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1. CIDO DESOXIRRIBONUCLEICO. ADN 1.1. Composicin del ADN. 1.2. Estructura del ADN. 1.3. Factores que estabilizan el ADN 1.4. Desnaturalizacin del ADN 2. ORDENAMIENTO DEL MATERIAL GENTICO. 2.1. Cromosomas clulas procariotas. 2.2. Cromosomas clulas eucariotas. 3. CIDO RIBONUCLEICO. ARN 3.1. Composicin y estructura del ARN. 3.2. Tipos de ARN 4. CONCEPTO DE GEN 5. FLUJO DE LA INFORMACIN BIOLGICA
Objetivos
Los objetivos del presenta tema son los de adentrarnos en el estudio de: La composicin, estructura y tipos ADN. El ordenamiento del material gentico en procariotas y eucariotas. La composicin, estructura y tipos ARN. Flujo informacin gentica.
Bibliografa
LEHNINGER, A.L., NELSON, D. K. & COX, M. M. Principios de Bioqumica. Cap 12 y 23. MATHEWS, C. K. & VAN HOLDE, K. E. Bioqumica. Cap. 4, 24 y 26 MCKEE T. y MCKEE J.R. Bioqumica. Cap. 17 y 18 VOET, D. & VOET, J.D. Bioqumica. Cap. 27, 28, 29 y 30
Tema 5
cidos nucleicos
HO CH2 O
4'
5'
OH
1'
H OH
H H
3'
2'
Desoxirribosa
Base nitrogenada. La base nitrogenada puede ser prica o pirimidnica segn derive de la purina o la pirimidina.
N7 HC
8 9
5 4
H C 6
2 3
H C HC 5 HC
6 4
N
2
N H
CH
N Purina
CH
N
1
Pirimidina
La base nitrogenada se encuentra unida al carbono 1' del azcar mediante un enlace N-glucosdico. Las bases que podemos encontrar en el ADN son la purinas de adenina A y guanina G Y las pirimidinas citosina C y timina T. En el caso del ARN no aparece timina pero si uracilo U.
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Tema 5
NH2 N HC N H N N CH N HC N H N
cidos nucleicos
O NH NH2
Adenina A
Guanina G
O H3C HC N H Timina T O NH HC HC
O NH N H O
HC HC
NH2 N N H Uracilo U O
Citosina C
Grupo fosfato. El grupo fosfato esta unido al carbono 5' del azcar por un enlace fosfoster. Este grupo fosfato a pH fisiolgico se encuentra cargado, por lo que es el responsable de la fuerte carga negativa de los nucletidos y los cidos nucleicos.Una base unida a un azcar se llama nuclesido, de este modo un nucletido es un nuclesido fosfato.
Enlace N-glucosdico
OH
Estructura de un mononucletido. Los tomos del anillo del azcar se encuentran numerados y se aade un ' para distinguirlos de la numeracin de la base nitrogenada.
Los sucesivos nucletidos estn unidos entre s por enlaces covalentes, a travs de puentes fosfatos. El grupo 5'-hidroxilo de la pentosa de un nucletido est unido al grupo 3'-hidroxilo del nucletido siguiente por un enlace fosfodister.
NH2 N HC N OH 5' HO P O CH2 O O 1' O 4' H H H H
3' 2'
N CH N
NH N NH2
OH
OH
N O
NH O
OH
OH
De este modo, el esqueleto covalente de los cidos nucleicos est constituido por grupos alternativos de fosfato y de pentosa, mientras que las bases caractersticas aparecen como grupos laterales unidos
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Tema 5
cidos nucleicos
al esqueleto a intervalos regulares. Hay que indicar adems que es muy polar ya que los grupos fosfato son cidos, y a pH fisiolgicos se encuentran cargados negativamente. Por otro lado las bases pricas y pirimidnicas son relativamente insolubles en el agua, es decir son hidrofbicas como puede deducirse su estructura.
Extremo 5'
O -O P O O
5' CH 2 4'
BASE
Enlace N-glucosdico
O H H
O
1'
H
3'
H O
2'
Grupo fosfodister -O P O
O
5'
BASE
Enlace N-glucosdico
CH2
4'
O H H
O
1'
H
3'
H OH
2'
Extremo 3'
Estructura de un dinucletido, los enlaces del grupo fosfodister hay libertad de rotacin. El enlace N -glucosdico permite rotar libremente la base.
Extremo 5'
O
N HC N
NH2 N N CH
-O P O O
5' CH 2 4'
O H
O
1'
A
O N NH N NH2
H
3'
H O
2'
OH
HC N
Grupo fosfodister
-O P O O
5'
CH2
4'
O H
O
1'
H
3'
H O
2'
OH O
H3 C HC N NH O
Grupo fosfodister
-O P O O
5'
CH2
4'
O H
O
1'
H
3'
H O
2'
OH NH2
N N O
Grupo fosfodister
-O P O HC O
5'
HC
CH2
4'
O H
O
1'
H
3'
H OH
2'
Extremo 3'
OH
Estructura del esqueleto covalente del ADN, que muestra los puentes fosfodister uniendo sucesivas unidades nucleotdicas.
