Lesgrandesvoiesmtaboliques:

Glycolyse
(1repartiedgradationglucose)

CycledeKrebsoucycledelacidecitrique
(2mepartiedgradationglucose,acidesgras,AA)

Voiedespentosesphosphate
(pouvoirrducteur,pentosespouracidesnucliques)

Gluconogenseounoglucogense
(synthseglucose)

Glycogne(synthseetdgradation)
Biosynthse&dgradationdesacides
gras
Biosynthse&dgradationdes
acidesamins

MTABOLISMEDESACIDESAMINS
1. Introduction
Structureetfonctionsdesacidesamins
2. Dgradationdesprotines
3. Dgradationdesacidesamins
Transamination etdsaminationoxydative
Cycledelure
Devenirdusquelettecarbon
4. Biosynthsedesacidesamins

MTABOLISMEDESACIDESAMINS
1. Introduction
Structureetfonctionsdesacidesamins
2. Dgradationdesprotines
3. Dgradationdesacidesamins
Transamination etdsaminationoxydative
Cycledelure
Devenirdusquelettecarbon
4. Biosynthsedesacidesamins

FONCTIONSDESACIDESAMINS
Briquesdeconstructiondesprotines:
22acidesaminsprotinognes permettentlaproductionduntrsgrand
nombredeprotines avecdesfonctionsdesplusdiverses

Stockage de matriel
(ferritine)

Composants structurels
(peau, muscles)
Enzymes

Dfense
Hormones
Transporteurs (immunoglobuline)
(glucagon, insuline) (hmoglobine)

Prcurseurspourlasynthsedemolculestellesquehormones thyroxine
neurotransmetteurs srotonineetc

Sourcednergie; ladgradationdesa.a.peutfournirdelnergie;toutefois,lesa.a.ne
sont en gnral pas stocks (ou parfois sous la forme de protines de stockage) la
4
diffrencedessucresetdesacidesgras.

STRUCTUREDESACIDESAMINS
Groupeamine
Chanenonpolaire

Groupeacidecarboxylique

Groupe qui permet chaque AA

davoir des proprits physiquechimique diffrentes (ex. polarit,
charge lectrique, groupe ractif
acide ou basique etc.)
Chanepolairenon
charge
Chaneacide
5

Chanebasique

CYCLEMTABOLIQUEDESACIDESAMINS
acide amin

AA-ARNt

Biosynthse des
acides amins

Intermdiaires du
mtabolisme

Oxydation
(Respiration)
ou
Biosynthses:
sucres, lipides,
chlorophylle, hme

Acides amins

CARACTRISTIQUESDESPROTINESCELLULAIRES
Synthtises et dgrades
continuellement.
Demiviedequelquesminutes,
heuresoujours.
Dgradationcontrle
Les enzymes de contrle sont
lesmoinsstables.
Ltat nutritionnel et les
hormonesaffectentlavitessede
dgradation.

Temps de demi-vie de quelques protines de foie de rat

enzyme

Demi-vie (heures)

Enzymes courte vie

Ornithine dcarboxylase
RNA polymrase I
Tyrosine aminotransfrase
Serine hydratase
PEP carboxylase
Enzymes longue vie
Aldolase
GAPDH
Cytochrome b
LDH
Cytochrome c
Hmoglobine

- limination des protines anormales ou dnatures

- Contrle mtabolisme
- Dgradation en cas de carence dautres sources dnergie

120 jours

MTABOLISMEDESACIDESAMINS
1. Introduction
Structureetfonctionsdesacidesamins
2. Dgradationdesprotines
3. Dgradationdesacidesamins
Transamination etdsaminationoxydative
Cycledelure
Devenirdusquelettecarbon
4. Biosynthsedesacidesamins

PLUSIEURSTYPESDEDGRADATIONSPROTIQUES

1.Protases 2.Protolysedans 3.UbiquitineProtasome

(ATPdpendant)
leLysosome:
extracellulaires
Pour commencer la
digestion des protines
assimiles

4.Autresprotases
cellulaires

petits organites contenant

plusieurs protases
Petite protine ubiquitaire
(absente chez les procaryotes)

Lesprotasesengnralcatalysentleclivageparhydrolysedelaliaisonpeptidique
entredeuxacidesamins: Liaison
peptidique

Hydrolyse

2.1.DESPROTASESEXTRACELLULAIRESDIGRENTLES
PROTINESASSIMILES
Desprotasesprsentesdanslestomacetlintestin(pepsine,chymotrypsine,
trypsine etc.)..permettentladigestiondesprotinesingres.

Lesacidesaminsetlespetitspeptidessontabsorbsparlescellules
pithlialespuistransfrsauxtissus(surtoutdanslefoie)vialacirculation
sanguine.

2.2.DGRADATIONLYSOSOMIALEDESPROTINES

Enzymes Actifs pH 5
Le systme de dgradation est rgul par
un systme de protases dont lactivit
est dpendante du pH.

