Evolucin molecular

Reconstruccin de la historia evolutiva de los organismos a partir de la comparacin de molculas

Evolucin molecular
Variacin a nivel de ADN Diversidad nucleotdica Filogenias de ADN Teora neutralista. Sustitucin nucleotdica.Tasas de sustitucin Distancias entre secuencias de ADN y tiempos de divergencia Modelos de sustitucin nucleotdica

Tipos de mutaciones nucleotdicas

-Sustituciones Transiciones Transversiones -Indels -Reordenaciones
A T

Tipos de mutaciones nucleotdicas en secuencias codificantes

GC 5' CAAT GC GT AG GT AG TATA exn-1 exn-2 exn-3 3'

Segunda base 1 Base T C T A G T C C A G T C A G T C A G Leu Leu Ile Ile Ile Met Val Val Val Val A G T C A G T C A G Pro Pro Thr Thr Thr Thr Ala Ala Ala Ala A G T C A G T C A G Gln Gln AsN AsN Lys Lys Asp Asp Glu Glu A G T C A G T C A G Arg Arg Ser Ser Arg Arg Gly Gly Gly Gly Leu Leu Leu Leu A G T C Ser Ser Pro Pro A G T C ocre ambar His His A G T C opalo Trp Arg Arg T Fen Fen T C C Ser Ser T C A Tyr Tyr T C G Cys Cys

- Sinnimas - No sinnimas: cambio de sentido sin sentido

Variacin a nivel de secuencia ADN

Alineamiento-Edicin

Evolucin a molecular
Variacin a nivel de ADN Diversidad nucleotdica Filogenias de ADN Teora neutralista. Sustitucin nucleotdica.Tasas de sustitucin Distancias entre secuencias de ADN y tiempos de divergencia Modelos de sustitucin nucleotdica

Variacin a nivel de secuencia ADN

Proporcin de sitios segregantes, Ps Diversidad nucleotdica, : Probabilidad de que dos nucletidos
homlogos, escogidos al azar, sean diferentes. Es igual a la diversidad gnica pero a nivel de nucletido

Entre dos secuencias: ij=dij/L

siendo: dij= n de diferencias entre las secuencias i y j L: longitud de la secuencia

En una poblacin:

= 2
i =1

f f
i j< i

ij

siendo k, n de secuencias y fi (fj) frecuencia de los haplotipos i y j

Medidas de variacin
Diversidad haplotpica ht
1 2 3

Proporcin de stios polimrficos

Diversidad nucleotdica
k

= 2
i =1

f f
i j

ij

5 6 7 8

fi frecuencia del ht i fj frecuencia del ht j ij proporcin de nt diferentes entre los haplotipos i y j

Diversidad haplotpica
ht" 1" frec" 1/24" 1/24" 1/24" 12/24" 1/24" 1/24" 1/24" 4/24" 2/24"

ht
1 2 3

2" 3" 4" 5" 6"

7" 8" 9"

5 6 7 8 9

Proporcin de stios polimrficos

ht
1 2 3

9 PS = = 0.00034 26500

5 6 7 8

Clculo de la diversidad nucleotdica

dij entre pares de haplotpos
ht
1 2 3
1 2 3 4 5 6 7 8 9 Haplotipos 1 1 1 1 2 2 3 4 5 2 3 4 5 6 7 8 9

2 2 3 3 4 5 6

2 2 3 4 5 6

1 1 2 3 4

2 3 4 5

3 4 5

1 2

1 -

5 6 7 8 9
1 2 3 4 5 6 7 8 9 Haplotipos 1 3.77E-05 3.77E-05 3.77E-05 7.55E-05 7.55E-05 0.000113 0.000151 0.000189 2 7.55E-05 7.55E-05 0.000113 0.000113 0.000151 0.000189 0.000226 7.55E-05 7.55E-05 0.000113 0.000151 0.000189 0.000226 3.77E-05 3.77E-05 7.55E-05 0.000113 0.000151 7.55E-05 0.000113 0.000151 0.000189 0.000113 0.000151 3.77E-05 0.000189 7.55E-05 3.77E-05 3 4 5 6 7 8 9