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Tema 5
cidos nucleicos
Las cadenas de ADN tienen una polaridad o direccin especfica, ya que todos los enlaces fosfodister internucletidos tienen la misma orientacin a lo largo de la cadena. Debido a esta polaridad cada cadena lineal del cido nucleico tiene un extremo 5' terminal y un extremo 3' terminal. La secuencia de nucletidos de los cidos nucleicos pueden representarse esquemticamente, tan como ilustra el segmento de ADN de la figura, que contiene cinco unidades nucleotdicas.
Las bases se simbolizan con sus signos (A, T, C y G), cada desoxirribosa por una lnea vertical, y los grupos P. Los nmeros indican las posiciones en las unidades de desoxirribosa a las que estn unidos los grupos fosfatos.
La estructura del ADN se representa siempre con el extremo 5' terminal a la izquierda y el extremo 3' terminal a la derecha, es decir en direccin 5'3'. Dos representaciones ms sencillas del pentadesoxirribonucletido anterior son:
pApGpCpTpA pAGCTA
1.2. Estructura del ADN.
La estructura secundaria del ADN fue propuesta por Watson y Crick en 1953. Los datos de que partieron Watson y Crick para determinar la estructura del ADN fueron: Composicin del ADN, se sabia que el ADN estaba formado por fosfatos, desoxirribosa y bases pricas y pirimidnicas, unidas por diferentes enlaces que presentan posibles rotaciones. La proporcin de cada uno de estos componentes es 1:1:1 (azcar:ribosa:base). Caractersticas hidrofbicas-hidroflicas de los componentes del ADN. Las base pricas y pirimidnicas son hidrofbicas, mientras que la desoxirribosa y los grupos fosfatos son hidroflicos (en el caso de los grupos fosfato estn cargados a pH fisiolgico). Difraccin de Rayos X. En la figura podis ver el modelo de difraccin por rayos X de un cristal de ADN. Las manchas centrales en forma de cruz son indicativas de una estructura helicoidal. Las bandas densas que aparecen en la parte superior e inferior corresponden a las bases que se van repitiendo peridicamente, y que estn separadas 3,4. De estos estudios realizados por Rosalind Franklin y Maurice Wilkins demostr que la molcula era helicoidal y que las bases de los nucletidos estn . apiladas con los planos separados por una distancia de 3,4A
Anlisis qumico del contenido molar de las bases (conocido como composicin de bases) demostraba que la adenina, timina, guanina y citosina de las molculas del ADN aisladas de muchos organismos
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Tema 5
cidos nucleicos
proporcionaron un dato importante de que [A] = [T] y [G] =[C], y a partir del cual sigui el siguiente corolario [A+G] = [T+C] o lo que es lo mismo [purinas]=[pirimidinas]. Estructura de las bases el estudio detenido de la estructura de las bases nos permite considerar que la A y T pueden interaccionar entre si, mientras que G y C lo hacen entre s. O NH2 NH2 O
N HC N H N N CH N HC N H N NH NH2
H3C HC N H
NH O
HC HC N H
N O
Adenina A
Guanina G
Timina T
Citosina C
El dimetro del interior de la hlice es de 10,85 que ajusta perfectamente a interacciones entre una purina y una pirimidina, y es demasiado pequea para interacciones entre purinas y demasiado grande para interacciones entre pirimidinas. Esta distancia indican que no es probable que se puedan dar interaccionar entre si A y G porque no encajaran en el interior de la doble hlice. Y de una manera similar la T y la C tampoco pueden interaccionar entre si a travs de puentes de hidrgeno porque se encontraran demasiado separados.
Dimensiones de los pares de ADN. Los pares de bases AT y GC tienen casi las mismas dimensiones y, por lo tanto, encajan adecuadamente en el centro de la doble hlice del ADN, Constituida por cadenas antiparaleas de polinucletidos. Entre AT se formas dos enlaces por puente de hidrgeno y entre GC se forman tres enlaces por puentes de hidrgeno.
La A podra entonces interaccionar con C y T, este emparejamiento estar restringido adems por los requerimientos de los puentes de hidrgeno. Los tomos de hidrgeno en las bases pricas y pirimidnicas tienen posiciones muy definidas. Esto determina que la A no puede emparejarse con la C porque habra dos hidrgenos muy prximos en una de las posicin de interaccin y ninguno en la otra. Mientras que con T puede llevar a la formacin de dos enlaces por puentes de hidrgeno. Algo similar ocurre entre la G y la T no se pueden emparejarse, mientras que la G puede llevar a la formacin de tres enlaces por puente de hidrgeno con la C.
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Tema 5
cidos nucleicos
Las distancias y orientaciones que se dan en el interior de la doble hlice son ptimas para que se produzca una fuerte interaccin entre las bases.
Modelo de una molcula de doble hlice de ADN indicado tres pares de bases.
