1 Clase 14 de marzo 2013

Clasificacin de los seres vivos

La clula es la unidad morfolgica y funcional de todos los seres vivos, es el elemento de menor tamao considerado vivo. Bacteria en el ser humano 10:1 Las cel. Eucariontes: tienen ncleo y organelos. Hay unicelulares como la levadura, representa un intermedio entre las cel. Vegetal y animal. Las cel. Procariontes: no tienen ncleos, tampoco tienen mitocondrias por lo tanto consiguen la energa de la mb. Son bacterias, como los bacilios. Generalmente las bacterias se asocian, siempre estn en grupo, esto favorece a la nutricin. Las bacterias pueden ser: Organotrofica: fuente de energa elementos orgnicos. Litogtroficass: minerales, importante para la lixiviacin bacteriana. Fotosintticas: luz. Existen 3 dominios (1990): el Eukarya, Bacteria y Archae. La biologa celular trata de comprender la funcin de la cel. , Hooke primero que vio la cel. Y Leeuwenhoek descubri microorganismo.

Microscopias
Los microscopios magnifican la imagen y buscan una buena resolucin. Existen microscopios pticos (utiliza luz visibles) y electrnicos (usa haz de electrones). Otros tipos: M.de campo brillante(claro) M.de contraste de fases (mejor visualizacin porque se ven las variaciones de estructuras). M. interferencia diferencial de contraste o Nomarski (tridimensional y alto contraste). M. confocal: se enfoca en un punto definido de la cel. Esto permite un corte ptico, se obtienen imgenes ntidas y se reconstruye tridimensionalmente. M. electrnico de transmisin (TEM): utiliza bobinas magnticas y fuentes electrnicas, tiene mayor resolucin y zoom. M. electrnico de transmisin (SEM): relacionado con la tridimensionalidad. Esto era para estructuras delgadas y fciles de manipular.

2 Santiago Ramn y Cajal, descubri la manera de ver cel. En tejidos ms gruesos como en el cerebro descubri la doctrina de la neurona. Las tcnicas que existen para ver esto es a travs de: Fijacin: conserva estructura celular, ej. formalina Deshidratacin: elimina agua (para evitar reacciones qumicas) y reemplaza por solvente orgnico (ej. etanol, acetona) Inclusin: se infiltra resina o parafina, para que se solidifique y se pueda cortar. Corte: utiliza micrtomo, permite cortar pocos micrmetros de espesor. Con esto se obtiene una imagen en blanco, entonces se tiene que teir con las tcnicas de tincin, como por ejemplo: Eosina y Hematoxilina. Hay una microscopia de fluorescencia, una importante es la protena verde fluorescente (GFP), que reacciona frente a la luz ultravioleta emitiendo una luz verde. Se descubri de las medusas aequorea victoria. Mm

Clase 19 de marzo de 2013 Mtodos biologa celular 1.- In vivo: este mtodo se lleva a cabo en organismo completo. (Organismos vivientes) 2.-In vitro: se realiza sobre cultivos celulares. Extraccin de clulas Esta la diseccin que puede ser mecnica (manual o laser) o enzimtica. Centrifugacin: por distintos tamaos. Adherirse a un vidrio o plsticos. Por unin de anticuerpos a sustancias determinadas. Por fluorescencia Tipos de clulas 1.-Las clulas primarias (neuronas) 2.-Lineas celulares: siguen vivas luego de extraerlas, ej las cancergenas. El Hela es una cel. Epiteliar humana carcinoma cervical, el virus es el papiloma humano. Se podra decir que son inmortales, porque una vez que se empieza a dividir no para. 3.-Hibridomas: combinacin de 1 y 2, es semi-inmortal, por ejemplo al crear anticuerpos. El caso de las cel. del ratn + lneas cel.

3 4.-Celula madre: pueden ser totipotentes, que es cuando se puede formar un individuo completo, pluripotentes, no puede formar individuo completo pero si cel. endodermo, ectodermo y mesodermo; multipotentes, genera solo de su linaje de origen; y unipotentes. Las clulas madre se divide en cel. madre embionaria que son pluripotente, se consideran a los 4 das siendo apenas un blastocito, se puede convertir en cualquier clula. Y en cel. madre adulto que son multipotente (piel, cordn umbilical). La enfermedad de Parkinson es cuando la sustancia negra se agota o debilita, los sntomas aparecen cuando queda un 20%. Hay un examen que se hace con Dopa para ver si alguien puede tenerlo, consiste en ver si se absorbe en la sustancia negra. Hay una solucin poco tica que se realiza en China, con fetos (10-15) de 5-8 semanas, donde se trasplanta tejido neuronal. *Los anticuerpos son 100% especficos y reconocen a los antgenos (protenas), se usa para investigaciones y diagnsticos. Cultivar clulas Se cultiva en incubadoras que reemplazan condiciones reales de un organismo, con un 95% de humedad, 37C, 5%CO2 y 95% O2. Sus ventajas es que permite el control preciso y fino, es homogneo y econmico. Sus desventajas son que no se produce en vivo y la tcnica es muy sensible. Fraccionamiento celular Para separar los organelos de una clula se utiliza la ultracentrfuga. Para comprobar la pureza de esta fraccin se utilizan elementos, por ejemplo si es del ncleo compruebo que haya ADN. Otras tcnicas son: Cromatografa: es en columna, emplea el funcionamiento de la protena. Cromatografa por cambio inico Cromatografa por filtracin de gel: unos elementos van a avanzar primero que otros, quedando atrapados por el gel. Cromatografa por afinidad: puede ser por polaridad o anticuerpo. Clase 21 de Marzo del 2013 Componentes qumicos de las clulas La qumica de la vida est basada en el carbono, las reacciones qumicas ocurren casi todas en la fase acuosa. El cuerpo humano est compuesto mayoritariamente por: H>O>C>N.

