DIVERSIDAD

MICROBIANA

Cuntas especies hay en la tierra?

1,5 millones de especies descritas hasta el momento

Vertebrados
>50.000
50 000

Aves
M f
Mamferos
Reptiles
Anfibios
Agnatos
Condrioticos
Osteicticos
Artrpodos
Insectos
Arcnidos
Crustceos
Equinodermos 6.000
Moluscos
60.000
Anlidos
12.000
Platelmintos
12.000
Nematodos
15.000
Cnidarios
9.500
Poriferos
7.000

9500
4400
7000
5000
100
1000
20000
800.000-950.000
80.000
40.000

Plantas
280.000

Hongos
Protoctistas
Procariotas
10.000

Angiospermas
Gimnospermas
B i fi
Briofitos
Pterofitos
Protozoos
Algas
Bacterias
Arqueas

240.000
1.000
20 000
20.000
12.000
60.000-70.000
40.000
40.000

PROBLEMAS PARA CONOCER LA DIVERSIDAD MICROBIANA

SOLO SE HAN PODIDO CULTIVAR HASTA AHORA

EL 1-3% DE LOS MICROORGANISMOS

LLEGAN LAS TCNICAS MOLECULARES EN NUESTRA AYUDA

QUE ES UNA ESPECIE EN MICROBIOLOGA?

- La morfologa no sirve, especialmente en el caso de los procariotas

-La
La definicin clsica de que dos organismos pertenecen a una misma especie si estos pueden
cruzarse y sus descendientes no son estriles, tampoco sirve.
- Para los microorganismos se utilizan tcnicas de hibridacion DNA-DNA. Usualmente dos cepas
son consideradas de la misma especie si su DNA hibrida por encima de un 70%.
70%
- Tambin se utiliza la comparacin de secuencias del 16S o 18S rDNA, en este caso su
similaridad ha de superar el 97%.
- Algunas cepas con menos del 70% de hibridacin DNA-DNA muestran una similaridad del 16S o
18S superior al 97%, luego las estimaciones basadas en la comparacin de secuencias de estas
subunidades subestiman el nmero de especies segn el primer criterio.
- Ahora se sabe que incluso cepas con idntica secuencia de 16S o 18S no tienen por que ser
iguales (Ej: Pseudo-nitzschia delicatissima)

R Rhodoseudomonas
hodopseudomons
palustris

Escherichia
Escherichia coli

Pseudo-nitzschia delicatissima

DONDE NOS
ENCONTRAMOS?

Filogenia universal
16S/18S rRNA

Eucarya
Fungi
Animals
Plants

Archaea
Halobacteriaceae

Cyanobacteria

Bacteria

DNA formando cromosomas lineales

HISTONAS

Algunas Arqueas tienen histonas

TELMEROS

REPLICACIN SIMULTANEA EN VARIOS SITIOS DEL CROMOSOMA

INTRONES

Algunas Arqueas
tienen intrones

DNA BASURA

MAYOR TAMAO

1 m

Euglena terricola
Lpez-Garca et al. Nature (2001)

Thiomargarita namibiensis quimiolitotrofo sulfooxidante y respiradora de

nitrato

RIBOSOMAS DE MAYOR TAMAO

RETCULO

ENDOPLASMTICO

MITOSIS

CITOESQUELETO

(Actina)

(Tubulina)

CENTRIOLOS

FLAGELOS EUCARIOTICOS: UNDULIPODIOS

CLOROPLASTOS
M
Merezhkovsky,
hk
k 1905
Margulis, 1967

Wallin 1925
Wallin,

Segn los anlisis de comparacin de secuencias de

COMO
SURGI
LA
CLULA
genes, los
l genes de
d eucariotas
i t relacionados
l i d con ell
DNA (el cdigo
gentico) se parecen a genes de
EUCARIOTICA?
arqueas, los genes que tienen que ver con la
obtencin de energa y el metabolismo en general se
parecen a los genes de bacterias

Autogenous
g
model
The nucleus evolved in an
archaeal-like lineage.
Mitochondria derive from a
bacterial endosymbiont.

Th model
The
d l off
Lake & Rivera 1994
Gupta & Golding 1996
One bacterium engulfs a
crenarchaeote ('eocyte'), a
member of the Archaea

The model of Zillig 1991

Eukaryotes derive from a fusion
or unspecified symbiosis
between one archaeon and
one bacterium

Alphaproteobacterium

The model of Searcy 1992

The model of Sogin 1991

An RNA-based protoeukaryote engulfs an
archaeon

Serial Endosymbiosis Model

Margulis 1993

A Thermoplasma-like
archaeon established a
symbiosis with
spirochetes, acquiring
motility. Later on,
mitochondrial ancestors
Alphaproteobacterium becames endosymbionts

A viral origin
The eukaryotic nucleus
would be the result of the
infection of a protoeukaryotic lineage by a
complex virus

Eukaryotes derive from a

sulphur-based symbiosis
between a bacterium that
became the mitochondrion
and a Thermoplasma-like
archaeon

S0

H2S

organics

CO2
H
2

CH4

CO2

organics

Hydrogen hypothesis

CH4

Martin & Mller 1998

CO2

Syntrophy hypothesis

A eukaryotic-like cenancestor

Moreira & Lpez-Garca

Lpez Garca
Eukaryotes 1998
emerged from a

hydrogen-based symbiosis
between a H2-producing
myxobacterium and a
methanogenic archaeon.
Mitochondria derived from
methanotrophic
alphaproteobacteria

A nucleus-bearing
eukaryotic-like organism
would be ancestral. It
acquired mitochondria later
in evolution.
Alphaproteobacterium

DIFFERENT MODELS FOR THE

ORIGIN OF EUKARYOTES

Tomados de: Lpez-Garcia et al.

al (2006).
(2006) Ancient Fossil Record and Early
Evolution (ca. 3.8 to 0.5 GA). Earth, Moon, and Planets.
Cap 7. Springer.

