YAPAY BAIIKLIK SSTEM

Ar. Gr. Burcu ARKLI YAVUZ

nsanolu doadaki mthi uyumu yllar nce kefetmi ve
doal sistemlerin ileyiini gnmz karmak problemlerinin
zmnde uygulayarak, karmak problemlerin zmnde
nemli bir baar oran elde etmitir. Yapay zeka teknikleri
gnden gne yeni bir uygulama alan kazanmakta ve
gelimektedir.
Yapay zeka teknikleri arasnda henz yeni diyebileceimiz
Yapay Baklk Sistemi, balangta tp alanndaki
aratrmaclarn baklk sistemini daha kolay
kavrayabilmeleri iin sistemi modellemeleri ile ortaya km,
daha sonra baklk sisteminin tanma, hafzaya sahip
olma, yabanc organizmalar yok etme gibi zellikleri farkl
alanlarda alan aratrmaclarn ilgisini ekmitir.

BAIIKLIK SSTEM

Vcudumuz srekli olarak d evreden gelen mikroplarn,
virslerin, bakterilerin,... vb. saldrsna uramaktadr. Baklk
sistemi, bu mikroorganizmalarn vcuda zarar vermesini
engellemek ve bir an nce vcudu terk etmelerini salamak iin
gerekli ilemleri balatr. Bu ilemlerin hepsine birden baklk
cevab ad verilir. Baklk cevabnn gerekletii sre ierisinde
hastalk devam eder. Bu sre, mikroorganizmann yapsna ve
vcudun direncine gre farkllk gsterdii iin hastalk sreleri de
farkllk arz etmektedir. Baklk cevabnn sonunda vcut
mikroorganizmay yenmeyi baardysa bu mikroorganizmaya
duyarl hcreler hafza hcreleri olarak saklanr. Buradaki ama,
vcudun sz konusu mikroorganizmaya kar baklk
kazanmasn salamaktr. Baklk cevabnda olumlu bir yant
olumayabilir. Bu durumda hastaln ilerlemesi sz konusudur ve
vcut hastalkla savamaya devam eder.

Baklk sisteminde grev alan organlar hemen hemen
snrsz eitlilikteki bulac yabanc hcreleri ve maddeleri
(nonself element) tanyabilir ve bulac olmayan doal
hcreleri (self element) ayrt edebilir. Bir patojen (bulac
yabanc eleman) vcuda girdii zaman yok edilmek iin
taranr ve yok edilmeye allr. Sistemin her enfeksiyonu
hatrlama yetenei vardr. Ayn patojene ikinci kez
bulanca daha etkili bir ekilde yok edilir.

Baklk sisteminin temel zellikleri aadaki gibi zetlenebilir:

Teklik (uniqueness): Her birey kendi baklk sistemine ve kendine zg yeteneklere
sahiptir.
Anomali dedeksiyonu: Baklk sistemi, vcudun daha nce hi karlamad enfekte
edici yabanc elemanlar (patojenleri) tespit edebilme ve buna reaksiyon gsterebilmektedir.
Datlm dedeksiyon: Sistemin hcreleri tm vcut boyunca dalmtr ve herhangi bir
merkezi kontrol sistemine bal deildir.
Mkemmel olmayan dedeksiyon (Grlt tolerans): Reaksiyon iin patojenin tam
tamna tannmasna gerek duyulmamaktadr. Bundan dolay sistem grlt toleransldr.
Takviyeli renme (Reinforcement learning): Sistem patojenlerin yaplarn
renebilmekte ve daha sonra ayn patojenlerle karlaldnda daha hzl ve kuvvetli
cevap retebilmektedir.
Farkllama (Diversification): Baklk sistemi farkllamay tevik etmektedir. Yani, farkl
antijenlere cevap verebilecek antikorlar gelitirmeye almaktadr.
D evreye kar uyumluluk: Baklk sistemi, deien durumlara hzl ekilde adapte
olabilen ve doal olarak meydana gelen olay-cevap (event-response) sistemidir.
Hafzaya sahip olma: Baklk sistemi, dinamik olarak muhafaza edilen ve kendi kendine
organize olan bir hafzaya sahiptir. Baklk sisteminin hafzas ierik adreslenebilir
(content-addressable) trdendir. Bylece, benzer antijenlerin ayn antikor tarafndan
belirlenmesi salanmakta ve bundan dolay kendisine sunulan antijenlerdeki grltye kar
toleransl olmaktadr.
Baklk sisteminin yaps doal olarak ok katmanldr ve
dolaysyla eitli seviyelere dalm formda bir
savunmaya sahiptir.

