PRAKTIKAL 6: MENGUKUR DIVERSITI GENETIK

Tujuan

Untuk mengkaji dan mengukur diversiti genetik

TUGASAN

Anda bertugas untuk sebuah agensi pemuliharaan dan berdepan dengan satu krisis : sebuah kawasan dengan enam jenis tanah lembap yang berbeza, yang diketahui hanya tanah bagi dua jenis orkid liar yang sedang dibangunkan menjadi kawasan perindustrian. Organisasi anda hanya mampu membeli dan menjaga empat tanah sahaja. Mana satukah antara keenam-enam tanah yang harus dijaga? Dua daripadanya ialah tanah lembap, tiga lagi adalah paya bersama dengan populasi Pterostylis isozymus. Tiga jenis paya yang lain merupakan satu-satunya populasi yang paling berkait rapat tetapi spesis yang jauh Pterostylis polyzymous tinggal. Anda menghantar sampel daun ke sebuah kolej untuk analisa genetik, dan menerima data seperti di bawah, iaitu di dalam bentuk gel protein elektroforesis untuk satu lokus allozyme yang polimorfik bagi kedua-dua spesis. Lokus tersebut mempunyai dua allel, Cepat dan Perlahan kerana mereka bergerak pada kadar yang berbeza merentasi gel tersebut, di mana allele yang cepat berada di bawah allele yang perlahan.

Langkah 1

Untuk mengukur bagaimana variasi genetik tersebar di antara populasi, frekuensi allele perlu dikenalpasti di dalam setiap populasi. Lokus alozyme mempunyai dua bentuk. Identiti bagi setiap allele di dalam setiap individu ditunjukkan melalui banding pattern yang ada di dalam gel. Sebagai contoh, individu pertama di baris pertama di dalam gel pertama adalah heterozygous, di mana dua allele tersebut adalah berbeza dan diwakili oleh simbol (+) bagi kedua-dua cepat dan perlahan. Sebaliknya, individu di baris kedua ialah homozygous, yang mempunyai satu band mewakili dua allele perlahan.

Tentukan frekuensi allele di dalam setiap populasi bagi allele cepat (p) dan allele perlahan (q) dengan mengira bilangan allele bagi individu di dalam setiap populasi (homozygote mempunyai dua allele yang sama, oleh itu anda perlu mengira + dua kali ganda, dan jumlah bagi allele bagi 15 individu tersebut ialah 2 x 15 = 30. Bahagikan jumlah tersebut dengan jumlah allele yang hadir dai dalam populasi tersebut (sentiasa sama dengan dua kali ganda bilangan individu).

Pterostylis isozymus, 1 Slow Fast 2 3 4 5 6

Populasi 1 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7 8 9 10 11 12 13 14 15 Jum 23 7

Pterostylis isozymus, 1 Slow Fast 2 3 4 5 6

Populasi 2 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7 8 9 10 11 12 13 14 15 Jum 12 18

Pterostylis isozymus, 1 Slow Fast 2 3 4 5 6

Populasi 3 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7 8 9 10 11 12 13 14 15 Jum 4 26

Pterostylis polyzymus, 1 Slow Fast 2 3 4 5 6

Populasi 1 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7 8 9 10 11 12 13 14 15 Jum 12 18

Pterostylis polyzymus, 1 Slow Fast 2 3 4 5 6

Populasi 2 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7 8 9 10 11 12 13 14 15 Jum 14 16

Pterostylis polyzymus, 1 Slow Fast 2 3 4 5 6

Populasi 3 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 7 8 9 10 11 12 13 14 15 Jum 8 22

Langkah 2 Anda perlu mengukur perbezaan genetik diantara populasi tersebut. Biasanya Wrights Fixation Index or Fst digunakan, dari julat 0 yang mewakili tiada perbezaan antara populasi tersebut, meningkat, menandakan kenaikan perbezaan. Untuk menentukan Fst, heterozygousity perlu dikira bagi setiap spesis (Hs), dengan menggandakan 2pq bagi setiap satu populasi dan mengira nilai purata bagi ketiga-tiga populasi untuk setiap spesis.

