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AT X und Chemie L E

ein berblick
12. Mrz 2011

Clemens Niederberger

Was der TEXende Chemiker brauchen kann

\begin{rxn} \reactand{ \chemfig{=_[::-30]-[::60](=[::60]O)-[::-60]} \arrow{ $+ \Hpl$ }{} OH \mesomeric{ \reactand{ \chemfig{=_[:-30]-[::60](-[::60]OH) (-[::-120,.3,,,white]\oplus)-[::-60]} }{} \marrow[below] O +H \reactand[below]{ \chemfig{\oplus-[6,.3,,,white] -[:-30]=_[::60](-[::60]OH)-[::-60]} }{} }{gf} OH \branch[right=of gf,yshift=4em]{ \arrow{}{} \reactand{ \chemname{\chemfig{=_[:-30]-[::60] (-[::60]OH)(-[::-120]R)-[::-60]}}{1,2-Addukt} }{} }{} \branch[right=of gf,yshift=-5em]{ \arrow{}{} \reactand{ \chemname{\chemfig{R-[6]-[:-30]=_[::60] (-[::60]OH)-[::-60]}}{1,4-Addukt} }{} }{} \end{rxn}

}{}
OH

R 1,2-Addukt

OH

1,4-Addukt

AT X und Chemie L E

Inhaltsverzeichnis

Inhaltsverzeichnis
Abschnitt 1 Einleitung 3

Abschnitt 2 berblick ber die vorgestellten Pakete 2.1 2.2 2.3 2.4 2.5 2.6 2.7 2.8 2.9 mhchem . . . . . chemexec . . . . . chemcompounds chemstyle . . . . biblatex-chem . . streeTEX . . . . . ChemFig . . . . myChemistry . . . Weiteres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

4 4 4 4 4 4 5 5 5 5 6 6 7 7

Abschnitt 3 mhchem 3.1 3.2 3.3 Grundlagen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Bindungen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Reaktionen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .


Pfeile, 7 Fllung, Gasentstehung, 8 Verwendung in Mathe-Umgebungen, 8

Abschnitt 4 chemexec 4.1 4.2 4.3 Makros


Teilchen und Ladungen, 10 Stereodeskriptoren, 10 Anionen, 11

10

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10

Kompatibilitt mit mhchem . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 Befehle fr mhchem . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 12

Abschnitt 5 chemcompounds 5.1 5.2

Die Befehle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12 Anpassung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13 14

Abschnitt 6 chemstyle

Abschnitt 7 streeTEX 15 7.1 Grundlagen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15

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1 Einleitung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15 17 19 21 21 22 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23 24 26 28 29 30 32

7.2 7.3 7.4 7.5 7.6

Prxe . . . Richtungen Label . . . . Befehle . . . Ausrichtung

Abschnitt 8 ChemFig 8.1 8.2 8.3 8.4 8.5 8.6 8.7 8.8 8.9 Grundlagen . . . . . . . . Bindungen . . . . . . . . . Winkel . . . . . . . . . . . Atome und Atomgruppen Verzweigungen . . . . . . Ringe . . . . . . . . . . . Lewisformeln . . . . . . .
Einsatz mit mhchem, 34

Reaktionen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34 Weiteres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
Elektronenverschiebung, 36 Submolekle, 37

Abschnitt 9 myChemistry 9.1 9.2 9.3 9.4 Grundidee . . . . . . . . . . . . . . Mesomerie und bergangszustnde Elektronenbewegung . . . . . . . . Komplexere Beispiele . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

38 38 40 41 41 43

Abschnitt 10 Tricks mit PS (und ifsym)

10.1 Laborgerte . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44 10.2 Spektrum . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44 10.3 Elektronenkonguration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45 Abschnitt 11 Nachwort 46

Abschnitt

Einleitung
Ich habe vor einigen Jahren schon angefangen, Dokumente, die Summenformeln und Strukturformeln enthalten, zu setzen. Dabei habe ich viel im Internet gesucht, und einige Pakete gefunden, die im Zusammenhang mit der Chemie ntzlich sind. Was ich nicht

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2 berblick ber die vorgestellten Pakete

gefunden habe, ist eine Beschreibung, einen brauchbaren berblick oder hnliches. Ich habe dann begonnen, auf meiner Webseite selbst mehrere Pakete vorzustellen und nun beschlossen, diese bersicht etwas ausfhrlicher zu gestalten.

Abschnitt

berblick ber die vorgestellten Pakete


2.1 mhchem
Das Paket mhchem1 sollte jeder kennen, der irgendein Chemie-bezogenes Dokument mit AT X erstellen mchte. Es ermglicht nmlich mit eine wirklich einfache Darstellung L E von Summenformeln, Ionen, Nukliden und Reaktionsgleichungen. Es wird in Abschnitt 3 vorgestellt.

2.2 chemexec
Das Paket chemexec2 liefert einige kleinere ntzliche Makros, ist aber kein eigentliches Chemie-Paket. Es kann aus Grnden der Eigenwerbung aber nicht fehlen. Vorgestellt wird chemexec in Abschnitt 4.

2.3 chemcompounds
Das Paket chemcompounds3 stellt Befehle zur Referenzierung auf Substanzen dar, wie sie in wissenschaftlichen Artikeln blich ist. Es wird in Abschnitt 5 vorgestellt.

