>SHV-C1648-SHV-forward (F)

ATCTCCCTGTTAGCCACCCTGCCGCTGGCGGTACACGCCAGCCCGCAGCCGCTTGAGCAA
ATTAAACNAAGCGAAAGCCAGCTGTCGGGCCGCGTAGGCATGATAGAAATGGATCTGGCC
AGCGGCCGCACGCTGACCGCCTGGCGCGCCGATGAACGCTTTCCCATGATGAGCACCTTT
AAAGTAGTGCTCTGCGGCGCAGTGCTGGCGCGGGTGGATGCCGGTGACGAACAGCTGGA
GCGAAAGATCCACTATCGCCAGCAGGATCTGGTGGACTACTCGCCGGTCAGCGAAAAACA
CCTTGCCGACGGCATGACGGTCGGCGAACTCTGCGCCGCCGCCATTACCATGAGCGATAA
CAGCGCCGCCAATCTGCTGCTGGCCACCGTCGGCGGCCCCGCAGGATTGACTGCCTTTTT
GCGCCAGATCGGCGACAACGTCACCCGCCTTGACCGCTGGGAAACGGAACTGAATGAGG
CGCTTCCCGGCGACGCCCGCGACACCACTACCCCGGCCAGCATGGCCGCGACCCTGCGCA
AGCTGCTGACCAGCCAGCGTCTGAGCGCCCGTTCGCAACGGCAGCTGCTGCAGTGGATGG
TGGACGATCGGGTCGCCGGACCGTTGATCCGCTCCGTGCTGCCGGCGGGCTGGTTTATCGC
CGATAAGACCGGAGCTNGCGAGCGGGGTGCGCGCGGNATTGTCGCCCTGCTTGGCCCGAA
TAACAAAGCAGAGCGCATTGTGGTGATTTATCTGCGGGATACGCCGGCGAGCATGGCCGA
GCGAAATCAGCAAATCGCCGGGATCGGCGCGGCGCTGATCGA

Hacer Forward y Reverse en

http://www.attotron.com/cybertory/analysis/seqMassager.htm
Copiar secuencia, remover todo line break, numbers, White space
Hacer Reverse y Complementario
>SHV C1648 SHV Forward Reverso Complementario (FRC)
TCGATCAGCGCCGCGCCGATCCCGGCGATTTGCTGATTTCGCTCGGCCATGCTCGCCGGCG
TATCCCGCAGATAAATCACCACAATGCGCTCTGCTTTGTTATTCGGGCCAAGCAGGGCGAC
AATNCCGCGCGCACCCCGCTCGCNAGCTCCGGTCTTATCGGCGATAAACCAGCCCGCCGG
CAGCACGGAGCGGATCAACGGTCCGGCGACCCGATCGTCCACCATCCACTGCAGCAGCTG
CCGTTGCGAACGGGCGCTCAGACGCTGGCTGGTCAGCAGCTTGCGCAGGGTCGCGGCCAT
GCTGGCCGGGGTAGTGGTGTCGCGGGCGTCGCCGGGAAGCGCCTCATTCAGTTCCGTTTC
CCAGCGGTCAAGGCGGGTGACGTTGTCGCCGATCTGGCGCAAAAAGGCAGTCAATCCTGC
GGGGCCGCCGACGGTGGCCAGCAGCAGATTGGCGGCGCTGTTATCGCTCATGGTAATGGC
GGCGGCGCAGAGTTCGCCGACCGTCATGCCGTCGGCAAGGTGTTTTTCGCTGACCGGCGA
GTAGTCCACCAGATCCTGCTGGCGATAGTGGATCTTTCGCTCCAGCTGTTCGTCACCGGCA
TCCACCCGCGCCAGCACTGCGCCGCAGAGCACTACTTTAAAGGTGCTCATCATGGGAAAG
CGTTCATCGGCGCGCCAGGCGGTCAGCGTGCGGCCGCTGGCCAGATCCATTTCTATCATGC
CTACGCGGCCCGACAGCTGGCTTTCGCTTNGTTTAATTTGCTCAAGCGGCTGCGGGCTGGC
GTGTACCGCCAGCGGCAGGGTGGCTAACAGGGAGAT