Frekuensi allele bagi Pterostylis isozymus,

Allele cepat, p Populasi 1 7/30 = 0.23

Allele perlahan, q 23/30 = 0.77

2xpxq 2 (0.23) (0.77) = 0.35 2 (0.6) (0.4) 01 = 0.48 2 (0.87) (0.13) = 0.23

Populasi 2

18/30

0.60

12/30

0.40

Populasi 3

26/30

0.87

4/30

0.13

Purata (Hs) 0.35

Frekuensi allele bagi Pterostylis polyzymus,

Allele cepat, p Populasi 1 18/30 0.60

Allele perlahan, q 12/30 0.40

2xpxq 2 (0.60) (0.40) = 0.48 2 (0.53) (0.47) 01 = 0.50 2 (0.73) (0.27) = 0.23

Populasi 2

16/30

0.53

14/30

0.47

Populasi 3

22/30

0.73

8/30

0.27

Purata (Hs) 0.46

Langkah 3 Kira heterozygosity jika ketiga-tiga populasi meneruskan pembiakan, (Ht). Lakukan kiraan dengan mencari purata bagi p dan q ke atas ketiga-tiga populasi bagi setiap spesis, digandakan dengan 2 x purata p x purata q. Jangkaan frekuensi heterozygote di dalam populasi ini dikatakan mempunyai kawasan pembiakan yang besar dengan tiadanya perbezaan genetik pada tahap populasi biasa.

Jangkaan heterozygosity (Ht) bagi Pterostylis isozymus

Allele cepat, p Populasi 1 Populasi 2 Populasi 3 Purata frekuensi allele 7/30 18/30 26/30 0.23 0.60 0.87 1.70/3 = 0.57

Allele perlahan, q 23/30 12/30 4/30 0.77 0.40 0.13 1.30/3 = 0.43

(Ht) = 2pq = 2 x 0.57 x 0.43 = 0.49

Jangkaan heterozygosity (Ht) bagi Pterostylis polyzymus

Allele cepat, p Populasi 1 Populasi 2 Populasi 3 Purata frekuensi allele (Ht) = 2pq = 2 x 0.62 x 0.38 = 0.47 18/30 16/30 22/30 0.60 0.53 0.73 1.86/3 = 0.62

Allele perlahan, q 23/30 14/30 8/30 0.40 0.47 0.27 1.14/3 = 0.38

Langkah 4 Anda perlu mengira jumlah local, dengan variasi populasi. Frekuensi sisihan bagi heterozygotes di dalam populasi yang berasingan, (Hs) perlu dicari jika mereka adalah dari populasi besar yang sama, (Ht), sertakan indeks jumlah variasi genetik yang ditemui di dalam satu populasi local. Oleh itu, Fst = (Ht - Hs) / Ht, di mana nilai Fst < 0.1 menunjukkan nilai divergen yang besar di dalam populasi (iaitu populasi yang berbeza dari segi genetik antara satu sama lain). Nilai antaranya menunjukkan beberapa divergen genetik.

RUMUSAN

Pterostylis isozymus Fst = (Ht - Hs) / Ht = 0.49 0.35 / 0.49 = 0.29

Fst > 0.1 , menunjukkan divergen yang besar di antara populasi Pterostylis isozymus. Pterostylis polyzymus

Fst = (Ht - Hs) / Ht = 0.47 - 0.46 / 0.47 = 0.02 Fst <0.1 , menunjukkan tiada divergen di antara populasi Pterostylis polyzymus.

Populasi Pterostylis isozymous

adalah lebih divergen daripada populasi

Pterostylis polyzymous. Oleh itu, populasi Pterostylis polyzymous, adalah sama secara genetik antara satu sama lain.

PERBINCANGAN

1. Adakah populasi bagi setiap spesies adalah berbeza antara satu sama lain? Adakah sesuatu spesies mempunyai lebih diversiti antara populasi daripada yang lain? Yang mana satu?

Populasi bagi setiap spesies adalah berbeza antara satu sama lain. Nilai Fst yang besar adalah mengambarkan bahawa kepelbagaiannya adalah tinggi berbanding dengan nilai yang rendah. Nilai Fst yang dikumpul mestilah melebihi 0.1 di mana ia menunjukkan divergen yang besar antara populasi. Berdasarkan data yang telah dikumpul, populasi Pterostylis Isozymus adalah lebih divergent daripada populasi Pterostylis Polyzymus. Nilai Fst bagi Pterostylis Isozymus adalah 0.29 dan manakal bagi Pterostylis Polyzymus pula adalah 0.02.

2. Bagaimanakah anda peruntukkan dana yang terhad bagi pemerolehan tanah lembap? Jelaskan dengan wajar keputusan anda di dalam konteks memelihara jumlah genetik diversiti yang maksimum yang menggambarkan kedua-dua spesies.

