Bioqumica Unidad 1: Qumica para bioqumica

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Objetivos:
Introduccin
Qumica de la bioqumica: Fuerzas intramoleculares Fuerzas intermoleculares

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Introduccin

La bioqumica es una rama especial de la qumica orgnica; es la aplicacin de la qumica al estudio de los procesos biolgicos a nivel celular y molecular. Surge como una disciplina separada alrededor de principios del siglo 20. Desde entonces los cientficos combinan qumica, fisiologa y biologa para investigar la qumica de los sistemas vivos

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Introduccin
Las clulas estn muy organizadas y se necesita una fuente constante de energa para mantener este estado de orden. Los procesos vivos contienen miles de rutas qumicas. La regulacin e integracin de estas rutas son necesarias para mantener la vida. Algunas se estas rutas de encuentran en casi todos los organismos. Todos los organismos utilizan el mismo tipo de molculas: carbohidratos, protenas, lpidos y cidos nuclecos. Las instrucciones para el crecimiento, reproduccin, y desarrollo para cada organismo esta codificado en su ADN.
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Fuerzas Intermoleculares
En los compuestos los tomos estn unidos mediante fuerzas intra-moleculares (enlaces inicos, metlicos o covalentes, principalmente). Estas son las fuerzas que hay que vencer para que ocurra un cambio qumico. Estas fuerzas intra-moleculares, son las que determinan las propiedades qumicas de las sustancias. No obstante existen las fuerzas intermoleculares; (fuerzas entre molculas) estas actan sobre distintas molculas o iones y que hacen que stos se atraigan o se repelen. Por ejemplo una molcula de agua con otra molcula de agua sufren interacciones entre si. Estas fuerzas son las que determinan las propiedades fsicas de las sustancias como, por ejemplo, el estado o fase de la materia, el punto de fusin y de ebullicin, la solubilidad, la tensin superficial, la densidad, etc.
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Fuerzas Intermoleculares
Por lo general las fuerzas intermoleculares son fuerzas dbiles pero como son muy numerosas, la contribucin que imparten es muy importante. La ilustracin inferior es un resume de los diversos tipos de fuerzas intermoleculares.

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Fuerzas intermoleculares de los estados de la materia:

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Fuerzas intramoleculares

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Fuerzas in-in:
Las que se establecen entre iones de igual o distinta carga: Los iones con cargas de signo opuesto se atraen. Los iones con cargas del mismo signo se repelan. La magnitud de la fuerza electrosttica esta definida por la ley de Coulomb y es directamente proporcional a la magnitud de las cargas e inversamente proporcional al cuadrado de la distancia que las separa (ver dibujo abajo). Usualmente le llama a este tipo de interaccin: puente salino. Son frecuentes entre una enzima y su sustrato, entre los aminocidos de una protena o entre los cidos nuclecos y las protenas.

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Fuerzas intermoleculares

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Fuerzas ion dipolo:

Son las que ocurren entre un in y una molcula polar. Por ejemplo, el NaCl se disuelve en agua por la atraccin que existe entre los iones Na+ y Cl- y las cargas parciales opuestas de la molcula de agua. Las partes parcialmente positivas del agua rodean al ion de cloro (Cl-, verdes) y las parcialmente negativas rodean al ion de sodio (Na+, azules). Este proceso se conoce como solvatacin. Esta solvatacin de los iones es capaz de vencer las fuerzas que los mantienen unidos en el estado slido. Ver ilustracin abajo.

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Fuerzas ion dipolo:

La capa de hidratacin (de agua) que se forma alrededor de ciertas protenas, que es tan importante para su funcin tambin se forma gracias a estas interacciones (Figura inferior).

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Fuerzas ion-dipolo inducido:

Ocurre entre un in y una molcula no-polar. La cercana del in induce una distorsin en la nube electrnica de la molcula nopolar que convierte (de forma momentnea) en una molcula polarizada, (ver ilustracin abajo). En ese momento se produce entonces una atraccin entre el in y la molcula polarizada. Un ejemplo de esta interaccin es la interaccin entre el in Fe++ de la hemoglobina y la molcula de O2, que es no-polar. Esta interaccin es la que permite la unin reversible del O2 a la hemoglobina y el transporte de O2 desde los pulmones hacia los tejidos.

