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Theoretische Studien zur Freien Energie

Hyperche der Ligand-Rezeptor-Interaktion


Alexander Mhlberg
Friedrich-Alexander-Universitt Erlangen-Nrnberg
Diplomarbeit im Fachbereich Physik
Februar 2011
Eidesstattliche Erklrung
Hiermit versichere ich, die vorliegende Arbeit selbststndig und unter ausschlieli-
cher Verwendung der angegebenen Literatur und Hilfsmittel erstellt zu haben.
Die Arbeit wurde bisher in gleicher oder hnlicher Form keiner anderen Prfungs-
behrde vorgelegt und auch nicht verentlicht.
Nrnberg, der 28. Februar 2011
2
Inhaltsverzeichnis
Eidesstattliche Erklrung 2
1 Einleitung 6
I Grundlagen der Statistischen Physik 8
2 Kanonisches Ensemble 9
3 Freie Energie 11
3.1 Freie Energie aus mikroskopischer Information . . . . . . . . . . . . 11
3.2 Beschreibung der Reaktionskinetik . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
II Generierung Thermodynamischer Ensembles 14
4 Monte-Carlo-Sampling (MC) 15
5 Molekulardynamik (MD) 17
5.1 Finite Dierenzen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
5.2 Thermostat: Langevin Dynamik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
5.3 Analyse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
III Methoden zur Berechnung der Freien Energie 22
6 Potentialtransformationen 23
6.1 Potentialmodelle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
6.2 Parametrisierung nach kollektiven Koordinaten . . . . . . . . . . . 25
6.3 Quasistatische Transformation: Thermodynamische Integration . . . 26
6.4 Transformation mit endlicher Geschwindigkeit: Non-Equilibrium Mo-
lecular Dynamics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
3
6.5 Instantane Transformation: Free Energy Perturbation . . . . . . . . 29
6.6 Datenanalyse bei unzureichender Datenmenge . . . . . . . . . . . . 31
7 Intermedirer Phasenraum und Acceptance Ratio 33
7.1 Intermedirer Phasenraum: Simple Overlap Sampling (SOS) . . . . 33
7.2 Bennetts Acceptance Ratio (BAR) . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
7.3 Generalized Acceptance Ratio (GAR) . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
8 Non-Boltzmann-Sampling 36
8.1 Diskretisierung: Histogramme . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
8.2 Potentialbarrieren . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
8.3 Potential of Mean Force . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
8.4 Multidimensionales Umbrella Sampling (US) . . . . . . . . . . . . . 38
8.5 Umbrella Integration (UI) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
8.6 Dynamisches Umbrella Sampling . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
9 Adaptive Methoden 44
9.1 Adaptive Potentiale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
9.2 Adaptive Biasing Force (ABF) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
9.3 Metadynamics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
10 Zeitskalenproblem 47
10.1 Beschleunigen der Reaktion: Puddle Jumping und Skewed Momenta 47
10.2 Transition Path Sampling . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
IV Articial Ligand Receptor Interaction Molecular Dy-
namics (ALRIMD) 50
11 Modikation der Lennard-Jones-Interaktion zweier Atomtypen 51
12 Articial Ligand Receptor Interaction Molecular Dynamics fr Freie
Energie Dierenzen entlang physikalischer Pfade 55
13 Articial Ligand Receptor Interaction Molecular Dynamics fr Freie
Energie Hyperchen aus Gleichgewichtsensembles 59
14 Articial Ligand Receptor Interaction Molecular Dynamics fr Freie
Energie Hyperchen aus mittlerer generalisierter Kraft 63
4
15 Articial Ligand Receptor Interaction Molecular Dynamics fr Freie
Bindungsenergien aus Ungleichgewichtstrajektorien 65
15.1 Vergleich mit Steered MD . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65
15.2 Externe Arbeit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
15.3 Eektive Systemarbeit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
15.4 Grundstzliches zu ALRIMD fr Ungleichgewichtstrajektorien . . . 70
V Computersimulationen 73
16 Calixaren-Ligand-Systeme und ihr Nutzen fr die Biomedizin 74
17 Simulationsdetails 76
18 Freie Energie Hyperchen der Calixarensysteme durch ALRIMD
und Vergleichsmethoden 79
18.1 Distanz der Massenschwerpunkte . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80
18.2 2 Hostatom-Ligandatom-Distanzen . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94
18.3 Dynamische Zylinderkoordinaten . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
18.4 Vergleich der Calixarensysteme . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108
18.5 Vergleich der Methoden . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111
19 ALRIMD: Minimale Freie Energie Pfade der Calixarensysteme 112
20 ALRIMD: Freie Bindungsenergien der Calixarensysteme 119
VI Fazit und Ausblick 124
VII Anhang: TCL/VMD-Programmcodes 127
5
Kapitel 1
Einleitung
Theorie oder Experiment? Seit jeher wetteifern in der Physik Experimentatoren
mit Theoretikern um den nchsten groen Schritt in ihrem Forschungsgebiet. Die
Theoretische Physik verknpft das Wissen der hheren Mathematik mit konkre-
ten Fragestellungen und klrt dabei nicht selten, neben dem eigentlichen Problem,
mathematische Grundsatzfragen. Die Richtigkeit der Lsung ist allerdings nur mit
einem Experiment validierbar. Andererseits kann das Experiment schlecht ausge-
fhrt worden sein und falsche Ergebnisse liefern. Die Theorie hat demnach nicht
nur die Aufgabe, aus bekanntem Wissen neues Wissen zu extrapolieren, sondern
auch den Experimentator zu berwachen. Sobald sich eine Theorie auch im Umgang
mit komplexen Fragestellungen als richtig erwiesen hat, kann diese das Experiment
ergnzen, manchmal korrigieren, bei gutem Willen auch ersetzen. Fr den Umgang
mit sehr komplexen Fragestellungen reichen analytische Lsungsanstze mit dem
Bleistift meist nicht mehr aus und man bentigt den Computer bzw. seine Re-
chenkraft. Zweifelsohne mit die komplexesten, da nichtlineare, Themengebiete sind
Biologie, Chemie und Medizin deren Systeme zwar oft qualitativ verstanden wer-
den, man aus der Theorie aber nur schwierig auf quantitative Werte schlieen kann.
Dies ist ein ideales Gebiet fr den Einsatz von Computern, um deren Verhalten mit
numerischen Berechnungen zu simulieren.
Ein typisches Beispiel fr diesen Ansatz ist die Berechnung von Freien Energie
Hyperchen, welche den Umgang mit groen Datenmengen an mikroskopischer In-
formation bentigt. Die Theorie entstammt der Statistischen Physik. Um Ergebnisse
zu erhalten bedarf es jedoch einer groen Zahl an Berechnungen. Ein Vergleich mit
dem Experiment hierzu liefert die Reaktionskinetik. Man hat also auch hier wieder-
um sowohl den Schnittpunkt mit der Theorie, wie auch mit dem Experiment.
Wenn die Grundlagen determiniert sind, stellt sich die Frage woher dann das
Experiment in dem Wort Computerexperiment kommt? Aufgrund der numerischen
6
Nherungen, kann nie wirklich davon ausgegangen werden, dass die Simulation ex-
akte Werte liefert. Auch sind viele Stellschrauben einer Computersimulation nicht
analytisch einstellbar, sondern bentigen die Erfahrung eines Experimentators.
Zudem kann solch ein Computerexperimentator durch geschickten Abgleich der ex-
perimentellen Daten mit den Ergebnissen der Simulation Fehler in der Theorie auf-
decken bzw. unverstandene mikroskopische Phnomene ergrnden. All dies spricht
fr die Computersimulation als Mittler zwischen den Welten, mit Schnittpunkten
zum Experiment wie auch zur Theorie.
Das Ziel dieser Diplomarbeit ist es, verschiedene Methoden zum Erstellen von
Freien Energie Hyperchen und Dierenzen der Ligand-Rezeptor-Interaktion so-
wohl untereinander, als auch mit einem eigenen, speziell auf diese Interaktion zuge-
schnittenen, Ansatz zu vergleichen.
7
Teil I
Grundlagen der Statistischen Physik
8
Kapitel 2
Kanonisches Ensemble
Die Wahrscheinlichkeitsverteilung eines Systems folgt dem Prinzip maximaler Entro-
pie. Die aus der Informationstheorie bekannte Shannon-Entropie lautet
S(w
1
, . . . , w
N
) = k
N

i
w
i
ln w
i
(2.1)
Mit der Wahrscheinlichkeit w
i
, dass Mikrozustand i auftritt. Ein Mikrozustand ist
hierbei deniert durch die Konformation q = (q
1x
, q
1y
, q
1z
, q
2x
, q
2y
...) und den Zu-
stand aller Impulse des Systems p = (p
1x
, p
1y
, p
1z
, p
2x
, p
2y
...). Man beschreibt den
Mikrozustand des Systems als Phasenraumpunkt = (q, p). Um die Wahrschein-
lichkeitsverteilung maximaler Entropie zu berechnen, wird Variationsrechnung an-
gewendet, bei der die Randbedingungen durch den Lagrange- Multiplikator mit-
einbezogen wird. Fr ein System, welches Energie mit seiner Umgebung austau-
schen kann, die Gesamtenergie System und Umgebung aber konstant bleibt, bedeu-
tet dies, unter Bercksichtigung der Normierung der Wahrscheinlichkeitsverteilung,
_
dw() = 1:

w()
_
d(w() ln w())
0
w()
E
w()H()
=
_
dw()
. .
beliebig

w()
(w() ln w()
0
w()
E
w()H())
= const. (ln w() 1
0

E
H())
!
= 0 w() e

E
H()
(2.2)
9
Durch Normierung und Identikation von
E
mit erhlt man
w() =
e
H()
_
de
H()
=
e
H()
Z
(2.3)
wobei Z =
_
de
H()
die Zustandssumme ist, also die Anzahl der Mikrozustn-
de des Makrozustands, und =
1
k
B
T
mit der Boltzmannkonstanten k
B
und der
Temperatur T.
10
Kapitel 3
Freie Energie
Die Freie Energie eines makroskopischen Zustands bercksichtigt zwei physikalische
Prinzipien: Das Streben des Systems nach einer mglichst geringen potentiellen
Energie und nach einer Zunahme der Entropie. Die Freie Energie F deniert man
in der Thermodynamik wie folgt:
F(T, V ) = H(T, V ) TS(T, V ) (3.1)
mit der inneren Energie H(T, V ) = H())
T,V
, der Temperatur T, dem Volumen des
Systems V, und der Entropie S. Die Freie Energie beschreibt die Reaktionskinetik
freier, also nicht isolierter, sondern in Kontakt mit der Umgebung stehenden, Vor-
gnge und kann analog der Energie in isolierten, also mikrokanonischen Systemen
interpretiert werden.
3.1 Freie Energie aus mikroskopischer Information
Betrachtet wird noch einmal die Herleitung der maximalen Entropie mit Nebenbe-
dingungen in diskreter Darstellung:

i
(w
i
ln w
i
w
i
H
i
) = S H)
o
w
i
!
= max. (3.2)
ergibt sich durch Umformung
H) =

i
H
i
e
H
i

i
e
H
i
=

ln
_

i
e
H
i
_
=

ln Z (3.3)
11
und
S =

i
w
i
ln w
i
= (

ln Z) + ln Z (3.4)
Setzt man dies in (Gl.3.2) ein, so erhlt man:
(

ln Z) + ln Z +

lnZ
0

i
w
i
!
= max.
ln Z +
0

i
w
i
!
= min. (3.5)
Da der 2. Term konstant ist, und man ohne Einuss auf die Position des Minimums
erweitern kann, ergibt sich

1
ln Z = H) TS = F
!
= min. (3.6)
Ein Gleichgewicht stellt sich also immer fr minimale Freie Energie unter Berck-
sichtung der Nebenbedingungen ein. Die Zustandssumme Z des Makrozustands wird
bentigt um dessen Freie Energie anzugeben. Diese wird bestimmt indem ber alle
mglichen Impulse und Konformationen des Makrozustands, also ber alle Phasen-
raumpunkte , integriert wird. Da das System Energie mit der Umgebung in Form
von Wrme austauschen kann, werden die Phasenraumpunkte nach der Boltzmann-
verteilung integriert:
Z =
_
de
H()
(3.7)
Wird das komplette kanonisches Ensemble gerastert, kann hieraus der Wert jeder
makroskopischen Observablen berechnet werden, indem ber die Werte der Obser-
vablen O in ihren Mikrozustnden gemittelt wird:
O) =
_
de
H()
O()
_
de
H()
(3.8)
3.2 Beschreibung der Reaktionskinetik
Die Reaktionskinetik wird im Experiment durch die Geschwindgkeitskonstante k
beschrieben, die wie folgt mit der Gibbschen freien Enthalpie im Zusammenhang
steht:
G(T, P) =
1
ln k (3.9)
12
Die Gleichsetzung der Freien Energie F(T,V) mit der Freien Enthalpie G(T,P) ergibt
sich durch Betrachtung der folgenden Identitt fr die Freie Enthalpie:
G =
1
ln Z +
1
V
_
ln Z
V
_
(3.10)
Da in Computersimulationen das Volumen des Systems annhernd konstant bleibt,
verschwindet der 2. Term und man erhlt (Gl.3.3)
13
Teil II
Generierung Thermodynamischer
Ensembles
14
Kapitel 4
Monte-Carlo-Sampling (MC)
Da man es bei der Berechnung der Zustandssumme Z mit einem Integral zu tun
hat, liegt es nahe der Numerik eine Integrationsmethode zu entleihen, nmlich die
Monte-Carlo-Methode zur numerischen Bestimmung eines Integrals. Da es sich bei
der Bestimmung der Zustandssumme Z =
_
de
H()
allerdings um ein mehrdi-
mensionales Integral handelt, lsst sich das Integral nicht mehr auswerten, da es
nicht oensichtlich ist,wie eine Variablentransformation zu vollfhren ist, sodass
weiterhin gem einer Boltzmannverteilung e
H
Zustnde gerastert wird. [15]. Um
den Mittelwert einer Observablen O) zu berechnen wird die Wahrscheinlichkeits-
verteilung w() der Mikrozustnde bentigt:
O) =
_
de
H()
O()
Z
=
_
dw() O()(4.1)
mit w() =
e
H()
Z
. Fr Wahrscheinlichkeitsverteilung wird aber glcklicherwei-
se nicht die Zustandssumme Z bentigt. Es gengt, wenn die Mikrozustnde im
richtigen Verhltnis zueinander existieren. Wird die Wahrscheinlichkeitsverteilung
diskretisiert, kann sie wie folgt ausgedrckt werden:
w() =
n()
N
(4.2)
wobei n() die Zahl der Mikrozustnde fr den Phasenraumpunkt ist und N
die gesamte Zahl an erfassten Mikrozustnden. Um nun O) nherungsweise zu
bestimmen lsst man den Computer Mikrozustnde erzeugen und diskretisiert das
Integral
_
d [15]:
O)
1
N

n() O() (4.3)


15
Der Vorteil dieses Vorgehens gegenber der Molekulardynamik (Kapitel 5) ist, dass
keine berssigen Punkte erzeugt werden. Neue Datenpunkte werden hier aus alten
Datenpunkten erzeugt, so dass die Gesamtverteilung an Datenpunkten eine Boltz-
mannverteilung ist, also kanonisch. Fr einen Gleichgewichtszustand gilt Detailed
Balance [41]:
w(
alt
) w(
alt

neu
) = w(
neu
) w(
neu

alt
) (4.4)
wobei sich die bergangswahrscheinlichkeit aus der Wahrscheinlichkeit w
gen
, dass
der Schritt versucht wird, und der Wahrscheinlichkeit w
akz
, dass der Schritt akzep-
tiert wird, zusammensetzt:
w(
alt

neu
) = w
gen
(
alt

neu
) w
akz
(
alt

neu
) (4.5)
Falls w
gen
symmetrisch ist, krzt es sich raus und fr die Detailed Balance erhlt
man:
w(
alt
) w
akz
(
alt

neu
) = w(
neu
) w
akz
(
neu

alt
) (4.6)
Durch die Akzeptanzwahrscheinlichkeit w
akz
knnen nun neue Mikrozustnde gem
des Boltzmannfaktors erzeugt werden :
w
akz
(
alt

neu
)
w
akz
(
neu

alt
)
=
w(
neu
)
w(
alt
)
!
= e
(U(
n
eu)U(
alt
))
(4.7)
die Wahl der w
akz
, die (Gl.4.1) erfllen, ist nicht eindeutig, aber als Standard wird
meist der Wahl von Metropolis [41] gefolgt:
w
akz
(
alt

neu
) = min
_
1, e
(U(
neu
)U(
alt
))
_
(4.8)
Der Schritt wird also gegangen, falls eine durch den Computer erzeugte Zufallszahl
aus dem gleichverteilten Intervall [0, 1] kleiner ist als das Akzeptanzkriterium, also
< w
akz
(4.9)
Diese Auswahlregel kann nicht nur fr Datenpunkte verwendet werden, sondern
auch fr Trajektorien oder allgemein, jegliche Verteilungen, die durch einen Expo-
nenten beschrieben werden.
16
Kapitel 5
Molekulardynamik (MD)
Bei der Molekulardynamik wird ausgehend von einer Anfangskonformation das En-
semble generiert, indem Newtons Bewegungsgleichungen integriert werden. Die An-
zahl der Zeitschritte muss so gro sein, dass es fr die Bildung eines Mittelwerts
irrelevant wird, welche Ausgangskonformation gewhlt wurde. Der zeitliche Durch-
schnitt entspricht also dem Ensembledurchschnitt. Falls dies zutrit, nennt man das
System ergodisch und jeglicher Mittelwert ber dieses System ist zu einem festen
Wert konvergiert.
5.1 Finite Dierenzen
Verlet Algorithmus
Zu Beginn der MD wird die Kraft f
i
(r
i
) auf jeden Partikel i (hier Atom) berechnet.
Diese Kraft folgt aus der Anwendung des Gradienten
i
auf die Potentialfunkti-
on (Kapitel 6) des Systems. Die Zeit wird in Zeitschritte t diskretisiert. Um die
Position des Atoms fr den nchsten Zeitschritt zu erhalten, muss die Bewegungs-
gleichung
a
i
=
f
i
m
i
(5.1)
integriert werden. Man betrachtet hierfr 2 Taylorentwicklungen nach der Zeit:
r
i
(t + t) = r
i
(t) + v
i
(t) t +
f
i
(t)
2m
(t)
2
+
(t)
3
3!
+O((t)
4
) (5.2)
und
r
i
(t t) = r
i
(t) v
i
(t) t +
f
i
(t)
2m
(t)
2

(t)
3
3!
+O((t)
4
) (5.3)
17
und addiert sie zum Verlet Algorithmus [36]
r
i
(t + t) 2r
i
(t) r
i
(t t) +
f
i
(t)
m
(t)
2
(5.4)
Leapfrog Algorithmus
Alternativ kann auch der Leapfrog Algorithmus [22] verwendet werden, bei dem
die Geschwindigkeiten in der Mitte zweier Zeitschritte verwendet werden, um die
Position zu aktualisieren:
v
i
(t t/2) =
r
i
(t) r
i
(t t)
1
(5.5)
und
v
i
(t + t/2) =
r
i
(t + t) r
i
(t)
t
Die Ortskoordinate wird gem
r
i
(t + t) = r
i
(t) + t v
i
(t + t/2) (5.6)
aktualisiert. Die Kraftwirkung f
i
wird allerdings zur Aktualisierung der Geschwin-
digkeiten
v
i
(t + t/2) = v
i
(t t/2) + t
f
i
(t)
m
(5.7)
verwendet.
Zeitdiskretisierung
Der Zeitschritt t sollte so gewhlt werden, dass er in der Grenordung der
schnellsten Schwingungen des Systems stattndet. Fr Biomolekle ist die schnells-
te Bewegung des Systems die Valenzschwingung zwischen Wasserstoatomen und
schweren Atomen, welche eine Periodendauer von ca. 10 fs hat. Als empirische Regel
fr den zu whlenden Zeitschritt gilt [2]:

t
20 (5.8)
Das bedeutet fr einen optimalen Zeitschritt t = 0, 5 fs.
18
5.2 Thermostat: Langevin Dynamik
Um ein kanonisches System zu simulieren, also ein System konstanter Tempera-
tur, bentigt man ein Thermostat. Die Temperatur ist in Abhngigkeit von der
Teilchengeschwindigkeit:
T(t) =
1
k
b
N
N

i
m[v
i
[
2
(5.9)
mit der Summe ber alle Atome i, der Gesamtzahl an Atomen N, der Masse des i-ten
Atoms m
i
und der Boltzmannkonstanten k
B
. Fr ein Langevin-Thermostat [7] er-
weitert man die Bewegungsgleichung um einen Reibungsterm und einer Zufallskraft,
die so justiert wird, dass das ganze System eine konstante Temperatur beibehlt.
f

(t)
i
= f
i
(t) m
i
v
i
(t) +R(t) (5.10)
mit der Kollisionsfrequenz und der Zufallskraft R(t).
5.3 Analyse
Statistischer und systematischer Fehler
Man unterscheidet bei der Fehleranalyse zwischen dem statistischen und dem syste-
matischen Fehler. Beide Fehler entstehen durch die endliche Anzahl an Datenpunk-
ten. Der darin resultierende statistische Fehler gibt die Ungenauigkeit der Messung,
und der systematische Fehler die Abweichung des gerasterten Mittelwerts vom wah-
ren Mittelwert an. Beide gehen in den Gesamtfehler ein [3]:
m
2
(N) =
1
N
N

i
(x
i
x)
2
=
1
N

i
(x
i
x(N))
2
. .

2
(N)
+ ( x(N) x)
2
. .

2
(N)
(5.11)
wobei
2
(N) den statistischen Fehler in Form der Varianz angibt, (N) den syste-
matischen Fehler,x
i
den Wert es i-ten Datenpunkts, x den wahren Mittelwert und
x den gerasterten Mittelwert.
Ergodizitt
Bei einer MD-Simulation ist es wichtig zu zeigen, dass der zeitliche Mittelwert gleich
dem Ensemblemittelwert entspricht, d.h. man muss berprfen, ob lange genug
gerastert wurde, um ein reprsentatives Ensemble zu erhalten. Um die Eektivitt
19
des Rasterns zu bewerten wird die Diusionskonstante D
U
[42] verwendet:
D
U
=
d
U
(0)
d
U
()
(5.12)
mit
d
U
() =
1

i
[U

i
() U

i
()]
2
(5.13)
und fr eine MD mit konstanter Temperatur
U

i
() =

k
U
i
(t
k
)

(5.14)
t
k
gibt den k-ten Zeitschritt an, die Zeit des Rasterns, bzw. die Trajektorie,
N die Gesamtzahl an betrachteten Atomen und U
i
die potentielle Energie des i-
ten Atoms in seiner Umgebung. Umso schneller sich die potentielle Energie der
Trajektorien annhert, desto schneller konvergiert ein Ensemble.
(Auto-)Korrelationsfunktion
Korrelationsfunktionen geben die Abhngigkeit einer Variablen von einer anderen
an. Dies ist wichtig, um z.B. den Zusammenhang zwischen einer Distanz und einer
Geschwindigkeit zu nden. Sie ist auch wichtig um bei der Auswahl von Freiheits-
graden, die ein System beschreiben sollen, mglichst unabhngige zu whlen. Die
Korrelationsfunktion der Observablen x und y lautet [15]
C
xy
(t) =
1
N

i
x
i
(0)y
i
(t) = x(0)y(t)) (5.15)
welche zur Autokorrelationsfunktion wird, falls x = y. Die Auto-Korrelationsfunktion
(also die Korrelation einer Eigenschaft oder Observablen mit sich selbst zu einem
spteren Zeitpunkt), wird bentigt um richtige Bingren zu errechnen, da mit ihr
durch eine Green-Kubo-Relation die Diusionskonstante D in einem Bin bestimmt
wird [8]:
D =

i,j
v
i
(t
j
)v
i
(0)) (5.16)
mit dem Teilchenindex i und t
j
= t j.
20
Fluktuation und Root Mean Square Deviation (RMSD)
Um zu berprfen, wie sehr sich eine chemische Struktur ber die Zeit verndert,
wird die Gre der Root Mean Square Deviation verwendet
RMSD(t) =

N
i=1
d
2
i
(t)
N
(5.17)
wobei d
i
die Distanzen der jeweiligen Atompaare i in den zwei zu vergleichenden Zu-
stnden sind und N die Anzahl der zu betrachtenden Atome. Die Zustnde wurden
zuvor durch Drehung und Verschiebung in maximale bereinstimmung gebracht.
Die RMSD gibt somit einen qualitativen Wert fr die Fluktuation an.
21
Teil III
Methoden zur Berechnung der Freien
Energie
22
Kapitel 6
Potentialtransformationen
Um Freie Energie Dierenzen zu erhalten, wird die Potentialfunktion U() (auch
Kraftfeld genannt) eines Systems verndert und die neue Zustandssumme mit der
alten verglichen. Die verschiedenen Standardmethoden sind im Endeekt Potenti-
altransformationen unterschiedlicher Geschwindigkeit. Wird das Potential instan-
tan gendert, nennt man es Free Energy Perturbation, mit endlicher Geschwin-
digkeit wird das System ins Ungleichgewicht gebracht und man bezeichnet es als
Non-Equilibrium Molecular Dynamics und wird die Potentialfunktion quasistatisch
transformiert, also so langsam, dass das System immer im Gleichgewicht bleibt, ist
es Thermodynamische Integration.
6.1 Potentialmodelle
Klassisch Mechanische Nherung
Da das Kraftfeld klassisch, also ohne quantenmechanische Eekte dargestellt wird,
kann z.B. kein Bindungsbruch simuliert werden. Allerdings ermglicht es, durch die
Reduktion an Komplexitt und damit Rechenzeit, grere Systeme zu simulieren.
Ein typisches Kraftfeld hat die Form [35]:
U() =

Bindungen
k
2
(l
i
l
0,i
)
2
+

Winkel
k
2
(
i

0,i
)
2
+

Torsionen
V
n
2
(1 + cos(n ))
+ U
LJ
+U
ES
(6.1)
Die mit 0 indizierten Variablen entsprechen hierbei den Gleichgewichtspositionen,
also den Punkten verschwindender potentieller Energie.
23
Lennard-Jones-Potential
Die kurzreichweitige, nicht-bindende Interaktion zwischen Atomen wird in der Mo-
keklmechanik meist durch das 12,6-Lennard-Jones-Potential beschrieben
U
LJ
=
N1

i
N

j=i+1
4
ij
_
_

ij
r
ij
_
12

ij
r
ij
_
6
_
(6.2)
Abbildung 6.1: Zusammensetzung des Lennard-Jones-Potentials aus attraktivem
und repulsivem Term
Coulomb-Potential
Das Coulomb-Potential eines Systems erhlt man durch Superposition aller elektro-
statischen Interaktionen:
U
ES
=
N1

i
N

j=i+1
q
i
q
j
[r
ij
[
=
1
2

i=1

j=i
q
i
q
j
[r
ij
[
=
1
2
N

i=1
q
i
(r
i
) (6.3)
mit der Teilchenzahl N und dem Elektrostatischen Potential auf das i-te Teilchen
(r
i
). Die Rechenzeit wchst bei der expliziten Berechnung jeder Interaktion mit
N
2
. Eine grobe Nherung wre es, einen Cuto einzufhren, um nur jene Teilchen-
interaktionen zu berechnen, dessen Abstand kleiner ist als dieser. Dies ist aber eine
zu grobe Nherung. Stattdessen wird als Standard das sogenannte Particle Mesh
Ewald [11] verwendet, bei dem das elektrostatische Potential in einen kurz- und
24
einen langreichweitigen Anteil aufgespaltet wird. Fr den kurzreichweitigen An-
teil wird jede Interaktion explizit berechnet, der langreichweitige Anteil wird durch
Diskretisierung des Raums auf ein Gitter und Durchfhrung einer Fast Fourier
Transformation bestimmt. Die Rechenzeit steigt dadurch, nun nicht mehr mit N
2
,
sondern mit N
3
2
.
Periodic Boundaries
Um den Einuss von Obercheneekten zu beseitigen, verwendet man Periodic
Boundaries . Die Simulationsbox, die alle Atome des Systems beinhaltet, wird ko-
piert und Atome, die die Box auf einer Seite verlassen, erscheinen auf der anderen
Seite. Diese Periodische Randbedingung wird mit in das Potentialmodell eingear-
beitet.
6.2 Parametrisierung nach kollektiven Koordinaten
Alchemisch oder physikalisch
Will man ein System parametrisieren, parametrisiert man seine Potentialfunktion.
berfhrt man die Potentialfunktion eines chemischen Systems in die eines ande-
ren, spricht man von einer alchemischen Transformation. Man vergleicht dadurch
die Freie Energie zweier chemischer Systeme. Wird hingegen nach einer physikali-
schen Koordinate, z.B. der Position eines Liganden, parametrisiert, erstellt man ein
sogenanntes Potential of Mean Force (Kapitel 8). Es wird also analysiert, wie sich
die Freie Energie des Systems mit der Position des Liganden ndert. Die alchemische
Reaktionskoordinate nennt man gewhnlich , die physikalische, die sich gem der
kanonischen Gleichungen verhlt, .
Koordinatentransformation
Um eine Reaktion angemessen zu beschreiben, werden nicht alle Freiheitsgrade des
Systems = (q, p) = (q
1
q
3N
, p
1
p
3N
) bentigt, stattdessen werden sogenann-
te Reaktionskoordinaten oder kollektive Koordinaten eingefhrt. Dies wird durch
eine Koordinatentransformation in generalisierte Koordinaten erreicht. Dieser Satz
generalisierter Koordinaten muss vollstndig und derselben Dimension wie die kar-
tesischen Koordinaten sein. Die Reaktionskoordinaten mssen Teil dieses Satzes
sein und um die Beschreibung des Systems zu vereinfachen wird ber die restlichen
Freiheitsgrade integriert. Da die Zustandssumme ein Integral ber ist, muss die
Volumennderung des Phasenraums durch die Transformation wieder ausgeglichen
25
werden. Dies geschieht mithilfe der Jacobi-Determinante [J[. Fr die Transforma-
tion des Phasenraums in den Raum der kollektiven Koordinaten = (
1

n
)
heisst das:
Z =
_
de
H()
=
_
d e
H()
|J(, )| (6.4)
mit der Jacobi-Matrix J(, ):
J(, ) =
_
_
_
_
_
_

1


1

6N
.
.
.
.
.
.
.
.
.