ij=dij/L

Clculo de la diversidad nucleotdica

ht" 1" 2" 3" 4" 5" 6" 7" 8" 9"

frec" 1/24" 1/24" 1/24" 12/24" 1/24" 1/24" 1/24" 4/24" 2/24"
1 2 3 4 5 6 7 8 9

ij=dij/L
Haplotipos 1 3.77E-05 3.77E-05 3.77E-05 7.55E-05 7.55E-05 0.000113 0.000151 0.000189 2 7.55E-05 7.55E-05 0.000113 0.000113 0.000151 0.000189 0.000226 7.55E-05 7.55E-05 0.000113 0.000151 0.000189 0.000226 3.77E-05 3.77E-05 7.55E-05 0.000113 0.000151 7.55E-05 0.000113 0.000151 0.000189 0.000113 0.000151 3.77E-05 0.000189 7.55E-05 3.77E-05 3 4 5 6 7 8 9

= 2
i =1

f f
i j< i

ij = 1.6 E 4

Polimorfismo a nivel de ADN en maiz

Diversidad nucleotdica humanos

La diversidad depende de la secuencia. P. Ej. En mamferos, el ADN mitocondrial es mucho ms variable que el nuclear
Diversidad ADN mitocondrial

Diversidad ADN nuclear basada en 1.42 millones de pb del genoma dividido en unidades arbitrarias de 200 kb: varia entre 2.0 * 10-4 y 15.8 * 10-4 media 7.5 *10-4

Evolucin a molecular
Variacin a nivel de ADN Diversidad nucleotdica Filogenias de ADN Teora neutralista. Sustitucin nucleotdica.Tasas de sustitucin Distancias entre secuencias de ADN y tiempos de divergencia Modelos de sustitucin nucleotdica

Filogenia (rboles filogenticos)

Relacin histrica entre un conjunto de taxones

rbol evolutivo. Darwin 1837

Filogenias de ADN
Diagrama que representa las relaciones filogenticas entre grupos taxonmicos inferidos a partir de secuencias de ADN
Tiempo

Teora neutralista de la evolucin molecular. Kimura 1960s

La teora neutralista es la base del reloj molecular

Cuando se comparan los genomas de especies existentes, la inmensa mayora de de las diferencias a nivel molecular son neutras. La mayor parte del cambio evolutivo en las secuencias gnicas es el resultado de la deriva gentica actuando sobre alelos neutros.

Tasas de sustitucin nucleotdica

Para mutaciones neutras:
Siendo: , tasa de mutacin por sitio y generacin El nmero de mutaciones por sitio y generacin ser 2N Probabilidad de fijacin, 1/2N

Tasa de sustiticin nucleotdica por sitio y generacin, rg=

Cambio en frecuencia de una mutacin en una poblacin finita

Una mutacin tiene una probabilidad muy alta de perderse y en caso de que llegue a fijarse tardara muchas generaciones dando lugar a muchos polimorfismos transitorios

Reloj molecular
Para mutaciones neutras: Tasa de sustiticin nucleotdica por sitio y generacin, rg= La tasa de fijacin no depende de N sino de la frecuencia de mutacin RELOJ MOLECULAR Un gen puede considerarse un reloj molecular dado que su tasa de evolucin es constante durante largos periodos y para distintas especies

Evolucin a molecular
Variacin a nivel de ADN Diversidad nucleotdica dentro de poblacin Filogenias de ADN Teora neutralista. Sustitucin nucleotdica.Tasas de sustitucin Distancias entre secuencias de ADN y tiempos de divergencia Modelos de sustitucin nucleotdica

Distancia entre secuencias de ADN de distintas Unidades Taxonmicas (UT)

Nmero estimado de sustituciones de nucletido por sitio (k)
La estima ms sencilla es el nmero de diferencias entre dos secuencias dividido entre el nmero de nucletidos de la secuencia
Tenemos las dos secuencias siguientes de 30 nucletidos:" (I)! TTT CAT AGT ATC GCA CAC GAA ATG CCC AAA p=5/30! (II)! TTC CAT AGT ACC GCA CTC GAA ATG CCA AAG!

