1a_Clase_270113 Instalacin del cdigo TOPAS Instalacin de TOPAS 4.2 con licencia propia Instalacin de Topas Academic 4.

2 de Alan Coelho 1- Copiar el archivo ta4.en (ubicado en la carpeta cuyo nombre es el mismo que el del usuario, dicha carpeta contiene las licencias del usuario) en la carpeta donde el usuario instalo Topas Academic (en su defecto ser C:/Topas_4) 2- Ejecutar el archivo ta-setup.bat (ubicado en la carpeta donde el usuario instalo topas academic). En la ventana de dialogo que se desplegara aceptar toda las peticiones escribiendo la palabra yes despus presionar la tecla enter 3- Copiar los archives all.dxx y rttem9.dxx (ubicados en la carpeta cuyo nombre es el mismo que el del usuario, dicha carpeta contiene las licencias del usuario) en la carpeta donde el usuario instalo Topas Academic (en su defecto sera C:/Topas_4) 4- Ahora podr ejecutar Topas academic, presionando el icono ta.exe Ejemplo para ejecutar Topas Academic y verificar que funciona correctamente. 1- Abrir aplicacin de Topas Academic 2- En el men principal de Topas Academic seleccionar Launch / Set INP file

3- Buscar la carpeta 1a_Clase_270113_Instalacin_cdigo_refinamiento / Prueba-codigos / TOPAS-CeO2 y seleccionar el archivo CeO2-1000.inp

4- En la ventana de Display fit presionar el icono Run de comenzar el refinamiento.

, esto con el fin

Observara la siguiente imagen, lo cual significa que el software Topas Academic funciona correctamente

4. Ya que fnalizo el refinamiento se desplegara una ventana para preguntar si desea confirmar el resultado del refinaminento, dado que esto es solo una prueba de funcionalidad presione el icono close o cancel.

Configuracin de la visualizacin de las graficas en TopasAcademic 1- Para quitar el zoom a la grafica, coloque el apuntador en la ventana que contiene la grfica, presione el botn derecho del mouse y seleccione unzoom

Coloque el apuntador aqu

Observara tres graficas como las que se muestran en la siguiente figura: la grfica roja corresponde al modelo, la azul al experimento y la gris a la diferencia. NOTA: los colores podran no coincidir con la descripcin que se hace aqu.

2- En caso de no observar las curvas, verifique que estn activadas las siguientes casillas, ubicadas en el men principal de Topas Academic: View / Curves / Calculated

View / Curves / Differences

Si aun no se despliegan las graficas como se ve en la siguiente imagen.

Verifique que se encuentre activada con una paloma la casilla del patrn de difraccin experimental, lo ver en la ventana Parameters Window como se ve en la siguiente figura.

3- Para configurar el color de las grficas, seleccione la pestaa de Display en la ventana de Parameters Window

Aqu podr configurara el ancho de la lnea, el tamao de los puntos y el color de las graficas correspondientes a los patrones de difraccin observado (experimental), calculado (modelo) y la diferencia entre ellos

4- Por ltimo, es conveniente desplegar la ventana de Quick zoom, para hacer acercamientos rpidos. En el men principal de Topas Academic seleccione View / Quick Zoom, y vera lo siguiente

Instalacin de TOPAS 4.2 con licencia de LAREC

Instalacin de TOPAS 3 con licencia de LAREC

1- Conectar el Dongle (dispositivo fsico para la licencia) a un puerto USB NOTA 1: Si el sistema operativo automticamente tratar de instalar los drivers para el Dongle, no le tome importancia y cancel la solicitud del sistema operativo para buscar los drivers en la red, pues no lograr instalarlos hasta que el software sea instalado.

2.- Insertar el Disco de DIFFRAC plus TOPAS V 3.0, que contiene el software de instalacin, en la computadora deseada NOTA 2: No es posible instalar Topas V 3.0 en un sistema operativo de 64 bits (vea en Panel de Control/ Sistema y Mantenimiento/ Sistema) ni en un sistema operativo que no sea Windows. NOTA 3: En caso de que la computadora no cuente con unidad lectora de CD, buscar el software de instalacin en la carpeta Clase 1\Software_Curso Rietveld\Topas3 previamente proporcionada por el instructor.

3.- Abrir la carpeta en donde se localiza el archivo de instalacin, dependiendo del caso, busque en el dispositivo de almacenamiento correspondiente (CD o en la carpeta Clase 1\Software_Curso Rietveld\Topas3)

4.- Dentro de la carpeta que contiene los archivos de instalacin (Topas3) ejecute como administrador el archivo Setup.exe (para ejecutar como administrador posicione el apuntador sobre el archivo, presione el botn derecho del mouse y busque en el men Ejecutar como administrador) 5.- Siga los pasos de la instalacin, simplemente presiones Next a cada dialogo de la instalacin, instale el software en el directorio principal C (automticamente se instalar en C:\Topas3\), y acepte cuando sea completada la instalacin

6.- Esperamos alrededor de 2 minutos para que el Dongle sea detectado por el sistema operativo, observara que se encender un led de color rojo en el dongle entonces salt al paso numero 9, si no se enciende el led al transcurrir los 2 minutos, no le de importancia y contine con el siguiente paso.