Lactivit deslysosomesestrelativementpeuspcifique.
Enconditionsdejenelactivit estparticulirementleveafindutiliser
lnergiedesprotines.

2.3.DGRADATIONDESPROTINESCELLULAIRES:
UBIQUITINEETDGRADATIONPARLEPROTASOME
Noyau,
Cytosol,
(RE)

Dgrades par
des protases
non spcifiques

Peptides
(~8 AA)

Protine
condamne
Protasome

E1: Enzyme qui active lubiquitine

E2: Enzyme catalysant la conjugaison de lubiquitine la protine cible.
12
E3: Enzyme qui reconnat la protine cible (ubiquitine ligase)

animation.swf

Rgulation du temps de vie dune protine

AA hydrophobes

Signal pour la
dgradation

AA hydrophiles

Protine normale

Dans une protine bien replie les

AA hydrophobes sont lintrieur

Protine mutante, mal replie, dnature

Dans une protine mal replie des AA

hydrophobes sont exposs lextrieur

Le rsidu N-terminale est aussi important pour le contrle de la vitesse dubiquitinisation:

Met, Thr, Ser, Gly, Val= + stables
Lys, Arg, His, Phe, Tyr, Trp, Ile, Leu, Asp, Glu, Gln, Asn= - stable

+H

3N-

Exemple: beaucoup de protines qui doivent tre adresses dans le rticulum endoplasmique
possdent des rsidus qui les rendent moins stables dans le cytosol (donc les protines mal
13
adresses sont dgrades par le systme ubiquitine-protasome du cytosol)

2.4.PROTASESCELLULAIRESSPCIFIQUESDE
COMPARTIMENTSCELL.
Dautresprotasescellulaires,localisesdansdiffrentscompartiments
cellulaires,catalysentladgradationdeprotinesspcifiques.

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Structureetfonctionsdesacidesamins
2. Dgradationdesprotines
3. Dgradationdesacidesamins
Transamination etdsaminationoxydative
Cycledelure
Devenirdusquelettecarbon
4. Biosynthsedesacidesamins

15

MTABOLISMEDESACIDESAMINS

protases
Utilisation

Synthse de
protines

Acides amins

Partietoxique

Dgradation

Cycle de
lure

limine de
lorganisme

Ure

Partie insrerdanslemtabolisme
Squelette des
atomes de carbone

Glucose

Actyl-CoA

Corps ctoniques

Le squelette de carbone est utilis soit pour des

voies cataboliques, soit pour de voies anaboliques

 TRANSAMINATIONETDSAMINATIONOXYDATIVE
DUGLUTAMATE
Lefoieestlesiteprincipaldedgradationdesacidesaminschezlesmammifres

Vuegnrale:
Legroupeamine denombreuxAAesttransfr lctoglutarate
pourformerleglutamate,quiestensuitedsamin oxydativement pourproduire
NH4+ (ionammonium).

17

TRANSAMINATION
LesenzymesquicatalysentletransfertdungroupeaminedunAA unctoacide sont
desAMINOTRANSFRASES(ractiondetransamination).Latransamination nentrane
aucunedsaminationnette.
-amine

-cto

AA1 + -ctoacide -ctoacide + AA2

Exemples:

Aspartate
aminotransfrase

1)

aspartate + -ctoglutarate oxaloactate + glutamate

2)

alanine + -ctoglutarate pyruvate + glutamate

Alanine
aminotransfrase

Squelette de carbone

 DSAMINATIONOXYDATIVEDUGLUTAMATE
Ladsaminationoxydative duglutamate mne laformationduNH4+ etctoglutarate
LadsaminationoxydativeduglutamateestralisedanslamitochondrieparlaGlutamate
dshydrognase
Glutamate
dshydrognase
(GDH)

Contrle de la Glutamate dshydrognase:

(-) ATP-GTP inhibiteurs allostriques
(+) ADP-GDP activateurs allostriques

TRANSAMINATIONETDSAMINATIONOXYDATIVE
DUGLUTAMATE
Stchiomtriefinale(aminotransfrase +glutamatedshydrognase):

aminotransfrase

glutamate dshydrognase

-acide amin + NAD(P)+ -ctoacide + NH4+ + NAD(P)H + H+

Squelette de carbone

Toxique: il faut lliminer

(cycle de lure)

20

 CYCLEDELURE(UROGENSE)
NH4+ est un puissant dcouplant des gradients de protons. Lors dun repas
protique ou de la dgradation de protines, il faut liminer lexcs de NH4+ sous
uneformemoinstoxique.

des concentrations leves dammonium

sont toxiques pour la cellule:
Perturbe les gradients de H+
transmembranaires.

