Chap. III: Composition chimique de la cellule I. Introduction II. Constituants chimiques inorganiques 1. Eau 2. Ions inorganiques III.

Constituants chimiques organiques 1. Glucides 2. Lipides 3. Protines 4. Nuclotides (Acides nucliques)

I. Introduction Pour comprendre le vivant sur le plan composition, une comparaison est faite entre la composition chimique entre la biosphre, la cellule animale et la cellule vgtale (Tableau 1).

De la comparaison du monde minral et les tres vivants ressort que: Biosphre (%) Cellules Animale & Vgtale (%) 0,2 C 10 - 20 0,9 H 9 50 O 60 - 80 0,03 N 1 - 5 Les tres vivants manifestent des proprits tonnantes: ractions, croissance, reproduction, dplacement. Les atomes sont les mmes, ils engendrent des molcules qui demeurent inanimes.

Au niveau cellulaire, le vivant peut tre tudi chimiquement et expliquer ses caractristiques. La cellule est le sige de nombreuses ractions biochimiques. Comprendre la structure et le fonctionnement cellulaire revient connatre les diffrentes molcules qui cooprent pour assurer les nombreuses activits de la cellule et crer les diverses structures cellulaires. Les constituants chimiques sont subdiviss en deux groupes: - Inorganiques: l'eau et les ions minraux. - Organiques: Protines, acides nucliques, sucres et lipides. Le protoplasme de la cellule vgtale et animale contient: - 75 85 % d'eau, - 10 20 % de protines, - 1 2 % d'acides nucliques, - 0,2 2 % de glucides, - 1 5 % de lipides, - 1 1,5 % de substances inorganiques. La comprhension de la structure et du fonctionnement cellulaire ncessite la connaissance des diffrentes molcules qui cooprent pour assurer les nombreuses activits de la cellule et crer les diverses structures cellulaires Ex: E. coli contient 5.000 6.000 molcules organiques diffrentes; les cellules eucaryotes, 10.000 dans certaines cellules). La cellule eucaryote renferme globalement 1000 fois plus de molcules d'eau, de sucre, de lipides, de protines et de minraux.

L'isolement des particules subcellulaires et la dtermination de leur composition chimique a permis de subdiviser ces constituants en deux groupes: - Inorganiques: l'eau et les ions minraux. - Organiques: Protines, acides nucliques, sucres et lipides. II. Constituants chimiques inorganiques 1. Eau L'eau tient la premire place parmi les substances de la cellule et sa quantit varie avec l'ge d'un tre vivant. Le rle de l'eau est multiple:

* milieu de dispersion pour le systme collodal du protoplasme et de l'activit mtabolique : - Soit par addition d'eau: catalyse enzymatique (hydrolyse). Ex: saccharose en fructose et glucose. - Soit par retrait de l'eau et lien des molcules par une liaison covalente: raction de dshydratation-condensation. Ex: Formation de liaison peptidique. * Intervention dans la stabilit des macromolcules (ADN) grce aux liaisons hydrognes. * L'eau est un solvant naturel aux ions minraux et d'autres substances organiques solubles et est responsable du potentiel hydrique des systmes biologiques par dissociation en H+ et OHpH physiologique de 7 qui peut changer dans certaines conditions. 2. Ions inorganiques Les atomes et les ions peuvent engager la formation des liaisons. Larrangement des lectrons autours du noyau dtermine lhabilit de latome former des liaisons. Les lectrons non coupls peuvent tre partag, transfrer un autre atome avec un lectron non coupl, ou mis en paire par lacquisition dun lectron non coupl dun autre atome. Les sels en solution sont dissocis en anions (Cl-,...) et en cations (Na+, K+,...), et sont importants pour le maintien de la pression osmotique et de l'quilibre acido/basique de la cellule. Les sels peuvent exister sous forme solide (carbonates de Ca des os). Certains ions sont des cofacteurs de l'activit enzymatique. Le principal anion est le phosphate (prsence dans le sang, liquide tissulaire, phospholipides, nuclotides et phosphoprotines).

