BiH u sastavu NDH

Nakon stvaranja NDH 10.4.1941. BiH se nala u njenom sastavu, a bosanskohercegovaki muslimani (Bonjaci) su proglaeni Hrvatima muslimanske vjeroispovjesti. Teritorij BiH je podjeljen na 22 upravne jedinice (velike upe), iji su se nazivi podudarali sa nazivima upa srednjovjekovne bosanske drave. Muslimani BiH su smatrani "cvijeem" hrvatskog naroda, a BiH "duom i srcem" NDH. Dio muslimanskih politiara je prihvatio saradnju sa ustakim vlastima. Dobar dio stanovnitva je bio potpuno ravnoduan prema novoj vlasti, a najvei dio je odabrao otpor i pridruio se partizanima ime je Bosna postala glavno poprite ratnih operacija tokom Drugog svjetskog rata na tlu bive Jugoslavije. Kako vlasti NDH nisu bile u stanju osigurati djelotvornu zatitu muslimanskih sela od etnikih i partizanskih napada, meu bonjakim predstavnicima u vlasti od 1942. nastaje pokret koji je teio otcjepljenju ili barem maksimalnoj autonomiji BiH unutar NDH. Potpisivanje sporazuma o saradnji izmeu vlasti NDH i nekih etnikih vojvoda polovinom 1942. jo je vie doprinjelo nepovjerenju muslimana prema NDH. Pokret za autonomiju predvodio je visoki domobranski asnik Muhamed Hadiefendi. Muslimanski politiari su za ideju autonomije nastojali pridobiti i samog Hitlera nudei mu sluenje muslimana u SS-jedinicama. Bosna bi u tom sluaju stekla autonomiju pod njemakim guvernerom, istona Hercegovina bi bila pripojena Crnoj Gori dok bi zapadna Hercegovina ostala u NDH. Hitler se nije sloio sa idejom bosanske autonomije, ali je prihvatio ideju osnivanja muslimanske SS jedinice i tako je 1944. nastala 13. SS Handar divizija.

Pokret otpora
Poetkom 1941. jugoslavenski komunisti, sa Josipom Brozom na elu, su organizovali multietnini pokret otpora jednostavno nazvani Partizani. Osim borbe protiv nacistikih snaga, partizani su bili protivnici etnicima. 25. novembra 1943. Antifaistiko vijee Jugoslavije je u Jajcu uspostavilo Bosnu i Hercegovinu kao republiku unutar Jugoslovenske federacije, sa historijskim granicama koje su datirale jo iz Osmanlijskog doba. Od 1943. godine i Saveznici poinju podravati partizane, a etnici od tada gube svaku vanjsku podrku. Od tada partizani ostvaruju nekoliko vojnih uspjeha, i na kraju bivaju najuspjenija protiv-gerilska grupa koja e do kraja rata osloboditi itavu Jugoslaviju. Zavretkom rata, ve 1946. se usvaja novi ustav koji slubeno priznaje Bosnu i Hercegovinu kao republiku u novoj Jugoslovenskoj dravi.