4 En la vida extraterrestre se encontr una bacteria GFAJ-1 que necesita arsnico para vivir, el arsnico es muy parecido al fosforo y causa dao porque cambia la estructura del ADN y puede generar tumores. El tomo en su ncleo se encuentra los protones neutrones, es denso. En su alrededor esta la nube electrnica, compuesta por electrones. Entre ambos existe una atraccin electrosttica. Numero atmico Z=protones; peso atmico=protones + neutrones. Enlaces Estn los enlaces covalente que son los que comparten electrones y los no-covalentes que se dividen en 3: inico (se transfieren electrones), hidrogeno y Van de Walls. Los enlaces covalentes forman molculas. Sus enlaces son los ms fuertes. Fuerza de enlace: Covalente>inico>puente de hidrogeno>van de walls. Longitud de enlace: van de walls>puente de hidrogeno>inico>covalente. Propiedades del agua Su ngulo es de 104,5, tiene enlaces covalente y van de walls. Al unirse las molculas de agua usan enlaces de puente de hidrogeno. Es polar. El pH se considera acido del 0-6, 7 neutro y del 8-14 es bsico. Carbono y los componentes orgnicos El carbono tiene la capacidad de formar grandes molculas ya que tiene 4 espacios vacantes, los compuestos de carbono son molculas orgnicas. Carbohidratos/Polisacridos: Su componente ms pequeo es monosacridos, los de importancia biolgica son los de 3 y 6 tomos de carbono. La funcin de los polisacridos ramificados son: fuente de energa (reserva), soporte estructural y de sealizacin. Lpidos: Insoluble en agua pero solubles en grasa. Son disolventes orgnicos, su funcin ms importante es la de construir la membrana. Est en distintas formas como: -cidos grasos: tiene 2 partes, el grupo carboxilio y la cadena hidrofobica. Puede ser saturados, monosaturados y polisaturados(2 o ms enlaces). -triglicridos: al degradarse produce 6 veces ms energa que la glucosa. -fosfolpidos: es el principal constituyente de la membrana biolgica, tiene parte hidrofilica e hidrofobica. Protenas: Componente ms pequeo aminocido, existen 24 aminocidos, lo que cambia en cada uno es su radical. Tiene 4 estructuras: primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria. cidos nucleicos:

5 Composicin azcar+ pentosa+ base purina o pirimidica. Las bases purinas son la adenina y guanina, las pirimidicas son la citosina, tymina y uracilo. Los nucletidos forman los cidos nucleicos, cuyas funciones son almacenar y transmitir la informacin gentica, de energa (ATP), de sealizacin (CAMP). La doble hlice fue descubierta por Watson y Crick.

Clase 26 de Marzo de 2013 Biomoleculas y energa celular La liberacin de energa se produce por la ruptura en los enlaces. Un organismo procesa los compuestos ingeridos y los degrada para ser absorbidos por la clula. Hay 2 tipos de de procesos: Catabolismo: que es la degradacin de molculas y como resultado libera energa. Anabolismo: es la sntesis de molculas, que necesita energa. Ambos procesos tienen un equilibrio de energa (metabolismo celular). El componente que regula esto, es la segunda ley de termodinmica que establece que los sistemas tienden al desorden. El ATP tiene en sus enlaces con alta energa, por lo que se usa en reacciones anablicas. Como por ejemplo en la fotosntesis, donde aprovecha el sol y el agua, para generar molculas, como el almidn. La respiracin/ oxidacin, ocurre de forma espontanea en presencia de oxigeno. La fotosntesis y la respiracin celular, son procesos complementarios. Catalizadores Son aceleradores de las reacciones qumicas, los ms tpicos y esenciales son las enzimas, las que disminuyen la energa de activacin, actuando como un producto intermedio para llegar a los productos. Tienen un sitio activo que reacciona a algunas molculas, ya que son especficas, y forman el complejo enzima-sustrato, para luego dar origen al producto (catlisis).

6 Transportadores de energa 1.-ATP: sus enlaces son de fosfodiester, y al romperlo libera una energa de 1113Kcal/mol. Las reacciones que pueden suceder son de formacin de nucletidos, de polisacridos y protenas. 2.-NADH, FADH: pueden recibir y donar electrones, con lo que dan energa. Son reacciones aerbicas; el oxigeno puede captar electrones, y es por eso que se pone al final de las reacciones, para que no altere nada. Un ejemplo es la biosntesis del colesterol (NADPH). Las etapas del metabolismo celular: ingresa comida y.. 1.-Se rompen grandes molculas a subunidades ej. Protenas aminocidos; polisacardios azucares simples; grasa triglicridos. 2.-Se incorporan molculas simples a la clula por transportadores (no es lo mismo que canales) ej. La glucosa a piruvato, genera ADP y NADH, la glucosa hidroliza el ATP en ADP, para almacenarla y se transforma en glucosa 6-P. Por cada glucosa obtengo 2 piruvatos. El piruvato tiene 2 alternativas: sin presencia de oxigeno: fermenta y forma acido lctico. con presencia de oxigeno: en la mitocondria, ocurre una oxidacin, a travs del ciclo de Krebs, donde ingresa el AcetilCoA (CH3COOH), que tiene 2 carbonos (2C). Los NADH, capturan electrones, los que van a usar en la cadena respiratoria, para dar energa y actuar como transportadores. 1 glucosa genera 36 ATP. Las formas en que se entrega energa: -los lpidos se degradan como betaoxidacin -las protenas se degradan y quedan en aminocidos los cuales se utilizan en el ciclo de krebs (los aminocidos esenciales son 10).

Clase 2 de Abril del 2013 Mecanismos genticos bsicos: replicacin del ADN

7 Los aminocidos naturales son los que componen las protenas (son 20). Watson y Crick postularon la estructura de doble hlice del ADN y el mecanismo de replicacin. Hablaron de la complementariedad, que se basa en la interaccin especfica entre bases nitrogenadas de los nucletidos que componen la hebra. En sus estudios consideran los estudios de estructuras por difraccin de los rayos X, postulado por Wilkins y Franklin. Tambin por el estudio de Chargaff, que analizo que el contenido total de A, T eran iguales, tal como el del G y C. Los nucletidos puede tener base purica con 2 anillo (A-G) o base pirimica (T-UC). La polaridad de cada hebra complementaria es contraria.

