Aminoacizi si proteine

Aminoacizi
Structura,

clasificare, proprietati fizico-chimice

Legatura peptidica
Alte tipuri de legaturi chimice din moleculele
proteice
Proteine- nivele de organizare
Structura primar
Structura secundar
Structura teriar
Structura cuaternar

Proprietile acido-bazice ale

aminoacizilor
Avnd n molecul att grupri acide ct i bazice,

aminoacizii au caracter amfoter, acionnd, astfel, fie ca

acid (donor de protoni), fie ca baz (acceptor de protoni).
n soluie, gruparea carboxilic poate s disocieze de H +,
cptnd sarcin negativ (COO -), iar gruparea aminic,
bazic, poate prelua ioni de H+ (poate fi protonat),
cptnd sarcin pozitiv (-NH3+).
Dac ambele grupri funcionale ale unui aminoacid au
sarcini, se obin zwitterioni (din l. germana, = ioni
hibrizi ) = amfiioni.
COOH

H3N CH
R
Cation
(mediu acid)

+ H+

COO

H3N CH
R
Ion hibrid
(amfion)

+ OH-

H2O

COO

H2N CH
R
Anion
(mediu bazic)

Caracterul amfoter al
aminoacizilor
In mediul acid (exces de ioni H+),
COOH
+

H3N

CH
R

Cation
(mediu acid)

+ H+

COO+

H3N

CH
R

Ion hibrid
(amfion)

gruparea carboxilic
negativ a unui
COO
amfiion
(-COO-) este ocupat de H+,
+ OH
H2N CH
pierzndu-i
sarcina (-COOH); rmne
R
astfel ncrcat
cu sarcin pozitiv
H2O
doar gruparea
aminic (-NH3+). n
Anion
mediul
acid, aminoacidul este
(mediu bazic)
ncrcat pozitiv.

In mediul bazic (exces+ de ioni OH-),

COOH
gruparea aminic (-NH3+) a unui
amfiion
+ H+
+
H3N CH
elibereaz H+, care se va combina
cu
OH- pentru a forma H2O. Gruparea
R
aminic i pierde sarcina, rmnnd
Cation
ncrcat negativ doar gruparea
(mediu acid)
carboxilic. In mediul bazic
aminoacidul este ncrcat negativ.

COO+

H3N

CH
R

Ion hibrid
(amfion)

+ OH-

H2O

COOH2N

CH
R

Anion
(mediu bazic)

 Disocierea gruprilor acide i bazice ale aminoacizilor este

guvernat de legea aciunii maselor, ca i n cazul bazelor i
acizilor slabi; fiecrei grupri funcionale i corespunde o
constant de disociere (K), al crui logaritm (in baza 10)
negativ este numit pK. Valoarea pK1 a gruprii acide este
2,0-2,5; pentru gruparea aminic pK2 este 9,0-9,5.

concentratie

Forma
zwitterionica
Ambele grupari
protonate

Ambele grupari
deprotonate

Punctul izoelectric al
aminoacizilor

Aminoacizii dizolvai n medii ionizate prezint fenomenul de

migrare n cmp electric, fenomen ce poart numele de
ionoforez sau electroforez.
n soluii acide, moleculele ionizate vor migra spre catod (-), iar
n soluii alcaline spre anod (+).
Pentru fiecare dintre aminoacizi exist o valoare de pH, numit
pH izoelectric sau punct izoelectric (notat pI), la care molecula
este neutr, iar fenomenul de migrare electroforetic
nceteaz. La punctul izoelectric, numrul sarcinilor pozitive i
negative sunt egale (aminoacidul este deci electroneutru),
disocierea lui ca acid fiind egal cu disocierea ca baz.
n medii cu pH mai mic dect pI, aminoacidul se va comporta
ca baz, iar la pH mai mare dect pI el se va comporta ca acid.
Astfel, aminoacizii pot ndeplini funcia de tampon acido-bazic
n organism, proprietate manifestat mai pregnant n jurul
valorii pK1 i pK2.

