BIOLOGA. Tema 7.

EL GENOMA DE LOS EUCARIOTAS Y SU EXPRESIN (Captulo 14 de Vida y 18 de Fundamentos de Biologa de Freeman) En el DNA de los eucariotas hay genes que sealan el destino de proteinas hacia organelas para la interaccin intercelular y para la diferenciacin celular, adems del propio material gentico. Es una maquinaria que permite que todas las clulas se desarrollen y funcionen. Principio: especificidad de la expresin gnica durante la divisin celular. Los cambios en la expresin gnica permiten a las clulas eucariotas responder a variaciones del Medio y desarrollar distintos tipos de clulas. El genoma de los eucariotas Los genomas de los procariotas son diferentes de los de los eucariotas en tamao, en secuencias repetidas, en la separacin de transcripcin y traduccin, el DNA unido a protenas, en el n de cromosomas etc.. El genoma humano tiene 6.000 millones de pares de bases (2 m de DNA) comprimidos en cada clula. Es ms grande y ms complejo que en los procariotas La mayor parte del DNA eucarionte es no codificador (en los procariontes el DNA es codificador). Hay secuencias repetidas de DNA que no se transcriben en protenas, lo cual es un enigma. Hay mucho ms DNA que el necesario para producir protenas. Cada cromosoma posee al menos tres secuencias: . Secuencia de reconocimiento para la replicacin del DNA, . Regin del centrmero que mantiene juntas las secuencias antes de la mitosis . Secuencia telomrica en cada extremo El RNA de los eucariontes es procesado en el ncleo y exportado al citoplasma. El DNA est segregado dentro del ncleo, separando el DNA del resto de la maquinaria celular. Esto permite el control del transporte del mRNA en el citoplasma. El DNA est empaquetado en los nucleosomas, fibras de cromatina y luego cromosomas, necesario para la replicacin en la mitosis y meiosis. Existe un segundo conjunto de secuencias del DNA reguladoras: los intensificadores y los silenciadores que estimulan o inhiben la transcripcin. El DNA est repartido en varios cromosomas.

La clula de los eucariontes en ms compleja que la de los procariontes; la compartimentalizacin de la primera en organelas es lo que requiere que tenga ms genes. Comparacin del genoma de un procarionte (E. coli) y de un eucarionte unicelular (levadura): Levadura: - Mayor longitud: mayor replicacin del DNA, transcripcin y traduccin - Mayor nmero de proteinas: mayor targeting (destinos) de protenas - Mayor complejidad en la estructura celular.

Adems de sobrevivir, crecer y reproducirse (procariontes) los eucariontes multiceulares tienen genes para mantener la diferenciacin celular, formacin de tejidos y la intercomunicacin celular (esto se estudi en el nematodo Caenorhabditis elegans) La secuencia del genoma de Drosophila melanogaster sorprendi por el n total de regiones que codifican protenas (tiene menos genes para esta funcin que el gusano C. elegans, teniendo 10 veces ms clulas). Muchos de los genes de la mosca tienen homlogos en los mamferos, incluido el hombre; esto es importante de cara al control de determinadas enfermedades, pues puede estudiarse el comportamiento del gen en la mosca. Hay diferentes tipos de secuencias que no codifican protenas La mayor parte del DNA de los eucariontes no codifican protenas y sirve para la regulacin de sus complejos organismos. El genoma de los eucariontes posee algunas secuencias de bases que se repiten.: Secuencias altamente repetitivas que estn presentes en gran nmero de copias o Tipos: Satlites: presentes en los centrmeros de los cromosomas. Repetidas hasta 1 milln de veces. No se conoce su funcin. 5-50 pares de bases. o Minisatlites: repetidos varios miles de veces. Hay variables en n de copias. Proporcionan marcadores genticos moleculares para identificar a un individuo. 12 a 100 pares de bases. o Microsatlites: secuencias muy cortas. Diseminadas por todo el genoma. Utilizados en la secuenciacin gnica humana. 1 a 5 pares de bases. Secuencias moderadamente repetitivas: telmeros, genes rARN, tARN, transposones o Los telmeros son secuencias repetitivas en los extremos de los cromosomas. Un tipo de secuencia es importante en el mantenimiento de los extremos de los cromosomas cuando se replica el DNA En muchos eucariontes existen secuencias moderadamente repetitivas en los extremos de los crosomas llamados telmeros (en el ser humano la secuencia es TTAGGG y se repite 2.500 veces. Si no existen estas secuencias no se fijan protenas especiales que mantienen la estabilidad de los extremos de los cromosomas y el DNA se degrada con rapidez. Las clulas mueren porque sus telmeros se acortan La enzima telomerasa impide la prdida de DNA presente en las clulas de la mdula sea y las de la lnea germinal (en continua divisin). La telomerasa puede contribuir en la lucha contra el cncer y contra el envejecimiento.

