Mikrobiologi

Mikrobiologi
Pemeriksaan penunjang klinis
Pemeriksaan dan pewarnaan specimen Kultur specimen; sensitifity antibiotic test

Mikroorganisme
Bakteri : Pertumbuhan sangat cepat, merupakan penyebab penyakit yang terbesar. Bentuk : coccus, basil, spiral

Virus : Ukuran sangat kecil, dapat hidup jika berada di sel yang hidup (obligate intraceluler parasit). bentuk : helic, icosahedral, kompleks

Mikroorganisme
Jamur : Pertumbuhannya perlu budding, bentuk : yeast, molds dan dimorfism Protozoa : Ukurannya lebih besar dari bakteri, berada di tanah dan air.

Mikroorganisme
Smallest
Prions Viruses Bacteria Prokaryotik

Fungi
Eukaryotik Protozoa

Largest
5

Prokaryotik dan Eukaryotik

PROKARYOTES a) Size b) Complexity 1-10 microns unicellular, rarely small clusters or filaments none (mesosome is infolding of cytoplasmic membrane) EUKARYOTES 10-100 microns sometimes unicellular more often multicellular nuclei, mitochondria, chloroplasts, lysosomes, endoplasmic reticulum, golgi, & vacuoles yes usually several & linear frequent yes
6

c) Membrane bound organelles

d) Nucleus e) Chromosomes

no single & circular

f) Introns & Exons occasionally g) Histones no

h) Ploidy
i) Mitosis & Meiosis j) Sexual reproduction k) Ribosomes

haploid
absent none, or unidirectional from donor to recipient 70s (50s + 30s subunits)

diploid
present usually, involves fusion of haploid gametes 80s (60s + 40s) in cytoplasm (mitochondria & chloroplasts have prokaryotic ribosomes) microtubules and microfilaments

l) Cytoskeleton

absent

m) Cell wall

usually present, contains peptidoglycan

absent in animals present in fungi (chitin) & plants (cellulose)

7

n) Motility

simple, prokaryotic, flagella, gliding motion absent

complex "9+2" flagella or cilia with centrioles present

o) Endocytosis & cytoplasmic streaming p) Differentiation q) Energy metabolism

usually absent many diverse pathways in various bacteria

cells differentiate to form tissues & organs glycolysis in cytoplasm, Krebs Cycle and ETC in mitochondria

r) Oxygen
s) Sterols

aerobic and/or anaerobic

usually absent

usually aerobic
used as hormones and in plasma membrane
8

Identifikasi Mikroorganisme
Karakteristik/morphologi Hasil pewarnaan Hasil serologis Karakteristik genetik Protein

Bakteri
Prokaryotik

Ukuran kecil 1 20 um
Unicelluler organisms DNA dan RNA Binary fission

Bacteria divide by binary fission

and so on ...
10

Bakteri
Berdasar bentuk bakteri

Spiral/helical e.g. Staphylococcus aureus e.g. Treponema

Spherical (coccus)

e.g Escherichia coli

Rod (bacilli)

11

Bakteri

12

Kapsul
Lapisan tipis diluar dinding sel Polisakarida dan atau polipeptida Salah satu vaktor virulensi Melindungi bakteri terhadap proses fagositosis Tidak dimiliki oleh semua bakteri

13

Dinding Sel
Merupakan lapisan luar Merupakan mukopeptida Melindungi struktur bagian dalam bakteri Berperan pada pembelahan dan biosintesis Bersifat antigenik Melekatkan diri pada sel host
14

Membran Sel
Lapisan tipis sebelah dalam dinding sel Fosfolipid & protein Semi permeable Mengontrol keluar masuknya metabolit Aktif transport bahan makanan Melindungi struktur bagian dalam bakteri

15

Pili
Disebut juga fimbriae Protein Permukaan bakteri Umumnya pada bakteri batang gram negatif Sex pili berfungsi sebagai konjugasi Pili sebagai adhesi

16

Flagella
Protein flagellin Alat gerak Antigenik Tidak dimiliki oleh semua bakteri Letak :
Monotrikus Lopotrikus Ampitrikus peritrikus
17

Spora
Alat untuk mempertahankan diri Tidak dimiliki oleh semua bakteri Sukar diwarnai Sukar dirusak Letak :
Terminal / ujung Sub terminal sentral
18

Toxin
Bahan metabolit yang dihasilkan oleh kuman Ada 2 toxin: eksotoksin(toksin protein) dan endotoksin (toksin lipopolisakarida)

19

Toxin
Eksotoksin Diprodusir Kuman Gram + Kuman hidup 2. Sifat Antigenik 3. Panas Tidak tahan 4. Toxoid Dibuat toxoid
1.