2.4 chemstyle
Das Paket chemstyle4 stellt neben einigen kleinen ntzlichen Makros und eine SchemaUmgebung bereit, deren Stil sich sowohl individuell anpassen lsst, als auch automatisch auf den Stil einiger Journals ndern lsst.

2.5 biblatex-chem
AT X-Stile fr eine Reihe von Journals zur Verfgung. Es wird biblatex-chem5 stellt bibL E an dieser Stelle erwhnt, weil ich denke, dass es fr den einen oder anderen von Interesse sein knnte. Ich werde jedoch nicht weiter darauf eingehen, da ich es selbst noch nicht verwendet und getestet habe. Die Dokumentation ist allerdings selbsterklrend.

von Martin Hensel http://tug.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/mhchem/ von mir http://www.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/chemexec/ 3 von Stephan Schenk http://www.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/chemcompounds/ 4 von Joseph Wright http://www.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/chemstyle/ 5 von Joseph Wright http://www.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/biblatex-contrib/biblatex-chem/
2

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2 berblick ber die vorgestellten Pakete

2.6 streeTEX
streeTEX6 ist ein lteres nicht mehr gepegtes Paket. Es wird also keine Updates geben und Konikte mit anderen Paketen mssen hingenommen werden. Da es inzwischen ein neues Paket gibt, um Strukturformeln zu erstellen, muss man streeTEX auch gar nicht verwenden, wird der Vollstndigkeit halber aber dennoch beschrieben. Die Beschreibung ist im Wesentlichen eine bersetzung der englischen Paketbeschreibung von Igor Strokov AT X-Einfhrung7 entnommen. und ist fast 1:1 aus meiner L E Es soll nicht unerwhnt bleiben, dass streeTEX Konikte mit den Paketen fontenc (Fontausgabe) und tipa (Lautschrift) hat. Bemerkenswerterweise fhrt auch die Kombination mit dem Sprachpaket babel und der Option french zu Problemen. Man sollte auerdem vor chemischen Formeln den Befehl \mdqoff setzen, um die Sonderbedeutung von " auszuschalten. Man kann sie anschlieend mit \mdqon wieder aktivieren. Auerdem hat sich bei der Erstellung dieses Dokuments herausgestellt, dass man, um die Strukturen korrekt darzustellen, bei der Erzeugung des pdf-Dokuments den Umweg ber die PostScript-Datei whlen muss. Ansonsten fehlten Doppelbindungen, Keilbindungen und hnliches mehr. streeTEX wird in Abschnitt 7 vorgestellt.

2.7 ChemFig
Natrlich kann das nagelneue tolle Paket ChemFig8 in einer solchen Zusammenstellung nicht fehlen. Es ist wohl die Lsung, um Strukturformeln darzustellen. Im Gegensatz zu streeTEX kommt ChemFig problemlos mit pdatex zurecht und ist auch kompatibel mit e-TEX und ConTEXt. ChemFig wird in Abschnitt 8 vorgestellt. Die Beschreibung ist AT X-Einfhrung7 entnommen mit kleinen nderungen meiner L E

2.8 myChemistry
Das Paket myChemistry9 ist eine Ergnzung zu ChemFig, um Reaktionsschemata zu erstellen, ist aber auch mit streeTEX einsetzbar. Es wird in Abschnitt 9 vorgestellt. Die Beschreibung bleibt hier recht oberchlich. Fr weitere Informationen lesen Sie die Dokumentation9 zu myChemistry.

2.9 Weiteres
Der letzte Abschnitt wird einen winzigen Ausblick auf PSTricks werfen, das neben TikZ eine der fhigsten Lsungen fr das Erstellen von Graken bietet

6 7

von Igor Strokov, http://www.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/streetex/ http://www.niederberger-berlin.net/dateien/skript_2010.pdf 8 von Christian Tellechea http://www.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/chemfig/ 9 von mir http://www.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/mychemistry/

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3 mhchem

Noch ein Hinweis: das Paket OCHEM10 bietet im Prinzip die Mglichkeiten von ChemFig und myChemistry, hat sogar noch ein paar mehr Mglichkeiten als ChemFig und geht, was Reaktionsschemata betrit, noch deutlich ber myChemistry hinaus. Es lsst fr Strukturformeln und Reaktionsschemata keine Wnsche mehr oen. Da es AT X erstellt, sondern aber die Strukturen und Schemata nicht mit den Fhigkeiten von L E die eigentliche Zeichenarbeit von einem Perlskript bernommen wird, ist es wohl gerade fr Einsteiger eher nicht so attraktiv. So lasse ich die Beschreibung von OCHEM aus, obwohl mir das Paket ausgesprochen gut gefllt.

