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TECHNOLOGIE APPLIQUE

J. CROIZE1,*, C. RECULE1, I. PELLOUX1, V. CHANTEPERDRIX1 et M. MAURIN1

Lautomatisation en bactriologie : un challenge continu. Lexprience du Centre Hospitalier Universitaire de Grenoble


RSUM
Certaines spcicits de la bactriologie mdicale font que celle-ci ne bncie pas encore du mme degr dautomatisation que dautres disciplines de la biologie mdicale. Toutefois, aprs lapparition des automates dhmocultures puis des automates didentication et dantibiogramme, deux autres secteurs de la bactriologie mdicale ont vu certaines tapes de leur analyse sautomatiser : la cytologie urinaire et la dtection des mycobactries. Si cette automatisation semble inexorablement sinstaller, elle ne doit pas faire oublier limportance de certaines phases conventionnelles de la bactriologie (microscopie et mise en culture) et lintrt de la biologie molculaire dans trois domaines : le diagnostic rapide, lidentication de bactries croissance lente et lpidmiologie. Nous prsentons dans cet article lintrt et les limites de lautomatisation en bactriologie en fondant notre propos sur lexprience acquise au sein du laboratoire de bactriologie du CHU de Grenoble.

MOTS-CLS
Automates de bactriologie, automates dhmocultures, automates didentication et dantibiogramme, cytologie automatise, automate de culture de mycobactrie en milieu liquide

Evolution

Automated systems in bacteriology : a continuous challenge. The experience of an Hospital University


SUMMARY
Due to some of its specicities medical bacteriology does not present the same degree of automation that characterizes others clinical chemistry disciplines. However, after blood culture automated systems and then automated microbial identication and antimicrobial susceptibility testing systems for Gram positive and Gram negative bacteria, news systems appeared : detection and drug susceptibility systems for mycobacteria and automated urine microscopy analyser. The steps (microscopic examination and culture) are still present with molecular diagnosis for conventional identication of bacteria, identication of fastidious bacteria and epidemiology.

KEYWORDS
Automated systems, blood culture system, microbial identication and antimicrobial susceptibility testing systems, automated urine microscopy analyser.

I - Introduction
La bactriologie mdicale est assujettie des obligations lies la nature mme des microorganismes recherchs (bactries vivantes, poten-

tiellement virulentes) et lapplication des textes rglementaires encadrant la pratique des analyses : le guide de bonne excution des analyses de biologie mdicale (GBEA (1)), le rfrentiel de microbiologie (REMIC (2)) et les recommandations du Comit de lAntibiogramme de la

* Pour correspondance 1 Laboratoire de bactriologie Dpartement des Agents Infectieux CHU de Grenoble BP 217X 38043 Grenoble cedex Tl. : 04 76 76 54 79 Fax : 04 76 76 59 12 E-Mail : Jcroize@chu-grenoble.fr 45

SPECTRA BIOLOGIE n 160 Juin-Juillet 2007

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Phase pr-analytique Ralisation du prlvement Enregistrement de lanalyse Validation du prlvement Adquation entre analyse et prlvement Phase analytique Examen direct (cytologie) Mise en cultures Identication Antibiogramme - CMI Phase post-analytique Validation technique Validation biologique Dialogue clinicien-biologiste Souche Envoi CNR-DDASS

Tableau I Les trois phases de gestion dun prlvement bactriologique

Socit Franaise de Microbiologie (CASFM (3)). Comme tout prlvement biologique la gestion de celui-ci se droule en trois phases (tableau I) : pranalytique, analytique et postanalytique. Si la bactriologie mdicale apparat accuser un retard par rapport dautres disciplines de la biologie (biochimie, hmatologie), certaines phases de ralisation des analyses sautomatisent toutefois progressivement. Quelles sont les causes de ce retard lautomatisation ? Quels sont les automates actuels et comment peuvent-ils tre intgrs au sein dun laboratoire hospitalier ou priv? Nous exposons ici notre exprience pour un hpital de 2 200 lits et places, comportant tous les secteurs de la mdecine, chirurgie, obsttrique, pdiatrie, griatrie et psychiatrie, avec plus de 100 000 entres en hospitalisation complte en 2005.

non automatisable et des ensemencements sur dirents milieux disolement, dans une atmosphre varie (arobiose ou anarobiose ou 5% de CO2 ou microarophilie) une temprature le plus souvent de 37C. Cette premire tape indispensable pour lisolement des bactries reste manuelle, elle ne bncie pas lheure actuelle dun ensemenceur automatisable. Notons toutefois lexistence de recherches spciques de certaines bactries nommment dsignes (S. aureus rsistant la mthicilline (SARM), C. dicile, C. trachomatis) qui peuvent proter de techniques rapides apparaissant partiellement automatisables.

