No prompt, rode o comando diskpart.

Ele pode demorar alguns segundos para iniciar,

quando estiver carregado aparecer esquerda DISKPART>.
No prompt dele, digite:
list disk
Tecle enter aps os comandos em vermelho, em cada linha (antes que me perguntem...).
Ele vai mostrar os discos, status, tamanho. Identifique o seu pen drive pelo nmero:
Disco 0, Disco 1, Disco 2, Disco 3, etc. Para saber qual seu pen drive, observe a
capacidade, j que seu HD dever ser bem maior. Se estiver em dvida, rode o comando
com e sem o pen drive plugado para ver o que muda.
Agora selecione o disco, digitando:
select disk 1
Cuidado para no digitar o nmero errado, seno voc excluir os dados de algum dos
seus discos rgidos. Troque o nmero 1, naturalmente, pelo nmero correspondente ao
seu pen drive.
Rode estes comandos, dando enter aps cada linha:
clean
create partition primary
select partition 1
active
format fs=NTFS
assign
exit
Voc sair do diskpart, mas ainda no terminou.
Nota: voc poderia formatar o pen drive pela interface grfica do Windows, mas seria
necessrio recorrer ao diskpart para marcar a partio como "ativa". Por isso vale a pena
citar os passos j no diskpart :)
Coloque no drive de CD/DVD a mdia do Windows que voc quer copiar para o pen
drive (lembre-se, Vista ou Seven, aqui no vale para o XP).
Ainda no prompt (mas j fora do diskpart), alterne para a unidade do CD/DVD.
Supondo que seja a unidade D:, digitaria:d:
cd d:\boot

Isso te leva para a pasta boot, do DVD do Windows. Rode o bootsect para tornar o drive
bootvel. Assim:
bootsect /nt60 e: