los prototipos en general sirven para mostrarle rápidamente al cliente qué estaría

obteniendo y poder saber si es lo que realmente quiere el cliente

los usas en general cuando el cliente no sabe lo que quiere

no... un prototipo puede ser una pantalla que no tenga funcionalidad pero
permita ver cómo se vería el sistema

imaginate un word pero que no te permite hacer nada por ejemplo

pero vos ves todas las cosas que podrías hacer: escribir texto, seleccionar el
formato, poner una tabla

en realidad vos como analista tenés que entender cuál es el problema a resolver,
le vayas preguntando al cliente y a partir de eso te imagines la solución
le armás un boceto, una pantalla boba o lo que sea y se la mostrás
de esa forma el cliente ve un poco más concreto lo que obtendría y te puede
decir "si, es lo que quiero, o NO ni cerca lo que estoy buscando"

te sirve para entender lo que el cliente quiere

después tenés que usar esa info para hacer el analisis/diseño
no serían 3 metodologías para lo mismo

en realidad ciclo de vida es el hecho de que el desarrollo de un sistema pasa por

varias etapas
análisis estructurado es una técnica que tiene su propio ciclo de vida
y prototipos es una herramienta que te permite "simular" el resultado que se
obtendría y obtener feedback del cliente para las etapas de análisis y diseño

la idea es: el cliente no tiene claro lo que quiere, armás "algo" y le mostrás... te
da feedback sobre eso, y vas haciendo nuevas iteraciones

si, o puede ser completamente no funcional

que solo sea la cáscara de la aplicación final
para que el cliente vea cómo se vería
y después se implementa la funcionalidad