DOCUWEB FABIS Dot.

Nm 0702006

Cmo hacer paso a paso un Anlisis de Supervivencia con SPSS para Windows.
Aguayo Canela M, Lora Monge E Servicio de Medicina Interna. Hospital Universitario Virgen Macarena. Sevilla

Resumen
Se describe, en el programa SPSS para Windows, los procedimientos para llevar a cabo un anlisis de supervivencia con el mtodo de Kaplan-Meier, construir grficas de supervivencia y compararlas mediante el test del Log-Rank.

0. Introduccin terica.
Para realizar un estudio de este tipo es necesario definir la fecha de comienzo y la fecha de finalizacin del seguimiento, con la que se calcularn posteriormente los tiempos de supervivencia de los pacientes. As, dependiendo del tipo de estudio y diseo, la fecha de comienzo del seguimiento suele ser la del diagnstico de enfermedad, ingreso en el hospital, inicio de tratamiento, etc. La fecha de finalizacin est predeterminada por el investigador dependiendo del tipo de datos analizados. Durante este perodo de tiempo, el seguimiento de los pacientes es individual, pudiendo ocurrir que ste fallezca, contine con vida en la fecha de finalizacin del estudio o se pierda el contacto con l en un instante determinado. Las dos ltimas situaciones representan lo que se denominan datos censurados. El tiempo de supervivencia se define entonces como el transcurrido desde la fecha de comienzo del seguimiento hasta la fecha de ltimo contacto con el paciente, bien por haber fallecido bien por haber sido censurado. Existen distintos procedimientos que permiten estimar curvas de supervivencia, aunque quizs uno de los ms populares en la investigacin clnica sea el mtodo de Kaplan-Meier. Es un mtodo no paramtrico, con muy pocas restricciones; de hecho, lo nico que supone es que los sujetos censurados se habran comportado del mismo modo que los seguidos hasta que se produjo el evento (lo que se conoce por censura no informativa). Para aplicar este mtodo se ordenan de menor a mayor todos los tiempos de supervivencia observados, anotando para cada uno de ellos el nmero de muertes y censuras producidas. Para cada periodo de tiempo se calcula la probabilidad de sobrevivir, y la funcin de Kaplan-Meier es la probabilidad de supervivencia individual acumulada a lo largo del tiempo. Como veremos enseguida, estos pasos los hace automticamente el programa estadstico.

Correspondencia: marianoaguayo@telefonica.net

1 de 11

Aguayo Canela, Mariano

DocuWeb fabis.org

Trabajaremos con una base de datos (Anexo 1) que recoge informacin sobre 56 pacientes con cncer colorectal, incluidos en el seguimiento (fecha de entrada o inicial) en el momento de ser sometidos a radioterapia pre-operatoria, y seguidos hasta su fallecimiento.

1. Pasos a dar para obtener una curva de supervivencia por el mtodo de Kaplan-Meier.
1.1. En la tabla de datos es necesario disponer, al menos, de dos variables: El tiempo de seguimiento (que puede ser a su vez una variable calculada como la diferencia entre dos fechas, la de ingreso y la de finalizacin, que sern diferentes en cada individuo). Es una variable cuantitativa y estar expresada en das, meses, aos, etc. El estado del paciente al final del seguimiento. Es una variable categrica dicotmica, soliendo asignarse la categora 1 a quienes tuvieron el evento evaluado (muerte, recada, etc.) y la categora 0 a los llamados casos censurados, ya sea porque se perdieron durante el seguimiento o porque no haban tenido el evento final al culminar el estudio.

Por tanto, lo primero que haremos ser comprobar que estas dos variables con sus correspondientes escalas (escala y nominal en el programa SPSS) estn as definidas en la base de datos. Es tambin muy importante comprobar cmo est codificada la variable estado del paciente y confirmar con qu cdigo se identifica a los sujetos que tuvieron el desenlace final evaluado, puesto que el programa nos lo va a pedir. 1.2. Para llevar a cabo el procedimiento, en la opcin Analizar elegimos Supervivencia y luego Kaplan-Meier Cuando se abre la nueva ventana de dilogo, debemos seleccionar la variable que mide el tiempo de seguimiento y colocarla en la casilla correspondiente (Tiempo). Y en la celdilla Estado debe colocarse la variable categrica dicotmica que establece el estado individual durante el seguimiento; esta variable tiene dos opciones: valor censurado / valor muerte (o evento que se evala). De hecho el programa nos pide Definir evento (mientras tanto aparece un parntesis con un signo de interrogacin tras el nombre de la variable) y debe pulsarse dicha pestaa y especificar el valor que tiene asignado el resultado que se evala (en nuestro caso el valor 1 = muerte). Antes de continuar debemos especificar algunas cosas en el anlisis de supervivencia, oprimiendo la pestaa de la parte inferior de esta ventana Opciones