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Tema 5
cidos nucleicos
James Watson y Francis Crick combinaron los datos fsicos y qumicos con modelos tericos, y lo que siempre es necesario para un investigador una buena dosis de intuicin y desarrollaron su modelo: 1. Existen dos cadenas helicoidales de polinucletidos enrolladas a lo largo de un eje comn. Las cadenas corren en direcciones opuestas. Lo que estara de acuerdo con los datos obtenidos por difraccin de Rayos X, y en que se pudieran dar interacciones entre las bases nitrogenadas en el interior de la doble hlice. La doble hlice gira de izquierda a derecha.
Modelo esquemtico del ADN en la forma comn B. La estructura se repite a intervalos de 34 que corresponde a diez residuos en cada cadena.
2. Las bases de purina y pirimidina estn en el interior de la hlice, mientras que las unidades de fosfato y desoxirribosa estn en el exterior. Los planos que contienen las bases son perpendiculares al eje de la hlice. Los planos que contienen los azcares estn formando ngulos casi rectos con los de las bases. Lo que esta de acuerdo con los datos de difraccin de Rayos X y las caractersticas hidrofbicas y hidroflicas de los componentes del ADN.
Diagrama de una de las hebras de una doble hlice de ADN, vista por encima del eje de la hlice. Las bases (en este esquema son todas pirimidinas) estn en el interior, mientras que el esqueleto del azcar y fosfato est en el exterior.
3. El dimetro de la hlice es de 20 . Las bases adyacentes se encuentran separadas por 3,4 a lo largo del hlice y desplazadas por una rotacin de 36. Por lo tanto, la estructura helicoidal se repite cada 10 residuos; esto es, a intervalos de 34. Lo que coincide con los datos obtenidos por difraccin de Rayos X y las caractersticas de las bases nitrogenadas. Se pudo tambin deducir de la utilizacin de modelos moleculares. Adems es interesante resaltar que las dos hebras no son iguales en la secuencia de bases ni en su composicin, sino que son complementarias, porque donde en una se encuentra G es la otra se encuentra C, y en donde se encuentra A en la otra se encuentra T.
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Tema 5
cidos nucleicos
4. Las dos cadenas permanecen unidas por puentes de hidrgeno entre los pares de bases. La adenina esta emparejada con la timina. La guanina est emparejada con la citosina. Lo que puede desprenderse del estudio de la estructura de las bases pricas y pirimidnicas. Lo que estara de acuerdo con los datos de Chargaff en los que la [A] = [T] y [C] = [G].
5. La relacin espacial que existe entre las hebras da lugar a que entre ellas aparezca una estra principal o surco mayor de 12 y una estra secundaria o surco menor de 6, esto es debido a que los enlaces glucosdicos entre los azcares y las bases de un par de bases no se encuentran directamente opuestos entre s (formado ngulos de 180), lo que provoca que existan dos surcos en la doble hlice.
Estos surcos diferentes de la hlice tienen adems un patrn de posibles interacciones diferente, el gran tamao del surco mayor lo hace ms accesible a las interacciones con protenas que reconocen secuencias especficas ADN, que son las responsables de la regulacin de la expresin gnica. 6. La secuencia de bases a lo largo de la cadena del polinucletido no est restringida en modo alguno. La secuencia precisa de bases transporta la informacin gentica . Este ltimo apartado merece un comentario especial, las molculas de ADN son muy largas y contienen secuencias especficas de las cuatro bases principales A, T, G y C que permite de una manera similar a la informacin almacenada en un byte (8 bits) codificar la informacin gentica. Se dice que la secuencia de bases del ADN constituye el patrn para la replicacin del ADN.
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Tema 5
cidos nucleicos
Veremos ms adelante como a partir de cdigos de tres bases podemos almacenar la informacin para la codificacin de la sntesis correcta de protenas.
La conformacin ms comn (y la descubierta por Watson y Crick) es la denominada B-ADN, cuya hlice presenta las siguientes caractersticas:
La hlice completa una vuelta cada 10,4 pares de bases aproximadamente. Una vuelta de hlice cubre una distancia de 34; por tanto, cada par de bases incrementa la longitud de la hlice en 3,4. Los nucletidos adyacentes en cada cadena estn desfasados en 34,6 uno con respecto al otro. El dimetro de la doble hlice es de 23,7.
Cuando se deshidratan los cristales de B-ADN, o cuando se disminuye el contenido en sales del cristal, la molcula fina del B-ADN se transforma en una molcula corta y gruesa conocida como A-ADN. A diferencia de B-ADN en los que los pares de bases estn apilados paralelamente, en el A-ADN los pares de bases se encuentran desplazados hacia el saliente mayor de cada par de bases. El surco mayor se hace ms profundo y ms estrecho, mientras que el surco menor se hace superficial y ancho. El paso de hlice disminuye de 34 a 24,6 por vuelta, y el nmero de pares de bases por vuelta aumenta de 10,4 a aproximadamente 11. Sin embargo en condiciones fisiolgicas no se encuentra el A-ADN.
