunos consejos de su profesor para poderlos enfocar adecuadamente. Al principio, la mayora de los estudiantes y no slo usted! se sienten incmodos con este enfoque, pero al final estas habilidades se contarn entre lo ms valioso de lo que pueda haber aprendido, haga lo que haga despus en la vida. Delante de usted se abre un mundo de alta tecnologa, y le resultar una mina haber adquirido la agilidad de resolver problemas cuantitativos abiertos. Los problemas se irn haciendo ms difciles a medida que avance en el texto, de manera que haga los primeros aunque le parezcan sencillos. Algunas secciones y problemas estn indicados con este smbolo, y estn reservados a una audiencia relativamente madura. Naturalmente, indico este camino para que le entren ganas de seguirlo, tanto si su profesor se lo indica como si no se lo indica. Las secciones de Va 2 suponen desarrollos matemticos un poco ms avanzados, y forjan vnculos entre lo que est aprendiendo o aprender en otros cursos de Fsica. Tambin anuncian algunas de las referencias bibliogrficas citadas. La va principal (Va 1) no reposa sobre estas secciones, sino que es autocontenida. Incluso los lectores capacitados para seguir la Va 2 deberan omitir estas secciones en una primera lectura. Muchos estudiantes hallan en este curso un reto considerable. Los estudiantes de Fsica deben digerir mucha terminologa biolgica; los de Biologa deben desempolvar sus conocimientos de matemticas. No resulta fcil, pero vale la pena: los temas interdisciplinarios como ste se encuentran entre los ms frtiles y excitantes. He observado que los estudiantes que han quedado ms satisfechos acostumbran a ser los que trabajan en equipo con algn otro estudiante de una formacin diferente y hacen juntos los problemas, ensendose mtuamente. Intntelo!

V2

Al profesor
Hace pocos aos, mi departamento pregunt a sus estudiantes de licenciatura qu cosas crean necesarias y no se las estbamos ofreciendo. Una de las respuestas fue un curso de Fsica Biolgica. Nuestros estudiantes no podan evitar observar los excitantes artculos en The New York Times, los artculos de portada de Physics Today, y muchos otros, y queran un papel en la accin. Este libro emergi como resultado de su peticin. Hacia la misma poca, muchos de mis amigos en otras universidades estaban empezando a trabajar en este campo y se hallaban vivamente interesados en dar un curso de estas caractersticas, pero no se sentan a gusto con los libros existentes. Algunos eran brillantes, pero ya tenan bastantes aos; ninguno pareca incorporar los hermosos resultados recientes sobre mquinas moleculares, autoagregacin, y manipulacin y observacin de molculas individuales, que estaban revolucionando el campo. Mis amigos y yo nos sentamos amilanados por la inmensa extensin de la bibliografa y nuestra limitada penetracin en el campo; necesitbamos una sntesis. Este libro es mi intento de responder a dicha necesidad. El libro tambin sirve para introducir buena parte del material conceptual que subyace a los jvenes campos de la nanotecnologa y los materiales blandos. No resulta sorprendente, ya que las mquinas moleculares y supramoleculares de cada una de nuestras clulas son motivo de inspiracin para la nanotecnologa, y los polmeros y las membranas que las constituyen inspiran mucha ciencia actual de materiales. Este texto ha sido redactado pensando en una gran diversidad de pblicos. Est basado en un curso que he enseado en una clase que reuna estudiantes de licenciaturas de Fsica, Biologa, Bioqumica, Biofsica, Ciencia de Materiales, e Ingenieras Qumica, Mecnica y Bioingeniera. Espero que el libro resulte til como texto principal o auxiliar para cursos en cualquier departamento de Ciencias o Ingeniera. Mis estudiantes tambin diferan ampliamente en experiencia, desde segundo curso hasta estudiantes de doctorado. Puede que usted no quiera trabajar con un grupo tan diverso, pero ha funcionado en nuestra universidad en Penn. Para resultar accesible a todos ellos, el curso est dividido en dos secciones; la de los postgraduados tena problemas y exmenes ms difciles y sofisticados. La estructura del libro refleja bien esta divisin, con numerosas secciones de Va 2 y problemas que cubren material ms avanzado. Estas secciones, situadas al final de los captulos, estn indicadas mediante un smbolo especial: V2 , y son ampliamente independientes la una de la otra, de manera que puede asignarlas a la carta. Recomiendo que todos los estudiantes las omitan en la primera lectura.

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Los nicos requisitos para el ncleo del material de la Va 1 son el Clculo y la Fsica de primer curso, y un recuerdo distante de la Biologa y la Qumica de bachillerato. Los conceptos del Clculo son utilizados con una cierta libertad, pero poca tcnica; slo se necesita resolver las ecuaciones diferenciales ms sencillas. Es ms importante an que el estudiante posea o adquiera soltura en manejar nmeros, efectuar estimaciones, seguir la pista de las unidades y llevar a cabo deducciones breves. El material y problemas de la Va 2 debera ser adecuado para estudiantes de ltimos cursos de licenciatura y primer ao de postgraduado. Para un curso de un semestre para estudiantes con poca experiencia, probablemente querr omitir los captulos 9 o 10 (o quizs el 11 y el 12). Para estudiantes con ms experiencia, en cambio, quizs decidir repasar brevemente los captulos iniciales y dedicar ms tiempo a los captulos avanzados. Al ensear este curso, tambin asigno lecturas suplementarias de algunos textos estndar de Biologa Celular. sta contiene inevitablemente montones de nomenclatura y de figuras; tanto los estudiantes como el profesor deben hacer una inversin en aprender estas cosas. Los rditos son claros e inmediatos: no slo permiten comunicarse con los profesionales que estn llevando a cabo trabajos excitantes en muchos campos, sino que tambin resultan cruciales para saber qu problemas fsicos son relevantes en la investigacin biomdica. Me he esforzado especialmente para mantener una terminologa y una notacin unificadas, una tarea difcil, al cubrir disciplinas tan diversas. En el Apndice A, se resume toda la notacin; mientras que el Apndice B contiene muchos valores numricos tiles, algunos ms de los que son utilizados en el texto. (Puede que estos datos le resulten tiles cuando resuelva problemas en casa o en un examen). Ms detalles sobre cmo utilizar este libro como base de un curso completo pueden ser hallados en la Instructors Guide, disponible de W. H. Freeman and Company. Dicha gua tambin contiene las soluciones de todos los problemas y de las preguntas de Su turno, demostraciones sugeridas en clase, y los programas de ordenador utilizados para generar muchas de las grficas que acompaan al texto. Puede utilizar su propio programa para proponer problemas basados en ordenador, hacer demostraciones en clase, y otras cosas por el estilo. Las erratas observadas en este libro aparecern en http://www.whfreeman.com/biologicalphysics Por qu no aparece mi tema predilecto? Un jardn est acabado cuando ya no queda nada por quitar. Aforismo Zen. Probablemente tambin sea uno de mis temas predilectos, pero el texto refleja el intento insobornable de seguir unas pocas mximas: Limitarse a ofrecer un curso y no una enciclopedia. El libro corresponde a lo que realmente consigo cubrir (es decir, a lo que los estudiantes consiguen realmente aprender) en un semestre tpico de 42 horas, ms un 20 % adicional para permitir una mayor flexibilidad.

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Al profesor

Seguir una lnea de desarrollo unificada. Mantener un equilibrio entre resultados recientes y temas clsicos importantes. Escoger aquellos temas que abren ms puertas en Fsica, Biologa, Qumica e Ingeniera. No mencionar prcticamente la Fsica Cuntica, que nuestros estudiantes encontrarn justo despus de este curso. Afortunadamente, una gran parte de la Fsica Biolgica importante (incluyendo todo el tema de biomateriales blandos) no requiere una utilizacin profunda de las idea cunticas. Restringir la discusin a problemas concretos en que la visin fsica conduzca a predicciones cuantitativas falsables y donde se disponga de datos de laboratorio. Cada captulo presenta algunos datos experimentales reales. Escoger problemas que iluminen y sean iluminados por grandes ideas. Es lo que quieren los estudiantes por esto estudian ciencias. Ciertamente hay otros temas que satisfacen todos estos criterios pero que no son cubiertos en este libro. Espero sus sugerencias sobre cules incluir en la prxima edicin. Por debajo de los puntos anteriores subyace la firme determinacin de presentar las ideas fsicas en su belleza y su importancia originales. El respeto a estas ideas fundacionales me ha impedido relegarlas al estatus utilitario, tan en boga, de una simple caja de herramientas para ayudar a otras disciplinas. Algunos temas aparentemente dilatorios que van ms all de lo estrictamente necesario para explicar los fenmenos biolgicos, reflejan esta conviccin. Crticas habituales. Esto es un libro, no una monografa. Soy consciente de que la presentacin de muchos temas sutiles en este libro difumina algunos detalles importantes. No he intentado establecer prioridades histricas, salvo en las secciones tituladas historia. Los experimentos descritos han sido escogidos simplemente porque satisfacen cierto imperativo pedaggico y parecen tener interpretaciones particularmente directas. La citacin de trabajos originales es un poco aleatoria, excepto en lo que se refiere a mis propias contribuciones, aunque en algunas ocasiones no consegu detenerme en el punto justo. Es esto realmente fsica? Debera ser enseado en un departamento de Fsica? Si ha llegado hasta aqu, probablemente ya tenga una opinin preconcebida. Pero le reto a que plantee esta pregunta a sus colegas. El texto intenta demostrar no slo que muchos de los fundadores de la Biologa Molecular tenan una formacin en Fsica, sino que tambin, a la inversa, el estudio de la vida ha aportado histricamente nuevas visiones y estmulos a la fsica. Esto tambin es verdad a nivel pedaggico. Muchos estudiantes hallan las ideas de la Fsica Estadstica especialmente vvidas en el contexto de las Ciencias de la Vida. De hecho, algunos estudiantes se matriculan en mi curso despus de los cursos de Fsica Estadstica o de Qumica Fsica; me dicen que esto les ayuda a organizar todas las piezas de una manera nueva y til. Ms importante an, he encontrado un grupo de estudiantes que estaban interesados en estudiar Fsica pero se echaron atrs cuando sus departamentos de Fsica no les ofrecieron conexiones con la excitacin de las Ciencias de la Vida. Es hora de ofrecerles lo que necesitan. Al mismo tiempo, es posible que sus colegas de Ciencias de la Vida le pregunten: Necesitan nuestros estudiantes tanta Fsica?. La respuesta no se halla en el pasado, sino

Al profesor

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en el futuro. Sus colegas pueden disfrutar con la lectura de artculos muy elocuentes sobre este tema (Alberts, 1998; Hopfield, 2002) y con el amplio informe del NRC (National Research Council, 2003). Este libro intenta demostrar que hay un enfoque fsico cuantitativo y verstil de los problemas, y que, pese a no ser la nica caja de herramientas en la mente de los cientficos experimentados, es una de las ms poderosas. Necesitamos enserselo a todos, no slo a los posgraduados de Ciencias Fsicas. Creo que la reciente insularidad de la Fsica es tan slo una aberracin pasajera y que slo ser posible prosperar si se renueva los vnculos entre ambos lados, otrora tan intensos. Para terminar. Tuve la enorme suerte de acceder a la Fsica Estadstica a partir de las excelentes clases de Sam Treiman (1925-1999), fue un gran cientfico y uno de los lderes espirituales de un gran departamento. De vez en cuando, an regreso a mis notas de dicho curso. Y all est l, como lo estuvo en aquel tiempo.