Endotoksin Kuman Gram Kuman mati Tidak antigenik Tahan panas Tidak dapat dibuat LPS Kurang toxis Febris
20

Isi 6. Toxicity 7. Febris

5.

Protein Sangat toxis Tidak febris

Macam pewarnaan bakteri

Simple staining Methylene blue Safranin Differential staining Gram Acid fast Special staining Metachromasi Negative staining Endospore staining Flagella

Gram Staining

Gram-negatif bakteri: dinding sel tipis dan lapisan outer membrane (lipopolysaccharides dan lipoprotein)

Acid-fast Staining

Sukar diwarnai / dicat (dinding sel mengandung wax/lilin)

23

Endospore Staining

24

Kurve pertumbuhan Bakteri

Lag Phase
pertumbuhan lambat, tidak ada peningkatan jumlah sel, penyesuaian dengan lingkungan baru dan kebutuhan nutrisi
meningkatnya mekanisme metabolik, mulai memperbanyak diri secara eksponensial, tiap menit bertambah dua kali lipat.

Log Phase

25

Kurve pertumbuhan Bakteri

Stationary Phase
bakteri bersaing untuk mendapatkan nutrisi yang mulai berkurang, pertumbuhan mulai berhenti, jumlah bakteri stabil
meningkatnya produksi toxic, nutrisi habis, bakteri mulai mati

Death Phase

26

Typical bacterial growth rate in optimum conditions

Time 0 20 mins 2 hours 6 hours 8 hours

Typical growth curve for a bacteria population
Log10 viable organisms/ml 8.0

N of bacteria 1 2 64 262,144 16,777,216

6.0
4.0 2.0 0

Lag

Log

Stationary
Time

Death

27

Kebutuhan Tumbuh
Suhu Oksigen pH Tekanan osmose Kebutuhan kimiawi : karbon, nitrogen, sulfur dan fosfor Growth factor : purin, asam amino, vitamin Nutrisi

28

Suhu
Mesophiles 200C- 450C ( 500C)
Ex; bakteri lingkungan, pathogen

Thermophiles 450C ( 50 - 800C)

Ekstrim Thermophiles ( hyperthermophiles) - 1100C Ex; musim semi/ mata air panas, gunung, decomposers

Psychrophiles 00C- 200C

Ex; musim semi/ mata air dingin, danau; daerah kutub; lemari es.

29

100 Bakteri mati, suhu panas waktu lama, destruksi

Termofil

HIGH 63

Campylobacter
Minimum Growth Temp.

Cl botulinum A&B Staph aureus E. coli Salmonella Listeria

40 38

Cl perfringens
Mesofil

LOW

Cl botulinum E Bacillus cereus

Bakteri tumbuh cepat

Bakteri tumbuh

Bakteri tumbuh perlahan

36 15

LOW Heat resistance

HIGH Psikrofil

7 Pertumbuhan bakteri berhenti tetapi tidak mati

4 0

30

Oksigen
Aerob obligate : tumbuh perlu oksigen Anaerob fakultatif : tumbuh ada oksigen maupun tanpa adanya oksigen Anaerob aerotoleran : tidak mati dengan adanya oksigen Anaerob obligate : tumbuh bila tidak ada oksigen Mikroaerofilik : kebutuhan oksigennya rendah
31

pH
Konsentrasi H+, OH- ion
1 --------------------------- 7 ----------------------------14 Acid Neutral Basic

3 group pH range : a. Neutrophiles 5 to 8 Optimum pH 7.0 - 7.2 b. Acidophiles 0 to 5 c. Alkalinophiles - 8 to 12

32

Tekanan osmose
Semua bakteri membutuhkan air Sebagian besar sel mengandung kandungan air Tekanan osmose tinggi sel dehidrasi Tekanan osmose rendah sel lysis Halophiles membutuhkan NaCl 3%