2. Les bactries et leur taxonomie.


Le prlvement analyser en bactriologie peut contenir aucune bactrie ou plusieurs, il comporte ou non initialement des bactries commensales au sein desquelles on doit rechercher la ou les bactries pathognes. De ce fait, les bactries dintrt mdical rechercher selon les prlvements appartiennent plus de 2 000 espces ou sous-espces (BergeysManual of Systematic Bacteriology 2005). Les bacilles Gram ngatif non exigeants (entrobactries et non entrobactries), les Staphylocoques et les Streptocoques sont les plus frquents. Nanmoins, de nouvelles espces ou taxons apparaissent chaque anne obligeant une mise jour continue des connaissances. A ct de ces bactries, les espces dites exigeantes : les HACEK (Haemophilus aphrophilus et Haemophilus paraphrophilus, Actinobacillus actinomycetemcomitans, Cardiobacterium hominis, Eikenella corrodens, Kingella kingae), Pasteurella, Campylobacter, Listeria, Corynbactries, mycoplasmes, mycobactries, Bartonella et autres, constituent autant despces dont lidentication simpose comme plus dicile. Cette diversit bactrienne constitue un handicap pour un systme devant couvrir le maximum despces. Les automates doivent donc tre conus comme des systmes volutifs. Ils doivent au minimum couvrir initialement les bactries les plus frquentes et les plus faciles identier et proter dune volution rgulire de leurs galeries ou de leur cartes an denrichir le contenu de cette base.

II - Les limites lautomatisation de la bactriologie


Nous pouvons dceler les causes du retard voqu prcdemment dans les spcicits des direntes phases de la gestion dun prlvement en bactriologie.

1. Les prlvements et la phase disolement.


Alors quen biochimie ou en hmatologie le sang est pratiquement le seul prlvement analyser, en bactriologie la nature des prlvements grs se rvle multiple : couvillons, liquides (sang, urine, liquide cphalo-rachidien, liquides dascite, pleural ou articulaire), biopsies, matriels chirurgical ou de ranimation divers. A titre dexemple, sur le site du CHU de Grenoble, pour 113 000 prlvements reus en 2005, la moiti dentre eux se rpartit dans 6 grands groupes : hmocultures, urines, prlvements broncho-pulmonaires, coprocultures, prlvements ORL, prlvements gnitaux ; lautre moiti regroupe les recherches de mycobactries, les prlvements pour dpistage de bactries multirsistantes (BMR), et des prlvements en rapport avec des interventions chirurgicales varies. Cette multiplicit de nature et de type de prlvements ne favorise pas une gestion commune, simple et automatisable. Chacun des prlvements, lexception des hmocultures, ncessite le premier jour de rception un examen direct (examen au microscope)
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3. Les mthodes didentication


Lidentication bactrienne rpond classiquement un arbre dcisionnel fond sur des critres de morphologie de colonie (taille, pigmentation), daspect la coloration de Gram, dhmolyse et de caractres biochimiques (catalase ou oxy-

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dase). Selon les rsultats, lorientation se fera vers tel ou tel type didentication. Les mthodes didentications sont variables selon les bactries : techniques dagglutination (Staphylocoques, Streptocoques), biochimiques (Entrobactries, non-entrobactries, Staphylocoques et Streptocoques..), chromognique (bactries urinaires), immunoenzymatique (C. dicile, L. pneumophila) ou gnomique (Chlamydia, Mycobactrie). Cette multiplicit de techniques didentication constitue galement un handicap dans le dveloppement dun systme universel. La rponse apporte cette problmatique par les automates a t progressive ; elle a dabord concern les bactries peu exigeantes et croissance rapide , puis les bactries exigeantes. Seule la biologie molculaire, par un systme didentication unique, squenage du gne de lARN 16S, secondairement automatisable, pourrait en thorie remplacer toutes les autres techniques. avec des contrles de qualit intgrs) et mcanique. La possibilit de supprimer des tches manuelles, une informatique permettant une mmorisation et une liaison avec un systme de gestion de laboratoire (SGL), un systme expert inclus simposent comme autant de facteurs discriminants complmentaires. La qualit et le suivi de la maintenance et du service aprs-vente constituent galement des lments de direnciation importants prendre en compte. Le cot lachat du systme et le cot des ractifs tenant compte du march international sont des arguments dcisifs. Enn la connaissance de la socit, limplication de celle-ci dans lvolution de lautomate quelle commercialise et lexistence dun service de recherche et dveloppement mme de jouer un rle moteur dans cette volution sont galement des paramtres intgrer dans la rexion qui mnera au choix dun systme donn. En plus des connaissances sur les performances des automates existants, le biologiste doit tablir un cahier des charges bactriologique comportant : le nombre de prlvements et le type de prlvements analyss, les espces bactriennes isoles et les types de rsistance susceptibles dtre rencontres. Pour le biologiste gestionnaire , lautomatisation doit, par rapport au travail manuel, apporter une productivit amliore sans erreur humaine et une optimisation du temps de travail. Lautomatisation permet galement de mieux connatre les cots, de les anticiper, de mieux grer les stocks de ractifs et de consommables. Le gain de temps de travail doit permettre doptimiser dautres secteurs en dveloppement.