Abschnitt

mhchem
3.1 Grundlagen
Vermutlich kennen die meisten dieses Paket schon, da es ja auch unglaublich praktisch ist. unabhngig von Mathematik- oder Textmodus lassen sich mit dem \ce{} Befehl Summenformeln vllig ohne Aufwand darstellen.
Beispiel 1
1

\ ce { H 2 O } \ ce { H 2 SO 4}

H2 O H2 SO4

mhchem erkennt in der Regel automatisch, ob ein Subskript oder Superskript oder ein stchiometrischer Faktor gesetzt werden soll. Manchmal muss man zwar ein wenig nachhelfen.
Beispiel 2
1

\ ce {2 H 2 O } \ ce {1/2 H 2 O } \ ce { HSO 4 -} \ ce { AgCl 2 -} \ ce { SO 4^2 -}

2 H2 O

1 2 H2 O

2 HSO4 AgCl2 SO4

Klammern funktionieren genauso einfach . . .


Beispiel 3
1 2 3 4

\ ce {[ Ag ( NH 3) 4]+}\\ \ ce { KCr ( SO 4) 2*12 H 2 O }\\ \ ce { KCr ( SO 4) 2.12 H 2 O }\\ \ ce {[ Cd \{ SC ( NH 2) 2\}2].[ Cr ( SCN ) 4( NH 3) 2]2}

[Ag(NH3 )4 ]+ KCr(SO4 )2 12 H2 O KCr(SO4 )2 12 H2 O [Cd{SC(NH2 )2 }2 ] [Cr(SCN)4 (NH3 )2 ]2

. . . wie Aggregatsangaben und Isotope.


10

von Ingo Klckl http://www.ctan.org/tex-archive/support/ochem/

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3 mhchem

Beispiel 4
1

\ ce { NH 3_{( l ) }} \ ce { NaOH _{( aq ) }} \ ce {^{238}_{92} U }

NH3 (l) NaOH(aq)

238 92U

3.2 Bindungen
Es ist mit mhchem auch mglich, einfache Halbstrukturformeln zu erstellen. Dafr stellt mhchem einige Bindungen zur Verfgung.
Beispiel 5
1 2 3

\ ce { C 6 H 5 - CHO }\\ \ ce { X = Y # Z }\\ \ ce { A \ sbond B \ dbond C \ tbond D }

C6 H5 CHO XY Z ABC D

Einfachbindungen werden durch - oder \sbond, Doppelbindungen durch = oder \dbond und Dreifachbindungen durch # pder \tbond erzeugt. Zustzlich gibt es noch die Mglichkeit, mit dem Befehl \bond Bindungen individuell zu gestalten.
Beispiel 6
1

2 3

4 5

\ ce { A \ bond { -} B \ bond {=} C \ bond {#} D }\\ \ ce { A \ bond {~} B \ bond {~ -} C }\\ \ ce { A \ bond {~=} B \ bond {~ - -} C \ bond { -~ -} D }\\ \ ce { A \ bond {...} B \ bond {....} C }\\ \ ce { A \ bond { - >} B \ bond { < -} C }

ABC D C A B B C A D A B C ABC

3.3 Reaktionen
3.3.1 Pfeile mhchem ermglicht ganz einfach, Reaktionsgleichungen zu erstellen. mhchem erkennt im \ce-Befehl einige Pfeiltypen.
Beispiel 7
1 2 3 4 5

\ ce { CO 2 + C -> 2 CO }\\ \ ce { CO 2 + C <- 2 CO }\\ \ ce { CO 2 + C <= > 2 CO }\\ \ ce { H + + OH - <= > > H 2 O }\\ \ ce {$ A $ <-> $A $}

CO2 + C 2 CO CO2 + C 2 CO CO2 + C 2 CO H2 O H+ + OH A A

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3 mhchem

Wie sie in Beispiel 7 sehen knnen, sind die Pfeile sehr intuitiv zu erstellen. Genauso einfach sind sie auch zu beschriften.
Beispiel 8
1 2

\ ce { CO 2 + C - >[\ alpha ] 2 CO }\\ \ ce { CO 2 + C - >[\ alpha ][\ beta ] 2 CO }\\ \ ce { CO 2 + C - >[\ text { oben }] 2 CO }\\ \ ce { CO 2 + C - >[\ text { oben }][\ text { unten }] 2 CO }\\

CO2 + C 2 CO CO2 + C 2 CO CO2 + C 2 CO CO2 + C 2 CO


unten oben oben

Ihnen sollte aufgefallen sein, dass die Beschriftung im Mathematik-Modus erfolgt und man deshalb \text{} einsetzen muss, um die Preile im Text-Modus zu beschriften. Allerdings gibt es eine einfache Mglichkeit, das zu umgehen.
Beispiel 9
1

2 3

\ ce { CO 2 + C -> T [ oben ][ unten ] 2 CO }\\ \ ce {$ A $ - >[\ ce {+ H 2 O }] $ B $}\\ \ ce {$ A $ -> C [+ H 2 O ] $ B $}

CO2 + C 2 CO
unten
2 A B + H2 O A B

oben

+H O

In Beispiel 9 sehen Sie auerdem, dass man Pfeile auch mit Summenformeln beschriften kann, entweder indem man das \ce-Makro einsetzt oder indem man ein C vor die Klammer schreibt. 3.3.2 Fllung, Gasentstehung Eine weitere Kleinigkeit: man kann mit simplen Mitteln auch eine Fllung v oder Gasentwicklung ^ anzeigen.
Beispiel 10
1 2