PART E

Misterios, metforas, modelos

Transduccin de energa libre. [Dibujo de Eric Sloane, de Eric Sloane, Diary of an early American boy (Funk and Wagnalls, New York, 1962)]

C A P T U L O

Lo que saban los Antiguos

Aunque no hay relacin directa entre la cerveza y la Primera Ley de la termodinmica, la influencia de la experiencia profesional de Joule en la tecnologa de la fabricacin de cerveza sobre su trabajo cientfico resulta claramente discernible. Hans Christian von Baeyer, Warmth disperses and time passes

El modesto objetivo de este libro es conducir al lector desde mitades del siglo XIX, donde acostumbran a terminar los cursos de Fsica de primer ao, a los titulares de los peridicos que puede haber ledo esta misma maana. Es un largo camino. Para llegar a tiempo al destino fijado, nos tendremos que ceir con determinacin a unas pocas cuestiones centrales en que interviene la interrelacin entre energa, informacin y vida. As, conseguiremos erigir un marco basado en unos pocos principios que nos permitir empezar a profundizar en estas cuestiones. Naturalmente, no se trata de limitarnos a enunciar un puado de ideas cruciales. Si as fuera, este libro podra haber cabido en una simple tarjeta de visita. El placer, la profundidad, el arte de nuestro tema estriban en los detalles de cmo los organismos vivos solucionan, dentro del marco de las leyes fsicas, los retos con que se enfrentan. El objetivo de este libro es mostrar al lector algunos de estos detalles. Cada captulo del libro se abre con una pregunta de tipo biolgico y un conciso enunciado que sintetiza una idea fsica relevante para el tratamiento de dicha cuestin. Reflexione sobre ellas a medida que vaya leyendo el captulo. Pregunta biolgica: Cmo pueden estar los organismos vivos tan altamente ordenados? Idea fsica: El flujo de energa puede producir un incremento de orden.

1.1 CALOR
Los organismos vivos se alimentan, crecen, se reproducen y calculan. Las maneras en que hacen todas estas cosas parecen completamente diferentes de las mquinas artificiales. Una diferencia clave se halla en el papel de la temperatura. Por ejemplo, si enfriamos un aspirador, o incluso un televisor, a un grado Celsius, estos aparatos siguen funcionando co-

Captulo 1

Lo que saban los Antiguos

rrectamente, pero si lo intentamos con un saltamontes, o incluso con una bacteria, veremos que los procesos biolgicos prcticamente se detienen. (Al fin y al cabo, ste es el principal objetivo de los frigorficos.) Comprender la interrelacin entre calor y trabajo ser una obsesin central de este libro. En este captulo desarrollaremos algunas ideas plausibles pero preliminares sobre esta interrelacin; la segunda parte de este libro afinar estas ideas hasta convertirlas en herramientas precisas y cuantitativas.

1.1.1

El calor es una forma de energa

Cuando una piedra de masa m cae libremente, su altura z y su velocidad v cambian conjun1 tamente, de manera que la magnitud E = mgz + -- mv 2 permanece constante, donde g es la 2 aceleracin de la gravedad en la superficie de la Tierra. Ejemplo: Demuestre la afirmacin anterior. Solucin: Debemos demostrar que la derivada temporal dE es igual a 0. Suponiendo -----dt dz que v es la velocidad vertical en la direccin hacia arriba z , tenemos v = ----- . Aplicar dt dz dE la regla de la cadena del clculo da ------ = mv(g + ----- ). Pero la aceleracin, dv , es siempre ----dt dt dt -----igual a g en la cada libre. Por consiguiente, dE = 0 a lo largo del movimiento: la enerdt ga es una constante. Gottfried Leibniz obtuvo este resultado en 1693. El primer trmino de E (es decir, mgz) es llamado energa potencial de la piedra, y el segundo ( 1 mv 2 ) su energa cintica. Llama-2 remos energa mecnica de la piedra a la suma de ambos trminos. Expresamos la constancia de E diciendo que la energa se conserva. Supongamos ahora que la piedra en cuestin aterriza en el barro en z = 0. Justo en el instante anterior al aterrizaje, su energa cintica es diferente de cero, de manera que tambin lo es E. Un instante despus, la piedra yace en reposo en el barro y su energa mecnica total es cero. Aparentemente, la energa mecnica no se conserva en presencia de barro. Cualquier estudiante de Fsica de primer ao aprende por qu ocurre esto: un misterioso efecto de friccin en el barro drena la energa mecnica de la piedra. El genio de Isaac Newton estriba en parte en haber observado que las leyes del movimiento se pueden comprender mejor en el contexto de los movimientos de los obuses de can y de los planetas, donde complicaciones como los efectos de friccin son apenas apreciables: en ellos, la conservacin de la energa, tan engaosamente falsa en la Tierra, se manifiesta con mxima claridad. Todava se tard un par de siglos hasta que otros investigadores llegaran a un enunciado preciso de la idea ms sutil de que La friccin convierte energa mecnica en energa trmica. Cuando sta se toma adecuadamente en consideracin, la energa se conserva. (1.1)

En otras palabras, la magnitud realmente conservada no es la energa mecnica, sino la energa total, la suma de la energa mecnica ms el calor. Pero, qu es la friccin? Qu es el calor? A nivel prctico, si la energa se conserva, si no puede ser creada ni destruida, por qu debemos procurar no malgastarla? En efec-

1.1

Calor

to, qu significara malgastar? Deberemos profundizar un poco ms antes de llegar a comprender la idea 1.1.1 La idea 1.1 afirma que la friccin no es un proceso de prdida de energa, sino de conversin de energa, tal como en la cada de una piedra la energa potencial se convierte en energa cintica. Puede que haya visto otros ejemplos de conversin de energa en algunos ejercicios escolares que exploran los caminos que puede seguir la energa desde que sale del Sol hasta que se convierte en trabajo til, como por ejemplo el trabajo de subir una colina (figura 1.1). Un aspecto que quizs el maestro no haya mencionado es que, en principio, todas las conversiones de energa de la figura 1.1 tienen dos sentidos, de ida y de vuelta: la luz del Sol puede generar electricidad en una clula solar, y dicha energa puede ser parcialmente reconvertida a luz mediante una bombilla, y as en muchos otros casos. La palabra clave es aqu parcialmente. Pero de esta manera nunca recuperaremos toda la energa original.

Figura 1.1: (Diagrama) Diversas maneras de subir una colina. Cada flecha representa un proceso de conversin de energa.

1. A lo largo de este libro, las referencias ecuacin n m, idea n m y reaccin n m se reeren a una secuencia de elementos ordenados. As, la ecuacin 1.2 viene tras la idea 1.1; no hay una idea 1.2.

1.1

Calor

La teora del calor como fluido tena superficialmente un cierto sentido. Un cuerpo grande necesita ms calor para aumentar en un grado su temperatura que un cuerpo pequeo, tal como un baln grande necesita ms aire que uno pequeo para aumentar su presin interna en, digamos, 1,1 veces la presin atmosfrica. Sin embargo, actualmente pensamos que la teora de Franklin de la electricidad era exactamente correcta, mientras que la teora del calor como fluido estaba completamente equivocada. Cmo se produjo este cambio de actitudes? Un contemporneo de Franklin, Benjamn Thompson, tambin estaba intrigado por el problema del calor. Tras dejar apresuradamente las colonias americanas en 1775 (trabajaba como espa para los britnicos), Thompson lleg a ser general de estado mayor en la corte del Duque de Baviera. En el curso de sus obligaciones, Thompson se ocup de la manufactura de armamento. Un fenmeno curioso en el barrenado de los caones suscit su curiosidad. Dicho barrenado necesita una gran cantidad de trabajo, suministrado en aquella poca por caballos, y tambin genera una gran cantidad de calor por rozamiento. Si el calor fuera un fluido, sera de esperar que la friccin lo transfiriese de un cuerpo a otro, tal como el cepillar un gato deja el animal y el cepillo con cargas elctricas opuestas. Pero la barrena no se enfra mientras el tubo del can se calienta! Los dos se calientan. Adems, la teora del calor como fluido parece implicar que, tarde o temprano, el fluido calorfico del can se agotara y no se podra generar ms calor por rozamiento. Pero no era esto lo que Thompson observaba: un tubo de can poda generar suficiente calor para hacer hervir el bao de agua que lo rodeaba. ste poda ser sustituido por agua fra, que tambin llegara a hervir, y as hasta el infinito. Un tubo nuevo de can no calentaba mejor ni peor el agua que uno que ya hubiera hecho hervir muchos litros. Thompson tambin pes las virutas de metal procedentes de la perforacin del can y hall que su masa ms la del can era igual a la masa original del tubo: no se haba perdido sustancia material. Lo que Thompson advirti, en cambio, fue que la produccin de calor cesa cuando se deja de hacer trabajo mecnico sobre el sistema, observacin que resultaba sugerente. Pero trabajos posteriores, presentados independientemente en 1847 por James Joule y Hermann von Helmholtz, fueron mucho ms all. Estos autores elevaron la observacin cualitativa de Thompson a una ley cuantitativa: El calor producido por friccin es una constante multiplicada por el trabajo mecnico efectuado contra el rozamiento, es decir (Calor producido) = (Energa mecnica suministrada) (0,24 cal/J). (1.2)

Detengmonos a examinar mejor los detalles de esta frmula. Expresamos el calor en caloras: una calora es aproximadamente la cantidad de calor necesaria para calentar un gramo de agua un grado Celsius.3 La energa mecnica suministrada, o trabajo realizado, es la fuerza aplicada (en este caso, por el caballo) multiplicada por la distancia (recorrida por el caballo), y la expresamos en julios, tal como en la Fsica de primer curso. Al multiplicar el trabajo por la constante 0,24 cal/J obtenemos una magnitud expresada en caloras. La frmula afirma que esta magnitud es la cantidad de calor producida.
3. La denicin moderna de calora tiene en cuenta el equivalente mecnico del calor: en la actualidad, se dene la calora como la cantidad de energa trmica producida al convertir exactamente 4,184 J de trabajo mecnico en calor. (La Calora que aparece en los textos de nutricin es en realidad mil veces la calora de los fsicos, es decir, una kilocalora.)