Algunas secuencias moderadamente repetitivas se transcriben. Estas secuencias del DNA codifican tRNA y rRNA que se utilizan en la sntesis de protenas que forman ribosomas. Los elementos transponibles se mueven por el genoma. o Algunas secuencias moderadamente repetitivas no estn integradas en forma estable en el genoma, movindose de un lado para otro; son los elementos transponibles o transposones. o Tipos de transposones: SINE. Son transcriptos pero no traducidos. Son cortos. LINE. Son largos y algunos son transcriptos y traducidos en protenas; constituyen el 15% del genoma humano. Retrotransposones. Fabrican copias de RNA. Raros en mamferos Transposones DNA. Se mueven sin replicarse. Los transposones son parsitos celulares que simplemente se replican; esta replicacin y movimiento puede producir mutaciones o enfermedades genticas al insertarse un transposon en un nuevo lugar; si se inserta en un gameto puede producir una mutacin; si se inserta en una clula somtica puede dar lugar a un cncer.

Estructura de los genes que codifican protenas Estos genes son secuencias de DNA de una sola copia. Caractersticas: a) contienen secuencias internas no codificadores. Intrones b) forman familias de genes relacionados dentro del genoma

a) Precediendo la regin codificadora hay un Promotor (donde el RNA se transcribe). En el otro extremo del gen, despus de la regin codificadora hay una secuencia de DNA llamada terminacin que la RNA polimerasa reconoce como final para la transcripcin. Intrones.- Son secuencias de bases no codificadoras contenidas en los genes que codifican protenas; estn intercalados en las regiones codificadores Exones.- Son las regiones codificadoras entre los Intrones o alternados (fig. 14.6 y 18.7) La hibridacin del cido nucleico se utiliza en la localizacin de los genes, evaluacin de los alelos, localizacin del mRNA etc. Se utiliza este mtodo para examinar la relacin entre un gen y su transcripto. La mayora de los genes de los vertebrados contienen Intrones. Los Intrones interrumpen la secuencia del DNA pero no la revuelven y separan la regin codificadora de un gen en Exones. En la traduccin, los Intrones se eliminan y los Exones cortados se empalman (fig 14.6)

