Cytoscape: plugin BINGO

Instituto Tecnologico de La Paz

Bioinformatica
Calixto Heredia Lidda Mariam

Plugins
Una de las grandes cualidades de Cytoscape es que es de
cdigo abierto, por lo que cualquier usuario puede aportar nuevas
herramientas creando un plugin y distribuyndolo.

Esto ha convertido a Cytoscape en una aplicacon muy poderosa

con multitud de utilidades para resolver.

BINGO
La herramienta Biological Networks
Gene Ontology (Bingo)
Herramienta de Java de cdigo abierto,
calcula trminos GO en la red y los
muestra como una red de GO en
trminos significativos.
Bingo se puede utilizar ya sea en una
lista de genes, pegada como texto, o de
forma interactiva en subgrafos de redes
biolgicas visualizados en Cytoscape.

Que es GO?
El proyecto de ontologa de genes (GO) es un esfuerzo de
colaboracin para hacer frente a la necesidad de descripciones
coherentes de productos gnicos a travs de bases de datos.
Fundado en 1998, el proyecto comenz como una colaboracin
entre tres bases de datos organismo modelo, FlyBase
(Drosophila), la base de datos del genoma Saccharomyces
(SGD) y la base de datos del genoma del ratn (MGD).

Que es GO?
El Consorcio GO (GOC) ha crecido desde
entonces para incorporar muchas bases de datos,
entre ellos varios de los principales repositorios del
mundo para plantas, animales, y de los genomas
microbianos.
Ha desarrollado tres, vocabularios estructurados
controlados (ontologas) que describen productos
genticos en trminos de sus procesos biolgicos
asociados, componentes celulares y moleculares
funciones de manera independiente de la misma
especie.

Bibliografia
http://geneontology.org/
http://www.psb.ugent.be/cbd/papers/BiNGO/Home.html
http://www.psb.ugent.be/cbd/papers/BiNGO/Tutorial.html