1.1

Calor

forma particular de energa mecnica, en concreto, la energa cintica de las molculas individuales que constituyen un cuerpo. En esta perspectiva, un cuerpo caliente tiene mucha energa almacenada en una agitacin (imperceptible) de sus molculas (invisibles). Ciertamente tendremos que trabajar duro para justificar nuestras afirmaciones sobre lo imperceptible y lo invisible, pero, antes de ello, debemos tratar un problema ms directo. La ecuacin 1.2 se llama a veces el equivalente mecnico del calor. La discusin de la seccin 1.1.1 deja claro, sin embargo, que en esta frase hay una ligera confusin semntica: el calor no es completamente equivalente a trabajo mecnico, porque no puede ser convertido completamente en ste. En el captulo 3 exploraremos la visin que fue emergiendo lentamente a finales del siglo XIX, segn la cual la energa trmica es la fraccin de la energa total atribuible a movimientos moleculares aleatorios (en que todas las molculas se agitan en direcciones aleatorias) y, por lo tanto, es diferente de la energa cintica organizada de una piedra que cae (en que todas las molculas tienen la misma velocidad media). As pues, el carcter aleatorio del movimiento trmico debe ser la clave de su baja calidad. En otras palabras, proponemos que la diferencia entre energa de alta calidad y de baja calidad es una cuestin de organizacin. Todos sabemos que un sistema ordenado tiende a degradarse hasta convertirse en un embrollo aleatorio y desorganizado. Volver a restablecer el orden siempre parece requerir trabajo, tanto en sentido coloquial (apilar monedas segn sus valores requiere trabajo) como en sentido estricto. Por ejemplo, un acondicionador de aire consume energa elctrica para suprimir movimientos moleculares aleatorios del aire de la habitacin mientras calienta, en cambio, el mundo exterior ms de lo que enfra la habitacin. La idea del prrafo anterior puede resultar interesante, pero difcilmente la calificaramos de hiptesis fsica comprobable. Necesitamos una medida cuantitativa de la energa til de un sistema, la parte de su energa total que puede ser realmente controlada para convertirla en trabajo til. Uno de los objetivos principales del captulo 6 ser hallar dicha medida, que denominaremos energa libre e indicaremos mediante el smbolo F. Ya podemos deducir qu nos espera: la idea que estamos apuntando es que F es menor que la cantidad total de energa E en una cantidad relacionada con la aleatoriedad, o desorden, del sistema. En trminos ms precisos, en el captulo 6 mostraremos cmo caracterizar este desorden mediante una magnitud denominada entropa y designada mediante la letra S. Resultar que la energa libre est dada por la sencilla frmula F = E TS (1.4)

donde T es la temperatura del sistema. Podemos establecer ahora un poco ms claramente la propuesta de que F mide la energa til de un sistema: Un sistema mantenido a una temperatura fija T puede llevar a cabo espontneamente un proceso si el efecto neto de ste es reducir la energa libre F del sistema. Por ello, si la energa libre del sistema ya se halla en un mnimo, no puede ocurrir ningn cambio espontneo.

(1.5)

Segn la ecuacin 1.4, una disminucin de energa libre puede proceder tanto de una disminucin de la energa E (las rocas tienden a caer), o de un aumento de entropa S (el desorden tiende a aumentar).

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Captulo 1

Lo que saban los Antiguos

Tambin podemos utilizar la ecuacin 1.4 para clarificar la idea de la calidad de energa: la energa libre de un sistema es siempre menor que su energa mecnica. Si el desorden es pequeo, sin embargo, de manera que TS es mucho menor que E, entonces F E; decimos as que el contenido energtico del sistema es de alta calidad. (En trminos todava ms precisos, deberamos analizar los cambios de energa y de entropa; vea la seccin 6.5.4). De nuevo, la ecuacin 1.4 y la idea 1.5 son provisionales, ni tan siquiera hemos definido todava la magnitud S. Sin embargo, deberan parecer, al menos, razonables. En particular, tiene sentido que el segundo trmino a la derecha de la ecuacin 1.4 deba estar multiplicado por T, porque los sistemas ms calientes tienen ms movimiento trmico y, por lo tanto, deberan estar ms influidos que los fros por la tendencia a maximizar el desorden. En los captulos 6 y 7 formularemos estas ideas con mayor precisin. En el captulo 8 ampliaremos la idea de energa libre para incluir formas qumicas de energa, que tambin son de calidad elevada.

1.2 CMO LA VIDA GENERA ORDEN

1.2.1 El rompecabezas del orden biolgico
Las ideas de la seccin anterior tienen un cierto atractivo intuitivo. Cuando dejamos caer una gota de tinta en un vaso de agua, la tinta se va mezclando, en un proceso que estudiaremos con detalle en el captulo 4. Nunca vemos, en cambio, que una mezcla de tinta y agua se separe espontneamente. En el captulo 6 formularemos esta intuicin con mayor precisin, estableciendo un principio denominado la Segunda Ley de la termodinmica que afirma, a grandes lneas, que en un sistema aislado el desorden molecular nunca decrece espontneamente. Parece que nos hallemos frente a un compromiso. Por un lado, acabamos de concluir que una mezcla de hidrgeno, carbono, oxgeno, nitrgeno, fsforo y trazas de otros pocos elementos, dejados a s mismos y aislados en un matraz, nunca se organizarn espontneamente para dar un organismo vivo. En cambio, incluso la bacteria ms elemental est llena de estructuras exquisitas (captulo 2). Los sistemas fsicos tienden indefectiblemente hacia mayor desorden, pero la Tierra est llena de vida, aunque hace mucho tiempo estaba desierta. Cmo se las arregla un organismo para permanecer vivo y dejar descendencia y evolucionar incluso a organismos ms sofisticados? En trminos categricos, nuestro rompecabezas es: debemos suponer que los organismos vivos estn en cierta forma fuera de la jurisdiccin de las leyes fsicas? A finales del siglo XIX, muchos cientficos prestigiosos todava contestaban con un s a esta pregunta. Su doctrina era llamada vitalismo. En la actualidad, el vitalismo ha seguido el mismo camino que la teora del calor como fluido, a medida que han ido emergiendo respuestas a la paradoja de cmo los seres vivos generan orden. Esbozar unos pocos detalles de estas respuestas, e ilustrar sus pruebas cuantitativas precisas, es el objeto de este libro. Alcanzar este objetivo nos tomar algn tiempo, pero ya podemos proponer las ideas principales de una respuesta en el lenguaje desarrollado hasta ahora. Resulta alentador observar que las criaturas vivas obedecen al menos algunas de las mismas leyes fsicas que la materia no animada, incluso aquellas en que interviene el calor.

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Captulo 1

Lo que saban los Antiguos

a
membrana semipermeable carga pequea desplazamiento de los mbolos

azcar

carga grande

Figura 1.3: (Esquema) Mquina que transduce energa libre. Un cilindro lleno de agua est dividido en dos cmaras mediante una membrana semipermeable. La membrana est fijada en el cilindro. Dos mbolos se deslizan libremente, permitiendo que los volmenes de ambas cmaras varen a medida que molculas de agua (puntos negros) cruzan la membrana. Sin embargo, la distancia entre los dos mbolos permanece fija, porque el agua entre ellos es incompresible. Las molculas de azcar (crculos blancos) permanecen confinadas en la cmara de la derecha. (a) Flujo osmtico: cuando dejamos libres los mbolos, el agua cruza la membrana y les obliga a desplazarse hacia la derecha, elevando por lo tanto el peso, siempre que ste no sea excesivo. Las molculas de azcar se distribuyen entonces por todo el volumen aumentado de agua, a la derecha. (b) smosis inversa: sin embargo, si tiramos con una fuerza suficiente, los mbolos se desplazarn hacia la izquierda, incrementando la concentracin de la disolucin de azcar en la cmara de la derecha y generando calor.

mucha energa trmica en el mundo exterior. El flujo osmtico sacrifica orden molecular para organizar movimiento trmico aleatorio en movimiento mecnico a gran escala contra un peso. Podemos expresar el argumento anterior aplicando el lenguaje introducido en la seccin 1.1.3. En la idea 1.5 introdujimos la idea de que la mquina osmtica se desplazar espontneamente en la direccin que reduce su energa libre F. Segn la ecuacin 1.4, F puede decrecer incluso si la energa potencial del peso aumenta, siempre y cuando la entropa aumente en una cantidad compensatoria suficiente. Pero en el prrafo anterior hemos dicho que, a medida que los mbolos se desplazan hacia la derecha, el desorden (y por tanto la entropa) aumenta. As pues, la idea 1.5 predice que los mbolos se desplazarn hacia la derecha, siempre y cuando el peso no sea excesivo. Supongamos ahora que tiramos fuertemente del mbolo izquierdo, como en la figura 1.3b. Esta vez, un desplazamiento del mbolo hacia la derecha aumentara tanto la

1.3

Excursin: comercio, filosofa, pragmtica

17

Las citas anteriores fueron escogidas para ilustrar una tensin fructfera entre estas dos culturas: El impulso de los fsicos es contemplar el bosque, y no los rboles, para ver lo que de universal y simple hay en cualquier sistema. Tradicionalmente, los bilogos han estado ms inclinados a subrayar que, en el mundo vivo inherentemente complejo, accidentes congelados de la historia ms que leyes universales dominan con frecuencia lo que vemos. En dicho mundo, a menudo son los detalles lo que realmente importa. Estas perspectivas son complementarias; se necesita la agilidad de utilizar en cualquier momento el enfoque que resulte ms apropiado y la voluntad de mantener abierta la posibilidad de que el otro tambin pueda resultar valioso. Cmo podemos sintetizar estos dos enfoques? La figura 1.4 indica la estrategia esencial. El primer paso es contemplar el rico tejido de los fenmenos que nos rodean. A continuacin, ignorar selectivamente casi todo sobre ellos, reduciendo el tejido a unos pocos hilos. Este proceso supone (a) seleccionar un sistema modelo simplificado pero real para un estudio detallado y (b) representar el sistema sencillo mediante un modelo matemtico igualmente simple, con tan pocos ingredientes y relaciones independientes como sea posible. Los pasos (a) y (b) no son deductivos; les podemos aplicar palabras como misterio e intuicin.

predicciones

modelo fsico

an

ate

sis li tico m

cuantitativas

co n i cc s tru elo ns od m de

experimentalmente

hechos observados

comprobables

Figura 1.4: (Representacin conceptual) Un enfoque para la comprensin de los fenmenos naturales.

1.4

Cmo mejorar en los exmenes (y descubrir nuevas leyes fsicas)

19

Finalmente, observar una relacin entre dos crculos de ideas nos puede llevar a formular nuevas preguntas que posteriormente revelarn su importancia. Por ejemplo, incluso despus del descubrimiento de James Watson y Francis Crick de que la molcula de DNA era una frase muy larga escrita en un alfabeto con cuatro letras (captulo 3), la atencin no se concentr inmediatamente en la importancia de hallar el diccionario, o cdigo, que relacionara las secuencias de dichas letras con el alfabeto de aminocidos, con 20 letras, que constituye las protenas. Interpretar el problema como una transferencia de informacin condujo a George Gamow, un fsico interesado en Biologa y Cosmologa, a escribir un influyente artculo en 1954 planteando esta pregunta y sugiriendo que responderla podra resultar menos difcil de lo que pareca a primera vista. Podra parecer que ya no necesitamos contentarnos con modelos simples. No pueden seguir las grandes computadoras los detalles precisos de cualquier proceso? S y no. Muchos procesos de bajo nivel pueden ser seguidos actualmente a escala molecular, pero nuestra capacidad para obtener una imagen detallada incluso de sistemas sencillos es muy limitada, en parte por el rpido crecimiento de complejidad computacional cuando estudiamos grandes nmeros de partculas. Sorprendentemente, sin embargo, muchos sistemas fsicos tienen propiedades emergentes no visibles en la dinmica compleja de sus molculas individuales. Las ecuaciones sencillas que estudiaremos intentan encapsular estas propiedades y a menudo consiguen captar las caractersticas ms importantes del conjunto del sistema complejo. Algunos ejemplos tratados en este libro sern la poderosa propiedad de invariancia hidrodinmica de escala, explorada en el captulo 5, el comportamiento de campo medio de los iones en el captulo 7 y la elasticidad de macromolculas en el captulo 9. La necesidad de explotar esta simplicidad y regularidad en el comportamiento colectivo de muchos actores semejantes se acenta, incluso, cuando empezamos a estudiar sistemas an mayores que los considerados en este libro.