33

Kimiawi & growth faktor

Kebutuhan dasar:
Karbon- membangun komponen sel Nitrogen- produksi protein, asam nucleic Hidrogen- campuran organik Oksigen- produksi energi Mineral, trace element-unsur yang dibutuhkan dalam jumlah kecill

Metabolites( growth faktor)

vitamin, asam amino, karbohidrat, darah

34

Kimiawi & growth faktor

Sumber bahan gizi:
Autotrophs-inorganic compounds (CCO2, karbonat; N- NH4, N2, NO3) Heterotrophs-organik compounds ( CCHO, lipids; N- protein)
Saprophytes- material organik mati Parasit- material organik hidup

35

Media
Nutrient Liquid, semisolid & solid Koloni kuman Selective media Nonselective media: blood agar Analisa Kualitatif Analisa Kuantitatif
36

Virus
DNA atau RNA Capsid terdiri protein, dikelilingi asam nukleat Bentuk : Icosahedral, Helical, Complex

Virus
Obligate intracellular parasit Membutuhkan sel host untuk mensintesa asam nucleat dan protein Merusak sel : dengan memblocking vaksin antibody Replikasi secara intracellular

Fungi
Eukaryotes Dinding sel rigid chitin Klassifikasi berdasarkan morphologi:
moulds - filamentous, spore-forming
eg Penicillium, Aspergillus

yeasts - unicellular, budding reproduction

eg Candida, Cryptococcus

Yeasts

Moulds

Flora Normal
Flora Normal : mikroorganisme terdapat pada orang sehat/normal Pathogen : mikroorganisme yang mampu menyebabkan penyakit Virulence : kemampuan menjadi pathogen
Morbidity : kesakitan per 100,000 Mortality : kematian per 100,000
41

Flora Normal
Opportunistik : flora normal berubah menjadi patogen
Menurunnya daya tahan tubuh Pengobatan antibiotika broad spectrum Tindakan medis ; kateter, protesa

Carrier : asymptomatis, tetapi dapat menyebarkan penyakit

42

Kochs postulatan)
1. Dari binatang yang sakit (antrax) dapat diisolasi bakteri Bacillus anthracis 2. Bakteri tersebut dapat dibiakkan secara murni 3. Kultur dari bakteri tersebut apabila disuntikkan pada yang sehat akan menderita anthrax 4. Dari binatang yang sakit pada no. 3 dapat diisolasi bakteri yang sama seperti pada binatang no.1

Flora Normal
Bacteria (numerous), fungi and protozoa (few) Large intestine 1014 Skin 1012 Vagina, Mouth, Nose, Throat 1010

47

Flora Normal
Flora tetap (resident flora) : Organisme tertentu, pada bagian tubuh tertentu, pada usia tertentu, bila berubah segera kembali semula Fungsi : mencegah overgrowth mikroba patogen ; disebut microbial antagonism/

bacterial interference

48

Flora Normal
Flora sementara (transient flora) : m.o non pathogen/ potensial pathogen, pada waktu tertentu, asal dari lingkungan

49

The original of flora in newborns

Normal microbial flora 1x1020 cells

Relationship between normal flora and host (symbiosis)

Mutualism**
Both benefit
E.coli produce Vitamin K for human

Parasitism
Microb benefits : host harmed disease-causing organism

Commensalism**
Microb benefits : host unharmed
Propionicbacterim sp. on surface of skin

Conjunctiva
Upper respiratory tract Oral cavity

Skin Urinary tract Genital tract

Gastrointestinal tract

Skin flora
moisture content density of cells temp, pH, fatty acid Staphylococci, Micrococcus, Corynebacteria Proprionibacteria, Clostridium, Candida

Eye flora
conjungtiva Less of normal flora Blink, tear (lysozyme) S. epidermidis, Sterptococcus, Corynebacterium, Neisseria

Oral cavity flora

Streptococcus salivarius (98%) until the appearance of the teeth S. mutans persist as long as teeth remain

Others streptococci : gums, cheeks

gingival crevice area : anaerobes (bacteroides,spirochetes)

Respiratory tract flora

Upper RT (nose,nasopharynx)
Streptococci, Staphylococci, Neisseria, Haemophilus Anaerobe : Actinomycetes, Fusobacterium
bronchus