>SHV-C1648-SHV_Reverso (R)
TGCTGATTTCGCTCGGCCATGCTCGCCGGCGTATCCCGCAGATAAATCACCACAATGCGCT
CTGCTTTGTTATTCGGGCCAAGCAGGGCGACAATNCCGCGCGCACCCCGCTCGCNAGCTC
CGGTCTTATCGGCGATAAACCAGCCCGCCGGCAGCACGGAGCGGATCAACGGTCCGGCGA
CCCGATCGTCCACCATCCACTGCAGCAGCTGCCGTTGCGAACGGGCGCTCAGACGCTGGC
TGGTCAGCAGCTTGCGCAGGGTCGCGGCCATGCTGGCCGGGGTAGTGGTGTCGCGGGCGT
CGCCGGGAAGCGCCTCATTCAGTTCCGTTTCCCAGCGGTCAAGGCGGGTGACGTTGTCGC
CGATCTGGCGCAAAAAGGCAGTCAATCCTGCGGGGCCGCCGACGGTGGCCAGCAGCAGA
TTGGCGGCGCTGTTATCGCTCATGGTAATGGCGGCGGCGCAGAGTTCGCCGACCGTCATGC
CGTCGGCAAGGTGTTTTTCGCTGACCGGCGAGTAGTCCACCAGATCCTGCTGGCGATAGT
GGATCTTTCGCTCCAGCTGTTCGTCACCGGCATCCACCCGCGCCAGCACTGCGCCGCAGA
GCACTACTTTAAAGGTGCTCATCATGGGAAAGCGTTCATCGGCGCGCCAGGCGGTCAGCG
TGCGGCCGCTGGCCAGATCCATTTCTATCATGCCTACGCGGCCCGACAGCTGGCTTTCGCT
TNGTTTAATTTGCTCAAGCGGCTGCGGGCTGGCGTGTACCGCCAGCGGCAGGGTGGCTAA
CAGGGAGATAATACACAGGC
>SHV C1648 SHV Reverso Reverso Complementario (RRC)
GCCTGTGTATTATCTCCCTGTTAGCCACCCTGCCGCTGGCGGTACACGCCAGCCCGCAGCC
GCTTGAGCAAATTAAACNAAGCGAAAGCCAGCTGTCGGGCCGCGTAGGCATGATAGAAAT
GGATCTGGCCAGCGGCCGCACGCTGACCGCCTGGCGCGCCGATGAACGCTTTCCCATGAT
GAGCACCTTTAAAGTAGTGCTCTGCGGCGCAGTGCTGGCGCGGGTGGATGCCGGTGACGA
ACAGCTGGAGCGAAAGATCCACTATCGCCAGCAGGATCTGGTGGACTACTCGCCGGTCAG
CGAAAAACACCTTGCCGACGGCATGACGGTCGGCGAACTCTGCGCCGCCGCCATTACCAT
GAGCGATAACAGCGCCGCCAATCTGCTGCTGGCCACCGTCGGCGGCCCCGCAGGATTGAC
TGCCTTTTTGCGCCAGATCGGCGACAACGTCACCCGCCTTGACCGCTGGGAAACGGAACT
GAATGAGGCGCTTCCCGGCGACGCCCGCGACACCACTACCCCGGCCAGCATGGCCGCGAC
CCTGCGCAAGCTGCTGACCAGCCAGCGTCTGAGCGCCCGTTCGCAACGGCAGCTGCTGCA
GTGGATGGTGGACGATCGGGTCGCCGGACCGTTGATCCGCTCCGTGCTGCCGGCGGGCTG
GTTTATCGCCGATAAGACCGGAGCTNGCGAGCGGGGTGCGCGCGGNATTGTCGCCCTGCT
TGGCCCGAATAACAAAGCAGAGCGCATTGTGGTGATTTATCTGCGGGATACGCCGGCGAG
CATGGCCGAGCGAAATCAGCA

Realizar Reverso complementario para Forward y Reverso

En Clustal http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/

En Clustal alinear SHV Forward Reverso Complementario (FRC)

con Reverso (R) (amplicon Reverso Complementario)
CLUSTAL 2.0.10 multiple sequence alignment
SHVC1648_FRC_
SHVC1648Reverso

TCGATCAGCGCCGCGCCGATCCCGGCGATTTGCTGATTTCGCTCGGCCATGCTCGCCGGC 60
------------------------------TGCTGATTTCGCTCGGCCATGCTCGCCGGC 30
******************************

SHVC1648_FRC_
SHVC1648Reverso

GTATCCCGCAGATAAATCACCACAATGCGCTCTGCTTTGTTATTCGGGCCAAGCAGGGCG 120
GTATCCCGCAGATAAATCACCACAATGCGCTCTGCTTTGTTATTCGGGCCAAGCAGGGCG 90
************************************************************

SHVC1648_FRC_
SHVC1648Reverso

ACAATNCCGCGCGCACCCCGCTCGCNAGCTCCGGTCTTATCGGCGATAAACCAGCCCGCC 180
ACAATNCCGCGCGCACCCCGCTCGCNAGCTCCGGTCTTATCGGCGATAAACCAGCCCGCC 150
************************************************************

SHVC1648_FRC_
SHVC1648Reverso

GGCAGCACGGAGCGGATCAACGGTCCGGCGACCCGATCGTCCACCATCCACTGCAGCAGC 240
GGCAGCACGGAGCGGATCAACGGTCCGGCGACCCGATCGTCCACCATCCACTGCAGCAGC 210
************************************************************

SHVC1648_FRC_
SHVC1648Reverso

TGCCGTTGCGAACGGGCGCTCAGACGCTGGCTGGTCAGCAGCTTGCGCAGGGTCGCGGCC 300
TGCCGTTGCGAACGGGCGCTCAGACGCTGGCTGGTCAGCAGCTTGCGCAGGGTCGCGGCC 270
************************************************************

SHVC1648_FRC_
SHVC1648Reverso

ATGCTGGCCGGGGTAGTGGTGTCGCGGGCGTCGCCGGGAAGCGCCTCATTCAGTTCCGTT 360
ATGCTGGCCGGGGTAGTGGTGTCGCGGGCGTCGCCGGGAAGCGCCTCATTCAGTTCCGTT 330
************************************************************

SHVC1648_FRC_
SHVC1648Reverso

TCCCAGCGGTCAAGGCGGGTGACGTTGTCGCCGATCTGGCGCAAAAAGGCAGTCAATCCT 420
TCCCAGCGGTCAAGGCGGGTGACGTTGTCGCCGATCTGGCGCAAAAAGGCAGTCAATCCT 390
************************************************************

SHVC1648_FRC_
SHVC1648Reverso

GCGGGGCCGCCGACGGTGGCCAGCAGCAGATTGGCGGCGCTGTTATCGCTCATGGTAATG 480
GCGGGGCCGCCGACGGTGGCCAGCAGCAGATTGGCGGCGCTGTTATCGCTCATGGTAATG 450
************************************************************

