Tutorial Linux para principiantes

N estor Aguirre Grupo de Qu mica Te orica Universidad Nacional de Colombia Versi on preliminar 31 de agosto de 2007

1.

Motivaci on

En el campo de qu mica te orica, la simulaci on o c alculo de propiedades de un sistema molecular de relevancia qu mica, hace necesario el uso de una gran capacidad de c omputo y por lo tanto requiere un sistema operativo exible y totalmente manipulable, para obtener el m aximo de su capacidad. Entorno a esta idea, hist oricamente la gran mayor a de aplicaciones cient cas orientadas a modelamiento de sistemas moleculares se han desarrollado en sistemas basados en Unix, como lo es Linux, ... ese gran monstruo al que muchos le temen. Esta gu a ha sido desarrollada para que usted logre sobrevivir en un ambiente linux cuando solo dispone de una consola; vale la pena aclarar, que linux dispone de entornos gr acos bastante exibles que permitir an una analog a directa con Windows, pero el mensaje es ... El m aximo poder de linux est a en la l nea de comandos !!

1.1.

Ventajas e inconvenientes de Linux

Linux es muy robusto, estable y r apido: Ideal para servidores y aplicaciones distribuidas. A esto se a nade que puede funcionar en m aquinas humildes: Linux puede correr servicios en un procesador x86 a 200 MHz con calidad. Linux es libre: Esto implica no s olo la gratuidad del software, sino tambi en que Linux es modicable y que Linux tiene una gran cantidad de aplicaciones libres en Internet. Todo ello arropado por la inmensa documentaci on de Linux que puede encontrarse en la Red. Linux ya no est a restringido a personas con grandes conocimientos de inform atica: Los desarrolladores de Linux han hecho un gran esfuerzo por dotar al sistema de asistentes de conguraci on y ayuda, adem as de un sistema gr aco muy potente. Distribuciones Linux como openSUSE tienen aplicaciones de conguraci on similares a las de Windows.

Hay 3 ventajas fundamentales de Linux que juntas le dan una gran consideraci on:

Los inconvenientes de Linux m as importantes pueden ser: Windows es incompatible con Linux: Este punto es dif cil de explicar: no quiere decir que no podamos tener instalados ambos Sistemas (que es relativamente f acil de hacer) Uno de los problemas es que desde Windows no podremos escribir en particiones Linux o que desde Linux no podremos escribir (en sentido amplio) en particiones NTFS (Windows XP, 2000...) aunque esto u ltimo se est a investigando. En la mayor a de distribuciones Linux hay que conocer nuestro Hardware a la hora de instalar. Sin embargo, distribuciones de Linux como Knoppix reconocen todo el sistema al estilo de Windows. No s olo eso, en este sentido se est a trabajando mucho por hacer esta tarea simple.

1.2.

Razones para usar linux

Linux es uno de los sistemas operativos m as robustos, estables y r apidos.

Figura 1: Linea de Tiempo

Linux funciona hasta en un 386. El manejo de la memoria de Linux evita que los errores de las aplicaciones detengan el n ucleo de Linux. No sale la pantalla azul de Windows que obliga a reiniciar el PC !! Linux es multitarea y multiusuario: Esta caracter stica imprescindible est a en Unix desde su concepci on pero le llev o a Microsoft m as de 20 a nos ofrecerlo en su sistema operativo de consumo. Linux soporta gran variedad de entornos gr acos (KDE, GNOME, XFCE...) Hay miles de programas libres para Linux, adaptados a muy diversos prop ositos y disponibles en internet para usarlos con GNU/Linux Casi cualquier aplicaci on Unix puede usarse bajo Linux. Para Linux existe gran cantidad de documentaci on libre, aunque no siempre est a traducida. Las libertades de copia y modicaci on permiten usar GNU/Linux para facilitar servicios sin depender de terceros.

2.