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Tema 5
cidos nucleicos
Tanto en el A-ADN como en el B-ADN el grupo azcar y la base se encuentran en lados opuestos respecto al enlace glucosdico o en conformacin anti, en la que la repulsin estrica entre dichos grupos es mnima. Sin embargo, en presencia de altas concentraciones de cationes, algunos nucletidos sufren una rotacin y adoptan conformaciones sin en las cuales el azcar y la base se encuentran en el lado del enlace glucosdico. En estas condiciones puede darse una conformacin del ADN sorprendentemente diferente. En una cadena de nucletidos CG alternantes la conformacin del enlace glucosdico ms probable de cada G es sin, mientras que la C es anti. En consecuencia, la cadena recorre en zigzag las conformaciones anti y sin, resultando en el Z-ADN (Z de zig-zag). El Z-ADN es ms largo y ms estrecho que B-ADN, de forma que presenta 12 pares de bases por vuelta y una vuelta de hlice de 45,6 frente a los 34 del B-ADN. El dimetro de la hlice del Z-ADN es de 18,4 mientras que el BADN es de 23,7. El surco mayor del B-ADN pasa a ser el Z-ADN una superficie convexa y no un surco, mientras que el surco menor se convierte en una hendidura profunda que gira alrededor de la estructura.
Z-ADN levgiro. Los enlaces glucosdicos de las guanosinas tienen una conformacin sin, mientras que las citosinas presentan una conformacin anti.
En las clulas la mayor parte del ADN se encuentra en la conformacin B, aunque las regiones ricas en pares de bases GC pueden adoptar la conformacin Z. Ya que la superficie de la regin del ADN en la conformacin B es muy distinta de la correspondiente a la conformacin Z, la actividad de las protenas reguladoras que interaccionan con el ADN puede resultar afectada.
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Tema 5
cidos nucleicos
1. Los efectos hidrofbicos estabilizan los apareamientos de las bases. Los anillos hidrofbicos de la purina y pirimidina de las bases son empujados haca el centro de la doble hlice en virtud de la elevada cohesin interna de las molculas de agua, mientras que los sustituyentes hidrofbicos de las bases se encuentran expuestos al disolvente en los surcos. 2. Las bases apiladas forman contactos de Van der Waals. Los partes de bases se encuentran, apilados unos sobre otros, a lo largo del eje central de la doble hlice. La altura por vuelta de la hlice en el B-ADN es igual al espesor de los anillos de purina y pirimidina; por tanto, los anillos forman contactos de Van der Waals. Las fuerzas de Van der Waals entre las bases apiladas son dbiles pero aditivas, de forma que en una molcula que contenga ms de 10.000 pares de bases las fuerzas de Van der Waals suponen una importante fuente de estabilidad. 3. Los pares de bases estn unidos mediante enlaces por puente de hidrgeno. El par de bases GC es ms estable que el par AT por contener un enlace por puente de hidrgeno ms. 4. El esqueleto del ADN interacciona con cationes. El esqueleto del ADN, de tipo fosfodister, tienen carcter cido, y a pH 7,4 presenta una gran carga negativa. La repulsin electroesttica entre los grupos fosfodister negativos es una fuente potencial de inestabilidad de la doble hlice; sin embargo, los cationes celulares, en particular el Mg2+, se unen fuertemente al esqueleto fosfodister del ADN, estabilizando la doble hlice.
1,3
1,1
1,0 30 50 70
Tm 90
130
Temperatura C
Curva de desnaturalizacin trmica del ADN. La temperatura a la cual el ADN se encuentra semidesenrollado se denomina temperatura de fusin (Tm) del ADN y viene dada por el punto de inflexin de la curva sigmoidea.
La forma sigmoidea de la curva indica que las interacciones entre los pares de bases unidos mediante enlaces de hidrgeno y apilados son cooperativos. Estas interacciones cooperativas se distorsionan progresivamente durante la fusin hasta que las dos hebras se separan completamente, y a partir de entonces no se observa ningn cambio ulterior a la absorcin. La temperatura a la cual el ADN se encuentra semidesenrollado se llama temperatura de fusin, Tm del ADN. La temperatura de fusin se encuentra determinada por la composicin de las bases del ADN. Ya que si tenemos que AT forman dos enlaces por puente de hidrgeno, mientras que GC forman tres puentes de hidrgeno, lo que quiere decir que estas ltimas requieren ms energa para separar las bases.
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Tema 5
cidos nucleicos
Una vez separadas las dos hebras se pueden renaturalizar. Si una muestra de ADN fundido se enfra lentamente, la absorcin de la disolucin disminuye indicando que las hebras complementarias de ADN se han apareado de nuevo. El templado tiene lugar a cualquier temperatura por debajo de la temperatura de fusin Tm, pero es caractersticamente ms rpida 20 C por debajo de Tm. El proceso de templado requiere que la muestra de ADN fundida sea enfriada lentamente, si se enfra rpidamente, las cadenas polinucleotdicas se funden en masas enmaraadas y la renaturalizacin es mucho ms lenta.
1,4
Poli(AT)
1,3
1,2
DNA nativo AT y GC
1,1
1,0 30 50 70 90
Poli(GC)
Temperatura C
Curva de desnaturalizacin trmica del ADN. Diferencias segn la composicin de las bases nitrogenadas.