4. Les antibiogrammes
Lantibiogramme accompagne presque toujours lidentication des bactries potentiellement pathognes sauf pour certaines (Chlamydia, Bartonella,..). La mise en route de lantibiogramme doit rpondre aux recommandations annuelles du CASFM sur le choix des antibiotiques tester selon la bactrie en cause. Linterprtation des rsultats doit tre guide par les informations de la dernire dition de lAntibiogramme (4) notamment dans lexpertise et la dtermination des phnotypes de rsistances bactriens. Lantibiogramme par diusion a constitu un outil trs utilis dans les CHU, il prsente des avantages non ngligeables : vrication de linoculum et de la puret, souplesse du choix des antibiotiques tests, constatation de synergie ou dantagonisme potentiels, adaptation toutes les bactries en suivant les recommandations du CASFM. Toutefois, deux raisons essentielles ont contribu lutilisation des systmes automatiss : dun ct, la dicile gestion des stocks de disques dantibiogramme (conservation, dates de premption direntes selon les disques) et, de lautre, les trs bonnes performances des automates renforcs par des systmes experts ecaces. Ainsi la ralisation dantibiogrammes par diusion peut proter dun certain degr dautomatisation de la lecture et surtout de lexpertise grce deux systmes disponibles sur le march : lOsiris de la socit Bio-Rad (Hercules, Etats-Unis) et le SirScan de la socit i2A (Prols, France).

2. Selon ladministration de lhpital


Pour ladministration hospitalire, le report des tches manuelles sur lautomate permet de distinguer en interne des B manuels et des B automatiss . De ce point de vue, lobjectif est de les relier des quivalents temps plein (ETP) an de gnrer des gains de postes que le biologiste hospitalier devra dfendre opinitrement.

IV - Lapplication potentielle dans quatre secteurs de la bactriologie


Quatre secteurs de la bactriologie peuvent, aujourdhui, bncier dune automatisation de certaines tapes danalyse, 11 automates actuellement prsents sur le march peuvent rpondre cette demande (tableau II).

III - Avantages de lautomatisation en microbiologie, les dirents point de vue 1. Selon le biologiste
Les exigences du biologiste scientique vis--vis dun automate se fondent de faon non-exhaustive sur des critres de qualit analytique (sensibilit, spcicit, exactitude, reproductibilit, abilit irrprochable

1. Gestion dun prlvement dhmoculture (tableau III)


Lhmoculture est une analyse dite noble par sa nalit clinique comme mthode de diagnostic dune bactrimie/septicmie (6). Le rsultat est attendu rapidement et un gain de temps a t un des premiers objectifs demand aux automates (7). Trois critres sont caractristiques de ce prSPECTRA BIOLOGIE n 160 Juin-Juillet 2007 47

