Cromatina

Diferentes niveles de condensacin de ADN. (1) Hebra simple de ADN. (2) Hebra de cromatina (ADN con histonas, "cuenta de collar"). (3) Cromatina durante la interfase con centrmero. (4) Cromatina condensada durante la profase (Dos copias de ADN estn presentes). (5) Cromosoma durante la metafase. La cromatina es el conjunto de ADN, histonas y protenas no histnicas que se encuentra en el ncleo de las clulas eucariotas y que constituye el cromosoma eucaritico.La cromatina (ADN) Las unidades bsicas de la cromatina son los nucleosomas. stos se encuentran formados por aproximadamente 146 pares de bases de longitud (el nmero depende del organismo), asociados a un complejo especfico de 8 histonas nucleosmicas (octmero de histonas). Cada partcula tiene una forma de disco, con un dimetro de 11 nm y contiene dos copias de cada una de las 4 histonas H3, H4, H2A y H2B. Este octmero forma un ncleo proteico alrededor del que se enrolla la hlice de ADN (da aproximadamente 1,8 vueltas). Entre cada una de las asociaciones de ADN e histonas existe un ADN libre llamado ADN "espaciador", de longitud variable entre 0 y 80 pares de nucletidos que garantiza flexibilidad a la fibra de cromatina. Este tipo de organizacin, permite un primer paso de compactacin del material gentico, y da lugar a una estructura parecida a un "collar de cuentas". Posteriormente, un segundo nivel de organizacin de orden superior lo constituye la "fibra de 30nm" compuestas por grupos de nucleosomas empaquetados uno sobre otros adoptando disposiciones regulares gracias a la accin de la histona H1. Finalmente contina el incremento del empaquetamiento del ADN hasta obtener los cromosomas que observamos en la metafase, el cual es el mximo nivel de condensacin del ADN. Tipos de cromatina La cromatina se puede encontrar en 2 formas

Heterocromatina, es una forma inactiva condensada localizada sobre todo en la periferia del ncleo, que se tie fuertemente con las coloraciones. En 1928 Emil HEITZ, basndose en observaciones histolgicas, defini la heterocromatina (HC) como los segmentos cromosmicos que aparecan muy condensados y oscuros en el ncleo en interfase. De hecho, la cromatina est formada de una maraa de fibras cuyo dimetro no solo vara durante el ciclo celular sino que tambin depende de la regin del cromosoma observada.

La eucromatina activa est formada por una fibra de un dimetro que corresponde al del nucleosoma, que es un segmento de ADN bicatenario enrollado alrededor de homodmeros de las histonas H2A, H2B, H3, y H4. En la eucromatina inactiva, esta fibra se enrolla sobre s misma gracias a las histonas H1 para formar el solenoide. La interaccin con otras protenas no histonas (topoisomerasa II, protenas de andamiaje, lamininas, ) provoca mayores grados de organizacin. En cuanto a la heterocromatina, la fibra que la constituye se encuentra ms condensada y a menudo aparece formada por agregados. Su formacin require numerosas protenas adicionales, que incluyen las protenas HP1 (Heterochromatin Protein 1 o protena de la heterocromatina1). La heterocromatina puede ser de dos tipos diferentes,la riqueza en ADN satlite determina tanto la naturaleza permanente o reversible de la heterocromatina, como su polimorfismo y propiedades de tincin:

la constitutiva, idntica para todas las clulas del organismo y que carece de informacin gentica, incluye a los telmeros y centrmeros del cromosoma que no expresan su ADN. La heterocromatina constitutiva contiene un tipo particular de ADN denominado ADN satlite, formado por gran nmero de secuencias cortas repetidas en tndem. Los tipos principales de este ADN son el ADN satlite alfa, y los ADN satlite I, II y III. Estas secuencias de ADN satlite son capaces de plegarse sobre s mismas y pueden tener un papel importante en la formacin de la estructura altamente compacta de la heterocromatina constitutiva. La heterocromatina constitutiva es estable y conserva sus propiedades heterocromticas durante todas las etapas del desarrollo y en todos los tejidos. La heterocromatina constitutiva es altamente polimrfica, probablemente debido a la inestabilidad del ADN satlite. Este polimorfismos puede afectar, no solamente a su tamao sino tambin a la localizacin de la heterocromatina, y aparentemente no tiene un efecto fenotpico. La heterocromatina constitutiva se encuentra fuertemente teida en la tcnica de bandas C, lo que es el resultado de una renaturalizacin muy rpida del ADN satlite tras la desnaturalizacin. la facultativa, diferente en los distintos tipos celulares, contiene informacin sobre todos aquellos genes que no se expresan o que pueden expresarse en algn momento. Incluye al ADN satlite y al corpsculo de Barr. La heterocromatina facultativa se caracteriza por la presencia de secuencias repetidas tipo LINE. Estas secuencias, dispersas a lo largo del genoma, podran promover la propagacin de una estructura de cromatina condensada. La heterocromatina facultativa es reversible, su estado heterocromtico depende de la etapa del desarrollo y del tipo celular. Dos ejemplos de este tipo de heterocromatina son el cromosoma X inactivo (cuerpo de Barr) de las clulas somticas femeninas y la vescula sexual inactiva en la etapa del paquiteno de las meiosis masculinas. La heterocromatina facultativa no es particularmente rica en ADN satlite, y por ello, no es polimrfica. La heterocromatina facultativa no se encuentra nunca teida en la tcnica de bandas C.