SHVC1648_FRC_
SHVC1648Reverso

GCGGCGGCGCAGAGTTCGCCGACCGTCATGCCGTCGGCAAGGTGTTTTTCGCTGACCGGC 540
GCGGCGGCGCAGAGTTCGCCGACCGTCATGCCGTCGGCAAGGTGTTTTTCGCTGACCGGC 510
************************************************************

SHVC1648_FRC_
SHVC1648Reverso

GAGTAGTCCACCAGATCCTGCTGGCGATAGTGGATCTTTCGCTCCAGCTGTTCGTCACCG 600
GAGTAGTCCACCAGATCCTGCTGGCGATAGTGGATCTTTCGCTCCAGCTGTTCGTCACCG 570
************************************************************

SHVC1648_FRC_
SHVC1648Reverso

GCATCCACCCGCGCCAGCACTGCGCCGCAGAGCACTACTTTAAAGGTGCTCATCATGGGA 660
GCATCCACCCGCGCCAGCACTGCGCCGCAGAGCACTACTTTAAAGGTGCTCATCATGGGA 630
************************************************************

SHVC1648_FRC_
SHVC1648Reverso

AAGCGTTCATCGGCGCGCCAGGCGGTCAGCGTGCGGCCGCTGGCCAGATCCATTTCTATC 720
AAGCGTTCATCGGCGCGCCAGGCGGTCAGCGTGCGGCCGCTGGCCAGATCCATTTCTATC 690
************************************************************

SHVC1648_FRC_
SHVC1648Reverso

ATGCCTACGCGGCCCGACAGCTGGCTTTCGCTTNGTTTAATTTGCTCAAGCGGCTGCGGG 780
ATGCCTACGCGGCCCGACAGCTGGCTTTCGCTTNGTTTAATTTGCTCAAGCGGCTGCGGG 750
************************************************************

SHVC1648_FRC_
SHVC1648Reverso

CTGGCGTGTACCGCCAGCGGCAGGGTGGCTAACAGGGAGAT----------- 821
CTGGCGTGTACCGCCAGCGGCAGGGTGGCTAACAGGGAGATAATACACAGGC 802
*****************************************

Alinear Forward (F) y Reverso Reverso Complementario (RRC)

CLUSTAL 2.0.10 multiple sequence alignment
SHVC1648_F_
SHVC1648_RRC_

-----------ATCTCCCTGTTAGCCACCCTGCCGCTGGCGGTACACGCCAGCCCGCAGC 49
GCCTGTGTATTATCTCCCTGTTAGCCACCCTGCCGCTGGCGGTACACGCCAGCCCGCAGC 60
*************************************************

SHVC1648_F_
SHVC1648_RRC_

CGCTTGAGCAAATTAAACNAAGCGAAAGCCAGCTGTCGGGCCGCGTAGGCATGATAGAAA 109
CGCTTGAGCAAATTAAACNAAGCGAAAGCCAGCTGTCGGGCCGCGTAGGCATGATAGAAA 120
************************************************************

SHVC1648_F_
SHVC1648_RRC_

TGGATCTGGCCAGCGGCCGCACGCTGACCGCCTGGCGCGCCGATGAACGCTTTCCCATGA 169
TGGATCTGGCCAGCGGCCGCACGCTGACCGCCTGGCGCGCCGATGAACGCTTTCCCATGA 180
************************************************************

SHVC1648_F_
SHVC1648_RRC_

TGAGCACCTTTAAAGTAGTGCTCTGCGGCGCAGTGCTGGCGCGGGTGGATGCCGGTGACG 229
TGAGCACCTTTAAAGTAGTGCTCTGCGGCGCAGTGCTGGCGCGGGTGGATGCCGGTGACG 240
************************************************************

SHVC1648_F_
SHVC1648_RRC_

AACAGCTGGAGCGAAAGATCCACTATCGCCAGCAGGATCTGGTGGACTACTCGCCGGTCA 289
AACAGCTGGAGCGAAAGATCCACTATCGCCAGCAGGATCTGGTGGACTACTCGCCGGTCA 300
************************************************************

SHVC1648_F_
SHVC1648_RRC_

GCGAAAAACACCTTGCCGACGGCATGACGGTCGGCGAACTCTGCGCCGCCGCCATTACCA 349
GCGAAAAACACCTTGCCGACGGCATGACGGTCGGCGAACTCTGCGCCGCCGCCATTACCA 360
************************************************************

SHVC1648_F_
SHVC1648_RRC_

TGAGCGATAACAGCGCCGCCAATCTGCTGCTGGCCACCGTCGGCGGCCCCGCAGGATTGA 409
TGAGCGATAACAGCGCCGCCAATCTGCTGCTGGCCACCGTCGGCGGCCCCGCAGGATTGA 420
************************************************************

SHVC1648_F_
SHVC1648_RRC_

CTGCCTTTTTGCGCCAGATCGGCGACAACGTCACCCGCCTTGACCGCTGGGAAACGGAAC 469
CTGCCTTTTTGCGCCAGATCGGCGACAACGTCACCCGCCTTGACCGCTGGGAAACGGAAC 480
************************************************************

SHVC1648_F_
SHVC1648_RRC_

TGAATGAGGCGCTTCCCGGCGACGCCCGCGACACCACTACCCCGGCCAGCATGGCCGCGA 529
TGAATGAGGCGCTTCCCGGCGACGCCCGCGACACCACTACCCCGGCCAGCATGGCCGCGA 540
************************************************************

