GUIA DIDCTICA

Gentica Molecular
(Grado en Bioqumica)

Profesores: Dr. Roberto de la Herrn Moreno Dra. Francisca Robles Rodrguez Dr. Rafael Navajas Prez

ALUMNO/A: __________________________________________ Curso: 2 Bioqumica Grupo: ____ DNI: ________________

NDICE
1. Presentacin 2. Los profesores 3. Informacin sobre el Departamento de Gentica 4. Ficha personal del alumno y comunicacin virtual 5. Ficha tcnica de la asignatura 5.1. Datos Bsicos de la Asignatura 5.2. Objetivos 5.3. Competencias 5.4. Contenidos 5.4.1 Programa terico 5.4.2. Programa de prcticas 5.5. Cronograma 5.6 Calendario Acadmico 6. Metodologa Docente 6.1. Sesiones Tericas 6.2. Sesiones Prcticas 6.2.1 Sesiones de Problemas 6.2.2 Sesiones de Laboratorio 6.2.3 Seminarios/Pster 6.3 Trabajo Autnomo 6.4. Tutoras 7. Mtodo de Evaluacin 8. Recursos 8.1. Material Bibliogrfico 8.2. Guiones de Trabajo Autnomo 9. Un ltimo esfuerzo

1. Presentacin
Estimado/a Alumno/a Los profesores de la asignatura Gentica Molecular que cursars en tu 2 ao del Grado de Bioqumica, tenemos el gusto de darte la bienvenida al curso acadmico 2010-2011. Tienes en tus manos la Gua Didctica que servir de guin para el desarrollo de la asignatura. Segn nuestra experiencia de cursos anteriores, llevando su estudio de acuerdo con el cronograma propuesto, y manteniendo cierta regularidad en la asistencia a clase y la elaboracin de actividades, es una asignatura asequible de aprobar, incluso con buenas calificaciones. Adems, creemos que el programa de problemas, las actividades prcticas de laboratorio y la elaboracin de seminarios, sern actividades complementarias que te harn comprender mejor la materia y apreciar su aplicacin prctica y vigencia en la sociedad actual. Esta asignatura, como bien seala su Programa, persigue a lo largo de 8 temas una serie de objetivos de entre los que podemos destacar: Comprender la complejidad de los genomas. Conocer la organizacin de las diferentes secuencias existentes en los genomas. Entender los principales mecanismos de la regulacin gnica. Analizar la evolucin mediante el estudio de los genomas A partir de ahora, quedamos a tu entera disposicin para la resolucin de dudas que se puedan plantear en el discurrir de la asignatura. Los medios de comunicacin, aparte de las clases, sern las tutoras individuales, las tutoras grupales para la orientacin en la elaboracin de seminarios y la plataforma Moodle y/o correo electrnico. Esperamos que disfrutes de la asignatura. Saludos cordiales,

Los Profesores

Nota: la presente gua ha sido elaborada como actividad complementaria al curso de Planificacin de la Docencia Universitaria por Competencias y elaboracin de Guas Didcticas organizado por el Secretariado de Formacin y Apoyo a la Calidad e impartido por el Dr. Salvador Camacho Prez.

2. Los profesores:
Roberto de le Herrn Moreno:
Soy profesor titular de la Universidad de Granada. La licenciatura en Biologa la llev a cabo en la Universidad de Salamanca. Mi doctorado lo realic en la Universidad de Granada con una beca de la Junta de Andaluca y, entre otras cosas, me sirvi para introducirme en el mundo de la Acuicultura. De hecho, mi tesis trat sobre filogenia, taxonoma y deteccin de enfermedades en especies de inters en acuicultura. Mi etapa postdoctoral, con una beca del MEC, la llev a cabo en el Institute of Marine Biology and Genetics (IMBG), que el gobierno griego tiene en Heraklion (Creta), bajo la direccin del Dr. E. Zoruos trabajando en el desarrollo de marcadores moleculares en diferentes especies de espridos. Adicionalmente, he realizado varias estancias en diferentes centros de investigacin como los IFAPAs (Instituto de Investigacin y Formacin Agraria y Pesquera de Andaluca) de Cdiz y Huelva o el Departamento de Gentica de la Facultad de Veterinaria de la Universidad de Santiago de Compostela, trabajando principalmente en la manipulacin cromosmica de peces y moluscos y en el desarrollo y utilizacin de marcadores moleculares para aspectos aplicados en la mejora del cultivo de organismos acuticos. Estas investigaciones se enmarcan en numerosos proyectos de investigacin en los cuales he participado como miembro del grupo de investigacin BIO200, y que estn centrados, fundamentalmente, en dos lneas como son la Mejora Gentica en especies de inters acucola y el anlisis del determinismo sexual y de los cromosomas sexuales en especies vegetales. Los resultados de mi actividad cientfica han conllevado a la publicacin de numerosos artculos en revistas internacionales as como en la participacin en congresos, seminarios y conferencias organizados por distintas organizaciones y/o universidades. En relacin a mi actividad docente, imparto docencia en las asignaturas de Fundamentos de Biologa Aplicada I y Gentica (licenciatura de Biologa), Gentica Molecular e Ingeniera Gentica (licenciatura de Bioqumica) y en diferentes cursos de postgrado. Adems, he participo en varios Proyectos de Innovacin Docente, en Programas Formativos para el Profesorado y Mejora de la Docencia y en el Plan de Accin Tutorial de Biologa (PAT), todos ellos de la Universidad de Granada. Para ms informacin podis mirar la pgina web http://genmol.ugr.es/datos_inicio/ Ubicacin y horas de tutora: Las tutoras presenciales se realizarn en el despacho del laboratorio nmero 12 del Departamento de Gentica, 3 planta del Edificio de Biologa de la Facultad de Ciencias. Inicialmente, se establecen los lunes, mircoles y jueves de 12 a 14 h. De todas formas, como es fcil que tengis

clases/prcticas/problemas/seminarios a esas horas, podis venir a cualquier otra hora y, si puedo, os atender. De todas formas, os animo a utilizar las tutoras electrnicas a travs de la plataforma moodle.