Se ha visto que en la formacin de heterocromatina frecuentemente participa el fenmeno de ARN interferente. Por ejemplo, en Schizosaccharomyces pombe, la heterocromatina se forma

en el centrmero, telmeros y en el loci mating-type.1 La formacin de la heterocromatina en el centrmero depende del mecanismo de ARN interferente (ARNi). ARN doble cadena complementarios son producidos de secuencias repetidas localizadas en el centrmero, que inducen ARNi y seguidamente metilacin de la lisina 9 histona 3 y enlazamiento de Swi6 (protena estructural de la heterocromatina, la cual es homloga a HP1 en mamferos).2 Propiedades de la heterocromatina A pesar de las diferencias descritas anteriormente, la heterocromatina constitutiva y la heterocromatina facultativa tienen propiedades muy similares. 1. La heterocromatina est condensada. Este es, de hecho, lo que define la heterocromatina, y por ello es aplicable tanto a la heterocromatina constitutiva como a la facultativa. Esta elevada condensacin la hace fuertemente cromoflica e inaccesible a la DNAsa I y, en general, a otras enzimas de restriccin.

2. El ADN de la heterocromatina se replica ms tarde.

La incorporacin de varios anlogos de nucletidos muestra que el ADN de ambos tipos de heterocromatina se replica tarde. Esto es el resultado, por un lado, de su elevado grado de condensacin, que evita que la maquinaria replicativa accede fcilmente al ADN y, por otro lado, de su localizacin en un dominio nuclear perifrico pobre en elementos activos. 3. El ADN de la heterocromatina se encuentra metilado.

El ADN de la heterocromatina constitutiva se encuentra altamente metilado en las citosinas. Por ello, un anticuerpo anti-5-metil citosina marca fuertemente todas las regiones de este tipo de heterocromatina. Por lo que se refiere a la heterocromatina facultativa, la metilacin de su ADN es menor, aunque los anlisis mediante enzimas de restriccin sensibles a metilacin revelan una importante metilacin de los islotes CpG, especficamente localizados en las regiones que controlan la expresin de los genes.

4. En la heterocromatina las histonas se encuentran hipoacetiladas. Las histonas puede sufrir una serie de modificaciones post-traduccionales en sus extremos N-terminales que pueden afectar a la propia actividad gentica de la cromatina.

La hipoacetilacin de las colas N-terminales de las histonas, principalmente en las lisinas, estn asociadas con la cromatina inactiva. Por el contrario, las histonas hiperacetiladas son caractersticas de la cromatina activa. La acetilacin/desacetilacin de histonas es un mecanismos absolutamente esencial para el control de la expresin gnica. Existen numerosos factores de transcripcin que presentan una actividad acetiltransferasa de histonas (HAT, Histone Acetyl Transferase) o desacetilasa de histonas (HDAc o Histone De-Acetylase).

5. Las histonas de la heterocromatina se encuentran metiladas en la lisina 9. La metilacin de la lisina 9 de la histona H3 (H3-K9) parece que est muy relacionada con el proceso de

heterocromatinizacin del genoma, tanto en la formacin de heterocromatina constitutiva como facultativa. 6. La heterocromatina es transcripcionalmente inactiva.

A diferencia de lo que ocurre en Drosophila, la heterocromatina constitutiva humana no contiene genes y la incorporacin de uridina tritiada en los cultivos celulares no producen ningn tipo de marcaje a este nivel. La heterocromatina facultativa es relativamente pobre en genes, y stos generalmente no se transcriben en el estado de heterocromatina.

7. La heterocromatina no participa en la recombinacin gentica.

De modo general se acepta que la heterocromatina constitutiva no participa en la recombinacin gentica. La no existencia de un emparejamiento preliminar de las regiones heterocromatnicas homlogas se podra deber al polimorfismo caracterstico de estas regiones que lo dificultaran, aunque no lo haran imposible. La heterocromatina constitutiva tambin acta reprimiendo la recombinacin en la regiones de eucromatina adyacentes.Por lo que respecta a la heterocromatina facultativa, tampoco participa en la recombinacin meitica cuando se encuentra en su forma inactiva.