1.4 CMO MEJORAR EN LOS EXMENES (Y DESCUBRIR NUEVAS LEYES FSICAS)

La ecuacin 1.2 y la discusin subsiguiente utilizaban algunas ideas simples en que intervienen unidades. A los estudiantes se les presenta a menudo las unidades y las ideas de anlisis dimensional como unas simples precauciones, lo cual resulta lamentable. El anlisis dimensional es mucho ms que una simple precaucin: es un atajo intuitivo, un modo de organizar y clasificar los nmeros y las situaciones, e incluso de adivinar nuevas leyes de la Fsica. Los cientficos en activo saben que, confrontados a una situacin desconocida, el anlisis dimensional tiene que ser siempre el primer paso.

1.4.1

La mayora de las magnitudes fsicas tiene asociadas dimensiones

Las magnitudes fsicas tienen en general dimensiones abstractas que nos dicen qu clase de cosa representan. Cada tipo de dimensin puede ser medido utilizando un conjunto de unidades distintas cuya eleccin es arbitraria. Antes, la gente usaba el tamao del pie del rey. Este libro utilizar predominantemente el Systme International dUnits, o unidades

24

Captulo 1

Lo que saban los Antiguos

Usaremos a menudo los smbolos N para indicar un nmero de cosas discretas (un entero adimensional), V para referirnos a un volumen (en unidades SI, m3), y q para denotar una cantidad de carga elctrica (en unidades SI, coul). Las tasas de cambio de estas magnitudes sern en general indicadas por dN/dt (con unidades s1), Q (el caudal, o tasa de variacin del volumen, con unidades m3 s1), e I (la corriente elctrica, con unidades coul s1), respectivamente. Si en una habitacin de 1000 m3 de volumen tenemos cinco bolas, diremos que la densidad numrica (o concentracin) de bolas en la habitacin es de c = 0,005 m3. Las densidades de magnitudes dimensionales se denotan tradicionalmente por el smbolo , y un subndice indica de qu tipo de magnitud se trata. As, la densidad de masa es m (unidades kg m3), mientras que la densidad de carga ser q (unidades coul m3). Anlogamente, si tenemos cinco piezas de ajedrez en un tablero de 1 m2, la densidad numrica superficial es 5 m2. Anlogamente, la densidad superficial de carga q tiene por unidades coul m2. Supongamos que dejamos caer azcar por un embudo y que cada segundo caen 40 000 granos a travs de una apertura de 1 cm2 de rea. Diremos que el flujo numrico (o simplemente flujo) de granos de azcar a travs de la apertura es j = (40 000 s1)/(102 m)2 = 4 108 m2s1. Anlogamente, los flujos de magnitudes dimensionales se indican mediante subndices; as, jq es el flujo de carga elctrica (con unidades coul m2 s1) y anlogamente en otros casos. Si accidentalmente usamos la densidad numrica en una frmula que requiere la densidad de masa, podremos observar que en las unidades de nuestra respuesta faltar el factor de kg; esta discrepancia es la clave que nos indica que debemos volver atrs y buscar el error.

1.5 OTRAS IDEAS CLAVE DE FSICA Y QUMICA

Nuestra historia se basar en una serie de puntos conocidos por los Antiguos.

1.5.1

Las molculas son pequeas

Las molculas comunes, como el agua, tienen que ser muy pequeas; jams percibimos calidad granular alguna en el agua. Pero, cun pequeas son exactamente? Una vez ms miramos hacia Benjamin Franklin. Hacia 1773, la atencin de Franklin se centr, entre muchas otras cosas, en lminas de aceite. Lo que le intrig fue el hecho de que una cierta cantidad de aceite slo pudiera extenderse sobre agua una cierta rea determinada. Extenderse ms supondra que la lmina se rompera en fragmentos. Franklin advirti que una cierta cantidad de aceite de oliva siempre cubra aproximadamente la misma rea de agua; en concreto, descubri que una cucharadilla de t llena de aceite ( 5 cm3) cubra medio acre de un estanque ( 2000 m2). Franklin razon que, si el aceite estuviera compuesto por pequeas partculas irreductibles, slo podra extenderse hasta que estas partculas formaran una sola capa, o monocapa, en la superficie del agua. Es fcil ir un paso ms all que Franklin y encontrar el grosor de la capa y, de ah, el orden de magnitud del tamao de una molcula. Dividiendo el volumen de aceite por el rea de la capa, obtenemos que el tamao lineal de una molcula de aceite

1.5

Otras ideas clave de Fsica y Qumica

27

b a d

Figura 1.5: (Esquemas de estructuras moleculares) (a) La molcula indicada es quiral. (b) Para demostrar esta propiedad, en este panel indicamos la imagen especular de (a). (c, d) Ninguna versin girada de (a) coincide con su imagen especular (b), aunque (b) tiene los mismos tomos, los mismos enlaces y los mismos ngulos de enlace que (a). Sin embargo, si la molcula original hubiera tenido dos grupos idnticos (por ejemplo, dos grupos blancos en lugar de uno blanco y uno negro), la molcula hubiera sido no quiral: en este caso, (b) hubiera coincidido con (a).

1.5.3

Las molculas tienen energas internas bien definidas

En la seccin 1.1.2 hemos aludido brevemente a la energa qumica almacenada en una cerilla. En efecto, los tomos que constituyen una molcula tienen una cantidad definida de energa almacenada, que decimos que reside en los enlaces qumicos entre los tomos. La energa de los enlaces qumicos tiende hacia valores ms bajos, tal como lo hace cualquier otra forma de energa almacenada (por ejemplo, la energa potencial del peso de la figura 1.3). De hecho, la energa de los enlaces qumicos es una contribucin ms a la magnitud E que aparece en la frmula de la energa libre F = E TS (ecuacin 1.4). Las molculas prefieren generalmente librarse a reacciones que liberan calor (exotrmicas) ms que a aqullas que aceptan calor (endotrmicas). Pero podemos hacer que adopten estados de mayor energa si les transferimos energa desde el exterior. Por ejemplo, podemos descomponer el agua (hidrolizarla) haciendo pasar corriente elctrica a travs de ella. En trminos ms precisos, demostraremos en el captulo 8 que las reacciones qumicas tienen lugar en la direccin que tiende a reducir la energa libre, tal como en la mquina osmtica.

Problemas

33

PROBLEMAS
1.1 Dinmica del calor

a.

Un acondicionador de aire enfra una habitacin, extrayendo energa trmica. Sin embargo, consume energa elctrica. Hay contradiccin con la Primera Ley? b. Podra disear un dispositivo de alta tecnologa que, situado en la ventana, convirtiera continuamente la energa trmica no deseada de su habitacin en electricidad, que vendera entonces a la compaa elctrica? Explquelo.
1.2 Experimento de Thompson

Hace mucho tiempo, la gente no utilizaba unidades SI. a. Benjamn Thompson afirm que su barrena de perforacin de caones podra calentar 25,5 libras de agua fra hasta el punto de fusin en 2,5 horas. Supongamos que el agua fra se halla a 20 C; halle la potencia suministrada por los caballos al sistema en vatios. (Indicacin: Un kilogramo de agua pesa 2,2 libras; es decir, la gravedad tira de l con una fuerza de 1kg g = 2,2 libras.) b. James Joule hall en realidad que 1 libra de agua aumentaba su temperatura en 1 grado Fahrenheit, o 0,56 C, despus de suministrarle un trabajo de 770 libras por pie. Cun cercano se hallaba al valor moderno del equivalente mecnico de calor?
1.3 Metabolismo

Metabolismo es un trmino genrico para el conjunto de todas las reacciones qumicas que rompen y queman comida, liberando de este modo energa. He aqu algunos datos relativos al metabolismo e intercambio de gases en humanos.
Alimento Hidratos de Carbono Grasas Protenas Alcohol kcal/g 4,1 9,3 4,0 7,1 litros O2/g 0,81 1,96 0,94 1,46 litros CO2/g 0,81 1,39 0,75 0,97

La tabla indica la energa liberada, el oxgeno consumido y el dixido de carbono liberado al metabolizar un gramo del alimento dado. a. Calcule el rendimiento de energa por litro de oxgeno consumido para cada tipo de alimento y observe que es aproximadamente constante. As, podemos determinar el ritmo metablico de una persona simplemente midiendo su ritmo de consumo de oxgeno. En cambio, el cociente CO2/O2 es diferente para los diversos grupos de alimentos; esta circunstancia nos permite hacer una estimacin de qu est siendo utilizado realmente como fuente de energa, comparando el oxgeno inhalado con el dixido de carbono exhalado. b. Un adulto medio en reposo consume unos 16 litros de O2 por hora. La liberacin correspondiente de calor es denominada el ritmo metablico basal (RMB). Calclelo en kcal/hora y en kcal/da.

C A P T U L O

Qu hay en el interior de las clulas

La arquitectura es el juego sabio, correcto y magnfico, de las formas agrupadas en la luz. Le Corbusier, 1887-1965

En el captulo 1 hemos expuesto una incompatibilidad aparente entre las leyes fsicas y el mundo vivo (la generacin aparentemente espontnea de orden en los seres vivos) y propusimos un esbozo de reconciliacin (los seres vivos ingieren energa de alta calidad y excretan energa de baja calidad). Con ese trasfondo fsico ya estamos en condiciones de contemplar con mayor detalle la organizacin de una clula viva, donde las mismas ideas aparecern una y otra vez. En este captulo abordamos esquemticamente el contexto de los diversos fenmenos que nos ocuparn en el resto del libro: Cada dispositivo que estudiaremos es un objeto fsico; su contexto espacial consiste en su lugar en la clula con relacin con los otros objetos. Cada dispositivo tambin participa en diversos procesos; su contexto lgico consiste en su papel en estos procesos en relacin con el papel de los dems dispositivos. Ciertamente, en este captulo introductorio tan slo podemos araar la superficie de este tema vastsimo.1 Sin embargo, resulta til reunir algunas imgenes reveladoras de los principales personajes de nuestra historia, de manera que podamos volver a ellos cuando vayan apareciendo en los captulos posteriores. Las figuras 2.1-2.4 dan una visin de conjunto de los tamaos relativos de los objetos que estudiaremos. Este captulo tiene un sabor diferente de los dems, ya que, por mencionar slo un aspecto, no contiene frmulas, ni intentaremos justificar la mayora de las afirmaciones que aparecern en l. La mayora de las figuras tendrn pies detallados, cuyo significado puede que no le resulte claro hasta que los estudie con detalle en un captulo posterior. No se preo1. Si no est familiarizado con la terminologa de este captulo, probablemente desee complementar su lectura con la de los captulos introductorios de cualquier libro sobre Biologa celular; vea, por ejemplo, la lista indicada al nal de este captulo.

