TEMA 2. EL ENLACE PEPTDICO. Caractersticas del enlace peptdico. Nomenclatura de los pptidos. Caractersticas cido-base de los pptidos (Seminario).

Caractersticas del enlace peptdico. Los aminocidos pueden unirse entre s por enlace covalente mediante una reaccin de condensacin entre el grupo -carboxilo de un aminocido y el grupo -amino de otro, liberndose una molcula de agua. El enlace as formado entre dos aminocidos se llama enlace peptdico. La formacin de este tipo de enlace necesita un importante requerimiento de energa, que en las clulas es aportado por el ATP.

+ 3 2

+ -

+ 3 -

La extensin con que los aminocidos se pueden unir en enlaces peptdicos es ilimitada, y a una cadena de aminocidos unidos se le denomina genricamente pptido. Los trminos dipptido, tripptido, tetrapptido... se refieren a cadenas de dos, tres, cuatro.... aminocidos. De manera generalizada, los trminos oligopptido y polipptido se refieren a cadenas de pocos (<50) o muchos aminocidos (>50), respectivamente. Cuando las masas moleculares de los polipptidos superan los 10.000 Da, entonces se denominan protenas. Los aminocidos que forman parte de un pptido se denominan residuos de aminocido. Tericamente, el enlace peptdico parece un enlace sencillo y, por tanto, con libertad de rotacin. Sin embargo, experimentalmente se puede demostrar que un enlace peptdico no se comporta de tal modo. Las dimensiones del enlace peptdico fueron deducidas por Pauling y Corey, mediante estudios de difraccin por rayos X realizados en estructuras cristalinas de dipptidos y tripptidos. Las distancias entre el nitrgeno y el carbono que forman el enlace peptdico es menor que la correspondiente a un enlace sencillo . De la misma 1

manera, la longitud de la unin carbono- oxgeno del grupo carbonilo (C=O) es un poco m ayor que la que le correspondera a un tpico doble enlace entre ambos. Eso significa que ni el primero es un enlace simple puro, ni el segundo es un enlace doble puro. Dicho de otra manera, el doble enlace se encuentra deslocalizado entre ambas posiciones: carbono-nitrgeno y carbono oxgeno, es decir, el enlace peptdico es un hbrido de resonancia entre dos formas.

Nubes electrnicas formadas por los electrones p deslocalizados del enlace peptdico. La deslocalizacin de los orbitales electrnicos p sobre O-C-N explica el carcter parcial de doble enlace de la unin C-N. En consecuencia: 1. el enlace peptdico ofrece una cierta rigidez, no tiene libertad de giro, debido a que tiene un cierto carcter de enlace doble por el efecto de resonancia. 2. Como ocurre en los dobles enlaces C=C, los tomos que forman parte del enlace peptdico se disponen en un plano (tomos de C, O, N e H). Por tanto, un pptido se puede considerar estructuralmente como una sucesin de planos, que pueden girar entre s por lo enlaces N-C (, ngulo de rotacin fi) y C-C (, ngulo de rotacin psi).

La rigidez del enlace peptdico determina que los tomos C consecutivos tengan que disponerse en una de las dos configuraciones posibles: en cis, al mismo lado del enlace peptdico, y en trans, en lados opuestos. En las protenas, los grupos peptdicos generalmente adoptan la configuracin trans dado que en la configuracin cis pueden interferir estricamente los grupos R, sobre todo si son voluminosos.

La nica excepcin es el enlace peptdico entre cualquier aminocido y la prolina (no entre la prolina y cualquier aminocido), que admite las dos conformaciones cis y trans.

Formas trans y cis de la unin X-Pro Por ltimo, el enlace peptdico es polar. El O carbonlico tiene una carga parcial negativa (es electronegativo) y el H del grupo NH tienen carga parcial positiva. Esta caracterstica permite que se puedan establecer enlace de hidrgeno entre ambos grupos, lo que como veremos ms adelante ser de gran importancia para explicar el plegamiento de las protenas. Nomenclatura de los pptidos. Por convencin, los residuos de aminocido de un pptido se enumeran y se representan a partir del que tiene el grupo -amino libre (residuo aminoterminal o N-terminal). El ltimo aminocido es el que tiene el grupo -carboxilo libre (residuo carboxilo-terminal, C-terminal). Este convenio se debe a que el ribosoma, que es la mquina que forma los enlaces peptdicos en la naturaleza, agrega un nuevo aminocido al carboxilo terminal del anterior. Por lo tanto, cuando el ribosoma fabrica un polipptido, el extremo que surge primero es el N-terminal. La nomenclatura de un pptido se basa en incorporar el sufijo il a cada residuo de aminocido, excepto al ltimo (p.e. Gly-Leu-Ala = Glicilleucilalanina).