Funciones de la heterocromatina Durante mucho tiempo el papel concreto de la heterocromatina ha sido un misterio, ya que su polimorfismo no pareca tener ningn efecto funcional o fenotpico. 1. Papel de la heterocromatina en la organizacin de los dominios nucleares.

La heterocromatina y la eucromatina ocupan dominios nucleares distintos. La heterocromatina se localiza generalmente en la periferia del ncleo anclada a la membrana nuclear. Por el contrario, la cromatina activa se localiza en una posicin ms central. La localizacin preferencial de la heterocromatina contra la membrana nuclear puede deberse a la interaccin de la protena HP1 con el receptor de la lmina B, componente de la membrana interna del ncleo. La localizacin perifrica de la heterocromatina concentra los elementos activos en la porcin central del ncleo, permitiendo que eucromatina activa se replique y transcriba con una eficiencia mxima.

2. Papel de la heterocromatina en la funcin del centrmero. En la mayor parte de eucariotas, los centrmeros se encuentran rodeados de una considerable masa de heterocromatina. Se ha sugerido que la heterocromatina centromrica sera necesaria para la cohesin de las cromtidas hermanas y que permitira la disyuncin normal de los cromosomas mitticos.

En la levadura Schizosaccharomyces pombe, el homlogo Swi6 de la protena HP1 es absolutamente esencial para la cohesin eficiente de las cromtidas hermanas durante la divisin celular. Los experimentos en los cuales se ha realizado la delecin del ADN satellite muestran que una gran regin de repeticiones de este tipo de ADN es indispensable para el funcionamiento correcto del centrmero.

Se supone que la heterocromatina centromrica podra, de facto, crear un compartimento mediante el incremento de la concentracin local de la variante centromrica de las histonas, CENP-A, y mediante la promocin de la incorporacin de la CENP-A en lugar de la histona H3 durante la replicacin. 3. Papel de la heterocromatina en la represin gnica (regulacin epigentica) La expresin gnica puede estar controlada a dos niveles:

Primero, a nivel local o control transcripcional, gracias a la formacin de complejos locales de transcripcin. Este nivel involucra secuencias de ADN relativamente pequeas unidas a genes. A nivel ms global, en cuyo caso se dice que hay un control de la transcriptabilidad. Este control involucra a secuencias ms largas que representan un gran dominio de cromatina, que puede estar en estado activo o inactivo. En este caso es la heterocromatina la que parece estar involucrada. Los genes que generalmente se encuentran en la eucromatina pueden, por tanto, ser silenciados cuando se encuentran cercanos a un dominio de heterocromatina.

Mecanismo de inactivacin en cis: Los reordenamientos cromosmicos pueden provocar que una regin eucromtica se yuxtaponga a una regin heterocromtica. En el momento en el que el reordenamiento elimina ciertas barreras que protegen la eucromatina la estructura heterocromtica es capaz de propagarse en cis a la eucromatina adyacente, inactivando los genes que se encuentran en ella. Este es el mecanismo observado en la variegacin por efecto de posicin (PEV) en Drosophila y en la inactivacin de ciertos transgenes en ratn. Mecanismo de inactivacin en trans: Durante la diferenciacin celular, ciertos genes activos pueden transponerse a un dominio nuclear heterocromtico haciendo que se inactiven. Este mecanismo es el que se ha propuesto como explicacin para la co-localizacin en los ncleos de linfocitos de la protena IKAROS con la heterocromatina centromrica y de los genes cuya expresin controla.

Eucromatina, est diseminada por el resto del ncleo (menor condensacin), se tie dbilmente con la coloraciones (su mayor tincin ocurre en la mitosis y no es visible con el microscopio de luz). Representa la forma activa de la cromatina en la que se est transcribiendo el material gentico de las molculas de ADN a molculas de ARNm, por lo que es aqu donde se encuentran la mayora de los genes activos.

