Raspored mikroorganizama

MIKROORGANIZMI U PRIRODI

karakteristike mikroorganizama: - adaptacija na raznovrsne uvjete u prirodi - stvaranje odgovarajuih uvjeta za opstanak Heterogena priroda fiziolokog karaktera - naseljavaju svaki kutak nae planete rezultira stvaranjem razliitih fiziolokih osobina - kosmopoliti (ili ak ubikvisti) ne znai da se svi m.o. mogu nalaziti na svakom mjestu planete

Disperzija mikroorganizama

aerosolom (MO + estice praine) prekooceanski transport (aerosolom, pticama, avionima)

= svaka vrsta mikroba moe postii veliku disperziju tj. areal rasprostranjenosti

vjetar voda

ovjek ivotinje

biljke

Distribucija mikroorganizama

Rasprostranjenost mikroorganizama u tlu

tlo vrlo heterogena cjelina mikroorganizmi su sastavni dio pedosfere Mikrooorganizmi nisu jednoliko rasporeeni u tlu dubina, organska tvar tla, tip tla,ekoloki uvjeti (vodo zrani odnosi, pH, toplina..), biotiki faktori (biljka, ovjek, odnosi meu mikroorganizmima) u tlu postoje odjeljci u kojima je brojnost, aktivnost i struktura mikrobnih zajednica znaajno vea odnosno manja

najvei broj organizama u tlu organotrofi kvaliteta i kvantiteta organske tvari znaajno utjee na raspored biomase, aktivnosti i raznolikosti mikroorganizama u tlu izvor organske tvari : - izluevine korijena biljke - organski ostaci koji nastaju tijekom rasta biljke i nakon njene smrti - ostaci uginulih ivotinja i mikroorganizama - humusne tvari

sastav organske tvari (postotak N, lignin, polifenoli) u tlu nije svuda isti i ovisi o tipu biljke i geografskoj irini regionalne razlike utjeu na mikrobne zajednice i rasprostranjenost MO u tlu 10 1000 razliitih vrsta MO u gramu tla meutim sastav zajednica uvelike varira sa uvjetima na stanitu

Penicillium vrlo est u umjerenom i hladnom temperaturnom pojasu Aspergillus dominira u toplim podrujima cijanobakterije esto u neutralnim i lunatim tlima, a vrlo rijetko u kiselim razlike u optimalnoj temperaturi rasta, pH vrijednosti, supstratu selektivno na pojedine vrste nitrifikatora transformacijom ume u poljoprivredna tla (NH4+) djeluju

promjena mikroflore i faune tla

zagaenja atmosfere nestanak liajeva i reducirana etva jestivih gljiva u Evropi; gljive esto u zajednici za ektomikorizalnim gljivama koje rastu na korijenu drvea pa se mijenja i njihova brojnost i rasprostranjenost

Rizosfera
Rizosfera - zona tla uz korijen biljke i pod direktnim utjecajem korijena (Hiltner, 1904) ukljuuje i tkivo i samu povrinu korijena

ektorizosfera

endorizosfera

rizoplane

Ektorizosfera
sloj tla uz korjenov sustav nekoliko milimetara od korjenove povrine

Endorizosfera
vieslojna mikrosredina razliiti slojevi stanica samog korijena epidermalni sloj tkiva biljaka; ukljuuje korijenove dlaice i kortikalne stanice

Rizoplane
povrina korijena

Rizosfera
vrua toka (hot spot) za kolonizaciju mikroorganizama i njihovu aktivnost korijen koji aktivno raste otputa hranjivo za mikroorganizme u tlu ugljikohidrati (izvor C) i amino kiseline (izvor C i N); odmah dostupni MO glavni razlog velikog broja i aktivnosti MO koliina i sastav otputenog organskog materijala odreuju prirodu odnosa izmeu biljke i mikroorganizama izluevine korijena ovise o vrsti biljke, fiziolokom stanju (dob, status hranjiva) i abiotikim uvjetima (temperatura, struktura tla, areacija, sadraj vode)

Utjecaj biljke na mikroorganizme u rizosferi

biljka vrlo selektivna razliite vrste biljaka, ali i razliiti dijelovi korijena iste biljke mogu imati sasvim razliitu mikrofloru produkti otputeni korijenom mogu biti vrlo specifini za vrstu biljke ili kulture selekcija MO u rizosferi; adaptacija MO na iskoritavanje specifinog organskog materijala kojeg biljka otputa ostali mehanizmi na kojima korijen biljke utjee na mikrobnu populaciju su kompeticija za hranjivo (biljka-mikrobi; mikrobi-mikrobi) i opskrba vrstom podlogom za priljubljivanje MO