Distribuciones Linux

Actualmente se encuentran una gran variedad de distribuciones de GNU/Linux, las cuales dieren principalmente en su forma de administraci on y en su riqueza visual, pero siempre en el fondo son el mismo sistema. En la gura 1 se puede observar a grandes rasgos las distribuciones mas populares hoy en d a en orden cronol ogico de aparici on teniendo en cuenta su descendientes directos. Seg un mi experiencia personal, si usted tiene un gran temor de usar GNU/linux pero almenos le genera una cierta curiosidad puede usar las distribuciones Live CD como Knoppix1 ; las cuales no se necesitan instalar en un disco duro, tan solo se cargan en memoria RAM, por lo tanto son excelentes ya que no va a modicar ni da nar su tan preciada instalaci on de Windows; este m etodo solo permitir a que usted
1 http://www.knoppix.net/

se familiarice con el entorno GNU/linux y realice uno que otro trabajo sencillo. Sin embargo, si usted ya ha decidido que linux es una buena raz on para trasnochar debe decidirse por una de las siguientes distribuciones que yo recomendar a: Slackware, openSUSE o Debian. Slackware es la distribuci on mas limpia, en el sentido que posee los paquetes de software necesarios, su instalaci on requiere desde 2 cds para un sistema usual, hasta 4 cds con programas adicionales y experimentales que se pueden obtener de la red2 . La interfaz del programa de instalaci on es por texto, y necesita un mayor conocimiento de Linux que la mayor a de las otras distribuciones. Esto puede ser una desventaja para usuarios principiantes, pero no representa mayor dicultad para usuarios intermedios o avanzados. Es ideal si usted no dispone de una conexi on permanente a internet. El u nico inconveniente que Slackware posee, corresponde al hecho que su conguraci on es bastante compleja, ya que esencialmente est a orientado a programadores, tanto as que generalmente no se consigue software en su formato de instalci on nativo ( *.tgz ), por lo tanto practicamente todo hay que compilarlo antes de instalarlo. Su administraci on es b asicamente a trav es de la l nea de comandos y edici on de los archivos de conguraci on de cada paquete de software. El valor agregado a esto es que usted obtendr a un sistema operativo con exactamente lo que quiere, nada de procesos que desperdicien memoria o procesador !!!, un sistema operativo exactamente a su medida y con absoluta estabilidad. OpenSUSE es f acilmente la distribuci on mas sencilla de instalar, administrar y usar, practicamente todo se puede hacer con un click, adem as que gr acamente en muy vistoso. Posee un paquete de software para su administaci on supremamente avanzado conocido como Yast, desde el cual se puede congurar todo; desde la imagen de fondo de escritorio, hasta la administraci on de un servidor web. Es ideal si usted no dispone de una conexi on permanente a internet, pues posee una gran cantidad de paquetes en los cds de instalaci on. Su desventaja radica en que el administrador practicamente pierde el control del sistema ( se da n o Yast y se da no SuSE ), adem as que consume muchos recursos, es decir, que no funcionar a uidamente en computadores con bajas capacidades. Su instalaci on requiere de 5 cds para un sistema usual, hasta 7 cds para uso de software propietario y manejo de multiples idiomas o 1 dvd que incluye los primeros 5 cds, que se pueden obtener de la red3 . Su instalaci on es bastante intuitiva pues est a guiada a trav es de una vistosa interface gr aca con men us de ayuda en el idioma que desee. Debian GNU/Linux se encuentra en un nivel intermedio de complejidad. Es distribuido en tres versiones: sarge ( stable o estable ): es la versi on establizada de Debian y es la recomendada para un uso en producci on o a nivel empresarial. etch ( testing o de pruebas ): es la versi on de pruebas de Debian, posee paquetes que han estado previamente en la versi on inestable obviamente con muchos menos errores, es la recomendada para un sistema de escritorio. De aqu saldr a la futura versi on estable. sid ( unstable o inestable ): es la versi on inestable de Debian y corresponde a la versi on que usan los desarrolladores del proyecto. La distribuci on que yo le recomendar a es etch. Debian es perfecto cuando se dispone de una conecci on permanente a internet, ya que poseee un administrador de paquetes supremamente avanzado, el cual entre muchas cosas m as, revisar a dependencias y har a cumplirlas automaticamente al instalar un paquete y adem as lo congurar a; este es conocido como apt. As apt le permitir a vivir eternamente de actualizaciones. Adem as es la distribuci on que tiene mayor n umero de plataformas soportadas. Para instalarlo tiene b asicamente dos modalidades: La modalidad usual, que corresponde a bajar todos los cds para su instalaci on; pero no es una buena soluci on ya que solo para la versi on estable son 14 cds4 y para etch 22 cds5 y la instalaci on por red, que corresponde a bajar cerca de 100 Mb6 , para quemar en un cd e instalar el sistema b asico para posteriormente bajar todos los paquetes que requiera por red. Personalmente esta es mi distribuci on preferida.
2 http://slackware.mirrors.easynews.com/linux/slackware/slackware-11.0-iso/ 3 http://es.opensuse.org/Released

Version

4 http://cdimage.debian.org/debian-cd/current/i386/iso-cd/ 5 http://cdimage.debian.org/cdimage/weekly-builds/i386/iso-cd/ 6 http://www.debian.org/devel/debian-installer/

3.