DocuWeb fabis.org

2 de 11

Cmo hacer paso a paso un Anlisis de Supervivencia con SPSS para Windows.

fabis.org, 2007

Podemos sealar Tablas de supervivencia y otros estadsticos, como la Media y mediana de supervivencia y los Cuartiles. Tambin podemos obtener diferentes grficas, como puede verse en la imagen, siendo lo habitual sealar Supervivencia. El resultado que se obtiene -en nuestro ejemplo- es la siguiente salida de SPSS:

Kaplan-Meier
Survival Analysis for TSuperviv (Tiempo de supervivencia en meses) Time 7 9 9 12 12 12 12 13 14 16 18 19 19 23 23 24 24 24 24 24 25 26 27 29 29 30 32 33 33 34 35 35 35 35 35 36 38 41 51 54 54 57 60 67 70 72 78 80 83 87 89 Status muerte muerte muerte muerte muerte muerte censura censura censura muerte censura muerte muerte muerte censura muerte muerte muerte muerte censura censura censura muerte censura censura censura censura censura censura muerte muerte muerte censura censura censura muerte censura muerte censura muerte censura muerte censura muerte muerte censura muerte censura censura censura censura Cumulative Survival ,9821 ,9464 Standard Error ,0177 ,0301 Cumulative Events 1 2 3 4 5 6 6 6 6 7 7 8 9 10 10 11 12 13 14 14 14 14 15 15 15 15 15 15 15 16 17 18 18 18 18 19 19 20 20 21 21 22 22 23 24 24 25 25 25 25 25 Number Remaining 55 54 53 52 51 50 49 48 47 46 45 44 43 42 41 40 39 38 37 36 35 34 33 32 31 30 29 28 27 26 25 24 23 22 21 20 19 18 17 16 15 14 13 12 11 10 9 8 7 6 5

,8929

,0413

,8739

,0446

,8350 ,8156

,0504 ,0528

,7360

,0608

,7144

,0628

,6879 ,6350

,0658 ,0706

,6048 ,5729 ,5392 ,5033 ,4646 ,4259 ,3833

,0734 ,0761 ,0788 ,0813 ,0838 ,0853 ,0867

DocuWeb fabis.org

3 de 11

Aguayo Canela, Mariano 92 98 120 139 139 censura censura censura censura censura

DocuWeb fabis.org 25 25 25 25 25 4 3 2 1 0

En esta primera tabla la columna de la izquierda (Time) es el tiempo durante el cual los diferentes individuos estn en seguimiento, ordenados por tiempos crecientes. La segunda columna (Status) nos indica si se ha producido el efecto o desenlace evaluado o no, en nuestro caso etiquetados como muerte (en caso contrario aparece el valor censura, que corresponde a los perdidos o retirados durante el seguimiento y a los que al final del periodo de estudio segua sin tener el evento, esto es, estaban vivos). La siguiente columna (Cumulative survival) es la supervivencia acumulada, o proporcin de casos para los que no ha tenido lugar el evento en cada tiempo. La siguiente columna (Estndar error) es el error estndar correspondiente a la estimacin puntual de Kaplan-Meier en cada tiempo. La quinta columna (Cumulative events) son los desenlaces acumulados, esto es, los que han muerto hasta ese tiempo. La ltima columna (Number remaining) es el nmero de sujetos que quedan en cada momento sin que haya ocurrido en ellos el evento final o desenlace evaluado, y representan los individuos que estn a riesgo en el siguiente periodo. Seguidamente el programa SPSS nos informa del nmero total de sujetos evaluados (Number of cases), del nmero de censurados (Censored) y el nmero de desenlaces (Events). Si se lo hemos marcado nos dar los valores del tiempo medio de supervivencia y de la mediana de supervivencia (el tiempo en el que el 50% de los sujetos siguen sin haber desarrollado el evento), con sus correspondientes errores estndar y los intervalos de confianza al 95%, sealndonos que el estudio est limitado por el periodo mximo de seguimiento (en nuestro ejemplo 139 meses).
Number of Cases: 56 Censored: Events: 31 25 (55,36%)

Survival Time Mean: 76 (Limited to 139) Median: 67

Standard Error 9 17 Percentiles 50,00 67,00 16,51

95% Confidence Interval (59 ; 93) (35 ; 99)

Value Standard Error

25,00 . .