Ex:

* H2PO4- et HPO42-: Systmes tampon, stabilise le pH sanguin et tissulaire. * K+ est indispensable au mtabolisme cellulaire durant les synthses protiques. * Na+ dans la pompe K+/Na+ et ncessite la prsence de Mg2+, intervient aussi dans les cellules nerveuses et musculaires. Les molcules peuvent tablir diffrentes entre elles diffrentes liaisons: Liaisons Covalentes: Liaisons fortes rsultant du couplage de paire dlectrons partags (un lectron de lun et un deuxime de lautre). Ncessite de lnergie pour briser la liaison. Liaisons Ioniques: La liaison se forme quand un atome arrache compltement un lectron dun autre atome. Liaisons hydrognes: Se sont des forces dattraction faible entre les atomes dhydrogne dune part et autres atomes tels que loxygne, lazote ou le fluore dautre part.

Van der Waals forces: Forces dattraction trs faibles entre les noyaux des atomes et les lectrons des atomes environnants.

II. Les constituants chimiques organiques. 1. Les glucides ou sucres Ce sont des hydrates de carbone, d'origine surtout vgtale et constituent une source d'nergie chimique pour les cellules animales et vgtales mais peuvent tre des constituants des parois cellulaires. Ils ont la formule basique de: (CH2O)n ou CnH2nOn. Par exemple, glucose est C6H12O6 qui est le plus important des carbohydrates. Structure de la molcule du glucose
H
1

O C
6

Glucose

H HO H H H

C C C C C H

OH H H OH HO OH OH
3 4

CH2OH C O H
2

H
1

H OH C

C C OH

OH

Les glucides rsultent de l'association (Aldhyde ou ctone + fonctions alcools primaire ou secondaire). Ils ont les caractristiques suivantes: - Souvent des HEXOSES et Pentoses cycliques, parfois structures linaires - Macromolcules: polyoses, polyosides ou polysaccharides - Molcules de base: oses - Diversit des liaisons, linaire ou branche - Stro-isomrie - Fonctions cellulaires: nergie mtabolique (Glucose, amidon, glycogne), molcules de lidentit cellulaire (reconnaissance, adhsion, tissu), structurale (cellulose) Il existe plusieurs classes: - Monosaccharides et disaccharides: solubles dans l'eau, cristallisent et passent facilement travers les membranes cellulaires - Polysaccharides ne cristallisent pas et ne passent pas travers les membranes. Monosaccharides: un sucre pentose (ribose et dsoxyribose); hexoses (glucose, principale source d'nergie). Disaccharides: deux sucres, saccharose (glucose + fructose) et maltose (2 glucoses) chez les vgtaux; lactose (galactose + glucose) chez les animaux. Polysaccharides: Quand plusieurs molcules de glucose se complexent ensemble Cellulose (substance de structure de la cellule vgtale) Amidon (substance de rserves vgtale) Glycogne (substance de rserve animale)

2. Les lipides Les lipides sont des hydrophobes de carbone, insoluble dans les solutions aqueuses, mais sont solubles dans les solvants de graisse (ther, actone). Ceci est caus par la prdominance de longues chanes hydrocarbones aliphatiques. Ils sont composs de carbone, hydrogne et oxygne comme les carbohydrates mais le nombre datome doxygne est moins important. Les lipides sont pourvus de 2 ples: hydrophile et hydrophobe, mais c'est le ple hydrophobe qui domine. Ils sont classs en lipides simples et complexes: * Lipides simples: esters alcooliques des acides gras, comme les triglycrides, qui sont des graisses neutres qu'on trouve dans les tissus adipeux. * Lipides complexes: Ex. les phospholipides ou glycrolipides des membranes cellulaires. Dans les phospholipides, le glycrol est li 2 chanes d'acides gras, le site restant est li une molcule d'acide phosphorique elle mme combine un compos hydrophile (thanolamine, choline et la serine). Les phospholipides assurent la base de larchitecture membranaire. Ils peuvent sorganiser en micelle ou feuillet bimolculaire.