Dra. Franscisca Robles Rodrguez:

Soy Licenciada en Ciencias Biolgicas por la Universidad de Granada (1993/1998), Doctora en Ciencias Biolgicas (Sobresaliente Cum Laude por Unanimidad, 2003) y Premio Extraordinario de Doctorado (2002/2003). Mis primeros trabajos de investigacin los llev a cabo en vegetales. Con diferentes especies del genero Muscarii realic la Memoria de Licenciatura (sobresaliente-honor, 1999) y con la leguminosa Vicia faba trabaj en el centro CIFA Alameda del Obispo de Crdoba. Durante la realizacin de mi tesis doctoral trabaj en el mbito acucola. Analic las relaciones filogenticas entre diferentes especies de esturin y la identificacin de especmenes antiguos conservados en museos, mediante el uso de marcadores moleculares. En mi etapa postdoctoral en Granada he llevado a cabo trabajos de investigacin en diferentes especies de peces planos (dentro del Proyecto Pleurogene Genoma Espaa), lo que me ha permitido realizar estancias en los grupos de investigacin del Dr. Manchado (Laboratorio de Identificacin de Especies Pesqueras y Acucolas del CIFPA El Toruo, Cdiz) y del Dr. Martnez Portela (Departamento de Gentica de la Universidad de Santiago de Compostela). Posteriormente, con una beca MEC/Fulbright continu trabajando con esturiones en Alemania (Leibniz-Institute for Zoo and Wildlife Research) con el Dr. A. Ludwig (Department of Evolutionary Genetics). Regres a Granada con un contrato asociado a un Proyecto de Excelencia de la Junta de Andaluca, que disfruto en la actualidad. Los resultados de mi actividad cientfica hasta la fecha se han visto reflejados en publicaciones en revistas de reconocido prestigio internacional, as como en diferentes congresos de mbito nacional e internacional En relacin a mi actividad docente, imparto clases en las asignaturas de Fundamentos de Biologa Aplicada y Gentica (Licenciatura de Biologa); Gentica Molecular e Ingeniera Gentica (Licenciatura de Bioqumica); en Cursos de Doctorado y Mster Oficiales tanto de la Universidad de Granada como de la Universidad de Cdiz. Participo en un Programa Formativo para el Profesorado Principiante y Mejora de la Docencia y en el Plan de Accin Tutorial de Biologa (PAT), ambos de la Universidad de Granada. Ubicacin y horas de tutora: Los martes, mircoles y jueves de 13 a 14h tengo mis tutoras en el Despacho 17 del Departamento de Gentica. Si este horario no te viene bien, puedes buscarme en el laboratorio 12 y te atender encantada.

Dr. Rafael Navajas Prez:

Soy licenciado en Biologa por la Universidad de Granada (2001). Doctor europeo (Sobresaliente cum laude por unanimidad y Premio Extraordinario de Doctorado en Ciencias Experimentales, 2005) becado por el programa de formacin de profesorado universitario (FPU) del Ministerio de Educacin y Ciencia en el Departamento de Gentica de la Universidad de Granada. Durante la realizacin de mi tesis doctoral investigu sobre el origen y la evolucin de los sistemas de determinacin sexual y de los cromosomas sexuales en el genero Rumex, un modelo de estudio en este campo. Hasta este periodo disfrut de varias estancias en los grupos de investigacin de la Dra. Ernestina Valadez (Universidad Autnoma Chapingo, Mxico), el Dr. Juan Luis Santos (Universidad Complutense de Madrid), el Dr. Rafael Lozano (Universidad de Almera) y de la Dra. Trude Schwarzacher (University of Leicester, UK). En mi etapa postdoctoral, disfrut de una ayuda puente en el mismo centro donde realic mi tesis, y posteriormente de un contrato MEC/Fulbright en el Center for Applied Genetics Technologies de la University of Georgia (EEUU) donde, a las rdenes del Dr. Andrew H. Paterson, continu trabajando en la determinacin sexual vegetal -entre otros aspectos-, esta vez en el modelo vegetal Carica papaya, la papaya. Esto ltimo me vali para participar en la secuenciacin del genoma de dicha especie -primer organismo transgnico en ser secuenciado y quinto genoma vegetal completado hasta aquella fecha- publicado en la portada de la prestigiosa revista Nature. Posteriormente regres a mi centro de procedencia (Departamento de Gentica, Universidad de Granada) gracias a dos contratos consecutivos, uno asociado a mi grupo de investigacin, y finalmente con un Contrato de Reincorporacion de Doctores financiado por la Universidad de Granada y que disfruto en la actualidad. Los resultados de mi actividad cientfica hasta la fecha se han visto reflejados en publicaciones en revistas de reconocido prestigio internacional: Nature, Bioinformatics, Molecular Biology and Evolution, Journal of Molecular Evolution, etc... He participado en seminarios y conferencias organizados por distintas organizaciones y/o universidades. He sido galardonado con el I Premio Andaluz del Futuro en el rea de Ciencia (grupo Joly y Caja Madrid). Mis actuales lneas de investigacin se centran en el anlisis del determinismo sexual y de los cromosomas sexuales en especies vegetales (Rumex, papaya, pistacho) siendo investigador principal de un proyecto del plan nacional para la mejora del cultivo del pistacho- y animales (especialmente peces planos) -adscrito a un proyecto Ingenio Consolider de genmica de peces planos. En relacin a mi actividad docente, imparto docencia en las asignaturas de Fundamentos de Biologa Aplicada I y Gentica (licenciatura de Biologa) y Evolucin Molecular y Gentica Molecular e Ingeniera Gentica (licenciatura de Bioqumica). Adems, participo en varios Programas Formativos para el Profesorado Principiante y Mejora de la Docencia y en el Plan de Accin Tutorial de Biologa (PAT), ambos de la Universidad de Granada.