7.- Remover Topas3, para ello primero dirjase a la carpeta de instalacin (en el CD o la memoria flash dependiendo del caso) y vuelva a ejecutar Setup.exe (Acepte el proceso de desinstalacin)

8.- Vuelva a instalar Topas3, repitiendo los pasos del 3 al 6.

9.- Ejecutar Topas3, desde Inicio/ Todos los programas/ Topas3/ lo primero que observara es el entorno grafico que se muestra en la siguiente imagen: NOTA 4: Si recibe un mensaje de error y Topas3 no puede ser ejecutado, repita los pasos 7 y 8.

10.- Mueva la ventana que aparece por default cuando se ejecuta por primera vez Topas3, para realizar esto, seleccione con el apuntador la barra azul de la ventana

y desplcela de tal manera que el borde superior de la ventana concuerde con el borde superior de la ventana principal.

A continuacin observar lo siguiente

11.- Desde la Barra principal de Topas3 seleccione View/ Parameters Window, aparecer una nueva ventana que puede acomodar seleccionando con el apuntador la barra azul de la ventana, luego la sostiene dejando presionado el botn izquierdo del mouse y la desplaza moviendo hacia el borde superior izquierdo de la ventana principal

Observara lo siguiente

En caso de que el ambiente grafico se vea de la siguiente manera, vamos a corregirlo como se indica a continuacin:

Coloqu el apuntador del mouse en el borde izquierdo de las ventanas, tal como se observa en la imagen,

Coloque el apuntador del mouse aqu

Presione el botn izquierdo del mouse y desplace la ventana

Vuelva a seleccionar con el botn izquierdo del mouse la ventana que ha sido movida y nuevamente desplcela hacia la parte superior izquierda, como se observa en la siguiente imagen

Coloque el apuntador del mouse aqu

Desplace la ventana de tal manera que quede sobre la ventana de abajo y que los bordes izquierdos coincidan

Este es el modo grfico que visualizara al final

Si por alguna razn desaparece la ventana display fit

En la barra principal de TOPAS seleccione Fit / Fit Window y observar el despliegue de la ventana Display Fit 12.- Para comenzar a trabajar en el modo de comandos (launch mode), se debe activar desde la Barra principal de topas Launch/ Launch Kernel

13.- A continuacin realizaremos un ejemplo para ejecutar TOPAS 3 y verificar que funciona correctamente.

a) Ya que esta abierta la aplicacin de TOPAS 3 dirjase al men principal de TOPAS y seleccione Launch / Set INP file

b) En el explorador que aparece, dirjase a la carpeta de Clase 1\Pruebacodigos\TOPAS-CeO2

c) Seleccione el archivo CeO2-1000.inp y presione abrir. d) En la ventana de Display fit presione el icono Run

Icono Run

Con esto comenzara el refinamiento. Observara la siguiente imagen:

Lo cual significa que el software TOPAS 3 funciona correctamente

14.- Configuremos la visualizacin de las graficas en TOPAS 3 i. Quitemos el zoom a la grafica, para ello coloque el apuntador en la ventana que contiene la grfica, presione el botn derecho del mouse y seleccione unzoom

Coloque el apuntador

Observara tres graficas como estas: grfica roja corresponde al modelo, la azul al experimento y la gris a la diferencia. NOTA: los colores podran no coincidir con la descripcin que se hace aqu

ii.

En caso de no observar las curvas, verifique que estn activadas las siguientes casillas, ubicadas en el men principal de TOPAS 3: View / Curves / Calculated View / Curves / Differneces

iii.

En caso de no observar el patrn de difraccin experimental, como en la siguiente imagen:

Verifique que esta activada la casilla del patrn de difraccin experimental, lo ver en la ventana Parameters Window

Marque esta casilla, para que pueda observar el patrn de difraccin experimental, sabr que esta activada cuando vea una paloma () dentro del recuadro

iv.

Para configurar el color de las grficas, seleccione la pestaa de Display en la ventana de Parameters Window

Display

Aqu podr configurara el ancho de la lnea, el tamao de los puntos y el color de las graficas correspondientes a los patrones de difraccin observado (experimental), calculado (modelo) y la diferencia entre ellos

v.

Por ltimo, a veces es conveniente desplegar la ventana de Quick zoom, para hacer acercamientos rpidos. En el men principal de TOPAS 3 seleccione View / Quick Zoom, y vera lo siguiente

Quick zoom

Instalacin de editor JEdit y su configuracin con TOPAS 3.0

1.- En caso de no tener instalado Java, instalar Java desde la carpeta de Clase1 \Software_Curso Rietveld \ java ejecutar jre-6u23-windows-i586-s.exe y seguir las instrucciones de instalacin.