37

38

Captulo 2

Qu hay en el interior de las clulas

pulga 1 mm

protozoo 0,1 mm

glbulo blanco 0,01 mm

E. coli 1 m

fago T2 0,1 m

microtbulo 25 nm

DNA 2 nm

tomos en el DNA 0,2 nm

Figura 2.1: (Iconos) Dramatis personae. Tamaos relativos aproximados de los protagonistas de nuestra historia. El fago T2 es un virus que infecta bacterias, por ejemplo, a la Escherichia coli. Una gran parte de este libro est dedicada a fenmenos relevantes a escalas de longitud que van desde los protozoos hasta la hlice de DNA. [Adaptado de Kornberg, 1989]

g c a d b e h

10 m

Figura 2.2: (Dibujo, basado en imgenes de microscopio ptico) Tamaos relativos. (a) Cinco clulas bacterianas Escherichia coli (ampliadas en la figura 2.3). (b) Dos clulas de levadura de panadera. (c) Glbulo rojo humano. (d) Glbulo blanco humano (linfocito). (e) Espermatozoide humano. (f) Clula epitelial (piel) humana. (g) Clula muscular estriada humana (miofibrilla). (h) Neurona humana (clula nerviosa). [De Goodsell, 1993]

39
cupe por eso. En este momento, su objetivo debe ser terminar este captulo conociendo una buena parte del vocabulario que utilizaremos posteriormente. Tambin debera terminarlo con una intuicin general de la jerarqua de escalas en una clula y un cierto sentido de cmo emergen los principios que rigen cada escala, pero que tienen un carcter diferente de los de la escala inferior contigua. Finalmente, las estructuras exquisitas de las pginas siguientes prcticamente nos empiezan ya a plantear preguntas: Cmo puede una clula tener en cuenta tantos factores cuando no hay nadie en ella que gobierne la fbrica? Esta pregunta tiene una respuesta muy larga, naturalmente. Entre las muchas ideas fsicas relevantes para esta cuestin, sin embargo, hay tres que dominarn este captulo y el resto del libro: Pregunta biolgica: Cmo organizan las clulas su mirada de procesos qumicos y de sustancias reaccionantes? Ideas fsicas: a. Las membranas bicapa se agregan espontneamente a partir de sus molculas componentes; la clula las utiliza para estructurarse en compartimientos separados. b. Las clulas utilizan transporte activo para transportar materiales sintetizados a destinos particulares. c. Los procesos bioqumicos son altamente especficos. La mayora de ellos son mediados por enzimas que seleccionan una molcula blanco particular y no se ocupan de las dems molculas.

a d

0,1 m

Figura 2.3: (Dibujo, basado en imgenes de microscopio electrnico) Tamaos relativos. (a) Diversas molculas y macromolculas (ampliadas en la figura 2.4). (b) Clula bacteriana (vea las figuras 2.1 y 2.2a). Las estructuras visibles incluyen flagelos (que sobresalen hacia la derecha), el nucleoide (regin blanca central), y la pared celular rgida y gruesa. Los flagelos impulsan la bacteria mediante un mecanismo estudiado en el captulo 5; a su vez, son impulsados por motores analizados en el captulo 11. (c) Virus de la inmunodeficiencia humana. (d) Virus bacteriano, o fago. [De Goodsell, 1993]

42

Captulo 2

Qu hay en el interior de las clulas

a b e f

c d i j

10

g k

m h

Figura 2.4: (Dibujo, basado en datos estructurales) Tamaos relativos de los objetos mostrados en el panel (a) de la figura 2.3. (a) tomo de carbono. (b) Glucosa, molcula simple de azcar. (c) ATP, un nucletido. (d) Molcula de clorofila. (e) RNA de transferencia o tRNA. (f) Un anticuerpo, protena utilizada por el sistema inmunitario. (g) Ribosoma, un complejo de protenas y RNA. (h) Virus de la poliomielitis. (i) Miosina, una mquina molecular estudiada en el captulo 10. (j) DNA, un cido nucleico. En el captulo 9 analizaremos las propiedades mecnicas de molculas largas como sta. (k) Actina F, un elemento del citoesqueleto. (l) Diez enzimas (mquinas proteicas) que intervienen en la gliclisis, que es una serie de reacciones qumicas acopladas que producen ATP, la moneda de intercambio energtico celular, a partir de la glucosa. En el captulo 11 estudiaremos la produccin de ATP. (m) Piruvato deshidrogenasa, un complejo enzimtico grande, analizado tambin en el captulo 11. [De Goodsell, 1993]

simple (figura 2.5). Las clulas eucariticas son mayores que las procariticas y tienen un dimetro de aproximadamente 10 m. Tambin estn limitadas por una membrana plasmtica, aunque la pared celular puede estar ausente (en las clulas animales) o presente (en plantas y hongos). Las clulas eucariticas contienen diversos compartimentos internos bien definidos (ejemplos de orgnulos), cada uno de los cuales est limitado por una o ms membranas parecidas a la membrana plasmtica.3 En particular, las clulas eucariticas se
3. Una denicin de orgnulo es una estructura o subcompartimiento discreto de una clula, especializado en desempear una funcin particular.

2.1

Fisiologa celular

43

1 m

m
Figura 2.5: (Micrografa electrnica) Clula de levadura, un eucariota sencillo a punto de dividirse. El ncleo (n) est en proceso de divisin. Algunos poros de la superficie nuclear resultan claramente visibles. Tambin se muestra una vacuola (v) y diversas mitocondrias (m, parte inferior izquierda). La muestra fue preparada por congelacin ultrarrpida, corte del bloque congelado y posterior calentamiento suave en una cmara de vaco para eliminar las capas exteriores de hielo. A continuacin se efectu una rplica en una mezcla carbn-platino de la superficie as obtenida y finalmente se examin con un microscopio electrnico. [De Dodge, 1968]

distinguen por la presencia de un ncleo. Dicho ncleo contiene el material gentico, que se condensa en cromosomas visibles durante la divisin celular (seccin 3.3.2); el resto del contenido celular se denomina citoplasma. El ncleo pierde su definicin durante la divisin, y a continuacin se vuelve a formar. Estructuras limitadas por membranas en clulas eucariticas. Adems de un ncleo, las clulas eucariticas contienen mitocondrias, orgnulos en forma de salchicha de aproximadamente 1 m de ancho (figura 2.6). Las mitocondrias efectan las etapas finales

44

Captulo 2

Qu hay en el interior de las clulas

del metabolismo de los alimentos y la conversin de su energa qumica en molculas de ATP, la moneda de cambio de la energa interna celular (vea el captulo 11). Las mitocondrias se dividen independientemente de la clula en que se hallen. Cuando la clula se divide, cada clula hija obtiene algunas de las mitocondrias intactas de la clula madre. Las clulas eucariticas tambin contienen otras diversas clases de orgnulos: El retculo endoplasmtico es una estructura laberntica pegada al ncleo. Sirve de fbrica principal para la sntesis de las estructuras membranosas de la clula, as como de la mayora de los productos destinados a ser exportados al exterior de la clula. A su vez, los productos del retculo endoplasmtico son enviados a un conjunto de orgnulos denominados el aparato de Golgi para un procesado posterior, modificacin, ordenacin y empaquetamiento. Las plantas verdes contienen cloroplastos. Al igual que las mitocondrias, los cloroplastos fabrican la molcula ATP que transporta energa interna. Sin embargo, en lugar de metabolizar los alimentos, obtienen energa de alta calidad capturando luz solar.

espacio intermembranal membrana exterior matriz DNA

0,1 m membrana interior enzimas ATP sintetasas Figura 2.6: (Esquema; micrografa electrnica de barrido) (a) Situacin de las diversas estructuras internas de la mitocondria. La partculas ATP sintetasas son mquinas moleculares donde tiene lugar la produccin de ATP (vea el captulo 11). Estn localizadas en la membrana mitocondrial interna, que acta como separacin entre un compartimiento interior (la matriz) y el espacio intermembranal. (b) Interior de una mitocondria. La muestra ha sido sometida a congelacin ultrarrpida, fracturada, y grabada para mostrar las numerosas convoluciones de la membrana interior (flechas). [(a) Adaptado de Kart, 2002. (b) De Tanaka, 1980]

Las clulas de los hongos, como por ejemplo las levaduras, as como las de las plantas, contienen tambin zonas internas de almacenamiento denominadas vacuolas (vea la figura 2.5). Al igual que la propia clula, las vacuolas tambin mantienen una diferencia de potencial electrosttico a travs de las membranas que las limitan (vea el problema 11.3). La parte del citoplasma no contenida en ningn orgnulo limitado por membranas se denomina colectivamente citosol celular.

2.1

Fisiologa celular

45

Adems, las clulas producen una diversidad de vesculas (pequeas bolsas). Las vesculas pueden formarse por endocitosis, un proceso que tiene lugar cuando una parte de la membrana celular exterior engulle algn objeto o fluido exterior y se repliega sobre s misma para formar un compartimento interno. La vescula resultante se funde entonces con vesculas internas que contienen enzimas digestivos que rompen su contenido. Otra clase de vesculas son las vesculas secretoras, bolsitas que contienen productos destinados a ser liberados al exterior de la clula. Una clase particularmente importante de vesculas secretoras son las vesculas sinpticas, que poseen neurotransmisores en los extremos de las clulas nerviosas. Cuando son estimuladas por la llegada de un impulso elctrico, las vesculas sinpticas se funden con la membrana exterior de la clula nerviosa (figura 2.7), liberan su contenido y estimulan de esta manera la clula siguiente en una ruta neuronal (vea el captulo 12). Otros elementos. Adems de las estructuras limitadas por membranas que acabamos de indicar, las clulas eucariticas construyen otras estructuras que son visibles con el microscopio ptico. Por ejemplo, durante la mitosis, los cromosomas se condensan en objetos individuales, cada uno de ellos con una forma y tamao caractersticos (figura 2.8). Otra clase de estructuras, los elementos del citoesqueleto, aparecern en la seccin 2.2.4.