SHVC1648_F_
SHVC1648_RRC_

CCCTGCGCAAGCTGCTGACCAGCCAGCGTCTGAGCGCCCGTTCGCAACGGCAGCTGCTGC 589
CCCTGCGCAAGCTGCTGACCAGCCAGCGTCTGAGCGCCCGTTCGCAACGGCAGCTGCTGC 600
************************************************************

SHVC1648_F_
SHVC1648_RRC_

AGTGGATGGTGGACGATCGGGTCGCCGGACCGTTGATCCGCTCCGTGCTGCCGGCGGGCT 649
AGTGGATGGTGGACGATCGGGTCGCCGGACCGTTGATCCGCTCCGTGCTGCCGGCGGGCT 660
************************************************************

SHVC1648_F_
SHVC1648_RRC_

GGTTTATCGCCGATAAGACCGGAGCTNGCGAGCGGGGTGCGCGCGGNATTGTCGCCCTGC 709
GGTTTATCGCCGATAAGACCGGAGCTNGCGAGCGGGGTGCGCGCGGNATTGTCGCCCTGC 720
************************************************************

SHVC1648_F_
SHVC1648_RRC_

TTGGCCCGAATAACAAAGCAGAGCGCATTGTGGTGATTTATCTGCGGGATACGCCGGCGA 769
TTGGCCCGAATAACAAAGCAGAGCGCATTGTGGTGATTTATCTGCGGGATACGCCGGCGA 780
************************************************************

SHVC1648_F_
SHVC1648_RRC_

GCATGGCCGAGCGAAATCAGCAAATCGCCGGGATCGGCGCGGCGCTGATCGA 821
GCATGGCCGAGCGAAATCAGCA------------------------------ 802
**********************

AMPLICON: utilizo el R RC y le agrego las ultimas bases de F: y ponerlo en

Courier 8
Amplicon No reverso Complementario (Amplicon Normal)
CGCCTGTGTATTATCTCCCTGTTAGCCACCCTGCCGCTGGCGGTACACGCCAGCCCGCAGCCGCTTGAGCAAATTAAACTAAGCG
AAAGCCAGCTGTCGGGCCGCGTAGGCATGATAGAAATGGATCTGGCCAGCGGCCGCACGCTGACCGCCTGGCGCGCCGATGAACG
CTTTCCCATGATGAGCACCTTTAAAGTAGTGCTCTGCGGCGCAGTGCTGGCGCGGGTGGATGCCGGTGACGAACAGCTGGAGCGA
AAGATCCACTATCGCCAGCAGGATCTGGTGGACTACTCGCCGGTCAGCGAAAAACACCTTGCCGACGGCATGACGGTCGGCGAAC
TCTGCGCCGCCGCCATTACCATGAGCGATAACAGCGCCGCCAATCTGCTGCTGGCCACCGTCGGCGGCCCCGCAGGATTGACTGC
CTTTTTGCGCCAGATCGGCGACAACGTCACCCGCCTTGACCGCTGGGAAACGGAACTGAATGAGGCGCTTCCCGGCGACGCCCGC
GACACCACTACCCCGGCCAGCATGGCCGCGACCCTGCGCAAGCTGCTGACCAGCCAGCGTCTGAGCGCCCGTTCGCAACGGCAGC
TGCTGCAGTGGATGGTGGACGATCGGGTCGCCGGACCGTTGATCCGCTCCGTGCTGCCGGCGGGCTGGTTTATCGCCGATAAGAC
CGGAGCTGGCGAGCGGGGTGCGCGCGGcATTGTCGCCCTGCTTGGCCCGAATAACAAAGCAGAGCGCATTGTGGTGATTTATCTG
CGGGATACGCCGGCGAGCATGGCCGAGCGAAATCAGCAAATCGCCGGGATCGGCGCGGCGCTGATCGA

Realizo El Reverso Complementario del Amplicon en

http://www.attotron.com/cybertory/analysis/seqMassager.htm
TCGATCAGCGCCGCGCCGATCCCGGCGATTTGCTGATTTCGCTCGGCCATGCTCGCCGGCGTATCCCGCAGATAAATCACCACAA
TGCGCTCTGCTTTGTTATTCGGGCCAAGCAGGGCGACAATNCCGCGCGCACCCCGCTCGCNAGCTCCGGTCTTATCGGCGATAAA
CCAGCCCGCCGGCAGCACGGAGCGGATCAACGGTCCGGCGACCCGATCGTCCACCATCCACTGCAGCAGCTGCCGTTGCGAACGG
GCGCTCAGACGCTGGCTGGTCAGCAGCTTGCGCAGGGTCGCGGCCATGCTGGCCGGGGTAGTGGTGTCGCGGGCGTCGCCGGGAA
GCGCCTCATTCAGTTCCGTTTCCCAGCGGTCAAGGCGGGTGACGTTGTCGCCGATCTGGCGCAAAAAGGCAGTCAATCCTGCGGG
GCCGCCGACGGTGGCCAGCAGCAGATTGGCGGCGCTGTTATCGCTCATGGTAATGGCGGCGGCGCAGAGTTCGCCGACCGTCATG
CCGTCGGCAAGGTGTTTTTCGCTGACCGGCGAGTAGTCCACCAGATCCTGCTGGCGATAGTGGATCTTTCGCTCCAGCTGTTCGT
CACCGGCATCCACCCGCGCCAGCACTGCGCCGCAGAGCACTACTTTAAAGGTGCTCATCATGGGAAAGCGTTCATCGGCGCGCCA
GGCGGTCAGCGTGCGGCCGCTGGCCAGATCCATTTCTATCATGCCTACGCGGCCCGACAGCTGGCTTTCGCTTNGTTTAATTTGC
TCAAGCGGCTGCGGGCTGGCGTGTACCGCCAGCGGCAGGGTGGCTAACAGGGAGATAATACACAGGC