Comandos b asicos

El tutorial se basa en una serie de ejemplos que usted tiene que seguir secuencialmente para que tengan sentido. En la denici on de comandos los par ametros aparecer an en letra italica ; si son opcionales estar an encerrados entre parentesis angulares [par ametro ] y si son excluyentes aparecer an como ( par ametro 1 || par ametro 2 ), es decir se escribir a el par ametro 1 o el 2. Ahora hay que entrar en materia. Sea cual sea la distribuci on linux que usted haya elegido, tomar e como punto de partida que usted ya ha sido capaz de instalarla correctamente o si no por lo menos ha utilizado un liveCD y por lo tanto est a ejecutando linux. Lo primero que usted va a observar es una linea que dice login:, ahi introducir a el nombre de usuario. porteriormente el le preguntar a la contrase na password:. Como usted fu e el que instal o el sistema debe conocer estos valores. Muchas distribuciones linux inicializan directamente en ambiente gr aco, como openSUSE o Knoppix, as que para seguir este tutorial deber a presionar Ctrl+Alt+F1, para pasar a una terminal.7 Una vez usted ha escrito correctamente el nombre de usuario y contrase na, le aparecer a un una serie de letras que nalizan con alguno de los simbolos $ o #, lo cual depender a de si ha entrado al sistema como un usuario normal o como administrador8 respectivamente. Es este momento usted se encuentra inmerso en una shell o mejor en una linea de comandos interactiva. Es costrumbre en linux la existencia de programas que hacen cosas espec cas para que el usuario los mezcle y genera un programa mucho mas robusto a trav es de un lenguaje de scrips, el arte de esto se conoce como programaci on en shell, lo cual no es motivo de este tutorial; como se dijo anteriormente, se va a trabajar tan solo los comandos b asicos que le permitir an al menos sobrevivir en linux. Antes de comenzar vale la pena tener en cuenta una serie de ayudas que la interface de l nea de comandos nos ofrece, como por ejemplo el autocompletado y revisi on del manual del comando de inter es. Autocompletado : Es una opci on que nos permite ahorrar tiempo en escritura y se accede a ella a trav es de la tecla TAB. Es decir que si usted escribe las letras, por ejemplo ls y posteriormente TAB+TAB, la shell le escribir a en pantalla todos los comandos o archivos que comienzan por las letras ls, pero si es el u nico comando o archivo que existe comenzando por ls con un solo TAB bastar a y autom aticamente se completatar a. $ ls <TAB+TAB> ls lsattr lsdev lsdev.pl lshal lsmod lsmod.modutils lsof lspci lspgpot lsusb

$ ls /usr/share/awk/g <TAB> $ ls /usr/share/awk/group.awk Manuales : Si usted no se acuerda de espec camente que es lo qu e hace un comando o mejor de como debe usarlo, escriba anteponiendo al comando de inter es en comando man, por ejemplo para ver el manual del comando ls ... $ man ls LS(1) NAME ls - list directory contents SYNOPSIS ls [OPTION]... [FILE]... DESCRIPTION List information about the FILEs (the current directory by default). Sort entries alphabetically if none of -cftuvSUX nor --sort.
7 Todo Linux dispone de almenos de seis terminales de texto y seis terminales gr acas a las cuales se accede digitando la secuencia Ctrl+Alt+F1, ..., Ctrl+Alt+F7 y Ctrl+Alt+F12, ..., Ctrl+Alt+F6 respectivamente 8 El nombre de usuario correspondiente al administrador es root

User Commands

LS(1)

Mandatory arguments to long options are too.

mandatory

for

short

options

-a, --all do not ignore entries starting with . -A, --almost-all do not list implied . and .. ... SEE ALSO The full documentation for ls is maintained as a Texinfo manual. If the info and ls programs are properly installed at your site, the command info ls should give you access to the complete manual. ls 5.97 August 2006 LS(1)

3.1.