Utjecaj biljke na mikroorganizme u rizosferi

velika raznolikost mikrobnih zajednica u rizosferi; dominacija G(Pseudomonas, Achromobacter) u odnosu na G+ i G varijabilne forme (Bacillus, Arthrobacter) arbuskularna mikorizna gljiva Glomus iroko rasprostranjena i dolazi kod velikog raspona poljoprivrednih kultura no rotacijom kultura pokazalo se da se vrste tog roda izmjenjuju sa tipom kulture (biljke)

Utjecaj mikroorganizama rizosfere na biljku

PGPR (plant growth promoting rhizobacteria) asocijativne interakcije bakterija u rihosferi korijena koje imaju pozitivan i poticajan uinak na rast razvoj biljke Mehanizam djelovanja jo nedovoljno poznat Pretpostavka: poboljana opskrba limitirajuih hraniva i/ili vode, produkcija fitohormona, antagonizam s fitopatogenim mikroorganizmima

Slika: Koristan, tetan ili neutralan utjecaj mikroorganizama rizosfere na rast biljke (Lynch, 1990)
N2 fiksacija stimulacija rasta stabilizacija tla uzimanje vode opticaj hranjiva sekrecija enzima prihvaanje alelopatija biokontrola

antibioza genetika kontrola rizosferne kompetencije ukljuuje prepoznavanje regulaciju ekspresiju

simbioza

infekcija

fitotoksinost

koristan
kompeticija

neutralan ili varijabilan tetan

Mikrobni metaboliti
irok spektar razliitih organskih tvari

1. regulatori rasta biljaka (fitohormoni) 2. fitotoksini 3. antibiotici 4. stabilizatori tla = nastaju ili u rizosferi ili nastaju u zoni oko rizosfere (npr. na biljnim ostacima) i difundriraju do korijena

Regulatori biljnog rasta

ETILEN (C2H4) uzrokuje rano sazrijevanje plodova kod rie utjee na razvitak zranih prostora unutar korteksa (aerenchym) i poveanje areacije korijena najee se razvija na mjestima razgradnje organske tvari u tlu i difundrira u rizosferu akumulira se u tlima zasienim vodom (nizak redoks potencijal); ograniena difuzija zbog nedostatka poroznosti tla (pore u tlu zasi ene vodom) u tim uvjetima korijen pod stresom i takoer producira etilen

Regulatori biljnog rasta

FITOHORMONI esencijalna uloga u koordinaciji mnogih procesa (rast i ponaanje) tijekom ivotnog ciklusa biljke potiu produljenje stabljike, mobilizaciju rezervi hrane u sjemenkama, diobu stanica auksin, giberelini, citokinini dokazi najee na istim kulturama vrlo teko izolirati ove molekule iz rizosfere; inokulacija mikroorganizmima za koje se pretpostavlja da imaju pozitivan efekt dokazana, meutim iako se vjeruje da su to fitohormoni te molekule nisu jo u potpunosti okarakterizirane

FITOTOKSINI
negativan utjecaj na biljku toksinost ovisi o koncentraciji tj. koliini 1. organske kiseline (propionska, octena, maslana) 2. aromatine kiseline 3. sumporovodik (H2S) 4. cijanidi 5. siderofori

Organske kiseline
kratki lanci produkti fermentacije u vlanim, vodom zasienim tlima sa puno anaerobnih mikro podruja katabolizam inhibiran (odvija se u aerobnim uvjetima) pa dolazi do akumulacije biljnih ostataka u rizosferi toksinost organskih kiselina ovisi o tome koliko je korijen izloen njihovom djelovanju; kompenzacija rastom u podruja koja su aerirana i izvan toksine zone meutim efekt moe biti i pozitivan (nedavna istraivanja)

Organske kiseline

Fe2+ dobro zastupljen u tlu no najee u nedostupnoj formi (netopiv) za biljke akumulacijom organskih kiselina u tlu smanjuje se pH tla i Fe2+ postaje topiv i dostupan biljkama mogua i indirektna promocija rasta biljka kroz inhibiciju biljnih patogena u rizosferi