Fiziksel bariyerler: Derimiz igalcilere kar vcudun korunmas iin bir siper olarak alr. Ayn
zamanda solunum sistemi, igalcileri, burun kllar ve mukus aracl ile yakalamak, ksrmek,
haprmak suretiyle antijenlerin vcuttan uzakta tutulmasna yardm etmektedir. Solunum ve sindirim
alanlarn evreleyen deri ve mukus membranlar ayn zamanda makrofaj ve antikorlar iermektedir.
Fizyolojik bariyerler: Tkrk, gzyalar ve ter gibi svlar tahrip edici enzimler iermektedir. Mide
asitleri, yiyecek ve suda bulunan ok sayda mikroorganizmay ldrmektedir. Ph ve vcut ss baz
igalciler iin uygun olmayan hayat artlar hazrlamakta ve onlarn yaama ansn azaltmaktadr.
Baklk sistemleri: ki tane birbiri ile ilikili alt baklk sitemi vardr. Bunlar aracl ile vcut
yabanc maddeyi tanr ve yok eder. Bu iki alt sistem: Doal (innate) baklk sistemi ve kazanlm
(adaptif) baklk sistemidir.
Doal baklk sistemi: Bu sistemin bu isimle adlandrlmasnn sebebi, vcudun belirli mikrolar
tanyabilme kabiliyeti ile domas ve bu mikroplarla karlaldnda onlar ani olarak tahrip
edebilmeleridir. Doal baklk cevabnn nemli bir eleman, komplement olarak adlandrlan kan
proteinleri snfdr ve bu eleman antikorlarn aktivitesine yardm etme kabiliyetine sahiptir. Yine bu
sistemin doutan baklk olarak kabul edilmesinin dier nemli sebebi; sistemin adaptif
baklk cevabnn balamasn salayan T hcresinin aktivasyonuna sebep olacak antijen
sunucu hcrelerde (APC), ikincil (co-stimulatory) uyarm sinyallerinin olumasna neden olmasdr.
Kazanlm baklk sistemi: Kazanlm baklk, bir igalci ile daha nceden hi
karlalmasa bile, vcuda bu igalciyi tanma ve kar koyma kabiliyetini kazandrmaktadr.
Sistem somatik olarak retilmi iki tip lenfosit ( B ve T hcreleri) zerine klonal olarak datlm
antijen reseptrlerini kullanmaktadr. Bu antijen reseptrleri, rasgele ilemle gen segmentleri bir
araya getirilerek retilir ve adaptif baklk cevab belirli zellikli reseptrleri gsteren lenfositlerin
klonal seme ilemine dayaldr. Antikor moleklleri adaptif baklk sisteminde nc rol oynarlar.

BAIIKLIK SSTEMNN VCUDU KORUMASI


Vcudumuz, birlikte alan ok sayda molekl ve hcre ordusu tarafndan korunur. Tm
baklk cevabnn en byk hedefi, genellikle yabanc bir molekl olan antijen (Ag) dir.

zel APCler (rnein makrofajlar) vcutta dolarlar. Bulduklar antijenleri sarmalayp
paralayarak antijenik peptitlere blerler (I).
Bu peptitlerin paralar major histocompatibility complex (MHC) molekllerine
balanrlar ve hcrenin yzeyinde gsterilirler. Dier beyaz kan hcrelerinin (T
hcreleri veya T lenfositleri olarak adlandrlan) her biri farkl peptit_MHC
kombinasyonunu tanma kabiliyeti olan reseptr molekllerine sahiptirler (II).
Bu tanma araclyla aktivasyonu salanan T hcreleri blnerek lenfokin salglarlar
(yani kimyasal iaretler). Bunlar baklk sisteminin dier komponentlerini harekete
geirir (III).
Yzeylerinde tek zellikli reseptr molekllerine sahip B lenfositleri bu sinyallere cevap
verir. Bununla birlikte, T hcrelerinin reseptrlerinden farkl olarak B hcrelerinin
reseptrleri MHC moleklsz olarak solsyondaki serbest antijen paralarn
tanyabilirler (IV).
B hcreleri aktif edildiinde blnrler ve plazma hcrelerine dnrler. Plazma
hcreleri antikor proteinleri salglarlar. Bunlar reseptrlerin zlebilir formlardr (V).
Bulduklar antijenlere balanmak suretiyle antikorlar bunlar ntralize ederler (VI), veya
onlarn tahribatn tamamlayc enzimler salglayarak ya da p hcreler
(scavenging) vastasyla hzlandrrlar.