Dos secuencias de ADN que derivan de una ancestral sern ms diferentes cuanto mayor sea el tiempo de divergencia entre ellas

C
t

t: n generaciones

Relacin entre Distancia, Tiempo y Tasa de sustitucin nucleotdica

t t

A
t t

A B

kAB=r*2t

t: n generaciones La tasa de sustitucin nucleotdica por generacin (r) para mutaciones neutras es igual a la tasa de mutacin,

La tasa de sustitucin depende del tipo de secuencia ya que depende de la tasa de mutacin

Relacin entre Distancia, Tiempo y Tasa de sustitucin nucleotdica

A partir de la distancia entre una secuencia de dos taxones, podemos calcular el tiempo de separacin si conocemos la tasa de mutacin por sitio y generacin
C
t t

t: n generaciones

K AB t= 2r

K AB t= 2

Esto se puede aplicar a estimas de tiempos de divergencia entre microorganismos donde la tasa de mutacin por nucletido y por generacin se puede determinar experimentalmente

Tasas de sustitucin de nucletidos por ao

En la prctica se utiliza la r por unidad de tiempo para calcular el tiempo de divergencia entre unidades taxonmicas prximas y a partir de la comparacin de secuencias con una tasa de evolucin similar.

Calibrado del reloj

Si se conoce el tiempo de divergencia entre dos grupos taxonmicos, por el registro fsil, se puede calcular r como:
C
T T

K AB r= 2T

sustituciones/nucletido/ao

T: n aos

Tasas de sustitucin de nucletidos por ao

Esta r se puede utilizar para calcular el tiempo de divergencia entre otras unidades taxonmicas. Si queremos conocer el tiempo de divergencia entre X e Y, calcularmos KXY a partir de la comparacin de secuencias y:
T T

K XY = 2 rTXY
Y

TXY

K XY = 2r

T: n aos ?

Tiempo de divergencia. Ejemplo

El tiempo de divergencia de la familia Bovidae se estima en 18-20 millones de aos (Mioceno temprano). Esto se deduce por la datacin de fsiles de Eotragus, el primer resto de bvido documentado en el registro fsil.

K AB r= 2T

A partir de la comparacin la secuencia del citocromo b entre 51 especies de bvidos actuales se calcul una tasa de 0.0063 sustituciones por nucletido y MY

Esta r se puede utilizar para calcular el tiempo de divergencia entre otras unidades taxonmicas prximas a partir de la comparacin de secuencias de citocromo b
p. ej. Especies rebeco 1.69MY

Evolucin a molecular
Variacin a nivel de ADN Diversidad nucleotdica dentro de poblacin Filogenias de ADN Teora neutralista. Sustitucin nucleotdica.Tasas de sustitucin Distancias entre secuencias de ADN y tiempos de divergencia Modelos de sustitucin nucleotdica

Estimacin del nmero de sustituciones por nucletido (distancia k) entre dos secuencias de ADN
Secuencia 1 Secuencia 2 TTT TTC CAT CAT AGT AGT ATC ACC GCA GCA CAC GAA CTC GAA ATG ATG CCC CCA AAA AAG

p: estima directa de la proporcin de nucletidos diferentes Distancia de Jukes-Cantor

Tiene en cuenta cambios mltiples en un sitio

Distancia de Kimura-2 parmetros

Tiene en cuenta cambios mltiples en un sitio Da distinto probabilidad a transiciones y transversiones

Modelos de cambio nucleotdico

Jukes-Cantor
Tiene en cuenta cambios mltiples en un sitio. Tiene un solo parmetro , igual a la probabilidad de cada tipo de sustitucin, por sitio y por ao
A T