Aromatine kiseline
razliiti spojevi: fenolna, ferulina, vanilna kiselina toksinije od organskih kiselina, ali rijetko se akumuliraju u tlu u koncentraciji opasnoj po biljku najee dio biljnih ostataka u tlu; oslobaaju se biotransformacijom (rijetko produkti metabolizma) imaju i antimikrobni utjecaj prema biljnim patogenima (naj ee u tkivu biljke, rjee u tlu) sudjeluju u alelopatskim interakcijama (biomolekule koje proizvodi jedna biljka i koje djeluju pozitivno ili negativno na drugu biljku) indirektno djelovanje na dostupnost N: 7 fenolnih spojeva inhibira nitrifikaciju Nitrosomonasa i Nitrobactera u ekstremno niskim koncentracijama

Sumporovodik
produkcija u tlima zasienim vodom, niskog redoks potencijala i s manjkom kisika obligatni anaerobi, foto- ili kemoautotrofi (Desulfotomacalum, Desulfovibrio, Desulfomonas) nastajanje sumorovodika: sulfat, sulfit, tiosulfat, tetrationat ili sumpor slue kao akceptori elektrona dok kao izvor C slue razliite organske molekule najee se vee sa eljezom u netoksini oblik ili se oksidira u neopasan sulfidril ion akumulira se u vlanim, kiselim tlima (riina polja) inhibira respiraciju i djeluje citokrom oksidazni sustav uzrokujui poremeaj u rii poznat kao smea ili bronana bolest

Sumporovodik
produkcija H2S takoer i u travnjacima interakcijom cijanobakterija Oscillatorria spp. i Nostoc sp. sa sulfat reducirajuom bakterijom Desulfovibrio desulfuricans nastaje crni sloj S nekoliko centimetara ispod povrine travnjaka (golf tereni na pjeskovitim tlima) cijanobakterije zapoinju proces izluivanjem polisaharida koji ometaju pokretanje vode i osiguravaju razvoj sulfat reducirajuih bakterija uasan smrad povezan sa razvitkom H2S i naposljetku dolazi do odumiranja travnjaka

Cijanidi

cijanidni anion (CN-) i cijanovodik (HCN) nastaje razgradnjom biljnih ostataka ili direktno mikroorganizmima nekoliko razliitih biljnih bolesti moe biti izazvano oslobaanjem cijanida u tkivo biljke (bolest crnog korijena)

Cijanidi
djelovanje na mikrobne patogene Trichoderma aktivno sudjeluju u biokontroli, proizvode HCN na koji su tolerantni Pseudomonas fluorescens proizvodi cijanide koji uzrokuju bolest crnog korijena na lucerni = znaajna uloga u biolokim kontrolnim mehanizmima u rizosferi
Bolest crnog korijena na jagodi

Siderofori

najee peptidi (izvanstanini) koji se veu na netopljivu formu eljeza (Fe(OH)3) i transportiraju ga u stanicu vani u tlima sa visokim pH u kojima nema dovoljno otopljenog eljeza niska koncentracija eljeza izaziva izluivanje siderofora u rizosferi i opskrbu biljaka eljezom

Antibiotici
vani faktori u biokontroli nakon otkria penicilina (A. Fleming) antibiotici dobili veliku vanost; vanost u farmaceutskoj industriji najei antibiotici u rizosferi - agrocin 84 - patulin - gliovirin - pioluteorin - pirolnitrin

Lektini i aglutini
stanini proteini, najee glikoproteini, koji prepoznaju i veu razliite saharide lektini se veu sa receptorima lektina (mono- ili oligosaharidi) na staninoj stjenci biljke ili mikroorganizma s kojima se povezuju hidrofobnim ili vodikovim vezama imaju vanu ulogu u prianjanju za povrinu, kolonizaciji vrsta roda Rhizobium, patogenom efektu i biokontroli bolesti Rhizobium trifolii posjeduje receptore na staninoj stjenci koji prepoznaju i veu se na lektine u djetelini; u sekundarnoj fazi dolazi do povezivanja produkcijom celuloznih mikrofibrlinih niti

Agregacija tla
agregati u tlu nastaju fizikalnim silama stabilizacija agregata ovisi o: - organskom materijalu (humusne kiseline) - eljeznim i aluminij oksidima - esticama gline = optimiranje fizikalne sredine za rast korijena najee kroz kontrolu dostupnosti vode ime se poboljava aeracija korijena i minimalizira erozija