Baz T ve B hcreleri, gelecekte karlaldnda ayn antijeni daha hzl elimine
etmek iin baklk sisteminin hazrlanmasn hzlandran hafza hcreleri halini
alrlar. B hcrelerindeki antikorlarn genleri yksek mutasyondan olumsuz
etkilendiklerinden dolay, antikor cevab tekrarlanm baklklardan sonra
geliir. Bu olaya benzerlik olgunlamas (affinity maturation) denir.
Btn B hcreleri, baklk a (network) olarak bilinen yapy oluturmaktadr.
Bu a, kullanl B hcreleri retildikten sonra bu hcrelerin ihtiya duyulmamaya
balanana kadar baklk sisteminde kalmalarn salamak iin almaktadr. B
hcresi bir antijenle karlatnda baklk cevab retilir. Bu, uyutuklar
taktirde antijenin ntralize olmas iin antikorun antijenle birlemesine sebep olur.
Antikor antijenle yeteri derecede uyuursa, antikorun B hcresi uyarlm olur ve
baklk ana dahil olan mutasyona uram klonlar retebilir.
Baklk sistemdeki farkllama (diversification), en az uyarlm B hcrelerinin
%5inin gnlk olarak lmesi ve bunlarn, kemik ilii tarafndan tamamen yeni
retilen eit sayda B hcreleri ile yer deitirmesi sayesinde salanr. Bu yeni
retilen B hcreleri, ancak ada bulunan mevcut hcrelerle benzerlie sahipse
aa dahil edilirler, deilse lrler.

YAPAY BAIIKLIK SSTEM

Bir YBS tasarmnda ncelikle sistemi oluturan birimlerin
Baklk Sisteminin hangi elemanlarnn modellenmesinden
ortaya kacann belirlenmesi gereklidir. Sonrasnda bu birimlerin
sistemdeki dier birimlerle ve evre ile olan etkileimlerinin tr ve
boyutunun hesaplanmasnda kullanlacak baz duyarllk ltleri
oluturulmal ya da kullanlmaldr. Son olarak ta sistem birimlerinin
fonksiyonlarn belirleyen ve sistem birimlerinin hangi durumlarda
nasl davranmas gerektiini karakterize eden bir takm adaptasyon
prosedrleri kullanlmaldr.



Yapay baklk sisteminin ok katmanl yaps

Antijen-Antikor gsterimi ksmen etkileim
derecesini (tamamlayclk) hesaplamada kullanlan
uzaklk lsne karar verecektir.
Bir antijen ve bir antikor arasndaki
duyarllk(affinity) iki string (veya vektr)
arasndaki her hangi uzaklk ls yoluyla tahmin
edilebilen uzaklk ile ilikilidir.

Antijen Antikor Gsterimleri ve Duyarllklar
Antijenler ve antikorlar iin gerel deerli koordinatlar
kullanldnda klid ya da Manhattan uzakl kullanlr.
Gerel deerli vektrler yerine ikili(binary) sembollerle ifade
edilirlerse farkl bir uzaklk lt olan Hamming uzaklk lt
kullanlr.
Antikorlarn Antijenlere yant retebilmeleri iin onlar tanmalar
gerekmektedir. Tanma ilemi iin ise Antikorlarn Antijene olan
duyarllklarnn belirli bir eik seviyesini () amas gereklidir ki
bu duyarllklar da uzaklk ltleri kullanlarak hesaplanr. Binary
gsterimin olduu bir rnekle tanma ilemi u ekilde
aklanabilir:

Antikor: Ab=[0 0 1 1 0 0 1 1]
Antijen: Ag=[1 1 1 0 1 1 0 1]
XOR: 1 1 0 1 1 1 1 0
Duyarllk (eleme skoru)=6

