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(Depto. de Biologia Celular e Molecular e Bioagentes patognicos FMRP-USP)

VOLTA PGINA INICIAL DO CURSO

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23/09/2003 (9h - aula
tericodemonstrativa* e 14h aula prtica)

30/09/2003 (9 h - aula
tericodemonstrativa e 14h aula prtica)
07/10/2003
(9 h - aula tericodemonstrativa e 14h aula prtica)
14/10/2003
(9 h - aula terica e 14h aula prtica)

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1 Introduo bsica a estudos genmicos : seqenciamento e
montagem: Phred/Phrap/Consed. Bancos de dados de interesse em
bioinformtica: definies e ferramentas de submisso

Terminologia e tcnicas de mapeamento genmico em alta e baixa

resoluo e sequenciamento de genes. Programas utilizados em anlise de
sequncias gnicas. Bancos de dados de interesse em bioinformtica
bancos de dados primrios e secundrios. Ferramentas de submisso de
seqncias a bancos de dados. (JCR/VDG)
Aula prtica: Utilizao do Phred/Phrap/Consed
2 - Alinhamento de seqencias 1: Matrizes de alinhamento. BLAST e
suas variantes. (RJW/JCR)

Aula prtica: Alinhamento (BLAST)

3 Alinhamento de seqencias 2: WU-BLAST, FASTA. Predio gnica
(VDG/JCR)
Aula prtica: Alinhamento (WU-BLAST, FASTA)
4 - Genmica comparativa. Alinhamentos mltiplos (CLUSTAL[W,X] e
filogenia (phylip).(JCR/VDG/RJW)
Aula prtica: Alinhamentos mltiplos e filogenia

21/10/2002

5-A informtica nos estudos de estrutura e funo de protenas. Genmica

funcional, protemica, metabolmica. Consideraes finais. (RJW/VDG)

(9 h - aula terica e 14h aula prtica)

Programas relacionados com a predio e visualizao de estruturas
secundrias de protenas e implicaes funcionais.
Aula prtica: Bioinformtica em estruturas proticas
AVALIAO FINAL. (TARDE)
* - Aula a ser ministrada na Sala de Aulas do Depto. De Bioqumica e Imunologia. As
demais aulas sero ministradas na sala de treinamentos do Centro de Informtica de
Ribeiro Preto (CIRP, prdio situado atrs da Biblioteca Central)
(Nota: Diversos produtos comerciais aqui mencionados o foram com o objetivo de ilustrar o
funcionamento e fornecer informaes adiconais sobre um determinado tipo de programa, no
representando nehuma forma de propaganda dos mesmos. Tampouco fizemos qualquer recomandao
especfica de quaisquer desses programas, exceto os que estejam sendo distribuidos gratuitamente pela
Internet)

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Primer on Molecular Genetics

Site do programa Sequencher (http://www.genecodes.com)

Site dos programas Phred/Phrap/Consed : http://www.phrap.org/

(verso acadmica - UNIX/Linux) e http://www.phrap.com/ (verso comercial

- UNIX/Linux/Windows e MAC)

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Aula em formato de diapositivos (aquivo PDF): clique aqui para

baixar.

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-Gibas, C e Jambeck, P.; Desenvolvendo Bioinformtica,(Trad. Cristina de Amorim

Machado), Editora Campus- O'Reilly. Rio de janeiro, 2001

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Atwood, T.K. e Parry-Smith, D.J., Introduction to Bioinformatics, Pearson Education

Ltd., Delhi, 1999

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-Brent Ewing, LaDeana Hillier, Michael C. Wendl, and Phil Green ; Base-Calling of
Automated Sequencer Traces Using Phred. I. Accuracy Assessment Genome Res. 1998 8:
175-185. [Abstract] [Full Text]
-Brent Ewing and Phil Green ; Base-Calling of Automated Sequencer Traces Using
Phred. II. Error Probabilities Genome Res. 1998 8: 186-194. [Abstract] [Full Text]
-David Gordon, Chris Abajian, and Phil Green ; Consed: A Graphical Tool for

Sequence Finishing Genome Res. 1998 8: 195-202. [Abstract] [Full Text]

Workshop 1 Instalao e utilizao do Phred/Phrap/Consed.