En Blast
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastHome
Seleccionar nucleotide blast Poner >Numero de Muestra pegar el amplicon Reverso
Complementario pinchar en others y clic en BLAST.
En Blast Presenta 99% identidad con
Links

1: EU418908. Reports Klebsiella pneumo...[gi:221149257]

Features
Sequence
LOCUS
EU418908
861 bp
DNA
linear
27-JAN-2009
DEFINITION Klebsiella pneumoniae isolate JIE092 SHV-1 betalactamase
(blaSHV-1) gene, complete cds.
ACCESSION
EU418908 REGION: 1..861
VERSION
EU418908.1 GI:221149257
KEYWORDS
.
SOURCE
Klebsiella pneumoniae
ORGANISM Klebsiella pneumoniae

BCT

/translation="MRYIRLCIISLLATLPLAVHASPQPLEQIKLSESQLSGRVGMIE
MDLASGRTLTAWRADERFPMMSTFKVVLCGAVLARVDAGDEQLERKIHYRQQDLVDYS
PVSEKHLADGMTVGELCAAAITMSDNSAANLLLATVGGPAGLTAFLRQIGDNVTRLDR
WETELNEALPGDARDTTTPASMAATLRKLLTSQRLSARSQRQLLQWMVDDRVAGPLIR
SVLPAGWFIADKTGAGERGARGIVALLGPNNKAERIVVIYLRDTPASMAERNQQIAGI
GAALIEHWQR"
ORIGIN
1
61
121
181
241
301
361
421
481
541
601
661
721
781
841

atgcgttata
gccagcccgc
ggcatgatag
cgctttccca
gatgccggtg
tactcgccgg
gccgccatta
cccgcaggat
tgggaaacgg
agcatggccg
cggcagctgc
ctgccggcgg
attgtcgccc
gatacgccgg
atcgagcact

ttcgcctgtg
agccgcttga
aaatggatct
tgatgagcac
acgaacagct
tcagcgaaaa
ccatgagcga
tgactgcctt
aactgaatga
cgaccctgcg
tgcagtggat
gctggtttat
tgcttggccc
cgagcatggc
ggcaacgcta

tattatctcc
gcaaattaaa
ggccagcggc
ctttaaagta
ggagcgaaag
acaccttgcc
taacagcgcc
tttgcgccag
ggcgcttccc
caagctgctg
ggtggacgat
cgccgataag
gaataacaaa
cgagcgaaat
a

ctgttagcca
ctaagcgaaa
cgcacgctga
gtgctctgcg
atccactatc
gacggcatga
gccaatctgc
atcggcgaca
ggcgacgccc
accagccagc
cgggtcgccg
accggagctg
gcagagcgca
cagcaaatcg

ccctgccgct
gccagctgtc
ccgcctggcg
gcgcagtgct
gccagcagga
cggtcggcga
tgctggccac
acgtcacccg
gcgacaccac
gtctgagcgc
gaccgttgat
gcgagcgggg
ttgtggtgat
ccgggatcgg

ggcggtacac
gggccgcgta
cgccgatgaa
ggcgcgggtg
tctggtggac
actctgcgcc
cgtcggcggc
ccttgaccgc
taccccggcc
ccgttcgcaa
ccgctccgtg
tgcgcgcggc
ttatctgcgg
cgcggcgctg

En Crustal: con amplicon No Reverso Complementario El normal

CLUSTAL 2.0.10 multiple sequence alignment
SHV1
SHV1648

ATGCGTTATATTCGCCTGTGTATTATCTCCCTGTTAGCCACCCTGCCGCTGGCGGTACAC 60
-------------GCCTGTGTATTATCTCCCTGTTAGCCACCCTGCCGCTGGCGGTACAC 47
***********************************************

SHV1
SHV1648

GCCAGCCCGCAGCCGCTTGAGCAAATTAAACTAAGCGAAAGCCAGCTGTCGGGCCGCGTA 120
GCCAGCCCGCAGCCGCTTGAGCAAATTAAACNAAGCGAAAGCCAGCTGTCGGGCCGCGTA 107
******************************* ****************************

SHV1
SHV1648

GGCATGATAGAAATGGATCTGGCCAGCGGCCGCACGCTGACCGCCTGGCGCGCCGATGAA 180
GGCATGATAGAAATGGATCTGGCCAGCGGCCGCACGCTGACCGCCTGGCGCGCCGATGAA 167
************************************************************

SHV1
SHV1648

CGCTTTCCCATGATGAGCACCTTTAAAGTAGTGCTCTGCGGCGCAGTGCTGGCGCGGGTG 240
CGCTTTCCCATGATGAGCACCTTTAAAGTAGTGCTCTGCGGCGCAGTGCTGGCGCGGGTG 227
************************************************************

SHV1
SHV1648

GATGCCGGTGACGAACAGCTGGAGCGAAAGATCCACTATCGCCAGCAGGATCTGGTGGAC 300
GATGCCGGTGACGAACAGCTGGAGCGAAAGATCCACTATCGCCAGCAGGATCTGGTGGAC 287
************************************************************