Ubicacin y horas de tutora: Me podrs encontrar en el Despacho 17 del Departamento de Gentica, sito en la 3 planta del Edificio de Biologa de la Facultad de Ciencias. Los martes de 10 a 12 h. y los jueves de 12 a 13 h. tengo mis tutoras, de todas formas, si este horario no es compatible con el tuyo, estar encantado de atenderte en otro momento, siempre que me sea posible. Puedes encontrar ms informacin http://www.ugr.es/~rnavajas/ en mi pgina personal:

3. Informacin sobre el Departamento de Gentica

El Departamento de Gentica es el rgano bsico de la Universidad de Granada encargado de coordinar y desarrollar las enseanzas adscritas al rea de conocimiento de Gentica, promover la investigacin e impulsar las actividades e iniciativas del profesorado de conformidad con la programacin docente e investigadora de la Universidad de Granada. Se encuentra localizado en la Facultad de Ciencias de la Universidad de Granada, en la 3 planta del edificio de Ciencias Biolgicas, Campus Fuentenueva s/n, Granada. El Departamento est actualmente integrado por 16 profesores, 11 estudiantes graduados y 3 P.A.S, estando formado el actual equipo de direccin por la Profesora Esther Viseras Alarcn (Directora del Departamento) y por el Profesor Rafael Jimnez Medina (Secretario del Departamento). El Departamento est comprometido con la innovacin docente y con la investigacin, como atestiguan su participacin de sus componentes en mltiples proyectos de investigacin y de innovacin y mejora docente. Para una informacin actualizada y ms http://www.ugr.es/~dpto_gen/index.html detallada, por favor visita

4.

Ficha

personal

del

alumno

comunicacin

personal/virtual
Al comienzo del curso, el alumno deber crearse una cuenta en la plataforma virtual Moodle que utilizamos en el Departamento de Gentica. Para ello, deber acceder al sitio web (http://mendel.ugr.es/genetica/login/index.php) y solicitar la creacin de una cuenta para la asignatura Gentica Molecular. Dicho proceso es inmediato. Para la activacin ser necesaria una cuenta de correo, donde recibirs mensajes importantes relacionados con la asignatura, por lo que se recomienda que aportes una cuenta que uses frecuentemente. La Universidad de Granada oferta un correo electrnico gratuito para todos sus estudiantes. Una vez creada la cuenta, el alumno deber cumplimentar de la forma ms detallada posible su ficha personal. Es muy recomendable subir una foto reciente. A parte de las clases presenciales y tutoras, Moodle ser la forma de contacto ms habitual entre el alumno y profesor. Este sistema permitir al profesor colgar por temas el material didctico que crea oportuno. As, all encontraris las presentaciones de cada tema, las guas didcticas, corolarios y otros enlaces de inters. Tambin, colgaremos la propuesta de actividades en Moodle, que ser el sistema nico y exclusivo de envo de las respuestas por vuestra parte. As mismo, se abrirn foros de debate para cada tema en los que podis expresar vuestras dudas, opiniones y sugerencias.

5. Ficha Tcnica de la Asignatura

5.1. Datos Bsicos de la Asignatura

NOMBRE: Gentica Molecular Curso: 2 Semestre: 2 Crditos: 4 Tipo de Asignatura: Obligatoria Departamento responsable: Gentica Grado en el que se imparte: Grado en Bioqumica Horario: Maana/Tarde segn grupo. Aula: Segn grupo. Requisitos: Es recomendable un nivel intermedio de ingls que permita manejar bibliografa en este idioma y cierto nivel en el manejo de equipos informticos para afrontar el desarrollo de prcticas de computacin y la bsqueda de recursos web con las mximas garantas. 5.2. Objetivos - Conocer la estructura molecular de genes y de genomas. - Entender las bases moleculares de la variabilidad gentica. - Conocer los mecanismos de expresin gnica y su regulacin. - Adquirir conceptos bsicos y procedimientos propios de la Gentica Molecular. - Desarrollar destrezas prcticas en la metodologa propia de la disciplina. -Adquirir la capacidad de diseo de experimentos genticos as como de anlisis, interpretacin, valoracin, discusin y comunicacin de los datos procedentes de los mismos. - Saber manejar correctamente el instrumental habitual en un laboratorio de Gentica Molecular. - Saber manejar programas informticos de anlisis de secuencias de cidos nucleicos y protenas. - Saber manejar fuentes de informacin cientfica (bases de datos bibliogrficas en ciencia), capacidad de anlisis crtico de la informacin, de sntesis y para comunicar sta. - Adquirir la capacidad para aplicar los conocimientos adquiridos al desarrollo futuro de actividades profesionales en el mbito de la Gentica Molecular. - Conocer los aspectos sociales de esta ciencia y valorar el alcance social de algunos aspectos de la investigacin en Gentica Molecular. - Adquirir un espritu crtico en la lnea del mtodo cientfico. - Adquirir habilidades de comunicacin y discusin pblica.

5.3. Competencias

- Comprender la complejidad de la organizacin de los genes y del genoma eucaritico - Utilizar las nuevas tecnologas para obtener informacin actualizada sobre Gentica Molecular. - Elaborar informes sobre Gentica molecular en profundidad - Conocer y entender las diferencias entre clulas procariotas y eucariotas, as como la estructura y funcin de los distintos tipos celulares (en organismos multicelulares) y de sus orgnulos subcelulares. - Comprender la estructura, organizacin, expresin, regulacin y evolucin de los genes en los organismos vivos, as como las bases moleculares de la variacin gentica y epigentica entre individuos. Identificar organismos. - Tener una visin integrada del funcionamiento celular (incluyendo el metabolismo y la expresin gnica), abarcando su regulacin y la relacin entre los diferentes compartimentos celulares. - Poseer las habilidades cuantitativas para el trabajo en el laboratorio bioqumico, incluyendo la capacidad de preparar reactivos para experimentos de manera exacta y reproducible. - Trabajar de forma adecuada en un laboratorio bioqumico con material biolgico y qumico, incluyendo seguridad, manipulacin, eliminacin de residuos biolgicos y qumicos, y registro anotado de actividades. - Aplicar protocolos experimentales de laboratorio dentro del rea de la Bioqumica y Biologa Molecular. Poseer las habilidades matemticas, estadsticas e informticas para obtener, analizar e interpretar datos, y para entender modelos sencillos de los sistemas y procesos biolgicos a nivel celular y molecular. - Buscar, obtener e interpretar la informacin de las principales bases de datos biolgicos (genmicos, transcriptmicos, protemicos, metabolmicos y similares derivados de otros anlisis masivos) y de datos bibliogrficos, y usar las herramientas bioinformticas bsicas. - Plantear y resolver cuestiones y problemas en el mbito de la Bioqumica y Biologa Molecular a travs de hiptesis cientficas que puedan examinarse empricamente. - Transmitir informacin dentro del rea de la Bioqumica y Biologa Molecular, incluyendo la elaboracin, redaccin y presentacin oral de un informe cientfico. - Desarrollo de proyectos, incluyendo la capacidad de realizar un estudio en el rea de la Bioqumica y Biologa Molecular, de interpretar crticamente los resultados obtenidos y de evaluar las conclusiones alcanzadas

