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JabRef : outil de gestion de donnes bibliographiques Utilisation, avantages et inconvnients

Stphane Toulin, Martine Chazelas & Fabien Palencia es informations que les chercheurs, post-doctorants, doctorants et tudiants ont traiter sont de plus en plus volumineuses. L'augmentation de la production scientifique, l'volution des supports (format papier / lectronique), la multiplication des bases de donnes et des outils d'valuation (web of sciences, scopus) rendent la gestion de ces ressources de plus en plus complexe. L'utilisation des outils de gestion de donnes bibliographiques peut apporter une solution ce problme.

Les outils de gestion de donnes bibliographiques permettent la communaut de grer les informations, sous forme de base de donnes ou de bibliothque virtuelle, collectes lors de leurs diffrentes recherches bibliographiques, en surfant sur Internet , dans leur propre documentation papier ; mais aussi d'utiliser ces donnes pour alimenter les documents qu'ils rdigent : articles, rapports, thse, etc. Loffre en logiciels est importante (Lardy, 2004 ; Royer-Devaux, 2008) et un choix s'impose suivant les divers critres inhrents aux acteurs de la recherche, qu'ils soient techniques, conomiques, ou autres. Dans un premier temps, nous prsenterons le laboratoire ICMCB-CNRS, o nous avons test l'utilisation du logiciel de gestion de donnes bibliographiques JabRef. Dans un deuxime temps, ce logiciel sera prsent et nous dtaillerons les principaux avantages et inconvnients. Contexte L'ICMCB (Institut de Chimie de la Matire Condense de Bordeaux), unit propre de recherche du CNRS (UPR 9048) dans le domaine des sciences des matriaux, des sciences molculaires et de la matire condense, est compos de 7 groupes de recherche et de divers services reprsentant environ 200 personnes. L'ensemble des chercheurs, postdoctorants, doctorants et tudiants utilisent dj depuis quelques annes des outils de gestion de donnes documentaires, mais des outils disparates : Reference Manager et Endnote essentiellement.

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Fin 2007, sous l'impulsion de membres de la commission informatique et instrumentation (interne l'ICMCB) et d'un groupe de recherche qui utilise des logiciels libres, le service bibliothque et le service informatique ont dcid de mettre en place une phase de test du logiciel de gestion de donnes bibliographiques JabRef. En parallle, nous avons fait la promotion de cet outil auprs des doctorants de l'institut (une quarantaine), pour qu'ils l'utilisent. Plus d'un tiers environ a rpondu favorablement. En fonction des rsultats de cette phase d'essai, nous avions pour but de proposer un outil commun de gestion de donnes documentaires pour l'ensemble des membres de l'ICMCB. L'avantage d'un tel test aurait permis aux quipes de recherche n'ayant pas ce type de matriel de s'quiper (et ceci gratuitement), de montrer aux quipes de recherche utilisant Endnote et Reference manager les avantages qu'offre JabRef, notamment l'interoprabilit avec leurs outils, et ainsi viter les frais de mises jour de leurs logiciels. JabRef est compatible avec l'ensemble des systmes d'exploitation et de traitements de texte utiliss dans l'institut : MS-Word et Lyx (Berger Sabbatel, 2008) sous Windows (90% du parc informatique de l'ICMCB utilise le systme d'exploitation Windows). Aprs quelques mois de tests, nous proposons de dresser un bilan des avantages et des inconvnients de JabRef, tout en expliquant son utilisation basique. Nous vous recommandons les didacticiels suivants pour son utilisation. http://stephlefevre.free.fr/logiciels/ JabRef.phpHYPERLINK http://stephlefevre.free.fr/logiciels/ JabRef.php http://stephlefevre.free.fr/logiciels/ JabRef.php[4] http://www.arpist.cnrs.fr/spip.php? article109 http://www.arpist.cnrs.fr/spip.php? article124