100 nm

Figura 2.7: (Micrografa electrnica de transmisin) Fusin de vesculas sinpticas con la membrana de una clula nerviosa (lnea continua superior) en la unin, o sinapsis, entre una neurona (arriba) y una fibra muscular (abajo). A la izquierda, una vescula ha llegado pero todava no se ha fundido; en el centro, hay dos en proceso de fusin, liberando su contenido; a la derecha hay una casi completamente incorporada a la membrana celular. La fusin de vesculas es el acontecimiento clave en la transmisin de impulsos nerviosos desde una neurona a la siguiente (vea el captulo 12). [Imagen digital cedida por cortesa de J. Heuser]

2.1.2

Grandes rasgos de la anatoma externa

Aunque muchas clulas tienen formas sencillas de esfera o de ladrillo, algunas pueden tener una anatoma externa mucho ms rica. Por ejemplo, la forma fantsticamente complicada y ramificada de las clulas nerviosas (como la de la cubierta de este libro) les permite

46

Captulo 2

Qu hay en el interior de las clulas

cromosoma mittico (dos cromtidas, cada una de 600 nm de dimetro)

fibra de cromatina (30 nm de dimetro)

nucleosomas (10 nm de dimetro)

DNA (2 nm de dimetro)

Figura 2.8: (Esquema) Uno de los 46 cromosomas de una clula humana somtica (ordinaria, no germinal). Justo antes de la mitosis, cada cromosoma est formado por dos copias llamadas cromtidas, cada una de las cuales consiste en fibras densamente plegadas denominadas cromatina. Cada fibra de cromatina consiste en una larga molcula de DNA arrollada alrededor de una cadena de protenas denominadas histonas que forman complejos llamados partculas de nucleosoma. [De Nelson & Cox, 2000.]

conectar con sus vecinas de una forma correspondientemente complicada. Cada clula nerviosa, o neurona, tiene un cuerpo celular central (el soma) con un conjunto de proyecciones ramificadas (o procesos). Los procesos de una neurona se subdividen en pequeas lneas de entrada, las dendritas, y una lnea de salida, el axn. Toda la estructura ramificada tiene un solo compartimiento interior lleno de citoplasma. Cada axn termina en uno o varios terminales axnicos (o botones) que contienen vesculas sinpticas. Una estrecha hendidura, o sinapsis, separa el terminal axnico de una neurona de las dendritas de la neurona siguiente. En el captulo 12 estudiaremos la transmisin de informacin a lo largo del axn de una neurona a otra. Algunos otros elementos de la anatoma externa de una clula son transitorios. Por ejemplo, consideremos la clula mostrada en la figura 2.9. Esta clula es un fibroblasto; su misin es reptar entre otras clulas, dejando un rastro de protenas que forma los tejidos conectivos. Otras clulas reptantes son los osteoblastos, que depositan materiales minerales para formar los huesos, y las clulas de Schwann y oligodendroglia, que se envuelven alrededor de los axones nerviosos produciendo capas de aislante elctrico. El fibroblasto de la figura 2.9 tiene muchas protrusiones en su borde anterior. Algunas de estas protrusiones, denominados filopodios, tienen forma de dedos, de aproximadamente 0,1 m de dimetro y diversos micrmetros de longitud. Otras, los lamelipodios, tienen forma de lmina. Los organismos unicelulares, como las amebas, se impulsan mediante protrusiones ms gruesas denominadas seudpodos. Todas estas protrusiones se forman y se retraen rpidamente, buscando, por ejemplo, otras clulas con molculas de sealizacin adecuadas en sus superficies. Cuando encuentra una de estas superficies, la clula reptante se adhiere a ella y estira hacia ella el resto de su cuerpo. De esta manera, la reptacin de las clulas puede conducir a la construccin de tejidos multicelulares complejos: cada clula busca un vecino prximo y se adhiere a l. Otras clulas especializadas, como las que recubren los intestinos humanos, tienen centenares de finsimas proyecciones digitales, denominadas microvilli, con el fin de aumentar el rea de su superficie para absorber rpidamente el alimento. Otras clulas tienen proyecciones de una forma semejante (cilios y flagelos eucariticos) que oscilan activamente hacia atrs y hacia delante (figura 2.10). Por ejemplo, el protozoo Paramecium tiene

2.2

Lista de los constituyentes moleculares

47

filopodio

arruga

lamelipodio

10 m Figura 2.9: (Micrografa electrnica de barrido) Clula reptando. En el borde anterior de esta clula de fibroblasto (parte superior izquierda), filopodios, lamelipodios y arrugas se proyectan desde la superficie celular. La clula repta extendiendo su borde anterior hacia la izquierda. [Imagen digital cedida por cortesa de J. Heath]

cilios que lo impulsan a travs de los fluidos; un poco a la inversa, las clulas estacionarias que recubren nuestros pulmones se van limpiando mediante un transporte continuo de una capa de mucus desde su base hacia arriba. En el captulo 5 estudiaremos este proceso. En la figura 2.10 se muestra otra aplicacin de los cilios: estos apndices llevan partculas de comida a la boca un animal unicelular. Otra clase de pequeas caractersticas anatmicas incluye la estructura fina de las dendritas de una neurona. Frecuentemente, la sinapsis real no hace intervenir el cuerpo principal de la dendrita, sino una diminuta espina dendrtica que se proyecta de ella (las pequeas protuberancias que se pueden apreciar en la ilustracin de la cubierta de este libro).

2.2 LISTA DE LOS CONSTITUYENTES MOLECULARES

Tal como prometimos al empezar este captulo (en el mapa de ruta, pgina 40), haremos ahora una breve visita al mundo qumico a partir del cual surgen todas las hermosas estructuras biolgicas indicadas anteriormente. No nos preocuparemos demasiado de los detalles qumicos de las molculas indicadas en esta seccin. Sin embargo, es necesario un cierto mnimo de terminologa para expresar las ideas que estudiaremos.

48

Captulo 2

Qu hay en el interior de las clulas

10 m Figura 2.10: (Micrografa electrnica de barrido) El ciliado Didinium, un animal unicelular que se encuentra en agua dulce en reposo. La boca del Didinium est al final de una pequea proyeccin, rodeada por un anillo de cilios. En el captulo 5 estudiaremos cmo los cilios impulsan un flujo de fluido. [De Shih & Kessel, 1982]

2.2.1

Molculas pequeas

Del aproximadamente un centenar de tomos qumicamente diferentes, nuestro cuerpo est formado mayoritariamente por tan slo seis: azufre, fsforo, carbono, hidrgeno, nitrgeno y oxgeno. Otros tomos (como el sodio y el cloro) estn presentes en menor cantidad. Un cambio sutil comunica a muchas de estas sustancias monoatmicas una propiedad clave: en el agua, los tomos neutros de cloro (abreviadamente Cl) toman un electrn adicional de sus alrededores y se transforman en iones cloruro (Cl). Otros tomos neutros pierden uno o ms electrones en agua, tal como los tomos de sodio (abreviados Na) que se convierten en iones sodio (Na+). De las molculas pequeas que se encuentran en las clulas, la ms importante es el agua, que constituye el 70% de la masa de nuestro cuerpo. En el captulo 7 exploraremos algunas de sus notables propiedades. Otra importante molcula inorgnica, es decir, que no contiene carbono, es el cido fosfrico (H3PO4); en el agua, esta molcula se separa for2 mando fosfato inorgnico doblemente cargado (HPO 4 , tambin denominado Pi) y dos iones hidrgeno cargados positivamente (denominados protones). (Estudiaremos ms cuidadosamente la disociacin del fosfato en el problema 8.6.) Un grupo importante de molculas orgnicas (que contienen carbono) tiene tomos enlazados formando anillos: Los azcares sencillos comprenden la glucosa y la ribosa (compuestos con un anillo) y la sacarosa (azcar de caa, con dos anillos).

2.2

Lista de los constituyentes moleculares

49

Figura 2.11: (Estructura molecular) J. Watson y F. Crick demostraron la complementariedad de los pares de bases del DNA. Las lneas de puntos indican puentes de hidrgeno (vea el captulo 7). Las formas y estructuras qumicas de las bases permiten la formacin ptima de puentes de hidrgeno entre la adenina (A) y la timina (T) y entre la guanina (G) y la citosina (C); en estos apareamientos, los tomos capaces de formar puentes de hidrgeno pueden aproximarse entre s sin distorsionar la geometra de las bases. [Caricatura de Larry Gonick, de Gonick & Wheelis, 1991]

Las cuatro bases del DNA (vea la seccin 2.2.3) tambin tienen una estructura de anillo. Una clase (las pirimidinas: citosina y timina) tiene un anillo; la otra (las purinas: guanina y adenina) tiene dos. Vea la figura 2.11. Para construir el RNA se utiliza un conjunto ligeramente diferente de cuatro bases: la timina es sustituida por una molcula parecida, con un solo anillo, el uracilo. Las estructuras en anillo de estas molculas les dan una forma fija y rgida. Las bases son anillos planos. Uniendo una base a un azcar simple (ribosa o desoxirribosa) y a un fosfato, da un nucletido. Por ejemplo, el nucletido formado por la base adenina, el azcar ribosa y un solo fosfato es denominado monofosfato de adenosina, o AMP. Las molculas correspondientes con dos o tres grupos de fosfato en fila son denominadas difosfato de adenosina (ADP) y trifosfato de adenosina (ATP), respectivamente (figura 2.12). Dichas molculas son llamadas a veces genricamente trifosfatos de nuclesido (o NTP). Los trifosfatos de nuclesido, como el ATP, transportan una gran cantidad de energa almacenada, debida en parte a la auto-repulsin de grandes cargas elctricas (equivalentes a tres protones) mantenidas muy prximas las unas a las otras por los enlaces qumicos de la molcula. (En el captulo 8 estudiaremos el concepto de energa qumica almacenada y de su utilizacin.) De hecho, las clulas utilizan el ATP como una moneda energtica de

50

Captulo 2

Qu hay en el interior de las clulas

enlaces fosfoanhdrido
O H2O + O P O O O P O O O P O O CH2

adenina

ribosa
energa necesaria

ATP

energa liberada

O H + HO
+

O O

O O P O O CH2

adenina

P O

P O

fosfato inorgnico (Pi)

ribosa ADP

Figura 2.12: (Diagramas de estructura molecular) El trifosfato de adenosina es hidrolizado en muchos procesos bioqumicos. Un ATP y una molcula de agua son descompuestos, dando ADP, fosfato inorgnico (Pi) y un protn H+. Una reaccin semejante, que da la misma cantidad de energa libre, descompone el ATP en monofosfato de adenosina (AMP), un compuesto con un grupo fosfato y pirofosfato, o PPi. En el captulo 8 estudiaremos el almacenamiento de energa qumica, y en el captulo 10 los motores moleculares alimentados por ATP. [Adaptado de Alberts et al., 1997]

intercambio casi universal; mantienen altas concentraciones interiores de ATP que sern consumidas por las diversas mquinas moleculares cuando sea necesario.4 Hay dos clases ms de molculas pequeas que tambin nos interesan especialmente. La primera de ellas, los cidos grasos, tienen una estructura simple: consisten en una cadena de tomos de carbono (por ejemplo, quince para el cido palmtico, derivado del aceite de palma) con un grupo carboxilo (COOH) en su extremo. Los cidos grasos son en parte importantes como bloques constitutivos de los fosfolpidos que sern mencionados en la seccin 2.2.2. Finalmente, los aminocidos son un grupo de unos 20 bloques constitutivos con los cuales estn formadas las protenas (figura 2.13). Como se muestra en la figura, cada aminocido tiene un esqueleto central comn, con un enchufe en un extremo (el grupo carboxilo) y una toma de corriente en el otro (el grupo amino NH2). Ligado al extremo del tomo de carbono central (denominado el carbono ), hay un grupo lateral (genricamente designado como R en la figura 2.13a) que determina la identidad del aminocido. Por ejemplo, la alanina es el aminocido con el grupo lateral CH3. La sntesis de protenas consiste en ir conectando sucesivamente la toma del aminocido siguiente (o residuo) con el enchufe del anterior mediante la reaccin
4. Las clulas tambin utilizan trifosfato de guanosina (GTP) y un puado de otras molculas pequeas para funciones semejantes. Los nucletidos tambin sirven como molculas de sealizacin celular interna. Una forma modicada del AMP, denominada AMP cclico o cAMP, es particularmente importante en esta funcin.