Preparando las cosas necesarias para seguir tutorial

De la pagina web http://www.docentes.unal.edu.co/areyesv/docs/, descarge el archivo QT3-guialinux.tar.gz y copielo en su directorio de trabajo. Si dispone de una conecci on a internet digite los siguientes comandos

$ cd $ wget http://www.docentes.unal.edu.co/areyesv/docs/QT3-guia-linux.tar.gz --07:27:47-- http://www.docentes.unal.edu.co/areyesv/docs/QT3-guia-linux.tar.gz => QT3-guia-linux.tar.gz Resolving www.docentes.unal.edu.co... 168.176.160.26 Connecting to www.docentes.unal.edu.co|168.176.160.26|:80... connected. HTTP request sent, awaiting response... 200 OK Length: 213,119 (208K) [application/pdf] 100%[=====================================>] 213,119 13.71K/s ETA 00:00

07:28:01 (14.42 KB/s) - QT3-guia-linux.tar.gz saved [213119/213119]

Si esta trabajando en este momento en un computador dentro de la Universidad Nacional de Colombia hay adicionar un par de parametros para la autenticaci on del servidor proxy, utilizando el nombre de usuario (USER) y la contrase na (PASSWORD) de su cuenta de correo electr onico institucional

$ wget proxy-user=USER proxy-password=PASSWORD http://

Ahora hay que descomprimir el archivo y ver su contenido, esto con los siguientes comandos

$ tar xfz QT3-guia-linux.tar.gz $ cd TutorialLinux $ ls atomoDeCarbono.out bencenoIR.out $ ls CO co.dat co.inp coIR.dat coIR.inp coIR.out co.out CO hfv0.7.tar.gz listaDeEnergiasSTO-3G optimizacionBenceno.out winskin-0.11.zip

Aunque no entenda que fue lo que se hizo, no importa pues el motivo de este tutorial es que al nal por lo menos entienda los anteriores pasos. A partir de los anteriores comandos, se puede observar que tendremos la siguiente estructura de directorios con la cual trabajaremos TutorialLinux/ |--|--|--| | | | | | |--|--|--|--atomoDeCarbono.out bencenoIR.out CO |--- co.dat |--- co.inp |--- coIR.dat |--- coIR.inp |--- coIR.out |--- co.out hfv0.7.tar.gz listaDeEnergiasSTO-3G optimizacionBenceno.out winskin-0.11.zip

Ahora si, manos a la obra.

3.2.

Navegando a trav es del sistema de archivos

El sistema de archivos de Linux es muy similar a la estructura est andar del sistema de archivos UNIX, aunque l ogicamente hay ciertas diferencias de menor importancia. El nivel superior est a en el directorio principal, al que se le suele llamar directorio raiz ( o directorio ra z del sistema o directorio root). Dentro de el hay una serie de carpetas que tienen funcionalidades espec cas que no hacen parte de este tutorial, excepto la carpeta /home, dentro de la cual aparecer an los documentos de cada uno de los usuarios del sistema. Es por eso que en lo que sigue aparecer a muchas veces el directorio /home/nestor el cual corresponde al directorio HOME en mi computador, obviamente en su caso tendr a un valor diferente. pwd: Imprime en pantalla el directorio sobre el cual est a localizado
$ pwd /home/nestor/TutorialLinux

cd [dir-dest ] Cambia de directorio

$ cd /usr/local $ pwd /usr/local $ cd $ pwd /home/nestor

Si no se selecciona ning un directorio destino, por omisi on cd lo env a al directorio home del usuario.

ls [directorio ] Muestra el contenido del directorio Si no se selecciona un directorio, ls mostrar a los archivos del directorio en el cual se encuentra

$ cd /usr/local $ ls Adobe bin games include lib man sbin share src

mkdir nombre-del-nuevo-directorio Crea un nuevo directorio

$ ls /home/nestor/TutorialLinux atomoDeCarbono.out bencenoIR.out CO hfv0.7.tar.gz listaDeEnergiasSTO-3G optimizacionBenceno.out winskin-0.11.zip

$ cd $ mkdir TutorialLinux/prueba $ ls TutorialLinux atomoDeCarbono.out bencenoIR.out CO hfv0.7.tar.gz listaDeEnergiasSTO-3G optimizacionBenceno.out prueba winskin-0.11.zip

rm -r directorio Remueve un directorio con todo su contenido Peligro, este comando borra recursivamente todo el contenido del directorio y una vez borrado no se puede recuperar la informaci on !!! cp -r dir-fuente [ dir-dest || dir-copia ] Copia un directorio recursivamente a un directorio destino