b) Familia gnica: Conjunto de genes relacionados o duplicados. Dentro de la familia, un miembro debe mantener la secuencia original de DNA para codificar la protena adecuada; el resto pueden mutar. Son importante en los experimentos de la evolucin. Por ejemplo: familia beta-globinas (parte de la hemoglobina), inmunoglobulinas. Seudogen: es una copia inexacta no funcional de un gen particular. PROCESAMIENTO DEL RNA El transcripto primario premRNA de un gen que codifica protenas est modificado en ambos extremos. Para la funcin del mRNA el transcripto primario premRNA es procesado mediante el agregado de bases en ambos extremos: la caperuza o cap en el extremo 5 (grupo fosfato libre) que es una molcula GTP (guanosintrifosfato) y la cola (PoliA) en el extremo 3 (OH libre) La caperuza facilita la unin del mRNA al ribosoma para la traduccin y protege al mRNA de la degradacin. La cola PoliA es agregada al extremo 3 del premRNA despus que una secuencia Terminal ha sido eliminada. El Splicing elimina intrones del transcripto primario. Si no se suprimieran los intrones se producira un mRNA no funcional con problemas de enfermedades genticas como la betatalasemia. El Splicing corta los intrones y empalma los exones. El Espliceosoma (complejo RNA-protena) corta y empalma el RNA. En el sitio de corte se unen pequeas partculas de ribonucleoprotenas (RNP); la unin de dos de estas partculas a la secuencia consenso (pequeos fragmentos de DNA) alinea la maquinaria del Splicing. Otras protenas se unen y forman el espliceosoma; ste utiliza energa del ATP, corta el RNA, libera los intrones y empalma los extremos de los exones para producir mRNA maduro. Una vez que el procesamiento se ha completado en el ncleo, el mRNA abandona la organela a travs de los poros nucleares. El intrn cortado es degradado en el ncleo. CONTROL DE LA TRANSCRIPCIN GNICA La expresin diferencial de los genes se basa en la produccin de protenas reguladoras especficas. Los genes se activan cuando protenas reguladoras especficas se unen a las intensificadoras y elementos prximos al promotor y se inactivan cuando las protenas reguladoras se unen a las silenciadoras. Las protenas reguladoras exclusivas son las que hacen que una clula muscular sea tal o una sea sea sea. Para que cada clula mantenga su funcin correcta deben sintetizarse ciertas protenas en el momento correcto. La regulacin o control de la expresin gnica se hace con precisin y en tres niveles, durante la transcripcin, durante la traduccin y despus de la traduccin.

Se pueden transcribir genes especficos de manera selectiva. Las diferencias en el contenido proteico de distintas clulas (cerebro, hgado) se deben a la transcripcin diferencial de los genes o bien al mecanismo postranscripcional. Dado que en los eucariontes se presentan genes solitarios, se precisan elementos de control comunes a cada gen para que todos los genes de un rgano respondan a la misma seal. Cada polimerasa cataliza la transcripcin de un tipo de gen; hay diversidad de polimerasas eucariontes. La mayora de los genes de los eucariontes tienen elementos reguladores, intensificadores y silenciadores que pueden controlar la velocidad de la transcripcin. La transcripcin se realiza mediante una serie de pasos (fig. 18.10) Factores de transcripcin En los procariontes el promotor es una secuencia de DNA en el extremo 5 Los factores de transcripcin son un conjunto de protenas reguladoras; la polimerasa II slo acta para la transcripcin despus de que varias protenas reguladoras se han ensamblado con el cromosoma. Son necesarios factores de transcripcin especficos. El promotor en los eucariontes es una caja TATA situada hacia el nucletido 25 del cromosoma Despus de unirse varios factores de transcripcin y bajo la actuacion de la polimerasa se inicia la transcripcin . Los factores de transcripcin especficos desempean un papel importante en la diferenciacin y especializacin de las clulas. Factores Reguladores, Intensificadores y Silenciadores del DNA Adems del promotor, otras dos regiones del DNA se unen a protenas que activan la RNA polimerasa. . Protenas Reguladoras: tiene por efecto unirse al complejo de transcripcin y activarlo . Protenas Intensificadoras: Se unen a protenas y estimulan intensamente el complejo de transcripcin (no se sabe cmo) . Regiones Silenciadoras: tienen un efecto inverso a las intensificadoras, desactivando la transcripcin La combinacin correcta de todos los factores es lo que determina la velocidad de la transcripcin Hay una coordinacin de la expresin gnica para cada situacin ya que los distintos genes poseen las mismas secuencias especficas reguladoras cerca de

ellos, que se unen a los mismos activadores y reguladores. Son necesarios por tanto factores de transcripcin especficos. Para el buen control de la transcripcin es necesario que los factores de transcripcin, reguladores, activadores y represores se unan a secuencias especficas del DNA; en estas protenas existen 4 configuraciones estructurales o motivos: o hlice-giro-hlice (desarrollo embrionario, sistema inmune y nerviosos central) o dedos de cinc (hormonas esteroides) o cremallera de leucina (crecimiento) o hlice-bucle-hlice (sntesis de anticuerpos y protena del msculo) Los genes pueden ser inactivados por la estructura de la cromatina

