Departamento de Biologia celular/Universidade de Braslia Estudo dirigido da Disciplina Bioqumica Fundamental Prof.

Carlos Andr Ornelas Ricart 1- Defina: a) interaes eletrostticas: A gua um solvente polar. Ela dissolve compostos que so carregados ou polares.O motivo que a gua enfraquece grandemente as foras eletrostticas e pontes de hidrognio entre molculas polares, competindo com sua atrao.

b) pontes de hidrognio: um tomo de hidrognio compartilhado por dois outros tomos. Como ocorre? Quando o hidrognio (que um tomo pouco eletronegativo) est ligado covalentemente a um tomo muito eletronegativo (como o oxignio e o nitrognio) existe o aparecimento de cargas parciais. As pontes de hidrognio possuem energia muito menor que as ligaes covalentes (20 KJ/mol contra 460 kJ/mol para a ligao O-H). As pontes de hidrognio so extremamente direcionais. As pontes mais fortes so aquelas em que o doador , o hidrognio e o aceptor so co-lineares. A meia vida de cada ponte de H e de cerca de 10 9 s. A fora da ponte de hidrognio varia de acordo com o tomo eletronegativo ligado a ele. Como o Flor o que possui a maior eletronegatividade, a ponte de hidrognio ligada a ele a que possui mais fora. Ela de 155 kJ/mol. Como comparao, a fora da ligao quando o oxignio est envolvido de 29 kJ/mol. Isso explica o ponto de ebulio maior do que o esperado para o HF. c) interaes de van der Walls: refere-se a foras intermoleculares resultantes da polarizao das molculas. Estas interaes so muito fracas e atuam apenas quando as molculas esto bem prximas umas das outras. Alguns autores definem estas foras todas as foras de interao intermolecular (incluindo a repulso), outros afirmam que apenas as foras de atrao podem ser includas nesse grupo, tais como ligaes ondipolo, dipolo-permanente, dipolo-induzido e ligaes de hidrognio. H ainda aqueles que utilizam o termo foras de Van der Waals como sinnimo de foras de disperso de London. Este ltimo conceito o que ser adotado para o desenvolvimento do tema. As interaes do tipo foras de Van der Waals so as nicas existentes entre tomos de gases nobres, mas podem existir entre quaisquer pares de molculas, independente de sua simetria d) interaes hidrofbicas: Compostos que dissolvem-se em gua so chamados hidroflicos. Compostos que so insolveis em gua so chamados hidrofbicos. Muitas das biomolculas so hidroflicas. Dentre as molculas hidroflicas existem algumas que dissociam-se formando ctions e nions. Estas so conhecidas como eletrlitos. Certas classes de molculas como os acares e os lcoois so dissolvidos bem pela gua apesar de no sofrerem dissociao e so classificados como noeletrlitos. Existem outros compostos que contm regies que so polares e regies

apolares. Estes so chamados anfipticos ou anfiflicos. Quando compostos anfipticos so colocados em gua, suas duas regies sofrem tendncias conflitantes. A parte polar interage favoravelmente com a gua e tende a dissolver-se enquanto a parte apolar tem a tendncia contrria. 2- Que fatores afetam a fora de uma ponte de hidrognio? As pontes de hidrognio so extremamente direcionais. As pontes mais fortes so aquelas em que o doador , o hidrognio e o aceptor so co-lineares. 3- D exemplos da importncia das pontes de hidrognio para os sistemas biolgicos. As protenas so formadas por grandes cadeias de aminocidos. Sua conformao espacial no uma cadeia alongada, mas sim enovelada nela mesma. Um dos motivos que faz com que ela se enovele, so as pontes de hidrognio formadas dentro da prpria molcula. Essas pontes fazem com que a molcula v se encolhendo e se torcendo sobre ela mesma, aproximando partes afastadas at que assuma um formato como o da figura ao lado. Assim como a gua evaporando, o calor capaz de desfazer essas pontes fazendo com que a protena perca a sua conformao espacial. Diz-se ento que a protena foi desnaturada. Essa caracterstica tambm explorada para alcanar a rigidez e fora em alguns polmeros comerciais, como o Nylon.