Les acides gras saturs ou insaturs courants en C16, C18 Les triglycrides (le beurre) sont des ester dacides gras et du glycrol, ils ont une fonction de rserve nergtique. Les phospholipides (Phosphatidylcholine) sont deseEsters dacides gras et du glycrol (Phosphatidyl-X), ils ont une fonction structurale (membrane).

Les strodes (cholestrol) ont une fonction structurale et hormonale Les lipides ont tous la proprit dauto-assemblage sous forme de micelle grce leur Amphiphilie.

3. Les protines Ce sont des composs indispensables des cellules vivantes: Les protines de structure des membranes cellulaires, des capsides virales, Rapport immunologique entre les anticorps et antignes, Hormones et enzymes. Les protines sont formes partir des 20 acides amins relis par des liaisons peptiques entre le groupement carboxyle d'un acide amin et la fonction amine du suivant.

Tous les amino acides ont la mme structure gnrale.

Forme non-ionise

H
Fonction Amine

O C OH
Fonction Carboxyl

H2N

C R

Radical de la chaine

H
H3N+

O O

H
H3N+

C C H

C C CH3 O

H3N+

H O C C CH O H3C CH3 Valine (V) Val

H3N+

H O C C CH2 O CH H3C CH3

H
H3N+ C C

H
H2N+

O O

C C

H3C CH O CH2 CH3

H2 C

CH2 CH2

Glycine (G) Gly

Alanine (A) Ala

Leucine (L) Leu

Isoleucine (I) Ile

Proline (P) Pro

Les radicaux sont composes de carbone et/ou dhydrogne. Chaque AA a un radical diffrent.

H O H3 N+ C CH2 C O H3 N+

H C CH2 C

O H3 O N+

H C CH2 NH C

O O

OH

Phenylalanine (F) Phe

Tyrosine (Y) Tyr

Tryptophan (W) Trp

Les radicaux peuvent contenir des structures cycliques.

H H3N+ C CH2 CH2 S CH3 C

O H3N+ O

H C CH2 SH C

O O

Mthionine (M) Met

Cystine (C) Cys

Les radicaux peuvent contenir du sulfure.

H O H3N+ C CH2 OH HO C O

H O H3N+ C CH CH3 C O

Serine (S) Ser

Thronine (T) Thr

Les radicaux peuvent contenir des fonctions hydroxyles

H H3N+ C CH2 C H2N O C

H O H3N+ O C CH2 CH2 C H2N O C

Asparagine (N) Asn

Glutamine (Q) Gln

Les radicaux peuvent contenir des fonctions amines.

H H3N+ C CH2 NH
+NH

O C O H3N+

H C CH2 CH2 CH2 CH2

+NH 3

H O C O H3N+ C CH2 CH2 CH2 NH C NH2 C

O O

+NH

Histidine (H) His

Lysine (K) Lys

Arginine (R) Arg

AA a radicaux basiques.

H H3N+ C CH2 C O O C

O H3N+ O

H C CH2 CH2 C O O C

Aspartate (D) Asp

Glutamate (E) Glu

AA a radicaux acides.

Il existe une panoplie de protines qui diffrent par leur structure primaire. On trouve les protines seules ou conjugues (rattachs) une fonction non protique (groupement prosthtique : nucloprotines, lipoprotines et chromoprotines).