El empaquetamiento del DNA por las protenas en la cromatina pueden hacer que el DNA sea inaccesible para la RNA polimerasa y para el aparato de transcripcin. Afectan a la transcripcin: o La estructura local de la cromatina. Los nucleosomas (fig. 18.2) inhiben la transcripcin. Mediante complejos proteicos se desagregan los nucleosomas o hacen que el complejo de transcripcin se mueva a travs de los nucleosomas (se precisa un remodelado local de la cromatina) o La estructura global de la cromatina Eucromatina. Contiene genes que se transcriben Heterocromatina. No se transcribe, los genes que contiene son inactivados p. e. el cromosoma X inactivo en las hembras de los mamferos as que las hembras 2X tienen el mismo potencial gnico que los machos con 1X Una secuencia de DNA puede moverse a un lugar nuevo para activar la transcripcin

A veces las expresin gnica est regulada por el movimiento de un gen a un lugar nuevo del cromosoma. La ampliacin gnica es el proceso de crear ms copias de un gen especfico para aumentar la transcripcin. Se trata de tener ms copias de un gen apropiado y transcribirlas todas (ej. Huevos maduros de ranas y peces)

El mecanismo de la hiperreplicacin de un gen no se conoce claramente. CONTROL DE LA POSTRANSCRIPCIN a) Si los exones del pre-m RNA se combinan de diferentes maneras mediante splicing alternativo, se pueden sintetizar diferentes protenas. El splicing alternativo puede ser un mecanismo deliberado para generar una familia de proteinas diferentes correspondientes a rganos diferentes, a partir de un mismo gen. (ver fig. 14.20)

b) La longevidad del m-RNA en el citoplasma puede regularse. El DNA debe permanecer estable y existen mecanismos para su reparacin si se daa. El RNA no es reparable; en el citoplasma se degrada; debe regularse su longevidad ya que cuanto menor sea el tiempo que permanece el mRNA en el citoplasma, menor ser la cantidad de protena que pueda ser traducida. CONTROL DE LA TRADUCCIN Y DE LA POSTRADUCCIN La cantidad de protena en una clula viene determinada por la cantidad de mRNA transcripta y por otros factores que actan despus que se fabrica el mRNA. Las protenas pueden controlar: la sntesis del mRNA al unirse al DNA y la traduccin del mRNA al unirse a l en el citoplasma. Una clula no debe continuar elaborando protenas que no necesita (dara lugar a tumores). La traduccin del mRNA puede ser controlada. Mediante el mecanismo de agregado de una caperuza del mRNA en el extremo 5. Los RNA con caperuzas no modificadas no se traducen; cuando se modifica la caperuza el mRNA es traducido (p. e. en la fecundacin) El proteosoma (gran complejo de polipptidos + ubiquinina) controla la longevidad de las protenas despus de la traduccin. La expresin gnica puede ser regulada por : o El control de la transcripcin o El procesamiento del RNA o La traduccin

La fosforilacin es un mecanismo frecuente de control postraduccin. Este se asocia a cambios rpidos en la expresin gnica. La mayor parte de las protenas se modifican despus de la traduccin. Es necesario regular el tiempo de vida de las protenas segn su funcin. El proteosoma (complejo gigantesco de cadenas polipeptdicas); en esta cmara hueca las protenas sealadas para su degradacin se digieren en pptidos pequeos y aminocidos (interviene la ubiquinina)