Tema 2. Organizacin atmica y molecular de la materia. Principios de termodinmica Bioqumica estructural Grado Ingeniera de la Salud.

Curso 2013-2014

Mohammed Rafii El Idrissi Benhnia, PhD Departamento de Bioqumica Mdica, Biologa Molecular e Inmunologa Facultad de Medicina & Laboratorio de Inumovirologia, Instituto de Biomedicina de Sevilla SEVILLA, ESPANA Rafiim@us.es

Bioenergtica y termodinmica: Energa, Calor y trabajo

La bioenergtica describe la forma en la que los organismos adquieren, canalizan y utilizan la energa: plantas (luz solar) y animales (combustible) propiedad fundamental de todos los organismos vivos. estudio cuantitativo de las transducciones de energa, cambio de una forma de energa en otra. Utilizan la energa qumica de los combustibles para poder sintetizar macromolculas complejas y altamente ordenadas a partir de precursores. Convierten esta energa en gradientes de concentracin y elctricos, en movimientos, calor y en algunos casos en luz (peces abisales) Los organismos fotosintticos transducen la energa luminosa en otras formas de energa.

Bioenergtica y termodinmica: Energa, Calor y trabajo

Dos leys fundamentales de la termodinmica (inter-conversin de las diferentes formas de energa): Primera ley: principio de conservacin de la energa en el universo, donde la cantidad total permanece constante. Segunda ley: el universo tiende hacia un aumento de desorden. Hay tres cantidades termodinmicas que describen los cambios de energa en una reaccin qumica: la energa libre G, entalpa H y entropa S

Bioenergtica y termodinmica: Energa, Calor y trabajo

Cundo tiene lugar una reaccin qumica?
Las reacciones que tienen lugar espontneamente suelen ser exotrmicas, esto es, con desprendimiento de calor.
El calor que se desprende o absorbe en un sistema de reaccin a presin constante recibe el nombre de Entalpa (DH): refleja el numero y la clase de enlaces qumicos entre los reactivos (R) y los productos (P). El contenido calrico de P es menor que el de R y DH tiene, por convencin, un valor: DH < 0 Sin embargo, hay reacciones endotrmicas que cursan espontneamente (adquieren calor), DH > 0; por ejemplo, la disolucin de sulfato amnico en agua.

Bioenergtica y termodinmica.
La disolucin de sulfato amnico en agua es un proceso por el cual se pasa de un sistema altamente ordenado, cual es el estado cristalino, a otro de mucho mayor desorden molecular. La funcin termodinmica que mide el desorden o la aleatoriedad de un sistema recibe el nombre de Entropa (DS). Puede observarse que muchas reacciones que cursan espontneamente lo hacen con incremento positivo de entropa: DS > 0 (P son menos complejos y mas desordenados que los reactivos) Sin embargo, hay procesos espontneos que cursan con disminucin de entropa, p.e.: la solidificacin del agua a 0C.

Bioenergtica y termodinmica.
Ni la entropa ni la entalpa valen como criterio nico para definir la espontaneidad de una reaccin. Existe otra funcin termodinmica de estado que expresa la cantidad de energa capaz de realizar trabajos durante una reaccin a T y a presin constante, y agrupa a las dos en procesos, la Energa Libre de Gibbs, que se define as: DG = DH TDS
(Temperatura absoluta, K), DG (J/mol o cal/mol), DH (J/mol)<0, DS (J/mol x K)>0, 1 cal=4,184J; 25C = 298K

La energa libre de Gibbs es un criterio vlido para verificar la espontaneidad de una reaccin. Pueden cursar espontneamente aquellos procesos en los que se desprende energa libre (DG < 0, reaccin exergnicas); no pueden hacerlo, sin embargo, aquellos procesos en los que se absorbe energa libre (DG > 0, reaccin endergnica)

Sea un sistema de reaccin:

La reaccin cursar de izquierda a derecha cuando las concentraciones de A y B sean tales que la energa libre del sistema sea negativa. La energa libre del sistema viene dada por: [B] 0 DG = DG + RT ln [A]
(Temperatura absoluta, K), DG (J/mol o cal/mol), 1 cal=4,184J; 25C = 298K; R (contante de los gases)= 8,315 J/mol x K (=1,987 cal/mol x K)

Donde DG0 es la Energa Libre Estndar de la reaccin: la energa libre del sistema con los reactivos a concentracin unidad

Hay tablas que nos dan la DG0 para toda reaccin. A partir de las mismas podemos calcular si un proceso puede tener lugar espontneamente o no en unas determinadas condiciones.