Agregacija tla
bakterije sudjeluju u formiranju mikro agregata: djeluju kao cementni faktori izmeu estica gline gljive hifama povezuju i stabiliziraju agregate mehaniko (stanica/estice tla) ili proizvodnjom izvanstaninih produkata velika vanost mikrobnih polisaharida u povezivanju estica u tlu

mikroorganizmi u interakciji s fizikalnim komponentama u rizosferi: promjena fizikalnog stanja u tlu

areacija korijena Enterobacter cloacae izvanstanini polisaharidi sljubljivanja estica tla bolja areacija kontrola dostupnosti vode smanjenje erozivne snage vode

stabilnost tla

= produkcija stabilizirajuih faktora u rizosferi moe imati indirektan efekt na prinos kultura

Enzimi
vie od 50 vrsta enzima aktivnih u tlu - oksidoreduktaze - hidrolaze - liaze - transferaze imobilizirani na esticama gline i humusnom materijalu tvorei izvanstanine biokatalizatore zbog velike dostupnosti supstrata u rizosferi enzimatska aktivnost puno vea nego u istom tlu osim u razgradnji, enzimi sudjeluju u procesima biokontrole

Enzimi
aktivnost fosfataza (hidrolaze koje uklanjaju fosfatnu grupu iz razliitih makromolekula) mnogo vea u unutranjoj nego u vanjskoj rizosferi fosfataze najvjerojatnije ine fosfat u mineralnim esticama topivim i dostupnim biljci izvanstanini litiki enzimi (glukanaze, hitinaze, proteaze) imaju ulogu u biokontroli interpretacija enzimatske aktivnosti u tlu oteana zbog kompleksne interakcije izmeu enzima i minerala ili organskih koloida u tlu izvanstanini enzimi brzo degradiraju (proteini!) vezanje na estice u tlu moe ih uiniti nedostupnima za razgradnju i tako produiti njihovu aktivnost ili je u potpunosti inhibirati

Broj bakterija na rastuoj udaljenosti od povrine korijena

Udaljenost od povrine (mm) 0-1 1-5 5-10 10-15 15-20 Uestalost (109 stanica cm -3) 120 96 41 34 13 Broj razliitih morfolokih tipova 11 12 5 2 2

kako raste udaljenost od korijena pada broj i raznolikost bakterija

Ostali utjecaji rizosfere (osim opskrba hranjivom)

VODA u mnogim tlima rast biljke zaustavlja denitrifikaciju u tlu biljka raste i uzima veliku koliinu vode: kretanjem prema korijenu voda nosi topive tvari iz istog tla do korijena u tlu ostaju velike pore bez vode koje se napune zrakom (O2), a vodom se odnese i supstrat ime nestaju uvjeti za denitrifikaciju nasuprost istom tlu denitrifikacija u rizosferi moe biti pojaana; anaerobni uvjeti+NO2, NO3 koji dolazi vodom+stimulacija procesa izluenim C iz korijena

Ostali utjecaji rizosfere (osim opskrba hranjivom)

MINERALIZACIJA ORGANSKE TVARI U TLU u suhim uvjetima: - uklanjanjem vode iz tla smanjuje se intenzitet mineralizacije organske tvari u tlu

u vlanim uvjetima: - dodatak raspoloivog materijala u rizosferu pojaava razgradnju organske tvari u tlu - biljke uzimaju korijenom hranjivo iz tla (nitrate, fosfate) pa dolazi do stimulacije mikrobioloke razgradnje kompleksnijih i otpornijih spojeva

Epifitna mikroflora
mikroorganizmi na povrini biljke filosfera; MO na liu biljaka intenzitet kolonizacije ovisi o klimatskim faktorima kao i o samoj biljci stabljika najee kolonizirana algama i liajevima irokolisne vrste sadre vei broj vrsta nego trave lie otputa organski C koji mikrobiota koristi filosferna zajednica metabolizira samo 1% asimilata listova Biljka Djetelina Trave Luk Mikroorganizmi 1-30 x 10 8 g -1 (bakterija) 0.1-10 x 10 6 g -1 (bakterija) 2 x 10 6 g -1 (kvasci) 10-20 x 10 6 cm povrine lista (bakterija)
-2

Kava

Spermatosferna mikroflora
nepatogene mikroorganizme nalazimo izmeu tkiva plodova, stabljike i lia omota sjemenki mikroorganizmima prije nego to se oslobodi ploda naseljen

tijekom germinacije i razvoja sjemenki aktivni metabolizam: egzudacija eera, polimernih aromatskih kiselina; koriste MO MO proizvode auksine, vitamine i gibereline koji djeluju povoljno na sjeme ili reduciraju biljne patogene