19/04/2013

Computers are an essential tool in modern medicinal chemistry and are important in both drug discovery and drug development. Molecular modeling in silico Rapid advances in computer hardware and software + theoretical studies on molecular interactions (molecular or quantum mechanics). In this and next seminars, we shall look at important tools and examples of how computers are used in medicinal chemistry

Os computadores so uma ferramenta essencial na qumica medicinal moderna e importantes para o desenvolvimento e descoberta de drogas Modelagem molecular in silico Avanos rpidos na computao (hardware e software) + estudos tericos sobre interaes moleculares (mecnica molecular ou quntica). Neste e nos prximos seminrios, vamos analisar imporantes ferramentas e exemplos de como os computadores so usados na qumica medicinal.

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ATOM
Basic unit of matter

TOMO
Unidade bsica da matria

Democritus Indivisible

Dalton

Thomson

Rutherford

Bohr

Current model (quantum molecular)

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Demcrito Indivisvel

Dalton

Thomson

Rutherford

Bohr

Modelo atual (molecular quntico)

Current model (quantum molecular)

ORBITAL the region which is more probable to find an electron

Modelo atual (molecular quntico)

ORBITAL a regio onde mais provvel de se achar um eltron

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HOW TO STUDY THE STRUCTURE OF ATOMS AND MOLECULES?

MOLECULAR AND QUANTUM MECHANICS

COMO ESTUDAR A ESTRUTURA DOS TOMOS E MOLCULAS?

MECNICA MOLECULAR E QUNTICA

Here, equations are used which follow the laws of classical physics (e.g. F = m.a) and apply them to nuclei without consideration of the electrons. used to calculate the different interactions and energies (force fields) resulting from bond stretching, angle bending, non-bonded interactions and torsional energies The molecule is treated as a series of spheres (the atoms) connected by springs (the bonds).

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Aqui, as equaes so usadas de acordo com as leis da fsica clssica (ex. F = m.a) e so aplicadas ao ncleo, sem considerao aos eltrons Usadas para calcular as diferentes interaes e energias (campos de fora) resultantes do alongamento das ligaes, ngulo de flexo, interaes no-ligadas e energias de toro. A molcula tratada como uma srie de esferas (os tomos) conectadas por bastes (as ligaes).

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Quantum mechanics uses quantum physics to calculate the properties of a molecule by considering the interactions between the electrons and nuclei of the molecule. Unlike molecular mechanics, atoms are not treated as solid spheres. In order to make the calculations feasible, various approximations have to be made.

A mecnica quntica usa fsica quntica para calcular as propriedades de uma molculas considerando as interaes entre os eltrons e o ncleo da molcula. Diferentemente da mecnica molecular, os atomos no so tratados como esferas slidas. No intuito de fazer clculos mais provveis, vrias aproximaes so feitas.

Nuclei are regarded as motionless. This is reasonable since the motion of the electrons is much faster in comparison. As electrons are considered to be moving around fixed nuclei, it is possible to describe electronic energy separately from nuclear energy. .

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Os ncleos so tratados como imveis. Isto razovel, uma vez que o movimento dos eltrons muito rpido em comparao com o ncleo. Sendo os eltrons so considerados mveis ao redor do ncleo fixo, possvel descrever a energia eletrnica separadamente da energia do ncleo.

Hamiltonian operator include the sum of kinetic and potential energies of particles from the system

Wave function

function of particle position and time = 95% of probability to find an electron in a spatial region (orbital)

Energy

Operador Hamiltoniano inclui a soma das energias cintica e potencial das partculas do sistema.

Funo de onda

funo da posio da partcula e do tempo = 95% de probabilidade de encontrar um eltron numa regio espacial (orbital).

Energia

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h = Plancks constant (6.626068 10-34 m2 kg / s)

Laplacian operator (in function of coordinate)

h = constante de Planck (6.626068 10-34 m2 kg / s)

Operador Laplaciano (em funo da coordenada)

Quantum mechanical methods can be subdivided into two broad categoriesab initio and semi-empirical.
AB INITIO Pure calculations, no parameters added Most accurate SEMI-EMPIRICAL Parameters added, Compute for valence electrons only Faster than ab initio, but less accurate (futher approximation) Softwares: MOPAC, VAMP AM1, PM3, PM6, MNDO/3, MNDO, MNDO-d

Softwares: Gaussian, DMol3

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Os mtodos de mecanica quntica podem ser subdivididos em duas categorirasab initio e semi-empirico.
AB INITIO Clculos puros, nenhum parmetro adicionado Mais preciso / acurado SEMI-EMPRICO Parmetros adicionados, Valncia dos eltrons computadas apenas. Mais rpido do que o ab initio, mas menos preciso (mais aproximao) Softwares: MOPAC, VAMP AM1, PM3, PM6, MNDO/3, MNDO, MNDO-d

Softwares: Gaussian, DMol3

ORDER ATOMS

10-100 Ab initio

100-1000 Semiempirical

1000+ Molecular Mechanics

VELOCITY ACCURACY COMPLEXITY OF CALCULATION

ORDEM DOS TOMOS

10-100 Ab initio

100-1000 Semiempirical

1000+ Molecular Mechanics

VELOCIDADE ACURCIA / PRECISO COMPLEXIDADE DO CLCULO

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SIZE OF MOLECULE

ACCURACY

TAMANHO DA MOLCULA

ACURCIA

Next seminars: Choice of the method Molecular Orbital Theory (HOMO/LUMO) Theoretical Chemistry Reactivity

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Prximos seminrios: Escolha do mtodo Teoria do Orbital molecular (HOMO/LUMO) Reatividade Qumica Terica

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