1A25 (Protein Kinase C beta type)

mode | affinity | dist from best mode

| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -3.7 0.000 0.000
2 -3.7 1.438 2.088
3 -3.7 0.737 1.600
4 -3.5 1.431 2.491
5 -3.5 2.414 3.859
6 -3.5 1.552 1.747
7 -3.4 3.380 4.464
8 -3.3 3.151 3.943
9 -3.2 3.151 3.681

mode | affinity | dist from best mode
| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 16.9 0.000 0.000
2 19.3 1.985 4.970

mode | affinity | dist from best mode
| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -4.2 0.000 0.000
2 -4.0 3.527 4.750
3 -3.8 0.996 4.067
4 -3.8 1.372 4.575
5 -3.8 2.419 3.276
6 -3.6 2.288 3.558
7 -3.6 2.224 4.549
8 -3.6 2.288 3.322
9 -3.6 1.562 4.145

mode | affinity | dist from best mode
| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -3.7 0.000 0.000
2 -3.6 1.339 3.299
3 -3.6 1.028 3.227
4 -3.3 0.951 2.577
5 -3.3 1.137 3.463
6 -3.3 1.206 2.130
7 -3.3 1.460 2.520
8 -3.3 1.298 2.993
9 -3.3 1.291 2.983

mode | affinity | dist from best mode
| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -0.6 0.000 0.000
mode | affinity | dist from best mode
| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -3.7 0.000 0.000
2 -3.6 1.013 3.222
3 -3.6 1.339 3.294
4 -3.5 1.151 3.488
5 -3.4 1.187 3.429
6 -3.3 1.129 2.058
7 -3.2 1.287 1.645
8 -3.2 1.056 2.645
9 -3.2 1.297 2.925

mode | affinity | dist from best mode
| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
Writing output ... done.
WARNING: Could not find any conformations
completely within the search space.
WARNING: Check that it is large enough for all
movable atoms, including those in the flexible
side chains.

mode | affinity | dist from best mode
| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -3.8 0.000 0.000
2 -3.5 2.168 4.718
3 -3.0 1.446 4.574
4 -2.9 1.676 2.713
5 -2.3 2.223 4.747
6 -2.3 1.899 5.143
7 -2.2 1.875 4.875
8 -1.9 2.242 4.979
9 -1.4 1.748 4.461

mode | affinity | dist from best mode
| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -2.0 0.000 0.000
2 -1.9 1.136 1.715
3 -1.9 1.818 2.390
4 -1.8 2.883 3.660
5 -1.8 2.612 3.817
6 -1.7 2.581 2.716
7 -1.6 2.629 3.739
8 -1.6 2.268 2.522
9 -1.5 2.447 3.256



Beberapa parameter interaksi ligan-protein
dapat dianalisis, di antaranya energi
bebas ikatan (G), afinitas (pKi) tetapan
inhibisi (Ki), efisiensi, dan ikatan
hidrogen. Kompleks protein-ligan yang
dipilih adalah yang memiliki nilai energi
ikatan dan tetapan inhibisi terkecil untuk
kemudian dibandingkan lebih lanjut
dengan standar inhibitor kanker
kolorektum.

RMSD (Root Mean Square Deviation) adalah
parameter yang digunakan untuk mengevaluasi
kemiripan dua buah struktur. Kemiripan tersebut diukur
bedasarkan perbedaan jarak atom sejenis.

Analisa data perbandingan
nilai dinyatakan dengan RMSD (Rate Mean
Square
Deviation). Metode docking dikatakan baik
jika nilai
RMSD-nya lebih kecil atau sama dengan 2,5 (
2,5).
Jika nilai RMSD yang diperoleh lebih besar dari
2,5 (> 2,5), metode yang digunakan tidak
dapat
dipercaya.

Nilai RMSD menunjukkan perbedaan
koordinat antara dua ligan. Semakin kecil nilai
RMSD,
semakin mirip kedua struktur ligan yang
ditumpangtindihkan. Nilai RMSD yang masih
dapat
diterima yaitu < 2,0