5.4. Contenidos Los contenidos de Gentica Molecular pueden dividirse en contenidos tericos y prcticos. Se detallan a continuacin: 5.4.1. Programa Terico El programa terico se divide en ocho unidades temticas. Tema 1. Introduccin. La Gentica como una ciencia molecular Tema 2. El material gentico. El ADN y el ARN como material gentico de virus, viroides y virusoides. Las protenas como material gentico: los priones. Tema 3. Estructura del ADN. Alternativas al modelo de Watson y Crick y su existencia en la naturaleza. Tema 4. La replicacin y la segregacin del ADN. Replicacin de los telmeros. Composicin y funcionamiento de los centrmeros. Tema 5. Del genotipo al fenotipo. La edicin del ARN: tipos y mecanismos. Tema 6. El cdigo gentico. Excepciones al cdigo. Tema 7. La mutacin a nivel molecular. Las trinucletidos. La transposicin gentica: tipos y efectos. amplificaciones de

Tema 8. Anlisis de los genomas. Genomas de virus, bacterias, arqueas y eucariotas.

5.4.2. Programa Prctico

El programa prctico incluye dos tipos de tareas que sern integradas en relacin a cada una de las unidades temticas tal como se desarrolla a continuacin: 1. Practicas de laboratorio y simulacin (computacin). (Ver Anexo 1). 2. Sesiones de seminarios y talleres relacionados con temas actuales de Gentica Molecular (Ver Anexo 2).

Unidad temtica 1: Introduccin. La Gentica como una ciencia molecular. - Presentacin y seleccin de los seminarios propuestos

Unidad temtica 2: El material gentico. El ADN y el ARN como material gentico de virus, viroides y virusoides. Las protenas como material gentico: los priones. - Bsqueda en bases de datos de ADN y ARN de los principales virus causantes de enfermedades en humanos Unidad temtica 3: Estructura del ADN. Alternativas al modelo de Watson y Crick y su existencia en la naturaleza. - Discusin en clase de la lectura recomendada del libro: La doble hlice de James D. Watson. Editorial Alianza (1 edicin, 2000). - Prctica de laboratorio: Anlisis molecular del ADN satlite centromrico (parte I) Digestin de ADN genmico total con enzimas de restriccin. Informacin en: http://www.ugr.es/~rherran/genmol/SATELLITE.htm

Unidad temtica 4: La replicacin y la segregacin del ADN. Replicacin de los telmeros. Composicin y funcionamiento de los centrmeros. - Seminarios de artculos recientes sobre enfermedades relacionadas con centrmeros y telmeros - Prctica de laboratorio: Anlisis molecular del ADN satlite centromrico (parte II). Electroforesis en gel de agarosa, transferencia a membrana de nylon e hibridacin tipo Southern blot. Anlisis de los resultados. Informacin en: http://www.ugr.es/~rherran/genmol/SATELLITE.htm Unidad temtica 5: Del genotipo al fenotipo. La edicin del ARN: tipos y mecanismos. - Revisin bibliogrfica de genes con regulacin mediante edicin del ARN. Unidad temtica 6: El cdigo gentico. Excepciones al cdigo. - Revisin empleadas histrica del descubrimiento del cdigo gentico. Tcnicas

Unidad temtica 7: La mutacin a nivel molecular. las amplificaciones de trinucletidos. La transposicin gentica: tipos y efectos. - Anlisis filogentico de secuencias Alu

Unidad temtica 8: Anlisis de los genomas. Genomas de virus, bacterias, arqueas y eucariotas - Seminarios de artculos recientes sobre Virus con genomas fragmentados - Seminarios de artculos recientes sobre Genomas de Bacterias simbiontes y parsitas - Seminarios vertebrados de artculos recientes sobre Genomas mnimos de

5.5. Cronograma
PROGRAMA DE ACTIVIDADES
Actividades presenciales (NOTA: Modificar segn la metodologa docente propuesta para la asignatura) Actividades no presenciales (NOTA: Modificar segn la metodologa docente propuesta para la asignatura) Estudio y trabajo individual del alumno (horas)

Semana

Temas del temario

Sesiones tericas (horas)

Sesiones prcticas (horas)

Exposiciones y seminarios (horas)

Exmenes (horas)

Etc.

Tutoras individual es (horas)

Tutoras colectivas (horas)

Trabajo en grupo (horas)

Etc.

1 2 3 4 5 6 7
Total horas

1-2 3 4 5 6 7 8

2 2 2 2 2 2 2 14

1 2 2 1 1 2 2 11 2 8 12 1 1

5.6. Calendario Acadmico

6. Metodologa Docente
La prctica docente seguir una metodologa mixta, que combinar teora y prctica, para lograr un aprendizaje basado en la adquisicin de competencias y que sea cooperativo y colaborativo. Las actividades formativas comprendern: 6.1. Sesiones Tericas. En estas sesiones se expondrn claramente los objetivos principales del tema y desarrollarn en detalle los contenidos necesarios para una correcta comprensin de los conocimientos. Se realizarn dos tipos de clases tericas: A) Leccin magistral para cada Unidad Temtica en la que se presentan los contenidos del tema, se suscitan cuestiones para debate y se proponen diferentes actividades de aprendizaje, y B) Sesiones de discusin en las que se establecen debates para profundizar en la compresin de los contenidos del tema y se discuten los ejercicios y trabajos propuestos como actividad individual. 6.2. Sesiones Prcticas. Las sesiones prcticas pueden dividirse en presenciales, que incluyen sesiones de laboratorio (tanto laboratorio de Gentica Molecular como laboratorio virtual de computacin), y no presenciales (trabajo fuera de clase) que incluyen los seminarios. 6.2.1 Sesiones de Laboratorio Las sesiones de laboratorio persiguen el ejercicio y uso de instrumental cientfico especializado, as como la resolucin de casos prcticos que pueden presentarse en un laboratorio de Gentica. 6.2.2 Seminarios Seminarios: Los alumnos debern realizar un seminario sobre algn aspecto del programa u otros temas relacionados con la Gentica Molecular, en el que debern realizar todas las tareas inherentes a una investigacin: bsqueda bibliogrfica, consecucin de los artculos de investigacin o libros, lectura comprensiva y anlisis de los textos recopilados, sntesis de toda la informacin, escritura del trabajo. Finalmente el seminario tendr una exposicin oral del mismo. Este tipo de actividad ana una serie de tareas fundamentales en la formacin universitaria (bsqueda de informacin, anlisis, sntesis, expresin escrita y expresin oral) que son de todo punto imprescindibles en la universidad actual. Todas las actividades sern dirigidas por el profesor.