6N

1


6N

6N
_
_
_
_
_
_
(6.5)
Durch Fixieren einer Reaktionskoordinate kann somit nach der Koordinatentrans-
formation die Zustandssumme, und dadurch die Freie Energie, des Systems, fr den
durch die Reaktionskoordinate beschriebenen Zustand einer chemischen Reaktion
beschrieben werden. Es knnen beliebig viele Reaktionskoordinaten aus dem Raum
der kollektiven Koordinaten genutzt werden, um das System zu beschreiben.
6.3 Quasistatische Transformation: Thermodynami-
sche Integration
Wird ein System sehr langsam verndert, sodass sich fr jeden Punkt der Trans-
formation ein ergodisches Ensemble an Mikrozustnden rastern lsst, so kann man
durch Integration der mittleren Kraft nach der kollektiven Koordinate ein Freies
Energie Prol erstellt werden [28]. Fr eine alchemische Transformation bedeutet
das:
dF() = F(
1
) F(
0
) =
_

1

0
F()

d
=
_

1

0
1

Z()
Z()
d =
_

1

0
_
_
d(

e
U()
)
Z()
_
d
=
_

1

0
__
d(

U()) w()
_
d =
_

1

U())

d
=
_

1

0
f())

d (6.6)
26
Man bentigt also die durchschnittliche auf das System wirkende Kraft f())

fr jeden Wert der Reaktionskoordinate zwischen


0
und
1
. Diese Krfte werden
numerisch bestimmt und mithilfe der Trapezregel integriert. Interessiert stattdes-
sen ein PMF F() entlang der Reaktionskoordinate , kommt man durch analoge
Rechnung auf
F(
1
) F(
0
) =
_

1

0
F()

d =
_

1

0
f())

d (6.7)
Der Unterschied hierbei ist, dass alle Mikrozustnde, die der Bedingung () =
gengen, gerastert werden mssen. Zur besseren bersichtlichkeit setzen wir den
externen Parameter immer als 2. Argument, also S(O(), X), wobei O phasenrau-
mabhngig und X der externe Parameter ist.
Constraints und Restraints
Fhrt man Randbedingungen, Constraints, wie z.B. feste Distanzen, oder wei-
che Randbedingungen,Restraints, wie harmonische attraktive Potentiale ein, n-
dert sich die Wahrscheinlichkeitsverteilung w(). Um die durchschnittliche Kraft zu
bestimmen, die auf ein System fr eine bestimmte Randbedingung folgt, muss man
deren Einuss herausrechnen. Restraints werden als zustzliche Potentialterme in
den Hamiltonian geschrieben und Constraints werden als Randbedingungen durch
Lagrange-Multiplikatoren im Hamiltonian bercksichtigt. Diese Randbedingungen
mssen beispielsweise bei der Thermodynamischen Integration mit eingearbeitet
weden, da hier fr das Ensemble )

die Reaktionskoordinate xiert werden muss.


Der Gradient der Freien Energie wird dadurch zu [12, 49]:
dF()
d
=
_
d
dt
_
Z
1

d
dt
__

(6.8)
mit Z

i
1
m
i
_

x
i
_
fr eine Reaktionskoordinate, [Z

]
kl
=

i
1
m
i
_

k
x
i

l
x
i
_
als
Matrix fr mehrere Reaktionskoordinaten und x
i
, den kartesischen Koordinaten.
Die Behandlung der harmonischen Restraints folgt in Kapitel 6. Ein groer Nachteil
bei der Verwendung von Constraints und Restraints ist, dass durch das Fixieren
gewisser Freiheitsgrade, Pfade im Phasenraum, die einmal betreten wurden, nicht
mehr verlassen werden knnen. Gibt es z.B. auf einer Freien Energie Flche zwei
Pfade, die durch eine Potentialbarriere getrennt werden, wird z.B. bei der Thermo-
dynamischen Integration, zwangslug nur einer der mglichen Pfade erfasst, der
die Randbedingung erfllt. Der andere Pfad, der ebenso die Randbedingung erfllt,
27
wird nicht bercksichtigt.
6.4 Transformation mit endlicher Geschwindigkeit:
Non-Equilibrium Molecular Dynamics
Jarzynski-Identitt aus Feynman-Kac-Theorem
Wird die Potentialfunktion mit endlicher Geschwindigkeit gendert, gert das Sys-
tem ins Ungleichgewicht. Mithilfe des Feynman-Kac-Theorems lsst sich auch fr
diesen Fall die Freie Energie Dierenz bestimmen. Die Propagation der Wahrschein-
lichkeitsverteilung

w(, ) wird durch den Liouville-Operator



L

w(, ) beschrie-
ben:

w(, ) =

L

w(, ) (6.9)
ist hierbei die relevante Zeitspanne. Fr Newtons Bewegungsgleichungen, Langevin-
Dynamik und Monte-Carlo-Simulationen ist die Boltzmannverteilung zudem sta-
tisch, also:

e
U(,)
= 0 (6.10)
Wirkt der Liouville-Operator

L

jedoch auf eine Wahrscheinlichkeitsverteilung zu


einem anderen Zeitpunkt t, w(, t), so ist sein Eigenwert nicht 0.
Man sieht fr die Boltzmannverteilung w
B
(, t) =
e
U(,t)

d e
U(,0)
, dass sie die Lsung
folgender Gleichung ist:

t
w
B
(, ) =

L

w
B
(, ) w(, )
t
U(, ) (6.11)
Die Lsung dieser Gleichung ist aber auch aus der Quantenmechanik bekannt und
ergibt sich durch Verwendung des Feynman-Kac-Theorems zu
w
B
(, ) =
_
( ()) e

0

t
H(,t)dt
_
(6.12)
wobei
_

0
dt
t
H(, t) die am System bis zum Zeitpunkt verrichtete Arbeit W()
ist. Wird die Boltzmannverteilung w
B
(, t) ber den Phasenraum integriert, so er-
gibt sich
_
dw
B
=
_
de
U(,)
_
de
U(,0)
= e
F()
=
Z()
Z(0)
= e
F()
(6.13)
28
und
_
dw
B
(, ) =

e
W()
_
(6.14)
Durch Vergleich der letzten beiden Formeln erhlt man die Jarzynski-Identitt [26]
e
F()
=

e
W()
_
(6.15)
Slow Growth und Implementierung der Arbeit
Mithilfe der Jarzynski-Identitt und eines sich langsam entwickelnden, zeitabhn-
gigen Kuppelparameter (t) kann die Freie Energie Dierenz ber die am System
geleistete Arbeit erhalten werden (Slow Growth [46,51]). Um die Arbeit zu berechnen
ist die gngigste Methode, den zeitabhngigen Hamiltonian zeitlich voranschreiten
zu lassen und fr jeden Zeitschritt Free Energy Perturbation (s.u.) anzuwenden.
Dadurch ergibt sich [25]:
W(t + t) = W(t) +H((t), (t + t)) H((t), (t)) (6.16)
Alternativ kann die Arbeit bis zum Zeitpunkt nherungsweise durch die Trapez-
regel berechnet werden:
W()

i
(t
i+1
t
i
)
_
H
t

t
i+1
+
H
t

t
i
_
(6.17)
6.5 Instantane Transformation: Free Energy Per-
turbation
Eine Methode, die die Ensembles zweier Gleichgewichtszustnde vergleicht, ist die
Free Energy Perturbation (FEP) [62]. Hier wird die berlappung der Phasenrume
zweier Systeme ausgenutzt, um die Freie Energie Dierenz zwischen diesen zu be-
rechnen. Der Potentialanteil U() der Hamiltonfunktion H() = T() +U() wird
29
durch U

() ersetzt und dadurch erhlt man:


F = F

F =
1

ln
_
Z

Z
_
=
1
ln
_
_
de
U

()
_
de
U()
_
=
1
ln
_
_
de
U

()
e
+U()
e
U()
_
de
U()
_
=
1
ln
__
dw() e
(U

()U())
_
=
1
ln
_
e
(U

U)
_
(6.18)
Formt man analog anders um erhlt man
F =
1
lne
(U

U)
)
b
(6.19)
Der Index b bedeutet, dass das verzerrte (engl. biased ) Ensemble gerastert wird. Es
ist zu erwhnen, dass FEP eine Nherung ist. Man geht davon aus, dass die beiden
Phasenrume
_
d gleich sind und sich nur in ihren Boltzmannfaktoren unterschei-
den. Das bedeutet, dass der Phasenraum keine Zeit hat auf die Perturbation zu rea-
gieren, der Relaxationsbeitrag zur Freien Energie fllt weg. Diese Annahme ist nur
nherungsweise richtig, nmlich bei einer groen bereinstimmung der Konforma-
tionen des unperturbierten und des perturbierten Ensembles. Eine groe Perturba-
tion sollte fr einen ausreichenden berlapp der Phasenrume in kleine Perturbati-
onsschritte aufgeteilt werden, deren resultierende Phasenrume ausreichend gleiche
Mikrozustnde besitzen. Die Entropie sollte sich fr jeden Perturbationsschritt um
den gleichen Wert gegenber der vorherigen Perturbationsstufe ndern [37]:
S
i
= const. (6.20)
Die Entropiedierenz ergibt sich durch Berechnung der Freien Energie Dierenz fr
den i-ten Perturbationsschritt bei unterschiedlicher Temperatur:
S
i
=
F
i
(T + T) F
i
(T T)
2T
(6.21)
Dieses Kriterium der konstanten Entropiedierenz ist v.a. dann wichtig, wenn es
nicht mglich ist, eine Rckwrtstransformation fr Generalized Acceptance Ratio
(siehe Kapitel 7) durchzufhren.
30
6.6 Datenanalyse bei unzureichender Datenmenge
Durch den Gewichtungsfaktor e

(mit = W(
0
) oder = U

() U()), wer-
den fr groe Werte von zu wenige Datenpunkte erfasst. Es werden sowohl die
Bereiche des Phasenraums mit groer Potentialdierenz vernachlssigt, wie auch zu
wenige, hohen Arbeitswerten entsprechenden, Trajektorien erzeugt. Speziell bei der
Jarzynski-Gleichung stellt dies ein Problem dar, da man dort aus nur wenigen Tra-
jektorien einen stabilen Mittelwert bilden will. Eine Schtzung der Freien Energie
Dierenz fr ein Ensemble mit dem Gewichtungsfaktor e

ergibt sich durch den


Exponential Estimator [8]:
F
est
=
1
ln
_
N
1
N

i=1
e

i
_
(6.22)
Wobei N die Anzahl an erfassten Konformationen (fr = U

() U()) oder Un-


gleichgewichtstrajektorien (fr = W) ist. Die Wahrscheinlichkeitsverteilung von
darf nicht zu breit werden, da dies sonst in einem, die Auswertung unbrauchbar
machenden groen statistischem und systematischem Fehler resultiert [8].
Cumulant Estimator
Ist die Wahrscheinlichkeitsverteilung von annhernd gaufrmig, kann der Expo-
nential Estimator , durch einen Cumulant Estimator [20], ersetzt werden.

_
)

2
()
2
(6.23)
Fr wenige erfasste Arbeitswerte W liefert der Cumulant Estimator bessere Ergeb-
nisse fr die Berechnung Freier Energie Dierenzen [43].
Finite Sampling Correction
Um den Cumulant Estimator diskret und endlich darzustellen, muss der Fakt be-
seitigt werden, dass Freie Energie Dierenzen aus einer endlichen Anzahl an Da-
tenpunkten immer grer sind, als die tatschliche Freie Energie Dierenz. Hierfr
wird der Unbiased Estimator [27] verwendet:
F =
1
N
N

N
2(N 1)
_
_
1
N
N

2
i

_
1
N
N

i
_
2
_
_
(6.24)
31
Block Averaging und Lineare Extrapolation
Eine weitere Methode, den statistischen Fehler, der durch zu geringe Datenmenge
entsteht, zu minimieren, ist das Block Averaging. Hierbei wird das, aus geringer
Datenmenge konstruierte, Potential of Mean Force (s.u.) so behandelt, dass ein
Potential of Mean Force aus inniter Datenmenge extrapoliert werden kann. (6.22)
wird durch Block Averaging [61] zu:
F
n
=
n
N
N/n

j=1
lne

)
n,j
(6.25)
wobei N die Anzahl der Arbeitswerte angibt und die Blockgre n, wie viele Ar-
beitswerte in einem Block zusammengefasst werden. Ein Blockdurchschnitt wird
durch
e

)
n,j
=
1
n
jn

i=(j1)n+1
e

i
(6.26)
deniert. Die richtige Freie Energie Dierenz ist durch F

gegeben. Durch das


monotone Verhalten des Boltzmannfaktors wird die Freie Energie Dierenz mit zu-
nehmender Datenmenge immer kleiner bis sie schliesslich zu einem festen Wert kon-
vergiert. Durch die Cumulative Integral Extrapolation [59] knnen die konvergierten
Werte extrapoliert werden.
32
Kapitel 7
Intermedirer Phasenraum und
Acceptance Ratio
7.1 Intermedirer Phasenraum: Simple Overlap Samp-
ling (SOS)
Die Qualitt der FEP-Nherung hngt davon ab, wie viele Konformationen der
unverzerrte Phasenraum mit dem perturbierten Phasenraum teilt. Dabei sollte si-
chergestellt werden, dass die Bereiche des Phasenraums, die den grten Beitrag
zur Bildung des Mittelwerts liefern, also die Bereiche mit groem Boltzmannfaktor,
sowohl fr das unverzerrte wie auch fr das perturbierte Ensemble gerastert werden.
Ist der perturbierte Phasenraum ein Teilbereich des unverzerrten Phasenraums und
es wird vorwrts transformiert, also das unverzerrte Ensemble gerastert, wird auch
der gesamte perturbierte Phasenraum gerastert. Dies ist der optimale Fall [8]. Um
die berlappung zu verstrken, knnen auch Zwischenzustnde konstruiert werden,
die die wichtigen Bereiche der Phasenrume sowohl des unverzerrten wie auch des
perturbierten Ensembles beinhalten. Die Freie Energiedierenz zwischen Anfangs-
und Endzustand entspricht der Dierenz der Freien Energiedierenzen, um den In-
termediren Zustand (IM) zu erreichen:
F = F
0IM
F
1IM
=
1
lne
U
IM
)
0
+
1
e
U
IM
)
1
=
1
ln
_
e
U
IM
)
0
e
U
IM
)
1
_
(7.1)
mit U
IM
= U
IM
U
0
. Als oensichtlichste Wahl fr U
IM
bietet sich
U
1
+U
0
2
an,
also der Phasenraum direkt in der Mitte zwischen verzerrtem und unverzerrtem
33
Phasenraum.
F =
1
ln
_
e
U/2
)
e
U/2
)
b
_
(7.2)
mit U() = U
1
() U
0
(). Diese Konstruktion nennt sich Simple Overlap Samp-
ling [38].
7.2 Bennetts Acceptance Ratio (BAR)
Bennetts Acceptance Ratio [4] ist eine Methode, um den besten intermediren Zu-
stand zu ermitteln. Es wird um eine Strfunktion B() erweitert, die so bestimmt
wird, dass die Varianz minimiert wird. Durch diese Erweiterung wird die Freie Ener-
gie Dierenz zu
F =
1
ln
_
Z

Z
_
=
1
ln
_
_
de
(U

+U)
_
de
(U

+U)
_
=
1
ln
_
Be
U

)
Be
U
)
b
_
=
1
_
lnBe
U

) lnBe
U
)
b
_
(7.3)
Die Varianz ergibt sich hierfr zu:

2
(F) =
(Be
U

)
2
) (Be
U
))
2
N Be
U

)
2
+
(Be
U
)
2
)
b
(Be
U
))
2
b
N Be
U

)
2
b
=
_
dB
2
(Z/N) e
(2U

+U)
+B
2
(Z

/N

) e
(U

+2U)
_
dBe
(U

+U)
N
1
N
1
(7.4)
Wobei N und N die Anzahl der erfassten Datenpunkte des perturbierten bzw. des
unperturbierten Ensembles sind. Um nun die Funktion B() zu nden, die die Vari-
anz minimiert, kann o.B.d.A. der Nenner konstant gesetzt werden und diese Randbe-
dingung durch Lagrange-Multiplikator eingearbeitet werden:
_
dBe
(U

+U)
= const.
Man erhlt:

2
(F) = B
_
2B(Z/N) e
(2U

+U)
+ 2B(Z

/N

) e
(U

+2U)
_
e
(U

+U)
B =
e
(U

+U)
const.
e
(U

+U)
[(Z/N)e
U

+ (Z

/N

)e
U
]
(7.5)
34
Wird dies in F eingesetzt, erhlt man nach einiger Umformung [4]
F =
1
ln
_

(e
(F+UU

)
+ 1)
1
_
(e
(F+U

U)
+ 1)
1
)
b
_
e
F
(N/N

) (7.6)
7.3 Generalized Acceptance Ratio (GAR)
Analog kann fr den Ungleichgewichtsfall vorgegangen werden [10]:
F =
1
ln
_

(e
(FW
vw
)
+ 1)
1
_
(e
(F+W
rw
)
+ 1)
1
)
b
_
e
F
(N/N

) (7.7)
W
vw
ist hierbei die aufgebrachte Arbeit um das unperturbierte Ensemble ins pertur-
bierte zu transformieren, also vorwrts, und W
rw
die Arbeit fr die entgegengesetzte
Transformation. Auch hier kann der intermedire Phasenraum auch ohne Varianz-
minimierung zwischen den unperturbierten und perturbierten Phasenraum gelegt
werden:
F =
1
ln
_
e
W
vw,IM
/2
)
e
W
rw,IM
/2
)
_
(7.8)
35
Kapitel 8
Non-Boltzmann-Sampling
In einem kanonischen Ensemble werden Systeme mit der Gewichtung des Boltz-
mannfaktors e
H()
gerastert. Sowohl in MC- als auch MD-Simulationen ist es
aber oft erforderlich, diese Verteilung zu modizieren, um fr selten besuchte Re-
gionen des Phasenraums eine bessere Statistik, also mehr Datenpunkte, zu erhalten.
Durch Hinzufgen eines Strpotentialterms U
b
(, ) kann zudem die Freie Energie
in Abhngigkeit der Reaktionskoordinate dargestellt werden.
8.1 Diskretisierung: Histogramme
Es ist unmglich, den gesamten Phasenraum kontinuierlich darzustellen und des-
halb wird er zu Bins diskretisiert. Durch Diskretisierung des Phasenraums, werden
natrlich auch alle nach ihm parametrisierten Funktionen diskretisiert, wie z.B. die
Wahrscheinlichkeitsverteilung. Um die Wahrscheinlichkeitsverteilung w() nun dar-
zustellen, wird die Hugkeit der Mikrozustnde (), also die Anzahl der Daten-
punkte in den verschiedenen Bins gezhlt. Die Histogramme geben in Form von Bal-
kendiagrammen dann die diskretisierte Wahrscheinlichkeitsverteilung an. Die Wahr-
scheinlichkeit fr das Auftreten eines Mikrozustands im Bin
i
= [i, (i +1)]
ist nun:
w(
i
) =
n
i

j
n
j
=
n
i
N
(8.1)
wobei n
i
die Anzahl der Datenpunkte in Bin
i
und N die Anzahl an insgesamt
erfassten Datenpunkten der Simulation ist. Die Breite eines Bins muss mit Be-
dacht gewhlt werden. Ist der Bin zu gro, wird die Wahrscheinlichkeitsverteilung
sehr grob und ungenau dargestellt. Ist der Bin jedoch zu klein, werden nicht aus-
reichend Datenpunkte in ihm akkumuliert, der statistische Fehler wird also gro.
Bei grober Darstellung, wird zudem der systematische Fehler zu einem immer gr-
36
eren Problem, da die Wahrscheinlichkeit eines Datenpunkts innerhalb eines Bins
die Wahrscheinlichkeit eines Phasenraumpunkte in der Mitte des Bins angeben soll.
Falls die Wahrscheinlichkeit innerhalb eines Bins nicht konstant ist, wird eine grobe
Diskretisierung immer einen falschen Freien Energie Wert liefern. Als Schtzwert fr
eine gelungene Bingre sollte folgendes Verhltnis zwischen systematischem und
statistischem Fehler ungefhr erfllt sein [29]
()
()
0, 01 0, 1 (8.2)
8.2 Potentialbarrieren
Da einem nicht unendlich Computerzeit zur Verfgung steht, mssen die Histo-
gramme aus einer endlichen Anzahl erzeugter Datenpunkte (MC) bzw. Zeitschrit-
ten (MD) erstellt werden. In beiden Fllen gibt es das Problem, dass Regionen des
Phasenraums mit hohem repulsivem Potential seltener besucht werden als andere.
Es liegen also nur wenige bzw. berhaupt keine Datenpunkte in den Bins mit hoher
potentieller Energie. Dadurch ergibt sich ein groer statistischer Fehler in diesen
Regionen. Jeder Zeitschritt einer MD und jeder MC-Schritt kosten Rechenzeit, die
mglichst ezient genutzt werden sollte. Es empehlt sich daher, den Phasenraum
nicht nach dem Boltzmannfaktor e
H()
zu rastern sondern diesen zu modizie-
ren um eine mglichst gleichmige Verteilung an Datenpunkten ber die Bins zu
erhalten. In MC erreicht man dies, indem man den Metropolis Random Walk [35]
modiziert und in MD durch das sogenannte Umbrella Sampling (s.u.).
8.3 Potential of Mean Force
Wird die Freie Energie nach einer physikalischen Reaktionskoordinate () oder, fr
ein N-dimensionale Freie Energie Hyperche, nach einem Satz an Reaktionskoor-
dinaten = (
1
(), . . . ,
N
()) parametrisiert, welche Funktionen des Phasenraums
sind, so wird diese Funktion F() oder F() als Potential of Mean Force (PMF) [28]
bezeichnet:
F() =
1
ln Z() =
1
ln
_
_
d( ()) e
U()
_
de
U()
_

1
ln Z
. .
const.
=
1
ln w() + const. (8.3)
37
Der Gradient dieser Funktion gibt die durchschnittliche Kraft an, die auf diesen
Phasenraumpunkt wirkt, daher auch die Bezeichnung PMF:

F() =

ln w() =
_
d( ()) e
U(())
(

U(()) +
1

ln [J[)
_
d( () e
U()
= f()) (8.4)
Die Kraft auf diesen Phasenraumpunkt, setzt sich also aus der mittleren Kraft durch
das Potential

U(())), und der mittleren Kraft durch den geometrischen


Entropieterm
1

ln [J[) zusammen [12].


8.4 Multidimensionales Umbrella Sampling (US)
In der MD wird das Problem fehlender Information ber gewisse Regionen des Pha-
senraums entlang der Reaktionskoordinaten dadurch beseitigt, dass der Boltzmann-
faktor durch ein attraktives, harmonisches, N-dimensionales Strpotential U
b,i
(, ) =
k
1
2
(
1

1
())
2
+. . . +
k
N
2
(
N

N
())
2
ergnzt wird [50, 53]:
U

i
() = U() +U
b,i
(, ) (8.5)
k
n
sind hierbei die Federkonstanten und das unparametrisierte = (
1
, . . . ,
N
)
der extern festgelegte Phasenraumpunkt der Reaktionskoordinate, um den herum
Datenpunkte gesammelt werden sollen. Die Wahrscheinlichkeitsverteilung, und da-
durch die Freie Energie Hyperche, wird durch das unphysikalische Strpotential
verflscht. Die modizierte Wahrscheinlichkeitsverteilung einer Simulation mit ein-
geschaltetem Strpotential U
b,i
(, ) ergibt sich zu:
w

i
() =
_
d( ()) e
U

()
_
de
U

()
(8.6)
Der Einuss des Strpotentials kann analytisch beseitigt werden:
w
i
() = e
F
i
()
=
_
d( ()) e
U

i
()
e
U
b,i
()
_
de
U()
=
Z

i
Z

_
d( ()) e
U()
e
U
b,i
(())
Z

i
=
Z

i
Z
w

i
() e
U
b,i
(())
(8.7)
Hierbei wird ausgenutzt, dass das Strpotential extern bestimmt und deshalb so
parametrisiert werden kann, dass es nur von der kollektiven Koordinate abhngt.
38
Deshalb ist es mglich, das Strpotential vor das Phasenraumintegral zu ziehen.
Setzt man dies in F() =
1
ln w() ein, so erhlt man:
F
i
() =
1
ln
_
Z

i
Z
_
+F

i
() U
b,i
() = F

i
+F

i
() U
b,i
() (8.8)
Durch Anpassung des Cutos F

i
in den Regionen des berlapps der verschie-
denen Simulationen, knnen somit die verschiedenen Freien Energie Hyperchen
F
i
() rekombiniert werden und dadurch eine Freie Energie Hypererche entlang
des ganzen von aufgespannten Raums erhalten werden.
Rekonstruktion der Freien Energie Hyperche durch Weighted Histo-
gram Analysis Method
Den ezientesten Ansatz zur Rekombination der Daten unterschiedlicher Umbrella
Simulationen erhlt man, durch die von Ferrenberg und Swendssen [14] inspirierte
Weighted Histogram Analysis Method (WHAM) [32, 33]. Die verschiedenen Simula-
tionen, die unterschiedlichen Strpotentialtermen U
b
(()) entsprechen, werden un-
ter Minimierung der Varianz rekombiniert. Wir gehen von w
i
() =
Z

i
Z
w

i
()e
U
b,i
()
aus. Da aus jeder Simulation w() erhalten wird, ergibt es sich auch durch eine Li-
nearkombination der Daten der verschiedenen Simulationen
w() =

i
c
i
() w
i
() (8.9)
mit den Gewichtungsfunktionen c
i
(), die die Randbedingung

i
c
i
= 1 erfllen. Die
Gewichtungsfunktionen sollen, analog zum Vorgehen bei Acceptance Ratio (Kapitel
7) so gewhlt werden, dass die Varianz unter der Randbedingung

i
c
i
= 1 minimal
ist. Die Varianz ist:

2
(w) = w
2
) w)
2
=

c
2
i
() e
2U
b,i
_
Z

i
Z
_
2
_
w
2
i
()) w

i
())
2
_
(8.10)
Zur Bestimmung der varianzminimierenden Gewichtungsfunktionen c
i
wird Varia-
tionsrechnung eingesetzt:

c
i
_

2
(w)

i
c
i
()
_
=

i
c
i
. .
beliebig
_
2c
i
() e
2U
b,i
_
Z

i
Z
_
2
_
w
2
i
()) w

i
())
2
_
1
_
(8.11)
39
Da c
i
beliebig ist und die Variation fr ein Minimum der Varianz verschwinden
muss, erhlt man
c
i
() = e
2U
b,i
_
w
2
i
()) w

i
())
2
_
(8.12)
indem die unparametrisierten Variablen als Normierungskonstante zusammenge-
fasst wurden. Nimmt man an, dass die Verteilung in einem Bin poissonverteilt ist,
gilt
_
w
2
i
()) w

i
())
2
_
=
n

i
())
N

i
=
w

i
() )
N

i
(8.13)
Wird dies in c
i
() ein und c
i
() in w() eingesetzt, so ergibt sich
w() =

S
i
N
i
w

i
()

S
j
N
j
e
(U
b,i
()F

i
)
(8.14)
Wobei S die Anzahl der Simulationen und N
i
die Anzahl der erfassten Datenpunkte
in der i-ten Simulation angibt. F

i
, also die Freie Energie Dierenz durch Einfh-
rung des i-ten Strpotentials muss ermittelt werden.
F

i
=
_
d e
U
b,i
()
w() (8.15)
Die beiden letzten Gleichungen sind selbstkonsistent und mssen, ausgehend von ei-
nem Satz geschtzter F

i
, iterativ gelst werden, um das gesuchte w() zu erhalten.
Dasselbe Ergebnis erhlt man, wenn man statt eine N-dimensionale Reaktionsko-
ordinate verwendet.
Reaktionspfade
Sobald die Freie Energie Hyperche konstruiert wurde, muss als nchstes der Reak-
tionspfad ermittelt werden, um die Freie Energie Dierenz einer Reaktion zu erhal-
ten. Der Hessian wird verwendet, um Sattelpunkt und Minima der Freien Energie
Hyperche zu bestimmen. Der einfachste Weg ist nun vom Sattelpunkt aus den
Weg zu den beiden globalen Minima zu verbinden [17]. Man entfernt sich hierfr
einen minimalen Schritt vom Sattelpunkt in Richtung eines globalen Minimums,
und an dieser Stelle wird der Gradient U(
0
+ ) bestimmt. Man geht nun
einen Schritt den Gradienten entlang und erhlt somit einen neuen Punkt
1
.
Um den nchsten Phasenraumpunkt
2
zu erhalten, verwendet man Variationsrech-
nung, um, unter der Nebenbedingung, dass die Phasenraumpunkte
1
und
2
die
Phasenraumdistanz haben, den Weg zu nden, der die Freie Energie entlang des
Weges minimiert. Der 1. Teilabschnitt des Reaktionspfads wird nun erhalten, indem
40
man
0
und
2
mit einem Kreisbogen verbindet, dessen Gradienten in
0
und
2
in Richtung von
1
zeigen. Durch Wiederholung dieser Prozedur wird der gesamten
Reaktionspfad erhalten.
8.5 Umbrella Integration (UI)
Als Mittler zwischen Thermodynamischer Integration und Umbrella Sampling ist die
Umbrella Integration (UI) [31, 30] zu verstehen. UI entspricht Thermodynamischer
Integration mit einem Strpotential U
b,i
(). Bei einer Thermodynamischen Integra-
tion berechnet man durch Dierentiation nach der Reaktionskoordinate fr jeden
Makrozustand die durchschnittliche generalisierte Kraft, die auf dessen Mikrozu-
stnde wirkt. Da es nun zustzliches Strpotential gibt, muss dessen Krafteinuss
eliminiert werden, um das unverzerrte Kraftprol zu erhalten. Durch die Dieren-
tiation nach wird zudem der unparametrisierte Cuto F

i
beseitigt. Ausgehend
von (8.8):
F
i
() = F

i
+F

i
() U
b,i
()
mit dem mehrdimensionalen harmonischen Strpotential U
b,i
() ergibt sich durch
Dierenzieren nach der Reaktionskoordinate :

F
i
()

F
i
() =

i
() +

U
b,i
() = f

()) f
b,i
() (8.16)
Durch die Perturbation wird der erfasste Phasenraum auf die Region um einge-
schrnkt und dadurch gilt fr den Gradienten der perturbierten Wahrscheinlich-
keitsverteilung

F() =
1
C
(

)) K(() ) (8.17)
Wobei C = die zu gehrige Kovarianzmatrix ist und K der Vektor der Federkon-
stanten. Durch Weighed Histogram Reweighing [14] werden die durchschnittlichen
Krfte fr die unterschiedlichen Simulationen rekombiniert:

F
i
() =

F
i
()
N
i
w

i
()

j
N
j
w

j
()
(8.18)
mit der Anzahl der erfassten Datenpunkte der i-ten Simulation N
i
.