Entre T=A y G=C, se unen por puente de hidrogeno lo que hace que sea estable y sea fcil separar las bases, para formar ms hebras. La cadena de ADN tiene la tendencia a girar, y algunas bases tienen que posicionarse de manera perpendicular. De una hebra se usan las 2 hebras como molde para copiar. Propiedades de la replicacin del ADN 1.-Semiconservativa 2.-Origen especfico: tiene un punto definido de partida, tiene un grupo de nucletidos que da especifidad, lo descubrieron por la bacteria E.coli. 3.-Bidirrecional: ocurre en ambas direcciones a partir de un punto especfico. Este proceso lo realiza la enzima ADN polimerasa, descubierta por Kornbalg. Esta enzima elonga la cadena de ADN, adicionndole nucletidos (desde el 3), formando molculas pirofosfato (tiene alta energa). Caractersticas de la reaccin: -necesita ADN molde, factor Mg+2, 4 nucletidos, requiere de extremo 3-OH partidor y enlonga en direccin 53. Hay 3 tipos de ADN polimerasa: 1.-ADN polimerasa 1: 10 nucletidos por minuto en ensayos de replicacin. Su funcin es reparar el ADN.

8 2.-ADN polimerasa 2: no es esencial, pero ayuda al ADN polimerasa 3. 3.-ADN polimerasa 3: realiza replicacin 1000 nucletidos por minuto.

Okasaki descubri que una de las hebras tena una diferencia al replicarla, que no se haca como estaba planteado, que era ir agregando del 3 en adelante. La llamo hebra discontinua o retrasada y lo que la hace diferente es que pone muchos primers, luego los elimina y los rellena con ADN, la enzima que hace este cambio y une los ADN distinto es ADN ligasa. Replicacin de ADN en eucariontes -Tiene faces G1, S, G2, M. -Mayor tamao de AND genmico. -Participan ms enzimas. -Mltiples orgenes de replicacin, ocurren simultneamente. -Lo primero que se replica en el cromosoma es el genoma que se expresa. Clase 9 de Abril 2013 Sntesis de ARN y protenas Transcripcin, la clula sintetiza ARN mensajero; en la traduccin se sintetizan protenas en las clulas. Dogma central de la biologa molecular ADNARNPROTENA Este dogma es cuestionado cuando descubrieron los retrovirus, cuando pasaba de ARNADN.

9 Transcripcin Se sintetiza el ARN a travs de mecanismos con enzimas, especficamente con la ARN polimerasa, que da como producto ARN mensajero. Este Proceso se descubri por el estudio de la E.coli, donde se mostro que las protenas necesitan un reconocedor de la molcula de ADN, para que sepa de donde partir transcribiendo. Tiene un punto de inicio y de trmino. La parte que est antes del inicio de la transcripcin se llama, corriente arriba (regin regulatoria promotora) y se enumera negativamente; la parte de la derecha de donde se parte transcribiendo se llama corriente abajo (o regin codificante) y se enumera con nmeros positivos. El punto de inicio es reconocido por el ARN polimerasa por tener una serie particular de nucletidos. No todas las transcripciones son iguales, ya que no todas tiene la misma eficiencia, esto se debe de la afinidad de la ARN polimerasa con los nucletidos. Caja tata (TATAAA) Est caja est presente mayoritariamente en bacterias, y es la que reconoce el ARN polimerasa (especficamente es el sigma el que reconoce). Operon lac Tiene 3 genes (Z, Y, X) que codifican para 3 protenas distintas, por esto se dice que es multigenica. Lo que hace es romper la lactosa en galactosa y glucosa. Tiene un represor que acta bloqueando al ARN polimerasa cuando no hay lactosa; en el caso de que haya una parte del represor que tiene afinidad a la lactosa, se une con ella y luego se disocia, haciendo as que el ARN polimerasa actu. En el operon lac tiene una protena CAP, que se une al comotrn y as promueve la transcripcin.

El ADN como se puede doblar, por sus estructuras secundarias y terciarias, hay una opcin de que nucletidos que estn muy lejos del ARN polimerasa, pueden entrar en contacto, y as transcribirse.

*Un ARNm contiene informacin para ms de una protena, es un mensajero policistronicos. Est caracterstica es importante para el genoma animal, ya que es muy largo.

10 La transcripcin en eucariontes es mucho ms complicada, ya que son ms protenas, ms afinaciones, ms minuciosa, etc. Todo tiene mayor control y especializacin. Se inicia con un fenmeno donde un hay un carboxilio terminal, el que se extiende por fuera de la protena, y que al final de la transcripcin es eliminado.

Modificaciones post-transcripcionales del ARNm Ests modificaciones tiene un rol importante, ya que le dan ms seguridad y vida, se aseguran de que pueda ser traducido. Genera una polaridad. Hay una cola de polial que aumenta la vida, evitando la degradacin que va en el extremo 3. En esta etapa se encuentra la maduracin o splicing, que es encargado de ver lo que no va ir en el ARN maduro, lo corta y lo saca, deja la informacin que necesita (exones) y elimina la otra (intrones). Este proceso es alternativo, ya que hay algunas clulas que no eliminan los intrones, hacindola ms larga, y por esta razn es que a partir de un gen podemos obtener diferentes ARNm, lo que conlleva tener diferentes protenas. El nmero de genes desde los tiempos de la prehistoria no ha crecido, lo que cambia es la forma en que los usamos. *Las mutaciones ocurren en el ADN, nunca en el ARN.

Clase 11 de Abril 2013 Traduccin Ocurre en todo tipo de clula, viene despus de la transcripcin, porque se tiene que traducir un transcrito. El lenguaje que usa la clula es de protenas, porque no entiende a los cidos nucleicos. Pasa los cidos nucleicos a aminocidos. En la procarionte ocurre la transcripcin y replicacin en el mismo lugar, en cambio en los eucariontes ocurre en el ncleo y la traduccin en el citoplasma. El inicio de la traduccin empieza con el ATG y finaliza con el codn de trmino. Hay una secuencia que no es traducida. Codn secuencia de 3 nucletidos, que codifican para el mismo aminocido. En relacin al cdigo gentico se dice por esta razn que es degenarado, porque ms de una combinacin da un aminocido. Codones stop no codifican aminocidos.