La renaturalizacin es ms rpida cuanto mayor sea el nmero de pares de bases que persistan unidos entre las dos cadenas. Aun en el caso de una separacin total de las dos hebras puede ocurrir la renaturalizacin, pero este proceso ser ms lento, ya que las hebras debern alinearse previamente de forma adecuada; teniendo en cuenta que slo una de las alineaciones es la correcta, la velocidad inicial de renaturalizacin ser lenta.
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Tema 5
cidos nucleicos
El esquema muestra los tamaos relativos de E. coli y de su molcula de ADN, dibujadas en la misma escala excepto para la anchura de la molcula de ADN, que esta aumentada aproximadamente un milln de veces.
Esto pone de manifiesto que la molcula de ADN debe de estar estrechamente plegada o enrollada, ya que se encuentra localiza en la zona nuclear de las clulas de E. coli. El ADN de las clulas bacterianas parece estar unido a uno o ms puntos de la superficie interna de la membrana celular.
El ADN se encuentra superenrollado, las molculas de ADN de procariotas y de la mayora de virus son circulares.
La mayor parte de los crculos covalentemente cerrados estn enroscados, como puede observarse en la figura, se dice que estos crculos son superhelicoidales o superenrollados.
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Tema 5
cidos nucleicos
Los extremos de una hlice lineal de ADN se pueden unir de forma que cada una de las hebras sea continua. Si al hacer esto uno de los extremos se gira 360 con respecto al otro para producir algn desenrollamiento de la doble hlice y posteriormente se unen, el crculo covalente que resulta, si los puentes de hidrgeno se vuelven a formar, se enroscar en sentido opuesto con el fin de aligerar la tensin originando un crculo retorcido. Este tipo de molcula tendr forma de 8 (es decir tendr un punto de entrecruzamiento). Si uno de los extremos se gira 720 antes de la unin ala molcula superhelicidal resultante tendra dos puntos de entrecruzamiento. La razn para que se produzca este enrollamiento en la siguiente. Si la hlice se desenrolla 720 se tienen que romper 20 pares de bases (puesto que la molcula lineal posee 10 pares de bases por vuelta de la hlice). Sin embargo, la molcula de ADN es tan propensa a mantener una estructura helicoidal dextrgira (positiva) con 10 pares de bases por vuelta que se deformar as misma de forma que el subenroscado se vuelve a enroscar y se compensa por un enrollamiento negativo del crculo (levgiro). De forma similar, si la rotacin inicial se produce en el sentido de superenrollamiento, el crculo se retorcer en sentido opuesto; esto se conoce como una superhlice positiva.
Todas las molculas de ADN superhelicoidales que se encuentran en la naturaleza estn inicialmente subenrolladas formando, por tanto, superhlices negativas. Es ms, el grado de retorcimiento, es decir, la densidad de superenrollamiento es aproximadamente la misma para todas las molculas; se produce una torsin negativa por cada 200 pares de bases o 0,05 torsiones por cada vuelta de hlice.
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Tema 5
cidos nucleicos
En las bacterias el subenroscado del ADN superhelicoidal no se debe a un desenroscado previo a la unin de los extremos sino que se introduce en los crculos preexistentes por un enzima llamado ADN girasa.
Micrografa electrnica del cromosoma de E. coli ligado a dos fragmentos de una sustancia proteica que puede ser la membrana celular. El ADN se encuentra intacto y superenrollado, tal como se puede comprobar en las fotografas muy ampliadas.
Cuando se asla el ADN de E. coli mediante una tcnica que evita tanto la rotura de la molcula como la desnaturalizacin de las protenas, se obtienen una estructura altamente compacta llamada cromosoma bacteriano o nucleide. Esta estructura esta formada por protena y una sola molcula de ADN superenrollado. Se puede encontrar algo de ARN, pero se cree que no es parte del cromosoma bacteriano, y que se produce durante el proceso de aislamiento. En la micrografa electrnica del cromosoma de E. coli, la caracterstica especial de la estructura es que el ADN est en forma de bucles que estn superenrollados y que emergen de una estructura proteica densa, a veces denominada andamio.
Dibujo esquemtico del cromosoma de E. coli superenrollado y altamente plegado mostrado solamente 15 de los 46 bucles unidos al andamio. Micrografa del cromosoma de E. coli.
Se ha podido deducir de estudios en los que se tratan las muestra con detergentes que rompan interacciones protena-protena o agentes que degraden las protenas, que el cromosoma se encuentra en esta forma tan compacta gracias a que se producen diversas uniones de las regiones del ADN al andamio. Se ha podido deducir que el nmero de uniones entre el ADN y el andamio es de 4510 y que cada una de ellas evita la rotacin libre. Por lo que habra alrededor de 45 bucles superenrollados.
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Tema 5
cidos nucleicos
El ADN de todos los organismos eucariotas est organizado en unidades morfolgicamente diferentes llamadas cromosomas.