F() = f()) ist ein Gradientenfeld, welches nach integriert werden


muss, um F() zu erhalten.
41
8.6 Dynamisches Umbrella Sampling
Werden nicht die Gleichgewichtsensembles, sondern die Trajektorien, die diese ver-
binden, betrachtet, so kann mithilfe der Jarzynski- Identitt ein PMF erstellt wer-
den.
Feynman-Kac fr Steered MD
Falls das System durch ein zeitabhngiges Strpotential beeinusst wird, muss die-
ses herausgerechnet werden um die unverzerrte Freie Energie Dierenz zu erhalten.
Das zeitabhngige Strpotential U
b
(, (t)) wird, wie das Umbrella-Potential, har-
monisch gewhlt, bewegt sich jetzt aber mit endlicher Geschwindigkeit, sodass sich
kein Gleichgewicht einstellt [43]:
U
b
(, t) =
k
2
((t) ())
2
=
k
2
(

t ())
2
(8.19)
wobei hier angenommen wird, dass sich das zeitabhngige Strpotential mit kon-
stanter Geschwindigkeit

bewegt. Der zeitabhngige Hamiltonian lautet dann:
H

(, t) = H() +U
b
(, t) (8.20)
(6.13) wird mit ( ()) e
U
b
(,(t))
erweitert und ber den Phasenraum integriert:
_
de
H(,)
( ())
_
de
H(,0)
=
_
d ( ()) ( ())
. .
((()))
e
(

0
dt
t
H

(,t)U
b
(,))
(8.21)
Da nur die Strpotentialfunktion zeitabhngig ist, wird dies zu:
e
F()
=
_
( (())) e

0

t
U
b
(,t)dtU
b
()
_
(8.22)
Zeitabhngiges Strpotential und Sti-Spring-Approximation
Falls nicht gengend Trajektorien erfasst wurden, um (8.22) auszuwerten, sollte die
Federkonstante gro gewhlt werden, um von der zeitlichen nderung der Freien
Energie F() auf das PMF F() entlang der Reaktionskoordinate zu schliessen.
(6.13) wird von beiden Seiten mit e
k(()())
2
erweitert und ber integriert.
42
Man erhlt
_

d e
F()
e
k/2 ((t)())
2
)
=
_
e

0
dt
t
U
b
(,t)U
b
(,)+U
b
(,)
_
=
_
e

dt
t
U
b
(,t)
_
= e
F()
(8.23)
Die Fouriertransformierte von e
k/2 ((t)()
2
ergibt
e
F()
=
_
ds
_
d
e
F()s
2
/(2k)is((t))

2k
(8.24)
Fr eine groe Federkonstante k gilt:
F() F( = ()) (8.25)
Ist die Federkonstante sehr gro, wirkt das harmonische Potential also nherungs-
weise wie ein Kronecker-Delta ((t) ()) auf den extern vorgegebenen Kup-
pelparameter (t). Durch eine Taylorentwicklung von F((t)) nach k
1
wird eine
genauere Nherung erhalten, die den Unterschied des harmonischen Strpotentials
zum Kronecker-Delta verdeutlicht:
F() F(()) +
1
2k
_

2
F(())

2

_
F(())

_
2
_
(8.26)
Durch Invertierung dieser Gleichung ergibt sich die Sti Spring Approximation [44]:
F(()) F()
1
2kv
2

2
F()
t
2

_
F()
t
_
2
_
(8.27)
43
Kapitel 9
Adaptive Methoden
9.1 Adaptive Potentiale
Die Dierenz der Freien Energie fr 2 Mikrozustnde entlang der mehrdimensionalen
Reaktionskoordinate ist [8]:
F() F(
0
) = F() =
1
ln
_
w()
w()
_
(9.1)
wobei
0
der Referenzpunkt ist. Fr (8.8) ergibt sich so fr die Freie Energiedie-
renz F

i
= F

i
() F

i
(
0
) einer durch ein Strpotential verzerrten Freien Energie
Hyperche:
F

i
() = F
i
() +U
b
() U
b
(
0
) (9.2)
F

i
() gibt hier die Verteilung der Datenpunkte an. Ein niedriger Wert entspricht
also einer guten Statistik, da dort besonders viele Punkte erzeugt wurden. Die Ver-
teilung der Datenpunkte in den Bins sollte mglichst gleichmig fr jeden Phasen-
raumpunkt der Reaktionskoordinatenfunktion () sein d.h.
F

() const. (9.3)
Man muss also die verzerrte Freie Energie Hyperche abachen. Das heisst idea-
lerweise fr die Wahl des Strpotentials
F() = U
b
() (9.4)
Fr eine adaptive Methode bedeutet das also, dass das Strpotential fr jeden Bin

i
den Wert von F() annehmen sollte. Da die Freie Energie Hyperche F() zu
Beginn noch nicht bekannt ist, sollte sich das Strpotential whrend des Rasterns
44
so adaptieren, dass es iterativ die Freie Energie Hyperche rekonstruiert. Da es
sich bei Freien Energie Hyperchen immer um Relativwerte der Bins zueinander
handelt, kann man F

() = F

() und F() = F() setzen.


9.2 Adaptive Biasing Force (ABF)
Die Konvergenzprobleme bei der Verwendung von Constraints oder Restraints zur
Fixierung der Reaktionskoordinate bei der Thermodynamischen Integration, kn-
nen durch Einsatz von Adaptive Biasing Force (ABF) [12, 49], umgangen werden.
Ein Zustand wird nun dadurch festgehalten, indem die durchschnittliche auf ihn
wirkende Kraft durch eine adaptive Strkraft ausgeglichen wird. Nur die mittlere
Kraft wird beseitigt, d.h. der Zustand wird nicht so starr xiert, dass orthogonale
Freiheitsgrade blockiert werden. Die ABF konstruiert man aus dem Gradienten des
Freien Energie Prols. Ausgehend von

F() = f())

(9.5)
nutzt man folgende Identitten fr ein beliebiges Vektorfeld v aus, um keinen voll-
stndigen Satz an generalisierten Koordinaten denieren zu mssen [9]:
v
i

x

j
=
ij
(9.6)
und
v
i

x

k
= 0 (9.7)
wobei
k
= 0 die Randbedingung,
j
die j-te Reaktionskoordinate, v
i
die i-te Kom-
ponente eines frei whlbaren Vektorfeldes v ist und
x
den Gradienten nach einer
Auswahl der generalisierten Koordinaten darstellt. Dadurch erhlt man:
F

i
=
_
v
i

x
U
1

x
v
i
_
(9.8)
Fr eine geschickte Wahl des Vektorfeldes knnen die Komponenten der durch-
schnittlichen, auf wirkenden, Kraft bestimmt werden. Um den Zustand also fest-
zuhalten, muss eine, der durchschnittlichen Kraft entgegengesetzt wirkende Kraft,
auf ihn ausgebt werden. Die ABF wird durch Auswertung der Freien Energie im
jeweiligen Bin iterativ verfeinert:
f
ABF
() =
x

F() (9.9)
45
wobei
x

F() die vorluge Schtzung des Freien Energie Gradienten im Bin um
ist. Diese adaptive Kraft f
ABF
acht die verzerrte Freie Energie Hyperfche F

() ab
und der Phasenraum entlang von wird ausschliesslich durch Diusion gerastert.
Durch Integration des Gradientenfeldes f
ABF
() erhlt man so die Freie Energie
Hyperche F().
9.3 Metadynamics
Die verzerrte Freie Energie Hyperche F

() kann auch durch Metadynamics [34]


abgeacht werden. Hierbei werden Tler der Freien Energie Hyperche durch
Gaufunktionen aufgefllt. Die Reaktionskoordinaten werden diskretisiert und ent-
wickeln sich in groben diskreten Zeitschritten nach der Steepest Descent Gleichung.
Fr die Entwicklung jeder kollektiven Koordinate gilt nun:

n+1
=
n
h sign
_
F
b
n

_
(9.10)
mit sign(x)=1 fr x 1 und sign(x)=-1 fr x<1. Dies bedeutet, falls F
b
n
die Freie
Energie wre, wrde sie direkt ins nchste Freie Energie Minimum fhren. F
b
n
hat
aber auch noch eine zustzlichen Term, U
Meta
, der verhindert, dass ein Potentialmi-
nimum zu oft besucht wird, indem die bereits besuchten Regionen schrittweise mit
Gaufunktionen aufgefllt werden:
F
b
n
() = F() +W
n

k
exp
_
[
k
[
2
2(h)
2
_
. .
U
Meta
(9.11)
Fr eine groe Anzahl an Datenpunkten, also ein groes n, und eine geringe Breite
2(h) der Gaufunktionen gilt:
W

k
exp
_
[
k
[
2
2(h)
2
_
F() (9.12)
46
Kapitel 10
Zeitskalenproblem
Durch die endliche Rechenleistung ist es nicht mglich selten auftretende Ereignisse
mit Computersimulationen trivial zu beschreiben. Da schon Simulationen von Na-
nosekunden einen erheblichen Rechenaufwand mit sich bringen, manche Reaktionen
aber erst nach lngerer Zeit bzw. berhaupt nicht stattnden, wurden Methoden
entwickelt diese zu beschleunigen bzw. zu induzieren.
10.1 Beschleunigen der Reaktion: Puddle Jumping
und Skewed Momenta
Eine Mglichkeit die Reaktion zu induzieren ist, die Freie Energie Hyperche so zu
verzerren, dass die Reaktion stattnden kann. Dies kann durch eine Verzerrung des
rumlichen Anteil des Phasenraums, Puddle Jumping [47], oder des Impulsanteils,
Skewed Momenta [39], geschehen. Beim Puddle Jumping werden Potentialminima
des Ausgangskonformationsraums
0
aufgefllt, indem die Potentialfunktion U(
0
)
durch die Funktion
U

(
0
)

= min (U
p
, U(
0
)) (10.1)
ersetzt wird. Fr jede Observable einer Trajektorie, die vom Ausgangszustand ab-
hngt, ergibt sich dadurch eine Verzerrung, die aber wieder ausgeglichen werden
kann. Fr eine zeitabhngige Observable erhlt man:
C(t) =
O(
t
) B(
0
))
p
B(
0
))
p
(10.2)
mit der Strfunktion B(
0
) und dem Index p, der bedeutet, dass die Trajektorien
von der durch U
p
verzerrten Freien Energie Hyperche gestartet wurden. Analog
47
geht man bei Skewed Momenta vor. Hier ist die Impulsverteilung des Ausgangspha-
senraums gem
w
s
(p) = e

2
(p
t
M
1
p)
(10.3)
verzerrt. Hier ist M die Massenmatrix und die Normierungskonstante. Fr eine
Observable der Trajektorie erhlt man dadurch:
C(t) =
A(
t
)B(p))
s
B(p))
s
(10.4)
Die Verzerrung der Freien Energie Hyperche der Ausgangskonformationen kann
dazu genutzt werden um niedrigere Arbeitswerte z.B. fr SMD zu erhalten oder
ganz allgemein fr alle Ungleichgewichtsvorgnge. Niedrigere Arbeitswerte liefern
aufgrund der Verteilung e
W
statistisch bessere Werte (siehe Kapitel 6).
10.2 Transition Path Sampling
Auch beim Transition Path Sampling (TPS) [5] werden selten auftretende Ereignisse
untersucht, die im Laufe einer MD nicht hug genug oder berhaupt nicht vor-
kommen. Beim TPS werden allerdings keine knstlichen Potentiale verwendet, um
eine groe Anzahl an Ereignissen zu generieren. Stattdessen wird direkt von einem
einzelnen Mikrozustand ausgegangen, der reaktiv ist, d.h. auf den ein bergang vom
Makrozustand A zu Zustand B folgt. Diese Makrozustnde werden durch Bereiche
des Phasenraums beschrieben, die stabil sind. Zuerst muss ein einzelner reaktiver
Mikrozustand gefunden werden. Dies kann durch Erwrmen des Systems oder ein
Strpotential geschehen. Hat man nun einen reaktiven Zustand, der A mit B ver-
bindet, so werden mit Shooting und Shifting weitere reaktive Trajektorien erzeugt.
Beim Shooting wird der Anfangsimpuls des reaktiven Zustands minimal verndert,
also
p
(neu)
t
= p
(alt)
t
+p (10.5)
Beim Shifting wird ein Phasenraumpunkt in der Zeit vorwrts und rckwrts pro-
pagiert:

(neu)
it
=
(alt)
it+t
(10.6)
Ob die erzeugte Trajektorie nun zu dem Ensemble hinzugezhlt werden, entscheidet
das Akzeptanzkriterium:
w
akz
(
(alt)
(t)
(neu)
(t)) = (
0
,
t
) min
_
1,
w(
(neu)
(t))
w(
(alt)
(t))
_
(10.7)
48
wobei w((t)) der Verteilung der Arbeitswerte entspricht, (
0
,
t
) allgemeine, ge-
wnschte Eigenschaften der Trajektorien angibt, z.B. das Beginnen der Trajektorie
in einem Bereich des Phasenraums, und der zweite Term dem Metropolis-Kriterium
(4.8) zum Erzeugen einer Boltzmannverteilung entspricht. Wie auch schon beim
Rastern mit MC kann man durch Anwendung dieses Kriteriums eine Verteilung
w((t)) an Trajektorien aus einer Ausgangstrajektorie erzeugen. Ausgehend von
der Jarzynski-Identitt (6.15) ergibt sich:
e
F
=
_
D(t) w((t), (t)) e
W
(10.8)
mit dem externen Kuppelparameter (t), dem Integral ber alle Trajektorien zum
Zeitpunkt t, D(t), und der Verteilung der Trajektorien w((t), (t)). Die Vertei-
lung w((t), (t)) kann dabei durch Erzeugung von Trajektorien gem des Akzep-
tanzkriteriums (10.7) erreicht werden. Dies kann auch dazu genutzt werden, ver-
zerrte Verteilungen zu generieren. Um den statistischen Fehler bei der Berechnung
von Freien Energien aus Ungleichgewichtstrajektorien zu minimieren, erzeugt man
Trajektorien gem der Verteilung [60]
w

((t)) = w((t))B((t)) (10.9)


mit der Strfunktion B(). Die Freie Energiedierenz wird dadurch zu
e
F
=
_
D(t) w((t), (t)) B((t))
_
e
W
B((t))
_
_
D(t) w((t), (t)) B((t))
_
1
B((t))
_ (10.10)
Als gute Strfunktion zur Minimierung des statistischen Fehlers gilt B() = e
W/2
.
49
Teil IV
Articial Ligand Receptor
Interaction Molecular Dynamics
(ALRIMD)
50
Kapitel 11
Modikation der
Lennard-Jones-Interaktion zweier
Atomtypen
Articial Ligand Receptor Interaction Molecular Dynamics (ALRIMD)
Unsere Idee besteht darin, kein externes, nur auf die Reaktionskoordinate wirkendes,
Strpotential zu verwenden, um die Freie Energie Hyperche zu verzerren, sondern
ein physikalisches Potential zu modizieren. Wir implementieren dies, indem wir
zwischen einem Atomtypen des Hosts und einem Atomtypen des Liganden den at-
traktiven B-Koezienten des Lennard-Jones-Potentials stufenweise erniedrigen. Im
Molekulardynamikprogramm AMBER [6] nimmt das 12,6-Lennard-Jones-Potential
zwischen 2 Atomen i und j die Form
U
LJ
(r
ij
) =
A
r
12
ij

B
r
6
ij
(11.1)
an, mit r
ij
= [r
i
r
j
[, dem Abstand zwischen dem i-ten und j-ten Atom. Dieses
Potential konstruiert man aus der Gleichung
U
LJ
(r
ij
) = 4
ij
_
1
4
_
r
0,ij
r
ij
_
12

1
2
_
r
0,ij
r
ij
_
6
_
(11.2)
fr jede spezische Interaktion zwischen 2 unterschiedlichen Atomtypen. Hierbei ist

ij
die Potentialtopftiefe in kcal/mol und r
0,ij
der energetisch gnstigste Abstand
zwischen dem Atomtyp des Atoms i und dem Atomtyp des Atoms j in . Der
A-Koezient ist nun
ij
r
12
0,ij
, der B-Koezient 2
ij
r
6
0,ij
und die Einheit des B-
Koezienten ist demnach
6
kcal/mol. Da durch Modikation des B-Koezienten
51
die Wechselwirkung zwischen Fragmenten des Liganden und des Hosts knstlich
modiziert wurde entschieden wir uns fr den Namen Articial Ligand Receptor
Interaction Molecular Dynamics (ALRIMD). Formal bedeutet dies einen zustzli-
chen Potentialterm im Hamiltonian H(), der die Perturbation beschreibt:
U
b,LJ
(, B) =

l,h
_
B
r
6
lh
_
(11.3)
wobei l und h die Laundices fr die an der Perturbation beteiligten Atome des
Liganden und des Hosts sind. B ist nun der externe Kuppelparameter. Wir be-
zeichnen die Koordinate, die unsere Perturbation eindeutig beschreibt, d.h. ohne
Mittelung, , also
= ([r
l1
r
h1
[, . . . , [r
lL
r
hH
[) (11.4)
mit der Anzahl aller an der Perturbation beteiligten Hostatome H und der Zahl
aller Ligandatome L. In diesem Abschnitt wird erklrt, wodurch sich ALRIMD
auszeichnet..
Physikalische Transformation
Aufgrund neuerer Forschungsergebnisse [58] ist bekannt, dass physikalische Trans-
formationen eine vielversprechende Alternative zu den alchemischen Transformatio-
nen, fr die Berechnung der absoluten Freien Bindungsenergie darstellen knnen. Es
werden keine komplizierten Entkupplungsschemata wie bei alchemischen Transfor-
mationen gebraucht und zudem lsst sich ein PMF entlang der Reaktionskoordinate
konstruieren.
Schwaches Restraint
Das Strpotential wird meist harmonisch gewhlt. Der groe Nachteil dieser Wahl
besteht darin, dass sie die Entwicklung wichtiger Freiheitsgrade, die orthogonal zur
Reaktionskoordinate sind, behindert (siehe Kapitel 6). Der Phasenraum sollte zu-
dem mglichst unverzerrt bleiben. Daher ist es wnschenswert, eine minimale Per-
turbation einzufhren, die die Reaktion startet bzw. dabei hilft die Freie Energie
Hyperche entlang der Reaktionskoordinaten zu erfassen. Es handelt sich nun bei
ALRIMD um ein schwaches, inhomogenes Perturbationsfeld statt einem fr Umbrel-
la Sampling blichen, starken, einschrnkenden Restraints. Durch das Einschalten
der Perturbation wird entweder die Dissoziation beschleunigt oder, falls die Per-
turbation nicht ausreicht, um die Freie Energie Barriere zu berwinden, ein neues
52
Gleichgewicht eingestellt. Dadurch, dass viele Freiheitsgrade schwach beschleunigt
werden, ist zu erwarten, dass chemische Prozesse orthogonal zu diesen auch erfasst
werden.
Minimaler Freie Energie Pfad durch uktuierenden, schwachen Kraft-
vektor
Gegenber der Steered MD, Skewed Momenta und Puddle Jumping hat ALRIMD
den Vorteil, dass der eektive Kraftvektor, der auf den Liganden wirkt, durch die
Fluktuation des Hosts seine Richtung ndert. Bei den genannten Methoden ist der
zu beschleunigende Freiheitsgrad extern festgelegt und fest. Die B-Perturbation
beschleunigt hingegen alle, fr die Reaktion relevanten, Freiheitsgrade und hat zu-
dem eine statistische Komponente in der Kraftwirkung. Die Kraft auf den Liganden
ergibt sich zu:
f
b,LJ
=

l,h
_
6B(r
l
r
h
)
r
8
lh
_
(11.5)
Trit der Ligand auf eine Freie Energie Barriere direkt vor sich, ist es bei Steered
MD so, dass er diese immer in einer extern vorgegeben Zeit berwinden wird. Bei
Skewed Momenta werden die Anfangsimpulse fr die zu beschleunigenden Freiheits-
grade erhht. Allerdings kann sich die Richtung dieser relevanten, zu beschleunigen-
den Freiheitsgrade im Laufe der Simulation ndern [39]. Bei der B-Perturbation
wird der Ligand hingegen im Krftegleichgewicht verharren und warten bis sich der
durch den uktuierenden Kraftvektor f
b,LJ
beschleunigte Freiheitsgrad ndert. Der
Ligand wandert dadurch entlang der Potentialbarriere, bis er einen niedrigen Punkt
der Freien Energie Barriere ndet. Dies kann unter Umstnden sehr lange dauern,
da die Orientierung des resultierenden Perturbationskraftvektors und die Positionie-
rung des Liganden entlang der Potentialbarriere so passen mssen, dass der Ligand
in die richtige Richtung entlang der Freien Energie Barriere getragen wird. Es kann
dadurch nicht sicher gesagt werden, nach welcher Zeit er sich bei einer bestimmten
Strke der Perturbation vom Host trennt, da es vom Anfangszustand des Systems
abhngt.Im Gegensatz zur Anwendung einer Zufallskraft auf den Liganden wie bei
Random Accelerated Molecular Dynamics (RAMD), kann der Einuss der Perturba-
tion bei ALRIMD analytisch beseitigt werden. ALRIMD rastert also die physikalisch
relevanten Bereiche des Phasenraums entlang des minimalen Freien Energie Pfades.
Dies stellt einen groen Fortschritt gegenber Umbrella Sampling dar, bei dem der
Pfad auf der Freien Energie Hyperche willkrlich extern festgelegt wird.
53
Selbstauslschende Strung
Da es sich um eine Modikation des Lennard-Jones-Potentials handelt, wird der
Phasenraum nur kurzreichweitig verzerrt, die Perturbation verschwindet kurz nach
dem Austritt aus dem Freien Energie Minimum. Um eine Freie Energie Dierenz
zu erhalten muss die Perturbation nicht mehr heruntergefahren werden sobald der
Ligand frei ist, da ihr Einuss auf das System verschwunden ist. Fr die Thermo-
dynamische Integration entlang einer physikalischen Koordinate bedeutet das z.B.,
dass sie abgebrochen werden kann, sobald der Cuto des Lennard-Jones-Potentials
erreicht ist. Bei Nonequilibrium Methoden ist die Trajektorie, bis auf die Zunah-
me der kinetischen Energie, nach dem Cuto somit unverzerrt. Im Vergleich hierzu
bleibt die Federwirkung des harmonischen Restraints ber die ganze Zeit hinweg
erhalten.
In den folgenden Abschnitten wird erlutert in welche bestehenden Formalismen
wir Articial Ligand Receptor Interaction Molecular Dynamics eingegliedert haben
und die Vor und- Nachteile dieses Vorgehens.
54
Kapitel 12
Articial Ligand Receptor
Interaction Molecular Dynamics fr
Freie Energie Dierenzen entlang
physikalischer Pfade
Free Energy Perturbation
Wird das Strpotential U
b,LJ
(()) in sehr kleinen Schritten hoch geschaltet, ist
der Groteil des Phasenraums zwischen den einzelnen Perturbationsstufen identisch
und die Freie Energie Dierenz wird durch FEP zwischen den einzelnen perturbier-
ten Phasenrumen bestimmt. Die Freie Energiedierenz, durch das Einschalten des
Perturbationsfeldes ist
F
b,LJ,i
=
1
lne
U
b,LJ
((),B
i
))
) =
1
ln
_
e

l,h

B
i
|r
l
r
h
|
8
_
(12.1)
rastert man stattdessen das perturbierte Ensemble, erhlt man analog:
F
b,LJ,i
=
1
lne
U
b,LJ
((),B
i
))
)
b
=
1
ln
_
e

l,h

B
i
|r
l
r
h
|
8
_
b
(12.2)
Hierbei muss beachtet werden, dass Gleichgewichtsensembles gerastert werden ms-
sen, d.h. sobald eine einzige Konformation im Ensemble der perturbierten Konfor-
mationen ins Ungleichgewicht fhrt, ist das Ensemble fr die Auswertung mit FEP
unbrauchbar, da es sich dadurch um eine Trajektorie handelt, die mit Nonequilibri-
um Methoden ausgewertet werden muss.
55
ALRIMD fr Freie Energien Dierenzen entlang physikalischer Pfade
Ist man in einem stabilen Tal der Freien Energie Hyperche, welches durch das
Krftegleichgewicht zwischen der mittleren Perturbationskraft f
b,LJ
) und der mitt-
leren Systemkraft f) auf den Liganden entsteht, kann ein Zusammenhang zwischen
der Freien Energiedierenz und dem mittleren Abstand des Liganden vom Host her-
gestellt werden. Formal ausgedrckt, wird folgende Zuordnung gemacht:
B F(B) F()
b
) (12.3)
Dabei wird die mittlere Reaktionskoordinate )
b
aus dem Computerexperiment
mit eingeschalteter Perturbation abgelesen. Die Freie Energie Dierenz steckt im
Perturbationsfeld. Somit wird fr die Regionen vor der Potentialbarriere ein dis-
kretes PMF aus der Information des Krftegleichgewichts erstellt. Aufgrund der
Fluktuation des Kraftvektors, wird bei feinem Hochschalten der Perturbationsstr-
ke die eektive Freie Energiebarriere, also die Barriere, die den Liganden fr alle
relevanten Freiheitsgrade eektiv daran hindert den Host zu verlassen, rekonstru-
iert. Die erste Perturbationsstufe, ab der der Ligand sich ablst, entspricht der Hhe
der eektiven Freien Energiebarriere. Problematisch ist dies jedoch, da man meist
nur schwer feststellen kann, ob man sich bei einer bestimmten Perturbation im
Gleichgewicht bendet, oder ob unausreichend gerastert wurde. Es wre demnach
wnschenswert, ein sich wiederholendes Muster einer Kenngre zu beobachten, an-
hand derer ein Gleichgewichtszustand sicher festgestellt werden kann. Um vor der
Simulation grob abzuschtzen, wie sich der Mittelwert einer Reaktionskoordinate
durch Einschalten der Perturbation entwickelt, kann folgende Formel verwendet
werden [8]:
)
b
=
e
U
b,LJ
()
)
e
U
b,LJ
()
)
(12.4)
Bennetts Acceptance Ratio und Simple Overlap Sampling
Wie in Kapitel 7 besprochen, ist es zur Minimierung des statistischen Fehlers erfor-
derlich, sowohl die Informationen des unperturbierten wie auch des perturbierten
Ensembles zu verwenden. Fr mehrere Perturbationsschritte nimmt BAR aufgrund
von U() = U