$ rm -r TutorialLinux/prueba $ ls TutorialLinux bencenoIR.out CO hfv0.7.tar.gz optimizacionBenceno.out winskin-0.11.zip

$ cd TutorialLinux $ cp -r CO CO.old $ ls atomoDeCarbono.out bencenoIR.out CO CO.old $ ls CO co.dat co.inp co.dat co.inp coIR.dat coIR.inp coIR.dat coIR.inp coIR.out co.out coIR.out co.out hfv0.7.tar.gz listaDeEnergiasSTO-3G optimizacionBenceno.out winskin-0.11.zip

$ ls CO.old

cp arch-fuente ( arch-dest || dir-destino ) Copia un archivo a un directorio o archivo destino

$ cp bencenoIR.out prueba.out $ ls atomoDeCarbono.out bencenoIR.out CO CO.old hfv0.7.tar.gz listaDeEnergiasSTO-3G optimizacionBenceno.out prueba.out winskin-0.11.zip

mv ( arch-fuente || dir-dest ) ( arch-dest || dirdest ) Mueve un archivo o directorio. Tambi en es usado para renombrar un archivo o directorio

$ mv prueba.out prueba2.out $ ls atomoDeCarbono.out bencenoIR.out CO CO.old hfv0.7.tar.gz listaDeEnergiasSTO-3G optimizacionBenceno.out prueba2.out winskin-0.11.zip

rm archivo Remueve un archivo

$ rm prueba2.data $ ls atomoDeCarbono.out bencenoIR.out CO CO.old hfv0.7.tar.gz listaDeEnergiasSTO-3G optimizacionBenceno.out winskin-0.11.zip

3.3.

Busqueda
nd dir-inicial -name patron Busca un directorio o archivo desde un directorio inicial de manera recursiva y con un patr on dado En el ejemplo se buscan todos los archivos que es est en en la carpeta TutorialLinux, que terminen por las letras .out
$ cd $ nd TutorialLinux/ -name *.out TutorialLinux/CO/co.out TutorialLinux/CO/coIR.out TutorialLinux/optimizacionBenceno.out TutorialLinux/atomoDeCarbono.out TutorialLinux/bencenoIR.out TutorialLinux/CO.old/co.out TutorialLinux/CO.old/coIR.out

grep patron archivo Busca en el contenido de un archivo En el ejemplo se buscan todas las lineas del archivo 6-31DP-mp2.data que contengan la palabra ENERGY. Agregando el par ametro -n se obtienen adem as la l nea en la cual aparece la ocurrencia.

$ grep TOTAL ENERGY=bencenoIR.out TOTAL ENERGY= -230.6244753453 $ grep -n TOTAL ENERGY=bencenoIR.out 1548: TOTAL ENERGY= -230.6244753453

3.4.

Examinando un archivo
more archivo Muestra un archivo p agina por p agina. Avanza de p agina en p agina con el espaciador
$ more listaDeEnergiasSTO-3G #<Atomic 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 number> <energy> -0.4665818504 -2.8077839566 -7.3155260056 -14.3518804007 -24.1489886649 -37.0895866208 -53.5545361135 -73.6618169280 -97.9865050330 -126.6045250888

cat archivo Muestra un archivo completo En el ejemplo la salida de more y cat coinciden ya que la longitud del archivo no es la suciente para verlo por p aginas

$ cat listaDeEnergiasSTO-3G #<Atomic 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 number> <energy> -0.4665818504 -2.8077839566 -7.3155260056 -14.3518804007 -24.1489886649 -37.0895866208 -53.5545361135 -73.6618169280 -97.9865050330 -126.6045250888

head archivo Muestra las primeras lineas de un archivo Por omisi on muestra las primeras 10 lineas del archivo, pero este n umero se puede modicar agregando la opci on -n #, donde # sustituye por el n umero de l neas que se desean mostrar.