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El cdigo no es universal para todos los organismos y genomas. La traduccin es realizada por los ribosomas (ARN ribosomal + protena), pero con ayuda del ARNt (modifican a las protenas). El ARNt tiene regiones, se dice que tiene forma de trbol; estn los anticodones, que se unen a los codones y existen tantos ARNt como codones. La funcin del ARNt es de transportar los aminocidos al lugar donde se produce la traduccin. La enzima que sintetiza a los aminocidos es la aminoacil-ARNt- sintetil, y van a existir tantas enzimas como aminocidos. Una parte de la traduccin es la adenililiacin, que es cuando se une los a. con el ARN, necesito ATP, aqu se forman los enlaces correspondientes (ester) y al finalizarlo se libera el ATP. Ribosoma Tiene una parte mayor que est formada por 2 ARN y 49 protenas, se llama 60s. La parte menor tiene 1 ARN y 33 protenas, 40s. El ribosoma unido es de 80s. Y se unen por el ARN mensajero. S= sedimentacin Los ribosomas son generados en el nuclolo (no es organelo), por eso se le llama dominio nucleares. Partes del ribosoma: E (exit) sale el ARNt vaco P (peptidil), se produce el enlace peptidico. A(aminoacil) ingresan los nuevos a. con el ARNt. Etapas de la traduccin: 1.-Iniciacin: la unidad menor se asocia en 5 (CAP) y avanza hasta un sector el RBS, ubicado en el 7 aprox. corriente arriba. Al unirse va a llegar un a., que generalmente es la metionina; se une el ARNt con a. *La metonimia es el primer aminocido para los eucariontes, en los procariontes las bacterias el RBS se llama SHINE-Delgarno y en vez de metonimia va a ser forminmetoninia.

12 2.-Enlongacinva a llegar el segundo a. unido con un factor de enlongacin (aparte del ARNt), y si es el correspondiente se va a unir . El enlace que se forma entre los a. es peptidico. Se necesita energa para avanzar en la construccin , donde la subunidad mayor avanza 3 nucleotidos al igual que la menor, esta energa es GTP. 3.-Terminacin aparece el codn de trmino, el que no puede ser reconocido por el ARNt. Es reconocido por el factor de terminacin o liberacin, al ocurrir se separan las subunidades. Apenas se forma la protena, toma la forma terciaria, que es la estructura funcional. La estructura es circular, lo que hace que el 3 quede cercano al 5, hacindolo ms eficiente y rpido.

Los antibiticos tienen directa relacin con los ribosomas, ya que si no forma protenas se muere. Por eso si tomo muchos antibiticos y por tiempos prolongados, se van a morir mis propias clulas ya que la mitocondria, que es una bacteria y produce ribosomas bacterianos, seran eliminados por los antibiticos. ADN recombinante Combino 2 ADN, ej. la insulina la inyecto en una bacteria y est la produce. Est tcnica se vio favorecida por tecnologas y descubrimientos claves: Enzima de restriccin: reconoce una secuencia de ADN especfica y la va a cortar, solo las tienen las bacterias. Existen ms de 3000. Siempre va a cortar ADN de doble hebra.

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La imagen es un elemento palindrome (se lee lo mimos de izq-derecha que de derechaizq), este es un requisito para que se pueda cortar. Para que sepa est enzima que cortar del ADN se fija si est desmetilado, porque si es al contrario, o sea, metilado no va a poder cortarlo porque es una especie de proteccin. Los ADN distintos se unen con ADN ligasa. Para clonar se usan estos cortes. Para esto trabajamos con los plasmidos, no con el genoma de la bacteria, un plasmido es un ADN circular de doble hebra, que le confiere caractersticas que no estn codificadas en sus genomas. Se regeneran independientemente del ADN de la bacteria. Si quisiramos clonar un genoma completo, deberamos cortar en muchos pedazos el ADN e introducirlos en un vector (plasmido), esto es un genoteca. La librera de expresin es slo el ADN que se expresa, lo voy a clonar. PCR Es una tcnica que amplifica millones de veces el ADN. Se usa en forensia, para diagnosticar enfermedades hereditarias, identificar cadveres, etc. Se necesita ADN, dNTPs, 2 primers, una TAC polimerasa y el termociclador (maquina). Etapas PCR: 1.-Desnaturacin es a 94C, se separan las hebras 2.-Alinamiento 54C, los primers se unen a ADN. 3.-Extensin 72C, acta la polimerasa.

14 Jueves 18 de Abril 2013 Organizacin del genoma humano El ADN es cido (0,4), tiene una carga negativa dada por el fosfato. Las protenas tienen carga positiva dado por el grupo amino. La cromatina es el ADN + protenas nucleares, tiene presente los nucleosomas. Las histonas tienen carga (+) y son las encargadas de que el ADN se enrolle. Mientras ms compacto sea el ADN menos accesible a sus secuencias. El material del ncleo tiene diferencias, tiene un sector ms denso llamado heterocromatina y tiene otro sector menos denso llamado eucromatina, es el que se usa ms. Hay una remodelacin de la cromatina que hace que la cromatina este ms o menos compacta, lo que hace que se facilite la expresin de la informacin gnetica.

En el nucleosoma, est el octamero (el ADN da 2 vueltas). Est formado por 4 histonas. Su funcin es ayudar a organizar el ADN. En el octamero hay siempre 8 histonas, y tiene una especie de colas en el nucleosoma, que son una extensin que sale al exterior, esto ayuda o dificulta la interaccin del ADN, controla la expresin de genes. Al estar compactada no la reconoce para interaccionar. Est remodelacin tiene 2 sentidos: de cromatina compactada a descompactada o viceversa.

