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Biomoleküle

Membrane Lipide
Die Eukaryontenzelle

Enzyme Proteine

DNA
Heterocyclen
RNA

Nährstoffe: Aminosäuren
Zucker
Fettsäuren

Chemie für Mediziner © Prof. J. Gasteiger et al.


Aminosäuren und Proteine

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Struktur von Aminosäuren

O
einfachste Aminosäure: C NH2 CO2 + NH3 Carbaminsäure
HO

O OH
C
proteinogene Aminosäuren: H2N C H L-α-Aminocarbonsäuren

O OH O OH
C C
weitere biogene Aminosäuren:
H C H H C H
H C NH2 H C H
H H C NH2 γ-Amino-
β-Alanin buttersäure
H (GABA)

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Proteinogene Aminosäuren
Beispiele O OH O OH O OH
C C C
neutrale Aminosäuren H2N C H H2N C H H2N C H
mit unpolaren Resten:
CH3 CH2 CH2
H3C CH
CH3
L-Alanin L-Leucin L-Phenylalanin
Ala A Leu L Phe F

Aminosäuren neutral sauer basisch


mit polaren Resten:
O OH O OH O OH
C C C
H2N C H H2N C H H2N C H
CH2 CH2 (CH2)4
OH C NH2
O OH
L-Serin L-Asparaginsäure L-Lysin
Ser S Asp D Lys K

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Stereochemie
O OH O OH
D/L-Nomenklatur C C
H2N C H H2N C H

O H CH3 CH3
CO H L-Alanin

CH3
NH2 2
2
O OH O OH
C C
3 H4
1 C CH 3 C
R/S-System H2N H4
3 H3C NH2
1

S-Alanin

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Zwitterion

Säure

O OH O O−
C C
intramolekulare +
Base H2N C H Säure-Base- H3N C H
Reaktion
R R

ungeladen Zwitterion

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Dissoziation

pKS1 pKS2

O OH O O− O O−
C C C
+
− H+ +
− H+
H3N C H H3N C H H2N C H
+ H+ + H+
R R R

Kation Zwitterion Anion

K+ Z A−
H2A+ HA A−

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Titrationskurve einer neutralen Aminosäure
O OH O O− O O−
C C C
pH + +
H3 N C H H3 N C H H2 N C H
14
H H H
Kation (K+ = H2A+) Zwitterion (Z = HA) Anion (A−)
12

iso pKS2
10 ele
ktr
isc
he
rP
8 un
kt

pKS1 Glycin
2

Menge an zugegebener NaOH


0

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Isoelektrischer Punkt
Am isoelektrischen Punkt reagiert die Aminosäure nach außen hin neutral.
[Z] ist maximal und [K+] = [A−]

O OH O O− O O−
C C C
+
− H+ +
− H+
H3N C H H3N C H H2N C H
+ H+ + H+
R R R
pKS1 pKS2
K+ Z A−
(H2A+) (HA)

pK S 1 + pK S 2
pH IP =
2

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Titrationskurve einer sauren Aminosäure
O OH O O− O O− O O−
C C C C
pH + + +
H3 N C H H3 N C H H3 N C H H2 N C H
14
CH2 CH2 CH2 CH2
C C C C
12 O OH O OH O O− O O−
K+ (H3A+) Z (H2A) HA− A2−
pKS3
10

is
oe
8 l ek
tri
s ch
6 e rP
un Asparaginsäure
k t pKS2
4

2
pKS1
Menge an zugegebener NaOH
0

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Titrationskurve einer basischen Aminosäure
O OH O O− O O− O O−
C C C C
pH + +
H3 N C H H3 N C H H2 N C H H2 N C H
14
(CH2)4 (CH2)4 (CH2)4 (CH2)4
+ NH +NH + NH NH2
3 3 3
12
HK2+ (H3A2+) K+ (H2A+) Z (HA) pKS3 A−

10

iso
8 pKS2 ele
kt
ris
ch
6 er
Pu
n kt
4

pKS1 Lysin
2

Menge an zugegebener NaOH


0

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Einfache Derivate von Aminosäuren
R2
O OH
H C O O
C
R2 N C H
C H2N C H
R1
O R1

