Курс лекций А.С.

Спирина
по молекулярной биологии

2006 г.

Лекция 7
 3’-КОНЦЕВЫЕ СТРУКТУРЫ РИБОСОМНЫХ РНК
МАЛЫХ РИБОСОМНЫХ СУБЪЕДИНИЦ (30S и 40S)

E . coli 16S RNA: Rat 18S RNA:

G m 26 A G m 26 A
G m 26 A U m 26 A
G C G C
G C G C
A U A U
U G U G
G C G C
C G C G
C G C G
A U U A
A U U A
U G U G
5'.... G G GAUCA CCUCC UUA OH
5'.... G G GAUCAUUA OH
 ”слабая” м Р Н К
5' 3'

5' 3'
 ФАКТОРЫ, ОПРЕДЕЛЯЮЩИЕ «СИЛУ» мРНК

(1) Инициаторный кодон: AUG > GUG > UUG > AUA, etc.
(2) SD: сила спаривания с рРНК.
(3) Расстояние между AUG и SD (5 – 12 нуклеотидов – оптимально).
(4) Вовлеченность во вторичную и третичную структуру.
(5) «Энхансерные» последовательности «вверх» от SD.
РЕГУЛЯЦИЯ ТРАНСЛЯЦИИ
НЕЗАВИСИМАЯ ИНИЦИАЦИЯ НА ЦИСТРОНАХ
ПОЛИЦИСТРОННЫХ мРНК
A

5' 3'

INDUCED INITIATION
5' 3'

REINITIATION
5' 3'
 Bacterial proton ATPase

F1 (soluble part) α 3β 3γ 1δ 1ε 1 a1b2c10-15 F0 (membrane part)

B E F H A G D C
a c b δ α γ β ε
• •
INDEPENDENT INITIATION (A) AND
TRANSLATIONAL COUPLING (B)
A

5' 3'

INDUCED INITIATION
5' 3'

REINITIATION
5' 3'
 ИНДУЦИРОВАННАЯ ИНИЦИАЦИЯ

L10 4 x L7/L12

rplJ rplL
INDEPENDENT INITIATION (A) AND
TRANSLATIONAL COUPLING (B, C)
A

5' 3'

INDUCED INITIATION
5' 3'

REINITIATION
5' 3'
 РЕИНИЦИАЦИЯ:

Trp operon of E. coli

E D C B A
UGAUG UGAUG

Gal operon of E. coli

E T K
UAA GAA AUG
Полицистронные мРНК, кодирующие рибосомные белки E.coli

S12 S7 EF2 EF1

5' 3'

S10 L3 L4 L23 L2 L22 L19 S3 L16 L29 S17

5' 3'

L14 L24 L5 S14 S8 L6 L18 S5 L30 L15

5' 3'

5'
S13 S11 S4 α L17
3'

L11 L1
5' 3'

L10 L12 β β'

5' 3'

cопряженная трансляция с реинициацией;

белки-репрессоры обведены кружком;
операторы отмечены маленьким заполненным кружком
 MS2 RNA: C - L - S JUNCTION

LYSIS PROTEIN
MET GLU THR ARG PHE PRO GLN GLN SER GLN GLN THR PRO ALA SER
CAAGGUCUCCUAAAAG AUG GAAACCCGAUUCCCUCAGCAAUCGCAGCAAACUCCGGCAUC
GLN GLY LEU LEU LYS ASP GLY ASN PRO ILE PRO SER ALA ILE ALA ALA ASN SER GLY ILE
COAT PROTEIN 1678

THR ASN ARG ARG ARG PRO PHE LYS HIS GLU ASP TYR PRO CYS ARG ARG GLN GLN ARG SER
UACUAAUAGACGCCGGCCAUUCAAACAUGAGGAUUACCC AUG UCGAAGACAACAAAGAAG
TYR MET SER LYS THR THR LYS LYS
REPLICASE

SER THR LEU TYR VAL LEU ILE PHE LEU ALA ILE PHE LEU SER LYS PHE THR ASN GLN LEU
UUCAACUCUUUAUGUAUUGAUCUUCCUCGCGAUCUUUCUCUCGAAAUUUACCAAUCAAUU
PHE ASN SER LEU CYS ILE ASP LEU PRO ARG ASP LEU SER LEU GLU ILE TYR GLN SER ILE