4- Defina pH e Poh pH: o smbolo para a grandeza fsico-qumica potencial hidrogeninico, que indica a acidez, neutralidade ou alcalinidade de uma soluo aquosa. Poh: potencial hidroxilinico, usado para medir a basicidade 5- Desenhe a curva de titulao de um cido fraco de pKa = 5,6 6- Que relao existe entre a fora de um cido e seu pKa? Quanto mais forte for o cido, menor ser o seu pKA e maior ser o Ka, porque perde o H+ mais facilmente. 7- Defina tampes. Em que condies eles so mais eficientes? uma soluo aquosa que tende a resistir a mudanas de pH quando adicionada uma base ou um cido. Os tampes so normalmente compostos de um cido fraco e sua base conjugada. Os tampes so mais eficientes quando o pH=pKa. 8- Descreva a preparao de 2 litros de um tampo acetato 0,1M pH 4,2 a partir de acetato de sdio pentahidratado slido e de uma soluo de cido actico 2 M. (massa atmicas, C=12, O=16, H=1, Na=23) pKa=4,76.

9- Procure em livros de bioqumica os valores de pkas do aminocido glutamato. Descreva as formas ionizadas deste aminocido assim como sua curva de titulao.Ele pode agir como tampo em que faixas de pH? 10- Classifique os aminocidos quanto a polaridade e d exemplos. Os aminocidos so molculas orgnicas formadas por tomos de carbono (C), hidrognio (H), oxignio (O) e nitrognio (N). Eles podem ser classificados quanto a polarizabilidade como: hidrofbicos ou apolares (se a cadeia lateral um hidrocarboneto que no contm radicais hidroflicos, as propriedades da cadeia hidrocarbonada vo dominar. Uma longa cadeia hidrocarbonada repele a gua e torna o aminocido menos solvel)- alifticos: so os aminocidos de que lado est cadeia aliftica hidrocarbonada.Glicina, alanina, valina, leucina, isoleucina. Aromticos: so os aminocidos de que lado cadeias tem um anel aromtico. O fenialalanina alanina est liderando um grupo ligado fenil. Tirosina como a fenilalanina que tem uma hidroxila em um anel aromtico, tornando-o menos hidrofbico e mais reativo. O triptofano um grupo Indo. Outra classificao a dos Hidroflicos ou polares (Se a cadeia lateral ( R ) polar, as propriedades hidroflicas dos grupos cido e bsico, em complementao cadeia lateral polar, devem dominar, e todo o aminocido atrai gua e entra em soluo imediatamente)- carregados positivamente, no carregados e carregados negativamente 11- Defina peptdio, polipeptdio e protena. Peptdios so cadeias de resduos de aminocidos ligados por ligaes peptdicas. A distino entre os termos peptdio e protena baseada no tamanho da molcula. Em geral, o termo protena usado para molculas com mais de 50 aas. Dependendo do nmero de aminocidos que compoem o peptdio, ele pode ser classificado como dipeptdio, tripeptdio , tetrapeptdio, oligopeptdio, polipeptdio. Um polipeptdeo corresponde a um polmero linear de mais de vinte aminocidos estabelecendo entre si ligaes peptdicas. Por exemplo, o glucgon e a insulina, dois hormnios, incluem-se nesta diviso. 12- Descreva caractersticas da ligao peptdica Uma ligao peptdica a unio do grupo amino (-NH 2 ) de um aminocido com o grupo carboxila (-COOH) de outro aminocido, atravs da formao de uma amida, e liberao de gua. 13- Desenhe um tetrapeptdio composto de 4 aminocidos de grupos diferentes diferentes. 14- O que so pontes dissulfeto? Como elas afetam as protenas? Pontes dissulfeto correspondem a ligaes fracas que ocorrem entre tomos de enxofre presentes em uma molcula. Esse tipo de interao muito importante nas protenas, por exemplo, pois por meio de ligaes desse tipo possvel molcula de protena adquirir uma forma especfica. Os tomos de enxofre presentes em diferentes aminocidos ao longo da cadeia se atraem, obrigando a molcula a se dobrar e garantindo assim uma estrutura espacial caracterstica. Outro tipo de interao fraca muito importante em bioqumica a ponte de hidrognio, que mantm unidas as duas cadeias que compem a molcula de DNA.