$ head listaDeEnergiasSTO-3G #<Atomic 1 2 3 4 5 6 7 8 9 number> <energy> -0.4665818504 -2.8077839566 -7.3155260056 -14.3518804007 -24.1489886649 -37.0895866208 -53.5545361135 -73.6618169280 -97.9865050330

$ head -m 3 listaDeEnergiasSTO-3G #<Atomic number> <energy> 1 -0.4665818504 2 -2.8077839566

tail archivo Muestra las u ltimas lineas de un archivo Por omisi on muestra las u ltimas 10 lineas del archivo, pero este n umero se puede modicar agregando la opci on -n #, donde # se sustituye por el n umero de l neas que se desean mostrar.

$ tail listaDeEnergiasSTO-3G 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 -0.4665818504 -2.8077839566 -7.3155260056 -14.3518804007 -24.1489886649 -37.0895866208 -53.5545361135 -73.6618169280 -97.9865050330 -126.6045250888

$ tail -n 3 listaDeEnergiasSTO-3G 8 9 10 -73.6618169280 -97.9865050330 -126.6045250888

3.5.

Editando un archivo
pico archivo F acilmente el editor de texto m as sencillo que existe en el mundo Unix En la parte inferior aparecen los comandos disponibles y deben interpretarse como X = Crtl+x

$ pico listaDeEnergiasSTO-3G GNU nano 1.9.99pre3 #<Atomic 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 number> <energy> -0.4665818504 -2.8077839566 -7.3155260056 -14.3518804007 -24.1489886649 -37.0895866208 -53.5545361135 -73.6618169280 -97.9865050330 -126.6045250888 [ Read 11 lines ] ^R Read File ^Y Prev Page ^W Where Is ^V Next Page File: listaDeEnergiasSTO-3G

^G Get Help ^X Exit

^O WriteOut ^J Justify

^K Cut Text ^U UnCut Text

^C Cur Pos ^T To Spell

vim archivo Es un editor de texto avanzado, el cual manipula todo a trav es de comandos. Algunos comados b asicos son : ESC + i activa el modo para insertar o modicar el contenido del archivo9 . Si ha digitado correctamente en la parte inferior del editor aparecer a INSERT ESC + : + w + ENTER para guardar el archivo. Si ha digitado correctamente en la parte inferior del editor aparecer a :w ESC + : + q + ENTER para salir guardando cambios. Si ha digitado correctamente en la parte inferior del editor aparecer a :q ESC + : + q + ! + ENTER para salir sin guardar. Si ha digitado correctamente en la parte inferior del editor aparecer a :q! ESC + : + set number + ENTER para numerar las l neas del archivo. Si ha digitado correctamente en la parte inferior del editor aparecer a :set number ESC + # + ENTER Para llevar el cursor # l neas a partir de la posici on actual del cursor. ESC + d + d para eliminar la l nea sobre la cual se encuentra el cursor ESC + u para deshacer la u ltima acci on
9 Presione

la tecla Esc y secuencialmente la tecla i

10

$ vim listaDeEnergiasSTO-3G #<Atomic number> <energy> 1 -0.4665818504 2 -2.8077839566 3 -7.3155260056 4 -14.3518804007 5 -24.1489886649 6 -37.0895866208 7 -53.5545361135 8 -73.6618169280 9 -97.9865050330 10 -126.6045250888 ~ ~ ~ ~ "listaDeEnergiasSTO-3G" 15L, 239C

15,1

All

3.6.

Descomprimiendo un archivo
tar xvfz archivo.tar.gz Descomprime archivos en el formato *.tar.gz Gran cantidad de software distribuido para linux se encuentra en formato .tar.gz as que es indispensable saber manejarlo
$ tar xvfz hfv0.7.tar.gz hfv0.7/ hfv0.7/lib/ hfv0.7/lib/integrals.a hfv0.7/mod/ ... hfv0.7/src/repulsionTest.f90 hfv0.7/src/PrimitiveGaussian_Class.f90 hfv0.7/src/integralsTest hfv0.7/src/PuntualParticle_Class.f90 hfv0.7/src/RepulsionPrimitive_Class.f90 $ ls atomoDeCarbono.out bencenoIR.out $ ls hfv0.7 lib mod src CO CO.old hfv0.7 hfv0.7.tar.gz listaDeEnergiasSTO-3G optimizacionBenceno.out winskin-0.11.zip

unzip archivo.zip Descomprime archivos en el formato *.zip Este formato de compresi on es el mas popular en Windows, as que ten a que incluirlo.

