OsiriX es un programa de cdigo abierto escrito por Antoine Rosset, M.D.

, que transforma un Apple Macintosh en una estacin de trabajo PACS DICOM para procesar y visualizar imgenes mdicas. OsiriX esta distribuido bajo licencia GNU General Public License y su cdigo esta disponible para todos.
Contenido
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1 Introduccin 2 OsiriX cmo? 3 Referencia de los menus OsiriX 4 Enlaces externos

[editar]Introduccin 1. Acerca de OsiriX 2. Especificaciones de OsiriX 3. Requerimientos de sistema para correr OsiriX 4. Bajar e instalar OsiriX [editar]OsiriX

cmo?

1. Importar imgenes DICOM dentro de OsiriX 2. Configurar ventanas OsiriX 3. Abrir varias series a la vez 4. Ver varias series a la vez 5. Administrar una base de datos OsiriX local 6. Fusionar imgenes 7. Abrir imgenes que no sean DICOM y peliculas 8. Exportar imgenes DICOM 9. Utilizar el visualizador 4-D 10. Reconstruccin multi-planar (MPR) 11. Reconstruccin 3-D 12. Utilizar OsiriX como una estacin PACS 13. Utilizar 2-D thick slabs 14. Combinaciones de teclas 15. Acelerar OsiriX 16. Utilizar Plugins de OsiriX [editar]Referencia

de los menus OsiriX

1. OsiriX 2. File 3. Edit 4. Format 5. 2D Viewer 6. 3D Viewer 7. ROI 8. Plugins 9. Window 10. Help 11. OsiriX es un programa de manejo de imagen dedicado a imgenes DICOM (".dcm" / extensin ".DCM") creadas por equipos mdicos (MRI, CT, PET, PET-CT, ...) y microscopio confocal (formatos LSM y BioRAD-PIC). Puede leer igualmente varios formatos de archivos : TIFF (8,16, 32 bits), JPEG, PDF, AVI, MPEG y Quicktime. Es totalmente compatible con el estndar DICOM para comunicacin y archivo de imagen. OsiriX es capaz de recibir imgenes transferidas mediante el protocolo de comunicacin DICOM desde cualquier PACS o modalidad de imagen mdica (STORE SCP - Service Class Provider, STORE SCU - Service Class User, y Query/Retrieve) . 12. OsiriX fue diseado especificamente para la navegacin y visualizacin de imgenes multimodalidad y multidimensionales: Visualizador 2D, Visualizador 3D, Visualizador 4D (series 3D con dimensin temporal, por ejemplo: Cardiac-CT) y Visualizador 5D (series 3D con dimensiones temporal y funcional, por ejemplo: Cardio-PET-CT). El visualizador 3D permite todos los modos modernos de renderizacin: Reconstruccin multiplanar (MPR), Renderizacin de Superficie, Renderizacain de Volumen y Proyeccin de Intensidad Mxima (MIP). Todos estos modos aceptan datos 4D y pueden producir una fusin de imgenes entre dos series diferentes (por ejemplo: PET-CT). 13. Osirix es a su vez una estacin PACS DICOM de visualizacin y renderizacin de imagen mdica para bsqueda cientfica mdica (radiologa y imaginologa nuclear), imagenologa funcional, imagenologa 3D, microscopio confocal y imagenologa molecular. 14. Osirix esta construido segn una arquitectura integralmente expandible por plug-ins que permite aumentar las funcionalidades de OsiriX para tus requerimientos personales! Esta arquitectura de plug-ins te da acceso al poderoso entorno de interfaces Cocoa con el lenguaje fcil, orientado objeto y dinmico Objective-C.