Distancia de Jukes-Cantor
K JC 3 4 = ln1 p 4 3

p"
0.010000" 0.10" 0.20" 0.30" 0.40" 0.50"

K"
0.010067" 0.11" 0.23" 0.38" 0.57" 0.82"

Modelos de cambio nucleotdico

Kimura-2 parmetros
Tiene en cuenta cambios mltiples en un stio y considera distinta probabilidad de transiciones y transversiones: dos parmetros y

A T

Distancia de Kimura-2 parmetros

KK 2 p 1 1 = ln( a) + ln( b ) 2 4

a=

1 1 2P Q

1 1 2Q

P= frec. obs. transiciones Q= frec. obs. transversiones

Modelos de cambio nucleotdico

cul sera la tasa de sustitucin en cada modelo?

Sustituciones en secuencias codificantes

Es interesante diferenciar entre las sustituciones: sinnimas cambio de sentido
Tenemos las dos secuencias siguientes de 30 nucletidos:" (I)! TTT CAT AGT ATC GCA CAC GAA ATG CCC AAA! (II)! TTC CAT AGT ACC GCA CTC GAA ATG CCA AAG!
Segunda base 1 Base T C T A G T C C A G T C A G T C A G Leu Leu Ile Ile Ile Met Val Val Val Val A G T C A G T C A G Pro Pro Thr Thr Thr Thr Ala Ala Ala Ala A G T C A G T C A G Gln Gln AsN AsN Lys Lys Asp Asp Glu Glu A G T C A G T C A G Arg Arg Ser Ser Arg Arg Gly Gly Gly Gly Leu Leu Leu Leu A G T C Ser Ser Pro Pro A G T C ocre ambar His His A G T C opalo Trp Arg Arg T Fen Fen T C C Ser Ser T C A Tyr Tyr T C G Cys Cys

Sustituciones en secuencias codificantes

Hay que calcular la proporcin de cambios sinnimos (Ps) y no sinnimos (Pc). El numerador es el nmero observado de cambios sinnimos y no sinnimos, respectivamente. El denominador es el nmero de posibles cambios sinnimos y no sinnimos, respectivamente. En estos casos es usual excluir del anlisis los codones de iniciacin (AUG) y de finalizacin (UAA,UAG,UGA) de sntesis, ya que, si consideramos que son secuencias codificantes, estos tripletes no cambian en el tiempo.

Sustituciones en secuencias codificantes

Tenemos las dos secuencias siguientes de 30 nucletidos:" (I)! TTT CAT AGT ATC GCA CAC GAA ATG CCC AAA! (II)! TTC CAT AGT ACC GCA CTC GAA ATG CCA AAG!
Se observan 5 sustituciones de bases, de las que 3 dan el mismo aminocido (cambio sinnimo) y 2 dan lugar a un aminocido diferente (cambio de sentido), Isoleucina por Threonina, e Histidina por Leucina. Entonces tenemos que Os=3 y Oc=2. " Calculamos los posibles cambios sinnimos y de sentido. Para la secuencia I obtenemos: Es=4.66, Ec=25.33 (suman 30 bases), y para la secuencia II, Es=5.66 y Ec=24.33 (suman 30). Promediando las dos secuencias obtenemos Es=5.17 y Ec=24.83." Segunda base
1 Base T T C T A G T C C A G T C A G T C A G Leu Leu Ile Ile Ile Met Val Val Val Val A G T C A G T C A G Pro Pro Thr Thr Thr Thr Ala Ala Ala Ala A G T C A G T C A G Gln Gln AsN AsN Lys Lys Asp Asp Glu Glu A G T C A G T C A G Arg Arg Ser Ser Arg Arg Gly Gly Gly Gly Leu Leu Leu Leu A G T C Ser Ser Pro Pro A G T C ocre ambar His His A G T C opalo Trp Arg Arg Fen Fen T C C Ser Ser T C A Tyr Tyr T C G Cys Cys

Calculamos ps=3/5.17=0.5802, y pc=2/24.83=0.0805. "