SHV1
SHV1648

TACTCGCCGGTCAGCGAAAAACACCTTGCCGACGGCATGACGGTCGGCGAACTCTGCGCC 360
TACTCGCCGGTCAGCGAAAAACACCTTGCCGACGGCATGACGGTCGGCGAACTCTGCGCC 347
************************************************************

SHV1
SHV1648

GCCGCCATTACCATGAGCGATAACAGCGCCGCCAATCTGCTGCTGGCCACCGTCGGCGGC 420
GCCGCCATTACCATGAGCGATAACAGCGCCGCCAATCTGCTGCTGGCCACCGTCGGCGGC 407
************************************************************

SHV1
SHV1648

CCCGCAGGATTGACTGCCTTTTTGCGCCAGATCGGCGACAACGTCACCCGCCTTGACCGC 480
CCCGCAGGATTGACTGCCTTTTTGCGCCAGATCGGCGACAACGTCACCCGCCTTGACCGC 467
************************************************************

SHV1
SHV1648

TGGGAAACGGAACTGAATGAGGCGCTTCCCGGCGACGCCCGCGACACCACTACCCCGGCC 540
TGGGAAACGGAACTGAATGAGGCGCTTCCCGGCGACGCCCGCGACACCACTACCCCGGCC 527
************************************************************

SHV1
SHV1648

AGCATGGCCGCGACCCTGCGCAAGCTGCTGACCAGCCAGCGTCTGAGCGCCCGTTCGCAA 600
AGCATGGCCGCGACCCTGCGCAAGCTGCTGACCAGCCAGCGTCTGAGCGCCCGTTCGCAA 587
************************************************************

SHV1
SHV1648

CGGCAGCTGCTGCAGTGGATGGTGGACGATCGGGTCGCCGGACCGTTGATCCGCTCCGTG 660
CGGCAGCTGCTGCAGTGGATGGTGGACGATCGGGTCGCCGGACCGTTGATCCGCTCCGTG 647
************************************************************

SHV1
SHV1648

CTGCCGGCGGGCTGGTTTATCGCCGATAAGACCGGAGCTGGCGAGCGGGGTGCGCGCGGC 720
CTGCCGGCGGGCTGGTTTATCGCCGATAAGACCGGAGCTNGCGAGCGGGGTGCGCGCGGN 707
*************************************** *******************

SHV1
SHV1648

ATTGTCGCCCTGCTTGGCCCGAATAACAAAGCAGAGCGCATTGTGGTGATTTATCTGCGG 780
ATTGTCGCCCTGCTTGGCCCGAATAACAAAGCAGAGCGCATTGTGGTGATTTATCTGCGG 767
************************************************************

SHV1
SHV1648

GATACGCCGGCGAGCATGGCCGAGCGAAATCAGCAAATCGCCGGGATCGGCGCGGCGCTG 840
GATACGCCGGCGAGCATGGCCGAGCGAAATCAGCAAATCGCCGGGATCGGCGCGGCGCTG 827
************************************************************

SHV1
SHV1648

ATCGAGCACTGGCAACGCTAA 861
ATCGA---------------- 832

*****

Para convertir la secuencia en aminocidos en el programa: http://molbiol-tools.ca/

TranslationExPASy (Translate Nucleic Acid Sequence Tool) Pegar Secuencia
(Amplicon Normal), all frames Go
Buscar la secuencia que contenga menos *
>1648SHV_3
LCIISLLATLPLAVHASPQPLEQIKXSESQLSGRVGMIEMDLASGRTLTAWRADERFPMM
STFKVVLCGAVLARVDAGDEQLERKIHYRQQDLVDYSPVSEKHLADGMTVGELCAAAITM
SDNSAANLLLATVGGPAGLTAFLRQIGDNVTRLDRWETELNEALPGDARDTTTPASMAAT
LRKLLTSQRLSARSQRQLLQWMVDDRVAGPLIRSVLPAGWFIADKTGAXERGARGIVALL
GPNNKAERIVVIYLRDTPASMAERNQQIAGIGAALI

Alinear en Clustar Protenas

CLUSTAL 2.0.10 multiple sequence alignment
1648SHV
SHV1

-----LCIISLLATLPLAVHASPQPLEQIKXSESQLSGRVGMIEMDLASGRTLTAWRADE 55
MRYIRLCIISLLATLPLAVHASPQPLEQIKLSESQLSGRVGMIEMDLASGRTLTAWRADE 60
************************* *****************************

1648SHV
SHV1

RFPMMSTFKVVLCGAVLARVDAGDEQLERKIHYRQQDLVDYSPVSEKHLADGMTVGELCA 115
RFPMMSTFKVVLCGAVLARVDAGDEQLERKIHYRQQDLVDYSPVSEKHLADGMTVGELCA 120
************************************************************

1648SHV
SHV1

AAITMSDNSAANLLLATVGGPAGLTAFLRQIGDNVTRLDRWETELNEALPGDARDTTTPA 175
AAITMSDNSAANLLLATVGGPAGLTAFLRQIGDNVTRLDRWETELNEALPGDARDTTTPA 180
************************************************************

1648SHV
SHV1

SMAATLRKLLTSQRLSARSQRQLLQWMVDDRVAGPLIRSVLPAGWFIADKTGAXERGARG 235
SMAATLRKLLTSQRLSARSQRQLLQWMVDDRVAGPLIRSVLPAGWFIADKTGAGERGARG 240
***************************************************** ******