2.2

Lista de los constituyentes moleculares

51

a
H N H H C R C OH O + H H N R C H C OH H O H2O H N H C R O C N H R C H C OH O

extremo amino H H 2N C CH2 C HN HC CH NH+ O C N H

SH CH2 C H C O H N H C

extremo carboxilo COOH

CH CH3 CH3

Figura 2.13: (Diagramas de estructuras moleculares) (a) Formacin de un polipptido a partir de aminocidos mediante la reaccin de condensacin, esencialmente la inversa de la reaccin de hidrlisis mostrada en la figura 2.12. Los cuatro tomos del recuadro gris constituyen el enlace peptdico. (b) Segmento corto de una cadena polipeptdica, que muestra tres residuos (monmeros de aminocido) conectados por dos enlaces peptdicos. Los residuos consisten en un esqueleto comn, al cual estn fijados diversos grupos laterales. Los residuos mostrados son, respectivamente, histidina, cistena y valina. En los captulos 7 y 8 estudiaremos las interacciones entre los residuos, que determinan la estructura de la protena; en el captulo 9 discutiremos brevemente la distribucin compleja resultante de los subestados de protena. [Adaptado de Alberts et al., 2002]

de condensacin de la figura 2.13a, dando as lugar a un polmero denominado un polipptido. El enlace CN formado en este proceso se denomina el enlace peptdico. En la seccin 2.2.3 y en el captulo 9 esbozaremos cmo los polipptidos se convierten en protenas funcionales.

2.2.2

Molculas de tamao intermedio

Un gran nmero de molculas de tamao intermedio puede formarse a partir del puado de tomos utilizados por los organismos vivos. Sorprendentemente, slo una nfima parte de stas son utilizadas realmente por los organismos vivos. De hecho, la lista de posibles compuestos de masa inferior a 25 000 veces la del agua incluira probablemente miles de millones, pero tan slo poco ms de un centenar de stas (y sus polmeros) dan razn de la mayor parte del peso de cualquier clula (vea la Tabla 2.1). La figura 2.14 muestra una molcula tpica de fosfolpido. Los fosfolpidos se forman uniendo una o dos cadenas de cidos grasos (colas), mediante una molcula de glicerol, a un fosfato y por lo tanto a un grupo de cabeza. Tal como se dir en la seccin 2.3.1 y en el captulo 8, los fosfolpidos se autoagregan formando finas membranas, entre las que

52

Captulo 2

Qu hay en el interior de las clulas

Tabla 2.1: Composicin molecular de las clulas bacterianas, en peso. Clase de molcula Molculas pequeas iones y otras molculas inorgnicas pequeas azcares cidos grasos aminocidos individuales nucletidos individuales agua Molculas intermedias y grandes protenas RNA DNA lpidos polisacridos
[De Alberts et al., 1997]

Porcentaje del peso total de la clula (74 % del peso total de la clula) 1,2 1 1 0,4 0,4 70 (26 % del peso total de la clula) 15 6 1 2 2

colas hidrofbicas

grupo polar de cabeza

1 nm

Figura 2.14: (Estructura) Representacin espacial compacta de una molcula de fosfolpido. Dos colas de hidratos de carbono (derecha) se unen con un grupo cabeza (izquierda) mediante grupos fosfato y glicerol (centro). Molculas como sta se autoagregan en membranas bicapa (figura a color 2 y figura 2.20), que a su vez forman las divisiones entre los compartimientos de la clula. En el captulo 8 estudiaremos la autoagregacin. [De Goodsell, 1993]

se incluyen la que rodea cada clula. Las molculas de fosfolpido tienen nombres largos pero informativos; por ejemplo el dipalmitoil-1 fosfatidilcolina (o DPPC) consiste en dos (di) cadenas de cido palmtico unidas mediante un fosfato a un grupo de cabeza colina. Anlogamente, la mayora de las grasas est formada por tres cadenas de cidos grasos, cada una de las cuales est unida por un enlace qumico a uno de los tres tomos de carbono de una molcula de glicerol, para formar un triglicrido. La unin se realiza mediante una reaccin de condensacin semejante a la indicada en la figura 2.13.

2.2

Lista de los constituyentes moleculares

53

2.2.3

Molculas grandes

Las clulas producen molculas gigantes como polmeros, largas cadenas de unidades semejantes. Polinucletidos. Al igual que los aminocidos pueden unirse en cadenas polipeptdicas, las cadenas de nucletidos pueden unirse entre s formando polinucletidos. Un polinucletido formado por nucletidos que contengan ribosa se denomina un cido ribonucleico (o RNA); la cadena anloga con desoxirribosa se denomina una molcula de cido desoxirribonucleico o DNA. La intuicin de Watson y Crick (seccin 3.3.3) fue que no slo las bases planas del DNA se ajustan entre s con gran precisin, como piezas de rompecabezas (figura 2.11), sino que tambin encajan netamente en un apilamiento helicoidal (figura 2.15). En esta hlice, las bases apuntan hacia dentro y los grupos fosfato y azcar forman dos esqueletos en el exterior. Las clulas no fabrican RNA de doble hebra, pero un RNA de una sola hebra puede tener fragmentos cortos que complementen otros de la cadena, situacin que da lugar a estructuras parcialmente plegadas (figura 2.16). Cada una de nuestras clulas contiene aproximadamente un metro de DNA, dividido en 46 fragmentos. Manipular unos hilos tan largos sin convertirlos en un embrollo totalmente intil no resulta fcil. Parte de la solucin es un esquema jerrquico de empaquetamiento: el DNA est ligado a bolas de protena para formar complejos denominados nucleosomas. A su vez, los nucleosomas se enrollan en estructuras de orden superior, y as sucesivamente hasta el nivel de los cromosomas condensados (figura 2.8).5 Polipptidos. En la seccin 2.2.1 mencionamos la formacin de polipptidos. El mensaje gentico del DNA slo codifica la estructura primaria de los polipptidos, o secuencia lineal de sus aminocidos. Tras la sntesis de la cadena polipeptdica lineal, sta se pliega en una estructura tridimensional elaborada una protena tal como las que se ven en la figura 2.4f, i, k, l. La clave para comprender este proceso es observar que los residuos individuales aminocidos de una protena pueden atraerse o repelerse entre s. En captulos posteriores estudiaremos cmo la estructura primaria del polipptido determina la estructura final tridimensional plegada de la protena. (En cambio, todos los monmeros que componen el DNA estn cargados negativamente, de manera que se repelen uniformemente entre s: el DNA no puede plegarse espontneamente por s mismo.) El nivel ms bajo de plegamiento (la estructura secundaria) hace intervenir interacciones entre residuos prximos entre s a lo largo de la cadena polipeptdica. Un ejemplo que nos interesar en el captulo 9 es la hlice alfa, mostrada en la figura 2.17. En el nivel superior sucesivo, las estructuras secundarias (junto con otras regiones desordenadas) se juntan para dar la estructura terciaria de la protena, la forma global conjunta visible en los ejemplos de la figura 2.4. Una protena sencilla consiste en una sola cadena de 20400 aminocidos, plegados en una estructura terciaria que es densa, aproximadamente esfrica, y con unos pocos nanmetros de dimetro (una protena globular). Algunas protenas ms complejas consisten en mltiples subunidades de cadenas polipeptdicas, dispuestas habitualmente en una forma simtrica: la estructura cuaternaria. Un ejemplo famoso es la hemoglobina, el transportador de oxgeno en nuestra sangre (captulo 9) que tiene cuatro subunidades. Muchos canales de membrana (vea la seccin 2.3.1) tambin estn formados por cuatro subunidades.
5. Tambin se han hallado formas ms simples de empaquetamiento de DNA en clulas procariticas.

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Captulo 2

Qu hay en el interior de las clulas

1 nm

Figura 2.15: (Estructura obtenida a partir de coordenadas atmicas) Imagen estreo de la doble hlice de DNA. Para ver la imagen, empiece situando la nariz a unos pocos centmetros de la pgina (si es miope, qutese las gafas). Imagine que est mirando un objeto lejano a travs de la pgina. Si es necesario, haga girar la pgina unos pocos grados, de manera que los dos puntos cercanos a los centros de cada panel queden alineados horizontalmente. Espere hasta que ambos puntos se fundan en uno solo. Concntrese en mantener fundidos los dos puntos a medida que va apartando lentamente la pgina de la nariz. Cuando la pgina est suficientemente lejos para que sus ojos puedan enfocarla, la imagen tridimensional saltar de la pgina frente a sus ojos. La estructura tiene unos 2 nm de ancho. La porcin mostrada consiste en doce pares de bases apilados verticalmente. Cada par de bases es una placa casi plana, horizontal, de unos 0,34 nm de grosor. El apilamiento se va torciendo ligeramente ms de una revolucin completa desde la parte inferior a la superior. [De Dickerson et al., 1982]

Polisacridos. Los polisacridos forman una tercera clase de biopolmeros, con los cidos nucleicos y las protenas. Son largas cadenas de molculas de azcar. Algunos, como el glucgeno, son utilizados para almacenar energa a largo plazo; otros ayudan a las clulas a identificarse entre s. Cuando se entrelazan con pptidos cortos, los polisacridos tambin pueden formar redes bidimensionales resistentes, la capa de peptidoglicano que confiere a las paredes de las clulas bacterianas su resistencia.

2.2

Lista de los constituyentes moleculares

55

1 nm

Figura 2.16: (Estructura obtenida a partir de coordenadas atmicas) Una hebra de RNA utiliza el apareamiento de bases y otras interacciones para formar una estructura tridimensional nica. La molcula mostrada es un RNA de transferencia de la levadura; fija el aminocido fenilalanina, lo transporta al ribosoma y lo libera (vea la figura 2.24). Los nucletidos planos apilados se muestran como estructuras en forma de barras, en su mayora en el interior; los tomos del esqueleto de azcares y fosfatos son en cambio representados por esferas, para poner de manifiesto la estructura en doble hlice de algunas partes de la molcula plegada. Hebras ms largas de RNA pueden tener zonas de pares de bases complementarios, conduciendo a estructuras plegadas ms complejas que la mostrada en esta figura. En la seccin 6.7 estudiaremos cmo el plegamiento y desplegamiento del RNA pueden ser controlados por fuerzas exteriores.

2.2.4

Ensamblajes macromoleculares

En la seccin anterior hemos mencionado que cadenas individuales de protenas pueden formar confederaciones con formas definidas: la estructura cuaternaria de un conjunto de protenas. Otra posibilidad es la construccin de una disposicin lineal de subunidades de

56

Captulo 2

Qu hay en el interior de las clulas

R9 R8

OC O
H R6 C

R7

FALTA FIGURA
R5 N C C C R4

H N R3

O
R2 H N R1

H N

0,2 nm

Figura 2.17: (Estructura molecular a partir de datos cristalogrficos) Segmento de la estructura en hlice alfa. Se indican nueve residuos sucesivos. El grupo lateral de cada residuo ha sido sustituido por una sola bola, marcada R1, , R9. Cada residuo tiene un tomo de hidrgeno enlazado a uno de los nitrgenos de la cadena. Cada uno de estos hidrgenos es atrado por un oxgeno situado cuatro unidades ms all en la cadena, para formar un puente de hidrgeno (lneas finas). Los puentes de hidrgeno ayudan a estabilizar la estructura helicoidal ordenada frente a la ruptura trmica. En el captulo 9 estudiaremos la formacin y prdida de estructuras ordenadas parecidas a sta bajo cambios en las condiciones ambientales. La estructura indicada es dextrgira en el siguiente sentido: escoja alguna direccin a lo largo del eje de la hlice, por ejemplo, hacia arriba de la figura. Apunte su pulgar derecho en esta direccin: a medida que avanza en la direccin del pulgar, el esqueleto peptdico gira alrededor del eje en el mismo sentido en que apuntan los otros dedos de la mano (sentido opuesto al que presentaran si hubiera escogido la mano izquierda).

polipptidos que se extienden por una distancia arbitrariamente larga. Tales disposiciones pueden ser interpretadas como polmeros cuyos monmeros son, ellos mismos, protenas. Dos ejemplos nos resultarn de particular inters en el captulo 10: microtbulos y actina F.