6.3. Trabajo Autnomo Una parte muy importante de la asignatura es la elaboracin por parte del alumno de los Guiones de Trabajo Autnomo que se facilitan en el captulo 8.2 de esta Gua Didctica. Se pretende que a travs del uso combinado de estos Guiones, las clases prcticas y tericas y el estudio individual, se llegue a un nivel de conocimiento adecuado de la materia. Las actividades propuestas en dichos Guiones sern presentadas en forma y tiempo establecidos durante el curso. El profesor remitir los pertinentes comentarios y correcciones a los alumnos. Estos Guiones sern evaluados como trabajos de clase. Asimismo, el trabajo autnomo no presencial del estudiante incluye; la preparacin de las sesiones de discusin, la elaboracin de un cuaderno de notas o informe de prcticas de laboratorio y la bsqueda bibliogrfica y preparacin de casos prcticos. 6.4. Tutoras Las tutoras estarn divididas en dos grandes bloques: Tutoras Individualizadas - Al principio del curso, el profesor citar personalmente a cada uno de sus alumnos para tener una entrevista individualizada, en la que sondear el estado inicial del mismo, en cuanto a su nivel de conocimientos, inquietudes, situacin personal/inters por la asignatura/carrera, etc, que puedan ayudar al mejor desarrollo del programa de la misma. - El resto del ao, el profesor atender personalmente a los alumnos para orientarlos y resolver las dudas que estos le planteen, haciendo hincapi en su aprendizaje, generando en todo momento confianza y entusiasmo. - Adems el profesor les atender, de manera permanente, a travs de los Foros establecidos en la plataforma Moodle para realizar tutora virtual. Tutoras Grupales Una de las actividades que se les pide a los alumnos de la asignatura es la elaboracin de un seminario por grupos de un tema de investigacin interesante relacionado con la Gentica Molecular. Consideramos que sta es una actividad importante, no slo para trabajar el mbito acadmico/cientfico, sino adems para llevar a cabo ejercicios de tutorizacin grupal en los que trabajar otros aspectos. Para ello se planificarn las siguientes reuniones en grupos reducidos: Reunin inicial en la que se plantea el tema del seminario y se presentan a los alumnos las distintas herramientas para la bsqueda de bibliografa y se hace una serie de recomendaciones para la elaboracin de un

informe cientfico y los aspectos formales y conceptuales que debe tener la exposicin. Reunin en la que los alumnos portarn las referencias bibliogrficas que han encontrado sobre el tema. Se discutir la adecuacin de las mismas al tema de estudio. El profesor completar con bibliografa alternativa y aportar las recomendaciones oportunas. Reunin en la que se decidan finalmente los puntos concretos a tratar durante la exposicin del seminario. Exposicin del seminario. Los alumnos harn una exposicin ante sus compaeros, de aproximadamente 15-20 minutos, en la que comentarn los aspectos ms relevantes del tema de investigacin elegido. El profesor y sus compaeros podrn intervenir para comentar o resaltar los aspectos ms importantes, as como para realizar cuestiones que ayuden a la mejor comprensin del tema.

*Nota: de las diferentes acciones formativas citadas, las actividades presenciales (clases tericas y prcticas, tutoras, seminarios, evaluacin) no podrn superar el 40% de la dedicacin del alumno, recomendndose, en todo caso, que esta cifra no supere el 33% de su dedicacin.

7. Tcnicas de Evaluacin
La evaluacin que seguimos en esta asignatura es una Evaluacin continua a travs de la participacin en las sesiones de discusin en clase y seminarios. De esta forma, se valorar Trabajo personal elaborado y presentado por el alumno, el en prcticas y el examen final. CRITERIOS DE CALIFICACION: Asistencia y participacin 5% de la nota final Preparacin y exposicin de seminario Seminario: el alumno elegir el seminario de un listado de temas que propone el profesor y deber cumplir los plazos para cada una de las fases El nmero mximo de alumnos por seminario es de 2. 15% de la nota final Realizacin de Prcticas Prcticas: se valorar el trabajo realizado y se evaluar mediante examen y/o presentacin de un supuesto prctico. 20% de la nota final Examen final de teora Examen: a los alumnos se les pide que adquieran unos conocimientos bsicos, que nosotros consideramos fundamentales para el dominio de la materia. Los conceptos se podrn preguntar de cualquier forma: -preguntas para desarrollar -tipo test -casos aplicados 60% de la nota final En la CONVOCATORIA EXTRAORDINARIA DE SEPTIEMBRE, para aprobar ser necesario obtener 5 puntos sobre 10. Para la nota final, se tendr tambin en cuenta los trabajos realizados durante el curso acadmico.

ENCUESTAS Al final de curso se pasar una encuesta annima a los alumnos con cuestiones relacionadas con el desarrollo de la asignatura, el profesor, la metodologa, etc,

8. Recursos 8.1. Material Bibliogrfico

Brown, T. A. 1998. Genetics. A molecular approach. 3 ed. Chapman & Hall. Brown, T.A. 2006. Genomes 2. Garland Science. Len Serrano, J. y Garca Lobo, J.M. 1990. Manual de Gentica Molecular. Ed. Sntesis. Lewin, B. 2008. Genes IX. McGraw Hill. Miller, J.H. 1996. Discovering Molecular Genetics. Cold Spring Harbor Lab. Press. Ridley, M. 2000. Genoma: la autobiografa de una especie en 23 captulos. Taurus. Singer, M. y Berg, P. 1993. Genes y Genomas. Omega. Watson, J.D. et al. 2004. Molecular Biology of the Gene. 5 ed. Pearson Benjamin-Cummings.