75,00 24,00 5,24

Y luego nos muestra la Curva de Supervivencia, un grfico que puede modificarse situndonos sobre el con el botn izquierdo del ratn (editar). En l se sita en la ordenada la supervivencia acumulada en trminos de probabilidad (entre 0 y 1), y el tiempo de supervivencia en el eje de abscisas, permitindonos responder a preguntas como - Cuntos sujetos con cncer colorectal sobreviven ms de dos aos? Trazaramos una lnea vertical desde el tiempo 24 meses y en el punto donde

DocuWeb fabis.org

4 de 11

Cmo hacer paso a paso un Anlisis de Supervivencia con SPSS para Windows.

fabis.org, 2007

corte a la curva leeramos en horizontal el valor que le corresponde en el eje de ordenadas (dara aproximadamente el 74%).

Funcin de supervivencia

1,0

0,8

Supervivencia acum

0,6

0,4

0,2

Funcin de supervivencia Censurado

0,0 0 20 40 60 80 100 120 140

Tiempo de supervivencia en meses

2. Pasos a dar para comparar dos o ms curvas de supervivencia.

Para comparar dos o ms curvas de supervivencia se emplean diversos test de hiptesis que plantean como hiptesis nula que los grupos que se comparan tienen igual supervivencia, siendo la ms empleada la del Log-Rank, que tiene en cuenta las diferencias de supervivencia entre los grupos en todos los puntos que dura el seguimiento.

Para mostrar el procedimiento en el programa SPSS emplearemos la misma base de datos anterior y usaremos la variable categrica Dosis radioterapia pre-operatoria para definir dos grupos (los pacientes que recibieron menos de 5.000 rads y los que recibieron 5.000 ms rads, codificados con 0 y 1 respectivamente). Intentaremos responder a la pregunta fueron diferentes las supervivencias de ambos grupos? O lo que es lo mismo: influy significativamente la dosis de radioterapia pre-operatoria en la supervivencia de los sujetos con cncer colorectal?

Igual que en el paso anterior, se activa la secuencia Analizar > Supervivencia > Kaplan-Meier y se colocan las dos variables fundamentales en sus respectivas ventanas de seleccin (Tiempo y Estado). Ahora hay que seleccionar la variable que separar dos grupos de pacientes y colocarla en la ventana Factor. En nuestro ejemplo la variable Dosis de radioterapia pre-operatoria.

DocuWeb fabis.org

5 de 11

Aguayo Canela, Mariano

DocuWeb fabis.org

Debemos asegurarnos de que la variable que hemos establecido como factor de comparacin es categrica. En la pestaa Comparar factor seleccionamos el estadstico de contraste Log rango (y por defecto se activar la opcin Combinada sobre los estratos.

La salida del programa es la siguiente:

Survival Analysis for TSuperviv Tiempo de supervivencia en meses

Factor DosisRadiot = Menos de 5.000 rads Time Remaining 7 20 9 19 12 18 12 17 19 16 23 15 24 14 24 13 24 12 24 11 29 10 34 9 41 8 54 7 72 6 78 5 Status Cumulative Survival ,9524 ,9048 Standard Error ,0465 ,0641 Cumulative Events 1 2 3 ,8095 ,7619 ,7143 ,0857 ,0929 ,0986 4 5 6 7 8 9 ,5238 ,1090 10 10 ,4714 ,4190 ,3667 ,1100 ,1095 ,1076 11 12 13 13 ,3056 ,1056 14 Number

muerte muerte muerte muerte muerte muerte muerte muerte muerte muerte censura muerte muerte muerte censura muerte

DocuWeb fabis.org

6 de 11

Cmo hacer paso a paso un Anlisis de Supervivencia con SPSS para Windows.

fabis.org, 2007

80 4 83 3 92 2 139 1 139 0

censura censura censura censura censura

14 14 14 14 14

Number of Cases:

21

Censored:

(33,33%)

Events: 14

Survival Time Mean: 62 (Limited to 139) Median: 34

Standard Error 12 7

95% Confidence Interval (39 ; 86) (21 ; 47)

Primero aporta datos del grupo establecido por la categora 0 de la variable Dosis de Radioterapia Pre-operatoria, y enseguida los del grupo definido por la categora 1. Survival Analysis for TSuperviv Tiempo de supervivencia en meses

