ANEXO 1: FORMATO PARA LA PRESENTACIN DE APORTES Trabajo: Trabajo colaborativo No 1 Nombre: Hugo Nicols Gmez Martnez Actividad a desarrollar:

Relacione el aminocido que posee la caracterstica descrita, mediante conectores o flechas, adems de esto, dibuje la estructura y seale la caracterstica dada y diga a qu grupo pertenece (cido, bsico, polar o no polar) y el porqu. Elija sus respuestas de los 20 aminocidos que se encuentran en las protenas: Objetivo: Identificar los diferentes tipos de aminocidos, su estructura y los diferentes grupos a los que estos pertenecen. Contenido del aporte:

AMINOACIDO
1. Posee 3 grupos ionizables y es un aminocido acido

CARACTERISTICA
( 4 ) triptfano

GRUPO
Aminocido no polar hidrofobico (AROMATICO)

ESTRUCTURA

2. Una cadena ( 6 ) treonina lateral con dos grupos aminos

Aminocidos polares no cargados (HIDROXILADO)

3. Una cadena ( 1 ) acido glutamico lateral con un anillo imidazol

Aminocido (ACIDO)

acido

4. Una cadena ( 5 ) tirosina lateral con un grupo indol

Aminocidos polares no cargados (AROMATICO)

5. Una cadena ( 7 ) metionina lateral con un grupo fenol o hidroxibenceno 6. Una cadena ( 3 ) histidina lateral con un radical Alcoxi (OH) 7. Una cadena ( 2 ) arginina lateral sulfihidrilo

Aminocido no polar hidrofobico (AZUFRADO)

Aminocido (BASICO)

bsico

Aminocido (BASICO)

bsico

Actividad a desarrollar: Problema Planteado: 2.1 Dibujar la estructura del aminocido Histidina que existira a pH 1.0, 5.0 y 11. Ph= 1.0 Ph< Pk1 (- COOH) = 1.82

Ph= 5.0

Ph< Pk2 (-NH2) = 9.17

Ph= 11

Ph> Pk2 (-NH2) = 9.17

2.2. El punto isoelctrico (pI) de la Histidina es de 7.58, presentar, las estructuras y el matemtico que evidencia este valor del pI.

clculo

La Histidina, adems del grupo carboxilo y el grupo amino que son ionizables tiene un tercer grupo tambin ionizable en su cadena lateral.

El punto isoelctrico es aquel donde el Aminocido queda con carga neta 0 (es decir, la cantidad de cargas positivas es igual a la cantidad de cargas negativas).

En la imagen anterior se evidencia que: Para el Pk1 (- COOH) que equivale a 1.82 la carga neta es de +2

Para el PkR (Cadena lateral) que equivale a 6.0 la carga neta es +1 Para el punto isoelctrico que equivale a 7,58 la carga neta es 0 Para el Pk2 (-NH2) que equivale 9.17 la carga neta es -1 Teniendo cada uno de los grupos ionizables, se debe ubicar el que queda con carga neta 0 y luego se debe hacer la suma del pK anterior y del pK posterior al pI y dividirlo por dos. Por lo tanto el pI. se calcular considerando los grupos imidazol (grupo R) y el grupo -amino. El grupo R al ionizarse da lugar a la especie con carga neta 0, y el -amino al ionizarse convierte a esta especie en una con carga neta -1. Teniendo los siguientes datos: Pk1 (- COOH) = 1.82 PkR (Cadena lateral) = 6.0 Pk2 (-NH2) = 9.17 Entonces, el pI ser: (PkR - Pk2)/2 = (6.0 + 9.17)/2 = 7.58

2.3 Para el siguiente pptido prediga e identifique: Asp-Phe-Lys-Ser-Arg Estructura y sobre esta, encierre en un crculo los grupos ionizables que aportan cargas para el clculo del pI.

N-terminal, C-terminal.