La expresin que nos da la energa libre de un proceso tiene otra importante derivacin. Para la reaccin

A
Esta expresin es:

DG = DG0 + RT ln [B] [A]

DG < 0 y se aproxima a 0 a medida que la reaccin transcurra debido a que la concentracin real de A ser mas pequea y la de B ser cada vez mayor.

En el equilibrio, DG = 0; por tanto, 0= DG0

[Beq] Pero = Keq (contante de equilibrio) [Aeq] Por tanto, DG0 = -RT ln Keq

[Beq] + RT ln [A ] eq

Ejemplo Bioqumico, clculos de energa libre:

Calcular la energa libre del proceso de descomposicin del ster Glucosa-6-fosfato a Glucosa y fosfato inorgnico en las condiciones intracelulares, que son: Temperatura: T= 37 C, equivalentes a 310 K (=273+37) R = 8,315 J/mol x K (=1,987 cal/mol x K) [Glucosa-6-fosfato], 1 mM [Glucosa], 0,01 mM [fosfato], 10 mM La Energa Libre Estndar de la reaccin es de -3250 cal/mol La reaccin es:

G6P + H2O

G + Pi

La expresin que nos da la Energa Libre es: DG = DG0 + RT ln [Glucosa] [Fosfato]

[Glucosa-6-fosfato] (No se tiene en cuenta el agua porque su concentracin se considera constante, de forma que su actividad es = a la unidad)

Sustituyendo, obtenemos:

DG = -3250 + 1,98*310* ln

10-5*10-2 10-3

= -8903,3 cal/mol

Por lo tanto, en las condiciones intracelulares el proceso puede tener lugar espontneamente.

Relacionado con el anterior, tendramos el siguiente problema: Cul sera la concentracin mnima necesaria de glucosa para que, siendo el resto de las condiciones iguales a las del ejemplo anterior, en la clula tuviera lugar la formacin de ster por reversin de la hidrlisis? Esta concentracin sera la que diera lugar a un valor de 0 para DG en el ejemplo anterior. As, llamando X a la conc. de glucosa,
-2 X*10 0 = -3250 + 1,98*310*ln 10-3

Despejando obtenemos ln (X*10) = 5,29 X = e(5,29)/10 = 19,93 M

Problemas:

Problemas:

Esquema energtico del metabolismo

Catabolismo

DG Estructuras complejas

Estructuras simples

Anabolismo
Metabolismo: suma de todas las transformaciones qumicas que se producen en una clula u organismo. Catabolismo: fase de degradativa del metabolismo (molculas orgnicas) y libera energa. Anabolismo: precursores sencillos se integran en molculas complejas, estas reacciones requieren un aporte de energa

En general, podemos decir:

Reacciones catablicas: DG < 0

Reacciones anablicas: DG > 0 Supongamos una reaccin anablica mediante la cual se forma un enlace qumico entre A y B; esquemticamente,

A+B

A-B

(DG > 0)

La reaccin no puede tener lugar espontneamente. Cmo puede entonces tener lugar en el metabolismo?

Lo que ocurre en el metabolismo es que las reacciones termodinmicamente desfavorable (endergnicas, DG > 0) se acoplan a reacciones exergnicas (DG < 0) de manera que : 1. La energa desprendida en una de las reacciones es absorbida por la otra.

2. La suma total de energas libres de una y otra reaccin da una DG <0, as la reaccin global es exergnica y el proceso en conjunto tiene lugar espontneamente.