11

$ unzip winskin-0.11.zip Archive: winskin-0.11.zip creating: winskin/ inflating: winskin/winutils.dll creating: winskin/pixmaps/ inflating: winskin/pixmaps/winskin_close.gif inflating: winskin/pixmaps/winskin_replace.gif inflating: winskin/pixmaps/winskin_menu.gif inflating: winskin/pixmaps/winskin_resize2.gif inflating: winskin/pixmaps/winskin_move.gif inflating: winskin/pixmaps/winskin_resize.gif inflating: winskin/pixmaps/winskin_remove.gif inflating: winskin/plugininfo.xml inflating: winskin/winskin.tcl $ ls atomoDeCarbono.out bencenoIR.out CO CO.old hfv0.7 hfv0.7.tar.gz listaDeEnergiasSTO-3G optimizacionBenceno.out winskin winskin-0.11.zip

3.7.

Comprimiendo un directorio
tar cvfz archivo.tar.gz carpeta-a-comprimir Comprime un conjunto de archivos o un directorio en el formato *.tar.gz

$ tar cvfz CO.tar.gz CO CO/ CO/co.dat CO/co.inp CO/co.out CO/coIR.dat CO/coIR.inp CO/coIR.out $ ls atomoDeCarbono.out bencenoIR.out CO CO.old CO.tar.gz hfv0.7 hfv0.7.tar.gz listaDeEnergiasSTO-3G optimizacionBenceno.out winskin winskin-0.11.zip

unzip archivo.zip Comprime un conjunto de archivos o un directorio en el formato *.zip

12

$ zip -r CO.zip CO adding: adding: adding: adding: adding: adding: adding: $ ls atomoDeCarbono.out bencenoIR.out CO CO.old CO.tar.gz CO.zip hfv0.7 hfv0.7.tar.gz listaDeEnergiasSTO-3G optimizacionBenceno.out winskin winskin-0.11.zip CO/ (stored 0%) CO/co.dat (deflated 78%) CO/co.inp (deflated 24%) CO/co.out (deflated 79%) CO/coIR.dat (deflated 70%) CO/coIR.inp (deflated 34%) CO/coIR.out (deflated 71%)

3.8.

Montando y desmontando unidades

Aunque en Windows y en algunas distribuciones Linux los dispositivos de almacenamiento extraible son montados autom aticamente, en absolutamente todas las distribuciones estas unidades se pueden montar de forma manual como se explicar a enseguida. Advertencia !!!!!!!!: No extraiga el dispositivo antes de ser desmontado. mount directorio Monta una unidad de almacenamiento. Si se omite el directorio, el comando mostrar a las unidades que en ese momento est an montadas, as podr a ver en el ejemplo que una vez es montada la unidad de cdrom, se puede vericar que su montaje ha sido satisfactorio con el comando mount ( sin par ametros ), donde aparecer a una l nea m as correspondiente a la l nea del cdrom. La posici on de las carpetas que representan las unidades de almacenamiento extraible, dependen de la distribuci on linux que usted est e utilizando y del administrador, generalmente se localizan en /media o el en el caso de Slackware en /mnt.

13

$ ls /media cdrom cdrom0 cdrom1 floppy floppy0 usb

$ mount /dev/hda2 on / type reiserfs (rw,notail) devpts on /dev/pts type devpts (rw,noexec,nosuid,gid=5,mode=620) usbfs on /proc/bus/usb type usbfs (rw,noexec,nosuid,nodev) /dev/hda1 on /Windows/C type ntfs (rw) /dev/hda5 on /Windows/D type vfat (rw) /dev/hda8 on /home type reiserfs (rw) $ mount /media/cdrom $ mount /dev/hda2 on / type reiserfs (rw,notail) devpts on /dev/pts type devpts (rw,noexec,nosuid,gid=5,mode=620) usbfs on /proc/bus/usb type usbfs (rw,noexec,nosuid,nodev) /dev/hda1 on /Windows/C type ntfs (rw) /dev/hda5 on /Windows/D type vfat (rw) /dev/hda8 on /home type reiserfs (rw) /dev/hdc on /media/cdrom0 type iso9660 (ro,noexec,nosuid,nodev,user=nestor) $ ls /media/cdrom AcroRead autorun.inf Drivers FAX lexcd.id lexhwz16.exe lexhwz.dll lexusbci.dl_ lexusb.in_ lexusbin.ex_ lxczhub.inf lxczhwd1.exe lxczhwd1.ini lxczinst.dll lxczinst.drv lxczpr.inf lxczsc9x.inf lxczscin.dll lxczusb.inf lxczusb.ini OCR PROGRAM pubs readme setup.EXE tools usbmon.dl_ usbprint.sy_ USBSCAN.SYS