Funcionalidades del programa al da de hoy

Soporte de archivos DICOM * Leer y escribir todo tipo de archivos DICOM cuadros) * Leer y visualizar el nuevo formato MRI/CT multi-cuadro (grupo 5200) * JPEG Lossy, JPEG Lossless, JPEG2000, RLE * Monochrome1, Monochrome2, RGB, YBR, Planar, Paletas, ... * Soporte de pxeles de tamao no cuadrado. (mono-cuadro, multi-

* 8, 12, 16 bits. * Escribir archivos DICOM 'SC' (captura secundaria) desde cualquier reconstruccin 2D/3D. * Leer y visualizar todos los meta-datos del encabezado DICOM * Leer y escribir DICOM CD/DVD (soporte DICOMDIR) * Exportar archivos DICOM a TIFF, JPEG, Quicktime, RAW, DICOM, PACS soporte de red DICOM * Usuario de servicios de almacenamiento (STORE-SCU, DICOM Send) * Proveedor de almacenamiento (STORE-SCP, DICOM Listener) * Usuario de servicio consultar/recibir estudio desde un servidor PACS) Soporte de archivos No-DICOM * Archivos LSM de Zeiss (8, 16, 32 bits) (Microscopa Confocal) * Archivos BioRadPIC (8, 16, 32 bits) (Microscopa Confocal) * TIFF (8, 12, 16, 32 bits) * ANALYZE (8, 12, 16, 32 bits) * PNG, JPEG, PDF (multi-pginas), Quicktime, AVI, MPEG, MPEG4 Visualizador 2D * Barra de herramientas configurable * Interpolacin Bicbica * Corte compuesto para CT multi-cortes y MRI (Mean, MIP, Rendereo de Volumen) * ROIs (Regiones de Inters): Polgonos, Crculos, Pen, Rectangulos, Punto, ... * Raton con botones multipes y rueda soportados * CLUT modificables (Tablas de conversin a espectro colorido) * Filtros de convolucin 3x3 and 5x5 modificables (filtros para hueso, ...) * 4D Viewer for Cardiac-CT and other temporal series * fusin de imagen para estudios PET-CT con porcentaje de ajuste de fusin modificable * Substraccin de imagen para XA * Soporte con plugins de funcionalidades externas (Query and Retrieve de un

Post-Proceso 3D * MPR (Reconstruccin Multiplanar) con Corte Compuesto (Mean, MIP, Renderizacion de Volumen) * MIP (Proyeccin de Intensidad Mxima) * Renderizacion de Volumem * Renderizacion de Superficie * Visin Estreo con lentes Rojo/Azul * Exportar cualquier imagen 3D a Quicktime, Quicktime VR, TIFF, JPEG * Todas las ventanas 3D soportan 'Fusin de Imagen' para examenes PETCT y 'modo 4D' para CT-Cardiaco. Optimizacin * extra potenciado por Altivec (Motor Vectorial) (hasta 8-10 veces ms rpido) * optimizado para G5 (para las mejores performancias con procesadores G5) * Multi-tarea * Lectura Asincrnica * Puede utilizar Multiples procesadores si estn disponibles. * Basado sobre la biblioteca vImage (Altivec & Multi-Tarea) * OpenGL para ventanas 2D y todas ventanas 3D * Acceleracin por procesador grfico de la tarjeta vdeo * X-Grid (Posibilidad de compartir tareas entre varias computadoras) Evolucin & Busqueda cientfica * OsiriX tiene una arquitectura dinmica integralmente extensible con plugins * Se accede a los pxeles directamente en formato 32-bits float para las imgenes en escalas de grises o en formato ARGB para las imgenes color * Es posible crear y modificar ventanas * Es posible acceder a todo el framework Cocoa * Es posible crear y modificar ventanas OpenGL * Ms rpido que IDL, Ms fcil que ImageJ ! Basado sobre componentes de Cdigo Abierto

* Cocoa (OpenStep, GNUStep, NextStep) * VTK (Visualization Toolkit) * ITK (Insight Toolkit) * PixelMed (David Clunie) * Papyrus 3.0 (Digital Imaging Unit) * DICOM Offis * OpenGL * XML-Expat * LibTIFF * Jasper * LibJPEG Arquitectura Open-Source MacOS X 10.3 o ms alto. (Usted necesita 10.3 porque utilizamos la biblioteca vImage.) Una computadora G3, G4 o G5 Macintosh (G5 altamente recomendado para 3D!)