Glucides + Protines = GlycoProtines (Surface Cellulaire) Lipides + Protines = LipoProtines (Sang) Si l'on classe les protines sur base de leur structure, on distingue: Les protines fibreuses: chanes de polypeptides en parallles sous forme de ranges (fibres insolubles dans l'eau mais peuvent tre solubilises dans des solutions salines : Kratine, collagne,...). Les protines globulaires: chanes de polypeptides se mettant en sphre, solubles dans les solutions aqueuses. Elles occupent une fonction dynamique: enzymes, hormones, et protines de transport. Si l'on classe les protines sur base de leur fonction, on distingue: a- Enzyme. Protine implique dans le mtabolisme cellulaire b- Protines de rserve: albumine des ufs, glutelline du bl. c- Protine de transport: hmoglobuline. d- Protine structurale: protines des membranes cellulaires.

Formation et structuration des protines

H H2N C H C

O + OH H2N

H C C

O H2N OH

H C H

O C

H N

H C C

O + OH H2O

Fonction Carboxyl

FonctionCH3 Amine

Liaison CH3 Peptidique

Formation de la liaison peptidique entre deux AA.

H H2N C H C

O + H2N OH Fonction Carboxyl

H C C

O H2N OH

H C H

O C

H N

H C C

O + OH H2O

FonctionCH 3 Amino

Liaison CH3 Peptidique

N-terminal
H H N H C H O C H N H C CH3 O C H N H C CH2 OH O C H N H C CH2 C O OH OH O C H N H C CH2 H3C O C H N H C CH CH3 O C H N H C CH2 O C H N H C

C-terminal
O C OH

CH2 SH

N-terminal

C-terminal Gly Ala Ser Asp Phe Val Tyr Cys

H2N

COOH

Assemblage des acides amins lors de la synthse des protines

Les protines peuvent avoir des structures: Structure Primaire: acides amins lis par des liaisons peptidiques. Structure Secondaire: Liaison Hydrogne entre -COOH et -NH2 de parties diffrentes du mme polypeptide formant des hlices alpha et des feuilles/feuillets bta.

H N H

R C H C O

H N

H C R

O C N H

R C H C

OH O

Liaison Hydrogne

O C HO C R

H N C O

R C N H

O C

H C R N

H H

Des liaisons Hydrognes se forment entre les chanes des peptides.

H H C C N Formation de structures R O H secondaires. N H C H C N C R O O H N H C C H N C R O N H H C H R N C C R C O H H C C H N C R R C O O N H H C H C R C N R C O

C H N

R C O

N H

C R

C R O C N H R C C O H N C R O C H N R C C O H N C R O C N H R C O C H N R C

C N H

C C R H N C O O R C N H O C C R H N C O R C N H O C R C N C O R C

Helice

Feuillet

Structure Tertiaire: Rsultat de ractions entre les groupes R positionns dans diffrentes parties du mme polypeptide.

H N C O Liaisons Hydrogne Entre groupes de peptide CH2 OH O C

CH3 CH2CH CH3

H3C CHCH2 H3C (CH2)4 NH3+

O

O CCCH2

Liaisons Hydrogne Entre chanes et peptide voisins

Liaison Ionique

interaction
Hydrophobique CH2 S S CH2

H CH2 OH H

O N CH2C

Liaisons Hydrogne Entre chanes voisines

Pont Disulfure

Les interactions qui dterminent la structure tertiaire des Protines.

Structure Quaternaire: Plusieurs polypeptides sinteragissent pour former une Protine.

Rsum: structure des protines

Structure tertiaire compose essentiellement dhlice

Structure tertiaire compose essentiellement Feuillet

Structure tertiaire
Riche en pond disulfure

Les Structures Tertiaires sont diverses.

Substrate (glucose)

Enzyme (hexokinase)

Spcificite entre le substrat et lenzyme

4. Les acides nucliques Ils rsultent de l'association des nuclotides. Un nuclotide est form de composes cycliques base azots lis un glucide 5 carbones (riboses ou dsoxyribose) et un groupement phosphor. Les cycles azots: cytosine (C), la thymine (T) et l'uracile (U) drivent du cycle hexagonal, la pyrimidine. La guanine (G) et l'adnine (A) drivent de la purine, un compos bicyclique 9 carbones.