Peruntukan dana tersebut perlu digunakan untuk memulihara tanah lembap yang mempunyai diversiti genetik yang tinggi bagi medapatkan populasi yang lebih baik. Berdasarkan data yang telah dikumpul, populasi Pterostylis Isozymus mempunyai kepelbagaian genetik yang lebih banyak berbanding Pterostylis Polyzymus. Oleh itu, keutamaan perlulah diberikan kepada tanah lembap yang mengandungi populasi Pterostylis Isozymus.

3. Apakah pertimbangan selain genetik yang akan mempengaruhi pilihan anda?

Faktor lain yang mempengaruhi pilihan saya ialah faktor spesis terancam. Spesis yang terancam dan yang mempunyai bilangan yang sedikit di dalam persekitaran perlulah dipelihara bagi mengelakkan berlakunya kepupusan terhadap spesis tersebut. Selain itu, saya turut member pertimbangan

terhadap habitat tumbuhan tersebut. Habitat yang mempunyai kualiti yang tinggi iaitu kepelbagaian tumbuhan lain akan menjadi pilihan untuk diambilalih. Hal ini kerana ekosistem yang seimbang dengan pelbagai unsur biotik dan abiotik akan memberi suasana yang sesuai untuk pertumbuhan tumbuhan yang perlu dipelihara. Tahap pencemaran juga perlu diberi perhatian semasa memilih kawasan untuk diambil alih. Tahap pencemaran yang tinggi menandakan kawasan tersebut tidak sesuai untuk pertumbuhan yang optimum. Oleh itu, kawasan yang perlu diambil alih perlulah memiliki tahap pencemaran yang rendah.

4) Ingat kembali matlamat latihan ini adalah untuk mengira kepelbagaian diversiti genetik dan jika boleh membantu dalam membahagikan budjet yang terhad. Perhatikan bahawa kedua-dua alel pada lokus yang ditinjau telah dijumpai pada setiap populasi bagi kedua-dua spesies.

Mengapakah lebih daripada satu spesies dilindungi?

Lebih daripada satu spesis dilindungi adalah sebagai langkah berjaga-jaga supaya sesuatu populasi tidak pupus. Jika hanya satu spesis sahaja yang dilindungi, kebarangkalian bagi spesis lain untuk dilanda penyakit atau diancam oleh perosak lain adalah tinggi. Hal-hal sedemikian akan mengakibatkan satu spesis di suatu habitat menjadi pupus. Populasi dengan variasi genetik yang tinggi menunjukkan bahawa semakin tinggi peluang populasi tersebut untuk hidup. Hal ini kerana spesis lebih berdaya tahan
9

akibat kepelbagaian variasi genetik yang dimiliki. Walau bagaimanapun, sepsis ini perlu dilindungi kerana 5) Melalui pembacaan oleh Eldridge (1998) yang bertajuk Trouble in Paradise, bagaimanakah saintis memaksimakan diversiti genetik bagi pengenalan semula populasi? Mengapakah mereka tidak memilih hanya sejenis haiwan dari pulau tersebut?

Berdasarkan pembacaan yang telah dilakukan, saintis memaksimakan diversiti genetik dengan memilih haiwan daripada pulau yang berbeza. Hal ini kerana haiwan yang terdiri daripada spesis yang sama tetapi berbeza persekitaran (pulau) akan dapat membentuk populasi yang pelbagai. Haiwan daripada satu pulau sahaja akan mempunyai profil identiti yang sama dan seterusnya akan mengalami kekurangan variasi genetik. Oleh itu, apabila menghadapi ancaman penyakit, ia akan mati disebabkan daya tahan bagi spesis yang mempunyai kekurangan variasi genetik adalah rendah.

10

BIBLIOGRAFI

Colby, C. (1996, Januari 07). Retrieved September 14, 2012, from Introduction to Evolutionary Biology . Gan Wan Yeat, C. C. (2003). Sukses Biologi SPM. Selangor Darul Ehsan: Fajar Bakti Sdn. Bhd. Genetic diversity. (2012, Ogos 30). Retrieved September 13, 2012, from Wikipedia: http://en.wikipedia.org/wiki/Genetic_diversity University, I. a. (2003). Measures of genetic. Retrieved September 13, 2012, from http://irc.igd.cornell.edu/MolecularMarkers/04_Measures.pdf

11