Valorile de pK si pI ale aminoacizilor

Proprietile spectrale ale

aminoacizilor
Aminoacizii aromatici ca:

fenilalanina, tirozina i triptofanul

sunt responsabili de absorbia n
UV (cu un maxim cuprins ntre 275
nm i 285 nm) a majoritii
proteinelor. Dintre cei trei
aminoacizi, triptofanul absoarbe
cel mai intens radiaia UV.
Aceste proprietati spectrale ale
aminoacizilor aromatici (absorbtia
in jur de 280 nm) sunt utilizate
pentru determinarea
spectrofotometric a concentraiei
unor proteine n soluii.
Fenilalanina, tirozina i triptofanul
prezint i fenomenul de
fluorescen, emind lumina
absorbit la lungimi de und
superioare domeniului UV.

Spectrul de absorbie n UV a
aminoacizilor, la pH 8

Aminoacizi si Proteine
Aminoacizi
Structura,

clasificare, proprietati fizico-chimice

Legatura peptidica
Alte tipuri de legaturi chimice din moleculele
proteice
Proteine- nivele de organizare
Structura primar
Structura secundar
Structura teriar
Structura cuaternar

Legtura peptidic
Legtura peptidic este legtura format in urma reactiei de

condensare dintre gruparea carboxilic (-COOH) de la C1 al

unui aminoacid i gruparea aminic (-NH 2) de la C2 al altui
aminoacid, cu eliminarea unei molecule de ap.
-H2O
H
H
H
H
H2N C COOH
H2N C COOH
H2N C CO NH C COOH
R
R
R
R1
2
2
2

Gruparea -CO-NH-, caracteristic legturii peptidice, alternnd

cu grupri metinice formeaz "coloana vertebral (din engl.
backbone) a catenei polipeptidice .

Capat Nterminal
H

OH
Capat Cterminal

Reprezentarea grafic a legaturii

peptidice
Reprezentare grafic se poate realiza printr-o linie n zig-zag,

atunci cnd configuraia ei este determinat numai de

unghiurile de valen ale atomilor de carbon. De acest schelet
se fixeaz la nivelul carbonilor metinici resturile R caracteristice
aminoacizilor constitueni, orientate alternativ de-o parte i de
alta a lanului.
Perioada de identitate este de 0,723 nm, ntre carbonul al
unui aminoacid i carbonul al celui de al treilea aminoacid

C metinic

Leg. peptidic

0.723 nm

Perioada de
identitate

Formarea i geometria legturii

peptidice
Mezomeria lactam-lactimic se datoreaz oscilaiei
dublei legturi dintre atomul de carbon i oxigen, la
atomul de carbon i azot, datorit deplasrii
alternative al unui electron ntre NH i CO.
Rolul mezomeriei lactam-lactimic: determin
structura peptidelor i proteinelor.

N+
C

C
O

forma
lactam

forma
lactim

Dispunerea in plan a atomilor legturii

peptidice
Atomii legturii peptidice sunt ntr-un plan, ceea ce

confer rigiditate legturii amidice (peptidice).

Aceast orientare a legturii peptidice are importan
pentru conformaia spaial a catenei polipeptidice.

Legatura peptidica

Legtura peptidic poate s existe n dou forme: "cis" i "trans". Forma

"cis" este foarte rar ntlnit n structura proteinelor. Forma "trans" este mai
stabil din punct de vedere energetic, deoarece este mai srac n energie
- aproximativ 2 kcal/mol (respectiv 8,36 kJ/mol).

Flexibilitatea atomilor legturii peptidice

Catena polipeptidic are flexibilitate numai la
nivelul legturilor ce implic participarea
carbonilor metinici, capabile s execute astfel de
rotiri. Astfel, se pot efectua rotiri la nivelul
legturilor dintre C2 (C) i CO (unghi de rotatie
notat Psi ()), precum i dintre C2 i NH (unghi
de rotatie Phi ()).