() U() = U() + U
b,LJ
() U() = U
b,LJ
() folgende Form
an:
F
i,i+1
=
1
ln
_
(e
(F
i+1
U
b,LJ,(i+1)
)
+ 1)
1
)
i
(e
(F+U
b,LJ,(i+1)
)
+ 1)
1
)
i+1
_
e
F
i
(N
i+1
/N
i
) (12.5)
56
Wobei N
i
die gesammelten Datenpunkte der i-ten Perturbationsstufe sind. Um die
Iteration zu umgehen, kann auch Simple Overlap Sampling zur Konstruktion des
intermediren Phasenraums verwendet werden und man erhlt:
F
i,i+1
=
1
ln
e
U
b,LJ,(i+1)
/2
)
i
e
U
b,LJ,(i+1)
/2
)
i+1
=
1
_
lne
U
b,LJ,(i+1)
/2
)
i
lne
U
b,LJ,(i+1)
/2
)
i+1
_
(12.6)
Die Phasenrume der unterschiedlichen Perturbationsstufen sollten einen groen
berlapp haben, damit die FEP-Nherung gute Werte liefert.
Alternative zu SOS
Die optimale Perturbationsstufe erhlt man nicht durch gleichmiges Hochschal-
ten der B-Perturbation sondern durch eine gleiche Entropiedierenz zwischen den
einzelnen Schritten (siehe Kapitel 6). Man knnte demnach, durch Auswertung meh-
rerer Simulationen unterschiedlicher Temperatur, B so anpassen, dass es den ge-
wnschten festen Entropiedierenzwert liefert.
Linear-Response Theorie
Um die nderung des Phasenraums durch die Perturbation mit zu bercksichtigen,
also nicht wie bei FEP zu nhern, muss die Linear-Response-Theorie (LRT) ange-
wendet werden. Die Freie Energie Dierenz ergibt sich nun aus dem FEP-Term und
einem Relaxationsterm, also der Reaktion des Phasenraums auf die Perturbation.
Formal bedeutet dies [19, 40]:
F
i,i+1
= F
FEP
i,i+1
+ F
RLX
i,i+1
(12.7)
Der Relaxationsterm kann mithilfe der LRT bestimmt werden. Bisher wurde der
Relaxationsterm nur fr die Elektrostatik fr das Platzieren neuer elektrischer La-
dungen bestimmt [19, 40]. Er sollte auch fr das Einschalten unseres Strpotentials
U
b,LJ
(()) bestimmbar sein, wenn die nderung des B-Koezienten als Einfhrung
einer Van-Der-Waals-Ladung interpretiert wird.
bergang zu Thermodynamischer Integration
Fr ALRIMD ist, analog zu FEP, der bergang zu TI, durch den bergang der in-
stantanen zur quasistatischen Transformation zu erreichen. Fr den externen Kup-
pelparameter B entspricht dies innitesimal kleinen Perturbationsschritten. Da
der Einuss der B-Perturbation nur bis zum Cuto der Lennard-Jones-Wechselwirkung
57
reicht, kann die mittlere Gleichgewichtsposition des Liganden )
b
relativ zum Host
nur bis dorthin eindeutig einer Freien Energie Dierenz zugeordnet werden, da ab
dort U
b,LJ
immer null ergibt.
F
Diss.
=
_
B
Diss.
0
_
U
b,LJ
(B)
(B)
_
B
d(B)
=
_
B
Diss.
0
_

l,h
_
1
[r
h
r
l
[
6
_
_
B
d(B) (12.8)
Der bergang zu Standardumsetzungen von TI durch Lineare Kuppelpotentiale
U() [16](Dual Topology) in Programmpaketen wie NAMD oder AMBER ist auf-
grund der linearen Abhngigkeit vom B-Koezienten gegeben:
U() = U

+ (1 )U = (U +U
b,LJ
(B) + (1 )U
= U
b,LJ
(B) +U = U(B) (12.9)
Wird sehr lange fr jeden Wert von B gerastert, kann angenommen werden, dass
der minimalen Wert von B bestimmt wird, ab dem die Dissoziation einsetzt. Die
Thermodynamische Integration bricht beim Rastern der ersten Ungleichgewichtstra-
jektorie ab, da U
b,LJ
in groem Abstand verschwindet und die bis dahin integrierte
generalisierte Kraft entspricht der Freien Energiedierenz zwischen dem unpertur-
bierten Ensemble und dem letzten stabilen Ensemble, also dem Ensemble, das dem
Maximum der kleinsten Freien Energie Barriere entspricht. Die obere Grenze des
Integrals wird nur zum Einsparen von Rechenzeit gesetzt. Auch wenn man sie bis
erweitert, kommen aufgrund des kurzreichweitigen, selbstauslschenden Strpo-
tentials U
b,LJ
() keine weiteren Beitrge zur Freien Energie Dierenz hinzu.
58
Kapitel 13
Articial Ligand Receptor
Interaction Molecular Dynamics fr
Freie Energie Hyperchen aus
Gleichgewichtsensembles
Fr Gleichgewichtszustnde wird mithilfe des Lennard-Jones-Strpotentials U
b,LJ
(()),
die Statistik fr selten besuchte Bins der kollektiven Koordinaten verbessert. Ana-
log zum Umbrella Sampling , kann hier der Einuss der Perturbation analytisch
beseitigt werden, um ein unverzerrtes PMF erhalten.
Parametrisierung
Beim Umbrella Sampling werden ein oder mehrere Freiheitsgrade auf einen Bereich
des Phasenraums eingeschrnkt. Diese Wahl wird durch das Umbrella-Potential
U
b
(, ) extern getroen, d.h. durch das Strpotential wird extern bestimmt, in wel-
chen Regionen eine Hufung an gesammelten Datenpunkten auftritt. Zudem kann
das Strpotential nach der Reaktionskoordinate parametrisiert werden, wodurch
fr jeden Bin der Reaktionskoordinaten ein determiniertes Strpotential U
b
()
existiert. Unsere Perturbation ist repulsiv, schwach, uktuierend, nicht harmonisch
und der einzige externe Parameter ist B. Es ist daher nicht vorhersagbar, wo sich
der Ligand nach Anwendung der Perturbation aufhalten wird, da die stationren Zu-
stnde durch ein Krftegleichgewicht der Perturbation mit dem unverzerrten Freien
Energie Prol entstehen. Da die B-Perturbation in unseren Simulationen von 144
Interaktionen abhngt (siehe Simulationsdetails), die, um das Potential eindeutig zu
parametrisieren, durch 3 kartesische Koordinaten beschrieben werden, ist es zudem
59
nicht empfehlenswert, die Parametrisierung des Strpotentials, , gleichermaen als
Reaktionskoordinate zu whlen, also ,= . Durch die groe Anzahl an Bins wr-
de das Rastern des Phasenraums sehr langwierig werden um gengend Datenpunkte
pro Bin zu akkumulieren.
Freie Energie Hyperche aus ALRIMD
Der Phasenraum wird durch den geringeren Einuss der Perturbation weniger ver-
zerrt und die Wahrscheinlichkeitsverteilung des Liganden im Phasenraum wird brei-
ter sein als bei einem gewhnlichen Umbrella Sampling mit harmonischem Strpo-
tential. Das PMF wird vielmehr in Richtung der beschleunigten Freiheitsgrade ver-
schmiert, wobei die Bins mit dem niedrigsten repulsiven Potential zuerst aufgefllt
werden. Wird die Perturbation aber nicht nach der Reaktionskoordinate parame-
trisiert, also ,= , wird nicht mehr (8.8) erhalten. Die verzerrte Potentialfunktion
fr die i-te Perturbationsstufe ist:
U

i
() = U() +U
b,LJ,i
(()) (13.1)
und dadurch ergibt sich fr die verzerrte Wahrscheinlichkeitsverteilung
w
i
() = e
F
i
()
=
Z

i
Z
i
_
d( ()) e
U

i
()
e
U
b,LJ,i
(())
Z

i
=
Z

i
Z
i

( ()) e
U
b,LJ,i
(())
_
b
(13.2)
Damit erhlt man fr die unverzerrte Freie Energie Hyperche der i-ten Perturba-
tionsstufe:
F
i
() =
1
ln
_
Z

i
Z
i
_

1
ln( ()) e
U
b,LJ,i
(())
)
b
= F

i

1
ln( (()) e
U
b,LJ,i
(())
))
b
(13.3)
Auch hier knnen wir den Cuto ermitteln, wir indem die unverzerrten Freien Ener-
gie Hyperchen der unterschiedlichen Perturbationsstufen F
i
(), in den Bereichen
der berlappung anpassen.
ALRIMD-Darstellung durch verzerrte Freie Energie Hyperche
Soll (8.8) nherungsweise rekonstruiert werden, muss die Parametrisierung des Res-
traints () an die der Reaktionskoordinate () angepasst werden. Dies erreichen
60
wir, indem wir ber jeden Wert der Reaktionskoordinate mitteln:
U

i
() = U() +

(() ()) U
b,LJ
(())

(() ())
= U() +U
b,LJ
())
b
(13.4)
Fr die unverzerrte Wahrscheinlichkeitsverteilung der i-ten Simulation erhlt man
dadurch:
w
i
() =
Z

i
Z
i
_
d( ()) e
U

i
()
e
U
b,LJ
()
b
Z

i
=
Z

i
Z
i
_
d( ()) e
U

i
()
e
U
b,LJ
()
b
Z

i
=
Z

i
Z
i
w

i
() e
U
b,LJ
()
b
(13.5)
Durch die Bildung des Mittelwerts, konnte das Strpotential U
b,LJ
vor das Integral
gezogen werden. Dadurch erhlt man fr die Freie Energie Hyperche eine Formel,
die bis auf die Mittelung des Strpotentials (Gl.8.1) entspricht und die, die verzerrte
Freie Energie Hyperche explizit miteinbezieht:
F
i
() F

i
+F

i
() U
b,LJ
())
b
(13.6)
Verknpfung mit WHAM
Im Gegensatz zu (13.3), kann (13.5) in WHAM (Kapitel 8) eingegliedert werden.
Dies liegt an der expliziten Miteinbeziehung der verzerrten Freien Energie Hyper-
che bei (13.5). Die einzige Modikation, die sich ergibt, ist die Verwendung eines
mittleren Strpotentials, statt eines eindeutigen:
w() =

S
i
N
i
w

i
()

S
j
N
j
e
(U
b,LJ
()
b
F

i
)
(13.7)
und
F

i
=
_
. . .
_
d
1
. . .
. N
e
U
b,LJ
()
b
w() (13.8)
Die Anwendbarkeit von WHAM hngt demnach von der Qualitt der Nherung,
die durch Annahme eines mittleren Strpotentials gemacht wurde, ab.
61
Instabiles Gleichgewicht
Der Nachteil U
b,LJ
(
R
()) als Umbrella Potential zu verwenden besteht darin, dass
unsere Perturbation nicht zwangslug Gleichgewichtszustnde generiert. Bei dem
Umbrella-Potential wird durch die Form eines harmonischen Potentialtopfes sicher-
gestellt, dass der Ligand im Gleichgewicht bleibt (Der Host kann allerdings ins Un-
gleichgewicht gebracht werden). Bei ALRIMD muss also lnger gewartet werden,
um festzustellen, ob es sich um einen Gleichgewichtszustand oder eine Ungleichge-
wichtstrajektorie handelt.
Freier Ligand
Der Phasenraum fr den Gleichgewichtszustand des freien Liganden (d.h. ohne
Wechselwirkung mit dem Host ), kann praktisch mit heutiger Rechenleistung nicht
bis zur Konvergenz erfasst werden. Die Freie Energie ist daher, fr diesen Zustand,
durch Gleichgewichtsmethoden ohne Restraints nicht berechenbar.
U
b,LJ
() als adaptives Potential
Es sollte theoretisch mglich sein, den B-Koezienten so zu verndern, dass die
Bins einer oder mehrer Reaktionskoordinaten gleichmig gefllt werden. Analog
zu (Gl.9.1) knnte die gewnschte zeitliche Entwicklung des mittleren Strpotentials
so angepasst werden, dass
F() = U
b,LJ
())
b
(13.9)
Es ist darauf hinzuweisen, dass hierbei von (13.5) ausgegangen wurde, also das
mittlere Strpotential adaptiert wird statt (8.8), bei dem ein Strpotential eindeutig
festgelegt ist. Die Konstruktion einer geeigneten zeitlichen Entwicklung gestaltet
sich aber als schwierig, da der Kraftvektor des Strpotentials einer Fluktuation
durch die Bewegung des Hosts unterworfen ist. Wegen Dim() < Dim() ist das
Strpotential nicht genau steuerbar. Auch sonst drfte dieses Strpotential keinen
Vorteil gegenber den gewhnlichen adaptiven Methoden wie Metadynamics oder
Adaptive Biasing Force liefern.
62
Kapitel 14
Articial Ligand Receptor
Interaction Molecular Dynamics fr
Freie Energie Hyperchen aus
mittlerer generalisierter Kraft
Da der Gradient der Freien Energie nach einer Reaktionskoordinate , die durch-
schnittliche Kraft auf den durch die Reaktionskoordinate beschriebenen Zustand
ist, kann die Freie Energie Dierenz durch Integration der mittleren Kraft entlang
der Reaktionskoordinate erhalten werden [54]. Gehen wir von Gleichung (13.3)
F() = F

i

1
ln( ()) e
U
b,LJ
)
b
aus, bei der wir wieder bercksichtigen mssen, dass die Parametrisierung des Res-
traints, also , hherdimensionaler ist als die Reaktionskoordinate . Kann man kein
passendes Vektorfeld gem dem Vorgehen bei Adaptive Biasing Force konstruieren,
muss das Phasenraumintegral durch einen vollstndigen Satz generalisierter Koordi-
naten beschrieben werden, zu dem auch die Komponenten der Reaktionskoordinaten
63
gehren. Durch Anwendung des Gradienten nach erhalten wir also:

F() =

i
. .
=0
+

1
ln
_
_
d( ()) e
U
b,LJ
(())
e
U

()
_
de
U

()
_
=
1
_
d( ())

(e
U
b,LJ
(())
e
U

()
[J(, )[)
_
d( ()) e
U
b,LJ
(())
e
U

()
=

(( ())

U
b,LJ

ln [J(, )[) e
U
b,LJ
_
b
( () e
U
b,LJ
)
b
=

( ())
_
f
Potential
+ f
Entropie
f
b,LJ
_
e
U
b,LJ
_
b
( ()) e
U
b,LJ
)
b
(14.1)
Die durchschnittliche Kraft mit dem Gewichtungsfaktor entlang der Bins muss in-
tegriert werden, um eine Freie Energie Dierenz zu erhalten. Der Cuto (also die
Freie Energiedierenz durch das Einschalten der Perturbation) verschwindet, da er
unabhngig von der Reaktionskoordinate ist, und man kann die Simulationen ge-
m (8.18) rekombinieren. Gegenber gewhnlicher Umbrella Integration entfallen
aber Nherungsmglichkeiten durch die identische Parametrisierung der Restraints
und der Reaktionskoordinaten (also = ). In der UI hat

F() dadurch die


einfache Form (8.16):

F() = f())
b
f
b
. Zudem kann eine Normalvertei-
lung im Bin , der durch das harmonische Potentials xierten Reaktionskoordinaten
angenommen werden, die mit einer Reduktion des Rauschens einhergeht [31, 30].
Zu alledem haben wir bei ALRIMD wieder das Problem, dass wir nicht sicher an-
geben knnen ob es sich um einen Gleichgewichtszustand handelt. Dies ist aber
auch fr die Betrachtung der mittleren Kraft elementar. Integration der mittleren
Kraft/Umbrella Integration bietet fr das Strpotential U
b
, LJ() demnach keinen
erkennbaren Vorteil gegenber Umbrella Sampling .
64
Kapitel 15
Articial Ligand Receptor
Interaction Molecular Dynamics fr
Freie Bindungsenergien aus
Ungleichgewichtstrajektorien
Gehen wir wiederum von der Jarzynski-Identitt (6.15) aus
e
F()
= e
W()
)
Die Denition der geleisten Arbeit am System ist
W() =
_

0
H(t)
t
dt (15.1)
Zuerst wird Steered MD noch einmal, mit besonderem Augenmerk auf dessen externe
Kuppelparameter, besprochen. Danach werden zwei eigene Anstze auf Grundlage
von ALRIMD verfolgt, um aus Ungleichgewichtstrajektorien Informationen ber die
Freie Bindungsenergie zu erhalten.
15.1 Vergleich mit Steered MD
In der Nonequilibrium MD ist das Strpotential U
b
(, t) zeitabhngig, d.h. es wird
ber einen externen Kuppelparameter mit endlicher Geschwindigkeit gendert. Die-
se nderung ist bei Steered MD gleich der konstanten Geschwindigkeit

= const.,
65
mit der das harmonische Restraint im Raum bewegt wird. Die Arbeit ist also [23]:
W() =
_

0
U
b
(, (t))
t
dt =
_

0
k
2
(

t ())
2
t
dt
=
_

0
k(

t ())

dt
= k

_
t
2
2

_

0
((t))dt
_
(15.2)
Hier wird davon ausgegangen, dass nur der Strpotentialterm durch den externen
Kuppelparameter zeitabhngig ist, also nur die Strpotentialfunktion U
b
(, t), aber
nicht ihr Argument, der Phasenraum (t). In der letzten Zeile wurde jedoch wie-
der ein zeitabhngiger Phasenraum eingesetzt. Dies ist unserer Meinung nach ei-
ne Inkonsistenz der Herleitung und somit eine diskutable Nherung. Wrde von
Beginn an, mit dem zeitabhngigen Phasenraum (t) gerechnet werden und da-
durch H

((t)) nach der Zeit abgeleitet werden, htte man jedoch das Problem,
dass aus der stndigen Umwandlung von kinetischer in potentielle Energie des Sys-
tems die extern induzierte Arbeit zu extrahieren wre. Stellen wir ALRIMD dem
gewhnlichen harmonischen Strpotential gegenber (tab.15.1). Der externe Kup-
SMD ALRIMD
U
b
((), t) = k/2 (

t ())
2
U
b,LJ
((), B) =

l,h
(B/[r
lh
[
6
)
Tabelle 15.1: Harmonisches Strpotential und Lennard-Jones-Perturbation
pelparameter der Zeit fehlt im B-Strpotentialterm. Die Darstellung der Arbeit
ber Wegintegrale wird in der Steered MD aber aus der Potentialfunktion durch
Betrachtung des totalen Dierentials nach t und abgeleitet [23]:
dU
b
((), t) = U
b
((), ) U
b
((), 0)
=
_

0
U
b
((), t)
t
dt +
_

0
U
b
(

(), t)

(15.3)
also
U
b
((), t)
t
dt =
_

0
U
b
(

(), t)

+U
b
((), ) U
b
((), 0)
=
_

0
f
b
(

)d

+U
b
((), ) U
b
((), 0) (15.4)
66
setzt man dies in (8.22) ein erhlt man
e
F()
=
_
( (()))e

0
f
b,LJ
(

,t)d

U
b
(,0)
_
(15.5)
Fr das B- Strpotential gibt es jedoch nur die Mglichkeit der Umwandlung
durch folgendes totales Dierential:
dU
b,LJ
((), B) = U
b,LJ
((), B) U
b,LJ
((), 0)
=
_
B
Diss.
0
U
b,LJ
((), B

)
B

dB

+
_

0

U
b,LJ
(

(), B) d

(15.7)
Ein Wegintegral entlang kann mit mathematischer Strenge nicht in die Jarzynski-
Identitt eingebaut werden. Aufgrund des inkonsistenten Gebrauchs eines zeitab-
hngigen Phasenraums (t) sollten plausible Annahmen jedoch keine Verschlechte-
rung gegenber der gewhnlichen SMD liefern. Im folgenden gehen wir von Beginn
an von einem zeitabhngigen Phasenraum (t) aus.
15.2 Externe Arbeit
Die Zeitableitung der Gesamtenergie eines Systems entspricht der extern ausgeb-
ten Leistung. Obwohl die Strpotentialfunktion U
b,LJ
instantan eingeschaltet wurde,
die Potentialtransformation also schon beendet ist, wird durch das Perturbations-
feld noch lnger Arbeit am System ausgebt. Bei Slow Growth , und dem daraus
abgeleiteten SMD, ist der zeitabhngige externe Kuppelparameter unerlsslich, um
Freie Energie Dierenzen berechnen zu knnen. Wir berufen uns hingegen auf die
Physikalische Denition, dass die nderung der Gesamtenergie eines Systems der
Arbeit entlang eines Weges im externen Perturbationsfeld entspricht. Wir gehen bei
unserer Denition also von einem zeitabhngigen Phasenraum (t) aus. Da actio
= reactio , ist es egal ob man die Arbeit als Wegintegral des Liganden im Feld des
Hosts deniert oder anders herum. Wir schreiben also fr die Leistung P(t):
H

((t))
t
= P(t) =

l
f
b,LJ,l
((t)) r
l
(t) (15.8)
67
mit H

((t)) = H((t))+U
b,LJ
(((t))) und f
b,LJ,l
=

h
_
6B
|r
l
r
h
|
8
_
. Wir setzen dies
in W() ein und verwenden zur Berechnung des Integrals die Sehnentrapezregel:
W() =
_

0
H

(t)
t
dt

l
f
b,LJ,l
(t + t) + f
b,LJ,l
(t)
2
(r
l
(t + t) r
l
(t)) (15.9)
Setzen wir dies in (15.5) ein, so erhalten wir eine Formel fr die Herleitung der
Freien Energie Dierenz aus der Arbeit der externen Kraft
F(
Diss.
) =
1
ln
_
e

Diss.
t

l
f
b,LJ,l
(t+t)+f
b,LJ,l
(t)
2
(r
l
(t+t)r
l
(t))U
b,LJ
(,0)
_
(15.10)
Alle relevanten Komponenten des Systems sind in die Rechnung involviert. Im Ge-
gensatz zu SMD, wird nun auch die Konformationsnderung des Hosts mitberck-
sichtigt, da eine Auswahl seiner Atome explizit an der Konstruktion des Kraftvektors
f
b,LJ,l
beteiligt ist.
15.3 Eektive Systemarbeit
Betrachten wir der Idee der Umbrella Integration, also dass der Einuss einer Per-
turbationskraft analytisch beseitigt werden kann, also (8.16):
f()) = f())
b
f
b
()
Von der durchschnittlichen Kraft auf den Zustand im perturbierten Ensemble,
f())
b
, wird die Kraft durch die Perturbation abgezogen und somit das unver-
zerrte durchschnittliche Kraftprol f()) fr jeden Wert von erhalten. Unsere
Idee besteht darin, Umbrella Integration in den Ungleichgewichtsfall zu berfhren.
Analog dem bergang der mittleren Potentialdierenz bei FEP zur Summation
der Potentialdierenzen entlang einer Ungleichgewichtstrajektorie bei Slow Growth,
sollte auch ein bergang von der mittleren verzerrten Kraft bei UI zur Kraftwir-
kung entlang der Trajektorien eines perturbierten Systems mglich sein. Formal
68
lautet das Ungleichgewichtsanalogon zur UI:
W()
_

()
(0)
f

) d

_
()
(0)
f
b,LJ
(

)d

=
L

l
_
r
l
()
r
l
(0)
f

l
dr

l
+
H

h
_
r
h

r
h
(0)
f

h
dr

_
()
(0)
f
b,LJ
(

)d

(15.12)
Dies ist also die bersetzung von (8.16) in den Ungleichgewichtsfall. Es werden
Trajektorien analysiert, statt Gleichgewichtsensembles. Als Formel, die die Gleich-
gewichtszustnde verbindet, erhlt man somit:
F(
Diss.
) =
1
ln
_
e

L
l

r
l
(
Diss.
)
r
l
(0)
f

l
dr

l
+

H
h

r
h
(
Diss.
)
r
h
(0)
f

h
dr

L
l

r
l
(
Diss.
)
r
l
(0)
f
b,LJ,l
dr

_
(15.13)
Die Arbeit, die das System durch f

l
und f

h
eektiv an den Atomen des Hosts
und des Liganden verrichtet, wird vollstndig in die Beschleunigung der Atome
umgewandelt, also in die kinetische Energie. T
i
(t) =
m
i
v
2
i
(t)
2
soll nun die kinetische
Energie des i-ten Atoms sein und T
i
(t) die nderung der kinetischen Energie des
i-ten Atoms gegenber dem vorhergehenden Zeitschritt. (15.11) wird dadurch zu:
F(
Diss.
) =
1
ln
_
e

Diss.
t
(

l
T
l
(t)+

h
T
h
(t))

r
l
(
Diss.
)
r
l
(0)
f
b,LJ,l
dr
l

_
(15.14)
Komplex ist die Fragestellung, wie gro der Einuss des Thermostats auf die ki-
netische Energie ist, handelt es sich ja um ein kanonisches System. Durch eine
Beschreibung der kinetischen Energie mit einer groben Diskretisierung, also v
i
(t) =
r
i
(t+t)r
i
(t)
t
mit t = 500fs, knnte der Einuss des Thermostats minimiert wer-
den, da die Zufallskraft des Langevin-Thermostat keine Vorzugsrichtung hat und
sich dessen Kraftwirkung ber viele Schritte wegmittelt. Die Denition der Arbeit
entlang eines Pfades, wird aber durch eine grobe Diskretisierung immer ungenauer,
da die wirkenden Krfte nicht schnell genug aktualisiert werden. Dies ist speziell
fr die B-Perturbation ein Problem, da dort aufgrund der starken nderung des
Perturbationsfelds mit der Distanz und der Zeit, groe Sprnge in der Perturbati-
69
onskraftwirkung zu erwarten sind. Die Zeitdiskretisierung darf also weder zu grob
noch zu fein sein.
15.4 Grundstzliches zu ALRIMD fr Ungleichge-
wichtstrajektorien
Fehlende Federwirkung der B-Perturbation
Das harmonische Potential bietet den Vorteil, dass analog dem Vorgehen bei der
Rasterkraftmikroskopie, aus der im externen Potential steckenden Energie auf die
Potentialhyperche der Umgebung geschlossen werden kann. So ist die System-
kraft, die auf einen Liganden ausgebt wird, gleich der Potentiellen Energie, die
in der Dehnung, der ihn xierenden Feder steckt. Da das B-Potential nicht die
Form einer Potentialmulde hat, funktioniert dies fr ALRIMD nicht. Das Gleich-
gewicht stellt sich bei uns nicht extern vorgegeben um herum ein, sondern durch
das Gleichgewicht der mittleren Krfte zwischen System und Perturbation.
Einuss der Strke der Perturbation
Um sicherzustellen, dass wir fr die verschiedenen Lufe, auch die absolute Freie
Bindungsenergie erhalten, sollte die Perturbation fr jede Trajektorie so stark sein,
dass sie zur Dissoziation und nicht nur in ein nahes Freies Energie Minimum fhrt.
Es ist allerdings zu beachten, dass die erfasste Trajektorie immer unphysikalischere
Wege geht, desto grer die Perturbation wird. Als Ausblick ist es demnach zu er-
wgen, sehr viele lange Trajektorien mit geringer Perturbation zu sammeln, da diese
den Weg des geringsten Widerstandes gehen. Grob als Faustregel gilt: Je schwcher
die Perturbation, desto lnger dauert die Dissoziation (falls sie berhaupt statt-
ndet), desto physikalischer wird der Dissoziationspfad. In Abhngigkeit von der
Ausgangskonformation ist allerdings auch eine sehr schnelle Dissoziation mglich,
falls eine gnstige Konformation in zeitlicher Nhe eingenommen wird. Man kann
also einer Perturbation nicht genau eine Dissoziationsdauer zuordnen. Das System
sucht sein Freies Energie Minimum, wie in einem Labyrinth: In Abhngigkeit der
Perturbationsstrke, knnen dicke Mauern des Labyrinths durchbrochen werden. Ist
die Perturbation gerade ausreichend stark, dass die Mauer, die ein Entiehen aus
dem Labyrinth unmglich macht, durchbrochen wird, muss trotzdem erst ein Weg
durch das Labyrinth gefunden werden. Ist die Perturbation jedoch sehr stark, wie
z.B. bei Steered MD, wird das Labyrinth geradlinig mit dem Kopf durch die Wand
70
mit einer extern vorgegebenen Dissoziationsdauer durchquert.
Abbildung 15.1: Schema eines Freien Energie Labyrinths
Sti Spring Approximation
Eine Anwendung der Sti Spring Approximation (8.27) fr U
b,LJ
(, B) ist nicht
mglich, da das Fredholm-Integral (8.23) nur genhert gelst werden kann, wenn
die Reaktionskoordinate () praktisch extern durch das Strpotential vorgegeben
ist [43]. Dies ist fr die B-Perturbation nicht der Fall.
bergang zum Slow Growth
Durch gleichmige nderung des B-Koezienten innerhalb kleiner Zeitschritte t
,sodass sich kein Gleichgewicht einstellen kann, erhlt man den Formalismus des
Slow Growth [46, 51] zur Bestimmung Freier Energie Dierenzen. Hier wird der
Phasenraum wieder zu Beginn der Rechnung zeitunabhngig angesetzt und es ergibt
sich:
W(
Diss.
) =
_

Diss.
0
H

(, B)
B
B
t
dt
=
_

Diss.
0
U
b,LJ
((), B)
B

Bdt
=

Bt

Diss.

l,h
([r
l
(t + t) r
l
(t + t)[
6
+[r
l
(t) r
h
(t)[
6
)
2
(15.15)
71
wobei die Sehnentrapezregel angewandt wurde. Durch Anwendung der Jarzynski-
Identitt (6.15) ergibt sich die Freie Energie Dierenz zu:
F(
Diss.
) =
1
ln
_
e


