La Ciencia y el arte de la navegacin, al finalizar el siglo XVII, haban alcanzado gran auge, en especial la Marina Mercante.

El Conde de Alba de Liste, XVII Virrey del Per, Don Luis Enrquez de Guzmn, primer grande de Espaa por orden del Rey Felipe IV marca el comienzo de la preocupacin de la Corona por establecer de forma racional una ctedra de estudios del mar, enseanzas de Nutica, fundando la Academia Real de Nutica de la Ciudad de los Reyes, el 22 de diciembre de 1657, en el Hospital de Mareantes, Espritu Santo (despus local de la escuela de ingenieros). La Academia Real de Nutica de Lima estuvo, ese mismo ao, bajo la direccin del Piloto Mayor, Cosmgrafo General del Reino, Primer catedrtico de matemticas de la Universidad de San Marcos, Don Francisco Ruiz Lozano, quien realiz gran labor en la conduccin de la Institucin; y el doctor Juan Ramn Koening que actuaba como capelln y que fue sucesor de Ruiz Lozano. As permaneci por un perodo de 52 aos, 1709. Durante su funcionamiento, se dedic a la preparacin de los Oficiales de las naves mercantes. Despus de cerrar sus aulas, la navegacin se torn insegura, ms que todo, por el reducido personal a bordo, y lo que es ms importante, por la falta de preparacin de sus marinos y escasa responsabilidad durante la navegacin. En el ao 1777, el Virrey Guirior, apreciando las continuas desgracias y prdidas ocasionada por los errores cometidos, consider necesaria la apertura de la Academia Real de Nutica de Lima encomendando a Don Jos Moraleda para que redactara su reglamento. Finalizando el mandato, la idea no prosper de inmediato. En 1786 el Virrey Croix, consiente de esta necesidad, encomienda nuevamente a Don Jos Moraleda la presentacin de otro informe sobre la conveniencia de establecer una Escuela pero esta paciente labor se ve nuevamente obstaculizada por el superintendente de Hacienda, Don Jorge Escobedo. Finalmente, se logra su reapertura en 1791, en el local del hospital de mareantes, bajo la conduccin del cosmgrafo Cosme Bueno, mdico de formacin y tambin catedrtico de matemticas en San Marcos. Un ao ms tarde, se traslada al local del Palacio de Gobierno. Se Encontraba ya como Director, Don J. Mendoza, siendo jefes los seores Moraleda Baleto y Eduardo Carrasco. La Academia Real de Nutica de Lima es trasladada, con posterioridad, al local del Hospital del espritu santo. El Virrey Gil de Taboada y Lemas, dispone que en el ao 1794, la Academia Real de Nutica de Lima, contine bajo la conduccin del cosmgrafo Cosme Bueno, la cual a principio del siglo XIX, contaba con slo nueve primeros pilotos, cuarenta segundos pilotos, cinco pilotines y nueve alumnos. Durante el perodo de la Independencia se mantuvo en un funcionamiento irregular. Pero durante el Gobierno del Libertador Don Jos de San Martn, en noviembre de 1821, se establece formalmente la Academia Nutica de Lima. En el 1832 durante el Gobierno de Agustn Gamarra, se incorpora la Academia Nutica de Lima, a la recin formada Escuela Central de Marina (Escuela dirigida por Militares), de esta manera, se le resta la importancia que mereca y ocasiona, en parte, un atraso para la Marina Mercante. Durante el segundo perodo del Gobierno de Gamarra, ya en el ao 1840, se separa de la escuela militar, por Decreto Ley, se establece la reubicacin de la Academia Nutica de Lima en el antiguo local de la Biblioteca Nacional, siendo por entonces el Director, el Cosmgrafo Mayor de la Repblica, Don Eduardo Carrasco, Marino graduado de la academia real de nutica el ao 1794. El Plan de Estudio comprende conocimientos tericos-prcticos. En 1840 se crea una Escuela en la ciudad de Paita, por ser sus habitantes de gran vocacin martima teniendo adems uno de los puertos ms importantes de aquella poca, el 8 de enero de 1843, coexisten ambas escuelas: La Academia Nutica de Lima y la Escuela Nutica de Paita.