15- Defina estrutura primria de protenas. Estrutura primria- a sequncia linear de resduos de aminocidos ao longo de uma cadeia polipeptdica. Dada pela seqncia de aminocidos e ligaes peptdicas da molcula. o nvel estrutural mais simples e mais importante, pois dele deriva todo o arranjo espacial da molcula. A estrutura primria da protena resulta em uma longa cadeia de aminocidos semelhante a um "colar de contas", com uma extremidade "amino terminal" e uma extremidade "carboxi terminal". A estrutura primria de uma protena destruda por hidrlise qumica ou enzimtica das ligaes peptdicas, com liberao de peptdeos menores e aminocidos livres. Sua estrutura somente a seqncia dos aminocidos, sem se preocupar com a orientao espacial da molcula. 16- Como o conhecimento da estrutura primria de protenas pode auxiliar estudos filogenticos? 17- De que modo se determina a estrutura primria de uma protena? 18- correto afirmar que a estrutura primria define os outros nveis estruturais de protenas? Justifique o nvel estrutural mais simples e mais importante, pois dele deriva todo o arranjo espacial da molcula 19- Qual a importncia de se determinar a estrutura primria de uma protena? 20- O que so estruturas secundrias de protenas? Descreva a hlice e as conformaes paralela e antiparalela. refere-se ao arranjo das pontes de hidrognio do esqueleto proteico (cadeia polipeptdica). Isso leva ao dobramento de partes destas cadeias em estruturas regulares, tais como hlices e folhas pregueadas . dada pelo arranjo espacial de aminocidos prximos entre si na seqncia primria da protena. o ltimo nvel de organizao das protenas fibrosas, mais simples estruturalmente. Ocorre graas possibilidade de rotao das ligaes entre os carbonos a dos aminocidos e seus grupamentos amina e carboxila. O arranjo secundrio de um polipeptdeo pode ocorrer de forma regular; isso acontece quando os ngulos das ligaes entre carbonos a e seus ligantes so iguais e se repetem ao longo de um segmento da molcula. -hlice: uma estrutura regular em que os aminocidos formam uma espiral (hlice) em torno de um eixo e os grupos R esto apontando para o exterior da hlice. A -hlice estabilizada por pontes de hidrognio entre o hidrognio ligado ao nitrognio de cada ligao peptdica e o oxignio da carbonila do quarto aminocido do lado amino terminal da hlice. Todas as ligaes peptdicas participam das pontes de hidrognio. Conformao : uma estrutura mais estendida e encontrada em protenas como a protena da seda fibrona, membro da classe das - queratinas.A estrutura foi analizada por difrao de raios X. Nessa estrutura, a cadeia peptdica mais estendida do que na alfa-hlice. Ela estabilizada por pontes de hidrognio entre segmentos de protenas. As duas cadeias podem estar em posio paralela ou antiparalela. Nessa estrutura encontrada quando uma cadeia polipeptdica muda de direo abruptamente. Esses turns geralmente conectam

dois segmentos polipeptdicos antiparalelos. A estrutura forma um ngulo de 180 com 4 aminocidos. O primeiro e o quarto interagem por pontes de hidrognio. Glicina e prolina so geralmente encontradas nessa estrutura. 21- D exemplos de como a sequncia de aminocidos pode influenciar a estrutura secundria. 22- Defina estrutura terciria e quaternria de protenas. Estrutura terciria- a forma final tridimensional da cadeia polipeptdica. Inclui o dobramento entre estruturas e , assim como a combinao destas estruturas secundrias em formas compactas (domnios). - Dada pelo arranjo espacial de aminocidos distantes entre si na seqncia polipeptdica. a forma tridimensional como a protena se "enrola". Ocorre nas protenas globulares, mais complexas estrutural e funcionalmente. Cadeias polipeptdicas muito longas podem se organizar em domnios, regies com estruturas tercirias semi-independentes ligadas entre si por segmentos lineares da cadeia polipeptdica. Os domnios so considerados as unidades funcionais e de estrutura tridimensional de uma protena. Estrutura quaternria- a estrutura resultante da interao entre diferentes cadeias polipeptdicas de uma mesma protena que possui mais de uma subunidade. Tais protenas so chamadas de protenas multi-subunidade. Se pelo menos duas das subunidades so iguais, a protena chamada de oligomrica. Surge apenas nas protenas oligomricas. Dada pela distribuio espacial de mais de uma cadeia polipeptdica no espao, as subunidades da molcula. Estas subunidades se mantm unidas por foras covalentes, como pontes dissulfeto, e ligaes no covalentes, como pontes de hidrognio, interaes hidrofbicas, etc. As subunidades podem atuar de forma independente ou cooperativamente no desempenho da funo bioqumica da protena. 23- O que so protenas multi -subunidade? a estrutura resultante da interao entre diferentes cadeias polipeptdicas de uma mesma protena que possui mais de uma subunidade 24- Como voc poderia determinar se uma protena possui estrutura quaternria? 25- O que desnaturao de protenas? um processo no qual as protenas sofrem modificaes drsticas em suas estruturas tercirias e secundrias. A desnaturao causada por agentes externos diversos como o calor, extremos de pH, solventes orgnicos, etc. A protena desnaturada perde sua funo biolgica. A desnaturao pode ser reversvel ou irreversvel. 26- O que so enzimas? Todas as enzimas so protenas? As enzimas so catalisadores biolgicos que aceleram a velocidade das reaes atravs da diminuio da energia de ativao. Nem todas as enzimas so protenas, pois existem as ribozimas (RNAs catalticos). 27- De que modo as enzimas aceleram a velocidade das reaes? Por meio do abaixamento da energia de ativao 28- Como a cintica das enzimas de Michaelis-Menten? 29- Planeje um experimento determinar o Km de uma enzima para seus dois substratos