ENLACES RECOMENDADOS: Biblioteca de la Universidad de Granada: http://www.ugr.es/~biblio/ (acceso a Revistas electrnicas y Bases de datos diferentes entre ellas: Medline y Current Contents-). Sociedad Espaola de Gentica (SEG): http://www.segenetica.es/ Herencia mendeliana en el hombre (OMIM): http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=omim GeneCards: http://www.genecards.org/ National Center for Biotechnology Information (NCBI): http://www.ncbi.nlm.nih.gov Bases de datos del NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/index.html PubMed: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed Medline: http://medlineplus.nlm.nih.gov/medlineplus/ Centro Nacional de Biotecnologa (CNB): http://www.cnb.uam.es Instituto Europeo de Bioinformtica (EBI): http://www.ebi.ac.uk The Institute for Genome Research: http://www.jcvi.org/ Science On-Line: http://www.sciencemag.org Nature On-Line: http://www.nature.com

8.2. Guiones de Trabajo Autnomo

Tema 1. Introduccin. La Gentica como una ciencia molecular Contenidos 1. 2. 3. 4. Genes. Genomas. Variacin. Evolucin molecular

Objetivos - Comprender y entender la gentica como una ciencia molecular. Dnde obtener la informacin Lewin, B. 2008. Genes IX. McGraw Hill. Miller, J.H. 1996. Discovering Molecular Genetics. Cold Spring Harbor Lab. Press. Watson, J.D. et al. 2004. Molecular Biology of the Gene. 5 ed. Pearson Benjamin-Cummings. Ten claros estos Conceptos Gen. Genoma. Transcriptoma. ADN. ARN. Tcnicas moleculares. Anlisis evolutivos. Replicacin. Recombinacin. Transcripcin. Traduccin.

Tema 2. El material gentico. El ADN y el ARN como material gentico de virus, viroides y virusoides. Las protenas como material gentico: los priones. Contenidos 1. 2. 3. 4. El material gentico de los virus El material gentico de los viroides El material gentico de los virusoides Los priones

Objetivos - Conocer la gran variacin existente de la molcula portadora de la informacin gentica en estos agentes infecciosos.

Dnde obtener la informacin Ridley, M. 2000. Genoma: la autobiografa de una especie en 23 captulos. Taurus. Singer, M. y Berg, P. 1993. Genes y Genomas. Omega. Ten claros estos Conceptos Virus. Viroides. Virusoides. Estructura secundaria. Cpsida. Crculo rodante. Cadena ms. Cadena menos. Retrotranscripcin. Prin. Encefalopatas espongiformes. Resuelve las siguientes Actividades 1. Como becario de un laboratorio de gentica molecular te encargan que estudies el gen PRNP. Con qu proceso se ha relacionado este gen?,cmo es su forma de actuacin? Especifica la bibliografa que has utilizado, incluyendo las bases de datos. 2. Lee este artculo The bacteriophage O29 portal motor can package DNA against a large internal force. Smith et al., 2001. Nature. Con qu elementos relacionas a los retrovirus?qu importancia evolutiva le encuentras?

Comprueba que una vez finalizado este guin de trabajo autnomo, eres capaz de superar los MNIMOS DEL TEMA:

Ahora conozco los ltimos descubrimientos, ampliaciones y excepciones sobre la naturaleza del material hereditario en virus y partculas subvirales

Tema 3. Estructura del ADN. Alternativas al modelo de Watson y Crick y su existencia en la naturaleza Contenidos

1. Modelo de la doble hlice 2. Alternativas al modelo de Watson y Crick

Objetivos - Conocer la existencia de molculas de ADN con estructura secundaria diferente al modelo de Watson y Crack - Saber las implicaciones biolgicas de estos modelos alternativos Dnde obtener la informacin Brown, T. A. 1998. Genetics. A molecular approach. 3 ed. Chapman & Hall. Lewin, B. 2008. Genes IX. McGraw Hill.

Ten claros estos Conceptos Doble hlice. ADN-A. ADN-B. ADN-C. ADN-Z. ADN cuadruplexo. Triple hlice. Secuencia palindrmica. Resuelve las siguientes Actividades

1. Cules son los componentes de ADN? Cmo es su estructura? El modelo de Watson y Crick. 2. Qu implicaciones biolgicas tiene esta estructura? 3. Todos los ADN tienen la misma predominante en los organismos? 4. Qu significa esta figura? estructura? Qu tipo es el

5. Relaciona las propiedades fisico-qumicas del ADN con difrentes tcnicas empleadas en un laboratorio de Gentica Molecular Aydate de esta pgina http://www.ucm.es/info/genetica/grupod/Estruadn/estruadn.htm#Alternativas

Comprueba que una vez finalizado este guin de trabajo autnomo, eres capaz de superar los MNIMOS DEL TEMA:

Ahora conozco la organizacin del material hereditario y la existencia de modelos alternativos al de Watson,Crick

Tema 4. La replicacin y la segregacin del ADN. Replicacin de los telmeros. Composicin y funcionamiento de los centrmeros Contenidos 1. 2. 3. 4. 5. Concepto de replicacin y segregacin. Replicacin de los telmeros. Composicin de los centrmeros. Funcionamiento de los centrmeros. Evolucin de las secuencias repetidas

Objetivos -Conocer la organizacin y las secuencias de regiones importantes del cromosoma: telmeros y centrmeros. -Comprender las consecuencias de la replicacin en los extermos de los cromosomas y sus implicaciones. -Saber el tipo de evolucin de las secuencias repetidas

Dnde obtener la informacin Singer, M. y Berg, P. 1993. Genes y Genomas. Omega. Watson, J.D. et al. 2004. Molecular Biology of the Gene. 5 ed. Pearson Benjamin-Cummings.