Prsentation succincte du logiciel JabRef JabRef est un logiciel de gestion de donnes (ou de rfrences) bibliographiques sous licence GPL/GNU (General Public Licence), en format BibTeX (Coulais, 2008) (format standard de la bibliographie sous LaTeX (Flipo, 2008). Tournant sous Java, il permet de crer des bases de donnes pour grer l'ensemble de vos rfrences bibliographiques : Stockage des donnes, Mise en forme et export lors de la rdaction de vos documents, Recherche en ligne vers certaines bases (Medline, Citer, IEEE...), Importation de rfrences de bases de donnes (Inspec, Current Contents, SciFinder, Web of Sciences, etc.). Pour une prsentation dtaille, mais concise, de l'ensemble des fonctionnalits, nous vous recommandons fortement de consulter la fiche rdige par Mme Martine Chazelas (2008). Les avantages majeurs Issu du monde des logiciels libres , JabRef est un logiciel gratuit et facile d'installation. Fonctionnant sous les plateformes Linux, Windows, Mac, (possibilit de mise en rseau), compatible avec plusieurs traitements de texte, il est rgulirement mis jour. Son interface est disponible en plusieurs langues dont le franais [(menu option prfrences gnral (rubrique langue)]. Les formats d'affichage sont paramtrables ainsi que les formats d'exports. L'ensemble des paramtres de JabRef sont exportables et paramtrables [menu options prfrences , (etc.)]. Il est possible de modifier ou crer son propre type de document. Pour rcuprer l'application utilisez la rubrique Downloads du site : http://jabref.sourceforge.net/

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notice bibliographique. Elle vous permettra l'insertion des notices bibliographiques, de votre choix, lors de la rdaction de vos documents. Autres fonctionnalits intressantes, l'organisation de l'ensemble de votre base de donnes ou bibliothque en groupes , vous permet d'organiser vos rfrences suivant vos centres d'intrt, comme par exemple une thmatique sur la chimie du solide . Pour cela, utilisez l'icne afficher/masquer l'interface des groupes ou le menu affichage ; afficher/masquer l'interface des groupes . Cliquez sur l'icne nouveau groupe ; donnez un nom (ex. : chimie du solide ); nous vous recommandons de laisser coche l'option groupez manuellement les entres et groupe indpendant, puis validez. Enfin, slectionnez via l'icne paramtres dans groupes la fonction masquer les entres non correspondantes et intersection . Pour lier vos rfrences votre groupe, cochez vos documents et effectuez un glisser dposer (dans votre groupe ), ou via un clic droit de souris , prendre l'option ajouter au groupe . L'importation de rfrences suite des recherches bibliographiques dans des bases de donnes (via les fichiers sauvegards) ou extraites de sites Internet (via l'exportation de la rfrence) ou autre, par exemple, vous permet l'alimentation de votre bibliothque ou base sans avoir rentrer manuellement chaque rfrence. Pour cela, slectionnez le menu fichier ; importer dans; slectionnez votre fichier en prenant le filtre correspondant (RIS, Refer/Endnote, ISI, Scifinder, SilverPlatter, Ovid, Medline, etc) et validez. Choisissez l'ensemble des rfrences que vous dsirez et terminez votre importation. Le systme signale les doublons par la lettre D , il vous propose de Gnrer les cls lors de l'importation. Vous d'interroger avez aussi la possibilit directement (via le menu

Lancez l'installation du programme. Il faut au pralable installer une machine virtuelle Java (http://www.framasoft.net/article3111.html ) sur votre ordinateur. Vous pouvez la tlcharger l'adresse suivante : http://www.java.com/fr/download/index.js p. (en gnral, cette dernire est dj prsente, cela dpend des systmes d'exploitation). Une fois l'installation termine vous pouvez lancer le logiciel. Son utilisation est relativement simple, en utilisant les icnes ou les divers menus proposs. En premier lieu vous devez crer une base de donnes ou bibliothque , pour cela utilisez le menu fichier , nouvelle base . Une base vide apparat, nommezla l'aide de la fonction sauvegarder la base (icne sauvegarder la base ou menu fichier ; sauvegarder la base ). Vous pouvez crer vos notices parmi divers types de rfrences : article, ouvrage (book), chapitre de livre (inbook), confrence (conference), article de confrence (inproceedings), thse (phdthesis), mmoire (masterthesis), contribution un ouvrage collectif (incollection), fascicule (booklet), manuel (manuel), divers (misc), autre (other), rapport technique (techreport). Utilisez l'icne + ou le menu bibtex ; nouvelle entre . Les divers onglets qui composent une rfrence sont facilement interprtables. Ils sont au nombre de 6 : champs requis ( renseigner obligatoirement); champs optionnels ; general ; abstract ; review ; source bibtek , diviss en champs . Il ne reste plus qu' les complter suivant vos informations bibliographiques. Il est noter l'importance du sous-champ bibtexkey dans les champs requis . Ce dernier permettra, lorsque l'anne et les auteurs de votre rfrence seront rentrs et une fois que vous aurez cliqu sur l'icne crer la clef bibtex , de contenir la rfrence de votre

