INFORME DE LABORATORIO DE BIOLOGA COMPUTACIONAL

1. OBJETIVOS:
Reconocer las estructuras de las proteinas a travs de las secuencias de ADN. Utilizar el programa de PDB (protein data bank) para la visualizacin de protenas.

2. MARCO TERICO
Las protenas se dividen en 4 grandes ramas. Cada una de estas estructuras informa de la disposicin de la anterior en el espacio. La estructura primaria es la secuencia de aminocidos de la protena. Nos indica qu aminocidos componen la cadena polipeptdica y el orden en que dichos aminocidos se encuentran. La funcin de una protena depende de su secuencia y de la forma que sta adopte. La estructura secundaria es la disposicin de la secuencia de aminocidos en el espacio. Los aminocidos, a medida que van siendo enlazados durante la sntesis de protenas y gracias a la capacidad de giro de sus enlaces, adquieren una disposicin espacial estable, la estructura secundaria. Existen dos tipos de estructura secundaria: La a(alfa)-hlice y La conformacin beta, esta estructura se forma al enrollarse helicoidalmente sobre s misma la estructura primaria. Se debe a la formacin de enlaces de hidrgeno entre el -C=O de un aminocido y el -NH- del cuarto aminocido que le sigue. La estructura terciaria informa sobre la disposicin de la estructura secundaria de un polipptido al plegarse sobre s misma originando una conformacin globular. En definitiva, es la estructura primaria la que determina cul ser la secundaria y por tanto la terciaria. Esta conformacin globular facilita la solubilidad en agua y as realizar funciones de transporte, enzimticas, hormonales, etc. Esta conformacin globular se mantiene estable gracias a la existencia de enlaces entre los 1

INFORME DE LABORATORIO DE BIOLOGA COMPUTACIONAL radicales R de los aminocidos. Aparecen varios tipos de enlaces: el puente disulfuro entre los radicales de aminocidos que tiene azufre. Los puentes de hidrgeno. Los puentes elctricos. Las interacciones hifrfobas. La estructura cuaternaria, Esta estructura informa de la unin, mediante enlaces dbiles (no covalentes) de varias cadenas polipeptdicas con estructura terciaria, para formar un complejo proteico. Cada una de estas cadenas polipeptdicas recibe el nombre de protmero.

3. MATERIALES Y EQUIPO:
Computadora con acceso a internet.
Secuencia a analizar.

4. PROCEDIMIENTO:
En la anterior prctica se pudo analizar la secuencia Tacna esta secuencia tiene 22 genes. En esta prctica de laboratorio se buscara encontrar la estructura molecular de cada gen. Paso N1: debemos entrar a la pgina de Protein Data Bank (PDB) http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

INFORME DE LABORATORIO DE BIOLOGA COMPUTACIONAL Paso N 2: Analizar los genes en la pgina de NCBI en blast y saber el nombre de las protenas de cada gen. Paso N3: ahora debe ir a la pgina de Protein Data Bank (PDB). Y entrar en la opcin macromolecule y poner el nombre de la protena que se encontr en la pgina de Blast. Paso N4: Capturar la imagen de cada protena e indicar su estructura.

5. DESARROLLO Gen 1: hypothetical protein

Estructura: secundaria

ALFA HLICE

AL LAZAR BETHA HOJA PLEGADA

Gen 2: rubisco Estructura: secundaria

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Gen 3: RIBULOSE Estructura: secundaria

ALFA HLICE

BETHA HOJA PLEGADA

AL LAZAR

INFORME DE LABORATORIO DE BIOLOGA COMPUTACIONAL Gen 4: ribulose Estructura: secundaria

ALFA HLICE

BETHA HOJA PLEGADA

Gen 5: Tat

AL LAZAR

Gen 6: carboxysome ALFA HLICE

BETHA HOJA PLEGADA

AL LAZAR

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Gen 7: carboxysome peptide ALFA HLICE

AL LAZAR

BETHA HOJA PLEGADA

Gen 8: None Gen 9: carboxysome peptide b

ALFA HLICE AL LAZAR

BETHA HOJA PLEGADA

Gen 10: carboxysome shell peptide

ALFA HLICE BETHA HOJA PLEGADA AL LAZAR

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Gen 11: carboxysome protein csos1a from halothiobacillus neapolitanus

AL LAZAR BETHA HOJA PLEGADA

AL LAZAR

Gen 12: microcompartments protein

ALFA HLICE BETHA HOJA PLEGADA AL LAZAR

INFORME DE LABORATORIO DE BIOLOGA COMPUTACIONAL Gen 13: bacterioferritin ALFA HLICE

AL LAZAR

Gen 14: hypothetical protein lferr_1379

ALFA HLICE AL LAZAR

BETHA HOJA PLEGADA

Gen 15: hypothetical protein afe_1680

ALFA HLICE

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INFORME DE LABORATORIO DE BIOLOGA COMPUTACIONAL Gen 16: cbbq/nirq/norq domain-containing protein

BETHA HOJA PLEGADA AL LAZAR

Gen 17: von willebrand factor type A

ALFA HLICE BETHA HOJA PLEGADA AL LAZAR

Gen

18: fructose-bisphosphate aldolase class ii family protein

[acidithiobacillus ferrooxidans atcc 23270] >ref|zp_11557972.1|

ALFA HLICE BETHA HOJA PLEGADA

AL LAZAR

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Gen 19: dethiobiotin synthase

ALFA HLICE BETHA HOJA PLEGADA AL LAZAR

Gen 20: hypothetical protein lferr_1372

ALFA HLICE BETHA HOJA PLEGADA

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Gen 21: putative translation factor

BETHA HOJA PLEGADA

ALFA HLICE AL LAZAR

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INFORME DE LABORATORIO DE BIOLOGA COMPUTACIONAL Gen 22: dihydroxy-acid dehydratase

6. CONCLUSIONES
Al comparar las secuencias en la pgina de NCBI Blast se han encontrado una variedad de especies entre humanas y vegetales. Se puede deducir que en una estructura protenica siempre habr una estructura AL AZAR ya que en todas las estructuras analizadas se puede ver, sin considerar a la que no tiene ninguna estructura y a la que no se encuentra.

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