Psi ()
Phi ()

Flexibilitatea atomilor din lantul peptidic

Aminoacizi si Proteine
Aminoacizi
Structura,

clasificare, proprietati fizico-chimice

Legatura peptidica
Alte tipuri de legaturi chimice din moleculele
proteice
Proteine - nivele de organizare
Structura primar
Structura secundar
Structura teriar
Structura cuaternar

Alte legaturi din moleculele proteice

Puntea de hidrogen

Puntea de hidrogen (numit i legtura de hidrogen) se

poate realiza n situaia n care un atom de hidrogen este
amplasat ntre doi atomi, ambii electronegativi. De exemplu,
in catena polipeptidic, potenialul de donare de hidrogen
este reprezentat de gruprile NH, iar cel de acceptare de
ctre gruprile C=O ale aceleiai catene, sau a unor catene
nvecinate. Cu alte cuvinte, puntea de hidrogen ar
reprezenta o aciune de schimb dintre atomul de azot i cel
de oxigen, a hidrogenului aparinnd gruprilor NH i CO.
Donor de
H

Acceptor
de H

Puntea de H este mai slab dect o

legtur covalent, avnd doar 1/10
din energia de legare; energia
(entalpia de formare) unei legturi de
hidrogen este 2,39 kcal/mol (10
kJ/mol). Distana dintre atomul de azot
i cel de oxigen nu trebuie s
depeasc 0.28 nm, pentru ca ntre
cei doi atomi s se poat stabili o
legtur de hidrogen.

Alte legaturi din moleculele

proteice
Puntea disulfuric

se formeaz ntre dou grupri sulfhidrice aparinnd

la dou resturi de cistein, prin dehidrogenare.
Aceast legtur covalent foarte puternic, avnd
energia de legare de 50-100 kcal/mol (respectiv 208418 kJ/mol), este rezistent la hidroliza proteinei.

cisteina
cistina
cisteina

Alte legturi din moleculele proteice

Legtura ionic se formeaz ntre o grupare -COOH
liber a unui aminoacid dicarboxilic dintr-o caten
polipeptidic i o grupare -NH 2 liber a unui aminoacid
diaminic din aceeai caten sau dintr-o caten
nvecinat.
Formarea i meninerea legturilor ionice depind de pHul mediului.
Energia de atracie dintre cele dou grupri ncrcate cu
sarcini de semn opus (NH3+ i COO-), realiznd o aazis punte salin, poate ajunge la cel mult -10 kcal/mol
(respectiv -42 kJ/mol), la o distan a sarcinilor egal cu
0,3 nm. Aceast energie este de zece ori mai mare dect
cea a forelor van der Waals.
Legtura eteric se realizeaz prin eliminarea unei
molecule de ap dintre dou grupri alcoolice
aparinnd unor aminoacizi ca serina din catena
polipeptidic.

Alte legturi din moleculele proteice

Forele van der Waals. ntre

resturile aminoacizilor din catena
polipeptidic se pot stabili legturi
apolare prin fore van der Waals.
Aceste fore sunt de natura unor
atracii electrostatice. Ele acioneaz
numai la distane foarte mici. Energia
de atracie intre doi atomi poate ajunge
la 0.5 - 1.0 kcal/mol (2 - 4 kJ/mol).

Efect al forelor van der Waals sunt

aa numitele "fore hidrofobe" cu
care catenele laterale ale
aminoacizilor din lanurile peptidice
se atrag reciproc, orientndu-se
adesea spre interiorul macromoleculei
proteice i mpiedic ptrunderea
apei n anumite spaii ale edificiului
proteic. Forele hidrofobe influeneaz
puternic structura spaial a
moleculelor proteice n soluii apoase.