Para obtener el mejor funcionamiento: 512MB de RAM si usted planea abrir ms de 300 imgenes (CT y MRI clsicos). 1GB de RAM si usted planea abrir ms de 800 imgenes (multi-corte CT, PET-CT). 2GB de RAM si usted planea abrir ms de 1500 imgenes (multi-corte PET-CT). 4GB de RAM si usted planea abrir ms de 3000 imgenes (CT cardiaco con el visualizador 4D).

OsiriX cmo?

Importar imgenes DICOM adentro de OsiriX

Hay dos maneras de importar imgenes DICOM adentro de OsiriX: 1) Va red: Si usted trabaja en un entorno con PACS, es la forma ms fcil de importar imgenes DICOM adentro de OsiriX. OsiriX es un DICOM Listener. Significa que puede quedar escuchando un puerto ethernet y recibir pasivamente (sin interaccin del usuario) imgenes DICOM. Las imgenes estn mandadas desde una estacin de trabajo PACS hacia una computadora Mac con OsiriX corriendo. OsiriX y la estacin de trabajo PACS precisan ser previamente configuradas : Asignar un titulo AET y un nmero de puerto a OsiriX en el panel de preferencias Preferences. Despus pedir a su simptico administrador de PACS de configurar el PACS. El "DICOM Listener" funciona slo si OsiriX esta activo! Archivo:OsiriXListenerSetup2.jpg panel Preferences para configurar el DICOM Listener

2) Va media local: si usted tiene archivos DICOM adentro de su disco duro, o tiene un CD-Rom DICOM, basta con tan solo cliquear sobre el botn Import de la ventana Local database. Despus, usted esta invitado a seleccionar o archivos o carpetas de archivos DICOM. Varios archivos y/o carpetas se seleccionan a la vez cuando usted mantiene la tecla "shift" apretada y cliquea cada uno de los items. Es tambin posible arrastrar-soltar (drag-and-drop) archivos diretamente desde el escritorio hacia la ventana Local Database.

Configurar ventanas OsiriX

OsiriX brinda muchas funcionalidades y a veces se revela cmodo ajustar el interface grfico (GUI) para un uso especfico. Todas las ventanas de OsiriX son ajustables. Se puede modificar la ocurencia o no de las herramientas en la barra. Seleccionar Customize Toolbar desde los menues 2D Viewer o 3D Viewer". Usted puede tambin cliquear directamente en la barra de herramienta mientras apreta la tecla ctrl. El panel de ajuste Customize se abrir. Pues sencillamente arrastre y suelte drag-and-drop cualquiera herramienta desde este panel haca la barr a de herramientas.

Administrar una base de datos OsiriX local

Dos conceptos acerca de su base de datos local son importantes de entender: 1. Si usted recibe imgenes con el "DICOM listener", ellas estn almacenadas dentro de la carpeta DATABASE, ubicada adentro de la carpeta OsiriX Data en su carpeta Documents. OsiriX administra estos archivos. Lo que implica que si usted los borra desde la ventana Local Database, Osirix va a borrar estos archivos definitivamente.

2. Si usted importa sus archivos con el botn Import o desde la lnea de menu, OsiriX puede o registrar un vnculo hacia estos archivos o copiar ellos adentro de la carpeta DATABASE. Esto significa que si usted borra estos archivos desde la ventana Local Database, OsiriX va o borrar los vnculos a estos archivos o borrar los archivos from la carpeta DATABASE. OsiriX conserva la informacin de todas las imgenes en el archivo DATA.DAT. Este archivo se encuentra en la carpeta OsiriX Data. Este archivo puede ser borrado. No contiene datos importantes, pero solo vnculos hacia archivos DICOM. Usted puede reconstruir la base de datos en todos momentos. Esto va a borrar el archivo DATA.DAT y reconstruir uno nuevo. Sencillamente selecciona Rebuild Database desde el menu File. Esta funcin va a escanear otra vez todos los archivos listados en la ventana Local Database, borrar de la lista todas las referencias a archivos no disponibles y agregar todos los archivos disponibles en la carpeta DATABASE (que fueron recibidos desde el PACS a tra vs de la red). Usted puede cambiar el comportamiento de la base de datos desde el panel de "Preferences".