15 La toposomerasa ayuda para que no se enrosque la micromatina, es escencial. El proceso de enrollarse y desenrollarse es activo, se necesita ATP. Las protenas que hacen este remoldeamiento son: 1.-Protenas o complejos proteicos con actividad remodeladora de cromatina dependiente de energa: Estn presentes los complejos SWI y SNF. Est presente en todas las clulas eucariontes. 2.-Modificaciones covalentes del DNA o de protenas que constituyen y organizan la cromatina: Mecanismos Epigenticos Mecanismos Epigenticos http://www.unav.es/ocw/genetica/tema2-3.html Modificaciones estables heredables en el potencial de expresin de la informacin gentica en una clula eucarionte, que no pueden ser explicados por cambios en la secuencia del ADN. Se entienden como cambio que sufre la cromatina pero no afectan a la secuancia de nucletidos, por eso son modificaciones por encima. Hay que recordar que la actividad transcripcional basal en eucariontes es restrictiva, esto quiere decir que los promotores estn en estado inactivo hastq que llegan los activadores y el ensamblaje del complejo basal de transcripcin. Para que esto ocurra la cromatina de la regin debera estar descondensada, y asi permite el acceso a factores proteicos. -Metilacin del DNA -Modificaciones post-traduccionales de protenas que estructuran la cromatina, luego de la traduccin. El cerebro est compactado y por eso no reconoce por ejemplo la insulina. Dinucleotido CpG, cuando est presente, la citosina es metilada. Se puede metilar 1 o 2 hebras. Est relacionado con la heterocromatina, por lo tanto a menor metilacin va a ser menos compacta (eucromatina). Y a mayor metilacin, ms compacta (heterocromatian) por lo tanto no se va a expresar. Por lo tanto en clulas eucariontes superiores: A mayor metilacin del DNA (genoma), menor transcripcin de genes Para que se active la transcripcin de un gen, se debe eliminar la metilacin en el segmento de DNA que codifica informacin para ese gen. Las 2 hebras en la replicacin hay 2 opciones, que una tenga ms metilacin que la otra, y cuando ocurra la transcripcin puede haber 2 clulas con los mismos nucleosidos, pero unos con mas metilacin, entonces se van a expresar menos genes. (este es un factor de la diferenciacin celular). Las modificaciones post-transcripcionales ms conocidas: 1.- metilacin de histonas: de ms a menos condensadas.

16 2.- Acetilacin de histonas.

Lunes 23 de Abril 2013 Muchas de las clulas necesitan expresar diferentes genes, todos comparten los mismos genes pero los usan de distinta manera. Y es por eso que por ejemplo las clulas del rin sintetizan protenas especficas, respecto a su funcin Todos somos productos de un proceso de diferenciacin y van a llegar a ser un organismo. Cmo ocurre este proceso? Va a responder a ciertos estmulos, que no responden otras clulas, por ejemplo a darle distintas concentraciones de hormonas, una clula responde diferente. Entre todas las clulas existen diferentes concentraciones, aunque es ligera est diferencia. Las clulas pueden ser diferentes aunque tengan los mismos genes, pueden diferenciarse por genes, histonas. Por esta razn responden a distintos estmulos. Este proceso puede ir en sentido contrario, de clula diferenciada a clula troncal (madre). Este proceso se llama re-programacin. Gurdon uso ranas para hacer reprogramacin. En el huevo deberan estar todos los genes y las protenas hacen que haga tejidos diferentes. Toma material gentico y lo introduce en otro huevo (rana albina y caf). Esto se puede hacer con todas las especies, para hacer huevos ratones transgnicos y sirve para cachar las enfermedades y se prueban las drogas, para evaluar como responden los organismos. Vencer el control epigenetico, para lograr la re-programacin: Cambiar el patrn de genes de la clula diferenciada a la clula troncal (madre), uno sabe que gen investigando. Yamananka , logro hacer por primera vez, generar una clula con poder resistir a cualquier clula. Logro que fibroblastos de epidermis se transformaran en clulas troncales (IPS cells). A travs del mtodo Yamanka. Descubri que hay 3 o 4 genes que estn slo en la IPS cells, c-Myc, Sox 2, Klf4, Oct 4. Logro que el 0,01% pudiera transformar y para aumentar el porcentaje le agrega c-Myc. Uno de los problemas iniciales, pas que los tejidos que formaba producan tumores, porque lo haca muy rpido con mucha concentracin. Para comprobar que su IPS era clula troncal, la sacaba y vea si poda producir un organismo completo.

17 Los genes que utiliz, muchos organismos los tienen. Y para ver si mi nuevo organismo no estaba envejecido se medan los telomeros en las clulas diferenciada y luego en la IPS y se comprob que el telomero era ms largo despus. La telomerasa es la encargada de aumentar la actividad telomerasa, lo que aumenta el telomero. Melton hizo el experimento con clulas pancreticas alfa hacia clulas pancreticas beta. Transformo las alfas al origen y luego las transformo en beta. *en la clula troncal est el potencial de expresar todos los genes, pero no los expresa todos, si fuera as la clula sera rara. Jueves 25 de Abril 2013 Organizacin de la membrana celular: Lpidos El axn est cubierto por la vaina de mielina, la que ayuda a la transmisin de los impulsos, porque evita que el Na+ y el K+, salgan. Asla los impulsos para que llegue al trmino del axn. Los lpidos son sper importante ya que estn presente en todos los organelos, ya que compone su membrana (en la mitocondria esta doblemente por tener 2 mb.). Por ende la funcin ms importante de los lpidos es construir membrana (la construye como fosfolpidos). Lpidos: cidos grasos cidos grasos: Tiene 2 regiones qumicamente muy distintas Grupo carboxilo: Se comporta como cido; en agua se ioniza, es extremadamente hidroflico y qumicamente reactivo. Cadena hidrofbica: Compuesta por C e H, no muy reactiva qumicamente. Clasificacin de los cidos grasos: Saturados: los tomos de carbono tiene todos sus lugares ocupados por hidrogeno. Forma grupos compactos y rgidos. Mono-insaturado: 2 de sus tomos de carbono tiene un enlace sin saturar con hidrogeno. Se forma un doble enlace. Poli-insaturados: ms de 2 tomos de carbono tienen lugares no saturados con hidrogeno. Forma 2 o ms dobles enlaces. Formas de las bicapas 1.- Bicapa: En una bicapa abierta todas las cadenas hidrofbicas estn protegidas del agua, excepto las situadas en los bordes. 2.- Micela: Las cadenas hidrofbicas de los cidos grasos estn alrededor en el ncleo de la esfera. No hay agua en el interior hidrofbico.