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Fuerzas hidrofbicas:
En un medio acuoso, las molculas hidrofbicas (no les gusta el agua, en otras palabras no son polares) tienden a asociarse para evitar interaccionar con el agua. Esto ocurre por razones termodinmicas: asociadas minimizan el nmero de molculas que puedan interaccionar con el agua. En presencia de agua, las colas hidrofbicas tienden a interaccionar entre s, creando un espacio hidrofbico donde el agua es excluida y en el que pueden quedar atrapadas otras molculas hidrofbicas. Las cabeza polares interaccionan con el agua, y se encuentran solvatada, ayudando protegiendo a la parte hidrofbica de todo contacto con el agua. Esto se conoce como el efecto hidrofbico. El efecto hidrofbico es el responsable de que en presencia de agua, los lpidos anfipticos tengan la importante capacidad del auto-ensamblaje, que da lugar a tres tipos de estructuras distintas:
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Fuerzas hidrofbicas:

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Fuerzas hidrofbicas:
Mono capas : Las mono capas se forman en la interface aire-agua. Las colas hidrofbicas se orientan hacia el aire, mientras que las cabezas hidroflicas lo hacen hacia el agua.

La micela se forman en medio acuoso, es la auto-organizacin de los lpidos en un ambiente polar. En ellas, las colas hidrofbicas (en color verde en la figura inferior izquierda) quedan hacia el interior mientras que las cabezas polares (de color azul) estn en contacto con el agua.

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Fuerzas hidrofbicas:
Bicapas: En los seres vivos, los lpidos anfipticos (molculas que tienen un extremo hidroflico y otro hidrfobo o sea que rechaza el agua) llamados fosfolpidos forman bicapas. La bicapa se puede visualizar como dos mono capas superpuestas, unidas por sus zonas hidrofbicas. La parte hidroflica de los fosfolpidos de la bicapa envuelve por ambos lados a la zona hidrofbica, evitando su contacto con el medio acuoso.

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Fuerzas de Van der Waals:

Cuando se encuentran a una cierta distancia (moderada), las molculas se atraen entre s pero, si sus nubes electrnicas empiezan a solaparse entonces las molculas se repelen con fuerza. El trmino "fuerzas de van der Waals" es un trmino general que agrupa a las fuerzas de atraccin entre las molculas. Son fuerzas de atraccin dbiles que se establecen entre molculas elctricamente neutras (tanto polares como no polares). Aunque son dbiles como son muy numerosas desempean un papel fundamental en muchos procesos biolgicos. Fuerzas van der Waals trata sobre interacciones de tipo dipolo-dipolo dbil en molculas ligeramente polares y de tipo de interacciones an ms dbiles entre molculas no polares. Las fuerzas de London (llamadas fuerzas de dispersin) son estn limitadas a interacciones dbiles entre molculas no polares. Uno es ms general que el otro. Van der Waals es el trmino ms general, y las fuerzas de dispersin es un caso particular de la fuerza de Van der Waals.
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Fuerzas dipolo-dipolo:
Cuando la distribucin de los electrones no es equitativa (o sea asimtrica) se crea un dipolo. Esto ocurre debido a que la molcula est formada por tomos de diferencia distintiva en electronegatividad. Los electrones por ende se encuentran preferentemente ms cerca del tomo ms electronegativo. En otras palabras la molcula se polariza (polarizacin significa separacin de cargas). Se crean consecuentemente dos regiones (o polos) en la molcula, una con carga parcial negativa y otra con carga parcial positiva (ver ilustracin abajo).

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Fuerzas dipolo-dipolo:
El fluoruro de hidrgeno es un buen ejemplo ya que F es mucho ms electronegativo que H. Esto ocurre porque su ncleo con 9+ de carga atrae los electrones compartidos con el H con mayor fuerza que el ncleo de H que solo tiene carga de 1+. Por ende los electrones compartidos se encuentran ms cerca del F. Esto produce un dipolo permanente, ver ilustracin arriba.