DATABASE carpeta que contiene los archivos DICOM locales. INCOMING carpeta que contiene archivos temporarios recibidos por el "DICOM listener". TEMP carpeta que contiene archivos durante las operaciones de conversin. El contenido de esta carpeta esta borrado cuando usted sale de OsiriX. ROIs carpeta que almacena los ROIs (regiones de inters) de las imgenes DICOM.

Fusionar imgenes
OsiriX sabe fusionar imgenes. Usted puede superponer cualquier serie sobre cualquier otro : solamente abrir los 2 series a superponer y luego arrastrar soltar drag-and-drop el icono de titulo de ventana de un serie arriba la otra ventana:

El icono de ventana esta ubicado a la izquiera del nombre de ventana

Fusin entre series CT y PET. Usted puede controlar la intensidad de fusin con el cursor Fusion Percentage de la barra de herramientas. Si cierre uno de los dos series, la fusin parar. Si usted modifica el primer serie (CLUT, zoom,rotacin, ...), las modificaciones estarn tambin aplicadas al segundo serie. la fusin de imgenes esta disponible tambin para reconstrucciones 2D y 3D, lo que implica que usted puede aprovechar de la fusin de imgenes en conjunto con MPR, rendereo de volumen, etc...

Fusin de imgenes en la ventana 3D MPR

Fusin de imgenes en la ventana 3D MIP

Abrir imgenes que no sean DICOM y peliculas

OsiriX acepta imgenes y pelculas no DICOM. Significa que usted puede manejar cualquier imagen o secuencia de imgenes con OsiriX como si fuesen imgenes DICOM. Usted puede reexportar ellas como TIFF o en formatos Quicktime

una pelcula Quicktime abierta en OsiriX

Exportar imgenes DICOM

Con OsiriX usted puede exportar sus imgenes DICOM como TIFF, JPEG, RAW, imagen DICOM o como una secuencia Quicktime. Le permite capturar unas imgenes seleccionadas en un formato que podr llevar dentro, por ejemplo, de presentaciones PowerPoint o Keynote, o importar dentro de un documento Microsoft Word. Para exportar una nica imagen, usted puede o "apple-copiarla" (Comando-C) para copiarla al "Clipboard", o seleccionar Export desde el menu 2D Viewer. La linea de menu Export abre un submenu que permite especificar el formato particular (TIFF, JPEG etc.). Con las preferencias por defecto, OsiriX exportar la imagen como aparece en pantalla-- mismos tamao, zoom, rotacin, mismos centro y ancho de ventana, etc. Usted puede encontrar el tamao exacto de la imagen en el ngulo superior izquierdo de la ventana:

El tamao de la imagen exportada ser de 1266 x 709 El mismo principio rige las secuencias de imgenes. Seleccionar Export to Quicktime desde el submenu Export, o cliquear sobre el botn Quicktime de la barra de herramientas. Con "Export to Quicktime", usted puede exportar la fusin de imgenes de la ventana "4D viewer", en caso que estos modos esten activados:

Seleccionar cual 'dimensin' usted quiere exportar Usted puede cambiar tambin el modo de compresin y la velocidad de la secuencia. Recomandamos la compresin JPEG para obtener mejor calidad.

Modificar el modo de compresin y la velocidad de secuencia (cuadros por segundo) Las preferencias suelen ser modificadas para que cuando una imagen esta exportada, dicha imagen guarde su tamao original. Esta opcin se encuentra en la seccin "Viewers" del panel dePreferences... (menu OsiriX). Si esta opcin esta abilitada, entoncs una matriz de CT 512 por 512 ser exportada como una imagen 512 por 512. Adems, solamente la imagen esta exportada, sin los carcteres como por ejemplo el nombre del paciente. Es frecuentemente la eleccin correcta para capturar imgenes para presentaciones.

Utilizar el visualizador 4-D

OsiriX brinda un visualizador 4D. Usted puede cargar varios series de un estudio que esta capturado en forma dinmica. Por ejemplo, series reconstruidas multifase desde un cardio CT pueden estar cargadas para revisarlas en modo CINE. Sencillamente selecciona todos los series

desde la ventana de Local Database y luego cliquea 4D viewer. Todos series estarn cargados en una misma ventana. Usted puede navegar y revisar en una forma 'dinmica' cuando usted usa la funcin 4D player desde la barra de herramientas. Seleccionar varios series y luego cliquear sobre el icono 4D viewer.