Bt

Diss.
t

l,h
(
|r
l
(t+t)r
l
(t+t)|
6
+|r
l
(t)r
h
(t)|
6
)
2
_
(15.16)
Eine Erhhung von B ist ab dem Einsetzen der Dissoziation nicht mehr ntig.
Verknpfung mit Transition Path Sampling
Wie in Kapitel 10 beschrieben, ist Transition Path Sampling eine Methode, aus sel-
ten auftretenden Ereignissen, Ensembles zu erzeugen. Fr uns kann das eine Hilfe
sein, aus wenigen kurzen Trajektorien, also den Trajektorien, bei denen die Disso-
ziation trotz schwacher Perturbation schnell stattgefunden hat, ein reprsentatives
Ensemble an Trajektorien zu generieren. Man erreicht dies durch das Monte-Carlo-
Akzeptanzkriterium (10.7) zwischen den Trajektorien, das Trajektorien gem der
Verteilung e
W
erzeugt und als Bedingung hat, dass diese Dissoziatinstrajektorien
sind. Wurde eine, einer minimalen Perturbation entsprechende, reaktive Trajektorie
gefunden, z.B. indem bei TI analysiert wurde, ab welchem minimalen B die Disso-
ziation einsetzt, kann durch TPS ein reprsentatives Ensemble an Trajektorien er-
zeugt werden, die einer minimalen Perturbation, also Verzerrung des Phasenraums,
entsprechen. Verwendet man (10.10) kann man zudem den statistischen Fehler der
Trajektorien minimieren, indem gem des Gewichtungsfaktors B = e
W/2
Tra-
jektorien erzeugt werden.
Anwendbarkeit von Generalized Acceptance Ratio
Gegenber den harmonischen Strpotentialen haben wir den Nachteil, dass eine
Reaktion, nicht einfach durch ein Umschalten des Reaktionsparameters (also bei
uns B), in die entgegengesetzte Richtung, auch rckwrts abluft. Ist der Ligand
beispielsweise im Solvent in groem Abstand zum Host , ist die Wahrscheinlich-
keit, dass sich der Ligand wieder an den Host bindet, durch die Kurzreichweitigkeit
des nun attraktiven Perturbationsfeldes sehr gering. Die Wahrscheinlichkeit kann
erhht werden indem die Perturbation nur eingeschaltet wird, wenn der Ligand in
unmittelbarer Nhe zum Host ist. Dies kann in der Simulation durch Auswahl einer
geeigneten Restart -Datei gewhrleistet werden. Sind nun Trajektorien sowohl der
Vorwrtstransformation wie auch der Rckwrtstransformationen erstellt worden,
kann (7.7) angewandt werden, um die Freie Energie Dierenz zwischen den durch
die Trajektorien verbundenen Ensembles zu bestimmen.
72
Teil V
Computersimulationen
73
Kapitel 16
Calixaren-Ligand-Systeme und ihr
Nutzen fr die Biomedizin
Calixarene werden basen- oder surekatalysiert in einer Synthese von Phenol, bei
dem sich die Hydroxygruppe in ortho-Stellung bendet, mit Formaldehyd gewonnen.
Darber hinaus kann man fr die Reaktion auch andere Benzolderivate, wie Pyro-
gallol verwenden. Der einfachste Vertreter ist, das von uns betrachtete, Calix[4]aren.
Dabei gibt die Zier in den eckigen Klammern die Anzahl der Methyl-Brcken zwi-
schen den einzelnen Phenolbausteinen oder die Anzahl der Phenolringe an. Die
Struktur der Calixarene kann man sich sehr gut als ein Kelch vorstellen. Genau die-
se Eigenschaft macht die Anwendung der Substanzen so interessant, denn sie haben
die Eigenschaft Kationen und neutrale Molekle durch ihre Konguration einzufan-
gen und zu binden. Forschungsergebnisse sind daher sowohl fr Medizin, als auch
fr Umwelttechnik und Ingeneurwesen von groem Interesse. Calixarene knnten in
Zukunft aufgrund ihrer biomimetischen Eigenschaften als Arzneistoe oder Arznei-
stotrger eingesetzt werden. Speziell mit zyklischen Peptidgruppen modizierte
Calixarene besitzen Eigenschaften eines Antikrpers und haben somit das Potential
zuknftig als Antikrpermimetika verwendet zu werden [18]. Die Calixarensysteme
stehen aber auch stellvertretend fr Ligand-Rezeptor-Komplexe und knnen somit
als Testsysteme fr neue Theorien verwendet werden. Wir orientieren uns bei un-
seren Simulationen an dem Experiment von Rehm, Frank und Schatz [48]. Wir
simulieren die Systeme fr 2 unterschiedliche Liganden und 2 unterschiedliche Re-
zeptoren. Dafr whlten wir das Calix[4]aren sowohl mit anionischen (A), wie auch
mit kationischen (K) polaren Kopfgruppen und als Liganden Nitro-Benzaldehyd
(NB) und Fluorbenzol (FB). Wir untersuchten die Interaktionen von A mit NB (A-
NB), A mit FB (A-FB) (beide Abb.16.1) und K mit NB (K-NB) (Abb.16.2). Die
74
experimentell ermittelten Freien Bindungsenergien sind in Tabelle 16.1 zu nden.
System Freie Bindungsenergie [kcal/mol]
A-NB 3.29
A-FB 1.90
K-NB 2.55
Tabelle 16.1: Freie Bindungsenergien der Calixarensysteme [48]
Abbildung 16.1: Calix[4]aren mit polaren anionischen Kopfgruppen (links) und dem
Ligand Nitro-benzaldehyd (A-NB) (mitte) oder Fluorbenzol (A-FB) (rechts)
Abbildung 16.2: Calix[4]aren mit polaren kationischen Kopfgruppen (links) und dem
Ligand Nitro-benzaldehyd (K-NB) (rechts)
75
Kapitel 17
Simulationsdetails
AMBER
Zum Erstellen der Grundstruktur des Calixaren-Ligand-Systems verwendeten wir
fr die Ladungsverteilung das Restrained Electrostatic Potential [1], als Potentialm-
odell fr das gesamte System das Generalized Amber Force Field [56]. Sowohl der
Ligand, wie auch das Calixaren wurden zuvor [57] auf Basis von HF/6-3IG

op-
timierten Strukturen parametrisiert. Als Wassermodell wurde SPC/E [52] verwen-
det. Wir minimierten das System und equilibrierten anschliessend 11 ns lang. Die
Simulationen liefen alle mit dem Langevin-Thermostat (siehe Kapitel 2) und einer
Kollisionsfrequenz von = 2, 0, zum Einstellen einer Temperatur von 293 K. Fr
den Cuto whlten wir 10 und einen Druck von 1,01 bar. Als periodische Box
wurde ein truncated octahedron mit einem Volumen von 29100
3
fr die Syste-
me gewhlt. Es wurde Particle Mesh Ewald [11] mit einer Maschenbreite von 1
verwendet. Der B-Koezient wurde vor Beginn jeder Simulation in der Topologie-
Datei gendert. Die Aktualisierung der Koordinaten erfolgt in AMBER mit dem
Leapfrog-Algorithmus (Kapitel 2). Die, fr die Gleichgewichtssimulationen erstell-
ten Trajektorien sind 5 ns lang, mit einem Zeitschritt von 1 fs. Wir erstellten mit
jeder Simulation also 5000000 Datenpunkte.
Implementierung von Articial Ligand Receptor Molecular Dynamics
Um ALRIMD auszuwerten, wurde das TCL-Plugin unter VMD [24] verwendet. Die
wichtigsten Skripte sind im Anhang zu nden. Die an der Perturbation beteiligten
Atome, werden durch rote Markierungen in (Abb.17.1) und (Abb.17.2) kenntlich
gemacht.
76
Abbildung 17.1: An der Perturbation beteiligte Atome von Calix[4]aren mit pola-
ren anionischen Kopfgruppen (links) und dem Ligand Nitro-benzaldehyd (A-NB)
(mitte) oder Fluorbenzol (A-FB) (rechts)
Abbildung 17.2: An der Perturbation beteiligte Atome von Calix[4]aren mit pola-
ren kationischen Kopfgruppen (links) und dem Ligand Nitro-benzaldehyd (K-NB)
(rechts)
NAMD
Da wir als Vergleichsmethoden Adaptive Biasing Force und Metadynamics verwen-
deten, musste das System auch unter NAMD minimiert und equilibriert werden, da
es durch die Verwendung unterschiedlicher Algorithmen unter NAMD und AMBER
nicht sichergestellt ist, dass ein in AMBER stabiles System auch in NAMD equili-
briert ist. Um ein kanonisches Ensemble zu generieren verwendeten wir Langevin-
Dynamik [7] fr eine konstante Temperatur von 293 Kelvin und Langevin-Piston [13]
fr einen konstanten Druck von 1,01 bar. Da NAMD keine Voreinstellung fr den
77
truncated octahedron kennt, verwendeten wir die Umrechnung aus dem GROMACS-
Handbuch [55], um die Box aus den Zellvektoren zu rekonstruieren. Ein Cuto von
10 wurde gewhlt. Auf die Option des Switching, also dem langsamen Annhern
an den Cuto , wurde verzichtet, um die Vergleichbarkeit mit AMBER zu garan-
tieren.
Metadynamics
Fr Metadynamics wurde eine Binbreite von 0,1 gewhlt und zwei unterschiedliche
Hgelweiten, um deren Einuss auf die Freie Energie Hyperche zu berprfen. Fr
die Hgelweiten 2(h) verwendeten wir sowohl 0,3 fr eine grobe Rasterung, wie
auch 0.2 fr eine feine. Datenpunkte wurden ber 5ns lang mit einem Zeitschritt
von 1 fs erstellt. Die PMFs werden demnach aus 5000000 Datenpunkten erstellt.
Adaptive Biasing Force
Die erste Schtzung der Adaptive Biasing Force fr einen Bin wurde hier fr den
1-dimensionalen Fall nach 500 Datenpunkten, und fr den 2-dimensionalen Fall
nach 250 erfassten Datenpunkten in diesem Bin gemacht. Die Schwankungen, der
aus der gemittelten Kraftwirkung konstruierten ABF sind nach einer angemessenen
Zahl an erfassten Datenpunkten nicht mehr so gro, als dass Ungleichgewichtseekte
auftreten knnten. Fr den 2-dimensionalen Fall wurde die erste Schtzung schon
nach der Hlfte der Datenpunkte des 1-dimensionalen Falles erhoben. Dies liegt
darin begrndet, dass im 2-dimensionalen Fall die Anzahl der Bins wesentlich grer
ist, weshalb die ABF bei einer ersten Schtzung nach 500 erfassten Datenpunkten
pro Bin erst sehr spt zum Einsatz kommen wrde [21]. Da anders gerastert wird,
wenn man die entropische Kraft

1
ln [J[ nicht ausgleicht, starteten wir auch
dafr Simulationen. Es wird also nur die durchschnittliche Kraft durch das Potential
beseitigt, um einen Zustand zu xieren. Wir rasterten 5 ns mit einem Zeitschritt
von 1 fs resultierend in 5000000 erhaltenen Datenpunkten.
78
Kapitel 18
Freie Energie Hyperchen der
Calixarensysteme durch ALRIMD
und Vergleichsmethoden
Um das System grndlich zu untersuchen und geeignete Reaktionskoordinaten zu
nden, die Freie Energie Minima und den minimalen Freien Energie Pfad gut er-
kennen lassen, whlten wir 3 unterschiedliche Stze an kollektiven Koordinaten .
Fr jeden Satz entschieden wir uns fr Relativkoordinaten, also dynamische Koor-
dinaten, die nicht fest im Raum xiert sind. Fr die mit ALRIMD erstellten PMFs,
verwendeten wir sowohl (13.3) wie (13.5) (bei dem von einem mittleren Strpoten-
tial ausgegangen wird). Die exakte Gleichung (13.3) wird diskretisiert:
F
B
i
() = F
i
..
const.

1
ln( ())e
U
b,LJ,i
()
)
b
= const.
1
ln
_
_

n()
e
U
b,LJ,i
()
_
_
+ ln(N)
. .
const.
= const.
1
ln
_
_

n()
e
U
b,LJ,i
()
_
_
(18.1)
mit der Anzahl der Datenpunkte n(), die in Bin liegen und der Gesamtzahl
an Datenpunkten N. Die Gltigkeit der Nherung des gemittelten Strpotentials
in (13.5) ist wichtig, um zu berprfen, ob WHAM fr die Rekombination der
Daten der verschiedenen Simulationen verwendet werden kann (Kapitel 13). Sie
79
wird diskretisiert zu:
F
B
i

() = F
i
..
const.
+F

i
() U
b,LJ,i
())
b
= const.
1
ln n()

n()
U
b,LJ,i
()
n()
(18.2)
Um die Stabilitt der Gleichgewichtszustnde zu berprfen, wurde die zeitliche
Entwicklung der in der Perturbation steckenden Energie fr die verschiedenen Per-
turbationsstufen betrachtet. Anhand wiederkehrender Muster, kann man Gleichge-
wichtszustnde identizieren und hat damit ein empndliches Instrument, um durch
die Perturbation beeinusste nderungen am System zu analysieren. Wir werden
den Begri des Minimums verwenden, um die Bereiche niedriger Freier Energie zu
identizieren, also Intervalle entlang der Reaktionskoordinaten, statt mathematisch
korrekt nur einen Punkt anzugeben. Ein Minimum entspricht in unserer Notati-
on also einer Freien Energie Mulde. Der Begri globales Minimum weist auf den
Bereich minimaler Freier Energie hin, der aus der Simulation ersichtlich ist. Die
Freie Energie Dierenz wird relativ zum globalen Minimum angegeben. Wurde fr
ALRIMD demnach nicht das (aus der Simulation ersichtliche) globale Minimum
gerastert, entfllt auch die Angabe der Freien Energie.
18.1 Distanz der Massenschwerpunkte
Auch, um das Freie Energie Prol, welches durch Articial Ligand Receptor In-
teraction Molecular Dynamics (ALRIMD), Metadynamics (META) und Adaptive
Biasing Force (ABF) erstellt wurde, mit Umbrella Sampling (US) einer frheren Stu-
die [57] zu vergleichen, whlten wir den Abstand der Massenschwerpunkte (MSP)
ausgewhlter Atome des Hosts und des Liganden als Reaktionskoordinate. Die Re-
aktionskoordinate wird dabei wie folgt konstruiert: Fr den Massenschwerpunkt
des Liganden gilt
r
MSP,Lig
=

l
r
l
m
l

l
m
l
(18.3)
mit dem Laundex l, der die Atome des Liganden kennzeichnet, aus denen der
Massenschwerpunkt konstruiert wird. Welche Atome an ALRIMD fr die Calixa-
rensysteme beteiligt sind, ist in (Abb.17.1) und (Abb.17.2) dargestellt. Fr den
80
Massenschwerpunkt des Hosts gilt analog
r
MSP,Host
=

h
r
h
m
h

h
m
h
(18.4)
Unsere Reaktionskoordinate ist also:
= [r
MSP,Lig
r
MSP,Host
[ (18.5)
Wir erstellen das Freie Energie Prol
F() = F([r
MSP,Lig
r
MSP,Host
[) (18.6)
Abbildung 18.1: An der Berechnung der Massenschwerpunkte beteiligte Atome des
Calixarens (links) und der Liganden
A-NB
US von A-NB weist das globale Minimum um 4,3-4,5 auf (Abb.18.2). Ein lokales
Minimum ist um 5,3 zu erahnen. Ein aches lokales Minimum auf dem Plateau,
ist im Intervall 8,4-8,7 zu erkennen. Auch bei ABF ist das globale Minimum so-
wohl mit, wie auch ohne den Entropieterm, um 4,4 (Abb.18.3). Bei META ist das
globale Minimum bei grober Rasterung um 5,1 und Sattelpunkte, erkennen wir
um 5,9 und 7,6 (Abb.18.4). Mit META mit feiner Rasterung wird das globale
Minimum wieder um 4,4 erkannt (Abb.18.4). Das lokale Minimum um 5,7 , kann
mit dem lokalen Minimum um 5,3 bei US identiziert werden. Es scheint also, eine
81
0
1
2
3
4
5
6
0 2 4 6 8 10 12
F

Abbildung 18.2: Umbrella Sampling fr A-NB [57]. [] gegen die Freie Energie F
[kcal/mol] aufgetragen
0
5
10
15
20
25
0 2 4 6 8 10 12
F

(a) ohne Entropieterm


0
2
4
6
8
10
12
14
16
0 2 4 6 8 10 12
F

(b) mit Entropieterm


Abbildung 18.3: ABF fr A-NB. [] gegen die Freie Energie F [kcal/mol] aufge-
tragen
Freie Energie Mulde im Bereich von 5,3-6,0 zu geben, in dem das Rastern hngen-
bleiben kann. Das Minimum um 4,4 , wird mit ALRIMD nicht erfasst (Abb.18.5).
Schon eine leichte Perturbation reicht hier aus, damit die Simulation im Bereich
um 5,8 bleibt (Abb.18.5(a)). Das Minimum rckt mit steigender Perturbation
in Bereiche grerer Distanz (Abb.18.5(b)). Dies kommt durch das Krftegleich-
gewicht zwischen Perturbation und Freiem Energie Prol zustande. Das Minimum
verschiebt sich mit zunehmender Perturbation von 5,8 auf 6 . Anscheinend wurde
fr ALRIMD unausreichend gerastert, weshalb die Freien Energie Dierenzen zwi-
schen den einzelnen Distanzen zu hoch sind. Die Freie Energie Dierenz zwischen 6
und 8 liegt bei B =500
6
kcal/mol bei ca. 5 kcal/mol. Der Wert fr META
mit feiner Rasterung (18.4(b)) liegt mit ca. 4 kcal/mol niedriger. Das Absinken der
Freien Energie bei (Abb.18.5(c)), kann als Indiz aufgefasst werden, dass bei 8 ein
lokales Minimum folgt. Dies deckt sich mit der Beobachtung aus US. (Abb.18.5(d))
82
0
2
4
6
8
10
12
14
16
18
0 2 4 6 8 10 12
F

(a) Hgelweite 3
0
2
4
6
8
10
12
14
0 2 4 6 8 10 12
F

(b) Hgelweite 2
Abbildung 18.4: Metadynamics fr A-NB. [] gegen die Freie Energie F [kcal/mol]
aufgetragen
lsst das lokale Minimum bei 8 deutlicher Hervortreten. Die Mittelung des Str-
potentials bei ALRIMD (Abb.18.5(e-h)) ndert die Form der Kurven und verzerrt
die Freien Energie Abstnde hin zu greren Werten. Bei (Abb.18.5(h)) ist das
lokale Minimum bei 8 deutlich hher als das Minimum bei 6 . Dies ist ein plau-
sibleres Ergebnis als bei ALRIMD ohne mittleres Strpotential (Abb.18.5(d)). Da
ALRIMD nur fr Gleichgewichtszustnde funktionieren kann, betrachteten wir die
Entwicklung der B-Perturbation mit der Zeit (Abb.18.6).
0
0.5
1
1.5
2
2.5
3
0 5000 10000 15000 20000 25000 30000 35000 40000
P
e
r
t
u
r
b
a
t
i
o
n
s
e
n
e
r
g
i
e
Zeit
(a) B = 250
6
kcal/mol
0
1
2
3
4
5
6
7
0 5000 10000 15000 20000 25000 30000 35000 40000
P
e
r
t
u
r
b
a
t
i
o
n
s
e
n
e
r
g
i
e
Zeit
(b) B = 500
6
kcal/mol
Abbildung 18.6: Entwicklung der Perturbationsenergie fr A-NB ber die Zeit. Per-
turbationsenergie in [kcal/mol] und t in [500 fs]
Man kann erkennen, dass es sich bei den gerasterten Zustnden ab B = 500
6
kcal/mol in der betrachteten Zeitspanne um kein Gleichgewichtsensemble handelt,
d.h. der Ligand ist entweder dissoziiert oder hat sich in ein Minimum ausserhalb
des Cutos bewegt. Trotz dieser mathematischen Unzulssigkeit konnte mithilfe von
83
ALRIMD das Plateau ab 8 und das lokale Minimum um 6 identiziert werden.
ALRIMD ist also eine hilfreiches Werkzeug. Konzeptionell ist META mit feiner
Rasterung am besten geeignet die Freie Energie Dierenz zwischen gebunden und
ungebunden anzugeben, da dort sukzessive die Freien Energie Minima aufgefllt
werden. Tabelle 18.1 fasst die Ergebnisse zusammen:
A-NB US [57] ABF o.E./Entr. META 3 / 2 B/B)
glob.Min. [] 4,3-4,5 4,2-4,6/4,2-4,4 4,8-5,2/4,2-4,4 n.e.
lok.Min.,nah [] 5,3-5,5 n.e./5,9 5,8-6/5,8-6 5,8-6
F(lok.Min,nah) 1,6 n.e. 1,5/3,1 n.e
lok.Min.,fern [] 8,4-8,7 n.e. 7,5-7,7/7,3-7,7 8-8,1
F(lok.Min,fern) 5,1 n.e. 4,2 / 6,9 n.e.
F(Barriere) 5,3 24,3/16,4 n.e./9,9 n.e.
F(frei) 4,5 24,3/16,0 n.e./ 7,9 n.e.
Tabelle 18.1: A-NB fr Distanz der Massenschwerpunkte. n.e. fr nicht erkennba-
re/ablesbare Minima; F in [kcal/mol] und relativ zur Freien Energie des globalen
Minimums F(glob.Min.)=0; B/B) fr ALRIMD ohne/mit gemitteltem Strpo-
tential
84
-5
-4
-3
-2
-1
0
1
0 2 4 6 8 10 12
F

(a) F
B
,B = 50
6
kcal/mol
-6
-5
-4
-3
-2
-1
0
1
0 2 4 6 8 10 12
F

(b) F
B
,B = 250
6
kcal/mol
-5
-4.5
-4
-3.5
-3
-2.5
-2
-1.5
-1
-0.5
0
0 2 4 6 8 10 12
F

(c) F
B
,B = 500
6
kcal/mol
-3.5
-3
-2.5
-2
-1.5
-1
-0.5
0
0.5
0 2 4 6 8 10 12
F

(d) F
B
,B = 880
6
kcal/mol
-6
-5
-4
-3
-2
-1
0
0 2 4 6 8 10 12
F

(e) F
B
,B = 50
6
kcal/mol
-7
-6
-5
-4
-3
-2
-1
0
0 2 4 6 8 10 12
F

(f) F
B
,B = 250
6
kcal/mol
-7
-6
-5
-4
-3
-2
-1
0
0 2 4 6 8 10 12
F

(g) F
B
,B = 500
6
kcal/mol
-7
-6
-5
-4
-3
-2
-1
0
0 2 4 6 8 10 12
F

(h) F
B
,B = 880
6
kcal/mol
Abbildung 18.5: ALRIMD ohne(a-d)/mit(e-h) gemitteltem Strpotential fr A-NB.
[] gegen die Freie Energie F [kcal/mol] aufgetragen
85
A-FB
0
0.5
1
1.5
2
2.5
3
3.5
4
0 2 4 6 8 10 12
F

Abbildung 18.7: Umbrella Sampling fr A-FB [57]. [] gegen die Freie Energie
[kcal/mol] aufgetragen
Das Minimum bei US liegt zwischen 4,3 und 4,6 (Abb.18.7). Ein lokales Mi-
nimum ist bei US auf der Barriere um 8 zu erkennen. ABF mit Entropieterm hat
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0 2 4 6 8 10 12
F

(a) ohne Entropieterm


0
2
4
6
8
10
12
14
0 2 4 6 8 10 12
F

(b) mit Entropieterm


Abbildung 18.8: ABF fr A-FB. [] gegen die Freie Energie F [kcal/mol] aufge-
tragen
sein Minimum bei 4,5 (Abb.18.8(b)). Dies ist also konsistent. Fr META mit gro-
ber Rasterung (Abb.18.9(a)) ist das globale Minimum bei 4,3 zu erkennen, zudem
erkennt man ein lokales Minimum um 5,9 . Mit feiner Rasterung bleibt das globa-
le Minimum weiterhin bei 4,4 , das lokale verschiebt sich zu 6,5 (Abb.18.9(b)).
Zudem ist ein weiteres Minimum bei 7,3 erkennbar, wodurch sich bei sehr genau-
er Betrachtung auch bei grober Rasterung die Region um 7,7 als aches lokales
Minimum erwiesen hat. Aus US und META ist zu erkennen, dass es sich um eine
lange, ache Potentialbarriere handelt. Auf der Potentialbarriere sind viele unter-
schiedliche lokale Freie Energie Minima aufzunden, die aber aufgrund anscheinend
86
0
2
4
6
8
10
12
0 2 4 6 8 10 12
F

(a) Hgelweite 3
0
1
2
3
4
5
6
7
8
0 2 4 6 8 10 12
F

(b) Hgelweite 2
Abbildung 18.9: Metadynamics fr A-FB. [] gegen die Freie Energie F [kcal/mol]
aufgetragen
fehlender Konvergenz in den ABF-Simulationen. als eins erscheinen. Da META auf-
grund des starken Absinkens der Freien Energie, nun auch auch die Minima hinter
der Potentialbarriere aullen muss, ist es ratsam fr eine schnellere Konvergenz
den Freien Energie Dierenzen mit grober Rasterung zu vertrauen. Mit grober Ras-
terung wird die Freie Energie Mulde schneller aufgefllt, weshalb mehr Daten ber
den Aussenbereich gesammelt werden knnen. Bei ALRIMD (Abb.18.10) erkennt
man das globale Minimum um 4,3 und durch Hochschalten der Perturbation
wird ein Sattelpunkt bei (Abb.18.8(b)) zwischen 6,3-6,6 erkannt. Dieser kann mit
dem Wissen der bisherigen Simulationen als lokales Minimum interpretiert werden,
dessen Form durch fehlende Konvergenz noch nicht vollstndig erkannt wurde. Fr
(Abb.18.10(c)) erkennt man nun auch das lokale Minimum bei 8 . ALRIMD mit
mittlerem Strpotential, liefert auch hier wieder zu groe Freie Energie Dierenzen,
verndert aber prinzipiell nichts an der Form der Kurven.
87
A-FB US [57] ABF o.E./Entr. META 3 / 2 B/B)
glob.Min. [] 4,3-4,6 4,1-4,5/4,3-4,6 4,3-4,4/4,4 4,4
lok.Min.,nah [] n.e. 5,8-6,1/6,5 5,8-6 6,3-6,6
F(lok.Min,nah) n.e. n.e. 2,4/3,1 n.e.
lok.Min.,fern [] 7,9-8,2 n.e. 7,7-8,3/7,1-7,4 ab 7,9
F(lok.Min,fern) 3,8 n.e. 4,4 / 3,1 n.e.
F(Barriere) 3,8 15,0/14,0 4,8/3,8 n.e.
F(frei) 3,3 14,1/13,1 1,5/n.e. n.e.
Tabelle 18.2: A-FB fr Distanz der Massenschwerpunkte; F in [kcal/mol] und relativ
zur Freien Energie des globalen Minimums F(glob.Min.)=0; B/B) fr ALRIMD
ohne/mit gemitteltem Strpotential
88
-4.5
-4
-3.5
-3
-2.5
-2
-1.5
-1
-0.5
0
0 2 4 6 8 10 12
F

(a) F
B
,B = 50
6
kcal/mol
-6
-5
-4
-3
-2
-1
0
1
0 2 4 6 8 10 12
F

(b) F
B
,B = 250
6
kcal/mol
-6
-5
-4
-3
-2
-1
0
1
0 2 4 6 8 10 12
F

(c) F
B
,B = 500
6
kcal/mol
-3.5
-3
-2.5
-2
-1.5
-1
-0.5
0
0 2 4 6 8 10 12
F

(d) F
B
,B = 880
6
kcal/mol
-5
-4.5
-4
-3.5
-3
-2.5
-2
-1.5
-1
-0.5
0 2 4 6 8 10 12
F

(e) F
B
,B = 50
6
kcal/mol
-8
-7
-6
-5
-4
-3
-2
-1
0
0 2 4 6 8 10 12
F

(f) F
B
,B = 250
6
kcal/mol
-10
-9
-8
-7
-6
-5
-4
-3
-2
-1
0
0 2 4 6 8 10 12
F

(g) F
B
,B = 500
6
kcal/mol
-11
-10
-9
-8
-7
-6
-5
-4
-3
-2
-1
0 2 4 6 8 10 12
F

(h) F
B
,B = 880
6
kcal/mol
Abbildung 18.10: ALRIMD ohne(a-d)/mit(e-h) gemitteltem Strpotential fr K-
NB. [] gegen die Freie Energie F [kcal/mol] aufgetragen
89
K-NB
0
0.5
1
1.5
2
2.5
3
3.5
4
4.5
3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13
F

Abbildung 18.11: Umbrella Sampling fr K-NB [57]. [] gegen die Freie Energie
[kcal/mol] aufgetragen
Bei US ist das globale Minimum im Bereich um 4,4 (Abb.18.11). Ein kurzes
Plateau ist ab 5,7 zu erkennen. Auf der Potentialbarriere ndet man von 8,6-8,9
ein lokales Minimum. Bei ABF ohne Entropieterm (Abb18.12(a)), wird ein Pla-
0
2
4
6
8
10
12
14
0 2 4 6 8 10 12
F