\ ce { Ba ^2+ + SO 4^2 - -> BaSO 4 v }\\ \ ce {3 HCl + Al -> AlCl 3 + 3/2 H 2 ^}

2 Ba 2+ + SO4 BaSO4 3 H2 3 HCl + Al AlCl3 + 2

3.3.3 Verwendung in Mathematik-Umgebungen Das \ce-Makro lsst sich problemlos in Mathematik-Umgebungen einsetzen.

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3 mhchem

Beispiel 11
1 2 3

\ begin { equation } \ ce {3 HCl + Al -> AlCl 3 + 3/2 H 2 ^} \ end { equation }


3 3 HCl + Al AlCl3 + 2 H2

(1)

Damit lassen sich also nummerierte Reaktionen erstellen. Auch ausgerichtete Gleichungen sind mglich, dann muss allerdings ein anderer Befehl eingesetzt werden, nmlich \cee{}.
Beispiel 12
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11

Kettenstart : \ begin { align } \ cee { Cl 2 & - > 2 Cl *} \\ \ intertext { Kettenfort sc h ri tt :} \ cee { Cl * + CH 4 & - > HCl + {}* CH 3} \\ \ cee {{}* CH 3 + Cl 2 & - > CH 3 Cl + Cl *} \\ \ intertext { Kettenabbruch :} \ cee {2 Cl * & - > Cl 2}\\ \ cee {2{}* CH 3 & - > CH 3 - CH 3}\\ \ cee { Cl * + {}* CH 3 & - > CH 3 Cl } \ end { align }

Kettenstart: Cl2 2 Cl Kettenfortschritt: Cl + CH4 HCl + CH3 CH3 + Cl2 CH3 Cl + Cl Kettenabbruch: 2 Cl Cl2 2 CH3 CH3 CH3 Cl + CH3 CH3 Cl (5) (6) (7) (3) (4) (2)

Beachten Sie im letzten Beispiel, dass wir das Additionszeichen zur Radikaldarstellung eingesetzt haben. Das Zeichen * muss im \ce-Befehl nach einer Atomgruppe stehen. Daher wurde vor der Methylradikal eine leere Gruppe eingefgt: {}*CH3. Wenn Sie das nicht machen, wird der Stern als Stern dargestellt.

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4 chemexec

Beispiel 13
1

\ ce { Cl * + CH 4 -> HCl + * CH 3}

Cl + CH4 HCl + CH 3

Abschnitt

chemexec
4.1 Makros
chemexec stellt eine Reihe von Makros zur Verfgung, die man sich zwar auch bequem selbst denieren knnte. Es ist dennoch praktisch, das nicht jedesmal aufs Neue tun zu mssen. Alle Makros sind sowohl im Text- als auch im Mathematik-Modus einsetzbar. 4.1.1 Teilchen und Ladungen \el Elektron: e \prt Proton: p \ntr Neutron: n0 \Hpl Proton: H \Hyd Hydroxid: OH \ox{}{} Oxidationszahlen 1 Ca\ox{-1}{F}$_2$ CaF2 ; das erste Argument ist die Oxidationszahl, das zweite das Element. \om und \op Ladungen und . Beide Befehle haben ein optionales Argument fr die Anzahl der Ladungen: Ca\op[2] Ca2 , \phosphat\om[3] PO4 3 . 4.1.2 Stereodeskriptoren Einige Deskriptoren zur Erleichterung der Nomenklatur. \Rcip und \Scip, rectus und sinister: (R) (S) \Dfi und \Lfi, dexter und laevus: d l \E und \Z, entgegen und zusammen: (E) (Z) \rconf und \sconf R/S-Konguration: R und S . Beide Befehle haben ein optionales Argument, mit dem der Buchstabe gendert werden kann: \rconf[]

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4 chemexec

4.1.3 Anionen Ebenfalls deniert sind folgende Surereste: \nitrat : NO3 \nitrit : NO2 \sulfat : SO4 \sulfit : SO3 \phosphat : PO4 \phosphit : PO3 \carbonat : CO3 Die Surereste sind durch mhchem zwar im Grunde nutzlos geworden, stammen aber noch aus der Zeit, als ich mhchem noch nicht kannte.

4.2 Kompatibilitt mit mhchem


Wenn man auf ein paar Feinheiten achtet, ist chemexec vollstndig mit mhchem kompatibel.
Beispiel 14
1

\ ce { 2 \ ox {0}{ Ca } + \ ox {0}{ O }_2 -> T [{~~~ REDOX ~~~}] 2 Ca \ op [2] + 2 O \ om [2] }


0

2 Ca + O2 2 Ca2 + 2 O2

REDOX

Beachten Sie bitte, dass Sie die Lcke vor \om, \op, \ox{}{} lassen sollten, sonst kann das zu Fehlermeldungen oder falscher Darstellung fhren: \ce{Ca\op[2]} Ca [2 ]

4.3 Befehle fr mhchem


Was chemexec interessanter machen knnte, sind die Reaktionsbefehle, die auf Basis eines Vorschlags in der Dokumentation zu mhchem entstanden sind.
Beispiel 15
1 2 3 4 5 6

nummerierte Reaktion : \ reaction {2 H 2 + O 2 -> 2 H 2 O } % unnummeriert e Reaktion : \ reaction *{2 CO + O 2 -> 2 CO 2} mehrere ausgerichtete Reaktionen : \ reactions { Cl 2 & - > 2 Cl . \\ Cl . + CH 4 & - > HCl + {}. CH 3}

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5 chemcompounds

nummerierte Reaktion: 2 H2 + O2 2 H2 O unnummerierte Reaktion: 2 CO + O2 2 CO2 mehrere ausgerichtete Reaktionen: Cl2 2 Cl Cl + CH4 HCl + CH3 (R 2) (R 3) (R 1)

Der Befehl \reaction{} hat noch einen Bug: er erzeugt einen Whitespace, wenn man mit % am Ende nicht auskommentiert.