Nb: respiration mitochondriale (Bionergtique L3)

21

CYCLEDELURE
Le cycle de lure (dans le foie) est utilis par la plupart des vertbrs pour
liminerlexcsdeNH4+ sousuneformemoinstoxique
Nb: Dautres animaux utilisent
dautres voies pour liminer
lexcs de NH4+: oiseaux et reptiles
utilisent lacide urique et de
nombreux animaux aquatiques
excrtent
directement
lion
ammonium

acide urique
2ATP

Stchiomtrie:
22
NH4+ + CO2 + 3 ATP + aspartate + 2 H2O ure + 2 ADP + AMP + 4 Pi + fumarate

 CYCLEDELURE

Phasemitochondriale
d

c lacarbamoylphosphate synthtase
utiliseleCO2,leNH4+ et2ATPcomme
substratspourformerle
carbamoylphosphate.
c
2ATP

d l'ornithine carbamoyltransfrase
(transcarbamylase)transfreleradical
carbamoyle surl'ornithine pourformerla
citrulline.

CYCLEDELURE
Phasecytosolique

+ ATP

e Lacitrulline esttransportedansle
cytosol.Souslactionde
l'argininosuccinate synthtase la
citrulline secondenseavecl'aspartate
pourdonnerl'argininosuccinate avec
consommationd'unemolculedATP.

f largininosuccinate lyase assurele

clivageenarginine etenfumarate.

c
2ATP

g Lhydrolysedelarginine terminele
cycle.Ilseformedelure etde
lornithine.Laractionestcatalysepar
larginase.
Lureestexcrtepourtrelimine
danslurine,lornithine esttransporte
danslesmitochondriespourrinitier le
cycle.

 LECYCLEDELUREESTLI AUCYCLEDEKREBS
Cetazoteprovientduglutamatepardsamination
oxydative (et donc finalement de nimporte quel
AApartransamination aveclctoglutarate)
Lautre azote de lure provient de
nimporte quel AA par transamination
avecloxaloactate

(limination de
2 atomes N)

Cycle de Krebs

25

DEVENIRDUSQUELETTEDECARBONE
LadgradationdesA.A.mne laformationdintermdiairesmtaboliquesmajeurs
Seulement ctognes

La dgradation du squelette
de carbone des AA forme des
intermdiaires qui peuvent
tre convertis en glucose ou
oxyds par le cycle de Krebs

7 produits de dgradation au total

Les AA qui forment pyruvate ou intermdiaires du cycle de Krebs sont dits glucoformateurs.
Les AA qui forment actyl-CoA ou actoactyl-CoA sont dits ctognes

MTABOLISMEDESACIDESAMINS
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Structureetfonctionsdesacidesamins
2. Dgradationdesprotines
3. Dgradationdesacidesamins
Transamination etdsaminationoxydative
Cycledelure
Devenirdusquelettecarbon
4. Biosynthsedesacidesamins

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BIOSYNTHSEDESACIDESAMINS
Les plantes et les bactries sont capables de synthtiser tous leurs acides
amins.Lesmammifres,seulementunepartie.
Essentiels: obtenirparlalimentation.
Nonessentiels:quipeuventtresynthtiss.

910acidesaminsnepeuventpastre
synthtissparlesmammifres.
Histidine et Arginine, sont dits semi
essentiels car seuls les nourrissons ont
besoin d'un apport exogne (on les
trouvedanslelaitmaternel).

BIOSYNTHSEDESACIDESAMINS:ASSIMILATIONDELNH4+
LNH4+ est assimil dans les AA par la voie du glutamate et de la glutamine:
Glutamate
dshydrognase
NH4+ + -ctoglutarate + NADPH + H+ glutamate + NADP+ + H20
Raction oppose celle de la dsamination oxydative du glutamate, mais en
utilisant le NADPH

Bactries et Plantes

formation glutamate, assimilation NH4+

-formation NH4+ (et cycle de lure),

--ctoglutarate Krebs

Animaux
29

ASSIMILATIONDELNH4+ PARLAGLUTAMINESYNTHTASE
Lion ammonium est incorpor dans la glutamine par laction de la glutamine
synthtase, enzyme cl pour le contrle du mtabolisme des acides amins.

Glutamine
Synthtase
(GS)

glutamate + NH4+ + ATP glutamine + ADP + Pi + H+

Utilise comme donneur dazote et pour la synthse

de nombreux composs
30

Le squelette de carbone pour la synthse des AA provient des intermdiaires de la

glycolyse, de la voie de pentoses phosphate ou du cycle de Krebs
31

FIXATIONDELAZOTEMOLCULAIRE
Les organismes suprieurs ne sont pas capables dutiliser lazote molculaire (N2)
comme source dazote: la seule source dazote non organiques pour les animaux est le
NH4+; pour les plantes, galement nitrite NO2-, et nitrate NO3Certains bactries sont capable de fixer lN2 molculaire en NH3 (ractions
indispensables pour le cycle de lazote):
Exemple: les bactries symbiotiques Rhyzobium
envahissent les racines des plantes lgumineuses et,
dans les nodules forms, fixent lazote molculaire:
N2 + 8e- + 16ATP + 16H2O 2NH3 + 16ADP + 16Pi + H2 + 8H+

Raction catalyse par le complexe nitrognase: cette

enzyme permet la rduction de lazote molculaire qui
possde trois liaisons covalentes haute nergie:
N N
32