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recherche Internet) les bases de donnes suivantes : Medline (spcialise en mdecine), CiteSeer (spcialise en science de l'information et informatique), Arn (base de prprint en physique, mathmatique, etc.), IEEEXplore (base de l'Institute of Electrical and Electronics Engineers). Une connexion Internet active est bien entendu ncessaire. Mais la principale fonction est de pouvoir insrer votre bibliographie dans les documents que vous rdigez. Deux logiciels de traitement de texte sont principalement utiliss l'ICMCB : MS-Word de Microsoft et Lyx (Berger Sabbatel, 2008). Pour l'utilisation de JabRef avec ces logiciels, vous devez au pralable installer le logiciel MiKTeK (Schenk, 2008) ( MiKTex est une version Windows du clbre traitement de texte scientifique TeX (de Donald Knuth) et de son pr-processeur LaTeX (de Leslie Lamport). En parallle, pour MS-Word tlcharger et installer le fichier Bibtex4word l'endroit suivant pour le systme XP : C :\Documents and Settings\"Nom utilisateur"\Application Data\Microsoft\Word\DMARRAGE ; pour le systme VISTA (32 bit) : C:\Program Files\Microsoft Office\Office12\STARTUP, pour le systme VISTA (64 bit): C:\Program Files (x86) \ MicrosoftOffice\Office12\STARTUP). Insertion des rfrences dans Word : Slectionnez vos rfrences partir de votre base ou bibliothque ( ctrl + clic souris ) puis clic droit souris et copier la clef bibtex . Dans votre document MS-Word, un pav d'icnes est prsent depuis que vous avez install le fichier bibtex4word :

A l'aide de la cinquime icne, partir de la gauche, liez votre document word avec votre base ou bibliothque JabRef (xxx.enl), en parcourant vos dossiers sur votre disque dur Slectionnez votre style (format dans lequel sera prsente votre bibliographie) l'aide de la quatrime icne. (Indiquez le nom du style que vous dsirez. L'ensemble des styles se trouve dans le programme MiKTeK ; rpertoire bst ). Ajoutez avec la premire icne vos clefs bibtex l'endroit o vous dsirez les insrer dans votre document. Formatez vos clefs bibtex l'aide la deuxime icne. Pour transformer vos clefs bibtex en chiffre , utilisez la troisime icne. Votre bibliographie est prte la fin de votre document.

Insertion des rfrences dans Lyx : Rcuprez et installez le logiciel (http://www.lyx.org/Download) Dans votre document Lyx via le menu insrer listes et tdm slectionnez bibliographie bibtex . Cliquez sur ajouter puis parcourir Slectionnez votre base ou bibliothque JabRef validez . Une fois le logiciel li votre base vous pouvez commencer insrer vos citations l'aide de l'icne Insrer une citation . Lors de l'insertion, la liste des rfrences de votre bibliothque apparait, vous n'avez plus qu' les choisir et les ajouter ( l'aide de l'icne ajouter ok ). Le choix du style d'exportation se fait lors de la liaison entre votre document Lyx et votre base JabRef. Lorsque vous formaterez votre document (par exemple en format PDF) votre bibliographie apparatra.

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Insertion des rfrences dans Open Office : Attention cependant, OO ne fonctionne qu'avec une seule base de donnes ayant pour nom Bibliography. Si l'on veut travailler avec un autre fichier JabRef, il faut reprendre la procdure depuis le dbut. En utilisant la fonction ajouter et la sous fonction parcourir , vous reliez votre base ou bibliothque jabref votre document, validez en cliquant sur ajouter. Vous pouvez ds lors insrer vos rfrences dans le corps de votre document. Lors du formatage de votre document, par exemple en format .pdf, votre bibliographie apparatra en fin de document. L'ensemble des points positifs est considrable et bien que certains soient comparables aux logiciels Endnote et Reference Manager, on ne peut viter de souligner certains inconvnients majeurs. Les inconvnients Nous ne listerons que les plus importants nos yeux. Installation du logiciel MiKteK obligatoire, contrairement aux concurrents, o nous n'avons besoin que de l'outil. Moteur de recherche (vous permettant d'interroger vos bases) peu intuitif. Adquation limite entre les types de document des rfrences importes (de bases de donnes) et les types de document JabRef . Obligation parfois de modifier certaines rfrences importes, mais ce problme existe aussi avec Endnote, par exemple. Connaissance en JAVA requise si vous dsirez aller plus loin avec JabRef, par exemple, rparer un filtre d'importation ne fonctionnant pas. Le nombre de formats d'importation est limit contrairement Endnote ou Reference Manager. Cration de format d'exportation personnalis lgrement complexe (mais utilisable, une fois l'opration de