umount directorio Desmonta una unidad de almacenamiento. En el ejemplo se desmonta la unidad de cdrom y se verica que realmente ha sido desmontada con el comando mount, para as posteriormente expulsar el cd mediante el comando eject Nota !!!!!!!!: Para que el procedimiento de desmontado tenga exito, nadie puede estar usando el directorio de montaje.
$ umount /media/cdrom $ mount /dev/hda2 on / type reiserfs (rw,notail) devpts on /dev/pts type devpts (rw,noexec,nosuid,gid=5,mode=620) usbfs on /proc/bus/usb type usbfs (rw,noexec,nosuid,nodev) /dev/hda1 on /Windows/C type ntfs (rw) /dev/hda5 on /Windows/D type vfat (rw) /dev/hda8 on /home type reiserfs (rw) $ eject /media/cdrom

3.9.

Obteniendo informaci on del sistema

ps Muestra los procesos que actualmente est a ejecutando el usuario ( use ps -A para mostar todos los procesos en el sistema )
$ ps PID TTY 4917 pts/5 5464 pts/5 TIME CMD 00:00:00 bash 00:00:00 ps

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top Trabaja de manera similar al administrador de tareas de Windows. Permite vericar los recursos del sistema, ver los procesos que est a corriendo, ver la carga promedio del sistema, la cantidad de memoria que se est a usando, etc. a intervalos de actualizaci on de 1 sec. Se sale del programa digitando la letra q.
$ top top - 13:13:10 up 2:24, 1 user, load average: 0.10, 0.07, 0.02 Tasks: 97 total, 1 running, 96 sleeping, 0 stopped, 0 zombie Cpu(s): 0.2%us, 0.0%sy, 0.0%ni, 99.5%id, 0.0%wa, 0.2%hi, 0.2%si, 0.0%st Mem: 450784k total, 416360k used, 34424k free, 74788k buffers Swap: 963860k total, 0k used, 963860k free, 183584k cached PID 4529 1 2 3 4 5 6 7 8 9 13 14 15 108 149 150 151 USER root root root root root root root root root root root root root root root root root PR 15 15 RT 34 RT 39 10 10 10 10 12 10 15 10 20 15 15 NI VIRT 0 52192 0 1948 0 0 19 0 0 0 19 0 -5 0 -5 0 -5 0 -5 0 -5 0 -5 0 -5 0 -5 0 0 0 0 0 -5 0 RES SHR S %CPU %MEM 32m 5232 S 0 7.3 672 568 S 0 0.1 0 0 S 0 0.0 0 0 S 0 0.0 0 0 S 0 0.0 0 0 S 0 0.0 0 0 S 0 0.0 0 0 S 0 0.0 0 0 S 0 0.0 0 0 S 0 0.0 0 0 S 0 0.0 0 0 S 0 0.0 0 0 S 0 0.0 0 0 S 0 0.0 0 0 S 0 0.0 0 0 S 0 0.0 0 0 S 0 0.0 TIME+ 1:22.31 0:01.21 0:00.00 0:00.02 0:00.15 0:00.00 0:00.77 0:00.46 0:00.01 0:00.00 0:00.02 0:00.00 0:00.00 0:00.00 0:00.00 0:00.08 0:00.00 COMMAND Xorg init migration/0 ksoftirqd/0 migration/1 ksoftirqd/1 events/0 events/1 khelper kthread kblockd/0 kblockd/1 kacpid kseriod pdflush pdflush kswapd0

3.10.

Saliendo de la sesi on de usuario

logout Sale de la sesi on de usuario.

3.11.

Apagando y reiniciando el sistema

En la mayor a de distribuciones Linux, un usuario normal no puede apagar o reiniciar el sistema, u nicamente root lo puede hacer, as una vez ha entrado como root ... shutdown -h now Apaga el sistema shutdown -r now Reinicia el sistema ( tambi en puede usar reboot )

4.

Comentarios

Este tutorial fu e desarrollado como parte del curso de Qu mica Te orica III y en este momento se encuentra en una versi on bastante preliminar, as que cualquier error gram atico, ortogr aco, entre otros, reportelo enviando su descripci on al correo electr onico nfaguirrec@unal.edu.co.

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