Lower RT (trachea, bronchi, and pulmonary tissues) are free of microorganism

Actinomyces israelii

Gastrointestinal tract flora

Predominan anaerob 1-4% coliform : E.coli, Enterobacter, Klebsiella, Proteus
large intestine

esophagus
stomach

small intestine

Urinary tract flora

Kidney, bladder, urine in bladder are free of microorganism Urethra
S.epidermidis, Enterococci, Neisseria, Mycoplasma

Genital (female) flora

Uterus, fallopian tube, ovary are free of microorgnism Vagina
Lactobacillus Staphylococci, Streptococci, Candida

Sterile part
Blood Cerebrospinal fluid (CSF) Synovial fluid Deep tissue

BACTERIA COMMONLY FOUND ON THE SURFACES OF THE HUMAN BODY BACTERIUM Skin Conjunctiva Nose Pharynx Mouth + +/++ + ++ + + ++ + +/+/+/+ + + +/+ + ++ ++ ++ + ++ ++ ++ + + + + + + +/+/+/+ +/+ + + +/++ + + + + + +/+ ++ + + +/+/+ + Lower Anterior Vagina Intestine urethra + ++ +/++ +/+ ++ + +

Staphylococcus ++ epidermidis (1) Staphylococcus + aureus* (2) Streptococcus mitis Streptococcus salivarius Streptococcus mutans* (3) Enterococcus faecalis* (4) Streptococcus pneumoniae* (5) Streptococcus +/pyogenes* (6) Neisseria sp. (7) Neisseria meningitidis * (8) Veillonellae sp. Enterobacteriaceae* (Escherichia col i) (9) Proteus sp.

BACTERIA COMMONLY FOUND ON THE SURFACES OF THE HUMAN BODY BACTERIUM Skin Conjunctiva Nose Pharynx Mouth +/+/+ + +/+ ++ ++ + ++ +/++ ++ +/+ ++ +/+ +/+ + + + + + + ++ + ++ + + + + ++ + +/Lower Anterior Vagina Intestine urethra + +/-

Pseudomonas aeruginosa* (10) Haemophilus influenzae* (11) Bacteroides sp.* Bifidobacterium bifidum (12) Lactobacillus sp. (13) Clostridium sp.* (14) Clostridium tetani (15) Corynebacteria ++ (16) Mycobacteria + Actinomycetes Spirochetes Mycoplasmas

+/-

Normal flora at various body sites

Mims C et al. Medical Microbiology Textbook. 2004.

63

Pemeriksaan Bakteriologis Air, Air Susu Sapi

AIR
Pemeriksaan air : sangat penting air mudah tercemar oleh mikroorganisme yang berasal dari : Udara, tanah dan excreta air dapat menularkan penyakit (waterborne disease)

Pemeriksaan Air
Plate count method.

Air sample diencerkan secara serial (ten fold dillution) 10-1, 10-2, 10-3, 10-4, dst. Dari masing-masing pengenceran diambil 1 ml + dicampur dengan NA cair, dituang pada cawan petri, setelah agar mengeras inkubasi pada 37C. Koloni yang tumbuh dihitung, standart koloni yang dihitung : 30-300 koloni/cawan.
< 30 dianggap kesalahan penghitungan > 300 dianggap terlalu padat.

Cara menghitungnya (per 1 ml air) : jumlah koloni/cawan x pengenceran.

Pemeriksaan Air
Membrane filter method.
Dipakai bila air sample cukup banyak (100 500cc). Mempergunakan filter bakteri dan air diisap dengan pompa vakum. Filter diletakkan pada medium yang sesuai, diinkubasikan pada suhu 37C selama 24 48 jam koloni yang tumbuh dihitung/volume air sample.