18 3.- Liposoma: Estructuras esfricas huecas con una pared en forma de bicapa lipdica y una cavidad interior acuosa

Dinmica de los lpidos Se ha podido estudiar que los lpidos dentro de la clula tienen movimientos, estos son: Flip-flop: el cual no ocurre automticamente y necesita enzimas. Se basa en el movimiento de un fosfolipidos de la parte baja de la capa a otro alto (o viceversa). -Flexin y rotacin: el primero se mueve lateralmente y el segundo ocurre en la mismo fosfolpido, rota sobre s mismo. Estos movimientos se pudieron descubrir, utilizando microscopia de fluorescencia. Donde se tien los lpidos de un color, luego en un lugar de la clula se quema con una rayo de luz intenso, lo que provoca un hueco vaco, y al rato se observa que ese hueco se vuelve del color que era antes, el color del lpidos, con esto se comprueba que hay movimientos lateral de lpidos. ~Para aumentar lo dinmico de los lpidos, si estuviera en bacterias tendra que aumentar la temperatura. Para humanos hay que incorporar colesterol, lo que va a aumentar la fluidez. En las biomoleculas hay 3 clases de lpidos: 1.- Fosfoglicerdios: tienen 2 colas de acido graso+ glicerol + PO4 . Su cabeza polar puede ser : PE, PS, PC, PI. El ms abundante es el fosfatidilcolina.

2.- Esfingolpidos: La diferencia con el anterior, es que no tiene glicerol, su cabeza polar puede ser SM o GlcCer.

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La esfingiomielina es un tipo de esfingolpido que se encuentra en las membranas de las clulas animales, especialmente en la vaina de mielina que rodea algunos axones de clulas nerviosas, evita la perdida de Na+ y K.) Enfermedades: Niemann-Pick: se transmiten de padres a hijos (hereditarias), en las que los lpidos se acumulan en las clulas del bazo, el hgado y el cerebro. Existen cuatro formas de la enfermedad que son las ms comnmente reconocidas: tipos A, B, C y D. Los tipos A y B ocurren cuando las clulas en el cuerpo no tienen la enzima esfingomielinasa cida. Esta sustancia ayuda a descomponer (metabolizar) la esfingomielina que se encuentra en cada clula del cuerpo. Si falta la ASM o no trabaja apropiadamente, la esfingomielina se acumula en el interior de las clulas. Esto destruye las clulas y dificulta el funcionamiento apropiado de los rganos. El tipo C ocurre cuando el cuerpo no puede descomponer apropiadamente el colesterol y otras grasas (lpidos). Esto lleva a la presencia de demasiado colesterol en el hgado y el bazo, al igual que cantidades excesivas de otros lpidos en el cerebro. ADL (Adrenoleucodistrofia): hay un dao en la capa blanca del cerebro, lo que discapacita a la persona, pierde de a poco sentidos, no puede caminar, etc. Vive a los ms hasta los 12 aos. Est enfermedad est presenta en el cromosoma X de la mujer, y solo lo pueden tener los nios. Las mujeres slo van a ser portadoras (esto no influye en la vida de ella). Hay un 50% de tener un hijo, con esta enfermedad. El tratamiento que encontr el pap de Lorenzo, consisti en crear un aceite con una mezcla de cidos grasos, con bajo niveles de cidos grasos de cadenas muy largas, los que son culpables en el ALD. Utilizo el aceite Oleico (18 C) y el Euricic (20 C). Tratamiento actual: Para el ADL, no existe un tratamiento especfico, pero ayuda una dieta baja en cidos grasos de cadena larga y la utilizacin de aceites especiales (esto puede no ayudar a todos los pacientes). Otra opcin es el trasplante de mdula. Como sabemos que la enfermedad se encuentra en los lisosomas y peroxisomas, se concluye que est en todas las clulas. El trasplante se tiene que realizar en la medula o el fmur, porque ah hay clulas pluripotentes, que pueden formar cualquier clula. El problema es la compatibilidad que tienen estas clulas nuevas con el cuerpo. Hay 6 genes principales, 6 de la madre y 6 del padre y estos forman variables. Hay 10.000 antgenos.

20 La otra opcin es sacar del mismo enfermo clulas del fmur, las cuales se le inyecta un virus con el gen codificante y el promotor, esto disminuye la enfermedad pero no la elimina en un 100%.

Se puede alterar el gen, mutndolo. En el parkinson hay un biomarcador el radioligando DOPA. La sustancia negra es la sintetiza la dopamina y est enfermedad pierde esta sustancia. 3.- Colesterol: cabeza polar + OH. Cambia la estructura rgida y resistente de la membrana. Puedo formar curvas flexibles.

Clase 30 de Abril del 2013 Permeabilidad celular La membrana es para algunas molculas permeable, especialmente para las que tiene tamao pequeo. Es semipermeable para el agua y la urea. Y no no-permeable para la glucosa, fructosa, iones y molculas polares con carga. Los transportadores son los que deciden si entran o no las molculas. Sealizacin intracelular Hay un factor fuera de la clula, el que se encaja en el receptor que est en la membrana. Un ejemplo es el factor de crecimiento que no entra a la clula, lo que hace es estimular al receptor y este manda una seal, la que llega a mi efector proteico. Si no tengo un factor, igual se manda una seal, y esto va a producir tumores. Tengo muchos receptores, de fro, calor, dolor, etc. Pero todos trabajan con el mismo sistema, tienen el mismo efector y receptor, lo que cambia es la respuesta. Un ejemplo es en el caso del calor, donde mis canales se abren cuando tengo 42C y hace que la clula se vuelva positiva por la entrada de Na+, lo que produce un potencial de accin. Frente a una situacin de emergencia biolgica surge la respuesta de luchar o huir.