Ten claros estos Conceptos Telmeros. Centrmeros. Secuencias repetidas. ADN satlite. ADN telomrico. Telomerasa. Cncer.Envejecimiento celular. Evolucin concertada. Filogenias

Resuelve la siguiente Actividad 1. En esta actividad vamos a analizar un caso prctico real. Para ello vamos a utilizar un satlite centromrico presente en varias especies de espridos (el satlite EcoRI) con el objeto de intentar establecer las relaciones filogenticas entre las mismas. Sigue cuidadosamente los siguientes pasos: En primer lugar descargamos las secuencias (en formato FASTA) correspondientes a nueve especies de espridos y las guardamos en nuestro ordenador. En este fichero tenemos para cada especie (Diplodus sargus -sargo, Diplodus annularis raspalln, Diplodus bellottii mojarra, Lithognathus mormyrus -herrera, Spondyliosoma cantharus -chopa, Pagellus erythrinus-breca, Pagellus bogaraveo besugo, Pagrus pagrus pargo, Pagrus auriga -urta) una secuencia consenso (representativa) construida teniendo en cuenta la secuencia de distintos monmeros pertenecientes a la misma especie. A continuacin, utilizando el programa online ClustalW vamos a realizar un alineamiento de las mismas. Para ello pegamos nuestras secuencias en formato FASTA en el cuadro y corremos el programa. Seleccionamos el alineamiento y lo guardamos. Aunque la portabilidad suele ser buena, cada programa utiliza preferentemente un formato especial de secuencias y alineamientos. As que, para ser capaces de seguir trabajando con nuestro alineamiento, debemos modificar su formato. Utilizando el programa Seqret, lo transformamos al formato Mega. Una vez hecho esto, descargamos en nuestra mquina el software gratuito MEGA4 que nos permite realizar anlisis filogenticos a partir de un alineamiento de secuencias. Para ello, abrimos el alineamiento que guardamos anteriormente (en formato Mega). El programa nos preguntar si se trata de secuencias codificantes o no (ya que stas tienen un tratamiento diferente), a lo que nosotros contestaremos que no, porque estamos trabajando con secuencias de ADN satlite. Una vez hecho esto, se nos abrir un explorador de texto en el que disponemos

del alineamiento de manera visual. Nos podemos desplazar a todo lo largo del mismo y realizar algunos clculos bsicos (como detectar posiciones conservadas, polimrficas, ). Cerramos el navegador y seguimos la secuencia phylogeny>construct phylogeny>NeighborJoining (NJ). Esto nos despliega un cuadro para establecer las preferencias del anlisis. En primer lugar seleccionaremos en phylogeny test and options la opcin bootstrap. El bootstrap es una medida de la fiabilidad de nuestro alineamiento, y lo veremos reflejado en el rbol filogentico en forma de nmero junto cada nodo. Valores cercanos a 100 (y >70) nos indican que nuestra reconstruccin filogentica es fiable. A continuacin, en model, seleccionamos el mtodo Kimura 2 parmetros, que es la aproximacin que vamos a emplear en nuestro anlisis. Existen distintos mtodos y aproximaciones para realizar una filogenia a partir de un alineamiento de nucletidos. En este caso vamos a utilizar el mtodo propuesto por Kimura, denominado Kimura 2 parmetros. Este mtodo asume que las mutaciones (sustitucin de nucletidos) ocurren aleatoriamente pero esta presuncin provoca que no se modele correctamente la realidad, ya que se ha logrado establecer que la tasa de transiciones es generalmente mayor que la tasa de transversiones; es por esto que Kimura en el ao de 1980 propuso un modelo en el que incluye un parmetro para transiciones () y otro para las transversiones (). En este modelo, por tanto, cada nucletido tiene una tasa de sustitucin transicional () por unidad de tiempo y dos tasas de sustitucin transversional () por unidad de tiempo (ver Figura).

Figura. Distintas tasas de sustitucin transicionales y transversionales consideradas por el mtodo de Kimura (Kimura 2 parmetros).

Por ltimo, observamos el rbol filogentico, analizamos su estructura y discutimos las razones biolgicas subyacentes.

Sigue los pasos de este tutorial y presenta un informe a cualquiera de los profesores va email (rherran@ugr.es, rnavajas@ugr.es, frobles@ugr.es) en el que se incluya la siguiente informacin: - Alineamiento de las secuencias analizadas. - rbol filogentico obtenido tras el anlisis. - Interpretacin de la filogenia obtenida. Segn tus resultados qu conclusiones sacaras con respecto al gnero Diplodus? Y con respecto al gnero Pagellus? Son gneros naturales o artificiales? Aydate de esta pgina: http://mendel.ugr.es/~rnavajas/satelite/practica_satelite.pdf 2. Estas en un grupo de investigacin que estudia el envejecimiento. Realiza una propuesta de algn tipo de actuacin basada en tus conocimientos sobre la telomerasa para detener el envejecimiento.

Comprueba que una vez finalizado este guin de trabajo autnomo eres capaz de superar los MNIMOS DEL TEMA:

Ahora comprendo los problemas de la replicacin en ADNs lineales Conozco la estructura, organizacin y evolucin de las secuencias que forman parte de los telmeros y los centrmeros

Tema 5. Del genotipo al fenotipo. La edicin del ARN: tipos y mecanismos. Contenidos 1. Mecanismos generales de la regulacin gnica 2. La regulacin postranscripcional 3. La edicin del ARN Objetivos -Conocer los principales mecanismos de regulacin de la expresin gnica. -Conocer el mecanismo de regulacin mediante la edicin del ARN.

Dnde obtener la informacin Lewin, B. 2008. Genes IX. McGraw Hill. Ten claros estos Conceptos Regulacin gnica. Mecanismos postranscripcionales. Edicin del ARN. ARN gua Resuelve las siguientes Actividades

1. Busca en la bibliografa cientfica algunos ejemplos de genes regulados mediante la modificacin de su ARN . 2. Enumera otros mecanismos que al igual que la edicin del ARN regulan la expresin gnica a nivel postranscripcional. Cules de ellos crees que son ms frecuentes?por qu? 3. Realiza una bsqueda de las principales clases de edicin del ARN

Comprueba que una vez finalizado este guin de trabajo autnomo eres capaz de superar los MNIMOS DEL TEMA:

Conozco el funcionamiento del mecanismo de edicin del ARN as como sus implicaciones

Tema 6. El cdigo gentico. Excepciones al cdigo Contenidos 1. 2. 3. 4. El cdigo gentico Origen del cdigo gentico Excepciones al cdigo Evolucin

Objetivos Conocer el cdigo gentico y sus excepciones

Dnde obtener la informacin Lewin, B. 2008. Genes IX. McGraw Hill.