58

Captulo 2

Qu hay en el interior de las clulas

vescula

quinesina
MT

microtbulo

100 nm

Figura 2.19: (Esquema; micrografa electrnica). (a) Modelo que muestra cmo una quinesina arrastra una vescula a lo largo de un microtbulo. En el captulo 10 estudiaremos el funcionamiento de este motor molecular. (b) Micrografa que parece mostrar la situacin representada en (a). Las flechas indican los puntos de conexin. Neuronas de mdula espinal de rata fueron congeladas ultrarpidamente y grabadas para producir la muestra. [(a) Adaptado de Kandel et al., 2000. (b) Imagen cedida por cortesa de N. Hirokawa; vea Hirokawa et al., 1989]

Los filamentos de actina (tambin denominados actina filamentosa o actina F) forman una segunda clase de elementos del citoesqueleto. Las fibras de actina F tienen tan slo 7 nm de dimetro, pero pueden alcanzar varios micrmetros de longitud (figura 2.4k). Una fina red de estos filamentos est debajo de la superficie de la clula, formando el crtex de actina de la clula. Los filopodios, lamelipodios y microvilli estn llenos de fibras de actina que se entrelazan entre s para formar haces rgidos que ayudan a impulsar estas proyecciones hacia el exterior de la clula. Finalmente, los filamentos de actina proporcionan las vas a lo largo de las cuales se desplazan motores unimoleculares para producir la contraccin muscular (captulo 40). Ejemplos de conjuntos de protenas aun ms elaborados incluyen los caparazones que rodean los virus y el flagelo bacteriano en forma de ltigo (vea la figura 2.3 de la pgina 39).

2.3 TENDIENDO EL PUENTE: DISPOSITIVOS MOLECULARES

Tenemos ahora un catlogo de hermosas estructuras celulares, pero casi no hemos dicho nada sobre cmo estn formadas a partir de las molculas de la seccin 2.2, ni tampoco sobre cmo las clulas desarrollan las muchas otras actividades caractersticas de la vida. Para empezar a tender un puente a travs de esta separacin, dedicaremos esta seccin a esbozar algunos de los dispositivos moleculares utilizados por las clulas. La unidad de las

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Captulo 2

Qu hay en el interior de las clulas

matriz

membrana interna

membrana externa

p
citoplasma 10 nm Figura 2.20: (Dibujo basado en datos estructurales) Seccin transversal de un fragmento de mitocondria (figura 2.6) en que muestra sus dos membranas. Cada una de ellas consiste en una bicapa lipdica (figura a color 2) con protenas inmersas en ella (o ligadas a ella). El citoplasma celular circundante aparece en la parte inferior de la figura. (Su propia membrana plasmtica est igualmente poblada con protenas inmersas.) La membrana mitocondrial externa est atravesada por protenas integrales de membrana que forman canales (marcadas con p). La membrana mitocondrial interna contiene complejos protenicos que intervienen en la fabricacin de ATP. En el captulo 11 estudiaremos una de stas, el complejo F0-F1 (indicado con una f). Una parte de la matriz mitocondrial aparece en la parte superior izquierda. [De Goodsell, 1993]

2.3.2

Motores moleculares

Como acabamos de mencionar, los filamentos de actina forman las vas a lo largo de las cuales se desplazan los motores proteicos que generan las contracciones musculares (captulo 10). Se conocen muchos otros ejemplos de motores moleculares que se deslizan por las clulas. La figura 2.19 muestra cmo una vescula es arrastrada a lo largo de un microtbulo hacia su destino en un terminal axnico. Este transporte axonal suministra las protenas necesarias al terminal axnico, as como los ingredientes a partir de los cuales se construirn las vesculas sinpticas. Una familia de motores proteicos de una sola molcula denominada quinesina proporcionan la fuerza motriz para ste y otros movimientos, por ejemplo, el arrastre de los cromosomas hacia las dos mitades de una clula que se est dividiendo. En efecto, tiendo selectivamente tanto los microtbulos como la quinesina (adhiriendo marcadores fluorescentes a cada una de ellas), se logra demostrar que en general se hallan juntas en la clula (figura a color 3). Incluso resulta posible seguir el avance de las molculas individuales de quinesina cuando se desplazan a lo largo de microtbulos individuales (figura a color 4). En estos experimentos, las molculas de quinesina empie-

2.3

Tendiendo el puente: dispositivos moleculares

61

Na +

b
K+

lado extracelular membrana plasmtica lado citoplasmtico

Na + ATP ADP+Pi

Figura 2.21: (Esquema) (a) Canal inico pasivo, como los que dan lugar a la parte hmica de las conductancias de membrana (vea el captulo 11). (b) Bomba sodio-potasio (tambin estudiada en el captulo 11). El esquema ha sido simplificado: en realidad, se cree que la bomba enlaza tres iones Na+ y un ATP antes de su cambio conformacional principal, que expulsa los iones Na+. A continuacin enlaza dos iones K+, libera ADP y fosfato, hace entrar los iones K+ y los libera. En este punto, la bomba est lista para empezar un nuevo ciclo. [Adaptado de Kandel et al., 2000]

zan a desplazarse en cuanto se aade un suministro de molculas de ATP y se detienen cuando el ATP se ha consumido o es eliminado. Los cilios mencionados en la seccin 2.1.2 tambin estn alimentados por motores que se desplazan. Cada cilio contiene un haz de microtbulos. Un motor molecular denominado dinena se une a un microtbulo y se desplaza a lo largo de su vecino, induciendo as un movimiento relativo entre ellos. Ondas coordinadas de actividad de dinena producen ondas viajeras de curvatura en el cilio, que hacen que ste se mueva rtmicamente. Otros motores generan movimiento rotacional. Entre los ejemplos se incluye el motor que impulsa el flagelo bacteriano (figura 2.3b; vea los captulos 5 y 11) y el que impulsa la sntesis de ATP en las mitocondrias (captulo 11). En lugar de ser alimentados directamente por ATP, estos dos motores utilizan como combustible un desequilibrio qumico entre los lados de la membrana en la cual se encuentran. En ltimo trmino, este desequilibrio procede de la actividad metablica de la clula.

2.3.3

Enzimas y protenas reguladoras

Los enzimas son dispositivos moleculares cuya funcin es fijar molculas determinadas, en condiciones determinadas, y promover cambios qumicos determinados. La misma molcula de enzima no es modificada ni consumida en este proceso: es un catalizador o ayudante, para un proceso que en principio podra ocurrir por s solo. Los enzimas pueden romper grandes molculas, tal como en la digestin, o construir grandes molculas a partir de molculas pequeas. Una caracterstica de los enzimas inmediatamente aparente a partir de sus estructuras es su forma complicada y bien definida (figura a color 5). En el captulo 7 iniciaremos una discusin acerca del papel desempeado por la forma en la es-

2.3

Tendiendo el puente: dispositivos moleculares

63

cromosomas que contienen DNA poros nucleares transcripcin

nueva protena

traduccin

copia del DNA en mRNA ribosoma membrana nuclear Figura 2.22: (Esquema) Flujo de informacin en una clula. A veces, el producto de la traduccin es una protena reguladora, que interacciona con el genoma de la clula, y da a lugar as a un bucle de retroaccin. [Adaptado de Calladine & Drew, 1997]

seccin 2.3.2, la DNA polimerasa est formada por protenas. El DNA contiene genes, que consisten en regiones reguladoras y regiones codificadoras que especifican las secuencias de aminocidos de las diversas protenas que se necesitan. Un organismo complejo puede tener decenas de miles de genes diferentes, en tanto que la E. coli tiene menos de 5 000 (el organismo ms sencillo conocido, Mycoplasma genitalium, tiene menos de 500). Adems de los genes, el DNA contiene un rico conjunto de secuencias reguladoras para el enlace de las protenas reguladoras junto con tramos inmensos que no tienen ninguna funcin conocida. 2. Otra mquina molecular denominada RNA polimerasa lee la copia maestra en un proceso denominado transcripcin (figura 2.23). La RNA polimerasa es una combinacin de motor de desplazamiento y de enzima; se acopla con el DNA cerca del inicio

RNA polimerasa DNA

mRNA 10 nm

Figura 2.23: (Dibujo, basado en datos estructurales) Transcripcin del DNA a RNA mensajero por la RNA polimerasa, un motor que se desplaza. La polimerasa lee el DNA a medida que va recorriendo la hebra de DNA, y va sintetizando mRNA al moverse. [De Goodsell, 1993]

64

Captulo 2

Qu hay en el interior de las clulas

de un gen, hace pasar la cadena polimrica a travs de una rendija y simultneamente va aadiendo monmeros sucesivos a un transcrito creciente hecho de RNA (seccin 2.2.3). El transcrito tambin se denomina RNA mensajero, o mRNA. En las clulas eucariticas, el mRNA sale del ncleo a travs de poros de la membrana nuclear (vea la figura 2.5) y entra en el citosol. La energa necesaria para hacer funcionar la RNA polimerasa procede de los mismos nucletidos que van siendo aadidos, que llegan en la forma NTP rica en energa (seccin 2.2.1); al incorporar el nucletido en el transcrito creciente, la polimerasa arranca dos de los tres grupos fosfato de cada NTP (figura 2.12). 3. En el citosol, un complejo de dispositivos denominados colectivamente ribosoma, se enlaza con el transcrito y se desplaza a lo largo de l, construyendo sucesivamente un polipptido a partir de las instrucciones codificadas en el transcrito. El ribosoma efecta esta traduccin orquestando el enlace secuencial de molculas de RNA de transferencia (o tRNA) (vea la figura 2.16), cada una de las cuales se enlaza con un triplete particular de monmeros (bases) del transcrito y cada una de las cuales transporta el correspondiente monmero aminocido (residuo) que debe ser aadido a la cadena polipeptdica en formacin (figura 2.24).

amino acil-tRNA sintetasas tRNA subunidades de ribosoma

10 nm

nueva protena

mRNA Figura 2.24: (Dibujo, basado en datos estructurales) La informacin del RNA mensajero es traducida a una secuencia de aminocidos que forman una nueva protena por la accin combinada de una 50 mquinas moleculares. En particular, la amino acil-tRNA sintasa suministra los RNA de transferencia, cargados con aminocidos, a los ribosomas, los cuales construyen las nuevas protenas a medida que van leyendo el RNA mensajero. No se indican algunas protenas auxiliares menores, los factores de iniciacin, elongacin y transcripcin, que ayudan a los ribosomas a llevar a cabo su trabajo. [De Goodsell, 1993]