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EDITORIAL

El microbioma en la enfermedad pulmonar obstructiva crnica: de qu estamos hablando?

JUAN L. GARCA RIVERO Seccin de Neumologa. Hospital Comarcal de Laredo (Cantabria).

El ecosistema microbiano en los pacientes con enfermedad pulmonar obstructiva crnica (EPOC) es complejo, formado por muchas especies diferentes de bacterias, tanto aerobias como anaerobias o microaerfilas, y hongos que pueden ser o no viables en funcin de los tratamientos antibiticos recibidos por el paciente. Este ecosistema no es esttico, sino variable en el tiempo en funcin de las caractersticas clnicas de cada paciente. Estas variaciones pueden ser tanto cualitativas (en cuanto a las especies existentes), como cuantitativas (en cuanto a la carga microbiana, es decir, el porcentaje que cada especie representa respecto al total de los microorganismos presentes en la mucosa del enfermo) o de viabilidad (porcentaje de organismos viables presentes en cada situacin clnica). Los frecuentes tratamientos antibiticos que reciben estos enfermos alteran este ecosistema en diferentes parmetros: nmero de microorganismos, especies bacterianas y fngicas presentes y microorganismos viables presentes. En la prctica clnica actual, mediante mtodos clsicos (cultivo de muestras respiratorias), se ha tratado de identificar los microorganismos implicados en las exacerbaciones y, en funcin de estos datos, instaurar el tratamiento antibitico adecuado. Sin embargo, los mtodos clsicos de cultivo han resultado herramientas obsoletas a la hora de identificar poblaciones bacterianas y fngicas tan complejas como las que estn presentes en las vas respiratorias de un paciente, ya que hay muchos microorganismos que no se pueden aislar por problemas metodolgicos, como los microorganismos anaerobios o microaerfilos. Por este motivo, los tratamientos antibiticos y antifngicos que actualmente se administran, generalmente de forma emprica, se basan en recomendaciones y protocolos que se han diseado en base a datos parciales y pueden no recoger las necesidades reales del paciente. Gracias a los avances recientes, las tecnologas de secuenciacin de ADN de nueva generacin tienen capacidades muy mejoradas para la secuenciacin de los conjuntos de metadatos de gran tamao, y ofrecen una oportunidad sin precedentes para investigar las comunidades microbianas complejas relacionadas con el cuerpo humano1. Esta nueva tcnica de pirosecuenciacin hace que sea posible estudiar genticamente las comunidades microbianas (toda la diversidad de bacterias en una muestra). La metagenmica es una nueva herramienta ms sensible y especfica, respecto a los mtodos clsicos de diagnstico basados en el cultivo, a la hora de estudiar las poblaciones bacterianas y fngicas presentes en la mucosa respirato-

PubEPOC. 2013;5:3-4

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PUBEPOC - EL MICROBIOMA EN LA ENFERMEDAD PULMONAR OBSTRUCTIVA CRNICA: DE QU ESTAMOS HABLANDO?

ria. El anlisis, tanto a nivel de ADN ribosomal como de ARN ribosomal, permite conocer la verdadera flora respiratoria de cada paciente (microbioma), as como discriminar la poblacin viva de microorganismos (que por tanto expresar ARN ribosomal) de la poblacin total (microorganismos tanto vivos como muertos con el ADN ribosomal potencialmente identificable). Aunque las tcnicas de cultivo independientes han demostrado que los pulmones no son estriles, poco se sabe sobre el microbioma en la EPOC. Hilty et al.2 informan de algunas diferencias en la microbiota de cinco pacientes con EPOC en comparacin con los controles. Huang et al.3 describen una gran diversidad de bacterias en ocho pacientes intubados por exacerbacin de la EPOC. Erb-Downward et al.4 observan diferencias microanatmicas significativas en las comunidades bacterianas dentro del mismo pulmn de sujetos con EPOC avanzada. Utilizando muestras de tejido pulmonar, Sze et al.5 son los primeros en reportar el microbioma en biopsias de tejido pulmonar. A pesar de las enormes diferencias en la ejecucin de la tcnica y la metodologa de anlisis de datos, los resultados de este trabajo son compatibles con los estudios publicados previamente2-4, en los cuales se haban utilizado cepillados bronquiales, muestras de lavado broncoalveolar, aspirados endotraqueales y tejido pulmonar obtenido de manera asptica desde explantes de pulmn concluyendo que el microbioma de pacientes con EPOC es diferente al observado en no fumadores y fumadores sanos. Sze et al.5 tambin comparan pulmones con EPOC con pulmones con fibrosis qustica, demostrando diferencias entre estas dos enfermedades. Potencialmente, la metagenmica puede ser una alternativa til para conocer la situacin real de la microbiota de estos pacientes a lo largo de su enfermedad, lo cual permitir disear mejor los protocolos de terapia emprica y permitir adecuar los tratamientos de los pacientes a la realidad para mejorar su eficacia y disminuir su coste, minimizando los sesgos que presentan los mtodos clsicos.

Bibliografa
1. Sleator RD, Shortall C, Hill C. Metagenomics. Lett Appl Microbiol. 2008;47:361-6. 2. Hilty M, Burke C, Pedro H, Cardenas P, Bush A, Bossley C, et al. Disordered microbial communities in asthmatic airways. PloS ONE. 2010;5:e8578. 3. Huang YJ, Kim E, Cox MJ, Brodie EL, Brown R, Wiener-Kronish JP, et al. A persistent and diverse airway microbiota present during chronic obstructive pulmonary disease exacerbations. OMICS. 2010;14:9-17. 4. Erb-Downward JR, Thompson DL, Han MK, Freeman CM, McCloskey L, Schmidt LA. Analysis of the lung microbiome in the heatlthy smoker and in COPD. PLoS One. 2011;6:e16382. 5. Sze MA, Dimitriu PA, Hayashi S, Elliott WM, McDonough JE, Gosselink JV. The lung tissue microbiome in chronic obstructive pulmonary disease. Am J Respir Crit Care Med. 2012;185:1073-80.

PubEPOC. 2013;5:3-4