(a) ohne Entropieterm


0
2
4
6
8
10
12
0 2 4 6 8 10 12
F

(b) mit Entropieterm


Abbildung 18.12: ABF fr K-NB. [] gegen die Freie Energie F [kcal/mol] aufge-
tragen
teau im Bereich von 4,3-4,9 erkannt. Das globale Minimum ist breit und liegt bei
5,5-6,1 . Nimmt man den Entropieterm hinzu, erkennt man nun nur noch das glo-
bale Minimum um 5,4 (Abb.18.12(a)). META mit grober Rasterung (Abb.18.12)
liefert das globale Minimum bei 5,4 und ein lokales ab 5,9 (Abb.18.13(a)). Bei
META mit feiner Rasterung ist es genau andersherum(Abb.18.12(b)). Das lokale
liegt dort bei 5,9 und das lokale bei 5,3 . Wir haben es bei K-NB mit einem
Freien Energie Topf zu tun, statt einer Barriere, die Freie Energie sinkt nur gering
90
0
2
4
6
8
10
12
0 2 4 6 8 10 12
F

(a) Hgelweite 3
0
2
4
6
8
10
12
0 2 4 6 8 10 12
F

(b) Hgelweite 2
Abbildung 18.13: Metadynamics fr K-NB. [] gegen die Freie Energie F
[kcal/mol] aufgetragen
nach der Dissoziation. Wir knnen demnach META mit feiner Rasterung verwen-
den, um die Freie Energie Dierenz zu bestimmen. Das lokale Minimum auf der
Potentialbarriere bei 8,6-8,9 ist bei META, US und ABF zu erkennen. Durch
ALRIMD (Abb.18.14(b)) erkennen wir beide Minima, sowohl das lokale Minimum
bei 4,4 wie auch das globale bei 5,3 bis 5,7 . Zudem ist das Maximum bei
7,9 erkennbar. Das lokale Minimum bei 4,3-4,6 ist nur manchmal zu erken-
nen, scheint also instabil zu sein. ALRIMD hat das Minimum um 4,4 erkannt.
ABF o.E. und US liessen jeweils nur 1 Minimum deutlich erkennen, whrend das
andere nur erahnbar war. ALRIMD half hier also bei der Identizierung. ALRIMD
mit mittlerem Strpotential vertauscht gegenber ALRIMD ohne Strpotential, die
Hhe der Minima (Abb.18.14).
91
K-NB US [57] ABF o.E./Entr. META 3 / 2 B/B)
glob.Min. [] 4,3-4,6 5,5-6,1/5,3-5,5 5,4/5,9 5,3-5,7/4,3-4,5
lok.Min.,nah [] 5,7-5,8 4,3-4,5/n.e. 6,0-6,2/5,3-5,7 4,3-4,7/5,4-5,7
F(lok.Min,nah) 1,5 4,6/n.e. 2,0/0,9 0,5/1,0
lok.Min.,fern [] 8,6-9,0 n.e./8,5-9,0 8,2-9,0/8,5-9,0 ab 8,2
F(lok.Min,fern) 3,8 6,9/11,3 5,5 / 1,2 n.e.
F(Barriere) 4,1 n.e./12,0 5,9/2,5 n.e.
F(frei) 3,8 n.e./10,2 5,2/2,5 n.e.
Tabelle 18.3: K-NB fr Distanz der Massenschwerpunkte; F in [kcal/mol] und relativ
zur Freien Energie des globalen Minimums F(glob.Min.)=0; B/B) fr ALRIMD
ohne/mit gemitteltem Strpotential
92
-6
-5
-4
-3
-2
-1
0
1
0 2 4 6 8 10 12
F

(a) F
B
,B = 50
6
kcal/mol
-6
-5
-4
-3
-2
-1
0
1
0 2 4 6 8 10 12
F

(b) F
B
,B = 250
6
kcal/mol
-6
-5
-4
-3
-2
-1
0
0 2 4 6 8 10 12
F

(c) F
B
,B = 500
6
kcal/mol
-6
-5
-4
-3
-2
-1
0
0 2 4 6 8 10 12
F

(d) F
B
,B = 50
6
kcal/mol
-8
-7
-6
-5
-4
-3
-2
-1
0
0 2 4 6 8 10 12
F

(e) F
B
,B = 250
6
kcal/mol
-8
-7
-6
-5
-4
-3
-2
-1
0
0 2 4 6 8 10 12
F

(f) F
B
,B = 500
6
kcal/mol
Abbildung 18.14: ALRIMD ohne(a-c)/mit(d-f) gemitteltem Strpotential fr K-NB.
[] gegen die Freie Energie F [kcal/mol] aufgetragen
93
18.2 2 Hostatom-Ligandatom-Distanzen
Um einen minimalen Freie Energie Pfad zu nden, empehlt es sich, eine 2 dimen-
sionale Freie Energie Flche F() zu konstruieren, statt eines Freien Energieprols
F(). Um den Einuss der Torsion des Liganden gegenber dem Host mit zu berck-
sichtigen, whlten wir den Abstand zweier Atome des Liganden von zwei Atomen
des Hosts . Der Ligand hat nun zwei mgliche Freiheitsgrade, entlang derer er sich
vom Host distanzieren kann. Fr die 1. kollektive Koordinate gilt:

1
= [r
l1
r
h1
[ (18.7)
und fr die 2. analog

1
= [r
l2
r
h2
[ (18.8)
Wir erstellen also die Freie Energie Flche F() mit = (
1
,
2
).
Abbildung 18.15: Als Reaktionskoordinate gewhlte Distanzen zwischen den blauen
Atomen (fr
1
) und den roten Atomen (fr
2
)
A-NB
Bei ABF (Abb.18.16) erkennen wir, sowohl mit, als auch ohne Entropieterm, das
globale Minimum um (4/6). Ohne Entropie erkennt man noch ein lokales Minimum
um (8/5) und mit Entropieterm, wird dieses Minimum breiter und wir erkennen 2
lokale Minima statt einem und zwar um (7/5) und (7/6,5). Bei META mit grober
Rasterung erkennen wir das globale Minimum um (4/6,5) und ein nahes lokales
Minimum auf fast gleicher Hhe um (4,5/5) (Abb.18.17(a)). Bei META mit feiner
Rasterung erkennt man wieder das globale Minimum um (4/6,5) und das lokale, wie-
94
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
2
4
6
8
10
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14
16
0
1
2
3
4
5
6
7
F

2
F
0
1
2
3
4
5
6
7
8
(a) ohne Entropieterm
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
2
4
6
8
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12
14
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0
2
4
6
8
10
F

2
F
0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
(b) mit Entropieterm
Abbildung 18.16: ABF fr A-NB.
1
und
2
[] gegen die Freie Energie F[kcal/mol]
aufgetragen
der kaum getrennt, bei (4,5/5)(Abb.18.17(b)). Bei META mit grober Rasterung, ist
ein lokales fernes Minimum bei (7/6,5) und bei feiner Rasterung bei (8/5) (Abb.
18.17). ALRIMD startet schon bei einer kleinen Perturbation vom fernen lokalen
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
2
4
6
8
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1
2
3
4
5
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7
F

2
F
0
1
2
3
4
5
6
7
8
(a) Hgelweite 3
0
2
4
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14
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2
4
6
8
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0
0.5
1
1.5
2
2.5
3
3.5
4
4.5
F

2
F
0
0.5
1
1.5
2
2.5
3
3.5
4
4.5
5
(b) Hgelweite 2
Abbildung 18.17: Metadynamics fr A-NB.
1
und
2
[] gegen die Freie Energie F
[kcal/mol] aufgetragen
Minimum um (7/6,5) aus (Abb.18.18(a)). Bei B = 880
6
kcal/mol wird ein Mini-
mum auf dem Plateau, also bei (11,8) gerastert (Abb.18.18(d)). ALRIMD ist hierbei
zusammen mit ABF die einzige Methode, die das Minimum auf dem Plateau erfasst
hat. Dies deutet darauf hin, dass ALRIMD wirklich entlang des Dissoziationspfades
rastert.
95
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
2
4
6
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-3.5
-3
-2.5
-2
-1.5
-1
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0
0.5
1
1.5
F

2
F
-4
-3.5
-3
-2.5
-2
-1.5
-1
-0.5
0
0.5
1
1.5
(a) F
B
,B = 50
6
kcal/mol
0
2
4
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0
2
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-4.5
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-3.5
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-2.5
-2
-1.5
-1
-0.5
0
0.5
F

2
F
-5
-4.5
-4
-3.5
-3
-2.5
-2
-1.5
-1
-0.5
0
0.5
(b) F
B
,B = 250
6
kcal/mol
0
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F

2
F
-4
-3.5
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-0.5
0
(c) F
B
,B = 500
6
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0
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F

2
F
-3
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-0.5
0
0.5
(d) F
B
,B = 880
6
kcal/mol
0
2
4
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0
2
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-4.5
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-1
-0.5
0
F

2
F
-4.5
-4
-3.5
-3
-2.5
-2
-1.5
-1
-0.5
0
(e) F
B
,B = 50
6
kcal/mol
0
2
4
6
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10
12
14
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0
2
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0
F

2
F
-6
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0
(f) F
B
,B = 250
6
kcal/mol
0
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2
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F

2
F
-5.5
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-4
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-2.5
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-1
-0.5
(g) F
B
,B = 500
6
kcal/mol
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12
14
16
-6
-5
-4
-3
-2
-1
0
F

2
F
-6
-5
-4
-3
-2
-1
0
(h) F
B
,B = 880
6
kcal/mol
Abbildung 18.18: ALRIMD ohne(a-d)/mit(e-h) gemitteltem Strpotential fr A-
NB. [] gegen die Freie Energie F [kcal/mol] aufgetragen
96
A-NB ABF o.E./Entr. META 3 / 2 B/B)
glob.Min. [] (4/6) (4/6,5) n.e.
lok.Min,nah [] n.e. (4,5/5) n.e.
lok.Min.,fern [] (8/5)/(7/5)+(7/6,5) (7/6,5)/(8/5) (7/6,5)
F(lok.Min,fern) 2,3/1,7 1,9/1,4 n.e.
F(frei) 7,3/9,6 6,9/4,5 n.e.
Tabelle 18.4: A-NB fr 2 Hostatom-Ligandatom-Distanzen; F in [kcal/mol] und
relativ zur Freien Energie des globalen Minimums F(glob.Min.) = 0; B/B) fr
ALRIMD ohne/mit gemitteltem Strpotential
A-FB
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
2
4
6
8
10
F

2
F
0
2
4
6
8
10
(a) ohne Entropieterm
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
2
4
6
8
10
12
F

2
F
0
2
4
6
8
10
12
(b) mit Entropieterm
Abbildung 18.19: ABF fr A-FB.
1
und
2
[] gegen die Freie Energie F [kcal/mol]
aufgetragen
Man erkennt bei ABF das globale Minimum um (6,7/4,3) und ein lokales bei
(4/6,5) (Abb.18.19). Auch ein langer Abschnitt mit einer sehr achen Barriere ist er-
kennbar. Der Dissoziationspfad luft entlang von (12/8). Bei META mit grober Ras-
terung verschmieren die beiden Minima beinahe zu einem und mit feiner Rasterung
wird erkannt, dass die Minima um (4/6,5) wesentlich breiter ist als die bei (6,7/4,3)
(Abb.18.20). Bei ALRIMD werden die beiden Minima wieder deutlich getrennt dar-
gestellt (Abb.18.21(a)). Das globale Minimum wird hier um (6,7/4,3) erkannt und
das lokale um (4/6,5). Bei der Perturbation von 880
6
kcal/mol ((Abb.18.21(d))
wird zudem das lange Plateau erkannt. Es handelt sich bei den beiden Minima also
97
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
2
4
6
8
10
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14
16
0
1
2
3
4
5
F

2
F
0
1
2
3
4
5
6
(a) Hgelweite 3
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
0.5
1
1.5
2
2.5
3
3.5
4
F

2
F
0
0.5
1
1.5
2
2.5
3
3.5
4
4.5
(b) Hgelweite 2
Abbildung 18.20: Metadynamics fr A-FB.
1
und
2
[] gegen die Freie Energie F
[kcal/mol] aufgetragen
um 1 ausgedehntes Minimum, welches nur durch eine sehr kleine Barriere in ein aus-
gedehntes und ein kleines Minimum unterteilt ist. Die unterschiedliche Ausdehnung
der Minima weist darauf hin, dass das Fluorobenzen bevorzugt nahe zum Rezeptor
steht.
A-FB ABF o.E./Entr. META 3 / 2 B/B)
glob.Min. [] (6,7/4,3) (6,7/4,3) (6,7/4,3)
lok.Min. [] (4/6,5) (4/6,5) (4/6,5)
F(lok.Min) 1,1/0,2 0,8/0,9 0,1/0,5.
F(frei) 9,5/8,2 6,9/4,1 n.e.
Tabelle 18.5: A-FB fr 2 Hostatom-Ligandatom-Distanzen; F in [kcal/mol] und
relativ zur Freien Energie des globalen Minimums F(glob.Min.) = 0; B/B) fr
ALRIMD ohne/mit gemitteltem Strpotential
98
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
2
4
6
8
10
12
14
16
-2.5
-2
-1.5
-1
-0.5
0
0.5
1
F

2
F
-2.5
-2
-1.5
-1
-0.5
0
0.5
1
(a) F
B
,B = 50
6
kcal/mol
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
2
4
6
8
10
12
14
16
-3
-2.5
-2
-1.5
-1
-0.5
0
0.5
F

2
F
-3
-2.5
-2
-1.5
-1
-0.5
0
0.5
(b) F
B
,B = 250
6
kcal/mol
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
2
4
6
8
10
12
14
16
-4
-3.5
-3
-2.5
-2
-1.5
-1
-0.5
0
0.5
F

2
F
-4
-3.5
-3
-2.5
-2
-1.5
-1
-0.5
0
0.5
(c) F
B
,B = 500
6
kcal/mol
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
2
4
6
8
10
12
14
16
-3
-2.5
-2
-1.5
-1
-0.5
0
0.5
1
1.5
2
F

2
F
-3
-2.5
-2
-1.5
-1
-0.5
0
0.5
1
1.5
2
(d) F
B
,B = 880
6
kcal/mol
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
2
4
6
8
10
12
14
16
-2
-1.5
-1
-0.5
0
0.5
1
1.5
F

2
F
-2
-1.5
-1
-0.5
0
0.5
1
1.5
(e) F
B
,B = 50
6
kcal/mol
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
2
4
6
8
10
12
14
16
-0.5
0
0.5
1
1.5
2
2.5
3
3.5
4
4.5
5
F

2
F
-0.5
0
0.5
1
1.5
2
2.5
3
3.5
4
4.5
5
(f) F
B
,B = 250
6
kcal/mol
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
2
4
6
8
10
12
14
16
-9
-8
-7
-6
-5
-4
-3
-2
-1
0
F

2
F
-9
-8
-7
-6
-5
-4
-3
-2
-1
0
(g) F
B
,B = 500
6
kcal/mol
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
2
4
6
8
10
12
14
16
-12
-10
-8
-6
-4
-2
0
F

2
F
-12
-10
-8
-6
-4
-2
0
(h) F
B
,B = 880
6
kcal/mol
Abbildung 18.21: ALRIMD ohne(a-d)/mit(e-h) gemitteltem Strpotential fr A-FB.
[] gegen die Freie Energie F [kcal/mol] aufgetragen
99
K-NB
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
F

2
F
0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
(a) ohne Entropieterm
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
F

2
F
0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
(b) mit Entropieterm
Abbildung 18.22: ABF fr K-NB.
1
und
2
[] gegen die Freie Energie F [kcal/mol]
aufgetragen
Bei ABF erkennt man, mit und ohne Entropieterm, das globale Minimum um
(7,5/5) und das lokale ohne Entropieterm um (5/9) und mit Entropieterm um
(4/6)(Abb.18.22). Bei META wird das Minimum um (4/6) feiner aufgelst und
man erkennt, dass es nur durch eine sehr kleine Barriere vom globalen Minimum um
(7,5/5) getrennt ist (Abb.??). Es ist also ein instabiles Minimum. Dieser Eindruck
verfestigt sich auch durch die Betrachtung mit ALRIMD. Bei ALRIMD mit einer
Perturbation von 250
6
kcal/mol sind die beiden Minima deutlich voneinander ge-
trennt (Abb.18.24(b)). Durch Erhhung der kinetischen Energie mit steigender Per-
turbationsstrke wird das Minimum um (4,6) nicht mehr erkannt (Abb.18.24(c)).
Durch META mit grober Rasterung ist zudem ein lokales Minimum um (10,5/9,5)
zu erkennen. Auch fr dieses System liefert ALRIMD ein mit den anderen Syste-
men konsistente Freie Energie Flche. Aullig ist, dass ALRIMD mit B = 250

6
die Form von ABF mit Entropieterm annimmt, whrend ALRIMD mit B =
500
6
kcal/mol, strker der Flche von META hnelt. ALRIMD mit gemitteltem
Strpotential weicht wieder strker von den Flchen der anderen Simulationen ab.
100
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
1
2
3
4
5
6
F

2
F
0
1
2
3
4
5
6
7
(a) Hgelweite 3
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
1
2
3
4
5
F

2
F
0
1
2
3
4
5
6
(b) Hgelweite 2
Abbildung 18.23: Metadynamics fr K-NB.
1
und
2
[] gegen die Freie Energie F
[kcal/mol] aufgetragen
K-NB ABF o.E./Entr. META 3 / 2 B/B)
glob.Min. [] (7,5/5) (7,5/5) (7,5/5)
lok.Min.,nah [] (5/9)/(4/6) (4/6) (4/6)
F(lok.Min,nah) 4,3/1,7 3,6/3,9 1,4
lok.Min.,fern [] n.e. (10,5/9,5)/n.e. n.e.
F(lok.Min,fern) n.e. 6,4/n.e. n.e.
F(frei) 9,7/7,4 6,8/5,9 n.e.
Tabelle 18.6: K-NB fr 2 Hostatom-Ligandatom-Distanzen; F in [kcal/mol] und
relativ zur Freien Energie des globalen Minimums F(glob.Min.) = 0; B/B) fr
ALRIMD ohne/mit gemitteltem Strpotential
101
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
2
4
6
8
10
12
14
16
-5
-4
-3
-2
-1
0
1
F

2
F
-5
-4
-3
-2
-1
0
1
(a) B = 50
6
kcal/mol
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
2
4
6
8
10
12
14
16
-5
-4.5
-4
-3.5
-3
-2.5
-2
-1.5
-1
-0.5
0
0.5
F

2
F
-5
-4.5
-4
-3.5
-3
-2.5
-2
-1.5
-1
-0.5
0
0.5
(b) B = 250
6
kcal/mol
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
2
4
6
8
10
12
14
16
-6
-5
-4
-3
-2
-1
0
1
F

2
F
-6
-5
-4
-3
-2
-1
0
1
(c) B = 500
6
kcal/mol
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
2
4
6
8
10
12
14
16
-5
-4.5
-4
-3.5
-3
-2.5
-2
-1.5
-1
-0.5
0
F

2
F
-5
-4.5
-4
-3.5
-3
-2.5
-2
-1.5
-1
-0.5
0
(d) F
B
,B = 50
6
kcal/mol
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
2
4
6
8
10
12
14
16
-12
-10
-8
-6
-4
-2
0
F

2
F
-12
-10
-8
-6
-4
-2
0
(e) F
B
,B = 250
6
kcal/mol
0
2
4
6
8
10
12
14
16
0
2
4
6
8
10
12
14
16
-8
-7
-6
-5
-4
-3
-2
-1
0
F

2
F
-8
-7
-6
-5
-4
-3
-2
-1
0
(f) F
B
,B = 500
6
kcal/mol
Abbildung 18.24: ALRIMD ohne(a-c)/mit(d-f) gemitteltem Strpotential fr K-NB.
[] gegen die Freie Energie [kcal/mol] aufgetragen
102
18.3 Dynamische Zylinderkoordinaten
Da anzunehmen ist, dass der Ligand bei der Dissoziation vom Host keine Vorzugs-
richtung parallel zur Host-Ebene hat, konstruieren wir ein zylindersymmetrisches
dynamisches Koordinatensystem. Wir verbinden dafr 2 Massenschwerpunkte des
Hosts , die in unterschiedlichen Ebenen liegen und sich in einer RMSD-Analyse
(5.17) als schwach uktuierend erwiesen haben. Wir normieren diese Achse, und
erhalten damit unsere Projektionsachse e
p
=
r
MSPH,oben
r
MSPH,unten
|r
MSPH,oben
r
MSPH,unten
|
. Der Nullpunkt
des Koordinatensystems ist der Punkt auf der Achse, der genau zwischen den beiden
MSP des Hosts liegt, also
r
0
=
r
MSPH,oben
r
MSPH,unten
2
(18.9)
Der Abstandsvektor des Massenschwerpunkts des Liganden vom Nullpunkt ergibt
sich dann zu
r = r
MSP,Lig
r
0
(18.10)
Die 1. kollektive Koordinate,
1
, ist die Projektion des Abstandsvektors auf die
Projektions-Achse e
p
:

1
= r e
p
(18.11)
Diese Koordinate beschreibt anschaulich den geradlinigen Weg des Liganden aus
dem Host . Die 2. kollektive Koordinaten entspricht dem Reaktionsweg parallel zur
Ebene des Hosts , also dem Abstand von der Projektionsachse (der Hostachse):

2
= [r e
p
[ (18.12)
Abbildung 18.2 Es wird also die Freie Energie Flche F() = F(r e
p
, [r e
p
[)
konstruiert.
103
Abbildung 18.25: Der Massenschwerpunkt der grnen Atome liegt ber (aus der
Ebene heraus) dem Massenschwerpunkt der roten Atome. Die normierte Verbin-
dungslinie zwischen diesen Schwerpunkten bildet unsere Projektionsachse (bzw.
Hostachse) e
p
.
1
ist die Projektion des Abstands des MSP des Liganden vom
Nullpunkt des dynamischen Koordinatensystems. Der radiale Abstand des Mas-
senschwerpunkts des Liganden von dieser Achse gibt den Wert von
2
an.
A-NB
0
2
4
6
8
10
12
0
2
4
6
8
10
0
2
4
6
8
10
12
14
F

2
F
0
2
4
6
8
10
12
14
(a) ohne Entropieterm
0
2
4
6
8
10
12
0
2
4
6
8
10
0
2
4
6
8
10
12
F

2
F
0
2
4
6
8
10
12
14
(b) mit Entropieterm
Abbildung 18.26: ABF fr A-NB.
1
und
2
[] gegen die Freie Energie [kcal/mol]
aufgetragen
Mit ABF erkennen wir in beiden Fllen ein breites globales Minimum von (4,2-
5/0,5-1,5) (Abb.18.26). Der bergangspfad geht entlang von (7,2/5,5). Durch ME-
TA wird das breite Minimum in ein globales und ein lokales Minimum unterteilt
(Abb.18.27). META mit feiner Rasterung ist besser geeignet um Feinheiten in Mul-
den zu erkennen und daher nehmen wir an, dass das globale Minimum bei (5/1,5)
liegt und das lokale bei (4,2/0,5) (Abb.18.27(b)). Das lokale Minimum ist sehr klein
104
und lsst daher keine Fluktuation zu. Im usseren globalen Minimum uktuiert der
Ligand um die Achse des Hosts.
0
2
4
6
8
10
12
0
2
4
6
8
10
0
1
2
3
4
5
6
7
8
F

2
F
0
1
2
3
4
5
6
7
8
(a) Hgelweite 3
0
2
4
6
8
10
12
0
2
4
6
8
10
0
1
2
3
4
5
6
F

2
F
0
1
2
3
4
5
6
7
(b) Hgelweite 2
Abbildung 18.27: Metadynamics fr A-NB.
1
und
2
[] gegen die Freie Energie
[kcal/mol] aufgetragen
A-NB ABF o.E./Entr. META 3 / 2
glob.Min. [] (4,2-5/0,5-1,5) (4,2/0,5)/(5/1,5)
lok.Min.,nah [] n.e. (5/1,5)/(4,2/0,5)
F(lok.Min,nah) n.e. 0,1/1,2
F(frei) 10,3/8,7 7,9/6,5
Tabelle 18.7: A-NB fr dynamische Zylinderkoordinaten; F in [kcal/mol] und relativ
zur Freien Energie des globalen Minimums F(glob.Min.)=0
A-FB
Fr A-FB erkennen wir durch ABF ein ausgedehntes Minimum um (4,2/0,4) (Abb.18.28).
Die Barriere ist steiler als bei A-NB. Dieser Eindruck verfestigt sich,durch Be-
trachtung mit META (Abb.18.29). Bei feiner Rasterung wird die Form der Freien
Energie Mulde genauer gerastert (erkennbar an der feineren Spitze), aber weniger
Schritte werden dadurch im Aussenbereich gettigt (Abb.18.29(b)). Der bergangs-
pfad um (6,2/5,4) ist demnach nur mit META mit grober Rasterung zu erkennen
(Abb.18.29(b)). Fr A-FB erkennen wir nur ein Minimum.
105
0
2
4
6
8
10
12
0
2
4
6
8
10
0
2
4
6
8
10
12
F

2
F
0
2
4
6
8
10
12
(a) ohne Entropieterm
0
2
4
6
8
10
12
0
2
4
6
8
10
0
2
4
6
8
10
12
F

2
F
0
2
4
6
8
10
12
(b) mit Entropieterm
Abbildung 18.28: ABF fr A-FB.
1
und
2
[] gegen die Freie Energie [kcal/mol]
aufgetragen
0
2
4
6
8
10
12
0
2
4
6
8
10
0
1
2
3
4
5
6
7
F

2
F
0
1
2
3
4
5
6
7
8
(a) Hgelweite 3
0
2
4
6
8
10
12
0
2
4
6
8
10
0
0.5
1
1.5
2
2.5
3
3.5
4
4.5
F

2
F
0
0.5
1
1.5
2
2.5
3
3.5
4
4.5
5
(b) Hgelweite 2
Abbildung 18.29: Metadynamics fr A-FB.
1
und
2
[] gegen die Freie Energie
[kcal/mol] aufgetragen
A-FB ABF o.E./Entr. META 3 / 2
glob.Min. [] (4,2/0,5) (4,2/0,5)
F(frei) 11,1/4,9 7,9/4,5
Tabelle 18.8: A-FB fr dynamische Zylinderkoordinaten;F in [kcal/mol] und relativ
zur Freien Energie des globalen Minimums F(glob.Min.)=0
106
K-NB
0
2
4
6
8
10
12
0
2
4
6
8
10
0
2
4
6
8
10
12
F

2
F
0
2
4
6
8
10
12
(a) ohne Entropieterm
0
2
4
6
8
10
12
0
2
4
6
8
10
0
2
4
6
8
10
12
F

2
F
0
2
4
6
8
10
12
(b) mit Entropieterm
Abbildung 18.30: ABF fr K-NB.
1
und
2
[] gegen die Freie Energie [kcal/mol]
aufgetragen
Mit ABF ohne den Entropieterm erkennen wir ein lokales Minimum um (4,2/0,4),
welches deutlich hher liegt als das globale Minimum um (5,2/1) (Abb.18.30(a)).
Dieses wird mit ABF mit Entropieterm nicht mehr erkannt. Mit META mit feiner
Rasterung ist das Minimum bei (4,2/5) nun wieder deutlich zu erkennen (Abb.18.31(b)).
Es liegt bei META mit feiner Rasterung aber fast auf einer Hhe mit dem globalen
Minimum. Wir haben hier also wie bei der Betrachtung mit anderen Reaktionsko-
ordinaten fr K-NB wieder ein nahes lokales Freies Energie Minimum, welches nur
durch eine kleine Barriere vom globalen getrennt ist.
0
2
4
6
8
10
12
0
2
4
6
8
10
0
1
2
3
4
5
6
F