2.- Instalar jEdit, desde la carpeta de Clase 1\Software_Curso Rietveld\jedit_setup ejecutar jedit42install.exe NOTA 1: La instalacin se realiza automticamente en dos directorios: Aplicacin: c:\program files\jedit Datos del usuario: c:\documents and setting\USER\.jedit Cerrar la aplicacin de JEdit

3.- Para instalar los plugins de Topas3 y mejorar el ambiente en el editor JEdit, proceder de la siguiente manera: -Ejecutar la aplicacin de Topas3 -Copiar todos los archivos y carpetas que estn dentro de la carpeta " Clase 1\Software_Curso Rietveld\jedit_setup\jedit_plugins" -Pegar los archivos anteriores en el directorio C:\Program Files\jEdit\jars\ -Ejecutar la aplicacin JEdit y desde la barra principal de JEdit seleccionar Utilities/Global Options/Docking, en el men derecho seleccionar lo siguiente en la columna de docking position: xinsert en left, file system browser en left, console en bottom. Al final seleccionar apply y despus ok -Cerrar JEdit para actualizar los cambios

4.- Configurar JEdit para editar los archivos .inp -Abrir nuevamente la aplicacin JEdit y desde la barra principal de JEdit seleccionar Macros/Run Other Macro al seleccionar esta opcin le solicitara buscar el archivo inp-setup.bsh que se encuentra en la carpeta Clase 1\Software_Curso Rietveld\jedit_setup

NOTA 1: verifique que la pestaa filter ubicada en la parte superior izquierda no est activada (esto lo observara cuando seleccione Macros/Run Other Macro) NOTA 2: Para buscar la carpeta deseada seleccione roots y despus busque la unidad de almacenamiento en donde se encuentra la carpeta de Clase 1\Software_Curso Rietveld\jedit_setup

NOTA 3: Durante la ejecucin de la macro seleccionar aceptar en cada solicitud. Adems le solicitara la ubicacin de Topas3 en este caso solo dirigirse a la carpeta C:\Topas3 y presionar Choose

5.-Editando en JEdit -Cerrar JEdit y voler a abrir la aplicacin -Ir a Plugins/Editor Scheme Selector -Seleccionar "inp.scheme" seleccionar Aply, update y close

6.- Cerrar y abrir la aplicacin para actualizarla. Ejemplo de cmo observara el ambiente en JEdit:

Despus de la configuracin aparecern estos iconos, el de la flecha servir para enlazar el archivo de control .inp con Topas3

Gracias a John Evans por sus tutoriales e informacin para instalar JEdit. 8.- A continuacin realizaremos un ejemplo para ejecutar TOPAS 3 empelando JEdit

a) Abrir la aplicacin de JEdit y Topas 3 b) Configure topas 3 en modo de comandos (launch mode), se debe activar desde la Barra principal de topas Launch/ Launch Kernel c) Desde JEdit Seleccione File/ Open/ d) Busque la carpeta Clase 1\Prueba-codigos\TOPAS-CeO2, seleccione y abra el archivo CeO2-1000.inp, verifique que la casilla Filter no est activada.

e) Presione el icono TASaveSet

TASaveSet

f) Minimice JEdit y Maximice TOPAS 3 para presionar el icono de Run

Icono Run

Aqu concluye el ejemplo.

Suplemento Instalacin del cdigo BGMN

0.- En caso de no tener instalado Java, instalarlo desde la carpeta de 1a_Clase_270113_Instalacion_codigos/java/ ejecutar el archivo jre-6u23-windowsi586-s.exe y seguir las instrucciones de instalacin.

1.- Insertar el Disco de BGMN, que contiene el software de instalacin, en la computadora deseada. NOTA 1: No es posible instalar en un sistema operativo que no sea Windows. NOTA 2: En caso de que la computadora no cuente con unidad lectora de CD, buscar el software de instalacin en la carpeta

1a_Clase_270113_Instalacion_codigos/BGMN proporcionada por el instructor.

3.- Abrir la carpeta en donde se localiza el archivo de instalacin, dependiendo del caso, busque en el dispositivo de almacenamiento correspondiente (CD o memoria flash)

4.- Dentro de la carpeta que contiene los archivos de instalacin (BGMN) ejecute como administrador el archivo bgmninstall.exe (para ejecutar como administrador posicione el apuntador sobre el archivo, presione el botn derecho del mouse y busque en el men Ejecutar como administrador) 5.- Siga los pasos de la instalacin, simplemente presiones Next a cada dialogo de la instalacin y acepte cuando sea completada la instalacin

NOTA 3: Si al abrir la aplicacin de BGMN, aparece un dialogo de error notificando que no encuentra a la aplicacin JAVA, cuando usted ya la ha instalado, seleccione examinar en esa ventana de dialogo y busque java en Program Files/Java/jre6/bin/java.exe si trabaja con Windows 7 verifique en Program Files x86