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Objectifs ou secteur dapplication IdenticationAntibiogramme Vitek2 Nom Fabriquant/Distributeur Adresse en France bioMrieux Chemin de lOrme 69280 Marcy-lEtoile Tl. : 04 78 87 20 00 www.biomerieux.fr Becton-Dickinson 11, rue Aristide Bergs BP 4 38800 Le Pont-de-Claix Tl. : 04 76 68 36 36 www.bd.com/france Dade-Behring 19-29, rue du Capitaine Guynemer Immeuble Berkeley 92903 Paris-la-Dfense cedex Tl. : 01 42 91 21 00 www.dadebehring.com

bioMrieux

BD-PhoenixTM 100

Becton-Dickinson

autoSCAN WalkAway SI

Dade-Behring

Hmoculture

BD BACTEC 9240 (demain BD Bactec LX) BacT/Alert3D

Becton-Dickinson bioMrieux Sysmex 22, avenue des Nations Paris Nord II BP 51414 Villepinte 95944 Roissy Cdg cedex Tl. : 01 48 17 01 90 www.sysmex-europe.com Iris Diagnostics 22, av. des Bosquets ZAC les ponts de Baillet 95560 Baillet en France Tl. : 01 34 73 55 10 www.irisdiagnostics.com

Cytologie urinaire

UF-100i

Sysmex

iQ200 (iQ40 iQ70)

Iris Diagnostic

Mycobactries

Bactec MGIT 960 BacT/Alert3D

Becton-Dickinson bioMrieux

Tableau II Quelques-uns des principaux automates de bactriologies disponibles sur le march franais en 2006/2007

J0 Incubation Manuelle
Tableau III Gestion dune hmoculture

J1 J5 si acons positifs Tests prsomptifs : coloration Gram-lame/lamelle Manuels Identication Antibiogramme

J 2/3 5/7 Lecture des tests didentication et des tests dantibiogramme Manuelle / automatise Tests complmentaires (Agglutination-CMI) Manuels

Manuels ou automatiss

lvement : un nombre important de acons (annuellement au CHU de Grenoble en 1986, 25 000 acons, en 2005, 33 000), lensemencement directement dans le service clinique, un pourcentage du nombre dhmocultures positives stables dans le temps autour de 10%. Aussi, en 1986, ds lapparition dun systme able et non radiomtrique, le laboratoire de bactriologie du CHU de Grenoble a fait lacquisition dun premier automate : le Bactec NR-660 (Beckton-Dickinson, Franklin Lakes, Etats-Unis). Lassociation dune tuve ddie, dune agitation des acons et dune

dtection prcoce de CO2, permettait alors un gain de temps de 24 48h dans la dtection des hmocultures positives. Une autre tape a t franchie en 1999, date laquelle le laboratoire a t quip dun automate plus volu, le BactecTM 9240 (Beckton-Dickinson), avec quatre units pour une gestion de 33 000 acons par an. Par la suite sont apparus dautres automates dont certains ne sont dsormais plus disponibles sur le march (bioArgos (Bio-Rad) et Vital (bioMrieux, Marcy lEtoile, France). Aujourdhui, lore dans ce domaine est compose de deux appareils

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aux performances trs proches, le BactecTM 9240 et le BacT/Alert (bioMrieux). La mise disposition de milieux de composition direntes peut tre mise prot pour direntes catgories de microorganismes (arobies, ananrobies, levures) et permet thoriquement grce la prsence dinhibiteurs dantibiotiques de les utiliser malgr une antibiothrapie. Une extension la mise en culture des mycobactries est possible. Leur utilisation sest optimise rcemment par la connaissance du temps de dtection des hmocultures positives (intrt dans laide la direnciation entre colonisation et infection lors de lisolement des staphylocoques coagulase ngative (SCN) (8)), par leur emploi dans lensemencement dautres liquides biologiques ou prlvements per-opratoires et par la possibilit, valide, de mettre en route immdiatement lidentication sans passer par une subculture (9, 10). cation complmentaire; 35% sont des S. aureus et 5% sont des SCN donnant lieu une identication biochimique. Les streptocoques tout au moins pour les -hmolytiques bncient de lagglutination, les autres sils sont retenus sont identis biochimiquement. Le nombre de colonies disponibles peut tre trop faible pour permettre lidentication automatise si celle-ci demande un inoculum suprieur 0,5 Mc Farland. Lautomatisation ne doit pas supprimer les tests conventionnels de catalase et doxydase et mme parfois la coloration de Gram avant de choisir les galeries ou cartes. De mme, en prsence dun isolement plurimicrobien, il peut tre dicile de reprer les colonies identiques de mme espce bactrienne, obligeant soit risoler soit utiliser un systme manuel Dans la gestion des urines, les milieux chromogniques font diminuer lutilisation des systmes didentication. Cest ainsi quau CHU, seules 27% des identications dE. coli sont ralises par un systme automatis (prlvements non urinaires), les 73% restant le sont par utilisation dun milieu chromognique (prlvements urinaires). Inversement pour les autres prlvements comportant potentiellement des espces varies et pour lesquels des milieux chromogniques ne sont pas utiliss, lautomate remplira sa tche sauf pour des bactries exigeantes ou absentes de sa base de donnes. Les performances bactriologiques des divers automates sont voisines. Les publications sont nombreuses, voluant selon les types de plaques ou cartes disponibles. Les dernires publications relatent pour chacun des deux systmes Vitek2 (11-13) et PhoenixTM (14, 15), des performances voisines aussi bien pour les entrobactries habituelles que pour les Gram positifs les plus frquents avec un pourcentage didentication lespce voisin de 95%. Les dirences peuvent provenir des systmes experts proposs, de leur capacit ou non identier des bactries exigeantes. Enn, lvolutivit des automates se traduit par leur capacit sadapter aux modications ncessaires lies lapparition de nouveaux taxons (versions nouvelles des galeries ou plaques). La capacit dexpertise et de dtection de nouveaux types de rsistance sont surveiller pour ces dirents automates. Dans le quotidien, des contrles de phnotype de rsistance sont frJ2/3 Mise en route de lantibiogramme Lecture des tests didentication et des tests dantibiogramme Manuelle / automatise Tests complmentaires (Agglutination-CMI)