Cromosomas humanos de una clula en estado de metafase. Cada cromosoma se separa parcialmente a lo largo de su eje mayor antes de la separacin de los dos cromosomas hijos. El estrechamiento es el lugar de unin del huso mitnico.
Cada uno de los cromosomas contiene una molcula enorme de ADN. Por ejemplo, la molcula de ADN de un solo cromosoma de la mosca del vinagre, Drosophila, tienen un peso molecular superior a 1010 y una longitud de 1,2 cm. Un cromosoma es mucho ms compacto que una molcula de ADN, de hecho, una molcula de ADN no puede plegarse espontneamente para formar una estructura tan compacta porque la molcula tendra una gran tensin. Esta estructura tan compacta se forma mediante una serie de plegamientos distintos en los que participan una o ms molculas proteicas. El ADN de un cromosoma de eucariotas est unido a unas protenas bsicas llamadas histonas. El complejo formado por el ADN y las histonas se conoce como cromatina. Existen cinco tipos mayoritarios de histonas , H1, H2A, H2B, H3 y H4- cuyas propiedades estn relacionadas en la tabla: Tipo H1 H2A H2B H3 H4 Razn Lys/Arg 20,0 1,25 2,5 0,72 0,79 Localizacin Espaciador Partcula ncleo Partcula ncleo Partcula ncleo Partcula ncleo
Las histonas presentan una composicin de aminocidos poco frecuente en cuanto que son muy ricas en aminocidos cargados positivamente, lisina y arginina. La relacin entre Lys/Arg vara en los diferentes tipos de histonas. Esta carga positiva de las histonas les permite unirse a los grupos fosfato del ADN cargados negativamente, a travs de enlaces salino. Las histonas de diferentes organismos son muy similares con excepcin de H1. La estructura de la cromatina cambia durante el ciclo de crecimiento celular. En una clula en reposo la cromatina esta dispersa y ocupa totalmente el ncleo. Despus de tener lugar la replicacin del ADN, la cromatina se condensa unas 100 veces formando los cromosomas. Los cromosomas se han aislado, disociado gradualmente y se han observado por microscopia electrnica los diferentes grados de disociacin. La unidad estructural ms elemental consiste en una fibra de 10 nm de ancho que se parece a un collar de cuentas.
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Tema 5
cidos nucleicos
Fotografa al microscopio electrnico de la cromatina. Las partculas se asemejan a las cuentas de un collar tienen un dimetro de 100
En la siguiente figura podemos observar la jerarqua estructural de un cromosoma deducida a partir de diferentes estudios. A pesar que se dispone de informacin sobre las cuentas, cada una de las cuales es un agregado de ADN e histonas, la estructura de los cromosomas es todava algo especulativa.
Diferentes estado de conformacin e ADNLas partculas que estn formando cuentas se conocen con el nombre de nucleosomas. Cada nucleosoma consta de una molcula de histonas H1, de dos molculas de cada una de las histonas H2A, H2B, H3 y H4 y de un fragmento de ADN. La estructura de estos nucleosomas esta formada por una partcula ncleo que contiene un disco proteico octamrico que consta de dos copias de cada una de las histonas H2A, H2B, H3 y H4 , y alrededor del cual se enrolla como una cinta el segmento de 140 pares de b ases; luego un segmento de 60 bases se enlaza a las partculas del ncleo adyacente (este segmento se conoce con el nombre de ADN de conexin) y una molcula de H1. La H1 se une al octmero de histonas y al ADN de conexin, haciendo que el ADN se extienda hacia ambos lados de la partcula ncleo se cruce y acerque al octmero, aunque parte del ADN de conexin no llegue a estar en contacto con ninguna de las histonas.
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Tema 5
cidos nucleicos
Diagrama de la partcula ncleo de un cromosoma. La molcula del ADN esta enrollada una vuelta y 3/4 alrededor del octmero de histonas (2 molculas de cada una de las histonas H2A, H2B, H3 y H4)
La unin del ADN e histonas constituye el primer paso para el acortamiento de la cadena de ADN de un cromosoma, es decir la reduccin de unas siete veces la longitud del ADN y la formacin de una fibra de cuentas flexible de 110, unas cinco veces la anchura del ADN libre. Se ha estudiado la unin del ADN a las histonas. Alrededor del 80% de los aminocidos componentes de las histonas se encuentran en regiones de la hlice estable gracias a la atraccin electrosttica que se produce entre las cargas positivas de las lisinas y argininas de las histonas y las cargas negativas de los grupos fosfato del ADN. El contenido de ADN de los nucleosomas vara de un organismo a otro oscilando entre 150 y 240 pares de bases por unidad. Las partculas ncleo de todos los organismos tienen el mismo contenido en ADN (140 pares de bases por unidad), de forma que la variacin observada se debe a los diferentes tamaos del ADN que conecta los nucleosomas (entre 10 y 140 pares de nucletidos). Se conoce muy poco acerca del la estructura del ADN de conexin, y sobre si tiene una funcin especial, as mismo se desconoce la causa de la variacin de su longitud. Para formar un cromosoma compacto la molcula de ADN se pliega y repliega de varias formas. El segundo nivel de plegamiento consiste en el acotamiento de la fibra de 110 para formar una super espiral selenoidal con seis nucleosomas por vuelta, conocida como fibra de 30 nm.