La funcin 4D player desde la barra de herramientas'

La funcin 4D player esta disponible igualmente en la ventana de reconstruccin MPR.

Reconstruccin multi-planar (MPR)

OsiriX brinda 2 modos diferentes de MPR: un modo clsico MPR 2D y un visualizador MPR 3D ortogonal. a) MPR 2D clsico

La ventana MPR 2D Este visualizador MPR 2D permite crear un corte MPR en cualquier posicin del volumen 3D: Ubica su punto de inters dentro de la vista A. Desplazar el centro de las lneas cliqueando/arrastrando el cuadrito rojo. Luego cambiar la rotacin del corte cliqueando en la lnea azul o la roja (rotacin X y Y). La lnea azul corresponde a la imagen del corte final (vista C) y la lnea roja corresponde a la vista perpendicular (vista B) de la vista A. (Este modo MPR requiere mucha potencia de microprocesador. No puede preprocesar imgenes y todas imgenes estn rendereadas con interpolacin cubica.)

b) MPR ortogonal 3D

3D orthogonal MPR mode Este modo le permite presentar representacin 3D del volumen con cortes MPR 3D ortogonales. Usted puede cambiar la posicin de los cortes ortogonales usando los 3 cursores situados en la barra de herramientas :

Posiciones de cortes ortogonales Esconder o mostrar cortes cliqueando adentro de los cuadritos "check boxes".

Reconstruccin 3-D
OsiriX tiene 3 modulos de reconstruccin 3D:

1) Proyeccin de Intensidad Mxima (MIP)

Reconstruccin 3D MIP Esta reconstruccin usa una tcnica de ray-tracing para identificar cual pixel tiene la intensidad mxima en cada rayo. Esta tcnica es prctica para el rendereo 3D de MRIs o CTs, y CTs de huesos.

2) Rendereo de Volumen

Rendereo de volumen 3D Esta reconstruccin usa una tcnica de ray-tracing para aplicar tranparencia/opacidad a cada pxel dependiendo de su posicin y de su intensidad. Esta tcnica produce buenas imgenes de tejidos blandos para MRI y CT. Es de hecho la tcnica 3D ms usada y producir las mejores imgenes en varias esituaciones.

3) Rendereo de Superficie

Rendereo de Superficie 3D Esta reconstruccin produce superficies basados en curvas de intensidad iso -contour definidas por el usuario. Esta tcnica es til para endoscopia virtual y CTs de huesos. El usuario puede definir 2 tipos de superficies a renderear.

Utilizar OsiriX como una estacin PACS

SI ! Usted puede usar OsiriX como una estacin de PACS ! No necesita comprar costosas licencias de estaciones PACS ! Ahorra su dinero y compra en lugar de licencias una computadora Macintosh ! Basta configurar sus modalidades DICOM para que manden automaticamente los estudios a su computadora OsiriX : configurar el titulo AET y nmero de puerto en OsiriX (ver Importar imgenes DICOM adentro de OsiriX).

Utilizar 2-D thick slabs

OsiriX soporta un mode cortes compuestos "2D thick slab" en el visualizador 2D. Este modo es muy interesante si usted trabaja con CT multi-cortes. Va a facilitar una navegacin ms fluida a travs de series gigantescos. El modo "Thick slab" esta controlado desde la barra de herramientas:

Controlador Thick Slab Tres modos son disponibles: Mean: todos los cortes son sumados y el valor mediano esta computado. Maximum Intensity: El valor mximo de todos los pixeles de misma ubicacin esta guardado . Minimum Intensity: El valor mnimo de todos los pixeles de misma ubicacin esta guardado.

Usted controla el nmero de cortes por grupo con el cursor. Usted puede ver la informacin relativa al "thick slab" en el ngulo inferior izquierdo de la ventana:

Las imgenes 1 a 9 estn presentadas agrupadas, y el espesor total es de 27 mm.