2. Gestion bactriologique dun prlvement standard (tableau IV)


La nalit de lanalyse bactriologique est lisolement, puis lidentication et lantibiogramme des bactries potentiellement pathognes. Cest au niveau de ces deux tapes couples que les automates didentication et dantibiogramme peuvent tre utilises. Historiquement, ds 1975, le laboratoire de bactriologie du CHU de Grenoble a commenc utiliser des plaques miniaturises type Api, puis lautomate de lecture correspondant (ATB expression (bioMrieux) avec son inoculateur automatique . Par la suite, depuis 1990, le laboratoire a t amen tester dirents automates : MicroScan WalkAway (Dade-Behring (Deereld, Etats-Unis), Vitek (bioMrieux), PhoenixTM (Becton Dickinson) et Vitek2 (bioMrieux). Des critres mixtes de performance, dexpertise, de crdits disponibles ont conduit le laboratoire squiper du Vitek2 en 2004. Cette automatisation apparat inluctable dans un laboratoire identiant et ralisant des antibiogrammes sur prs de 11 000 bacilles Gram ngatif non exigeants, 10 000 Micrococcaceae et 3 100 Streptococcaceae par an. Toutefois, les avantages associs cette automatisation doivent tre temprs laune de plusieurs remarques : Les tests dagglutination demeurent trs utiliss surtout pour les staphylocoques. Par exemple, au CHU de Grenoble, 60% des colonies de staphylocoques agglutines sont des SCN sans identiJ0 Mise en culture J1 Examen des cultures : tests prsomptifs Mise en route de Gram-oxydaselidentication catalase Manuel

Tableau IV Gestion bactriologique dun prlvement standard

Examen direct

Manuel

Manuels ou automatiss

Manuels

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J0 Examen direct (Ziehl) si + : PCR Mise en culture _ Gloses _ Milieu liquide J1 J42/60 En cas de positivit Identication Sonde hybridation

Homognisation

Milieu glos

Milieu liquide

Antibiogramme Manuel (mthode des proportions) Automatis (milieu liquide)

Manuel

Manuel

Lecture rgulire Visuelle-Manuelle (sur 60 jours)

Lecture automatise (sur 42 jours)

Manuelle

Tableau V Recherche de mycobactries

quents et le biologiste doit tre attentif par exemple parmi les entrobactries aux dtections de BLSE, CTXM, HCase, TRI, parmi les P. aeruginosa aux carbapnmases et parmi les S. aureus la dtection de la rsistance loxacilline. In ne, en milieu hospitalier o les souches sont souvent atypiques ou de phnotypes de rsistance particuliers, un regard critique et une vue densemble de lanalyse sont ncessaires avant de valider le rsultat dnitif. Lidentication de certains bacilles Gram ngatif oxydatifs se rvle ardue et les automates peinent fournir des rsultats reproductibles. La gestion des expectorations de patients atteints de mucoviscidose illustre bien ce point, en eet, il nest pas rare dans ce cas dtre dans limpossibilit de pouvoir identier un bacille et davoir recours aux techniques de biologie molculaire (16).

de Mycobactries, quel que soit le prlvement, par le systme MGITTM (Mycobacteria Growth Indicator Tube, Becton Dickinson) (17-18). Cette technique permet une diminution du dlai de positivit. Un seul tube MGIT est ensemenc associ deux tubes de Lowenstein. En cas de positivit, ltude de la sensibilit aux antituberculeux est possible par cette technique. Ce systme entrane une diminution du nombre de tubes gloss ensemencs et du nombre dtuves ddies ceux-ci.