A la muerte de Gamarra, surgen problemas polticos y, como consecuencia de esta situacin se inicia una etapa de decadencia en la Marina Mercante. An as, el 8 de enero de 1845, en la Academia Nutica se produce 20 vacantes. Por Decreto del 25 de octubre de 1849, se estableci la Escuela Central de Marina (Escuela Militar naval) para los futuros Oficiales de la Armada y para los Oficiales Nuticos. La Escuela se situaba en Bellavista, Distrito del Callao. Al crearse por decreto del 7 de enero de 1861, el Departamento Martimo Militar de Loreto, se establece en el Captulo IV, la organizacin de una Escuela Nutica, Factoras y otros establecimientos Militares marcando el comienzo de una era de desarrollo y bonanza para esta regin. Esto sucedi durante el primer Gobierno de Ramn Castilla. El 9 de noviembre de 1872 durante el Gobierno de Don Manuel Pardo separan la Academia Nutica de Lima de la Escuela Militar Naval. Por Ley N 252, se reorganizara la Escuela Nutica de Paita a partir del 20 de octubre de 1906, ponindose a cargo de sta, una Direccin Militar como profesores, esta Escuela funcionaba en forma precaria admitiendo nicamente alumnos externos que cumplan su instruccin en cuatro aos. Por esta razn, posteriormente, se dio la Ley N 1509 el 13 de diciembre de 1911, creando una Escuela Nutica en el puerto de Paita, dando al Poder Ejecutivo la organizacin de esta Escuela para que cumplan debidamente el objeto de su creacin. Durante el Gobierno de Don R. Valle Riestra en 1921, la Escuela Nutica pasa a funcionar en el local de la Escuela Militar Naval, siendo an su objetivo la preparacin de pilotos y maquinistas. Los estudios eran de 2 aos de instruccin y 1 de prctica, embarcados en buques Militares o Civiles. Durante el perodo de estudios, los cadetes deban permanecer internos y sujetos al mismo reglamento que los militares como condiciones se requeran ser peruano, mayor de 16 aos, buena conducta, estar vacunado y el haber aprobado el examen mdico. Posteriormente, durante el Gobierno de Don Jos Lus Bustamante y Rivero, se establece la Escuela Nutica en el local de la estacin naval de entrenamiento, en la isla San Lorenzo, bajo la direccin de Militares de la Armada. Contaba para entonces, con doce alumnos que estudiaban por un perodo de cuatro aos y en tres etapas: preparatoria, estudios y profesionales y prcticas a bordo. Al trmino de los estudios se les otorgaba el ttulo de tercer piloto o tercer oficial de la Marina Mercante, nombramientos otorgados por el Ministerio de Marina (Ministerio de Defensa), siendo el Supremo Gobierno quien expeda el despacho de Reserva Naval. Se sufragaban los gastos entre la Corporacin Peruana de Vapores la Ca. Administradora de Guano y Defensa. El 4 de febrero de 1948, se aprob el Reglamento Orgnico de la Escuela Nutica Almirante Miguel Grau, el 22 de junio del mismo ao, fue nombrado director de la Marina Mercante Nacional el Militar, Flix Vargas Prada. Durante el Gobierno del Militar Manuel Odra, un ao ms tarde, y siendo ministro Don Roque A. Saldas, se dict la Resolucin Suprema N 622, por la cual se estableca la Escuela Nutica "Miguel Grau" a bordo del B.A.P. "CELENDON", cuyas labores quedaran suspendidas ms tarde. Al correr de los aos, en 1956, se dispone la iniciacin de las labores de la Escuela Nutica "Miguel Grau". Teniendo en cuenta el progresivo incremento de la Marina Mercante Nacional que exiga mayor nmero de Oficiales Profesionalmente preparados para dirigir las unidades de estas flotas.

La promocin de Oficiales Nuticos, egresados de la Escuela Nutica circunscrita dentro de la Escuela Militar Naval del Per, se produjo el 18 de diciembre de 1958. El 3 de abril del ao siguiente, se crea una Ley Orgnica, por la cual los Oficiales egresados de la Escuela Nutica estaran bajo servicio o permaneceran en la Reserva Naval organizada. Por Resolucin Suprema del 27 de noviembre de 1965, se consider como aspirantes a la Escuela Naval a los cadetes de la Escuela Nutica "Miguel Grau". Al trmino de los estudios, se les otorgaba el ttulo de Alfrez de Fragata de la Reserva Naval. El rgimen de estudios inclua el perodo de un ao de prcticas en los buques de la Marina Mercante Nacional y un servicio de 6 aos a la Marina Militar del Per. La instruccin general se imparta en tres aos acadmicos, como Cadetes Nuticos, y en un ao, en calidad de embarcados, como Pilotines, en unidades auxiliares de la Armada Nacional, pudiendo seguir las especialidades de Cubierta o Ingeniera. Los perodos de estudios se distribuan: durante el primer ao la instruccin bsica; en el segundo y tercer ao, la instruccin profesional, de acuerdo a la especialidad durante el cuarto ao las prcticas en calidad de embarcado. Al finalizar los estudios, egresaban con los ttulos de Oficial de Reserva Naval y podan ser Tercer Piloto, en la especialidad de Cubierta o, en su defecto, Tercer Maquinista, en el caso de Ingeniera. Solan igualmente, prestar sus servicios como contratados, de acuerdo a las necesidades de la Armada Nacional. Ya en 1967, se convoca a concurso a los residentes de otros departamentos, concurriendo postulantes de Tumbes, Iquitos y Piura. Modificase tambin el ttulo de los Cadetes Nuticos egresados de la especialidad de Ingeniera por el de Tercer Ingeniero. Dadas las constantes irregularidades por las cuales la Marina Mercante se encontraba postergada, en el ao 1970, se crea la Escuela Nacional de Marina Mercante "Almirante Miguel Grau", por Decreto Ley N 18711, del 29 de diciembre de 1970. Con el constante crecimiento de la Flota Mercante, en base a sus modernas unidades, se requiere personal idneo para que opere dichas maquinarias por consiguiente la Escuela Nutica es encargada de la capacitacin y formacin Profesional del personal, que debe operar los medios de transporte acutico, de acuerdo a la directiva del Ministerio de Transportes y Comunicaciones, en coordinacin con el Ministerio de Defensa. Por esta causa, se constituye como persona jurdica de derecho pblico interno, con personera jurdica y autonoma administrativa y econmica, sujeta en su accin a la poltica general que establece el Ministerio de Transportes y Comunicaciones de conformidad con los planes del sector. As qued derogado el Decreto Supremo N 3 del 8 de enero de 1948. La Escuela funcion desde sus inicios hasta el mes de julio de 1975, en el local de la Compaa Peruana de Vapores, situada en Chucuito, luego pas provisionalmente a la Casona situada en La Punta hasta inicios del ao1978, actualmente la Escuela cuenta con una infraestructura propia en la que funciona las oficinas administrativas, acadmicas, de disciplina y aulas con laboratorios, en Chucuito. Actualmente la ENAMM (Escuela Nacional de Marina Mercante), cuenta con 41 promociones.