Pour lier JabRef avec Open Office, il faut crer un lien entre JabRef et la base de donnes bibliographique utilise par OO. Pour cela, il suffit d'exporter la base cre sous JabRef au format .ods (Menu, Fichier Exporter, puis lors de l'enregistrement du fichier choisir : fichiers du type "tableur OpenDocument (*.ods)). Une fois cette exportation ralise, et condition de ne pas modifier les emplacements des fichiers, tout ajout ou modification dans JabRef sera dtect par OO pour ce fichier). Ensuite: Dmarrer OpenOffice.org Writer Choisir Edition Changer de bases de donnes parcourir puis slectionner votre base exporte au format .ods. Drouler le + plac devant le nom de la base importe puis dfinir la base de donnes en cliquant sur le nom du fichier qui apparat. Choisir Outils Options OpenOffice.org Base Base de donnes. diter la base de donnes Bibliography et lui donner un autre nom, tel que Bibliography-old (en effet OpenOffice.org Writer ne permet pas de choisir entre plusieurs bibliographies). Toujours dans ce menu, la base de donnes que vous avez importe doit apparaitre. La slectionner, l'diter et la renommer Bibliography, en faisant attention la graphie du mot (majuscule en dbut de nom). Votre base de donnes est prte. Pour insrer une rfrence dans le texte : Insertion Index Entre bibliographie, la liste de cls bibtex doit apparatre. Pour insrer la liste bibliographique : Insertion Index Index et donner le titre dsir et choisir Bibliographie pour le type d'index. Ensuite, il faut paramtrer la mise en forme des rfrences bibliographiques. Cette partie reste la plus complexe aujourd'hui raliser.

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cration assimile). Idem pour la cration de nouveaux formats bibliographiques pour publication. Conclusion On peut considrer, suite cette priode de test et l'opinion de nos doctorants, en majeure partie positive, que nous sommes convaincus du bien-fond de l'utilisation de JabRef pour notre Institut. La gratuit et l'ensemble des avantages majeurs de l'outil nous poussent promouvoir de manire plus active et officielle cet outil auprs de notre communaut scientifique, malgr les inconvnients majeurs pouvant jouer en sa dfaveur, mais un logiciel de ce type n'est jamais efficace 100%, qu'il soit issu du monde libre ou commercial.

Stphane Toulin & Fabien Palencia CNRS - ICMCB Universit de Bordeaux Martine Chazelas Ecole Nationale Suprieure d'Architecture de Nantes CNRS - CERMA

Bibliographie Berger Sabbatel, Gilles (2008) Lyx : diteur LaTeX [en ligne]. In : Plume : Promouvoir les Logiciels Uitles Matriss et Economiques dans l'Enseignement Suprieur et la Recherche. [ref. le 20/08/2008]. Disponible sur internet : http://www.projet-plume.org/fiche/lyx.

Chazelas, Martine(2008) JabRef : gestion de rfrences bibliographiques et intgration des citations dans un traitement de texte. [en ligne] In : Plume : Promouvoir les Logiciels Utiles Matriss et Economiques dans l'Enseignement Suprieur et la Recherche. [ref. le 20/08/2008] Disponible sur internet : http://www.projet-plume.org/fiche/jabref. Coulais, Alain (2008) BibTeX : outil de prparation des citations et de gestion de la bibliographie des articles [en ligne]. In : Plume : Promouvoir les Logiciels Uitles Matriss et Economiques dans l'Enseignement Suprieur et la Recherche. [ref. le 20/08/2008]. Disponible sur internet: http://www.projet-plume.org/fiche/bibtex. Flipo, Daniel (2008) LaTeX : systme de composition de documents [en ligne]. In : Plume : Promouvoir les Logiciels Utiles Matriss et Economiques dans l'Enseignement Suprieur et la Recherche. [ref. le 20/08/2008]. Disponible sur internet : http://www.projet-plume.org/fiche/latex. Lardy, Jean-Pierre (2004) Les logiciels personnels de gestion documentaire [en ligne]. Lyon : Urfist [ref. le 20/08/2008]. Disponible sur internet : http://urfist.univlyon1.fr/logiciels_gestion_doc.html. Lefvre, Stphane(2001) Une prsentation de JabRef [en ligne]. Site perso. [ref. le 06-112007]. Disponible sur internet : http://stephlefevre.free.fr/logiciels/JabRef. php. Malingre, Marie-Laure (2008) Les logiciels de gestion de rfrences bibliographiques [en ligne]. In : ENSSIB. Repere [ref. le 20/08/2008]. Disponible sur internet : http://repere.enssib.fr/repere2008.pdf Schenk, Christian (2008) MiKTeX Project Page. About MiKTeX [en ligne]. [ref. le 05-112007]. Disponible sur internet : http://miktex.org/