Factor DosisRadiot = Igual o superior a 5.000 rads Time Remaining 9 34 12 33 12 32 13 31 14 30 16 29 18 28 19 27 23 26 24 25 25 24 26 23 Status Cumulative Survival ,9714 ,9429 Standard Error ,0282 ,0392 Cumulative Events 1 2 2 2 2 ,9114 ,0489 3 3 ,8789 ,0570 4 4 4 4 4 Number

muerte muerte censura censura censura muerte censura muerte censura censura censura censura

DocuWeb fabis.org

7 de 11

Aguayo Canela, Mariano 27 22 29 21 30 20 32 19 33 18 33 17 35 16 35 15 35 14 35 13 35 12 36 11 38 10 51 9 54 8 57 7 60 6 67 5 70 4 87 3 89 2 98 1 120 0 censura censura censura censura muerte ,3966 ,1390 muerte ,4958 ,1338 censura muerte ,5950 ,1182 censura censura censura muerte ,6800 ,0999 censura censura censura muerte ,7418 ,0878 muerte censura censura censura censura censura muerte ,8407 ,0661

DocuWeb fabis.org 5 5 5 5 5 5 6 7 7 7 7 8 8 8 8 9 9 10 11 11 11 11 11

Number of Cases:

35

Censored:

24

(68,57%)

Events: 11

Survival Time Mean: (Limited to Median: 74 120) 67

Standard Error 10 9

95% Confidence Interval (55 ; 94) (50; 84)

A continuacin, el programa ofrece el resultado del contraste de hiptesis Log Rank:

DocuWeb fabis.org

8 de 11

Cmo hacer paso a paso un Anlisis de Supervivencia con SPSS para Windows.

fabis.org, 2007

Survival Analysis for TSuperviv Tiempo de supervivencia en meses

Total Number Censored DosisRad 33,33 DosisRad 68,57 Overall 55,36 Percent

Number Events

Censored Menos de 5.000 rads Igual o superior a 5.000 rads 21 35 14 11 7 24

56

25

31

Test Statistics for Equality of Survival Distributions for DosisRadiot Statistic 2,68 df 1 Significance 0,1018

Log Rank

Funciones de supervivencia

1,0

Dosis de radioterapia preoperatoria Igual o superior a 5.000 rads Menos de 5.000 rads Igual o superior a 5.000 radscensurado Menos de 5.000 radscensurado

0,8

0,6

0,4

0,2

0,0 0 20 40 60 80 100 120 140

Tiempo de supervivencia en meses

Como podemos ver, el programa nos ofrece primero una tabla de distribucin con el nmero total de sujetos, fallecidos (eventos), censurados y su correspondiente porcentaje respecto al total en cada grupo de DosisRad y en la muestra total, para seguidamente aportar el contraste estadstico Log Rank, con el valor del estadstico (2,68), los grados de libertad (1, en nuestro caso, al ser dos grupos los que se comparan) y el valor p asociado al contraste (0,1018), que corresponde a una

DocuWeb fabis.org

Supervivencia acum

9 de 11

Aguayo Canela, Mariano

DocuWeb fabis.org

probabilidad que no nos permite rechazar la hiptesis nula, esto es, concluiramos diciendo que no hay diferencias estadsticamente significativas en la supervivencia de ambos grupos. A continuacin el programa nos ofrece el grfico con las curvas de supervivencia de ambos grupos. Como puede apreciarse hay una separacin entre ambas curvas de supervivencia, a favor del grupo de mayor dosis de radioterapia (parecen sobrevivir ms), pero el test estadstico Log Rank ya hemos visto que no alcanza el valor crtico para rechazar la H0 de no hay diferencias en la supervivencia globalmente considerada. Si miramos con ms detalle el grfico, comprobaremos como al principio (entre el primero y el quinto ao) si parecen separarse las curvas de supervivencia, pero no hay demasiada diferencia a partir de los 60 meses de seguimiento.

Anexo 1. Tabla de datos de pacientes ca colorectal

N paciente 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 T Supervivencia (meses) 9 12 12 13 14 16 18 19 23 24 25 26 27 29 30 32 33 33 35 35 35 35 35 36 38 51 54 57 60 67 70 Estado 1 1 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 1 1 Dosis Radioterapia preoperatoria 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1

DocuWeb fabis.org

10 de 11

Cmo hacer paso a paso un Anlisis de Supervivencia con SPSS para Windows.

fabis.org, 2007

32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56

87 89 98 120 7 9 12 12 19 23 24 24 24 24 29 34 41 54 72 78 80 83 92 139 139

0 = censura 1 = muerte

0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0
0 = menos de 5000 rads 1 = 5000 rads ms

1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

DocuWeb fabis.org

11 de 11