Abschnitt

chemcompounds
5.1 Die Befehle
chemcompounds bietet einfache Befehle um im Text genannte Substanzen ordentlich zu nummerieren und zu referenzieren. Die wesentlichen Befehle sind
1 2 3

\ declarecomp ou n d [ < optionaler name >]{ < label >} % nur in Pr " aambel ! % und \ compound { < label 1 > , < label 2 > ,...} % im Text

Mit \declarecompound werden in der Prambel die Komponenten deklariert. Dann kann mit \compound im Text auf sie referenziert werden. Lsst man das optionale Argument von \declarecompound leer, dann werden die Komponenten fortlaufend durchnummeriert. Durch das optionale Argument hat man die Mglichkeit, die Nummer selbst festzulegen. Ein einfaches Beispiel:
Beispiel 16 in der Prambel werden folgende Komponenten deklariert:
1 2 3

\ declarecomp ou n d { label 1} \ declarecomp ou n d { label 2} \ declarecomp ou n d [5 b ]{ label 3}

Dann bekommen wir zum Beispiel


1

\ compound { label 1} und \ compound { label 1 , label 2 , label 3}

1 und 1, 2, 5b

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5 chemcompounds

5.2 Anpassung
chemcompounds liefert eine Reihe von Befehlen, um das Aussehen der Referenzen zu ndern. \compoundseparator das Trennzeichen, wenn mit \compound mehrere Label aufgerufen werden. Default: ,\penalty\@m\ \compoundglobalprefix Beginn der Liste. Default: leer \compoundglobalsuffix Ende der Liste. Default: leer \compoundprefix vor dem Label. Default: leer \compoundsuffix nach dem Label. Default: leer \compoundstyle Schriftstil des Labels. Default: \textbf Durch ein Beispiel wird wohl am ehesten klar, wie man die Befehle einsetzen kann.
Beispiel 17
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20

\ renewcommand {\ compoundstyle }{\ underbar } \ compound { label 1} und \ compound { label 1 , label 2 , label 3} \ renewcommand {\ compoundsepa r at o r }{;} \ compound { label 1} und \ compound { label 1 , label 2 , label 3} \ renewcommand {\ compoundgl ob a lp r ef i x }{(} \ renewcommand {\ compoundgl ob a ls u ff i x }{) } \ compound { label 1} und \ compound { label 1 , label 2 , label 3} \ renewcommand {\ compoundpref ix }{(} \ renewcommand {\ compoundsuff ix }{) } \ compound { label 1} und \ compound { label 1 , label 2 , label 3} \ renewcommand {\ compoundgl ob a lp r ef i x }{\ textbf {[}} \ renewcommand {\ compoundgl ob a ls u ff i x }{\ textbf {]}} \ renewcommand {\ compoundpref ix }{\ ensuremath {\ langle }} \ renewcommand {\ compoundsuff ix }{\ ensuremath {\ rangle }} \ renewcommand {\ compoundstyle }{\ emph } \ compound { label 1} und \ compound { label 1 , label 2 , label 3}

1 und 1, 2, 5b 1 und 1;2;5b (1) und (1;2;5b) ((1)) und ((1);(2);(5b)) [ 1 ] und [ 1 ; 2 ; 5b ]

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6 chemstyle

Abschnitt

chemstyle
Mit chemstyle muss man ein bichen vorsichtig sein, da es eine ganze Reihe Pakete automatisch ldt, wie zum Beispiel varioref, siunitx bzw. SIunits und xspace. Das Paket stellt einige Makros zur Verfgung, deren Stil individuell angepasst werden kann.
Beispiel 18
1 2

3 4 5 6

\ etc \ eg \ ie \ etal \ invacuo \\ \ cstsetup { abbremph = false , abbrcomma = true } \ etc \ eg \ ie \ etal \ invacuo \ medskip \ par \ nPr \ iPr \ nBu \ iBu \ sBu \ tBu \\ \ cstsetup { radhyphen = false , radsuper = true } \ nPr \ iPr \ nBu \ iBu \ sBu \ tBu

etc . e.g . i.e . et al . in vacuo etc. e.g., i.e., et al. in vacuo n -Pr i -Pr n -Bu i -Bu s -Bu t -Bu n Pr i Pr n Bu i Bu s Bu t Bu

Vor allem stellt chemstyle fr diese Makros und der von chemscheme11 bereitgestellten Schema-Umgebung passende Stile fr eine Reihe von Journals zur Verfgung, die per Paketoption aktiviert werden knnen (siehe Tabelle 1). Option angew jomc ic jacs jcp orglett rsc tetlett Journals Angew. Chem., Chem. Eur. J. J. Organomet. Chem., Coord. Chem. Rev. Inorg. Chem. J. Am. Chem. Soc. J. Phys. Chem. A, J. Phys. Chem. B Org. Lett. Chem. Commun., Org. Biomol. Chem. Dalton Trans. Tetrahedron, Tetrahedron Lett.

