Analisando

rea e comprimento foliar com ImageJ por Rafael E. Machado JAN/2012 (machado.rem@gmail.com) Antes de iniciar as medies: Nas imagens obtidas com scanner as folhas no devem estar sobrepostas. Caso estejam se tocando dever ser feita uma pequena correo com editor de imagens apagando as reas de contato, lembrando que este processo, mesmo que sensivelmente, ir reduzir a rea da folha. H uma alternativa no prprio ImageJ que envolve selecionar a imagem desejada com algumas das ferramentas de seleo da barra de ferramentas. No h necessidade de preencher os espaos vazios do interior das folhas (ex.: buracos de herbvoros). imprescindvel saber a resoluo da imagem em dpi. Isso no a mesma coisa que o tamanho (ex.: 1024x768). Caso voc no saiba o dpi da imagem, voc pode ver isso no Photoshop ou em um software gratuito chamado XnViewMP (http://www.xnview.com).

Configurando a escala: dpi significa o nmero de pixels por polegada (inch) em uma dimenso. Dessa forma, cada resoluo de imagem (150, 300 dpi) possui um nmero diferente de pixels por unidade de medida. Como a unidade de interesse centmetros, o ajuste deve ser feito da seguinte forma: 1) na calculadora dividir a resoluo da imagem por 2,54 (1 inch = 2,54 cm) dpi/2,54 (ex.: 300/2,54 = 118,11); 2) no ImageJ, em Analyse > Set Scale e preencher como na figura abaixo e dar OK (o primeiro campo o valor obtido na calculadora).

OBS.: Provavelmente esse ajuste dever ser feito a cada vez que o programa for aberto!!! Mas se mantm entre uma imagem e outra, caso no tenha fechado o programa antes. ____________________________________________________________________________________________________________________________________ 1. Ao iniciar o programa clicar em Open do menu File, selecionar a imagem a ser analisada. 2. No menu Image clicar em Type > 8-bits para transformar a imagem em escala de cinza. Caso a imagem j tenha sido escaneada em escala de cinza, pular para o tem seguinte. 3. No menu Image selecionar Adjust e clicar em Threshold. Definir a imagem em preto e branco (B&W). A janela Threshold poder j ser fechada.

 4. No menu Analyze clique em Set Measurements e marque as opes Area, Ferets diameter e Display label, e o que mais for de interesse para a anlise, e ento clique em OK. Ferets diameter mede a maior distncia entre dois pontos do polgono selecionado, o que corresponde ao comprimento da folha. NOTA: essas configuraes devero ser realizadas apenas uma vez, o programa ir mant-las para futuras anlises com outras imagens.

5. No menu Analyze selecionar Tools e clicar em ROI Manager (ROI = Regions Of Interest), e uma janela se abrir, mantenha-a aberta. 6. Selecione a ferramenta Wand (tracing) da barra de ferramentas do ImageJ.

7. Clique em uma folha e ela ser selecionada e um contorno em amarelo aparecer. Na janela ROI Manager clique em Add (ou simplesmente t). Repita o processo em cada folha da imagem. Por fim selecione todas as folhas clicando sobre as imagens com a tecla Shift pressionada e clique novamente em Add. Estes valores correspondem coordenadas na imagem das folhas selecionadas, sendo o ltimo valor correspondente ao somatrio de todas as folhas.

OBS.: importante certificar-se de que antes de adicionar a folha lista ROI Manager esta esteja devidamente contornada em amarelo. Algumas vezes a seleo feita em algum pequeno polgono interno da folha, o que acarretar em um erro srio de medida. Quando isso acontece, no Results (passo 8) o valor apresentado ser muito pequeno (ex.: 2.222E-5) 8. Retornando janela ROI Manager, clique em Measure.

 Uma janela Results aparecer com os valores de cada folha. A ltima linha da lista corresponde s medies de todas as folhas juntas, caso voc tenha procedido exatamente como descrito no passo 5. Salve os Results em File -> Save As. D o mesmo nome da imagem. O arquivo salvo ser uma planilha Excel que ser utilizado para a obteno dos valores de rea em cm2. possvel copiar os dados diretamente da janela Results e colar em uma planilha Excel.

Casos especiais e algumas solues 1. Selecionando folilulos de leguminosas tipo mimosceas: para no ter que selecionar um a um dos folilulos, em primeiro lugar delete tudo da imagem que no seja desejado (por exemplo, sujeiras, sombras, ...). Para isso utilize qualquer uma das ferramentas de seleo da barra do ImageJ e aperte Delete no teclado.

Aumente o contraste da imagem (Process -> Enhace Contrast -> 50% -> OK). Em Process, clique em Binary -> Make Binary. Novamente em Process, clique em Binary -> Fill Holes (para preencher os espaos internos das folhas). Na sequncia, v em Edit -> Selection e clique na opo Create Selection. Pronto, esto selecionados cada folilulo. 2. Ao transformar a imagem em B&W a imagem fica com reas brancas nas bordas:

Isto ocorre por causa do excesso de brilho em algumas parte da imagem. Neste caso h 3 coisas que podem ser feitas, aumentar o contrate (Process -> Enhace Contrast -> 50% -> OK), aumentar Threshold

manualmente (na maioria das vezes isso resolve) e/ou preencher manualmente o contorno das bordas com a ferramenta Paintbrush da barra de ferramentas. No h necessidade de preencher o interior da figura.