2
F
0
1
2
3
4
5
6
7
(a) Hgelweite 2
Abbildung 18.31: Metadynamics fr K-NB.
1
und
2
[] gegen die Freie Energie
[kcal/mol] aufgetragen
107
K-NB ABF o.E./Entr. META 3 / 2
glob.Min. [] (5,2/1) (5,2/1)
lok.Min.,nah [] (4,2/0,2)/n.e. (4,2/0,4)
F(lok.Min,nah) 5,2/n.e. 0,1
F(frei) 10,4/10,1 6,9
Tabelle 18.9: K-NB fr dynamische Zylinderkoordinaten; F in [kcal/mol]
18.4 Vergleich der Calixarensysteme
Wir besprechen qualitativ die Systeme. Die Freien Energie Bindungsenergien der
Calixarensysteme entnehmen wir dabei den META-Simulationen fr die Distanz
der Massenschwerpunkte:
System Experiment ausgewhlte Simulation
A-NB 3,3 lok.Minimum und META 3: 4,4
A-FB 1,9 glob. Minimum und META 2: 1,5
K-NB 2,6 glob. Minimum und META 2: 2,5
Tabelle 18.10: Freie Bindungsenergien: Vergleich ausgewhlter Simulationsdaten mit
dem Experiment [48].
Es ist aullig, dass die experimentellen Freien Bindungsenergien mit META-
Simulationen relativ gut reproduziert werden konnten. Im A-NB-System (Abb.18.32)
sind das globale und das nahe lokale Minimum in mehrdimensionaler Darstellung
auf fast gleicher Hhe. Das globale Minimum entspricht einer greren Distanz des
Liganden vom Host, whrend das lokale einer kleineren Distanz entspricht. Durch
die Darstellung in der Distanz der MSP ist die Freie Energie der beiden Minima
sehr verschieden. Dies liegt wahrscheinlich an der Mittelung ber relevante Frei-
heitsgrade.
108
(a) Globales Minimum (b) Lokales Minimum (nah)
(c) Lokales Minimum (fern)
Abbildung 18.32: Minima des A-NB-Systems
Das A-FB-System (Abb.18.33) zeichnet sich durch eine lange, ache Barriere
aus. Das lokale Minimum ist hier auch in der 2-dimensionalen Darstellung kaum vom
globalen zu trennen. Das globale unterscheidet sich hier vom lokalen Minimum nur,
durch den Einuss der Positionierung des Fluorobenzens auf die Zustandssumme.
Dieses hlt sich bevorzugt in der Nhe des Hosts auf. Anders als bei den beiden
anderen betrachteten Systemen, sinkt Freie Energie hier nach der Barriere stark ab.
109
Vergleicht man die Freie Energiedierenz von META mit feiner Rasterung mit der
experimentell bestimmten Bindungsenergie [48], ist das ein Hinweis darauf, dass im
Experiment die Bindungsenergie vom lokalen Minimum im Bereich von 5,3-6,0
gemessen wurde. Dies ist der Bereich, in dem ALRIMD sein Minimum hat.
(a) Globales Minimum (b) Lokales Minimum
Abbildung 18.33: Minima des A-FB-Systems
Das K-NB-System (Abb.18.32) hat als kennzeichnendes Merkmal ein instabiles,
lokales Minimum bei niedrigen Distanzen zwischen Ligand und Host. Dieses lokale
Minimum ist durch so gut wie keine Barriere vom globalen Minimum getrennt. Die
Freie Energie Flche sinkt nach der Barriere kaum ab, es handelt sich also um einen
Freien Energie Topf (in Anlehung an den Potentialtopf). Die Massenschwerpunkte
sind hier im globalen Minimum weiter voneinander entfernt als bei den anderen
beiden Systemen. Der Ligand uktuiert in diesem System im globalen Minimum
wesentlich strker um die Host -Achse, als bei den anderen beiden Systemen.
110
(a) Globales Minimum (b) Inst. Lokales Minimum
Abbildung 18.34: Minima des K-NB-Systems
18.5 Vergleich der Methoden
Zusammenfassend kann man sagen, dass die Feinheiten eines Systems nur zu erken-
nen sind, wenn man verschiedene Methoden mit unterschiedlichen Rastereigenschaf-
ten und unterschiedlichen Reaktionskoordinaten verwendet. Fr die Berechnung von
Freien Bindungsenergien, ist die Distanz der Massenschwerpunkte am besten geeig-
net, da dort die Bins fr frei und gebunden am ehesten durch die Reaktions-
koordinate charakterisiert werden und bis zur Konvergenz gefllt werden. Lokale
Minima werden allerdings besser durch eine grere Anzahl an Reaktionskoordina-
ten beschrieben, da sie sich dort nicht durch Mittelung mit Barrieren auslschen.
META liefert den realistischsten Wert fr die Freie Bindungsenergie. Dies liegt darin
begrndet, dass dort die Freien Energie Minima so lange aufgefllt werden, bis der
Ligand austritt. Die Freien Energie Dierenzen von ABF sind jedoch wesentlich zu
hoch. Der bergangspfad wird jedoch am besten von ABF mit Entropieterm dar-
gestellt, da der gesamte Phasenraum gleichmig durch Diusion gerastert wird.
ALRIMD liefert uns hier eine alternative Rasterung des Phasenraums. Aufgrund
der Feststellung, dass gewisse Eigenschaften nur von bestimmten Methoden erfasst
werden, ist es zu empfehlen ALRIMD als Ergnzung zu verwenden. Die Freien Ener-
gie Flchen wurden von ALRIMD gut reproduziert. Die Freien Energie Dierenzen
sind zu hoch, dies kann aber daran liegen, dass die einzelnen Fenster um den Faktor
10 krzer gerastert wurden, als bei den Vergleichsmethoden. ALRIMD mit gemittel-
tem Strpotential erweist sich jedoch als zu grobe Nherung. WHAM kann demnach
nicht zur Rekombination der Simulationen verwendet werden.
111
Kapitel 19
ALRIMD: Minimale Freie Energie
Pfade der Calixarensysteme
Um die Freie Energiebarriere und den minimalen Freien Energie Pfad abzuscht-
zen, wird, gem der Erluterungen in Kapitel 12, stufenweise die B-Perturbation
erhht und danach in der Analyse die Zuordnung (12.3) gemacht:
B F(B) F()
b
)
Wir ordnen also der Freien Energie Dierenz den mittleren Wert der kollektiven Ko-
ordinate )
b
, im verzerrten , also dem in der Simulation betrachteten, System zu
und erstellen somit ein diskretes PMF aus Mittelwerten der Reaktionskoordinate
. Anders ausgedrckt, verbinden wir Gleichgewichtspositionen, die entlang phy-
sikalischer Pfade eingenommen werden und ordnen diese, der im Perturbationsfeld
steckenden Freien Energie zu. Die Freien Energie Dierenzen zwischen den verschie-
denen Perturbationsschritten werten wir durch Free Energy Perturbation (Kapitel
6) und Simple Overlap Sampling (Kapitel 7) aus. Fr eine mehrdimensionale Reakti-
onskoordinate sollten die Mittelwerte )
b
der verschiedenen Perturbationsstufen,
den diskreten minimalen Freien Energiepfad rekonstruieren (Kapitel 11, 12). Dies
sollte speziell zu einem bevorzugten Rastern, der fr die Dissoziation relevanten
Bereiche des Phasenraums fhren. Es wird Ergodizitt angenommen, wodurch der
Zeitmittelwert von e
U
b,LJ
im perturbierten Zustand mit dem Ensemblemittelwert
)
b
gleichgesetzt werden kann. Die Freie Energie Dierenz durch FEP und SOS
extrahierten wir wie folgt aus der i-ten perturbierten Simulation:
F
i
=
1
ln
_

t
e

l,h
(B
i
)(r
l
(t)r
h
(t))
8

_
(19.1)
112
wobei B
i
die Dierenz des B-Koezienten zwischen dem verzerrten und dem
unverzerrten Ensemble ist. Die Gesamte Freie Energiedierenz ist nun, da wir die
Perturbation in Stufen B = 50kcal/mol
6
hochgeschaltet haben
F =

i
F
i
(19.2)
Fr SOS verfahren wir analog und diskretisieren (7.2).
Distanz der Massenschwerpunkte
Zuerst ordnen wir der Freien Energie Dierenz F folgende mittlere Reaktionsko-
ordinate zu:
)
b
= [r
MSP,Lig
(t) r
MSP,Host
(t)[)
b
=

t
[r
MSP,Lig
r
MSP,Host
[

(19.3)
Wir vergleichen unsere Werte mit dem Freien Energieprol von Metadynamics mit
einer Hgelweite von 2 . Die einzelnen Punkte entsprechen den Perturbationsstu-
fen. Abbildung19.1(a) zeigt, dass es eine Freie Energie Mulde um 6 zu geben
0.2
0.4
0.6
0.8
1
1.2
1.4
1.6
1.8
2
2.2
2.4
5.5 6 6.5 7 7.5 8 8.5 9

F
Mittlere Gleichgewichtsposition
(a) ALRIMD-Pfad
0
1
2
3
4
5
6
7
5.5 6 6.5 7 7.5 8 8.5 9
F

(b) META 2
Abbildung 19.1: A-NB: Vergleich des Freien Energie Prols zwischen META und
ALRIMD diskret. F und F (FEP) in [kcal/mol] und und )
b
in
scheint. Die Fluktuation innerhalb dieser, wird durch (Abb.19.1(a)) nicht angege-
ben, da es sich hier um einen mittleren Aufenthaltsort des Liganden handelt. Man
kann aber die Freie Energie Dierenz zwischen 6 und 8,5 vergleichen. Diese
liegt bei ALRIMD bei 2,0 kcal/mol, whrend sie bei META bei 5,6 kcal/mol liegt
(Abb.19.1). US lieferte fr denselben Abschnitt einen Wert von 3,1 kcal (Abb.18.2).
Bei US wurde allerdings das Minimum um 6 nicht erkannt.
113
0.5
1
1.5
2
2.5
3
3.5
4
4.5
5
5.5
6
4.6 4.8 5 5.2 5.4 5.6 5.8 6 6.2

F
Mittlere Gleichgewichtsposition
(a) ALRIMD-Pfad
0.5
1
1.5
2
2.5
3
3.5
4.6 4.8 5 5.2 5.4 5.6 5.8 6 6.2
F

(b) META 2
Abbildung 19.2: A-FB: Vergleich des Freien Energie Prols zwischen META und
ALRIMD diskret. F und F (FEP) in [kcal/mol] und und )
b
in
Fr das A-FB-System sieht man, dass ab einer Freien Energie Dierenz von
5,3 kcal/mol der Ligand aus seinem globalen Minimum austritt und seine neue
Gleichgewichtsposition um 8,8 einnimmt(Abb.19.2). US und META mit grober
Rasterung liefern Minima in derselben Region. Die Freie Energie Dierenz zwischen
4,7 und 6,2 von 5,0 kcal/mol, ist, im Vergleich zu META mit 3,3 kcal, wieder
deutlich hher. ALRIMD modelliert fr K-NB sehr gut das Freie Energie Minimum
um 5,5 nach (Abb.19.3). Hier kann keine Aussage ber eine Potentialbarriere
getroen werden, da der Ligand, bei der hier angegebenen Perturbationsstrke,
noch keine berwinden konnte.
0
0.5
1
1.5
2
2.5
3
3.5
0 2 4 6 8 10 12

F
Mittlere Gleichgewichtsposition
(a) ALRIMD-Pfad
0
0.5
1
1.5
2
2.5
3
3.5
4
0 2 4 6 8 10 12 14
F

(b) META 2
Abbildung 19.3: K-NB: Vergleich des Freien Energie Prols zwischen META und
ALRIMD diskret. F und F in [kcal/mol] und und )
b
in
114
2 Hostatom-Ligandatom-Abstnde
Um zu betrachten, welchen Pfad die verbundenen Gleichgewichtslagen ergeben, und
um es mit dem minimalen Freien Energie Pfad von ABF mit Entropieterm zu ver-
gleichen, rekonstruieren wir folgende gemittelte kollektive Koordinate aus dem ver-
zerrten Ensemble:
)
b
= (
1
)
b
,
2
)
b
) = ([r
l1
r
h1
[)
b
, [r
l2
r
h2
[)
b
)
=
__

t
[r
l1
(t) r
h1
(t)[

_
,
_

t
[r
l2
(t) r
h2
(t)[

__
(19.4)
Wir vergleichen den diskreten Weg der Mittelwerte mit dem minimalen Freien Ener-
gie Pfad der ABF Simulationen mit Entropieterm. Mit zunehmender Perturbations-
strke, sollte der aus den Perturbationsstufen rekonstruierte Pfad, in von META
markierte Bereiche immer hherer Freier Energie vordringen. Gleichzeitig wird nur
der minimale Freie Energie Pfad erfasst. Fr A-NB sieht man, dass der obere Pfad
um (10/9,5) vom Liganden eingeschlagen wurde (Abb.19.4). Fr K-NB (Abb.19.6)
und A-FB (Abb.19.5) wird auch deutlich erkannt, dass sich der Mittelwert immer,
fr einige Perturbationsstufen, auf den Isolinien der Freien Energie Flche bewegt
(bzw. in Regionen annhernd gleicher Freier Energie). Die Barriere wird also tat-
schlich ausreichend gerastert. Es ist daher anzunehmen, dass der Ligand auf dem
minimalen Freien Energie Pfad dissoziiert. Beim K-NB-System (Abb.19.6) fllt der
6
7
8
9
10
11
12
6.5 7 7.5 8 8.5 9 9.5 10 10.5 11 11.5

1
(a) ALRIMD diskreter Pfad der Mittelwerte
7 8 9 10 11

1
6
7
8
9
10
11
12

2
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
(b) ABF mit Entropieterm
Abbildung 19.4: A-NB: Vergleich des minimalen Freien Energiepfades zwischen AL-
RIMD und ABF;
1
)
b
und
2
)
b
in
Ligand, nachdem er die Freie Energiebarriere schon berwunden hat, wieder zurck
ins Minimum. Dies ist aber ein Hinweis darauf, dass das System nicht zu stark ver-
zerrt wurde, da, bei einem harmonischen Strpotential solch physikalische Eekte
115
nicht auftreten knnen. Der externe Einuss ist demnach wesentlich kleiner und
das System kann relativ natrlich agieren. Wir erkennen, dass der Dissoziations-
pfad eines Liganden keineswegs geradlinig ist, sondern, wie prognostiziert, dem Weg
durch ein Labyrinth hnelt (Abb.15.1). Der Ligand bewegt sich nun hauptschlich
4.8
5
5.2
5.4
5.6
5.8
6
6.2
6.4
6.6
6.8
5 5.2 5.4 5.6 5.8 6 6.2 6.4 6.6 6.8 7

1
(a) ALRIMD diskreter Pfad der Mittelwerte
5 5.5 6 6.5 7

1
5
5.5
6
6.5

2
0.5
1
1.5
2
2.5
3
3.5
4
(b) mit Entropieterm
Abbildung 19.5: A-FB: Vergleich des minimalen Freien Energiepfade zwischen AL-
RIMD und ABF;
1
)
b
und
2
)
b
in
4.8
5
5.2
5.4
5.6
5.8
6
6.2
6.2 6.4 6.6 6.8 7 7.2 7.4 7.6 7.8 8

1
(a) ALRIMD diskreter Pfad der Mittelwerte
6.2 6.4 6.6 6.8 7 7.2 7.4 7.6 7.8 8

1
4.8
5
5.2
5.4
5.6
5.8
6
6.2

2
0
0.5
1
1.5
2
2.5
3
(b) ABF mit Entropieterm
Abbildung 19.6: K-NB: Vergleich des minimalen Freien Energiepfades zwischen AL-
RIMD und ABF;
1
)
b
und
2
)
b
in
in den Mulden der Freien Energie Flche und verlsst diese erst, wenn die Pertur-
bationsstrke es ihm ermglicht die Barriere, die ihn von der nchsten Mulde der
Freien Energie Flche trennt, zu berwinden.. Wir fassen die Ergebnisse tabellarisch
zusammen:
116
B F
FEP
F
SOS
)
b

1
)
b

2
)
b
[
6
kcal/mol] [kcal/mol] [kcal/mol] [] [] []
50 0,27 0,26 5,90 7,41 6,16
100 0,53 0,50 5,99 7,48 6,22
150 0,77 0,80 5,78 7,48 6,23
200 1,11 1,08 6,09 6,68 6,57
250 1,37 1,31 6,07 7,73 6,38
300 1,59 1,53 6,23 7,52 6,33
350 1,82 1,77 6,23 7,93 6,55
400 2,07 1,94 8,70 7,83 6,15
450 2,17 2,08 8,87 8,48 9,73
500 2,26 n.a. 6,16 11,23 11,51
Tabelle 19.1: ALRIMD fr minimalen Freien Energie Pfad des Systems A-NB
B F
FEP
F
SOS
)
b

1
)
b

2
)
b
[
6
kcal/mol] [kcal/mol] [kcal/mol] [] [] []
50 0,71 0,69 4,67 5,41 5,59
100 1,41 1,34 4,66 5,13 5,71
150 2,06 1,95 4,75 5,43 5,65
200 2,65 2,52 4,87 6,18 4,95
250 3,24 3,08 4,92 5,48 5,76
300 3,80 3,62 4,97 5,75 5,81
350 4,34 4,12 4,97 5,97 5,75
400 4,82 4,61 5,18 6,47 5,31
450 5,25 4,98 5,29 6,18 5,69
500 5,609 n.a. 6,16 6,90 6,67
Tabelle 19.2: ALRIMD fr minimalen Freien Energie Pfad des Systems A-FB
117
B F
FEP
F
SOS
)
b

1
)
b

2
)
b
[
6
kcal/mol] [kcal/mol] [kcal/mol] [] [] []
50 0,42 0,41 5,51 7,81 4,98
100 0,84 0,82 5,54 7,75 5,02
150 1,25 1,22 5,54 7,38 4,99
200 1,66 1,64 5,64 7,27 5,10
250 2,11 2,04 5,52 6,38 6,10
300 2,49 2,40 5,65 7,89 5,10
350 2,85 2,68 5,69 7,89 5,15
400 3,07 2,94 5,78 7,56 5,45
450 3,38 3,24 6,28 7,87 5,22
500 3,68 n.a. 5,91 7,85 5,35
Tabelle 19.3: ALRIMD fr minimalen Freien Energie Pfad des Systems K-NB
118
Kapitel 20
ALRIMD: Freie Bindungsenergien
der Calixarensysteme
Um die Freien Bindungsenergien der Calixarensysteme zu bestimmen, werden bei-
de in Kapitel 15 vorgestellten Denition ((15.9),(15.14)) des Exponenten () der
Identitt F =
1
e

) in diskreter Form verwendet, also

EA
(
Diss.
)
(Diss.)

l
f
b,LJ,l
(t + t) + f
b,LJ,l
(t)
2
(r
l
(t + t) r
l
(t))U
b,LJ
(, 0)
(20.1)
fr die Auswertung ber die externe Arbeit und

ES
(
Diss.
)
(Diss.)

t
_

l
T
l
(t) +

h
T
h
(t)
_

l
_
r
l
(
Diss.
)
r
l
(0)
f
b,LJ,l
dr
l
(20.2)
fr die Auswertung ber die eektive Systemarbeit. Wir werden im folgenden den
Begri der Zeitdiskretisierung verwenden, um anzugeben, wie gro der Zeitschritt
zwischen den von uns zur Rekonstruktion der Trajektorien verwendeten Daten-
punkten ist. Wichtig ist fr (20.2) dabei, einen geeigneten Kompromiss zwischen
zu feiner Zeitdiskretisierung (Einuss des Thermostats wird zu gro) und einer zu
groben (Arbeitswerte des Wegintegrals werden verflscht) zu nden. Eine geeignete
Wahl sollte aber sowohl den Fehler der ersten beiden Terme, wie auch den Fehler
des 3. Terms von (15.14) minimal halten. Diese Problematik ist zu umgehen, wenn,
statt der kinetischen Energie, explizit die Systemkrfte f

l
und f

h
auf den Liganden
und den Host integriert werden, also (15.11). Durch Ausgabe der Systemkraft mit
NAMD [45], sollte dies fr knftige Projekte untersucht werden.
Dass die Idee der eektiven Systemarbeit ber den Umweg der kinetischen Ener-
119
gie der beteiligten Atome nicht funktioniert, erkennen wir an (Abb.20.1)
0
0.05
0.1
0.15
0.2
0.25
-1 -0.8 -0.6 -0.4 -0.2 0 0.2 0.4 0.6 0.8
E
k
i
n

d
e
r

L
i
g
a
n
d
a
t
o
m
e
Arbeit durch das Perturbationsfeld
(a) Ligandatome
0
0.05
0.1
0.15
0.2
0.25
0.3
-1 -0.8 -0.6 -0.4 -0.2 0 0.2 0.4 0.6 0.8
E
k
i
n