Instalar o pacote Phred/Phrap/Consed em ambiente Linux (Red-Hat) conforme roteiro a ser distribudo
durante a aula prtica e verificar as caractersticas principais desses programas
Para entender os principais comandos usados no prompt (linha de comando) do Linux, veja :

http://www.rbi.fmrp.usp.br/topinfo/topinfo1.html : Primeira aula da disciplina Tpicos de Informtica

aplicada pesquisa Biomdica
http://www.rbi.fmrp.usp.br/topinfo/topinfo3.htm: Segunda aula da disciplina Tpicos de Informtica
aplicada pesquisa Biomdica
http://www.rbi.fmrp.usp.br/bioinfo/aula1/LinuxBasic.pdf : Apostila de comandos bsicos do Linux
produzida pelo CIRP
ftp://ftp.cirp.usp.br/pub/linux/Cursos_Revista_GEEK_AnoII_No.9/unices Aqui podem ser encontrados
diversos guias teis, tais como o Guia Foca Linux (guiafocalinux.zip), o Migrando Para linux
(MigrandoparaLinux.zip) , entre outros.
http://www.guiadohardware.net Pgina criada pelo mesmo autor do Kurumin Linux, com diversos
artigos , tutoriais e e-books sobre linux.

Exercicios suplementares 1 Seqenciamento e montagem.

Bancos de dados

Os seguintes fragmentos devem formar um contig

Fragmento 1
GGATCTCCCCTAGCATACCTAGCAATATTAATCACTCAGATAATTAGGCACTGTCCTATA
TTTTTGTAAGATTTATAACTTTAAATTTTTCATTACATATTTTTTTCCAGTGACTTTGAG
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ACAGTTGCTAATCAGTCTGACTTTTATCTGTAATTCTGGTTCTGCTACTTACTAAATGTG
TGACTTAAGGTATATTACTGCACATTGTGCTCACTTTTGTCTATTTGGAT
Fragmento 2
ACAACGTGCG
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ATTCTTTTTTGGTCATGGGGCAGGGAAAGATAATATAACTCTGACTGTGAGAGAATGAGG
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ACAGTTGCTAATCAGTCTGACTTTTATCTGTAATTCTGGTTCTGCTACTTACTAAATGTG
TGACTTAAGGTATATTACTGCACATTGTGCTCACTTTTGTCTATTTGGATATTTTAGTTG