Eukaryotes emerged from a

hydrogen-based symbiosis
between a fermentative
alphaproteobacterium that
became the mitochondrion
and a methanogenic
archaeon (Euryarchaeota)

Filogenia universal
16S/18S rRNA

Eucarya
Fungi
Animals
Plants

Archaea
Halobacteriaceae

Cyanobacteria

Bacteria

La filogenia eucaritica emergente

Amoebozoa

Plantae

Malawimonas

"Typical" amoeba
Mycetozoan slime moulds

Chromalveolates

Diplomonads
Excavates
Retortamonads
C
Carpediemonas
di
Parabasalia
Euglenozoa,
Heterolobosea

Plants + green algae

R d algae
Red
l

Oxymonads
Trimastix

Glaucocystophytes

Jacobids

Pelobionts + Entamoeba

Foraminifers
C
Cercozoa

Animals
Choanoflagellates
Ichtyosporea
Fungi (+ Microsporidia)
Nucleariid amoeba

Radiolaria
Centrohelid Heliozoa
Apusomonads
p
mitochondria

Opisthokonts
Eukaryotes
Prokaryotes

Bacteria

Archaea

Existencia de unos pocos super-grupos monofilticos

Rhizaria

En filogenia, un grupo es
monofiltico (del griego: de una
rama)) si todos los organismos
incluidos en l han evolucionado a
partir de un ancestro comn, y
todos los descendientes de ese
ancestro estn incluidos en el
grupo.
Por el contrario, un grupo que
contiene
ti
algunos
l
pero no todos
t d los
l
descendientes del ancestro comn
ms reciente se llama parafiltico,
y un grupo taxonmico que
contiene organismos pero carece
de un ancestro comn se llama
polifiltico.

La filogenia eucaritica emergente

Amoebozoa

Plantae

Malawimonas

"Typical" amoeba
Mycetozoan slime moulds

Chromalveolates

Diplomonads
Excavates
Retortamonads
C
Carpediemonas
di
Parabasalia
Euglenozoa,
Heterolobosea

Plants + green algae

R d algae
Red
l

Oxymonads
Trimastix

Glaucocystophytes

Jacobids

Pelobionts + Entamoeba

Foraminifers
C
Cercozoa

Animals
Choanoflagellates
Ichtyosporea
Fungi (+ Microsporidia)
Nucleariid amoeba

Radiolaria
Centrohelid Heliozoa
Apusomonads
p
mitochondria

Opisthokonts
Eukaryotes
Prokaryotes

Bacteria

Archaea

Existencia de unos pocos super-grupos monofilticos

Rhizaria

Diplomonads
Retortamonads
Excavates Carpediemonas
Parabasalia

Chromalveolates

Euglenozoa,
Heterolobosea

Amoebozoa

Plantae

Malawimonas

"Typical" amoeba
Mycetozoan slime moulds

Plants + green algae

Red algae

Oxymonads
Trimastix

Glaucocystophytes

Jacobids

Pelobionts + Entamoeba

Foraminifers
Cercozoa

Animals
Choanoflagellates
O i th k t
Opisthokonts
Ichtyosporea
Fungi (+ Microsporidia)
Nucleariid amoeba

Rhizaria

Radiolaria
Centrohelid Heliozoa
Apusomonads
mitochondria

Eukaryotes

qu pasa con los

procariotas?
p

Prokaryotes

Bacteria

Archaea
Stechmann & Cavalier-Smith, Curr Biol (2003)

Subsuperficie del suelo 3

3.5
5 x 1030 clulas bacteriana
Oceanos 0.25-2.5 x 1030 clulas bacterianas
Estimaciones totales: 4-6 x 1030 clulas bacterianas
(en conjunto contienen casi tanto C como el que almacenan las plantas de 60-100%- y una gran cantidad de N y P, a pesar de su nfimo tamao)

PATRONES DE DISTRIBUCIN
DE LA DIVERSDAD BACTERIANA
EN SUELOS

El pH del suelo influye sobre la

diversidad de bacterias

PATRONES DE DISTRIBUCIN DE LA DIVERSDAD BACTERIANA EN LOS OCEANOS

Al contrario de lo que parece ocurrir en los suelos, en los ocanos el patrn de
distribucin de la diversidad bacteriana se corresponde
p
con el encontrado p
para
organismos macroscpicos

La temperatura del
agua influye
i fl
sobre
b la
l
diversidad bacteriana

Mediante diferentes tcnicas se han encontrado arqueas ampliamente distribuidas por

todo el ocano
Pertenecen a los grupos Euryarchaea y Crenarchaea
Son metablicamente activas y constituyen el 40% de los microorganismos del medio
marino profundo
Empieza a conocerse algunas de sus caractersticas (ej. una gran cantidad de las
arqueas son autotrficas:
t t fi
fijan
fij CO2 y oxidan
id amonio).
i ) Recientemente
R i t
t se ha
h aislado
i l d una
Crenarchaea (Nitrosopumilus maritimus)
DeLong PNAS
DeLong.
PNAS. 2006