LEU LEU SER LEU LEU GLU ALA VAL ILE ARG THR VAL THR THR LEU GLN GLN LEU LEU THR
GCUUCUGUCGCUACUGGAAGCGGUGAUCCGCACAGUGACGACUUUACAGCAAUUGCUUACUUAA
ALA SER VAL ALA THR GLY SER GLY ASP PRO HIS SER ASP ASP PHE THR ALA ILE ALA TYR LEU
1902
ТРАНСЛЯЦИОННАЯ РЕПРЕССИЯ
Полицистронные мРНК, кодирующие рибосомные белки E.coli

S12 S7 EF2 EF1

5' 3'

S10 L3 L4 L23 L2 L22 L19 S3 L16 L29 S17

5' 3'

L14 L24 L5 S14 S8 L6 L18 S5 L30 L15

5' 3'

5'
S13 S11 S4 α L17
3'

L11 L1
5' 3'

L10 L12 β β'

5' 3'

cопряженная трансляция с реинициацией;

белки-репрессоры обведены кружком;
операторы отмечены маленьким заполненным кружком
Рибосомный белок S8 как репрессор трансляции
полицистронной L5 мРНК
16S RNA
S8 C
C A
U A
G C
G C
G • U
C G
C G
mRNA C G
C
U A
A A
A A A
A C A C
G • U G • U
C G U • G
G
G C G C
L5 U A U A
A U A U
G G G C
C A A U
A U C G
U U U A
A G A A
G • U A
U G C A U C
A U U • G
G A U • G
G C G C
U A U A
U A U A
U A U • G
5' .... U A A G A C... . 3' 5' . .. C G G C U U.. .. 3'
L24
SacL1-23SрРНК MjaL1-мРНК TthL1-мРНК

23SрРНК
мРНК
SacL1-23SрРНК TthL1-мРНК
 RIBOSOMAL PROTEIN SYNTHESIS:
AUTOREGULATION

translation: r-protein synthesis

r-protein release

binding

r-protein mRNA
rRNA

ribosome
assembly

repression
Две стабильные шпильки лидерного участка мРНК, кодирующей ThrRS (а)
и вторичная структура треониновой тРНК (b)
A. Torres-Larios et al. (2002) Structural basis of translational control by Escherichia coli threonyl tRNA synthetase.
Nature Str. Biol. 9:343-347.

ThrRS tRNAThr
Threonyl tRNA synthetase can repress its own synthesis
 Лидерный участок мРНК, кодирующей треонил-тРНК-синтетазу, и
его связывание с рибосомой
L. Jenner et al. (2005) Translational operator of mRNA on the ribosome: How repressor
proteins exclude ribosome binding. Science 308: 120-123.
Domain 2 environment
Regulation of Threonyl-tRNA-synthetase mRNA translation

Jenner et al. Science. 2005

 PHAGE MS2 RNA

129 1179 26 390 36 1635 174

5' A PROTEIN C OAT S YNTHETASE 3'

L YSIS

1335

3395
1308

1678

1761
1724

1902

3569
130
MS2 RNA: C - L - S JUNCTION
II
A A A
A G L
U A INIT
U
C G
C G
U A
C A
U A
G C
SD
G C
A C
A
G C G
U A
A U
A U
C C
G C III
G C C
A U TERM
A C U A
U A C A IV
U G A U
G C U A
U A U U
C G A A
U A U A U A G C
U
C G A U A C SD G C
G C C G A
G C
C G G C U A
S
G C G C A U INIT
U A C G C G
GAC GCAAACUC GCCAUUCAAA UCG...........3'
≈ 200 nt GGUAAGU
ACUA CGCU.................5'
I
 PHAGE MS2 RNA

129 1179 26 390 36 1635 174

5' A PROTEIN C OAT S YNTHETASE 3'