Interaciuni hidrofobe
i
interactiuni van der Waals
Lanul
polipeptidic

Legatur
de H

Punte disulfuric

Legatura ionic

Peptide
Doi sau mai multi aminoacizi legati intre ei prin legaturi
peptidice formeaza un peptid cu eliminarea de apa.
Asocierea aminoacizilor prin legaturi peptidice
tripeptid, tetrapeptid, pentapeptid etc.
Structurile formate din putini aminoacizi legate prin
legaturi peptidice = oligopeptide (< 50 aac.).
Polipeptide: > 50 aminoacizi.
In general, cand polipeptidele au greutati moleculare
mai mari de 10 kDa se numesc proteine.

Extremitate

Extremitate

N-terminala

C-terminala

Daltonul
o Daltonul (Da) este o unitate de mas, apropiat cu

cea a atomului de hidrogen (mai precis, este egal

cu 1,0 pe scala maselor atomice). A fost numit
dup John Dalton (1766-1844), care a dezvoltat
teoria atomic a materiei. Un kilodalton (1 kDa)
este egal cu 1.000 daltoni. Noiunea de dalton este
utilizat n biochimie pentru a exprima masa
molecular a macromoleculelor (proteine, acizi
nucleici).

o Masa moleculara medie a unui aminoacid este de

aprox. 110 Da.

Aminoacizi si Proteine
Aminoacizi
Structura,

clasificare, proprietati fizico-chimice

Legatura peptidica
Alte tipuri de legaturi chimice din moleculele
proteice
Proteine - nivele de organizare
Structura primar
Structura secundar
Structura teriar
Structura cuaternar

Structura proteinelor
Proteinele prezint patru nivele de organizare:
1) structura primar
2) structura secundar;
3) structura teriar;
4) structura cuaternar.

Structura
primar

Aminoacizi legai
prin legturi
peptidice

Structura
secundar

Structura
tertiar

Catena
polipeptidic

Structura
cuaternar

Subunitile proteice
asamblate

Nivele de
organizare
structural ale
proteinelor
Elementele structurii

secundare se combina si
formeaza structura
tertiara
Structura cuaternara este
caracteristica complexelor
enzimatice.
Multe proteine sunt
active in stare de
homodimeri, homo/
heterotetrameri etc.

Structura proteica
primara= Succesiunea
aminoacizilor din structura
proteinei
aminoacizi

Structuri

helix
Structura proteica
secundara determinata de
legaturi de H intre
aminoacizi ai lantului
polipeptidic

Structuri

helix

Structura proteica tertiara

cand au loc diferite
interactiuni (legaturi) intre
elementele structurii
secundare

Structura cuaternara care

este prezenta cand proteina
contine mai multe catene
polipeptidice

I. Structura primar a
proteinelor

Structura primar este definit ca fiind

succesiunea (secvena) aminoacizilor n lanul

polipeptidic. Aceast structur va determina
n mod esenial celelalte planuri de organizare
a macromoleculei proteice.
Prima secven cunoscut a fost cea a
insulinei, un polipeptid alctuit din 51
aminoacizi; a fost realizat de Sanger n 1953.
Lanul polipeptidic, niruire de aminoacizi
legai ntre ei prin legtur peptidic, are la o
extremitate o grupare -NH2 liber
(extremitatea amino-terminal sau Nterminal), iar la extremitatea cealalt o
grupare -COOH liber (extremitatea carboxiterminal sau C-terminal).

Resturile R libere ale aminoacizilor din lanul polipeptidic pot detine

grupari functionale care contribuie n ansamblu att la stabilirea structurii
proteice, ct i la realizarea interaciunilor specifice dintre proteine sau
dintre proteine i ali compui organici (acizi nucleici, substratul
enzimatic, etc).

Denumirea unui lant oligo/polipeptidic

Prin convenie, ordinea de prezentare a secvenei
ncepe ntotdeauna cu aminoacidul care are
gruparea aminic liber (care devine astfel
aminoacidul nr.1) i se termin cu acela care are
gruparea carboxilic liber (care devine
aminoacidul n). Altfel spus, prezentarea unei
secvene ncepe cu extremitatea N-terminal.