Tabelle 1: Von chemstyle bereitgestellte Stile

11

vom gleichen Autor, wird durch chemstyle automatisch geladen

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7 streeTEX

Abschnitt

streeTEX
7.1 Grundlagen
Das Paket wird mit \usepackage{stree} eingebunden. Die gesamte Eingabe in streeTEX wird in den Befehl \stree geschrieben. Zur Beschreibung der Struktur muss man die Bindungen von Atom zu Atom entlang gehen und dabei sowohl die Bindungen als auch die Beschriftung einfgen. Zum Beispiel gibt man die Formel von 1-Hydroxy-4-methylpyridin folgendermaen ein:
Beispiel 19
1 2

\ begin { center } \ stree {{ HO } 2 0 >2 4 [2{ CH $_3$}] >6 8 N >10} \ end { center }

"b "CH3 " " b" " HO "b " " b " N

Wir starten den Durchgang an der Atomgruppe OH und mssen ihr Label zuerst eingeben: {HO}. Ein Label wird in geschweifte Klammern geschrieben, wenn es mehr als ein Zeichen enthlt. Das nchste Zeichen 2 bedeutet: zeichne eine Bindung in Richtung 2 Uhr auf einem Ziernblatt. Ein Durchgang hat immer einen aktuellen Punkt (vertex). Die 0 bezieht sich auf die nchste Bindung Richtung 0 Uhr (oder aufwrts). Dann kommt eine Doppelbindung nach 2 Uhr. Daher wird das Zeichen > (ein sogenanntes Prx ) direkt vor die Richtungsangabe gesetzt. Die nchste Einfachbindung nach 4 Uhr fhrt zu einer substituierten Stelle am Ring. Der Substituent wird durch [2{CH$_3$}] beschrieben. Die eckigen Klammern umschlieen eine Seitenkette bzw. markieren die aktuelle Stelle am Ring, so dass die Konstruktion danach an dieser Stelle weitergeht. Innerhalb der eckigen Klammern fhrt eine Bindung nach 2 Uhr zur Methyl-Gruppe CH3 mit dem Label {CH$_3$}. Eine Methylgruppe ist ein geluger Substituent, weswegen sie auch anstatt durch {CH$_3$} mit \Me gesetzt werden kann. 2\Me ist also gleichwertig mit [2{CH$_3$}]. Danach geht es weiter am Ring. Es fehlen noch drei Bindungen: nach 6, 8, und 10 Uhr. Die 6 und 10 Uhr Bindungen sind Doppelbindungen, bekommen also das Prx >. Die 8 Uhr Bindung fhrt zu einem Sticksto-Atom mit Label N, also wird N direkt nach 8 gesetzt, ohne Leerzeichen. Wir bentigen hier keine geschweiften Klammern, da dieses Label nur aus einem Zeichen besteht.

7.2 Prxe
Bislang haben wir das Prx > verwendet, um Doppelbindungen zu spezizieren. Um Bindungen zu modizieren, gibt es aber noch weitere Prxe, die in Tabelle 2 aufgelistet sind, aufgeteilt nach den verschiedenen Arten von Auswirkungen, die sie haben. Prxe verschiedener Kategorien knnen kombiniert werden. Zum Beispiel ergibt \stree{_/:=4}

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7 streeTEX
Prx / // , += > < == "> "< _ ~ ~~ : * ^ ^* . Ergebnis schrg sehr schrg 45 Bindung in beliebige Richtung Doppelb., zentriert Doppelb., rechts Doppelb., links Dreifachb. rechts delokalisiert links delokalisiert lang (5/3 der normalen Lnge) kurz (1/3 der normalen Lnge) unsichtbar unsichtbare Label gepunkted fett Pfeil keilfrmig kurz unsichtbar Ansicht  (( Kategorie RichtungsPrxe

Bindungsarten

Bindungslnge

visuelle Eekte C * Markierungen

Tabelle 2: Prxe in streeTEX um Bindungen zu modizieren. eine lange schrge gepunktete Doppelbindung in Richtung 4 Uhr: Sehen wir uns nun ntzlichere vielmehr: gebruchlichere Einstze der Prxe an. Das Prx . (Punkt) gibt es speziell, um Nummern oder hnliche Symbole an Atome 2 4 zu setzen. Um z.B. Butan mit nummerierten Kohlenstoen zu erhalten 1 " " , muss 3 " b b " man \stree{.01 2 .02 4 .03 2 .04} eingeben. Eine Konstruktion wie .0x bedeutet also: nimm eine kurze unsichtbare Bindung auf 0 Uhr und setze das Label x. Bei dieser Konstruktion darf auf das Label nicht verzichtet werden. Jedes Zeichen an dieser Stelle wird auf jeden Fall als Label interpretiert. Mit Prxen kann auch eine rumliche Darstellung erzeugt werden. Dabei hngt die Richtung der Keilformel, die durch ^* erzeugt wird, von der Dicke der vorherigen Bindung ab.
Beispiel 20
1

\ stree { / : 2 : 3 / : 4 / ^ * 8 * * 9 / * ^ 1 0}

Die Dicke der unteren Bindung **9 ist mit zwei Asterisken zweifach verdoppelt worden. kann mit \stree{**17 *3} erzeugt werden. Eine einzelne sich verengende Bindung Dabei bedeutet 17 eine nichtexistente Richtung, sozusagen eine Bindung der Lnge null. Mit dem Prx (Apostroph) kann man kurze Bindungen erzeugen.