1. N-terminal: corresponde la parte de la cadena donde est el grupo amino (NH2) 2. C-terminal: corresponde la parte de la cadena donde est el grupo carboxilo (COOH)

Punto Isoelctrico (pI): para calcular el punto isoelctrico de un pptido se suma los todos los pks y se divide por el nmero de pks, es decir, se hace un promedio:

pI de Asp-Phe-Lys-Ser-Arg

= Pk2 Asp + PkRAsp + PkRLys + PkRArg + Pk1 Arg 5 = 9,82 + 3,86 + 10,53 +12,48 + 2,17 5 = 38,86 5 = 7,77

Presentar la secuencia de pasos para hallar la pI de cada pptido con una pequea explicacin (presentar el desarrollo).

1. Tomar nota de la equivalencia del Pk2 (NH2) del aminocido que est en el extremo Nterminal de la cadena (segn la tabla 8 del mdulo) 2. Tomar nota de la equivalencia de los PkR de cada una de las cadenas laterales de los aminocidos que estn en la mitad (segn la tabla 8 del mdulo). Algunas cadenas laterales no aportan para el clculo del pI 3. Tomar nota de la equivalencia del Pk1 (COOH) del aminocido que est en el extremo Cterminal de la cadena (segn la tabla 8 del mdulo) 4. Finalmente se procede a la suma de todos los pks encontrados y dividir por el nmero de datos.

ACTIVIDAD No. 3. Estructuracin de protenas. Contenido del aporte: Abajo se muestra la estructura de una protena hipottica. Identifique sobre la grfica: Niveles de estructuracin (primaria, secundaria, terciaria, etc.). Si existe estructura secundaria, explicar si es alfa-hlice o beta-lmina. Describir las fuerzas de enlaces que mantienen las estructuras identificadas (interacciones covalentes (cuales) y no covalentes (cuales)

Se identifica Est. Primaria por secuencia de aminocidos.

Se identifica Est. Secundaria alfa hlice por los puentes de hidrogeno que se hacen sobre la misma cadena proteica

Se identifica un enlace no covalente entre uniones hidrofobicas ya que encontramos radicales no polares de dos aminocidos que tienden a unirse por que el agua que se encuentra alrededor es excluida

Se identifica un enlace covalente entre dos tomos de azufre formando un puente de disulfuro

Se identifica un enlace no covalente inico, ya que encontramos dos radicales de aminocidos no adyacentes con cargas elctricas opuestas

Se forma un enlace no covalente y un puente de hidrogeno

Se percibe una Est. Terciaria por interaccin de aminocidos no consecutivos.

Conclusin: Los aminocidos se diferencian unos de otros por su cadena lateral R Los aminocidos se pueden clasificar segn los componentes que encontremos en su cadena lateral en Aminocidos alifticos, aminocidos aromticos, aminocidos azufrados, aminocidos hidroxilados, aminocidos bsicos y aminocidos cidos. La estructura de las protenas determina la actividad biolgica de stas. De entre las innumerables conformaciones tericamente posibles de una protena, generalmente hay una que predomina. Esta conformacin es generalmente la ms estable y en ese caso se dice que la protena se encuentra en estado nativo (protena nativa). Cada organismo es nico, desde el punto de vista bioqumico. Las protenas se componen de carbono, hidrgeno, oxgeno, nitrgeno y a veces, azufre. Un polipptido contendr cientos de aminocidos unidos en un orden lineal especfico. Una protena se forma por una o varias cadenas de polipptidos.

Referencia bibliogrfica (Formato APA) Autor Jos Luis Urdiales, 16 mayo 2005, Aminocidos y pptidos, consultado 11 abril 2013. http://www.biorom.uma.es/contenido/av_biomo/Mat2.html

Autor Mnica Gonzlez, 26 agosto 2010, Cadenas laterales en aminocidos, consultado 11 abril 2013. http://quimica.laguia2000.com/conceptos-basicos/cadena-lateral-en-aminoacidos http://payala.mayo.uson.mx/Programa/biomoleculas,proteinas.htm