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Clase 2 de Mayo del 2013 El glutamato monosdico , es un aminocido no esencial, ms abundante en la naturaleza, es considerado un aditivo alimentario, el cual potencia el sabor, debido a que equilibra, combina y resalta el carcter de otros sabores. Algunas personas le da jaqueca este componente. Los nervios pticos reciben la seal de luz, luego lo convierte en potencial de accin, que llega al cerebro, el que se dirige a la corteza visual primaria. Si en vez de llegar a la visual, llega a la auditoria, no me va a llegar la imagen, pero si va haber un cambio en la percepcin del sonido. Normalmente esto no ocurre, sucede en casos que nazca un nio ciego o que haya perdido la vista en muy temprana edad. Dolor nociceptivo Un dolor nociceptivo se produce cuando se irritan ciettas terminaciones nerviosas, los nocirreceptores. Es un dolor intenso. Generlammente se controla si se elimina la causa de la irritacin o si se trata medicamente. Pede ser un estado temporal o crnico (artritis o derivados de cncer). Para cada estimulo hay un tipo de receptor y cada uno tiene su propio set de conexiones y nervios, y cada uno tiene su umbral de excitacin. Se requiere canales de Sodio, Na+ (son 10) para que ocurra un potencial de accin. Se ha buscado una droga para inactivar los canales de sodio, para no sentir dolor: su fin es ayudar a los dolores patolgicos. Pero lo peligroso es que al inhibir los canales de sodio, esto hace que las contracciones musculares como por ejemplo la del corazn, deje de funcionar.

La anestesia que usan en el dentista es lidocana, que proviene de la cocana (pero no tiene secuelas, ni adiccin). Lo que hace es ser un tapn para los canales de sodio, y no produce potenciales de accin, lo que nunca llegan al cerebro.

22 En Pakistn se descubri un caso de un nio que no senta dolor, cuando lo iban a estudiar se muri. Pero estudiaron a su familia y se dieron cuenta que ellos tampoco sentan dolor porque tenan huesos rotos, lengua rota y ellos se sentan bien. Los exmenes revelaron que tenan el umbral muy alto para poder sentir y mandar el potencial de accin. Los exmenes revelaron que el gen culpable de que no sintiera dolor, codifica a una protena que forma parte del canal que les permite a las partculas cargadas elctricamente cruzar por la superficie de las neuronas, o clulas nerviosas. El canal es esencial para percibir el dolor. Las personas que padecen de esto igual sienten frio, calor y presin, y pueden diferenciar objetos filosos al rozarlos con la piel. Todas tienen mutaciones en el mismo gen, pero las familias no estaban emparentadas. Un estudio demostr que la mutacin tiene el funcionamiento de la protena, que al parecer impide que cierto tipo de clulas nerviosas, encargadas de informarle al cerebro cuando hay dolor, mande la seal. Transportadores 1.-Canales inicos: a favor de la gradiente, son de altamente regulados, no se abren al azar. Por eso necesito ligandos (hormonas, volatje, luz, etc) para que se abran. Entran muchos iones a la clula. whole center patch clamp puede ver clulas en un muy chico tamao, y aparte puedo conectar electrones a ella. Se hace una conexin entre el vidrio y la clula. Cuando abro el canal entra Na. Esta es la nica tcnica con la que puedo ver la accin de una protena (como acta). Canal de Potasio: un canal est formado por 4 subunidades, las que pueden estar compuesta por 6 aminocidos aprox. 2.-Bombas impulsadas por ATP: transporte activo, va en contra de la gradiente. 3.-Transportadores: glucosa 12 isoformas. Es muy lento su transporte, pero necesario. Hay un cambio conformacin. Esta el sistema uniporte, antiporte y simporte.

Existen varios transportadores de glucosa, como el GLUT 1, que favorece a los eritrocitos. El GLUT 2, que favorece a las clulas B pancreticas. Existen diversos, porque hay distintas necesidades de glucosa. La que ms se requiere es GLUT 1.

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El ATP producido por la conversin de glucosa a piruvato, va a inactivar el canal de K, con lo que se va a activar el canal de Ca, entrando a la clula. Esto aumenta la liberacin de la vescula con insulina a la membrana.

24 Clase 17 de Mayo 2013 Sealizacin intracelular y reconocimiento celular Un modelo de aprendizaje es la neurona juvenil, la cual se utiliza para la memoria de corto plazo. El Ca+2 entra a la clula (es un mensajero secundario), cambia la formacin de protenas. Al entrar y salir Ca hay un cambio en el numero de receptores. Es un proceso activo. El proceso de eliminar memoria es importante y se realiza mientras uno duerme, es inconsciente, la mente decide lo que es importante y lo otro lo borra. Para este proceso necesito una molcula extracelular que emite un activador (por ej glutamato) el cual va a ser recibido por un receptor proteico. El abuso de drogas afecta al sistema nervioso central, y ataca a la sustancia negra del cerebro. Si se toma cocana en una baja concentracin uno siente una alegra extrema, ya que se pega a los transportadores y bloquea la salida de sustancia de la molcula extracelular. Aumenta el nmero de receptores. Si tomo en abuso, va a aumentar mi actividad dopaminegica patolgicamente, por lo que mi cuerpo va a hacer todo lo posible para bajarla, por lo que baja los receptores de dopamina, baja las vesculas con dopamina y va a aumentar los transportadores de dopamina. *tolerancia: necesito ms droga para obtener el mismo efecto. *abstinencia: la dopamina ya no sale todo y llega a un solo receptor. La idea es que uno active la dopamina por si solo, sin drogas por ejemplo estudiando. Neurotransmisores de serotonina La serotonina contrala el buen humor y la emocin. Es liberada por el ncleo de Raf . Hay personas que no tienen suficiente serotonina y por eso tiene depresin crnica, la solucin es darle un medicamento la pastilla prozac (fluxetina), el que afecta en los transportadores. A corto plazo se sobre activa los canales de serotonina, y a largo plazo produce el mismo efecto que la cocana (es el efecto secundario). Va de sealizacin intracelular El que manda la seal, generalmente su emisin es hidrofobica por lo que no ingresa a la clula (ej glutamato) solo la activa en el receptor, pero hay casos en que es una hormona sexual por ejemplo va a traspasar la membrana. Si hay un error en esta sealizacin y en vez de que llegue a mi receptor la seal que tiene que llegar, se va a empezar a a formar tumores y va a generar apoptosis. La clula necesita estmulos para todo, tanto para proliferar como para morir. DIBUJO DE SEALES EL ENREDADO

25 La clula tiene 2 maneras de morir: 1.- Homicidio neurosis, al destruirse la clula afecta a las que estn alrededor de ella, por est razn es muy peligroso y difcil de parar. 2.-Suicidio apoptosis, necesita ATP y la seal desde afuera para autodestruirse. Trata de no dejar evidencia. Es necesaria. Por ejemplo cuando uno es feto tiene membranas en los pies, las que les ocurre apoptosis y las elimina porque no las vamos a necesitar. Tambin mientras somos guaguas perdemos el 50% de motoneuronas, y gracias a eso podemos caminar. Si no hay apoptosis cuando se necesita el cuerpo empieza a fallar, por ejemplo da cncer, tumores. Forma de sealizacin entre clulas -contacto dependiente -sinapsis -paracrine -endocrina Hay 3 clases de receptores ubicados en la membrana: los de ion-canal; enzimareceptores y protena-receptores. La mayora de los ligandos son hidrofilicos. La sealizacin de la clula depende de cmo se va a usar. Por ejemplo, tengo acetilcolina que afecta a un musculo en su contraccin. Est misma acetilcolina actua en un musculo cardiaco y afecta en su relajacin. Por lo tanto puedo tener el mismo receptor, con el mismo ligando y diferentes efectos. Est diferencia depende de la cascada intracelular.