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7 streeTEX

Beispiel 21
1

\ stree { 8 0 4 6 2 N 0 4}

b "N b"

Eine kurze Bindung ndert die aktuelle Position nicht. Durch unsichtbare Bindungen mit dem Prx ~ (Tilde) knnen u.a. Formeln ausgerichtet werden. Siehe hier . . .
Beispiel 22
1 2

\[ \ stree {{ H $_2$ C } =3{ CH $_2$} ~6{ CH $_2$} =9{ H $_2$ C }} \ quad \ longrightarro w \ quad \ stree {3690} \]

H2 C H2 C

CH2 CH2

. . . oder im nchsten Beispiel: Ausrichten mehrerer Isomere.


Beispiel 23
1 2

\[ \ stree { O =2 [~0] 4 [~6] 2 4{ Cl }}\ quad \ stree {4 [=6 O ] 2 [~~0 O ] 4{ Cl }}\ quad \ stree {4 [~~~=6 O ] 2 [=0 O ] 4{ Cl }} \]

O " b "b b "b " "b "b b b b b" b" Cl Cl Cl O" b" O

Folgen nach der Tilde mehrere Zeichen, mssen mehrere Tilden gesetzt werden, damit die ganze Gruppe unsichtbar ist ([~~0O] und [~~~=6O]). Diese Ausrichtung funktioniert, da die Formeln an ihren geometrischen Zentren ausgerichtet werden. Die unsichtbaren Dummys sorgen fr eine gleiche Hhe der Formeln.

7.3 Richtungen
Zustzlich zu den bereits angesprochenen zwlf Richtungen, die den Uhrzeiten auf einem Ziernblatt entsprechen, kann man in streeTEX noch etwa zweimal soviele durch die Prxe / und , erhalten. Ein Komma vor den Nummern 2, 5, 8 oder 11 liefert vier Richtungen in 45-Neigung.

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7 streeTEX

Beispiel 24
1

@ @

\ stree {0 ,2 3 ,5 6 ,8 9 ,11}

@ @

11 0 1 10 2 b " b " 9 "b 3 " b 8 4 7 6 5 Uhrzeiten

,11 @ @ @ @ ,8 45

,2

,5

/11 /1 /2 /10 P P PP /4 /8 /7 /5 schrg

//11 //1 //10 hh(( //2 ((hh //4 //8 //7 //5 sehr schrg

Abbildung 1: Bindungsrichtungen (gepunktete Linien zeigen in Uhrzeiten zum Vergleich zu den schrgen Richtungen). Der Schrgstrich kann allen nicht -orthogonalen Richtungen vorangestellt werden und neigt sie um etwa 10. Diese von mir schrg genannten Richtungen passen gut zu Cyclopentanen.
Beispiel 25
1

\ stree {/11 2 4 /7 9} \ qquad \ stree {0 /2 5 7 /10}

"b " b

 PP

Ein unregelmiger 5-Ring mag auch erwnscht sein. Hier gibt es keine schrgen Richtungen, aber eine Bindung ist 2/3 so lang wie die anderen. Die zustzliche Lnge erhlt man durch das Prx _ (Unterstrich), die gesamte Formel wird gesetzt durch {\bondlen3.5mm\stree{0 _3 6 8 10}} (der Zusatz \bondlen3.5mm verkleinert die gesamte Figur, die geschweiften Klammern beschrnken die Verkleinerung auf diese Figur.). Cycloheptane bentigen noch weitere Richtungen, die in Abb. 1 sehr schrg benannt sind.
Beispiel 26
1

\ stree {1 //2 4 6 8 //10 11} \ qquad \ stree {5 3 1 //11 10 8 //7}

((b b " hh"

"b " b

Damit haben wir schon insgesamt 32 verschiedene Richtungen. Dennoch mag der Fall vorkommen, dass sie nicht ausreichen. Dafr gibt es die oset -Richtungen, die mit den Prxen + bzw. - erhalten werden knnen, in Kombination mit natrlichen Zahlen, die

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je Einheiten von 1/6 der normalen Bindungslnge angeben. Ein Beispiel soll das verdeutlichen.
Beispiel 27
1 2

b b " b"

\ stree { 2 0 2 /4 -5 -6 //8 -2+2 0 2 [+1+5 [=0 10 4 2] +1 -7] /4 2 8 +2 -2 }

" "P P" " " "PP " % ((% " "