Sz konusu binary vektrler iin uzaklk, Hamming uzaklk lt
kullanlarak hesaplandnda (XOR ilemi ile) 6 olarak bulunur.
Farkl bir ifade ile, bu iki vektrn 6 tane eleman birbirini
tamamlar nitelikte olduu iin aralarndaki uzaklk 6dr.
Bellek Hcreleri, Mutasyon ve Klonlama Seimi
B hcrelerinin bir poplasyonu bilinmeyen bir antijenle karlat zaman, en fazla
uyarlan hcreler saldrganla savaan yeni rnler oluturmak iin klonlanacak ve
mutasyona uratlacaktr. Bu baklk sisteminin ilk tepkisi olarak dnlebilir.
Bu ilk tepki boyunca belirli hcrelerin, zellikle belirli antijenlerin veya yapsal olarak
benzer antijenlerin, gelecekte karlama olaslna kar sistemde kalmasna izin
verilir. Bu kalc hcreler bundan sonra bellek hcresi olarak adlandrlr ve
baklk sisteminin ikincil tepkisi iin temel tekil ederler.

Baklk sistemi daha nceden karlalm antijenlerle ya da benzer antijenlerle
karlat zaman bellek hcreleri hzlca uyarlr ve daha byk oranda klonlanr
ve mutasyonlarla yeni rnler retilir. Bu bellek hcreleri baklk sisteminin bilinen
tehlikeleri tanma ve uygun olarak tepki verme yeteneini salamaktadr. Burada
nemli olan bellek hcrelerinin sadece orijinal antijene tepki vermekle kalmamas
ayn zamanda yapsal olarak benzer antijenlere tepki verme yeteneklerinin
bulunmasdr.

Antijen poplasyonu bir kez tamamlannca, gelitirilen bellek hcresi poplasyonu
yeni antijenler iin snflandrmada temel oluturacak duruma gelmi olur.


Yapay Baklk Algoritmalar
Bir Yapay Baklk sistemi tasarmnda uygulama alannn yapsna uygun
olarak seilen gsterim ekli ve duyarllk ltleri belirlendikten sonra sistemin
atsn oluturacak olan baklk mekanizmalarnn modellendii adaptasyon
prosedrleri (baka bir ifade ile Yapay Baklk Algoritmalar) oluturulmaldr.
Literatrde gelitirilen bu algoritmalar, uygulama alanlarna ve yaplarna gre
aadaki gibi kategorize etmek mmkndr.


KLONAL SEM ALGORTMASI
Klonlama seimi bir antijenik uyarc iin baklk
tepkisinin temel zelliklerini aklamak iin
baklk sistemini kullanan bir algoritmadr. Bu
prensip sadece antijenlerin hzlca oalmasn
salayacak hcrelere uygulanr. Klonlama seimi
hem T hcreleri hem de B hcrelerine uygulanr.
Klonlama Seimi Algoritmas iki temel esas zerine
ekillendirilmitir: birincisi sadece antijeni tanyan
hcreler oalma iin seilirler, kincisi seilen ve
oalan hcreler duyarllk olgunlamas ilemine
tabi tutularak, antijene olan duyarllklar artrlr.

Algoritmann almas u ekildedir:

Aday zmlerden oluan bir populasyon oluturulur (P). Bu populasyon, hafza
hcreleri (M) ve geri kalan populasyondan (P
r
) oluur (P=P
r
+M).
Duyarllk ltne bal olarak populasyondaki en iyi n tane eleman seilir ve P
n

populasyonu oluturulur.
Seilen bu en iyi bireyler antijene olan duyarllklarna bal olarak klonlanrlar
(oalrlar). Duyarll yksek olan bireylerin oluturaca klon says yksek,
duyarll dk olan bireylerin klon says ise dk olacaktr. Bylelikle bir C
klon kmesi oluturulmu olur.
Klonlardan oluan C populasyonu bir hipermutasyon ilemine tabi tutulur.
Hipermutasyon ileminde de duyarlk ile doru orant sz konusudur.
Hipermutasyondan sonra oluan sete ise C* populasyonu denir.
Klonlama ve hipermutasyondan sonra gelimi bireyleri populasyona eklemek
iin tekrar bir seme ilemi yaplr ve M hafza seti oluturulur. Bu seme
ileminden sonra P populasyonundaki baz hcrelerin yerlerini C* setindeki baz
hcrelere brakmalar olasdr.
Populasyonda eitlilii salamak amacyla P populasyonundaki d tane birey
yeni retilen bireyler ile yer deitirir. Dk duyarllkl bireylerin yer deitirme
ihtimali daha fazladr.

