Planta Piloto de Fermentaciones Departamento de Biotecnologa

Sistemas Multiespecies

Sergio Huerta Ochoa

UAM-Iztapalapa

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Reacciones bi-substratos
El modelo de cintica enzimtica de MichaelisMenten fue derivado para una reaccin de un substrato La mayora de las reacciones enzimticas tienen mltiples substratos y productos Las reacciones bi-substratos son aproximadamente el 60% de las reacciones enzimticas conocidas A+ B
E

P+Q

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Reacciones catalizadas por enzimas

1. Oxidoreductasas Catalizan reacciones redox en las cuales un sustrato es reducido a expensas de un segundo que es oxidado Catalizan reacciones en las cuales un grupo es transferido de un sustrato a otro Catalizan reacciones en las cuales un sustrato es hidrolizado Catalizan reacciones en las cuales un grupo es eliminado de un sustrato para formar un doble enlace Catalizan reacciones de isomerizacin Catalizan la unin de dos molculas a expensas de ATP o de alguna otra fuente de energa
Price .C. y Dwek R.A., Principles and Problems in Physical Chemistry for Biochemist

2. Transferasas 3. Hidrolasas 4. Liasas

5. Isomerasas 6. Ligasas

Solamente las reacciones de las categoras 4 y 5 pueden ser consideradas como reacciones realmente de un solo sustrato

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Reacciones bi-substratos
Una gran proporcin de reacciones bi-substrato son reacciones transferasas o reacciones de oxidacin reduccin
O

O
Tripsina

R1-C-NH-R2 + H2O Polipptido

R1-C-O- + H3N+-R2

CH3-C-OH +

Alcohol deshidrogenasa NAD+

CH3-CH + NADH

H+

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Adicin de substrato liberacin de producto

El orden de la adicin de substrato y liberacin de producto en la mayora de las reacciones enzimticas sigue dos mecanismos de reaccin Reaccin secuencial todos los substratos deben enlazarse a la enzima antes de que la reaccin ocurra y los productos sean liberados Secuencial ordenada Secuencial aleatoria Reaccin Ping-pong uno o ms productos son liberados antes de que todos los substratos hayan sido adicionados y una forma estable alterna de la enzima, F, es producida a la mitad de la reaccin

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Reaccin secuencial
todos los substratos deben enlazarse a la enzima antes de que la reaccin ocurra y los productos sean liberados
Secuencial ordenada la reaccin tiene obligatoriamente un orden de adicin de substrato y liberacin de producto
A B P Q

EA

EAB-EPQ

EQ

B EA

Secuencial aleatoria la reaccin no muestra preferencia por el orden de la adicin de substrato y liberacin de producto

Q EQ

E EB B A

EAB-EPQ EP Q P

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Sistemas bi-reactantes ordenados

E+A

EA + B

EAB

E+P

Consideracin de equilibrio rpido

[A ] [B ]

v Vmax

K AK B = [A ] + [A ] [B ] 1+ KA K AK B

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Sistemas bi-reactantes aleatorios

KB

E+B + A
KA KB

EB + A
KA kp

EA + B

EAB

E+P

Consideracin de equilibrio rpido

[A ] [B ]
v Vmax = 1+ KA

[A ] + [B ] + [A ] [B ]
KB

K AK B

K AK B

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Reaccin ping-pong
uno o ms productos son liberados antes que todos los substratos sean adicionados y una forma alterna estable de la enzima, F, es producida la mitad de la reaccin

EA-FP

FB-EQ

Consideracin de equilibrio rpido

v Vmax

[A] [B] Km A [B ] + KmB [A] + [A] [B ]

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Grficas de velocidades iniciales

Las reacciones secuenciales y ping-pong pueden ser distinguidas sobre la base de sus grficas de Lineweaver-Burk o doble recproca

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Sistemas tri-reactantes aleatorios

EAB
+C KC +C KC

EABC

EA

EAC E+P+ Q + R

EB

+C KC

EBC

+C KC

EC

v V max

Consideracin de equilibrio rpido [A ] [B ] [C ] K AK B KC = [A ] + [B ] + [C ] + [A ] [B ] + [A ] [C ] + [B ] [C ] + [A ] [B ] [C ] 1+ K A K B KC K AK B K AKC K B KC K AK B KC

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Sistemas tri-reactantes ordenados

Sistema Ter Ter ordenado

KA

KB

KC kp

KP

KQ

KR

EA EAB

EQR

ER

(EABC

EPQR)

Consideracin de equilibrio rpido

[A ] [B ] [C ]
v V max = K AK B KC [A ] + [A ] [B ] + [A ] [B ] [C ] 1+ KA K AK B K AK B KC

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Multisitios de enlace de sustrato

Sitios de enlace no cooperativos
v Vmax KS KS = n [S ] 1 + KS

[S ] 1 + [S ]

n 1

v V max

[S ] = K S + [S ]

Si todos los sitios de enlace son equivalentes, n molculas de enzima de un sitio sencillo de enlace, producen la misma curva de velocidad de una molcula de n sitios de enlace

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Enzimas alostricas
1.0 0.9 0.8 0.7 0.6 0.5 0.4 0.3 0.2 0.1 0.0 0 1 2 3 4 [S] 5 6 7 8 9 v

(a)

(b)
Enzima alostrica

Comparacin de curvas de velocidad. (a) Respuesta hiperblica, (b) respuesta sigmoidal

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Enzimas alostricas
Sitios de enlace cooperativos
(Modelo de interaccin simple: Adair Pauling) Ejemplo: Enzima con dos sitios de enlace
KS kp

E+S + S
KS KS

ES + S

E+P

KS

P+E

kp

SE + S

SES

kp

SE + P

ES + P

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Enzimas alostricas
Sitios de enlace cooperativos
(Modelo de interaccin simple: Adair Pauling)

Ejemplo: Enzima con cuatro sitios de enlace

Consideracin de equilibrio rpido

v Vmax

KS

[S ] + 3[S ]2
2 aK S

3[S ] [S ] + 2 + 3 2 4 3 a bK S a b cK S
3 4 2 3 4

[S ] 4[S ] 6[S ] 4[S ] + + 2 + 3 2 4 1+ 2 3 KS aK S a bK S a b cK S

donde: Vmax = 4 kcat [E]t

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Enzimas alostricas
Ecuacin simplificada para enzimas alostricas (Ecuacin de Hill)
Si la cooperatividad de los sitios en el enlace del sustrato es muy marcada

v Vmax
Donde:

K 0.5 + [S ]

[S ]

n n

n = nmero de sitios de enlace de sustrato por molcula de enzima K0.5 = Constante que involucra los factores de interaccin y a la constante de disociacin intrnseca