30- O que so enzimas alostricas? Como agem os efetores alostricos e como influenciam a cintica enzimtica? Enzimas alostricas:so enzimas que alm do seu stio ativo possuem outros stios. Nesses stios alostricos podem se ligar molculas que so chamados de efetores alostricos. Os efetores ao se ligarem ao stio alostrico alteram a conformao da enzima podendo ativar ou inibir a enzima. Fala-se ento de ativadores e inibidores alostricos. As enzimas alostricas normalmente tm estrutura quaternria. O grfico Vo x [S] para uma enzima alostrica no uma hiprbole e sim uma sigmide. 31- Defina a) energia de ativao: b) catalisador: c)stio ativo: Regio da enzima que interage e reage com o substrato e catalisa a reao d)stio alostrico: so stios alm dos stios ativos e) efetor alostrico:molculas que se ligam nos stios alostricos f) inibio competitiva e no competitiva: Inibio competitiva: um inibidor competitivo possui estrutura similar ao substrato. Quando o inibidor competitivo se liga ao stio ativo impede a ligao do substrato e a reao no ocorre. A inibio competitiva pode ser reversvel ou irreversvel. g) KM: h) K0,5: 32- Qual a forma dos grficos V x Temperatura e V x pH das reaoes catalisadas por enzimas? 33- O que so cofatores, coenzimas e grupos prostticos? Cofatores: so substncias orgnicas ou inorgnicas necessrias ao funcionamento das enzimas. Se um cofator for orgnico, recebe o nome de coenzima. As principais coenzimas so as vitaminas (substncias orgnicas exgenas, necessrias em pequenas quantidades e de natureza qumica varivel). Os grupos prosticos so cofatores orgnicos que se ligam covalentemente enzima. 34- Qual a diferena de holoenzima e apoenzima A holoenzima uma enzima completa (protena + cofatores), e a apoenzima so enzimas sem os cofatores. 35- Descreva os modelos chave-fechadura e ajuste induzido para a interao enzimasubstrato. Modelo chave-fechadura: segundo esse modelo a forma do stio ativo exatamente complementar a forma do substrato. Modelo do ajute induzido:segundo esse modelo, a presena do substrato pode causar uma mudana na forma do stio ativo que se torna complementar ao estado de transio. Se o stio ativo fosse exatamente complementar forma do substrato, este ficaria estabilizado a reao ficaria mais difcil de acontecer. 36- Defina carboidratos. Como se classificam? Os Carboidratos tambm so chamados de Hidratos de Carbono ou Glicdios so os Acares e seus polmeros. So classificados em: glicose, frutose, celulose e amido