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CATCATCTGCTTTGTGATACATAAAACATTTGTTAAAACTGTTCTTTTCTTCTGTAAGGA
CACTCAACAGATTTATCAAATAACCATTTTAAGTGTACAATACAGTATTATTAGAGACAA
CGTTGTGTAGCAGATCTTTAGAATTTATTCATCTTGCATGATGAAAATTTTATGCCCATT
AATTAGCATTTCCCCATTTTCTCCTCCTTTCAGCCTCTAAAAGCCACCACTCTAATCTCT
GATTCTCTGAGTTTGGCAATTTTAGATACCTGGTGTGAGTAGAATCATGAAGTATTTGTA
TTTCTGTGTCTAGCTTTTTTCATTTACAATATACCTTCAAGGTTCATCCAACTTGTCACA
TATTGCAAGTTTTCCTTCTTTTTAAAGACTGAATAAAATTCCATTGTATGTATTTACCAC
ATCTTCTTTATCCATTCAGCTATCGGGCATTTACGTTGTTCCCACATCGTGACTATTTTT
AATCGTGCTA
Fragmento 3
AGAATCATGAAGTATTTGTA
TTTCTGTGTCTAGCTTTTTTCATTTACAATATACCTTCAAGGTTCATCCAACTTGTCACA
TATTGCAAGTTTTCCTTCTTTTTAAAGACTGAATAAAATTCCATTGTATGTATTTACCAC
ATCTTCTTTATCCATTCAGCTATCGGGCATTTACGTTGTTCCCACATCGTGACTATTTTT
AATCGTGCTATAATGAGCACTGGAGTGCTAATAGCTCTTTGAGATCCTGATATTTTGCTC
TTTTTTTGATAAAATGGCTTCATAATAGTTATTTCCTCATATCATTATTCTAAAAATTGA
GCTGCTAAGTATAAATCTGATCACAAAGTAAACATGTAAATATTATTTTTTAATCACACA
TGAAGGATTTTTATAGTAACTTTGTGTAAAGGTGGGTATTTTCTTGTAAGTTATTGGAAT
CTATTAATTTTAAGGGAGCATTCCAAATTTTAAGAGGTAGAAAGAAACAAAATTCCAGTG
CCTATGTAGTTTATTTCATTTTAATTTAAATTATGAGATGATTGAATAGTGTTCACATTA
GAAGTATAGGAAGATAGTTTAGAGGTCAACTTCTTTGGTCTTGTATTTCTTTTTGTTAAT
GAAATTAATGT
1- Voc usar o programa CAP para montar o contig. Mas para isso, as seqncias
devem estar em formato FASTA. Abra a pgina do BCM Search Launcher
http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/
Escolha sequence utilities e, aps colar uma das seqncias acima no campo adequado, use a opao
ReadSeq . Observe o formato resultante. O
formato FASTA, muito usado, possui um identificador na primeira linha (aps o
>)
2- Carregue o arquivo read123.txt e salve-o no drive d:. Abra a pgina do CAP:
http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/cap.html ou do BCM (opo Multiple Sequences Alignment
- CAP) e carregue o arquivo
read123.txt.
3- Observe o contig formado. V pgina do BCM e escolha "pairwise sequence
alignments". Faa uma alinhamento do contig com uma das seqncias, usando
o programa BLAST ((http://www.ncbi.nlm.nih.gov) ou usando o FASTA
(http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta/fasta_list.html)
4- Pode-se tentar fazer um alinhamento mltiplo, usando o CLUSTALW, na pgina
do BCM (http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/)
5- Utilizando o BLAST ou o FASTA, faa uma busca num banco de dados de
nucleotdios (ex. BLASTN) . Qual o DNA mais semelhante que foi encontrado
para esse contig?
6) Considere a seqncia desconhecida 18q (clique aqui para obt-la):
Uilize os programas FGENES, GENSCAN e HMMGENE para responder as seguintes perguntas:

a)Quantos exons existem nessa seqncia? b)Quais so os pontos de incio e trmino desses
exons? c)Em que fita (normal ou reversa) se localizam esses possveis exons? d)Existem
caractersticas singulares )p. ex., seqncias de poly A? Onde esto localizadas? e)Podem ser
obtidas seqncias proteicas traduzidas a partir dessa seqncia? Qual o comprimento (em
resduos de aminocidos) dessas tradues? f) (Para HMMGENE) Podem ser obtidas tradues
alternativas para essa seqncia? Caso isto seja possvel, fornea o nmero de exons e o
comprimento da regio codificadora (CDS) para cada alternativa possvel. Observe em que fita do
DNA se encontram essas tradues alternativas.

7 - V pgina do NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) . Escolha search genbank for : hexokinase.

Escolha um dos resultados para visualizar. Em aulas seguintes detalharemos melhor essas informaes.
8 - A) Na mesma tela dos resultados de 1, escolha protein ( o anterior era nucleotide). Observe um dos
resultados, comparando as informaes obtidas aqui com as do exerccio anterior.
B) Escolha agora structure. Observe um dos resultados. Veja que so outras informaes.
C) Escolha OMIN (Online mendelian Inheritance in man). Observe um dos resultados.

9 - Na pgina do EXPASY (http://www.expasy.ch) localize o banco de dados ENZYME e procure por

hexokinase. Veja o resultado.

10 - Acesse o portal de bancos de dados SRS (http://srs.ebi.ac.uk) . Entre em databanks. Escolha

LENZYME e search. Procure por hexokinase (digite-a no campo direita de Alltext. Pressione submit
query.Selecione LENZYME 2.7.1.1 e veja o resultado.

VOLTA PGINA INICIAL DO CURSO