L YSIS

1335

3395
1308

1678

1761
1724

1902

3569
130
 ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ СОБЫТИЙ
ПРИ ИНФЕКЦИИ ФАГОМ MS2
• Трансляция начинается с независимой инициации синтеза С белка.
• Элонгация на С цистроне приводит к расплетанию вторичной структуры,
блокирующей инициаторный участок S цистрона.
• Начинается трансляция S цистрона (индуцированная инициация).
• Синтезированная молекула репликазы связываются с инициаторным участком
С цистрона и блокируют его (трансляционная репрессия).
• Рибосомы, инициировавшие трансляцию С цистрона до этого момента,
продолжают трансляцию, терминируют, и синтезированные молекула С белка
связываются с инициаторным участком S цистрона и блокируют его
(трансляционная репрессия).
• До момента репрессии успевает синтезироваться достаточное количество
репликазы на S цистроне, чтобы начать и продолжать репликацию РНК.
• На ново-растущих +цепях РНК инициируется синтез А белка.
• На новых РНК идет массированный синтез С белка, который накапливается и
полностью блокирует синтез репликазы.
Общая схема механизма выключения трансляции мРНК метаболитом:
метаболит-индуцированная стабилизация конформации, блокирующая
рибосомо-связывающий участок мРНК (RBS)
B.J. Tucker and R.R. Breaker (2005) Riboswitches as versatile gene control.
Current Opinion in Structural Biology 15: 342-346.
Общая схема механизма выключения (слева) и включения (справа)
трансляции мРНК метаболитом

E. Nudler and A.S. Mironov (2003) The riboswitch control of bacterial metabolism.
Trends in Biochem. Sci. 29: 11-17.
А Б

Блокада RBS Освобождение RBS

Схема выключения трансляции мРНК, кодирующих ферменты
биосинтеза тиамина

W. Winkler, A. Nahvi and R.R. Breaker (2002) Nature 419: 952-956.

Схема регуляции трансляции мРНК, кодирующих ферменты синтеза
нуклеотидов аденин-связывающим аптамерным модулем
A. Serganov et al. (2004) Chem. Biol. 11: 1729-1741.
 АНТИСМЫСЛОВЫЕ РНК:
micF RNA

U C
U G A
G C ANTISENSE RNA A C
A A
A G
G
C
C
G
(induced by high osmolarity) C U
micF RNA U A
A U G C U A
U A U A U A
C
U • G C G A U
C G A U U A
G C A U U A
U C U C C
G C A U U A
A
U A U A C C A G A U U A
U A U A C A A C C G A U P : 5'-end
3'-end : HO UUUUUU CUUUAUCC C CAUUUGUCUGUAAGUCUUUACUUACUGCCAUUAUUUA UUACUACUAUCGC AUAAGAUC UCACUUCCAAAA A

U GACGGC AGUGG CAGGUG UCAUAAA AUGAGGGUAAUAAAU A AUG AUGA AGCGCAAUAUUCUGG C AGUGAUCG U

U C
A A C C
5'-end : GACAGAACUU A CUGCUCUGUUA : 3'-end
C
A A
A

ompF mRNA

(synthesis of protein that forms pores for small molecules)

 АНТИСМЫСЛОВЫЕ РНК:
“Out RNA” transcribed from IS10 insertion sequence of Tn10 transposon

pIN
SYNTHESIS OF TRANSPOSASE mRNA (“in RNA”)

TRANSPOSASE GENE

SYNTHESIS
OF ANTISENSE pOUT
RNA (“out RNA”)
Включение трансляции мРНК, кодирующей белок стрессового ответа у
E. coli, стресс-индуцированной малой антисмысловой РНК
F. Repoila, N. Majdalani and S. Gottesman (2003) Small noncoding RNAs, coordinators of adaptation
processes in Escherichia coli: the RpoS paradigm. Mol. Microbiol. 48: 855-861.

rpoS мРНК

Низкая температура
 реимущества регуляции на уровне трансляции:

1) Быстрота ответа.

2) Обратимость (и, следовательно, консервация ресурсов мРНК).

3) Точная подгонка количества синтезируемого белка к потребности клетки в нем.

4) Координированный синтез семейств белков.

5) Пространственный контроль синтеза белков в клетке.

6) Регуляция синтеза белков при клеточной дифференцировке.

7) Регуляция синтеза белков в отсутствие активности клеточного ядра

(например, в раннем эмбриогенезе).
Model for internal initiation of translation on picornavirus IRESes

IRES
A

300 400

500

200
586 600 743
AUG AUG
100
Pyrimidine-rich region
IRES

600 5' UUUC... UU AUG AUG 3'

scanning
500
300
700
834 cardioviruses enteroviruses
100 800 rhinoviruses
AUG
400 unstructured spacer,
Pyrimidine-rich region starting window
IRES
oligopyrimidine tract aphthoviruses
 SCANNING OF mRNA BY 40S-eIF COMPLEX

initiation
60S
association
eIF's
40S : eIF's
translation
scanning
nGTP nGDP + nP i

nATP nADP + nP i
nATP nADP + nP i
nATP nADP + nP i

m 7 Gpp A NN AUG G 3'

G
RBS 5'-UTR INITIATION
SITE