Lo primero que hacemos es ingresar al cmd, ubicarnos en nuestra memoria (en mi caso G:), y escribir el siguiente comando Attrib

/d /s -r -h -s *.*

Attrib: Para visualizar o modificar atributos /d: Para poder procesar carpetas /s: Para poder procesar subcarpetas -r: Quitar atributos de solo lectura -h: Quitar atributos de oculto -s: Quitar atributos de sistema *.*: Para archivos de cualquier nombre, con cualquier extension

Y ahora si en mi flash ya aparecen todas las carpetas que tenia, y los virus (DrivesGuideInfo en mi caso, en otros puede variar)