Grundlagen der Bioinformatik

Prof. Dr. G. Schneider & Das modlab® Team, WS 2007/8

Hard Facts
Zuordnung: PTBi, Hauptstudium Diplom-Bioinformatik
Nebenfach f. Biochemiker/Chemiker
Bachelor Bioinformatik, ab 3. Semester

Dauer
08.10.07 – 19.10.07 (2V+2Ü)

10:00 – 12:00 Vorlesung (BCC)

12:00 – 13:00 Mittagspause
13:00 – 15:00 Übungen (BCC)
ab 15:00 „freies“ Üben

Klausur
Fr, 23.11.07, 13:00 – 14:30 (H1)
 Der Fahrplan
Modul Termin Thema / Vorlesung Übung
1 Mo, 08.10. Struktur & Funktion, SRS, Signalpeptide
Datenbanken
2 Di, 09.10. Sequenzanalyse Pattern-Search,
BLAST, Alignment
3 Mi, 10.10. Strukturmodellierung Homologiemodell
4 Do, 11.10. Rezeptor-Liganden WW PyMol,
Visualisierung
5 Fr, 12.10. Moleküldesign Docking (MOE)
6 Mo, 15.10. Chemische Ähnlichkeit ChemOffice,
Ähnlichkeitssuche
7 Di, 16.10. Preprocessing PCA, Tests, R

8 Mi, 17.10. Neuronale Netze (1) SOM, PNN, MatLab

9 Do, 18.10. Neuronale Netze (2) Feedforward-ANN
10 Fr. 19.10. Naturanaloge Algorithmen Evo-Optimierung
Fr, 23.11. Klausur (13 Uhr s.t.), H1
Durchführung der Übungen

• zu jedem Modul gibt es einen Aufgabenkatalog,

der “zeitnah” bearbeitet wird

• Programmierkenntnisse (z.B. Python) sind erforderlich

• Assistenten begleiten die Übungen

• Gruppen von jeweils zwei Studierenden

• Jede Gruppe muss alle Aufgaben erfüllen

• freies Üben & Nacharbeitung ist erwünscht und

notwendig!
Lehrbücher
. . . sowie www-Bio/ChemInformatics-Server !

A.M. Lesk, „Bioinformatik“, Spektrum-Verlag

R. Rauhut, „Bioinformatik“, Wiley-VCH

R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchinson,

„Biological Sequence Analysis“, Cambridge University Press

P. Baldy, S. Brunak, „Bioinformatics“, The MIT-Press