Clase 9 de Mayo 2013 Microfilamento y microtubulos Cuando hay estimulaciones (las que puede ser tanto fsicas, como hacer deporte, como intelectuales, hacer ejercicios de matemticas), lo que hace el cerebro es aumentar el nmero de conexiones entre neuronas. Cada rea tiene su propio periodo crtico (periodo en que termina de haber conexiones), por ejemplo un nio que naci ciego, no hay vuelta atrs, porque en los primero aos uno desarrolla las redes de la vista. En el hipocampo nosotros todava podemos formar nuevas series, es la nica rea que se puede generar siempre nuevas conexiones. Para adquirir memoria, tengo que aumentar el nmero de conexiones.

26 Hay un cambio drstico de unas neuronas sin conexiones con otras con conexin, por lo que se transforma el citoesqueleto. Los cambios estn hechos por 3 protenas: Microfilamentos de actina: hay una protena que forma cadenas muy largas, y una red bajo la membrana que ayuda al transporte y a la estructura (mantiene la forma de la clula). Su dimetro es de 5-9 nm. Microtubulos: pueden ser alfa tubulinas o beta tubulinas. Filamentos intermedios: son ms complejos, tiene funciones de formar y mantener la clula (su estructura para que no pierda su volumen). Dentro de la clula tiene receptores que perciben la nutricin (ejemplo cuando entra glucosa), estos se activan a travs de los receptores. Si el alimento esta muy lejos, mi clula se tiene que mover, para eso se tiene que despolimerizar, y con esto se mueve hacie el alimento. Estructura de actina Tiene una subunidad positiva y otra negativa. Por la positiva se polimeriza ms rpido. DIBUJO DEL POWER

Microtubulos La alfa tubulina y beta tiene GTP, y dentro del filamento lo pierde y forma GDP. Tambin se compone de un lado positivo y otro negativo, donde por el negativo va perdiendo sus componentes de tubulina. Por el lado positivo crece mucho, y se van agregando subunidades de tubulina. Hay un estado estacionario donde la entrada y salida es parecido. Este proceso lo vimos en vitro, si lo hubiramos visto in vivo, actuaran muchas mas protenas y enzimas. Todo lo que ocurre en una clula no es al azar. La cinta rodante (treatdmilina) de microtubulos (actina) Es cuando ya est lista mi microtubulo de actina, ya terminada la polimerizacin, en su fase final no hay crecimiento.

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Los que se salen del microtubulo, se van degradando por los lisosomas o macrfagos. Todo este proceso ocurre espontneamente. Existen unas protenas que son como de termino para que no se siga polimerizando y se estabilicen los filamentos. Otro tipo de protenas su funcin es no dejar formar microfilamentos, unindose a la actina. Otras cortan el microfilamento y por ltimo el otro tipo de protenas hace que los microfilamentos se unan con la membrana. Funciones de los microfilamentos 1.-Para cada movimiento de miosina se necesita ATP, junto al calcio que activa; cuando no hay calcio la miosina no interacta con la actina. Ojo la actina nunca se mueve para producir una contraccin. 2.-Forma las espinas (parte de la neurona) 3.-tiene un rol fundamental para la mitosis, ya que son los encargados de dividir el material gentico. Existen drogas que son capaces de afectar a la dinmica de los microfilamentos y microtublos. Por ejmeplo: Phallodin: Cythochalasin-D: hace que no se pueda degradar ni crear. Swi..:corta filamentos Law..: se une al monmero y no deja que se una a la actina. Taxol: une y estabiliza a los microtubulos y no permite la polimerizacin, deja inmvil a los microtubulos. No permite la migracin, y no cambia el citoesqueleto. Se usa para el cncer en las quimioterapias y para reducir la metstasis. Sus consecuencias son devastadoras ya que no deja que las clulas tengan un citoesqueelto activo, lo que es

28 escencial para todas las clulas. Esta droga se saco de un rbol el tejo(rbol de la vida y la muerte). La gamma tubulina, tiene un rol en la formacin de centromeros. Forma anillos con los centriolos y de ah crecen los distintos microtubulos. Los estabilizadores de microtubulos son: MAP2: une microtubulos y los estabiliza. Tau

Aloiz Alzheimer descubri el alzahimer con un paciente, con el que despus de su muesrte analizo su cerebro y descburio unas diferencias con el cerebro de laguien normal. Descubrio que su cerebro era ms chico, que haba atrofia en algunas areas como del lenguaje y la memoria , estaban muy deterioradas. Descubrio una placas seniles de amiloide (pero estas estn presentes en todos nosotros, slo que en este paciente tena muchos, esto se presentan a mayor edad, por lo que no es un factor que diga que uno tenga alzahimer) y unos ovillos neurofibrialres, los que no estn presentes en nosotros, y se encuentra dentro de la neurona, y son encargados de entrar en colapso al esqueleto. COPIAR PARTE DEL POWER CON INFO Los ovillos neurofibriales en el alzahimer, el tau cambia qumicamente y hace que este entre en colapso. Protenas motoras Dineina y Quinesinas Dineina va del lado (+) al (-), camina sobre los microtubulos. Necesita ATP y GTP. Une a la tubulina al microtubulo. Quinesinas es casi igual a la dineina con la diferencia que va de direccin (-) a (+), que en este caso sera del soma al axn.