4. Gestion dun prlvement urinaire (tableau VI)


Aprs les hmocultures, lexamen cytobactriologique urinaire (ECBU) est le prlvement le plus frquemment trait au CHU avec prs de 22 000 prlvements annuels. Lutilisation de milieux chromognes entrane au moins la suppression de lidentication biochimique dE. coli. De ce fait, le prlvement bncie de lutilisation de lautomate didentication et dantibiogramme pour toutes les autres espces rendues. Mais cest rcemment le secteur de la cytologie qui vient de proter le plus de lautomatisation. Il sagit l dun progrs attendu car si approximativement 30% des ECBU sont positifs en bactries, lintgralit des ECBU ncessite un examen direct et une cytologie. Souhaitant squiper dans ce domaine, le laboratoire a considr durant la priode 2004/2005 les ores de deux socits. Les automates correspondant ont t valids en comparaison avec les techniques traditionnelles de cytologie (19-21). Puis aprs une phase de tests interne des deux appareils, le choix du En cas de positivit Antibiogramme Lecture des tests didentication et dantibiogramme Tests complmentaires (agglutination)

3. Gestion bactriologique dun prlvement pour recherche de Mycobactries (tableau V)


Dans ce cas particulier, lobjectif recherch est de diminuer le temps de dtection des mycobactries. Des milieux dhmocultures spciques Mycobactries ont t propos par les deux fabricants dautomates grant les hmocultures (gamme BactecTM 9000 (BD diagnostics) et BacT/ ALERT) avec des dirences de gestion de prlvements entre les deux systmes. Ici, la gestion de acons potentiellement positifs Mycobactrie dans un secteur non ddi constitue un inconvnient majeur (bactries de classe 3). Cest pourquoi le laboratoire de bactriologie du CHU de Grenoble a opt depuis 2005 pour la dtection J0 Examen direct Cytologie Mise en cultures Identication J+1

Tableau VI Gestion dun prlvement urinaire : examen cytobactriologique urinaire (ECBU)

Manuel Manuel ou (automatis) automatise

Manuelle

Milieu chromogne
(E. coli, Streptocoque D, P. mirabilis)

Manuel ou automatis

Manuelle / automatise

Manuels

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laboratoire sest port, durant lanne 2005 sur lautomate iQ200 (Iris Diagnotics, Chatsworth, Etats-Unis) en raison de deux critres direntiels : la visualisation des lments cellulaires et le stockage des images observes. Attendue depuis longtemps, cette automatisation permet surtout une reproductibilit des rsultats et un accs aux images prises lors de la validation. Par ailleurs cet quipement ouvre des perspectives intressantes avec la fois une possibilit dextension lanalyse cytologique dautres liquides biologiques et une proposition dappareils de capacit analytique dirente. Quoi quil en soit aprs un peu plus dun an dutilisation, il nous parat important de souligner la ncessit de raliser toujours un frottis de lurine avec sa coloration de Gram. Cette coloration possde selon nous toujours trois avantages : elle permet de rendre un rsultat immdiat au clinicien, davoir non seulement la morphologie mais aussi la rponse au Gram et de contrler la cytologie de lautomate.

V - Conclusion
Lautomatisation de certaines tapes du diagnostic bactriologique devient une ralit dans un certain nombre de secteurs. Elle ctoie la fois les techniques traditionnelles manuelles et les techniques de biologie molculaire. Pour simposer elle a su rpondre des critres de qualit, de reproductibilit et sintgrer dans un environnement informatique et pidmiologique. Elle doit toutefois progresser en tenant compte de lvolutivit constante de la bactriologie : apparition de nouveaux taxons, de nouveaux mcanismes de rsistance ou de nouveaux antibiotiques tester. Cette automatisation ne doit pas tre considre comme synonyme de rduction deectif technique. Au contraire, le temps libr par ces systmes doit tre utiliser an dtoer de nouveaux postes ou de nouveaux secteurs dactivit comme par exemple la biologie molculaire dans les domaines du diagnostic rapide et de la gnotypie.

BIBLIOGRAPHIE
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SPECTRA BIOLOGIE n 160 Juin-Juillet 2007

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