Ten claros estos Conceptos Cdigo gentico. Codn. Triplete. Anticodn. Tambaleo. Genoma mitocondrial. ARNt

Resuelve las siguientes actividades 1. Enumera las principales caractersticas del cdigo gentico. 2. Completa esta tabla:

Organismo Mitocondria de mamferos Mitocondria de Drosophila Mitocondria de levadura Mitocondria a plantas superiores Ncleo de Protozoo Mycoplasma capricolum

Codn AGA, AGG AUA UGA AGA, AGG AUA UGA AUA UGACUA, CUC, CUG, CUU UGA CGG UAA, UAG UGA

Significado usual

Nuevo significado

Comprueba que una vez finalizado este guin de trabajo autnomo eres capaz de superar los MNIMOS DEL TEMA:

Ahora comprendo el cdigo gentico y conozco sus excepciones

Tema 7. La mutacin a nivel molecular: las trinucletidos. La transposicin gnica: causas y efectos

amplificaciones

de

Contenidos 1. 2. 5. 6. 7. Concepto molecular de la mutacin. Amplificaciones de trinucletidos Causa, efectos y deteccin. La transposicin Efectos de la transposicin

Objetivos Comprender el concepto molecular de la mutacin Conocer la causa de la expansin de trinucletidos as como sus efectos Conocer el mecanismos molecular de la transposicin y sus efectos

Dnde obtener la informacin Lewin, B. 2008. Genes IX. McGraw Hill.

Ten claros estos Conceptos

Microsatlites. Trinucletidos. X-frgil. Enfermedad de Huntington. Diagnstico molecular. Anticipacin gnica. Transposicin. Elementos gnicos transponibles. Transposones. Retrotransposones. Recombinacin ilegtima

Resuelve las siguientes actividades 1. Trabajas en un laboratorio de diagnstico gentico y te traen una muestra para analizar la posibilidad de que el paciente tenga la enfermedad de la distrofia miotnica 1. Desarrolla una estrategia molecular para su deteccin precoz. 2. Por qu crees que los microsatlites ms frecuentes causantes de enfermedades son los trinucletidos?

3. Completa esta tabla:

Enfermedad Gen/Locus Modo de herencia Triplete implicado

Atrofia muscular bulboespinal, Enfermedad de Huntington Ataxia espinocerebelosa tipo 1 Sndrome X frgil Ataxia de Friedreich, Distrofia miotnica

4. Describe el mecanismo molecular por medio del cual, se pueden expandir los microsatlites 5. Enumera las caractersticas moleculares que nos encontramos en los elementos transponibles

Comprueba que una vez finalizado este guin de trabajo autnomo eres capaz de superar los MNIMOS DEL TEMA

Ahora conozco el mecanismo de expansin de trinucletidos as como sus efectos Comprendo la transposicin de elementos genticos y sus efectos

Tema 8. Anlisis de los genomas. El genoma virus, bacterias, rqueas y eucariotas. Contenidos 1. 2. 3. 4. 5. 6. Tcnicas de anlisis molecular del genoma Secuenciacin del genoma Informacin obtenida de los genomas Genmica estructural Genmica funcional Comparacin de genomas

Objetivos Conocer las principales tcnicas utilizadas en el anlisis de los genomas Conocer las conclusiones fundamentales obtenidas en los estudios comparativos de los genomas

Dnde obtener la informacin Brown, T.A. 2006. Genomes 2. Garland Science. Ridley, M. 2000. Genoma: la autobiografa de una especie en 23 captulos. Taurus. Singer, M. y Berg, P. 1993. Genes y Genomas. Omega.

Ten claros estos Conceptos Genoma. Genmica funcional. Genmica estructural. Genmica comparada. Nmero de genes. Tamao del genoma. Valor C. Sintenia Resuelve las siguientes actividades 1. Busca en Internet dos bases de datos de secuencias de genomas. Descrbeme en dos o tres lneas las principales herramientas de las que se disponen para un anlisis detallado de estos genomas. 2. Describe las principales diferencias en cuanto al nmero de genes y tamaos del genoma entre bacterias, levadura, C. elegans, Drosophila y humano.

Comprueba que una vez finalizado este guin de trabajo autnomo eres capaz de superar los MNIMOS DEL TEMA:

Ahora conozco la estructura molecular de los genes y genomas y entiendo los mecanismos de evolucin a nivel molecular

9. Un ltimo esfuerzo
Ahora que acabos el curso, nos gustara conocer tu opinin sobre diferentes aspectos de la asignatura, por tanto te agradecemos el ltimo esfuerzo que consiste en rellenar este cuestionario. Encuesta de opinin/satisfaccin de los alumnos de Gentica Molecular
Escala de respuesta: 1 muy mala, 2 mala, 3 regular, 4 buena, 5 muy buena

Objetivos (expresados como resultados de aprendizaje-competencia) Conozco-comprendo: 1. Los ltimos descubrimientos, ampliaciones y excepciones sobre la naturaleza del material hereditario en virus y partculas subvirales 2. Idem sobre la organizacin del M.H.: alternativas al modelo de Watson,Crick 3. Idem sobre la expresin de los genes: edicin del ARN y excepciones del cdigo gentico 4. Idem sobre la replicacin : telmeros y centrmeros 5. Idem sobre la mutacin a nivel molecular: amplificaciones de trinucletidos 6. Idem sobre la recombinacin ilegtima: transposicin gentica, tipos y su papel evolutivo 7. Estructura molecular de los genes y genomas Soy capaz de: 1. Utilizar las nuevas tecnologas para obtener informacin actualizada sobre la Gentica Molecular. 2. Preparar presentaciones sobre Gentica Molecular. Planificacin de la asignatura. Cumplimiento Actividades y horas de trabajo estimadas
(Responda SI o NO. Si la contestacin es NO, indique que le parecera ms adecuado)

1. Consideras adecuadas las horas asignadas para adquirir los conocimientos impartidos en las clases magistrales? 2. Consideras adecuadas las horas asignadas a adquirir los conocimientos de prcticas? 3. Consideras adecuadas las horas asignadas a la preparacin de trabajos?

4. Consideras adecuadas las horas asignadas a la preparacin de examen?

Evaluacin
(Responda SI o NO. Si la contestacin es NO, indique que le parecera ms adecuado)

1. Crees adecuados calificacin por curso? General

los

porcentajes

aplicados

para

obtener

la

(Responda SI o NO. Si la contestacin es NO, indique que le parecera ms adecuado)

1. La formacin recibida se adecua para el futuro profesional? 2. Valora de forma global del sistema enseanza/aprendizaje. 3. Indica si para tu formacin, alguna actividad realizada podra ser sustituir por otra ms adecuada. 4. Indica sugerencias para mejorar la asignatura.