Modelo selenoidal de la cromatina. Una vuelta de la hlice est formada por 6 nucleosomas. La doble hlice de ADN est enrollada alrededor de cada nucleosoma.
Esta estructura ha sido aislada y bien caracterizada. Los restantes niveles de organizacinplegamiento de la fibra de 30 nm y posterior plegamiento de la fibra plegada no se conocen tan bien. Las micrografas electrnicas de cromosomas aislados durante la metafase, de los que se han eliminado las histonas, indican que el ADN parcialmente desplegado presenta un gran nmero de bucles que parece se extienden a partir de un ncleo central o andamiaje compuesto por protenas cromosomales diferentes de las histonas como vimos en el cromosoma de E. coli.
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cidos nucleicos
HO CH2 O
4'
5'
OH
1'
HO CH2 O
4'
5'
OH
1'
H OH
H H
H OH
3'
2'
3'
2'
OH
Desoxirribosa
Ribosa
2. La timina se sustituye por uracilo en lo referente a las bases nitrogenadas. La timina posee un grupo metilo en el C-5, mientras que en el uracilo se sustituye por un H. Las otras bases son comunes al ADN, adenina, guanina y citosina.
NH2 N HC N H N N CH N HC N H
O NH N NH2
Adenina A O HC HC N H Uracilo U O NH
3. Las molculas de ARN son generalmente monocatenarias . Sin embargo, en la nica cadena de ARN el apareamiento de bases de Watson-Crick puede ocurrir entre la adenina y el uracilo y entre la guanina y la citosina, y resultar en toda clase de estructuras secundarias, entre las que cabe citar las estructuras de bucle y en horquilla que participan en el reconocimiento del ARN por protenas.
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cidos nucleicos
O -O P O O
5' CH 4' 2
NH2 N HC N N N CH
O H
O
1'
A
O N NH N NH2
H
3'
H O
2'
OH
HC N
-O P O O
5'
CH2
4'
O H
O
1'
H
3'
H O
2'
OH O
NH N O HC
-O P O HC O
5'
CH2
4'
O H
O
1'
H
3'
H O
U
N N O
2'
OH NH2
-O P O HC O
5'
HC
CH2
4'
O H
O
1'
H
3'
H OH
2'
OH
Algunas molculas de ARN son bicatenarias y su conformacin es anloga a la del A-ADN. En este sentido, la doble hlice de ARN completa una vuelta cada 11 pares de bases; los pares de bases se encuentran inclinados lejos del eje central de la hlice, de forma que permite la solvatacin de los grupos hidroxilos de C-2' de los azcares. La existencia de una hlice doble de ARN similar al B-ADN no es posible debido a que los grupos 2'-hidroxilo no se encontraran solvatos. Estructuras helicoidales bicatenarias en las que una cadena es ADN y la otra ARN existen en las clulas en varios momentos. Por ejemplo, en la transcripcin se forma una molcula de ARN, copia de una cadena de ADN en una reaccin catalizada por la ARN polimerasa, de forma que la molcula de ARN sintetizada es complementaria a la de ADN y, por tanto, durante el proceso de elongacin se forma un pequeo hbrido gracias al apareamiento entre dA y U, la dT y la A, la dC y la G y la dC y la C. Durante el estudio mediante difraccin con rayos X de hbridos sintticos grandes de ARN y ADN se observ que adoptaban la conformacin comn al ARN y al ADN, es decir conformacin conocida como A.
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Estructura molecular del tARN. Las molculas de tARN contienen zonas bicatenarias en las que se producen por apareamientos intramoleculares de bases de acuerdo con las normas de Watson-Crick.
El cambio de 2'desoxirribosa en el ADN por la ribosa en el ARN pude parecer insignificante y, sin embargo, afecta en gran medida a las propiedades del ARN. El grupo 2'-hidroxilo: 1. Impide a las molculas de ARN la adopcin de la conformacin B. 2. Permite que en las molculas de ARN ocurra un nmero mayor de interaccione terciarias. 3. Promueve la reactividad qumica. De hecho, las molculas de ARN son componentes imprescindibles en muchos procesos enzimticos. Aunque en la mayora de estas reacciones el ARN tiene una funcin estructural. Un ejemplo que ilustra la importacia del grupo 2'-hidroxilo es el comportamiento del ARN frente a las disoluciones alcalinas. En este sentido, el tratamiento del ARN con un lcali 0,1M a 25C produce, al cabo de pocas horas una mezcla de nuclesidos 2' y 3' monofosfato. Sin embargo, el ADN bajo estas mismas condiciones es bastante estable.
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4. CONCEPTO DE GEN
Los genes son segmentos de ADN que codifican cadenas de ARN y protenas. Pero la definicin inicial de gen fue:
Un gen es aquella parte de un cromosoma que determina o afecta a un solo carcter o fenotipo (propiedad visible), como por ejemplo el color de los ojos
Ms tarde se amplia este concepto refirindose un gen-un protena. La definicin actual de gen es ms precisa:
Los genes son segmentos de ADN que codifican cadenas polipeptdicas y ARN.