Denumirea unui polipeptid se face enumernd

radicalii aminoacizilor n ordinea secvenei,

ncepnd cu cel de la extremitatea N-terminal; n
aceast enumerare vor avea sufixul "-il" toi
aminoacizii a cror carboxil este legat peptidic, cu
excepia aminoacidului C-terminal care i va
pstra terminaia neschimbat.

Siclemia sau anemia falciform

(anemia cu hematii n form de secer)

Activitatea biologic a
proteinelor depinde
de particularitile lor
structurale.
Modificarea secvenei,
nlocuirea, pierderea
(deleia) sau
introducerea (inseria)
unor aminoacizi poate
duce la modificarea
activitii biologice.

4 5 6 7 8 9
Hb normal: -Thr-Pro-Glu-Glu-Lys-AlaHb anormal: -Thr-Pro-Val-Glu-Lys-Ala-

Bettelheim & March (1990) Introduction to Organic & Biochemistry

(International Edition) Philadelphia: Saunders College Publishing, p301

II. Structura secundar a

proteinelor
Structura secundar este definit de poziiile spaiale

pe care le au resturile R ale aminoacizilor, unul fa de

altul, de-a lungul aceleiai catene polipeptidice.
Poate un lant polipeptidic sa se plieze in mod
regulat intr-o structura repetitiva?
In 1951, Linus Pauling si Robert Corey- 2 structuri
repetitive:
helix si
structura in folie pliata.

Ulterior, s-au evidentiat alte structuri nerepetitive:

structuri in agrafa de par (engl. "-turn" sau "hairpin

turn"), bucle (engl. loop), regiuni de intoarcere (engl.
turn).
Toate aceste structuri repetitive si nerepetitive
contribuie la formarea nivelului secundar de organizare
al proteinei.

1. Structura -spiral (-helix)

Structura -helicoidal se
ntlnete att la proteinele
fibrilare, ct i la cele
globulare.
Este cea mai raspandita
structura secundara
prezenta in organizarea
proteinelor. De exemplu, in
cazul feritinei (proteina cu
rol in depozitarea fierului),
aprox. 75% din structura
este de tip -helix.
Are aspectul unui tirbuson
care se rasuceste spre
dreapta.
Este formata din 4 - 40
aminoacizi.

resturi

Feritina umana

 Catena polipeptidic este

Proprietatile
-helixului

nfurat pe o spiral
Fiecare spir conine 3,6
aminoacizi, iar distana dintre
spire (perioada mic de identitate)
este de 0.54 nm, unui aminoacid
revenindu-i 0.15 nm n pasul
helixului.
Gruparea CO a fiecarui aminoacid
formeaza punti de hidrogen cu
hidrogenul gruprii NH a celui de
al 4-lea aminoacid, care urmeaza
in structura lantului dupa
aminoacidul cu gruparea CO.
Gruparea CO a unui aminoacid va
forma punti de H la o deprtare de
0,28 nm, distan ce asigur
realizarea unei puni de hidrogen.
Energia legturilor de hidrogen intracatenare
asigur o deosebit stabilitate structurii
helicoidale a catenei polipeptidice.

Stabilitatea -helixului
Stabilitatea helixului poate fi influentata de

compozitia structurii primare a proteinei.

Anumiti aminoacizi favorizeaza structura
spiralata: Ala, Glu, Leu, Met.
Alti aminoacizi intrerup structura helicala: Pro,
Gly, Tyr.
Stabilitatea helixului este mult micorat n stare
dizolvat a proteinei. Acidul poliglutamic, de natur
sintetic, are nfiare -helix n mediul acid, n
timp ce n mediul bazic, datorit ionizrii gruprilor
carboxilice laterale, respingerea lor electrostatic
rupe legturile de hidrogen i molecula capt o
nfurare ntmpltoare (din engl. "random coil").