N-Acyl-aminosäure Aminosäure-ester

Beispiele:
CH3
N-Acetylcystein O OH Methylphenidat (Ritalin®) O O
H C C
Mucolytikum N C H Psycho-Analeptikum; H C
H3C
VFKOHLPO|VHQGHV0LWWHO  C ZLUGEHL1DUNROHSVLHXQGEHL
H
XQG$QWLR[LGDQV
CH2 .LQGHUQPLWK\SHUNLQHWLVFKHQ N
O
SH 9HUKDOWHQVVW|UXQJHQHLQJHVHW]W

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Peptid-Bindung

H O H O
H
H2N C C N C C
H
R1 O H R2 O H

Amidbildung - H2O

H O H O
H2N C C N C C
R1 H R2 O H

Peptid-Bindung

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Protein-Biosynthese ([NXUV
Transkription im Zellkern Translation am Ribosom
Ribosom
mRNA
RNA-Polymerase DNA

mRNA tRNA
Aminosäure
Protein
ATP AMP + PP

VFKHPDWLVFKH'DUVWHOOXQJ

HLQHU(XNDU\RQWHQ=HOOH

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Dipeptide

H-Ala-Gly-OH H-Gly-Ala-OH

H O H O H O H O
H2N C C N C C H2N C C N C C
CH3 H H O H H H CH3 O H

Beispiel:
H O H O
Aspartam H2N C C N C C
(Süßstoff) CH2 H CH2 O CH3

COOH
H-Asp-Phe-O-CH3

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Dipeptide
2 beliebige Aminosäuren 22 = 4 Konstitutionsisomere

H- Ala Ala -OH

H- Ala -OH
H- Ala Gly -OH

H- Gly Ala -OH


H- Gly -OH

H- Gly Gly -OH

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Tripeptide
3 verschiedene Aminosäuren 3! = 6 Konstitutionsisomere

H- Ala His Met -OH


H- Ala -OH
H- Ala Met His -OH

H- His -OH H- His Ala Met -OH

H- His Met Ala -OH


H- Met -OH
H- Met Ala His -OH

H- Met His Ala -OH

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Tripeptide
3 beliebige Aminosäuren 33 = 27 Konstitutionsisomere

H- -OH H- -OH H- -OH

H- -OH H- -OH H- -OH


H- Ala -OH
H- -OH H- -OH H- -OH

H- -OH H- -OH H- -OH

H- His -OH H- -OH H- -OH H- -OH

H- -OH H- -OH H- -OH

H- -OH H- -OH H- -OH


H- Met -OH
H- -OH H- -OH H- -OH

H- -OH H- -OH H- -OH

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Polypeptide

Zahl der
Aminosäuren: Beispiel:

2 Dipeptide Aspartam ung


d
(Süßstoff: H-Asp-Phe-O-CH3) bin
p tid
Pe
3 Tripeptide Glutathion γ-
H-Glu
(Redox-System in den Erythrozyten: Cys-Gly-OH)

2 - 10 Oligopeptide Cholecystokinin (CCK 8)


(Mediator des Dünndarms, 8 Aminosäuren)

11 - 100 Polypeptide Insulin


(Hormon der Bauchspeicheldrüse, 51 Aminosäuren)

> 100 Proteine Lysozym


(Hydrolase im Hühnereiweiß, 129 Aminosäuren)

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Penicilline ([NXUV

O H Penicillin G
H
C N
S
C H2 C H3

N C H3
re
äu
O
igs

COOH
ss
yle

in
en

Va
ste
Ph

lin
SH Cy H3C CH3
CH2 CH
H
N C H H2N C H
H
C C
O OH O OH

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Sequenzanalyse von Proteinen ([NXUV
saure Total-Hydrolyse Bestimmung der terminalen Aminosäuren
à Brutto-Zusammensetzung Peptid Reagens

+
6 N HCl
105°C Hydrolyse
24 Std.

Peptid
stufenweise Sequenz-Analyse

+
...