Nuclotide: structure et composition

Nuclotide
NH2 O

Pyrimidines
O NH O N H Uracil (U) O H3C N O NH O

N
5 4 3 2

O P O O

N Nitrogenous base

groupe
Phosphate

5-carbon sugar

H Cytosine (C)

H Thymine (T)

Ribose
OH HO CH2 O 4 1 C H H C 3 2 H C C H OH OH
5

Dsoxyribose
HO CH2 O OH 4 C H H 1C 3 2 H C C H OH H
5

NH2 N N N

Purines
N

O NH N NH2

N H

N H

Adenine (A)

Guanine (G)

Monomer

Polymer
Monomer Monomer Monomer Monomer Monomer Monomer Monomer

Monomer

Polymrisation (liaison des monomres entre eux)

Formation des acides nucliques Les acides nucliques possdent: Structure Primaire: doxyribonuclotides lies par des liaisons phosphodiesteres. Structure Secondaire: double hlice forme par des liaisons hydrognes entre les bases azotes de deux brins dADN: A se lie a T, C se lie a G. ADN na pas dactivit catalytique: il est chimiquement moins ractif que lARN.
Couplage des bases de lADN 5 Cytosine
H C H Sugar-phosphate backbone C N C O Thymine CH3 C H C N C O H C N H N C N O H H N H H N C C C H N C N Adenine C N H N C N

H N H

Guanine

3 H

O
C C

C N

ADN contient thymine, Alors que ARN contient uracile

5 LADN est une double T hlice.

3 A C G A A G C T A G A C A C A 3

5 T G C C G A A C G T T A

G C T T C G A T C T G T G T

A T T C T A G A

A C A 5

T G T 3
Schma de double hlice

Schma De couplage des bases

Modle tridimensionnel de la double hlice

Largeur de lhlice 2.0 nm 3 5

S P S G P C C P

A G S

Distance entre bases 0.34 nm

S P

S C S P P S P P S T A S S P G S C P C

S G

Longueur dun tour complet P De lhlice S T 3.4 nm P

S T A S P P S P G S S A C S P P S
Paire Purine-purine Trs large Paire Pyrimidine-pyrimidine Trs troite Purine-pyrimidine pair Juste normale

S S T P P S P P S C G S S
3

S
5

Espace intra sugarphosphate backbones

Les Acides ribonucleotides (ARN): Structure Primaire: UN seul brin de ribonuclotides lis par des liaisons phosphodiesteres. Structure Secondaire: Des liaisons hydrognes peuvent se former a lintrieur crant des tigesboucles, stem-loop hairpins.

Formation de liaison phosphodiester

O

O O

P O
5

P O

CH2
4 3

O
1 2

CH2

O
3

OH OH

OH

Condensation reaction

OH O
Liaison Phosphodiester

P O

P O
5

CH2

CH2
4 3

O
1 2

OH

OH

OH

OH

H2O

O O P O O 5CH

Le couple sucre-phosphate forment la colonne de lARN

O N O O

O OH O P O O N N CH2 O

NH2 N N

5 La squence de bases trouve dans un brin dARN est crite dans la Direction 5 3 3

O OH O P O O CH2 O N N

O NH N NH2

O OH O P O O CH2 O 3

NH2 N N O

OH OH

ARN de transfert (ARNt) Structure en feuillet de trfle typique

Les proprits des nuclotides - ATP : transferts d'nergie des ractions cellulaires, le phosphore ajout grce l'nergie fourni par oxydation des substances alimentaires, c'est aussi un transporteur (H+ ou rsidus glucidiques). - AMP cyclique: c'est le messager universel des cellules et contrle la vitesse d'un grand nombre de ractions intracellulaires. Rles des acides nucliques Ils interviennent dans la conservation de l'information hrditaire du vivant (ADN) et l'expression de cette information (ARNm, ARNr et ARNt).