d
e
r

H
o
s
t
a
t
o
m
e
Arbeit durch das Perturbationsfeld
(b) Hostatome
Abbildung 20.1: Geleistete Perturbationsarbeit gegen Zunahme/Abnahme der mitt-
leren kinetischen Energie aufgetragen. Jeder Punkt entspricht dabei einem Zeit-
schritt; E
kin
in KJ; Perturbationsarbeit in kcal/mol
Gbe es einen extrahierbaren Zusammenhang zwischen der geleisteten Pertur-
bationsarbeit innerhalb des Zeitschritts und der Zunahme der kinetischen Energie,
worauf Gleichung (15.14) beruht, mssten die beiden Graphen (Abb.20.1) tenden-
ziell von links nach rechts linear ansteigen. Anscheinend ist aus den groen Krften,
die durch das Gesamtsystem auf die an der Perturbation beteiligten Atome ausgebt
werden, keine Zunahme durch die Perturbationskraft extrahierbar.
Fr die eektive Arbeit (20.1) ist es wichtig, die Trajektorie mglichst genau zu
rekonstruieren. Fr eine Trajektorie, deren Zeitdiskretisierung bei 500fs lag, erhiel-
ten wir Arbeitswerte in der Grenordnung von +/- 1000 kcal/mol. Wir whlten des-
halb eine Zeitdiskretisierung von t = 10fs. Wir entschieden uns fr B = 1060
6
,
kcal/mol, um sicherzustellen, dass wir Dissoziationstrajektorien erfassen. Da es sich
bei unserem Perturbationsfeld um kein konservatives Krafteld handelt, ist es mg-
lich, dass bei einer stabilen Gleichgewichtslage unendlich viel Arbeit geleistet wird.
Dies liegt daran, dass sich das Perturbationsfeld mit der Zeit ndert und der Li-
gand durch das Potential anderer, nicht an der B-Perturbation beteiligter Atome
wieder in den Host zurckgedrngt wird. Fr diese Bewegung des Liganden wur-
de am Perturbationsfeld weniger Arbeit verrichtet, als das Perturbationsfeld selbst
verrichtet hat. Wre das Perturbationsfeld stark gewesen, wre der Ligand nicht
wieder in den Host zurckgekehrt.Durch Verwendung einer sehr starken Perturbati-
on, betrachteten wir allerdings unphysikalische Artefakte, nmlich das Umklappen
der Phenolgruppen (Abb.20.2). Auch war es selbst bei einer sehr starken Pertur-
120
bation oft der Fall, dass der Ligand in der von uns gewhlten Zeitspanne nicht
austrat. Fr jedes System untersuchten wir 10 Trajektorien. Die Ergebnisse sind
in den Tabellen 20.1-20.3 zu nden. Betrachten wir nur Trajektorien, bei denen
der Ligand, ohne ein Umklappen der Phenolgruppen, dissoziierte , mssen wir den
Unbiased Estimator verwenden, um die Freie Bindungsenergie zu erhalten. Da die
Verteilung der
EA
aber breit ist, kann aus diesen Trajektorien, kein stabiler Mit-
telwert ermittelt werden (siehe Kapitel 6.6). Da eine niedrige Perturbation bei einer
langen Trajektorie dennoch groe positive und negative Arbeitswerte liefern kann
(das Kraftfeld ist nicht konservativ), erkennen wir, dass es unabdingbar ist, den
B-Koezienten in kurzen Intervallen zu aktualisieren. Der externe Kuppelpara-
meter der Zeit wird demnach bentigt, weshalb ALRIMD in knftigen Projekten
mit Slow Growth verwendet werden sollte (siehe Kapitel 15.4).
(a) Eine umklappende Phenolgruppe (b) Zwei umklappende Phenolgruppen
Abbildung 20.2: Unphysikalische Stabiliserung des Systems durch Umklappen der
Phenolgruppen
121
Trj. Diss. Phenol Pert.Arbeit [kcal/mol] U
b,LJ
(, 0) [kcal/mol] E. W [kcal/mol]
1 Ja 2 18,924 3,493 14,925
2 Nein 1 -11,976 6,272 -18,248
3 Ja 1 4,014 8,377 -4,362
4 Ja 1 2,188 3,376 -1,187
5 Ja 2 5,162 7,341 -2,179
6 Ja 2 11,979 10,763 1,216
7 Nein 2 19,484 5,734 13,750
8 Ja 2 -6,808 5,448 -12,257
9 Nein 2 -2,735 6,827 -9,562
10 Ja 1 22,200 19,216 2,984
Tabelle 20.1: Eektive Arbeitswerte fr 10 Trajektorien des Systems A-NB; Phe-
nol= Anzahl der umklappenden Phenolgruppen; Diss. = Dissoziation des Liganden;
Pert.Arbeit = Arbeit des Perturbationsfeldes; E.W = Eektive Arbeit
Trj. Diss. Phenol Pert.Arbeit [kcal/mol] U
b,LJ
(, 0) [kcal/mol] E. W [kcal/mol]
1 Ja 0 22,897 19,837 3,060
2 Ja 0 9,766 11,860 -2,094
3 Ja 0 15,847 14,737 1,11
4 Ja 0 23,547 15,978 7,568
5 Ja 0 36,239 18,146 18,094
6 Ja 0 19,393 18,102 1,290
7 Ja 0 4,401 12,867 -8,466
8 Ja 0 0,298 12,839 -12,540
9 Ja 0 8,253 12,287 -4,033
10 Ja 0 19,546 15,083 4,463
Tabelle 20.2: Eektive Arbeitswerte fr 10 Trajektorien des Systems A-FB: Phe-
nol= Anzahl der umklappenden Phenolgruppen; Diss. = Dissoziation des Liganden;
Pert.Arbeit = Arbeit des Perturbationsfeldes; E.W = Eektive Arbeit
122
Trj. Diss. Phenol Pert.Arbeit [kcal/mol] U
b,LJ
(, 0) [kcal/mol] E. W [kcal/mol]
1 Nein 0 32,576 7,029 25,547
2 Ja 1 19,320 13,471 5,848
3 Nein 0 15,678 10,529 5,149
4 Nein 0 -18,902 10,262 -29,164
5 Nein 0 -8,772 10,545 -19,317
6 Nein 0 31,029 10,835 20,194
7 Ja 1 2,99 8,145 -5,153
8 Nein 0 4,133 9,543 -5,410
9 Nein 0 19,432 11,280 8,152
10 Ja 2 18,393 11,274 7,11
Tabelle 20.3: Eektive Arbeitswerte fr 10 Trajektorien des Systems K-NB: Phe-
nol= Anzahl der umklappenden Phenolgruppen; Diss. = Dissoziation des Liganden;
Pert.Arbeit = Arbeit des Perturbationsfeldes; E.W = Eektive Arbeit
123
Teil VI
Fazit und Ausblick
124
Im Theorieteil wurden die gelugsten Methoden zur Berechnung Freier Ener-
gien gegenbergestellt. Aufbauend auf dieser Gegenberstellung, haben wir eine
eigene, auf einem physikalischen Strpotential basierende, Theorie entworfen, und
diese in vier Formalismen eingearbeitet.
Mit dieser Articial Ligand Receptor Interaction Molecular Dynamics (ALRIMD)
konnten PMFs mit alternativer Rasterung des Phasenraums erstellt werden. Minima
der Freien Energie Hyperche, konnten mit ALRIMD eindeutig erkannt werden.
Zudem haben wir gezeigt, dass WHAM nicht zur Rekombination der Simulations-
fenster verwendet werden kann, da die Form der Freien Energie Hyperchen von
ALRIMD mit mittlerem Strpotential, teilweise stark von den Kurven der Stan-
dardmethoden abweichen. Ein Artefakt dabei ist, dass Minima in ihrer Hhe ge-
geneinander verschoben sind. Aufgrund der Tatsache, dass durch unterschiedliche
Rasterung des Phasenraums zwischen den Standardmethoden, abweichende PMFs
erstellt werden, ist es empfehlenswert, ALRIMD als komplementre Methode an-
zuwenden, um besser bewerten zu knnen, welche erstellten PMFs von Artefakten
durch fehlende Konvergenz geplagt werden.
Zudem wurde mit ALRIMD die Freie Energie entlang physikalischer Pfade be-
stimmt. Die Freie Energie Dierenz, zwischen den verschiedenen Mittelwerten der
Reaktionskoordinate, wurde dabei aus der im Perturbationsfeld steckenden Frei-
en Energie durch FEP/SOS berechnet. Die Minima wurden erkannt. Ob die Freie
Energie Dierenz zwischen diesen Minima realistisch ist, konnte leider nicht validiert
werden, da Vergleichsmethoden sehr unterschiedliche Resultate liefern und experi-
mentell kein Zugri auf diese Information besteht. Durch den bergang von FEP zu
TI, knnte dieses diskrete PMF der Mittelwerte der physikalischen Reaktionskoordi-
nate kontinuierlich gemacht werden. Es ist dabei wichtig, sehr lange zu rastern, um
festzustellen, ob es sich um ein Gleichgewichtsensemble handelt. Die Gleichgewichts-
zustnde knnen sich zudem nur bis zum Cuto der B-Perturbation einstellen.
Daher empehlt es sich, ein langreichweitigeres Perturbationsfeld zu konstruieren.
berwindet der Ligand die Barriere in der Reichweite des Perturbationsfeldes, sollte
die im Perturbationsfeld steckende Freie Energie eine gute Schtzung fr die Freie
Bindungsenergie angeben.
Die Bedeutung des externen Kuppelparameters der Zeit fr Ungleichgewichts-
methoden wurde deutlich, als wir erkannten, dass ALRIMD zur Berechnung von
Freien Bindungsenergien aus Ungleichgewichtstrajektorien, nicht die erhoten Re-
sultate lieferte. Bei Steered MD ist der externe Kuppelparameter physikalisch,
liefert also sehr genaue Informationen ber die Dissoziation des Liganden entlang
einer extern vorgegebenen Trajektorie. Fr Slow Growth ist der externe Kuppelpa-
125
rameter alchemisch (t), liefert aber keine Information ber die Positionierung des
Liganden relativ zum Host . Der Kuppelparameter von ALRIMD ist jedoch nur
das zeitunabhngige B. Zur Verwendung der Jarzynski-Identitt wird der externe
Kuppelparameter der Zeit gebraucht. Der Unterschied zwischen der zeitlichen n-
derung der Potentialfunktion, also der nderung des Kuppelparameters, und der
zeitliche nderung des Werts des Potentials, wird hier deutlich. Fr die zeitliche n-
derung der Potentialfunktion wird der Phasenraum als zeitunabhngig betrachtet.
Wir gingen von einem zeitabhngigen Phasenraum (t) aus. Ausgehend von dieser
Betrachtung versuchten auf 2 unterschiedliche Weisen, die Arbeit ber Wegintegrale
des Liganden im Perturbationsfeld zu berechnen. Fr knftige Projekte, sollte aber
der Kuppelparameter B in kurzen Intervallen aktualisiert werden, um dadurch mit
Slow Growth die Freie Bindungsenergie zu bestimmen. Durch TPS knnte zudem
ein Kriterium fr die Trajektorien implementiert werden, welches nur Dissoziations-
trajektorien auswhlt und gleichzeitig den statistischen Fehler minimiert.
Auch wenn Articial Ligand Receptor Interaction Molecular Dynamics noch in den
Kinderschuhen steckt - die Weiterentwicklung sollte sich lohnen.
126
Teil VII
Anhang:
TCL/VMD-Programmcodes
127
ALRIMD-Nonequilibrium: Externe Arbeit und Eektive Systemarbeit
puts "----- ALRIMD fuer Nonequilibrium Trajektorien-----"
puts "Auswertung fr Ungleichgewichtstrajektorien mit Externer Arbeit und Effektiver Systemarbeit"
puts "Gleichzeitige Analyse des Strpotentials"
set Host "0 1 2 3 4 5 8 9 10 11 12 13 16 17 19 20 21 24 25 26 27 28 29"
set Ligand "68 69 70 71 72 73"
set SMD [open /delta1/muehlbg/ALRIMD-Auswertungen/13SMD.txt w]
set EW [open /delta1/muehlbg/ALRIMD-Auswertungen/13EW.txt w]
set LJNE [open /delta1/muehlbg/ALRIMD-Auswertungen/13LJNE.txt w]
set nL [llength $Ligand]
set nH [llength $Host]
set time [molinfo top get numframes]
#Basisparameter abfragen
puts "Geben Sie DeltaB an"
set DeltaB [gets stdin]
set Wlennardjones 0
set LJPotential 0
set LJPotentialt 0
set Wsystem 0
set EkinLschritt 0
set EkinHschritt 0
#Wert des Strpotentials beim Einschalten
for {set l 0} {$l < $nL} {incr l} {
for {set h 0} {$h < $nH} {incr h} {
set IDLigand [lindex $Ligand $l]
set Ligandatomt [atomselect top "index $IDLigand" frame 0]
set Ligandatomtcrd [lindex [$Ligandatomt get { x y z }] 0]
$Ligandatomt delete
set IDHost [lindex $Host $h]
set Hostatomt [atomselect top "index $IDHost" frame 0]
set Hostatomtcrd [lindex [$Hostatomt get {x y z}] 0]
$Hostatomt delete
set Relativvect [vecsub $Ligandatomtcrd $Hostatomtcrd]
set Distancet [veclength $Relativvect]
set Nenner [expr 1.0*$Distancet**6]
set LJPotentialtlhterm [expr ($DeltaB*1.0)/ ($Nenner*1.0)]
set LJPotential [expr $LJPotential + $LJPotentialtlhterm]
}}
#Diskretisiertes Wegintegral
for {set t 1} {$t<$time} {incr t} {
set Wt 0
set LJEntwicklung 0
set LJPotentialt 0
for {set l 0} {$l < $nL} {incr l} {
for {set h 0} {$h < $nH} {incr h} {
set tplus [expr ($t+1)]
set tminus [expr ($t-1)]
set IDLigand [lindex $Ligand $l]
set Ligandatomt [atomselect top "index $IDLigand" frame $t]
set Ligandatomtplus [atomselect top "index $IDLigand" frame $tplus]
set Ligandatomtminus [atomselect top "index $IDLigand" frame $tminus]
set Ligandatomtcrd [lindex [$Ligandatomt get { x y z }] 0]
set Ligandatomtpluscrd [lindex [$Ligandatomtplus get { x y z }] 0]
set Ligandatomtminuscrd [lindex [$Ligandatomtminus get { x y z }] 0]
$Ligandatomt delete
$Ligandatomtminus delete
$Ligandatomtplus delete
set IDHost [lindex $Host $h]
set Hostatomt [atomselect top "index $IDHost" frame $t]
set Hostatomtplus [atomselect top "index $IDHost" frame $tplus]
set Hostatomtminus [atomselect top "index $IDHost" frame $tminus]
set Hostatomtcrd [lindex [$Hostatomt get {x y z}] 0]
set Hostatomtpluscrd [lindex [$Hostatomtplus get { x y z }] 0]
set Hostatomtminuscrd [lindex [$Hostatomtminus get { x y z }] 0]
$Hostatomt delete
$Hostatomtminus delete
128
$Hostatomtplus delete
#Arbeit durch Lennard-Jones-Perturbation in A^6 kcal/mol
set Relativvect [vecsub $Ligandatomtcrd $Hostatomtcrd]
set Distancet [veclength $Relativvect]
set Relativvectplus [vecsub $Ligandatomtpluscrd $Hostatomtpluscrd]
set Distancetplus [veclength $Relativvectplus]
#Actio gleich Reactio. Ligandbewegung reicht
#Integration mit Sehnentrapezregel
set Kraftt [vecscale [expr (6.0*$DeltaB)/($Distancet**8)] $Relativvect]
set Krafttplus [vecscale [expr (6.0*$DeltaB)/($Distancetplus**8)] $Relativvectplus]
set Tr [vecadd $Kraftt $Krafttplus]
set Trapez [vecscale [expr 0.5] $Tr]
set Ligandschritt [vecsub $Ligandatomtpluscrd $Ligandatomtcrd]
set Wijt [vecdot $Trapez $Ligandschritt]
set Wlennardjones [expr $Wlennardjones*1.0 + $Wijt*1.0]
set Wt [expr $Wt + $Wijt*1.0]
#Kinetische Energie Host
set Hostatom [atomselect top "index $IDHost"]
set Massehost [$Hostatom get mass]
$Hostatom delete
set Hostschrittvec [vecsub $Hostatomtpluscrd $Hostatomtcrd]
set Wsqh [veclength $Hostschrittvec]
set EkinH [expr $Massehost*0.5*$Wsqh**2]
set EkinHschritt [expr $EkinHschritt - $EkinH]
#Kinetische Energie Ligand
set Ligandkraftvect [vecsub $Ligandatomtpluscrd $Ligandatomtcrd]
set Ligandatom [atomselect top "index $IDLigand"]
set Masseligand [$Ligandatom get mass]
$Ligandatom delete
set Ligandschrittvec [vecsub $Ligandatomtpluscrd $Ligandatomtcrd]
set Wsql [veclength $Ligandschrittvec]
set EkinL [expr $Masseligand*0.5*$Wsql**2]
set EkinLschritt [expr $EkinLschritt - $EkinL]
set NennerPot [expr 1.0*$Distancet**6]
set LJPotentialtlhterm [expr ($DeltaB*1.0)/ ($NennerPot*1.0)]
set LJPotentialt [expr $LJPotentialt + $LJPotentialtlhterm]
set LJEntwicklung [expr $LJEntwicklung + $LJPotentialtlhterm]
}}
#Erfassen der zeitlichen Entwicklung des LJ-Potentials
puts $LJNE "$t $LJEntwicklung"
#Systemarbeit fr Zeitschritt t-1 nach t
set Wsystem [expr $EkinLschritt + $EkinHschritt ]
#Entwicklung der geleisteten Arbeit pro Zeitschritt
puts $SMD "$Wt"
#Entwicklung der Systemkraft vs. Perturbationsarbeit pro Zeitschritt
puts $EW "$EkinL $EkinH $Wt"
}
puts $SMD "Perturbationsenergie: $LJPotential; Arbeit im Perturbationsfeld: $Wlennardjones "
puts $SMD "Arbeit fuer diese Trajektorie
1
4
ber totales Differential: [expr $Wlennardjones - $LJPotential]"
close $SMD
close $EW
ALRIMD-PMF: 2 Distanzen
puts "----- ALRIMD PMF -----"
puts "Unverzerrtes und verzerrtes PMF mit/ohne genhertes Strpotential fuer 2 kollektive Koordinaten in Form "
puts "des Abstandes Hostatom1-Ligandatom1 ; Hostatom2-Ligandatom2"
set Hist [open /delta1/muehlbg/ALRIMD-Auswertungen/13disHist.txt w]
set Kontrolle [open /delta1/muehlbg/ALRIMD-Auswertungen/13disk.txt w]
set LJM [open /delta1/muehlbg/ALRIMD-Auswertungen/13disPMFLJ.txt w]
set Bias [open /delta1/muehlbg/ALRIMD-Auswertungen/13disPMFB.txt w]
set PMFN [open /delta1/muehlbg/ALRIMD-Auswertungen/13disPMFN.txt w]
set PMF [open /delta1/muehlbg/ALRIMD-Auswertungen/13disPMF.txt w]
set Host "0 1 2 3 4 5 8 9 10 11 12 13 16 17 19 20 21 24 25 26 27 28 29"
set Ligand "68 69 70 71 72 73"
129
set nL [llength $Ligand]
set nH [llength $Host]
set time [molinfo top get numframes]
#Basisparameter abfragen
puts "Temperatur der Simulation?(in Kelvin)"
set Temperatur [gets stdin]
set beta [expr 1/($Temperatur*0.00198721)]
puts "Geben Sie das absolute DeltaB an (in A^6 kcal/mol)"
set DeltaB [gets stdin]
puts "Bis zu welcher Distanz soll die 1.kollekt. Koordinate erfasst werden?(in Angstroem)"
set maxdis1 [gets stdin]
puts "Breite der Bins fuer die 1.kollekt. Koordinate?(in Angstroem)"
set binweite1 [gets stdin]
set Dmax1 [expr $maxdis1/$binweite1]
puts "Bis zu welcher Distanz soll die 2.kollekt. Koordinate erfasst werden?(in Angstroem)"
set maxdis2 [gets stdin]
puts "Breite der Bins fuer die 2.kollekt. Koordinate?(in Angstroem)"
set binweite2 [gets stdin]
set Dmax2 [expr $maxdis2/$binweite2]
#Ein leeres Histogramm erstellen
for {set i 0} {$i < $Dmax1} {incr i} {
for {set j 0} {$j < $Dmax2} {incr j} {
set Hist2D($i,$j) 0
set LJPotential($i,$j) 0
set LJPotentialMittel($i,$j) 0
set LJBoltzmann($i,$j) 0
}}
#Summation ber jeden Zeitschritt
for {set t 0} {$t<$time} {incr t} {
#1.Koll.Var. zum Zeitpunkt t
set lig1t [atomselect top "index 69" frame $t]
set lig1tcrd [lindex [$lig1t get {x y z}] 0]
set host1t [atomselect top "index 0" frame $t]
set host1tcrd [lindex [$host1t get {x y z}] 0]
set vec1 [vecsub $lig1tcrd $host1tcrd]
set dis1 [veclength $vec1]
$host1t delete
$lig1t delete
#2.Koll.Var. zum Zeitpunkt t
set lig2t [atomselect top "index 72" frame $t]
set lig2tcrd [lindex [$lig2t get {x y z}] 0]
set host2t [atomselect top "index 16" frame $t]
set host2tcrd [lindex [$host2t get {x y z}] 0]
set vec2 [vecsub $lig2tcrd $host2tcrd]
set dis2 [veclength $vec2]
$host2t delete
$lig2t delete
#Durchgehen der Bins des Histogramms
for {set i 0} {$i < $Dmax1} {incr i} {
for {set j 0} {$j < $Dmax2} {incr j} {
#Diskretisieren der beiden kollektiven Koordinaten
set D1 [expr $dis1/$binweite1]
set D2 [expr $dis2/$binweite2]
#Eintrag der Werte der beiden kollektiven Koordinaten in das Histogramm
if {$D1>$i} {
if {$D1<($i+1)} {
if {$D2>$j} {
if {$D2<($j+1)} {
set Hist2D($i,$j) [expr $Hist2D($i,$j)+1]
puts $Kontrolle "Eintrag in $i, $j"
puts $Kontrolle "Eintraege in Bin($i, $j): $Hist2D($i,$j)"
#LJ-Potential des aktuellen Eintrags
for {set l 0} {$l < $nL} {incr l} {
for {set h 0} {$h < $nH} {incr h} {
set IDLigand [lindex $Ligand $l]
set Ligandatomt [atomselect top "index $IDLigand" frame $t]
set Ligandatomtcrd [lindex [$Ligandatomt get { x y z }] 0]
130
$Ligandatomt delete
set IDHost [lindex $Host $h]
set Hostatomt [atomselect top "index $IDHost" frame $t]
set Hostatomtcrd [lindex [$Hostatomt get {x y z}] 0]
$Hostatomt delete
set Relativvect [vecsub $Ligandatomtcrd $Hostatomtcrd]
set Distancet [veclength $Relativvect]
set Nenner [expr 1.0*$Distancet**6]
set LJPotentialtlhterm [expr ($DeltaB*1.0)/ ($Nenner*1.0)]
set LJPotential($i,$j) [expr $LJPotential($i,$j) +$LJPotentialtlhterm]
#Berechnen des Boltzmannfaktors fr den aktuellen Eintrag
set LJBoltzmanntlhterm [expr ($DeltaB*$beta)/ ($Nenner*1.0)]
set LJBoltzmann($i,$j) [expr $LJBoltzmann($i,$j) + $LJBoltzmanntlhterm]
}}
#LJ-Potential des aktuellen Eintrags dem entsprechenden Bin zuordnen und mitteln d. Gesamteintrge
set LJPotentialMittel($i,$j) [expr ($LJPotential($i,$j))/($Hist2D($i,$j))]
puts $Kontrolle "Durchschnittliches LJPotential in Bin($i,$j): $LJPotentialMittel($i,$j) "
}}}}
}}
}
#Ausgabe des Histogramms und Erstellen der verzerrten und unverzerrten Freien Energie Oberflche fr ein
#PMF mit/ohne gemitteltem Strpotential
puts $Hist " koll.Var.1 ----- koll.Var.2 ----- Anzahl der Datenpunkte"
for {set i 0} {$i < $Dmax1} {incr i} {
puts $Hist ""
puts $Bias ""
puts $PMFN ""
puts $PMF ""
for {set j 0} {$j < $Dmax2} {incr j} {
set FBias($i,$j) [expr -log($Hist2D($i,$j))/$beta]
set FN($i,$j) [expr $FBias($i,$j) - $LJPotentialMittel($i,$j) ]
set Fexakt($i,$j) [expr -log($LJBoltzmann($i,$j))/$beta]
#Leere Bins nicht schreiben
if {$Hist2D($i,$j)>0} {
puts $Hist "$i $j $Hist2D($i,$j)"
puts $Bias " [expr $i*$binweite1] [expr $j*$binweite2] $FBias($i,$j) "
puts $LJM "$LJPotentialMittel($i,$j)"
puts $PMFN "[expr $i*$binweite1] [expr $j*$binweite2] $FN($i,$j)"
puts $PMF "[expr $i*$binweite1] [expr $j*$binweite2] $Fexakt($i,$j)"
}
}
}
close $LJM
close $PMFN
close $Bias
close $PMF
close $Kontrolle
close $Hist
ALRIMD-PMF: Abstand der Massenschwerpunkte
puts "----- Radiales PMF fuer ALRIMD -----"
puts "PMF fuer Abstand der Massenschwerpunkte von Ligand und Host"
puts "und gleichzeitige Ausgabe des zeitlichen Verlaufs der Distanz der MSP"
set Hist [open /delta1/muehlbg/ALRIMD-Auswertungen/13radHist.txt w]
set Kontrolle [open /delta1/muehlbg/ALRIMD-Auswertungen/13radk.txt w]
set Bias [open /delta1/muehlbg/ALRIMD-Auswertungen/13radPMFB.txt w]
set LJM [open /delta1/muehlbg/ALRIMD-Auswertungen/13radPMFLJ.txt w]
set PMFN [open /delta1/muehlbg/ALRIMD-Auswertungen/13radPMFN.txt w]
set PMF [open /delta1/muehlbg/ALRIMD-Auswertungen/13radPMF.txt w]
set MSPdatei [open /delta1/muehlbg/ALRIMD-Auswertungen/13MSPt.txt w]
set Host "0 1 2 3 4 5 8 9 10 11 12 13 16 17 19 20 21 24 25 26 27 28 29"
set Ligand "68 69 70 71 72 73"
set nL [llength $Ligand]
set nH [llength $Host]
set time [molinfo top get numframes]
131
#Basisparameter abfragen
puts "Temperatur der Simulation?(in Kelvin)"
set Temperatur [gets stdin]
set beta [expr 1/($Temperatur*0.00198721)]
puts "Geben Sie das absolute DeltaB an (in A*kcal/mol)"
set DeltaB [gets stdin]
puts "Bis zu welcher Distanz soll die kollektive Koordinate erfasst werden?(in Angstroem)"
set maxdis [gets stdin]
puts "Breite der Bins fuer die kollekt. Koordinate?(in Angstroem)"
set binweite [gets stdin]
set Dmax [expr $maxdis/$binweite]
#Ein leeres Histogramm erstellen
for {set i 0} {$i < $Dmax} {incr i} {
set Hist1D($i) 0
set LJPotential($i) 0
set LJPotentialMittel($i) 0
set LJBoltzmann($i) 0
}
#Summation
1
4
ber jeden Zeitschritt
for {set t 0} {$t<$time} {incr t} {
set HostZaehlert [veczero]
set HostmasseGes 0
set LigandZaehlert [veczero]
set LigandmasseGes 0
set HostM "0 8 16 24"
set LigandM "68 69 70 71 72 73"
#Berechnen des Massenschwerpunktes des Liganden zum Zeitpunkt t
for {set m 0} {$m < 6 } {incr m} {
set IDLigand [lindex $LigandM $m]
set Ligandatomt [atomselect top "index $IDLigand" frame $t]
set Ligandatom [atomselect top "index $IDLigand"]
set Ligandmasse [$Ligandatom get mass]
set Ligandatomtcrd [lindex [$Ligandatomt get { x y z }] 0]
set LigandmasseGes [expr $LigandmasseGes + $Ligandmasse]
set LigandZaehlert [vecadd $LigandZaehlert [vecscale $Ligandmasse $Ligandatomtcrd] ]
$Ligandatomt delete
$Ligandatom delete
}
set LigandMSPt [vecscale [expr 1.0/$LigandmasseGes] $LigandZaehlert]
#Berechnen des Massenschwerpunktes des Hosts zum Zeitpunkt t
for {set n 0} {$n < 4 } {incr n} {
set IDHost [lindex $HostM $n]
set Hostatomt [atomselect top "index $IDHost" frame $t]
set Hostatom [atomselect top "index $IDHost"]
set Hostmasse [$Hostatom get mass]
set Hostatomtcrd [lindex [$Hostatomt get { x y z }] 0]
set HostmasseGes [expr $HostmasseGes + $Hostmasse]
set HostZaehlert [vecadd $HostZaehlert [vecscale $Hostmasse $Hostatomtcrd] ]
$Hostatomt delete
$Hostatom delete
}
set HostMSPt [vecscale [expr 1.0/$HostmasseGes] $HostZaehlert]
#Berechnen der MSP-Distanz zum Zeitpunkt t
set vectt [vecsub $HostMSPt $LigandMSPt]
set MSPdistt [veclength $vectt]
puts $MSPdatei "$t $MSPdistt"
#Durchgehen der Bins des Histogramms
for {set i 0} {$i < $Dmax} {incr i} {
#Diskretisieren des Massenschwerpunktabstandes zum Zeitpunkt t
set Dt [expr $MSPdistt/$binweite]
#Eintrag des Massenschwerpunktabstandes zum Zeitpunkt t in das Histogramm
if {$Dt>$i} {
if {$Dt<($i+1)} {
set Hist1D($i) [expr $Hist1D($i)+1]
puts $Kontrolle "Eintrag in $i"
puts $Kontrolle "Eintraege in Bin($i): $Hist1D($i)"
#LJ-Potential des aktuellen Eintrags
for {set l 0} {$l < $nL} {incr l} {
132
for {set h 0} {$h < $nH} {incr h} {
set IDLigand [lindex $Ligand $l]
set Ligandatomt [atomselect top "index $IDLigand" frame $t]
set Ligandatomtcrd [lindex [$Ligandatomt get { x y z }] 0]
$Ligandatomt delete
set IDHost [lindex $Host $h]
set Hostatomt [atomselect top "index $IDHost" frame $t]
set Hostatomtcrd [lindex [$Hostatomt get {x y z}] 0]
$Hostatomt delete
set Relativvect [vecsub $Ligandatomtcrd $Hostatomtcrd]
set Distancet [veclength $Relativvect]
set Nenner [expr 1.0*$Distancet**6]
set LJPotentialtlhterm [expr ($DeltaB*1.0)/ ($Nenner*1.0)]
set LJPotential($i) [expr $LJPotential($i) + $LJPotentialtlhterm]
#Berechnen des Boltzmannfaktors f
1
4
r den aktuellen Eintrag
set LJBoltzmanntlhterm [expr ($DeltaB*$beta)/ ($Nenner*1.0)]
set LJBoltzmann($i) [expr $LJBoltzmann($i) + $LJBoltzmanntlhterm]
}}
#LJ-Potential des aktuellen Eintrags dem entsprechenden Bin zuordnen und mitteln durch Gesamteintrge
set LJPotentialMittel($i) [expr ($LJPotential($i))/($Hist1D($i))]
puts $Kontrolle "Durchschnittliches LJPotential in Bin($i): $LJPotentialMittel($i)"
}}
}
}
#Ausgabe des Histogramms und Erstellen des verzerrten und unverzerrten Freien Energie Profils
puts $Hist "CV-----Anzahl der Datenpunkte"
for {set i 0} {$i < $Dmax} {incr i} {
set Fbias($i) [expr -log($Hist1D($i))/$beta]
set FN($i) [expr $Fbias($i) - $LJPotentialMittel($i)]
set Fexakt($i) [expr -log($LJBoltzmann($i))/$beta]
#Leere Bins nicht schreiben
if {$Hist1D($i)>0} {
puts $Hist "$i $Hist1D($i)"
puts $Bias " [expr $i*$binweite] $Fbias($i) "
puts $LJM "$LJPotentialMittel($i)"
puts $PMFN "[expr $i*$binweite] $FN($i)"
puts $PMF "[expr $i*$binweite] $Fexakt($i)"
}
}
close $PMF
close $Bias
close $LJM
close $PMFN
close $Kontrolle
close $Hist
ALRIMD: Freie Energie entlang physikalischer Pfade
puts "-----ALRIMD Free Energy Perturbation/Simple Overlap Sampling-----"
puts "Free Energy Perturbation: Das unperturbierte Startensemble wird ausgewertet"
puts "und gleichzeitig wird die Entwicklung der Perturbation, und der mittlere Abstand der Massenschwerpunkte"
puts "aufgezeichnet"
puts "Simple Overlap Sampling: Das Ensemble wird sowohl als perturbiertes als auch als unperturbiertes Ensemble"
puts "betrachtet. Es werden der Vorwartstransformationsterm fuer das i-te Ensemble ausgegeben und "
puts " der Rueckwaertstransformationsterm fuer das (i+1) te Ensemble"
set Host "0 1 2 3 4 5 8 9 10 11 12 13 16 17 19 20 21 24 25 26 27 28 29"
set Ligand "68 69 70 71 72 73"
set EQU [open /delta1/muehlbg/ALRIMD-Auswertungen/13EQU.txt w]
set LJ [open /delta1/muehlbg/ALRIMD-Auswertungen/13LJ.txt w]
set nL [llength $Ligand]
set nH [llength $Host]
set time [molinfo top get numframes]
#Basisparameter abfragen
puts "Temperatur der Simulation?(in Kelvin)"
133
set Temperatur [gets stdin]
set beta [expr 1/($Temperatur*0.00198721)]
puts "Geben Sie DeltaB des Perturbationsschrittes an (in A^6*kcal/mol)"
set DeltaB [gets stdin]
puts "Geben Sie das absolute DeltaB an (in A^6*kcal/mol)"
set AbsDeltaB [gets stdin]
set Boltzmannsummevor 0
set Boltzmannsummerueck 0
set Boltzmannsumme 0
set MSPdistsumme 0
#Summation
1
4
ber alle Interaktionen und alle Zeitschritte
for {set t 0} {$t<$time} {incr t} {
set LJPotentialt 0
set LJAbsPotentialt 0
for {set l 0} {$l < $nL} {incr l} {
for {set h 0} {$h < $nH} {incr h} {
set IDLigand [lindex $Ligand $l]
set Ligandatomt [atomselect top "index $IDLigand" frame $t]
set Ligandatomtcrd [lindex [$Ligandatomt get { x y z }] 0]
$Ligandatomt delete
set IDHost [lindex $Host $h]
set Hostatomt [atomselect top "index $IDHost" frame $t]
set Hostatomtcrd [lindex [$Hostatomt get {x y z}] 0]
$Hostatomt delete
set Relativvect [vecsub $Ligandatomtcrd $Hostatomtcrd]
set Distancet [veclength $Relativvect]
set Nenner [expr 1.0*$Distancet**6]
set LJPotentialtlhterm [expr ($DeltaB*(1.0))/ ($Nenner*1.0)]
set LJPotentialt [expr $LJPotentialt + $LJPotentialtlhterm]
set LJAbsPotentialtlhterm [expr ($AbsDeltaB*(1.0))/ ($Nenner*1.0)]
set LJAbsPotentialt [expr $LJAbsPotentialt + $LJAbsPotentialtlhterm]
}}
#Erfassen der zeitlichen Entwicklung des LJ-Potentials
puts $LJ "$t $LJAbsPotentialt"
#Mittlerer Abstand der MSP von Ligand und Host fuer unser Stoerpotential
set HostZaehlert [veczero]
set HostmasseGes 0
set LigandZaehlert [veczero]
set LigandmasseGes 0
set HostM "0 8 16 24"
set LigandM "68 69 70 71 72 73"
#Berechnen des Massenschwerpunktes des Liganden zum Zeitpunkt t
for {set m 0} {$m < 6 } {incr m} {
set IDLigand [lindex $LigandM $m]
set Ligandatomt [atomselect top "index $IDLigand" frame $t]
set Ligandatom [atomselect top "index $IDLigand"]
set Ligandmasse [$Ligandatom get mass]
set Ligandatomtcrd [lindex [$Ligandatomt get { x y z }] 0]
set LigandmasseGes [expr $LigandmasseGes + $Ligandmasse]
set LigandZaehlert [vecadd $LigandZaehlert [vecscale $Ligandmasse $Ligandatomtcrd] ]
$Ligandatomt delete
$Ligandatom delete
}
set LigandMSPt [vecscale [expr 1.0/$LigandmasseGes] $LigandZaehlert]
#Berechnen des Massenschwerpunktes des Hosts zum Zeitpunkt t
for {set n 0} {$n < 4 } {incr n} {
set IDHost [lindex $HostM $n]
set Hostatomt [atomselect top "index $IDHost" frame $t]
set Hostatom [atomselect top "index $IDHost"]
set Hostmasse [$Hostatom get mass]
set Hostatomtcrd [lindex [$Hostatomt get { x y z }] 0]
set HostmasseGes [expr $HostmasseGes + $Hostmasse]
set HostZaehlert [vecadd $HostZaehlert [vecscale $Hostmasse $Hostatomtcrd] ]
$Hostatomt delete
$Hostatom delete
}
set HostMSPt [vecscale [expr 1.0/$HostmasseGes] $HostZaehlert]
134
#Berechnen der MSP-Distanz zum Zeitpunkt t
set vectt [vecsub $HostMSPt $LigandMSPt]
set MSPdistt [veclength $vectt]
set MSPdistsumme [expr $MSPdistsumme + $MSPdistt]
set Boltzmannfaktortvor [expr exp((-1.0)*$beta*$LJPotentialt/2)]
set Boltzmannsummevor [expr $Boltzmannsummevor + $Boltzmannfaktortvor]
set Boltzmannfaktortrueck [expr exp($beta*$LJPotentialt/2)]
set Boltzmannsummerueck [expr $Boltzmannsummerueck + $Boltzmannfaktortrueck]
set Boltzmannt [expr exp($beta*$LJPotentialt)]
set Boltzmannsumme [expr $Boltzmannsumme + $Boltzmannt]
}
set Boltzmannfaktormittelvor [expr $Boltzmannsummevor/ $time]
set Boltzmannfaktormittelrueck [expr $Boltzmannsummerueck/ $time]
set Boltzmannmittel [expr $Boltzmannsumme/$time]
set MSPdistmittel [expr $MSPdistsumme/$time]
set SOSvor [expr ((-1.0)*log($Boltzmannfaktormittelvor)/$beta)]
set SOSrueck [expr (log($Boltzmannfaktormittelrueck)/$beta)]
set FEP [expr (log($Boltzmannmittel)/$beta)]
puts $EQU " Der Vorwaertstransformationsterm fuer Simple Overlap Sampling hat den Wert $SOSvor kcal/mol"
puts $EQU " Der Rueckwaertstransformationsterm fuer Simple Overlap Sampling hat den Wert $SOSrueck kcal/mol"
puts $EQU " Free Energy Perturbation ergibt einen Wert von $FEP kcal/mol"
puts $EQU " Der mittlere Abstand der MSP von Ligand und Host betrgt $MSPdistmittel Angstroem"
close $EQU
135
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