37- Como se define as configuraes D e L dos monossacardeos? Olhar a hidroxila do ltimo carbono quiral (D-direita e L- esquerda). Direita para baixo e esquerda para cima. 38- Como se define as configuraes e dos monossacardeos? 39- Desenhe a estrutura da -D-manopiranose. 40- O que carbono anomrico? Carbono Anomrico o todo carbono que est envolvido em uma ligao glicosdica,portanto para um acar ser considerado redutor,deve ter pelo menos um carbono anomrico livre,sem estar envolvido em nenhuma ligao, do contrrio o acar considerado no redutor.Exemplo:Lactose um acar redutor, e a sacarose um acar no redutor 41- O que so acares redutores? Um acar redutor qualquer acar que, em soluo bsica, forma algum aldedo ou cetona. Disto segue que o acar atua como um agente redutor, por exemplo na reao de Maillard e reao de Benedict. Os principais aucares redutores so frutose, glicose, maltose e lactose. A sacarose, sendo formada por glicose e frutose, pode tornar-se um acar redutor se sofrer ao enzimtica ou hidrlise cida 42- Desenhe um dissacardio de glicopiranose ligado por ligaes , 1-6. 43- Quais so as diferenas estruturais e funcionais entre o amido e a celulose? AMIDO: dois tipos de polmero de -D-glicose (amilose e amilopectina). CELULOSE 10.000 a 15.000 D-glicose cadeias lineares alinhadas lado a lado e estabilizadas por ligaces de H intra- e intercadeias 44- Defina nucleotdios, nucleosdios, purinas e pirimidinas. Os nucleotdeos so compostos por uma base nitrogenada, um grupo fosfato (em azul) e uma ribose ou desoxiribose. Quando na ausncia do grupo fosfato, so chamados de nucleosdeos. A base nitrogenada, juntamente com a pentose formam compostos heterocclicos, sendo que a primeira pode ser derivada de compostos de purina ou pirimidina. So tidas como purinas a adenina (A) e a guanina (G), e as pirimidinas so constitudas pela citosina (C), uracila (U) e timina (T). Os nucleotdeos esto presentes em vrios processos metablicos e so tidos como subunidades dos cidos nuclicos, participam do transporte e na conservao de energia (ATP, por exemplo), so encontrados como componentes de alguns co-fatores enzimticos e alguns apresentam a funo de mensageiros qumicos celulares, como o caso do cAMP, um segundo mensageiro que atua fosforilando diversas outras molculas, desencadeando uma cascata de reaes em um determinado processo, como ocorre na liberao de histaminas quando de uma reao alrgica. 45- Descreva o modelo de Watson e Crick para o DNA. DNA era um polmero de nucleotdios. As 4 bases dos nucleotdios ocorrem em propores diferentes em DNAs de organismos diferentes. DNAs isolados de tecidos diferentes de um mesmo organismo possuem a mesma composio de bases. Em qualquer DNA o nmero de Adenina (A) igual ao de Timina (T) e o de Citosina (C) igual ao de guanina(G). A+G=T + C. Regra de Chargaff (fim da dcada de 40)

O DNA consiste de duas cadeias em espiral (hlices) enroladas em torno de um mesmo eixo Dupla hlice. As desoxiriboses e os grupos fosfato esto no exterior da dupla hlice enquanto as bases nitrogenadas esto empacotadas no interior da hlice. As bases das duas cadeias interagem por pontes de hidrognio: A=T e C=G. As duas cadeias so antiparalelas As duas cadeias no so iguais mas complementares. Cada volta da hlice corresponde a 10 nucleotdios. 46- Quais so as semelhanas e diferenas entre as protenas e os cidos nucleicos quanto ao aspecto estrutural e funcional. 47- Descreva os tipos de RNA. 48- O que so lipdios? Como se classificam? D exemplos e funes. Lipidios so um grupo quimicamente diverso de biomolculas cuja caracterstica comum sua insolubilidade em gua. Suas funes so: Armazenamento de energia, Componentes estruturais de membranas biolgicas, Cofatores enzimticos, Agentes emulsificantes, VitaminaS, Hormnios, Mensageiros intracelulares. cidos graxos, triacilgliceris, 49- Descreva a estrutura e a funo dos TAG, ceras, fosfolipdios e esterides. 50- Como se relaciona a saturao de cidos graxos com seu ponto de fuso? So cidos carboxlicos com cadeias hidrocarbnicas de tamanho varivel normalmente entre 12 e 24). A cadeia pode ser saturada ou insaturada (com uma ou mais ligaes duplas, normalmente em configurao cis). A maioria dos lipdios derivada dos cidos graxos. 51- Como se d a saponificao de TAGs? Em termos gerais, a reao de saponificao ocorre quando um ster em soluo aquosa de base inorgnica origina um sal orgnico e lcool 52- Defina micela e lipossomo Micela uma estrutura globular formada por um agregado de molculas anfipticas, ou seja, compostos que possuem caractersticas polares e apolares simultaneamente, dispersos em um lquido constituindo uma das fases de um colide. Lipossomos so vesculas microscpicas compostas de uma ou mais membranas lipdicas envolvendo um compartimento aquoso, e podem ser constitudos de molculas naturais ou sintticas, como o brometo de dioctadecildimetilamnio (DODAB), um composto de amnio quaternrio 53- Desenhe a estruturas do cido docecenico 6 54- D o nome dos seguintes cidos graxos: CH3(CH2)8COOH CH3(CH2)10COOH CH3(CH2)12COOH CH3(CH2)5CH=CH(CH2)7 COOH CH3(CH2)4CH=CH(CH2)3 CH=CH(CH2)3 COOH n de carbonos: n de duplas ( x,y) Sendo x e y carbonos com dupla. Nome baseado no nmero de carbonos e sufixo ico.

 Ex 12:0 cido dodecanico 16:1 (9) = ? 18:2 (9,12)=?