1648SHV
SHV1

IVALLGPNNKAERIVVIYLRDTPASMAERNQQIAGIGAALI----- 276
IVALLGPNNKAERIVVIYLRDTPASMAERNQQIAGIGAALIEHWQR 286
*****************************************
CLUSTAL 2.0.10 multiple sequence alignment
SHV1
SHV2
SHV1648

MRYIRLCIISLLATLPLAVHASPQPLEQIKLSESQLSGRVGMIEMDLASGRTLTAWRADE 60
MRYIRLCIISLLATLPLAVHASPQPLEQIKQSESQLSGRVGMIEMDLASGRTLTAWRADE 60
-----LCIISLLATLPLAVHASPQPLEQIKXSESQLSGRVGMIEMDLASGRTLTAWRADE 55
************************* *****************************

SHV1
SHV2
SHV1648

RFPMMSTFKVVLCGAVLARVDAGDEQLERKIHYRQQDLVDYSPVSEKHLADGMTVGELCA 120
RFPMMSTFKVVLCGAVLARVDAGDEQLERKIHYRQQDLVDYSPVSEKHLADGMTVGELCA 120
RFPMMSTFKVVLCGAVLARVDAGDEQLERKIHYRQQDLVDYSPVSEKHLADGMTVGELCA 115
************************************************************

SHV1
SHV2
SHV1648

AAITMSDNSAANLLLATVGGPAGLTAFLRQIGDNVTRLDRWETELNEALPGDARDTTTPA 180
AAITMSDNSAANLLLATVGGPAGLTAFLRQIGDNVTRLDRWETELNEALPGDARDTTTPA 180
AAITMSDNSAANLLLATVGGPAGLTAFLRQIGDNVTRLDRWETELNEALPGDARDTTTPA 175
************************************************************

SHV1
SHV2
SHV1648

SMAATLRKLLTSQRLSARSQRQLLQWMVDDRVAGPLIRSVLPAGWFIADKTGAGERGARG 240
SMAATLRKLLTSQRLSARSQRQLLQWMVDDRVAGPLIRSVLPAGWFIADKTGASERGARG 240
SMAATLRKLLTSQRLSARSQRQLLQWMVDDRVAGPLIRSVLPAGWFIADKTGAXERGARG 235
***************************************************** ******

SHV1
SHV2
SHV1648

IVALLGPNNKAERIVVIYLRDTPASMAERNQQIAGIGAALIEHWQR 286
IVALLGPNNKAERIVVIYLRDTPASMAERNQQIAGIGAALIEHWQR 286
IVALLGPNNKAERIVVIYLRDTPASMAERNQQIAGIGAALI----- 276
*****************************************

100% IDENTIDAD SHV2A

CLUSTAL 2.0.10 multiple sequence alignment
1648
SHV2A

-------------GCCTGTGTATTATCTCCCTGTTAGCCACCCTGCCGCTGGCGGTACAC 47
ATGCGTTATATTCGCCTGTGTATTATCTCCCTGTTAGCCACCCTGCCGCTGGCGGTACAC 60
***********************************************

1648
SHV2A

GCCAGCCCGCAGCCGCTTGAGCAAATTAAACAAAGCGAAAGCCAGCTGTCGGGCCGCGTA 107
GCCAGCCCGCAGCCGCTTGAGCAAATTAAACAAAGCGAAAGCCAGCTGTCGGGCCGCGTA 120
************************************************************

1648
SHV2A

GGCATGATAGAAATGGATCTGGCCAGCGGCCGCACGCTGACCGCCTGGCGCGCCGATGAA 167
GGCATGATAGAAATGGATCTGGCCAGCGGCCGCACGCTGACCGCCTGGCGCGCCGATGAA 180
************************************************************

1648
SHV2A

CGCTTTCCCATGATGAGCACCTTTAAAGTAGTGCTCTGCGGCGCAGTGCTGGCGCGGGTG 227
CGCTTTCCCATGATGAGCACCTTTAAAGTAGTGCTCTGCGGCGCAGTGCTGGCGCGGGTG 240
************************************************************

1648
SHV2A

GATGCCGGTGACGAACAGCTGGAGCGAAAGATCCACTATCGCCAGCAGGATCTGGTGGAC 287
GATGCCGGTGACGAACAGCTGGAGCGAAAGATCCACTATCGCCAGCAGGATCTGGTGGAC 300
************************************************************

1648
SHV2A

TACTCGCCGGTCAGCGAAAAACACCTTGCCGACGGCATGACGGTCGGCGAACTCTGCGCC 347
TACTCGCCGGTCAGCGAAAAACACCTTGCCGACGGCATGACGGTCGGCGAACTCTGCGCC 360
************************************************************

1648
SHV2A

GCCGCCATTACCATGAGCGATAACAGCGCCGCCAATCTGCTGCTGGCCACCGTCGGCGGC 407
GCCGCCATTACCATGAGCGATAACAGCGCCGCCAATCTGCTGCTGGCCACCGTCGGCGGC 420
************************************************************

1648
SHV2A

CCCGCAGGATTGACTGCCTTTTTGCGCCAGATCGGCGACAACGTCACCCGCCTTGACCGC 467
CCCGCAGGATTGACTGCCTTTTTGCGCCAGATCGGCGACAACGTCACCCGCCTTGACCGC 480
************************************************************

1648
SHV2A

TGGGAAACGGAACTGAATGAGGCGCTTCCCGGCGACGCCCGCGACACCACTACCCCGGCC 527
TGGGAAACGGAACTGAATGAGGCGCTTCCCGGCGACGCCCGCGACACCACTACCCCGGCC 540
************************************************************