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El momento dipolar (m):

La medida de la intensidad de la fuerza de atraccin entre dos tomos. Est definido como el producto entre la distancia "d" que separa a las cargas (longitud del enlace) y el valor de las cargas (q) iguales y opuestas en un enlace qumico: m = qd Representado por un vector orientado hacia la carga negativa que permite cuantificar la asimetra de cargas en la molcula. La forma geomtrica de la molcula tambin afecta al momento dipolar.

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Puentes de Hidrgeno:
Son un tipo de fuerzas dipolo-dipolo. Los puentes de hidrgeno constituyen un caso especial de las fuerzas dipolo-dipolo. El enlace se forma con el hidrgeno ya que este es muy polar y es un centro de cargas positivas que ser atrado hacia los pares de electrones sin compartir de los tomos electronegativos de otras molculas. Se trata de un enlace dbil. No obstante, como son muy numerosos, su contribucin a la afinidad entre biomolculas es significativa. Se producen cuando un tomo de hidrgeno est unido covalentemente a un elemento muy electronegativo, como N, O u F. Este asume una densidad de carga parcialmente positiva (+), debido a la mayor electronegatividad del tomo vecino.
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Puentes de Hidrgeno:
La deficiencia parcial en electrones, hace que los tomos de H sientan atraccin por los electrones no compartidos (par libres) en los tomos de los vecinos. El resultado es que el tomo vecino se aproxima al ncleo del hidrgeno. Estas condiciones se cumplen solo con los tomos de F, O y N, (ver segunda ilustracin).

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Puentes de Hidrgeno:
La distancia entre los tomos electronegativos unidos mediante un puente de hidrgeno suele ser de unos 3 . Recuerde que un tiene un valor de 10-10 m. El hidrgeno se sita a 1 del tomo al que est covalentemente unido y a 2 del que cede sus electrones libres (ver ilustracin abajo).

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Puentes de Hidrgeno:
Muchas de las propiedades fsicas y qumicas del agua se deben a los puentes de hidrgeno. Cada molcula de agua puede formar hasta 4 puentes de hidrgeno, lo que explica su elevado punto de ebullicin, el hecho de que el agua solida sea menos densa que el agua lquida etc. La razn por la que el punto de ebullicin de agua sea tan alto es que es necesario romper gran cantidad de puentes de hidrgeno para que una molcula de agua pase al estado gaseoso.

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Puentes de Hidrgeno:
Este enlace es imprescindible en bioqumica, ya que: 1)establece en gran medida la estructura espacial de las protenas y de los cidos nuclecos y 2) est presente en gran parte de las interacciones que tienen lugar entre distintos tipos de biomolculas en muchos de los procesos fundamentales para los seres vivos. Son la causa de la estabilidad de la estructura tridimensional de las protenas y de la formacin de pares de bases estables entre las dos cadenas del ADN (cido desoxirribonucleico).

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Fuerzas dipolo-dipolo inducido:

Tienen lugar entre una molcula polar y una molcula no polar. En este caso, la carga de una molcula polar provoca una distorsin en la nube electrnica de la molcula no polar y la convierte, de modo momentneo, en un dipolo. En este momento se establece una fuerza de atraccin entre las molculas. Gracias a esta interaccin los gases no polares como el O2, el N2 o el CO2 son solubles en agua.

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Dipolo instantaneo-dipolo inducido

Se deben a las irregularidades que se producen en la nube electrnica de los tomos de las molculas por la proximidad de una a otra. La formacin de un dipolo instantneo en una molcula provoca la formacin de un dipolo en una molcula vecina de manera que se origina una dbil fuerza de atraccin entre las dos. Estas fuerzas son mayores al aumentar el tamao y la asimetra de las molculas. Son mnimas en los gases nobles (He, Ne), algo mayores en los gases diatmicos (H2, N2, O2) y mayores an en los gases poliatmicos (O3, CO2).

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REFERENCIAS:
http://www.youtube.com/watch?v=FLXA79uIu5g&feature=related

http://www.youtube.com/watch?v=E6wFe6-Yo9U
http://www.uhu.es/quimiorg/intermoleculares.html http://catedras.quimica.unlp.edu.ar/correlacion/Info_Promo/Material%20Comple mentario/Diapos/Exactas/FzasIntemol_liquidos.pdf

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