Combinaciones de teclas
Las funcionalidades a continuacin ayudan una rpida y eficaz interpretacin de las imgenes: ajuste de centro y ancho de ventana traslacin zoom rotacin navegacin dentro de los series medidas regiones de inters

Los pequeos iconos siguientes en la barra de herramientas representan estas funciones basicas:

Para usar estas funciones, solo cliquear el icono correspondiente. Para ahorrar tiempo, usted puede tambin teclar una de las siguientes combinacin de teclas y/o ratn: a) Rton + tecla Usted puede cambiar la funcion actual de su ratn usando las combinaciones siguientes: Option + Click = ajuste del centro/ancho de ventana Apple + Click = Traslacin Ctrl + Click = Zoom Apple + Option + Click = Rotacin

b) Rton con 3 botones + rueda Recomandamos que usted use un rton multibotones con rueda. Usted podr navegar en forma ms eficiente que con el uso de un ratn con un solo botn.

botn izquierdo = funcin actualmente seleccionada Right button = zoom Wheel = navegacin adentro de los series

c) Jog-wheel OsiriX es compatible con estos nuevos "jog-wheel" devices de Contour Design (http://www.contourdesign.com/ ). OsiriX sabe aprovechar a lo mximo estos equipos para navegar rpidamente en 5 dimensiones.

Acelerar OsiriX
OsiriX tiene dos limitantes: memoria y potencia del procesador. 1) Memoria: OsiriX requiere mucha memoria si usted intenta abrir muchas imgenes a la vez! Si OsiriX no tiene suficientemente memoria, Mac OS X va a crear memoria adiciona en modo memoria virtual (VM) : va a utilizar su disco duro como memoria... Pero la VM es aproximamente 1000 veces ms lenta que la RAM!! Usted ver el problema... A continuacin viene la formula para calcular la cantidad de memoria que precisa exclusivamente para las imgenes de Osirix: usted tiene que definir la cantidad de imgenes que quiere revisar y trabajar en una misma sesin, y luego hacer el clculo siguiente: Memoria necesaria = Alto X Ancho X Nmero de imgenes x 4 / 1048576 Por ejemplo: 512 x 512 x 100 x 4 / 1048576 = 100 MB de RAM para 100 imgenes CT Eso significa que necesitar como mnimo 100 MB de RAM solamente para sus 100 imgenes CT. Mac OS X precisa adems 256 MB para trabajar "normalmente. Entoncs, usted precisar como mnimo 256 + 100 MB = 356 MB para evitar el modo de memoria virtual. 2) Potencia del procesador: OsiriX precisa una alta capacidad de procesamiento para las reconstrucciones 3D: MIP y Rendereo de Volumen. OsiriX es una aplicacin multitarea que es capaz aprovechar cada uno de los procesadores disponibles en su computadora. Si usted quiere la mejor performance, le conviene comprar un G5 biprocesador! Otra solucin consista en organizar un "cluster" de computadoras con la Apple X-Grid /tecnologa MPI. Abrir y instalar el paquete. Usted necesita despus instalar el plugin OsiriX plugin: copiarlo en la carpeta Plug-ins de la carpeta Xgrid ubicada en su carpeta "Library". Ms informacin acerca de esta tecnologa vendr en las prximas versiones.

Otra solucin consiste en el uso de la tarjeta grfica PCI VolumePRO de TeraRecon. Esta solucin esta actualmente en fase de testeo para hacer que OsiriX corra ms veloz que una estacin Vitrea3D ! Todas reconstrucciones 3D en OsiriX estn basadas en VTK, y VTK soporta 100% la tarjeta grfica VolumePRO...

Utilizar Plugins de OsiriX

Los plug-ins actualmente disponibles a esta direccin incluyen: Filtros de Imagen Invert & Web browser Duplicate Fill Gaps T2 Fit Map

Herramientas de regiones de inters ROI Enhancement ROI Creation Ejection Fraction Calculation Pixel Normalization

Filtros de Fusion CT Angio Subtraction Ratio T2 Map

Otros Filtros OpenGL