Diferencias entre eucromatina y heterocromatina

Diferencias genticas: los experimentos de construccin de mapas demuestran que la mayor parte de los genes activos se localizan en la eucromatina. En los ncleos interfsicos, la eucromatina se tie menos densamente debido al menor grado de empaquetamiento, y en general se acepta que este es el estado ms compatible con la actividad gnica y la transcripcin. La heterocromatina se encuentra en muchos organismos flanqueando las regiones centromricas, algunas veces tambin se encuentra en regiones telomricas, y en algunos casos se ha observado la existencia de cromosomas completos heterocromticos (por ejemplo, el cromosoma Y de Drosophila melanogaster). Se han detectado muy pocos genes activos en la heterocromatina.43 Por ejemplo, en Drosophila existen mutaciones letales en genes que se localizan en regiones heterocromticas; por tanto estos genes deben poseer alguna actividad. En cualquier caso, el porcentaje de genes activos localizados en regiones heterocromticas es muy bajo, comparado con el de genes activos situados en la eucromatina. La principal diferencia entre la eucromatina y la heterocromatina radica por tanto en la actividad de estos dos tipos de cromatina. Estudios tempranos de la heterocromatina condujeron al descubrimiento del fenmeno conocido como "variegacin por efecto de la posicin" (PEV, por sus siglas en ingls),44 en el cual si un gen eucromtico se coloca cerca o dentro de una regin heterocromtica, deviene silenciado de forma epigentica. Este proceso tiene importantes implicaciones en la regulacin gnica, el envejecimiento y la progresin tumoral. Diferencias citolgicas: a nivel estructural, en los ncleos interfsicos, existe un mayor grado de enrollamiento o empaquetamiento en la heterocromatina que en la eucromatina.45 Esto se demuestra porque la heterocromatina presenta una sensibilidad reducida al tratamiento con nucleasas, lo cual refleja un posicionamiento de los nucleosomas a intervalos cortos y regulares. Diferencias bioqumicas: la heterocromatina presenta modificaciones caractersticas en las histonas, como un alto grado de metilacin en la lisina 9 de la histona H3 (H3K9) y en la lisina 27 (H3K27), combinado con una carencia de acetilacin. La heterocromatina tambin se caracteriza por la presencia de la protena HP1 (heterochromatin protein 1). Adems, la heterocromatina de vertebrados y plantas presenta un elevado grado de metilacin en las islas CpG (regiones genmicas ricas en dinucletidos C+G).46 La metilacin de H3K9 conlleva el reclutamiento de ms enzimas que transfieren grupos metilo a las histonas (HMTs, histone methyltransferases), mediado por HP1. Se han descrito dos rutas diferentes para llevar a cabo este proceso. Una de estas rutas utiliza ARN interferente,47 mientras que la segunda utiliza protenas de unin a ADN que reconocen secuencias especficas para dirigir las HMTs.47 Crommeros Artculo principal: Crommero.

Los crommeros son "engrosamientos" o regiones ms compactadas de la eucromatina, que se distribuyen de manera ms o menos uniforme a lo largo de los cromosomas y se pueden visualizar durante las fases de la mitosis o de la meiosis de menor condensacin de la cromatina (profase). Su naturaleza molecular sigue siendo controvertida, pero podran ser consecuencia de un cierto grado de compartimentalizacin en la distribucin de las secuencias de ADN y en la organizacin de los cromosomas. Desde hace varios aos, el grupo de Giorgio Bernardi en Italia, sostiene que hay una distribucin compartimentalizada de secuencias relativamente grandes de ADN (llamadas "iscoras") en el genoma de los vertebrados de sangre caliente, de modo tal que cada iscora tiene un contenido en bases (porcentaje de C+G) relativamente homogneo pero diferente al de las dems.56 57 58 59 Despus de publicado el primer borrador del "Proyecto Genoma Humano", parece confirmarse la existencia de cinco iscoras en el genoma de los humanos, dos de ellas ricas en A y T, y tres ricas en G y C. La distribucin alternante de ambos tipos de iscoras podra ser la explicacin molecular de la existencia de crommeros.60 61 Estructura externa de los cromosomas: nmero, forma y tamao El estudio de la estructura externa de los cromosomas de cualquier especie eucaritica consiste en analizar la forma, tamao y nmero de los cromosomas que posee. El mejor momento para llevar a cabo dicho estudio suele ser aquel en el que los cromosomas han alcanzado su mximo grado de contraccin y tienen sus bordes perfectamente definidos. Dicho momento suele ser la metafase mittica. El estudio de la estructura externa de los cromosomas culmina con la obtencin del cariotipo.2 Los cromosomas se pueden estudiar en distintos momentos segn la especie y dependiendo de los objetivos planteados. Algunas especies tienen cromosomas que se pueden observar con gran detalle en interfase, tal es el caso de Drosophila melanogaster, que posee cromosomas politnicos gigantes que se observan en las glndulas salivales de dicho insecto, y el de Chironomus tentans, otro dptero. El cariotipo se confecciona usualmente despus de un apropiado pre-tratamiento y tincin de las clulas, para hacer ms visibles los cromosomas individuales. Al diagrama simplificado de los cromosomas metafsicos del cariotipo se lo denomina idiograma, que se construye con el nmero genmico. Para realizar el ordenamiento de los cromosomas tanto en cariotipos como idiogramas se debe tener en cuenta el tamao cromosmico (ubicados de mayor a menor, con el brazo corto bc o "p" hacia arriba y el brazo largo bl o "q" hacia abajo); posicin del centrmero (generalmente alineados) y presencia de constricciones secundarias y satlites.