Pengambilan air sampel

Hal-hal yang harus diperhatikan : - wadah harus steril, kapasitas min.250 ml, bermulut lebar, tutup rapat. - pengambilan secara aseptis, tergantung jenis air sample - bila air mengandung chlorine dinetralkan dengan Na-thiosulfat. - diperiksa secepat mungkin (<3 jam), k/p dimasukkan lemari es

Kelas air
Kelas I : <1 koliform / 100 ml air, sangat baik untuk dikonsumsi Kelas II : 1-2 koliform / 100 ml air, baik untuk dikonsumsi Kelas III : 3-10 koliform / 100 ml air, tidak baik dikonsumsi

Kelas IV : >10 koliform / 100 ml air, tidak boleh dikonsumsi

Kelas air

AIR SUSU SAPI

Pengujian mutu susu secara fisik, kimiawi dan uji biologik. A.Pengujian mutu susu secara fisik : 1. Uji Kebersihan : warna, bau, rasa dan ada tidaknya kotoran (dengan menggunakan kertas saring). Bau susu : jika susu dibiarkan beberapa jam pada suhu kamar. Rasa susu : sedikit manis (laktosa), rasa asin (garam mineral seperti garam klorida dan sitrat) Warna air susu : putih kebiruan hingga kuning keemasam.

AIR SUSU SAPI

2. Uji Berat Jenis (uji BJ) : alat laktodensi meter (rata-rata BJ susu = 1,028). susu yang encer BJ menjadi rendah atau dibawah standar.
B). Pengujian mutu susu secara kimiawi 1. Uji kadar lemak susu : Rataan kandungan lemak susu sesuai milk codex adalah 2,8 %. 2. Uji kadar Protein susu : Rataan kandungan protein susu pada milk codex adalah 3,5%. C) Pengujian mutu susu secara biologi

Penyimpanan ASS
Susu : pertumbuhan bakteri, cepat asam dan basi Susu dng sterilisasi konvensional 120C - 15 menit. dalam kemasan yang belum dibuka, umur simpan susu ini bisa mencapai enam bulan. Susu bubuk kering dengan pemanasan 80 C - 30 detik, dikeringkan dengan spray dryer atau roller dryer sekitar dua jam per ton pada suhu 180 C, Susu bisa awet sampai dua tahun dalam kemasan aluminium dan kotak karton.

Penyimpanan ASS
Susu UHT, 140 C dan pengemasan aseptic enam lapis kertas, plastik polyethylene, dan alumunium foil yang mampu melindungi susu dari udara luar, cahaya, kelembaban, aroma luar, dan bakteri Susu UHT tahan disimpan dalam suhu kamar sampai 10 bulan, tanpa bahan pengawet, disimpan di rak biasa. Namun, begitu kemasannya dibuka, harus tetap masuk kulkas

FOODBORNE DISEASE

FOODBORNE DISEASE

FOOD POISONING
Klasifikasi food poisoning Pathogenesis
Food intoxications resulting from the ingestion of preformed bacterial toxins. (Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Clostridium botulinum, Clostridium perfringens)

FOOD POISONING
Klasifikasi food poisoning Pathogenesis
Food intoxications caused by noninvasive bacteria that secrete toxins while adhering to the intestinal wall (Enterotoxigenic E.coli, Vibrio cholerae, Campylobacter jejuni) Food intoxications that follow an intracellular invasion of the intestinal epithelial cells. (Shigella, Salmonella)

FOOD POISONING
Klasifikasi food poisoning Pathogenesis
Diseases caused by bacteria that enter the blood stream via the intestinal tract. (Salmonella typhi, Listeria monocytogenes)

FOOD POISONING
Klasifikasi food poisoning Symptom dan duration of onset
Nausea, vomiting within 6 jam (Staphylococcus aureus, Bacillus cereus) Abdominal cramps dan diare within 8 16 jam (Clostridium perfringens, Bacillus cereus) Fever, abdominal cramps and diarrhoea within 1648 hours (Salmonella, Shigella, Vibrio parahemolyticus, Enteroinvasive E.coli, Campylobacter jejuni)

FOOD POISONING
Klasifikasi food poisoning Symptom dan duration of onset
Abdominal cramps and watery diarrhoea within 16-72 hours (Enterotoxigenic E.coli, Vibrio cholerae O1, O139, Vibrio parahemolyticus, NAG vibrios, Norwalk virus) Fever and abdominal cramps within 16-48 hours (Yersinia enterocolitica)

FOOD POISONING
Klasifikasi food poisoning Symptom dan duration of onset
Bloody diarrhoea without fever within 72-120 hours (Enterohemorrhagic E.coli O157:H7) Nausea, vomiting, diarrhoea and paralysis within 18-36 hours (Clostridium botulinum)