As las secuencias de ADN contienen la informacin para codificar las diferentes cadenas polipeptdicas de las protenas (recordar que hay protenas con ms de una cadena polipeptdica hemoglobina). Adems el ADN contiene la informacin para la sntesis de de diferentes clases de ARN, como tARN y rARN, los genes que codifican para polipptidos o ARN se conocen como genes estructurales. Pero en la secuencia de ADN tambin encontramos otros segmentos o secuencias que tienen una funcin puramente reguladora, a estas secuencias de las conoce como secuencias reguladoras. Las secuencias reguladoras contienen seales que permiten identificar el principio y el final de los genes estructurales, participar en la activacin o desactivacin de la trascripcin de los genes estructurales o funcionar como puntos de inicio de la replicacin o de la recombinacin.
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PROCESO Transcripcin
N CHO N P CHO
C C
Procesamiento protena
Debemos entonces que tener en cuenta dos aspectos: el problema de la informacin o codificador y el problema qumico. El problema de la informacin es el mecanismo por el cual una secuencia de bases de una molcula de ADN se traduce en una secuencia de aminocidos de una cadena polipeptdica. El problema qumico se refiere al proceso efectivo de la sntesis de la protena, el proceso de iniciacin de la sntesis, la unin de los aminocidos en el orden correcto, la terminacin de la cadena, la liberacin de la cadena y, a menudo, las modificaciones que tienen lugar posteriormente sobre las cadenas recin sintetizadas. El proceso completo se denomina traduccin. La sntesis de protenas se realiza en unos orgnulos intracelulares llamados ribosomas. Estos orgnulos, que en procariotas constan de tres molculas de ARN y unas 55 protenas diferentes, comprende la maquinaria necesaria para formar un enlace peptdico entre aminocidos, un lugar de unin del mARN y lugares para la entrada y almacenamiento de los aminocidos en preparacin para su ensamblaje en las cadenas polipeptdicas terminadas.
En la figura se muestra un esquema de las acciones que tienen lugar en el ribosoma. Este esquema se puede aplicar por igual a procariotas y a eucariotas, con una sola excepcin. En eucariotas, como la transcripcin se produce en el ncleo y la sntesis de protenas en el citoplasma, el mARN no est unido al ADN durante la sntesis de protenas, en contraste con lo que se muestra en la figura.
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Los aminocidos por s mismos son incapaces de interaccionar con los ribosomas y no pueden reconocer las bases del mARN. Para esto existen el conjunto de molculas transportadoras menciandas anteriormente, los ARN de transferencia (tARN). Estas molculas poseen un lugar para la unin de los aminocidos y una regin llamada anticodn que reconoce una secuencia de bases apropiada, el codn, en el mARN. Por tanto, la seleccin de las molculas de tARN, a su vez est determinada por la unin mediante puentes de hidrgeno entre el anticodn de cada una de las molculas de tARN y el codn correspondiente del mARN.
Es claro que deben existir muchas molculas de tARN diferentes porque cada aminocido tienen que entrar en el ribosoma de forma que se asegure su correspondencia con la secuencia de bases de mARN. Por tanto, cada aminocido tiene sus correspondientes molculas de tARN especficas. Es ms, la unin de cada aminocido a su molcula de tARN est catalizada por un enzima especfico que asegura la unin del aminocido apropiado con la molcula de tARN correcta. La secuencia de cada uno de los codones se determin a partir de experimentos de sntesis de protenas in vitro en las que se usaron mARN sintticos de secuencias conocidas; por ejemplo, cuando se utiliz cido poliuridlico como mARN, se sintetiz una polifenilalanina, indicando que el triplete UUU es el codn para la fenilalanina. La utilizacin de una cadena de poli(U) terminada en guanina en el extremo 3' produjo polifenilalanina con una leucina en el extremo carboxilico, por lo que UUG corresponde a un codn de leucina. Con stos y otros experimentos se identificaron todos los codones.
La cantidad de protenas que produce un gen activo por unidad de tiempo vara de un gen a otro para poder satisfacer las necesidades de la clula y algunas veces para evitar tambin la sntesis excesiva. La velocidad de sntesis depende principalmente de la eficiencia en el reconocimiento de un promotor por la ARN polimerasa o de la iniciacin de la traduccin . Sin embargo, tambin existen otros mecanismos de regulacin del flujo. Por ejemplo, muchos de los productos gnicos son slo necesarios ocasionalmente, por lo que existen mecanismos de regulacin del tipo conexin-desconexin que hacen que dichos productos slo estn presentes cuando son requeridos por las condiciones externas. Unos sistemas de regulacin ms sofisticados pueden ajustar la concentracin intracelular de una protena determinada como repuesta a las necesidades impuestas por el medio ambiente. En general, la sntesis de determinados productos genticos est controlada por mecanismos que en conjunto se llaman regulacin gentica.
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