Beberapa alasan mengapa mikroorganisme penting dalam bahan makanan:

Adanya mikroorganisme, terutama jumlah dan macamnya, dapat menentukan taraf mutu bahan makanan Dapat mengakibatkan kerusakan bahan pangan. Beberapa di antaranya digunakan untuk membuat produk-produk pangan khusus. Mikroorganisme digunakan sebagai makanan atau makanan tambahan bagi manusia dan hewan. Beberapa penyakit dapat berasal dari makanan.

Bahan makanan merupakan medium yang baik bagi pertumbuhan mikroorganisme (7oC 60oC). Mikroorganisme menyebabkan terjadinya perubahan penampilan, rasa, bau, serta sifatsifat lain pada bahan makanan.

Proses penguraian bahan pangan dapat digambarkan sebagai berikut:

Bahan pangan berprotein + Mikroorganisme proteolitik Asam amino + Amin + Hidrogen sulfida Bahan pangan berkarbohidrat + Mikroorganisme peragi karbohidrat Asam + Alkohol Bahan pangan berlemak + Mikroorganisme lipolitik Asam lemak + gliserol

Produk susu fermentasi

Mikroorganisme utama yang melakukan fermentasi dan perubahan yang dihasilkannya

Produk Fermentasi Rum masam yang dibiaki mikroorganisme Susu Bulgaria Susu asidofilus Yoghurt

Streptococcus, Leuconostoc (asam dan

rasa/aroma)

Lactobacillus bulgaricus (asam dan

rasa/aroma)

Lactobacillus acidophilus (Asam) Streptococcus thermophilus, Lactobacillus bulgaricus (asam dan rasa/aroma)

Kefir
Koumiss

Streptococcus lactis, Lactobacillus bulgaricus

dan ragi (asam dan rasa/aroma) dan ragi (asam dan rasa/aroma)

Streptococcus lactis, Lactobacillus bulgaricus

Beberapa produk fermentasi non susu

Bahan makanan hasil fermentasi Bahan asal
Irisan kubis

Mikroorganisme yang berperan

Tahap awal:

Sauerkraut

Enterobacter cloacae Erwinia herbicola

Tahap intermediet: Tahap akhir:

Leuconostoc mesentroides Lactobacillus plantarum

Acar Ketimun Tahap awal:

Leuconostoc mesentroides Streptococcus faecalis Pediococcus cerevisiae

Tahap lanjut:

Lactobacillus brevis Lactobacillus plantarum

Buah zaitun hijau Buah zaitun

Tahap awal:

Leuconostoc mesentroides
Tahap intermediet: Tahap akhir:

Lactobacillus plantarum Lactobacillus brevis Lactobacillus plantarum

Sosis Daging

Pediococcus cerevisiae Micrococcus sp.

Meningkatnya populasi penduduk dunia dan penyempitan lahan pertanian, dapat menimbulkan krisis pangan. Para ilmuan berjuang untuk mengembangkan cara-cara untuk menghasilkan protein dari sumber baru, termasuk mikroorganisme.

Sebagian besar bahan makanan akan segera dirombak atau dirusak oleh mikroorganisme, kecuali bila diawetkan. Beberapa metode pengawetan:
Pengananan aseptik Penyingkiran mikroorganisme Suhu tinggi Suhu rendah Dehidrasi Pengasinan Bahan kimia Radiasi

Mikrobiologi industri adalah pertumbuhan mikroorganisme dalam jumlah besar di bawah keadaan terkendali, yang bertujuan untuk menghasilkan produk yang bernilai ekonomi dan bermanfaat. Salah satu penggunaan besar-besaran mikroorganisme di bawah kondisi yang terkendali, ialah pembuatan aseton dan butanol selama perang dunia I.

Perkembangan mikrobiologi industri menjadi terpacu selama berlangsungnya perang dunia II, ketika orang Inggris dan Amerika Serikat mulai berusaha mati-matian untuk menghasilkan obat ajaib penisilin. Beberapa aspek penting dalam mikrobiologi industri meliputi pengendalian mikroorganisme yang merusak bahan makanan, kayu, bahan pakaian, dan bahanbahan lain, serta penggunaan mikroorganisme secara luas untuk menguji kadar produk-produk seperti antibiotik, vitamin dan asam amino.

Beberapa prasyarat yang perlu dipenuhi bagi suatu proses mikrobiologi industri supaya mudah dilakukan dan ekonomis:
Mikroorganisme yang akan dipakai harus dapat menghasilkan produk yang dikehendaki dalam jumlah yang cukup banyak. Medium/ substrat yang digunakan harus murah dan tersedia dalam jumlah yang cukup. Mikroorganisme yang digunakan harus aman.

Mikroorganisme juga dapat digunakan dalam proses bioremediasi, dikarenakan mikroorganisme memiliki kemampuan metabolisme yang luas. Proses penggunaan mikroorganisme lebih menguntungkan dibandingkan dengan menggunakan cara fisik, kimia ataupun menggunakan tumbuhan. Beberapa metode bioremediasi antara lain:
Landfarming Pengomposan Lumpur aktif