As, la reaccin

A+B
Se acopla a

A-B

(DG1 > 0)

X-Y + H2O
Siendo

X + Y (DG2 < 0)

|DG2 | > |DG1|

Dando lugar a una reaccin global

A + B + X-Y + H2O

A-B + X + Y

(DG < 0)

El tipo de reaccin

X-Y + H2O

X + Y (DG2 < 0)

Que tiene lugar en los seres vivos para acoplarse a procesos endergnicos es, en la mayora de los casos, la hidrlisis de anhdridos de cido, y particularmente, la hidrlisis de polifosfatos :
O OO OO OO O-

R O P O P O- + H2O

R O P OH + HO P O-

El polifosfato mayoritario en las reacciones de acoplamiento energtico es el ATP, 5-Adenosina trifosfato:

NH2 N O
-

O O
-

O O
-

N O N N

O P O P O P O CH2 O
-

OH

OH

De esta manera, los procesos catablicos productores de energa generan ATP, que se emplear en todas aquellas reacciones endergnicas en las que sea requerido. En general, el ATP se produce de dos maneras: 1. Por fosforilacin a nivel de substrato (procesos anaerbicos, fermentativos) Por ejemplo: La Glicolisis 2. Por fosforilacin oxidativa (procesos aerbicos, oxidativos) Por ejemplo: Ciclo de Krebs, - b oxidacin, etc.

Los dos enlaces anhdrido del polifosfato del ATP son el ejemplo de configuraciones de alta energa de hidrlisis:
O
-

O O-

O O-

O P O P O P O R O-

Existen otras configuraciones de alta energa, por ejemplo:

COO- O C O P OCH2 O-

O C CH2 O

CH3 NH

O O-

N C NH P O-

Fosfoenolpiruvato

Fosfocreatina

Otras configuraciones de alta energa de hidrlisis

O O-

O R C S CoA
Tiosteres de Coenzima A

H2N C O P O-

Carbamilfosfato

Consideremos ahora la reaccin de degradacin aerbica de la glucosa:

C6H12O6 + 6O2

6CO2 + 6H2O

DG0 = -684 kcal/mol

Segn lo hasta ahora expuesto, esta reaccin es fuertemente exergnica, por lo que debera cursar espontneamente. Sin embargo, la glucosa en presencia de oxgeno es perfectamente estable y no entra espontneamente en combustin.

Ello es debido a que los reactivos han de superar una barrera Energtica las reacciones qumicas (estado de energa elevadas): la Energa de Activacin:

Energa
Ea

G + O2
D G0 CO2 + H2O

Coordenada de reaccin

qu determina la velocidad de una reaccin qumica?

Estados finales o iniciales Transicin o la barrera que presenta?

La energa libre del estado estndar de los P de esta reaccin < a la de los S

DGo=-RTLnKeq P
Progreso de la reaccin
El concepto de un estado activado o de transicin

AGo

AG = Energa de activacin

X S X [X] S

AG

K++eq =

[S]

DG=-RTLnKeq

AGo

Progreso de la reaccin

TEORA DEL ESTADO DE TRANSICIN. Ecuacin de Arrhenius. -DG E=hv, E=kT, v=kT/h [X ] = [S] e RT DG=-RTLnKeq
-d[S] v[X] = = [S] (kT/h) e dt
Efecto Hammond k1
-DG RT

DG = DH - DS
-DS -DH R RT

G
DDG S DDG

S
P Coordinada de la reaccin (r)

kT e e h Las curvas de energa libre de Gibbs para un S y un producto (rojo) intersectan en la coordinada de la reaccin en la posicin del estado de transicin. Un cambio en la estructura de S, desestabilizndolo, desplaza la curva de energa (azul). El punto de interseccin (ET) se acerca al sustrato. Si hay un estado intermediario durante el progreso de la reaccin ste se parecer a la conformacin del estado de transicin No se aplica a reacciones bimoleculares

Ecuacin Arrhenius
A, constante de Arrehenius (A=kBT/h) k k, constante de velocidad para la reaccin kB, constante de Boltzmann h, constante de Plank

= Ae

-DG RT

-DG

X S

AG AGenzyme

AGo

P
Progreso de la reaccin

TEORA DEL ESTADO DE TRANSICIN