KLONAL SEIM ALGORITMAS RNEK
Aada verilen gzlem tablosunda X1 Ve X2 niteliklerinden Y snf
olumaktadr. Bu gzlem deerlerine bal olarak yeni bir gzlem olan
X1=8, X2=4 deerlerinin hangi snfa dahil olduunu bulalm.

Duyarllk yani affinity deeri 1-D forml ile bulunmaktadr. Dolays ile uzaklk ne kadar kk
olursa duyarllk o kadar yksek olur. (5,8),(9,7),(6,3) en yksek duyarlla sahip
elemanlarmzdr yani P
n
kmesini olutururlar. Seilen bu en iyi bireyler antijene olan
duyarllklarna bal olarak klonlanrlar (oalrlar). Duyarll yksek olan bireylerin
oluturaca klon says yksek, duyarll dk olan bireylerin oluturaca klon says dk
olacaktr. Bylece C klon kmesi oluturulmu olur. Bu rnekte tm bireyler eit sayda
klonland.

Klonlardan oluan C kmesi hipermutasyona uratlr ve C* poplasyonu
oluturulur. Mutasyon oran, ka stunun mutasyona urayacan belirten
deerdir. Burada mutasyon oran 1 olarak alnd yani 1 stun mutasyona
uratld. Mutasyon random olarak yaplmaldr.

Klonlama ve hipermutasyondan sonra gelimi bireyleri
poplasyona eklemek iin yeniden seme ilemi yaplr ve M
hafza seti oluturulur. Bu seme ileminden sonra P
poplasyonundaki baz hcrelerin yerlerini C* setindeki baz
bireylere brakmalar olasdr (P poplasyonundaki dk
duyarllkl bireyler C* setindeki yksek duyarllkl bireylerle yer
deitirebilir).
C* ile Ag arasndaki uzaklklar klid forml ile hesaplandnda,
(7,9) antijenine en yakn antikorun (6,8), (D=1,41)
(11,7) antijenine en yakn antikorun (9,8), (D= 2,23)
(10,2) antijenine en yakn antikorun (9,3) (D= 1,41) olduu
grlr ve bu deerler P poplasyonuna dahil edilir. P
poplasyonundaki (2,4) deeri 3 antijene de en uzak deer
olduu iin P poplasyonundan kartlr.

Yaplan bu ilemler sonucunda verilerimiz klonal seim algoritmas
ile eitilmitir. Klonlama ve mutasyon ilemleri antikorlarn
antijenlere olan duyarllklarn arttrm olup (daha fazla sayda ve
daha salkl veriler elde edilmesi ile) snflandrma baarsnda art
olacaktr.

En yakn k-komu algoritmas ile k=3 alarak (7,9),(11,7) ve (10,2)
deerlerini test edelim:

Daha nce hi karlalmam veri ile karlald zaman da baarl

bir snflandrma yapmak mmkndr: (8,4) gzleminin hangi snfa
dahil olduunu bulabiliriz:

(8,4) noktas ile P poplasyonundaki deerlerin uzaklklarn klid forml
ile hesaplarsak;
(8,4)-(3,6) aras uzaklk 5,38
(8,4)-(3,4) aras uzaklk 5
(8,4)-(4,10) aras uzaklk 7,21
(8,4)-(5,8) aras uzaklk 5
(8,4)-(6,3) aras uzaklk 2,23
(8,4)-(9,7) aras uzaklk 3,16
(8,4)-(6,8) aras uzaklk 4,47
(8,4)-(9,8) aras uzaklk 4,12
(8,4)-(9,3) aras uzaklk 1,41

En yakn olan deerler (6,3),(9,7),(9,3) deerleridir ve bunlarn ait olduu
snflar Y, KT, KT olduu iin (8,4) gzlemi KT snfna dahildir.