1648
SHV2A

AGCATGGCCGCGACCCTGCGCAAGCTGCTGACCAGCCAGCGTCTGAGCGCCCGTTCGCAA 587
AGCATGGCCGCGACCCTGCGCAAGCTGCTGACCAGCCAGCGTCTGAGCGCCCGTTCGCAA 600
************************************************************

1648
SHV2A

CGGCAGCTGCTGCAGTGGATGGTGGACGATCGGGTCGCCGGACCGTTGATCCGCTCCGTG 647
CGGCAGCTGCTGCAGTGGATGGTGGACGATCGGGTCGCCGGACCGTTGATCCGCTCCGTG 660
************************************************************

1648
SHV2A

CTGCCGGCGGGCTGGTTTATCGCCGATAAGACCGGAGCTAGCGAGCGGGGTGCGCGCGGG 707
CTGCCGGCGGGCTGGTTTATCGCCGATAAGACCGGAGCTAGCGAGCGGGGTGCGCGCGGG 720
************************************************************

1648
SHV2A

ATTGTCGCCCTGCTTGGCCCGAATAACAAAGCAGAGCGCATTGTGGTGATTTATCTGCGG 767
ATTGTCGCCCTGCTTGGCCCGAATAACAAAGCAGAGCGCATTGTGGTGATTTATCTGCGG 780
************************************************************

1648
SHV2A

GATACGCCGGCGAGCATGGCCGAGCGAAATCAGCAAATCGCCGGGATCGGCGCGGCGCTG 827
GATACGCCGGCGAGCATGGCCGAGCGAAATCAGCAAATCGCCGGGATCGGCGCGGCGCTG 840
************************************************************

1648
SHV2A

ATCGA---------------- 832
ATCGAGCACTGGCAACGCTAA 861
*****

/translation="MRYIRLCIISLLATLPLAVHASPQPLEQIKLSESQLSGRVGMIE
MDLASGRTLTAWRADERFPMMSTFKVVLCGAVLARVDAGDEQLERKIHYRQQDLVDYS
PVSEKHLADGMTVGELCAAAITMSDNSAANLLLATVGGPAGLTAFLRQIGDNVTRLDR
WETELNEALPGDARDTTTPASMAATLRKLLTSQRLSARSQRQLLQWMVDDRVAGPLIR

SVLPAGWFIADKTGAGERGARGIVALLGPNNKAERIVVIYLRDTPASMAERNQQIAGI
GAALI"
ORIGIN
1 gcctgtgtat tatctccctg ttagccaccc tgccgctggc ggtacacgcc
agcccgcagc
61 cgcttgagca aattaaacta agcgaaagcc agctgtcggg ccgcgtaggc
atgatagaaa
121 tggatctggc cagcggccgc acgctgaccg cctggcgcgc cgatgaacgc
tttcccatga
181 tgagcacctt taaagtagtg ctctgcggcg cagtgctggc gcgggtggat
gccggtgacg
241 aacagctgga gcgaaagatc cactatcgcc agcaggatct ggtggactac
tcgccggtca
301 gcgaaaaaca ccttgccgac ggcatgacgg tcggcgaact ctgcgccgcc
gccattacca
361 tgagcgataa cagcgccgcc aatctgctgc tggccaccgt cggcggcccc
gcaggattga
421 ctgccttttt gcgccagatc ggcgacaacg tcacccgcct tgaccgctgg
gaaacggaac
481 tgaatgaggc gcttcccggc gacgcccgcg acaccactac cccggccagc
atggccgcga
541 ccctgcgcaa gctgctgacc agccagcgtc tgagcgcccg ttcgcaacgg
cagctgctgc
601 agtggatggt ggacgatcgg gtcgccggac cgttgatccg ctccgtgctg
ccggcgggct
661 ggtttatcgc cgataagacc ggagctggcg agcggggtgc gcgcggcatt
gtcgccctgc
721 ttggcccgaa taacaaagca gagcgcattg tggtgattta tctgcgggat
acgccggcga
781 gcatggccga gcgaaatcag caaatcgccg ggatcggcgc ggcgctgatc ga
//

gcctgtgtattatctccctgttagccaccctgccgctggcgg
tacacgccagcccgcagccgcttgagcaaattaaactaagcg
aaagccagctgtcgggccgcgtaggcatgatagaaatggatc
tggccagcggccgcacgctgaccgcctggcgcgccgatgaac
gctttcccatgatgagcacctttaaagtagtgctctgcggcg
cagtgctggcgcgggtggatgccggtgacgaacagctggagc
gaaagatccactatcgccagcaggatctggtggactactcgc
cggtcagcgaaaaacaccttgccgacggcatgacggtcggcg
aactctgcgccgccgccattaccatgagcgataacagcgccg
ccaatctgctgctggccaccgtcggcggccccgcaggattga
ctgcctttttgcgccagatcggcgacaacgtcacccgccttg
accgctgggaaacggaactgaatgaggcgcttcccggcgacg
cccgcgacaccactaccccggccagcatggccgcgaccctgc
gcaagctgctgaccagccagcgtctgagcgcccgttcgcaac
ggcagctgctgcagtggatggtggacgatcgggtcgccggac
cgttgatccgctccgtgctgccggcgggctggtttatcgccg

ataagaccggagctggcgagcggggtgcgcgcggcattgtcg
ccctgcttggcccgaataacaaagcagagcgcattgtggtga
tttatctgcgggatacgccggcgagcatggccgagcgaaatc
agcaaatcgccgggatcggcgcggcgctgatcga