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Struktur der Peptid-Bindung

Die Peptid-Bindung ist planar,


sie ist um die O=C-N-Bindung H O R2 H

nicht frei drehbar. N C C


C N C
H O
R1 H
O O
C C C C
C N C N
H H

Mesomerie O O
C H C C
C N C N
à Alle 6 Atome liegen in einer Ebene. C H

selten: cis meist: trans

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Sekundärstrukturen

Durch die Unbeweglichkeit der planaren Peptidbindungen können nur wenige


stabile Konformationen ausgebildet werden: die Sekundärstrukturen.

Die Sekundärstrukturen werden durch Wasserstoffbrücken zwischen den


Peptidbindungen stabilisiert:

C O
C O
H N
C O
H N
H N

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Sekundärstrukturen

antiparalleles β-Faltblatt

paralleles β-Faltblatt

Amylase
α-Helix stärkespaltendes Enzym
im Speichel

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Bindungswinkel in der -Helix

R R
O H R O H R
H H
N N
O N H O N H
R H R H
H 109,5°
H
N N 109,5° 109,5°
H H

2 Amidbindungen 3 Amidbindungen

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-Helix

R
R R
H
H
H N O R
H
H N H N
O
H N O
H N
O
O H N

H
R

3,6 Aminosäuren je Windung

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Protein mit einer -Helix

Glucagon Seitenketten weisen nach außen

0,54 nm
3,6 Aminosäuren
je Windung
rechtsgängig

Wasserstoffbrücken

Die C-Atome der Seitenketten sind heller gezeichnet!

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Bindungswinkel im -Faltblatt

R
109,5°
O H
RH O
RH N O
H N H H
H N H
H O N OR O OR
N H H H N
N H H
R 109,5°
R 109,5°

2 Amidbindungen 3 Amidbindungen

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-Faltblatt
RH
N H Peptidkette
H
RH O OR
N
N H
H H
O OR
N
H

β-Faltblatt
109,5°
RH
N

e
H H
ck
rü O
ffb
RH N OR R H
to

RH
rs

H N
se

H N H H H
N
as

H H
W

O O OR
O N OR R H N
N OR
RH H N H H
H H
H N H O OR
O N
N OR H
H

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-Faltblatt

N H N H N H O C
R11 C H R21 C H R11 C H R24 C H
C O C O C O H N
H N H N H N C O
H C R12 H C R22 H C R12 H C R23
O C O C O C N H
N H N H N H O C
R13 C H R23 C H R13 C H R22 C H
C O C O C O H N
H N H N H N C O
H C R14 H C R24 H C R14 H C R21
O C O C O C N H

paralleles Faltblatt antiparalleles Faltblatt


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-Faltblatt
RH
N paralleles Faltblatt
H H
O OR R
RH N H
N H N
H H H H
O OR R O OR
RH N H N
N H N H
H H H H
O OR R O OR
RH N H N RH
N H N H N
H H H H H H
O OR R O OR O
N N RH N OR H
H H
H N H N H NR
H H H H O
O OR O H OR
N RH N OR
H H
H N H NR N
H H O H
O OR H OR
RH N H
109,5° H
N H NR N
H H O H
O OR H OR
N H H
H NR N
O H
H OR
N
H
antiparalleles Faltblatt
109,5°
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Protein mit -Faltblättern

Seitenketten weisen
Interleukin 1 β
antiparalleles Faltblatt
abwechselnd nach
oben und unten
Wasserstoffbrücken

Die Seitenketten sind als Drahtmodell dargestellt!

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Struktur von Proteinen

Primärstruktur
Hämoglobin = Aminosäuresequenz
...-Ala-Leu-Phe-Lys-...

Sekundärstruktur
α-Helix oder β-Faltblatt

Tertiärstruktur
Faltung im Raum

Quartärstruktur:
Zusammenlagerung
mehrerer Proteine

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Stabilisierung der Tertiärstruktur

• van der Waals-Kräfte


Stärke der Bindung nimmt zu
• hydrophobe Wechselwirkungen

• Wasserstoffbrücken

• elektrostatische Anziehung

• Chelat-Komplexe

• Disulfid-Brücken

• kovalente Bindungen
$PLGXQG(VWHU%LQGXQJHQ]ZLVFKHQ6HLWHQNHWWHQ

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