INTRODUCCIN Los autmatas celulares poseen caracterizas que hacen importante su estudio a las diversas ciencias.

Los mencionados son tiles en la construccin de modelos donde los elementos componentes son de similar naturaleza y comportamiento; donde stos se rigen por reglas parecidas y donde, en el mismo sistema real, se identifican componentes diferenciables, independientes, aislables y/o discretos. Es tpico de un Autmata Celular generar comportamientos complejos a partir de reglas muy sencillas. Desde su concepcin original, la cual era proporcionar un marco formal a la investigacin de comportamientos complejos, se han encontrado mltiples aplicaciones a la mencionada herramienta. Las mltiples aplicaciones de los autmatas celulares hacen de mucho inters su estudio por parte de diversas ciencias. Entre las aplicaciones de la teora de autmatas celulares abarcan aspectos de la ciencia tan diversos como: Mecnica de fluidos, Medioambiente: polucin, incendios forestales, Sistemas biolgicos: evolucin de las especies, crecimiento de poblaciones, comportamiento de colonias de microorganismos, sistemas inmunes, vida artificial, etc., Los modelos celulares se establecen como una esencialidad del conocimiento en relacin con el nivel celular de la organizacin del organismo humano, en su calidad de objeto de estudio dentro de la disciplina Morfofisiologa. En la propiedad de diferenciacin celular se puede discutir sobre como el nivel molecular se integra dentro del curso de la ontognesis, tanto en la etapa pre como en la post-natal. En esta clase nos hemos propuesto el objetivo de reflexionar sobre este hecho.

Intersecto a cualquier actividad cientfica. Diagramas, grficos, etc. para describir y comprender la realidad que examinan. El modelado computacional matemtico y cuantitativo ha permanecido fuera de la corriente principal de investigacin biolgica (escasez de tcnicas apropiadas tanto en la parte experimental y en la parte matemtica/computacional). La complejidad de los procesos celulares y la gran cantidad de datos producido por los experimentos en laboratorios, hacen imprescindible el modelado matemtico computacional, la simulacin y el anlisis.

Necesidad de desarrollar modelos formales que faciliten el estudio de la dinmica y las propiedades de los procesos celulares. Requisitos Relevancia Tratabilidad matemtica Compatibilidad Compresibilidad Extensibilidad

Finalidad en el modelo de procesos celulares: Marco formal para integrar grandes cantidades de conocimiento emprico. Ampliacin del conocimiento. Post-diccin y prediccin. Posibilidad de disear y manipular sistemas celulares reales con un comportamiento fijado a priori.

Segn a nivel de precisin en el escalado: Macroscpica Microscpica Mesoscopica

Segn la dinamica: Determinstica Estocstica

Segn los resultados que proporciona Cuantitativa Cualitativa

Ecuaciones diferenciales ordinales Se ha utilizado desde hace dcadas para modelar procesos dinmicos Constituyen el primer marco para el modelado en Biologa de Sistemas. El modelado de procesos celulares basado en EDOs parte de dos supuestos: - Las clulas tienen volmenes homogneos. - Las concentraciones qumicas varan de manera continua y determinista.

Cuestionable en sistemas celulares con un bajo nmero de molculas, en reacciones lentas o en estructuras no homogneas Para estos casos se han propuesto aproximaciones mesoscopicas, estocsticas y discretas, as como basadas en sistemas de EDPs. Ecuaciones diferenciales ordinarias Han sido usados con xito para modelar distintos procesos celulares: Cascada de seales del factor EGFR Apoptosis mediatizada por la protena FAS Aproximacin macroscpica, continua, determinista, cuantitativa / cualitativa. Redes de Petri Herramienta matemtico-computacional para el modelado y anlisis de sistemas de eventos discretos con un comportamiento concurrente. La variante Place transition Petri net (PT-net) ha sido utilizada para modelar: Sistemas de interacciones moleculares Cascadas de seales de la protena ERK y RKIP Se est estudiando conexiones entre las PT-nets y los sistemas P. Aproximacin mesoscpica, estocstica, cuantitativa / cualitativa. Algebra de procesos: -clculo Lenguaje formal para describir procesos concurrentes mviles Permite modelar sistemas que interaccionan y tienen una topologa de comunicacin dinmica. Ha sido propuesto como un marco general para modelar sistemas biomoleculares. Diferentes variantes han sido usadas para modelar interacciones moleculares, redes de genes y para integrar redes moleculares y de genes. Se est estudiando conexiones entre el -clculo y los sistemas P. Aproximacin mesoscpica, estocstica, cuantitativa /cualitativa. Modelado basado en agentes Cada componente individual del sistema es un agente que tiene asociado su propio conjunto de reglas, e interacciona con el entorno y con agentes vecinos.

Modelos basados en agentes de distintos sistemas biolgicos: Comunidades de insectos. Tejidos epitelial Cascadas de seales Migracin de clulas tumorales.

Un modelo bioqumico basado en agentes no tiene las restricciones. Un modelo bioqumico basado en agentes no tuene las restricciones a las que est sujeto el modelamiento basado en EDOs. Se est estudiando conexiones entre sistemas de agentes y los sistemas P. Aproximacin microscpicas/ macroscpica, determinista/ estocstica, cuantitativa/ cualitativa. Sistemas P En las aproximaciones anteriores no se tiene en cuenta el papel que juegan las membranas biolgicas en la compartimentalizacin y funcionamiento de las clulas de los organismos vivos. Sistemas P como marco de modelado computacional: Integra los aspectos estructurales y dinmicos de los sistemas celulares en una forma comprensiva y relevante Proporciona la formalizacin necesaria para poder realizar anlisis matemticos y computacionales. Los conceptos usados estn ms prximos a los de biologa celular y molecular que las otras aproximaciones (formalizadas a partir de diferentes fuentes de inspiracin antes de ser aplicadas al modelado de sistemas celulares). Hecho diferencial: La estructura de membranas que representa la compartimentalizacin en la organizacin estructural de las clulas vivas. Los sistemas P tienen en cuenta el carcter discreto de las componentes del sistema, usando reglas de reescritura que actan sobre multiconjuntos de objetos (smbolos y/o cadenas). En la versin inicial, las reglas se aplican de manera paralela mxima. El carcter no determinista/aleatorio de los fenmenos biolgicos se captura mediante el uso de estrategias estocsticas. Para ello se ha propuesto el uso de variantes del algoritmo de Gillespie que se ajusten a la estructura jerarquizada de los sistemas P.

Aproximacin mesoscopica, determinista/estocstica, cuantitativa. Modelos basados en sistemas P de distintos sistemas biolgicos: Oscilaciones mitticas. Rutas sealizadores. Sistemas reguladores de genes. Quorum sensing. Dinmica de poblaciones.