Gehen wir das letzte Beispiel einmal durch. Wir beginnen mit der Methyl-Gruppe links 2 und gehen dann in den 5-Ring 0 2 /4 -5-6 //8. Die Bindung -5-6 passt zu keiner der vorgefertigten Richtungen, und wird daher konstruiert: 5/6 einer Lnge nach links und 6/6 einer Bindungslnge nach unten. Danach folgt der zweite Ring -2+2 0 2 [...] /4 2 8 +2-2. In den eckigen Klammern wird der Brckenkopf gesetzt. 2 8 erzeugt die Methyl-Gruppe rechts, dabei geht 8 die eben durch 2 erzeugte Bindung zurck. [2] htte genauso funktioniert. Die Brcke wird ebenfalls mit oset-Bindungen beschrieben +1+5[...]+1-7. Bei oset-Bindungen bedeutet die erste Zahl immer die horizontale nderung nach rechts (+) oder links (-), die zweite die vertikale nach oben (+) oder unten (-). Die obere Seitenkette schlielich wird durch =0 10 4 2 gezeichnet, wobei 10 4 die Methyl-Gruppe oben links zeichnet. Die gesamte Struktur htte auch (fast) ohne Leerzeichen beschrieben werden knnen:
1

\ stree {202/4 -5 -6//8 -2+2 02[+1+5[=01042]+1 -7]/428+2 -2}

Nur das Leerzeichen zwischen -2+2 und 02[ ist notwendig, da sonst die oset Bindung -2+202 (zwei nach links und 202 nach oben) entstanden wre.

7.4 Label
Wenn eine Bindung an einem Atom oder einer Atomgruppe enden soll, muss das Label unmittelbar nach der Bindungsrichtung geschrieben werden, ohne Leerzeichen dazwischen. Wenn ein Label aus mehreren Zeichen besteht, eine Zahl ist oder ein Zeichen ein fr Prxe reserviertes ist, muss das Label in geschweifte Klammern geschrieben werden. Wenn ein Label nur ein einziger Buchstabe ist (wie C, N, O, H . . . ), dann werden die Klammern nicht bentigt, verursachen aber auch keinen Fehler. Bei einem Label mssen alle angrenzenden Bindungen krzer sein um eine berlagerung zu vermeiden. Die Hauptaufgabe von streeTEX liegt in der richtigen Berechnung von Label-Gren, um die Koordinaten fr die Bindungen anzupassen. Da TEX keine arrays12 kennt, wird nur das aktuelle Label resp. seine Koordinaten gespeichert. Bei einem
Als einen array bezeichnet man in der Informatik eine Variable, die hnlich einem Vektor mehrere Daten enthlt.
12

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kompletten Durchgang einer Struktur kann es vorkommen, dass manche Stellen zweimal passiert werden. Jedes mal muss dann ein eventuelles Label neu speziziert werden. Z.B., wenn die Formel HO N von OH nach N und entlang dem Ring zurck zum N durchschritten wird, sollte das Sticksto-Label zweimal gesetzt werden: \stree{{HO}3N 1 3 5 7 9 11N}. Die Abwesenheit des letzten N htte eine berlagerung des ersten N durch die letzte 11-UhrBindung zur Folge (da die Anwesenheit des Labels hier schon vergessen ist). Allerdings erlaubt die Verwendung eckiger Klammern, die Mehrfachnennung zu umgehen. In unserem Beispiel etwa durch die folgende Konstruktion: \stree{{HO}3N [5] 1 3 5 7 9}. Lange Label sind eventuell schwieriger auszurichten. Oensichtlich erlaubt ein Label mit mehreren Zeichen verschiedene Stellungen relativ zum Bindungsende. Die DefaultRegel besagt: wenn eine Bindung nach links geht (d.h. einen negativen horizontalen oset hat), dann entspricht das Bindungsende dem Zentrum des Zeichens rechts und umgekehrt. Daher muss man inneren Labeln eventuell besondere Beachtung schenken. Zum Beispiel fhrt der gewohnte Durchgang von Pyrrol dazu, dass das Label NH am H anstelle des N ausgerichtet wird. Durch das Prx (back apostrophe) kann die Default-Ausrichtung gendert werden.
Beispiel 28
1

\ stree {~ 8/ >13/ >58 { NH }10}

b b NH

Da das Verhalten eines Labels beeinusst (im Gegensatz zu den anderen, die Bindungen anpassen), ist dieses Prx das einzige, das vor einem Label stehen darf (obwohl 8{NH} auch funktioniert, aber weniger logisch ist als 8{NH}). Kehren wir zurck zum Pyrrol. man kann das zentrierte Label (rechts) passender nden. Hier wird das gesamte Label zentriert, was durch Verdopplung des Prxes erreicht wird.
Beispiel 29
1

\ stree {/ >13/ >58 { NH }10}

NH

Allerdings bekommt man schnere Ergebnisse durch Verwendung von TEX-Boxen u.. Beide Pyrrol-Formeln sind nicht perfekt und man mag das NH vielleicht durch die folgende Konstruktion senkrecht ausrichten.

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Beispiel 30
1

\ stree {/ >1 3/ >5 8 {\ vtop {\ baselineskip =0 pt \ hbox { N }\ hbox { H }}}10}

" b b " N H

Sehen wir uns das genauer an. Zwei vor dem Label schtzen vor einer automatischen Ausrichtung. Der TEX-Befehl \vtop erstellt eine vertikale Box, ausgerichtet durch die oberste Box im Inhalt. In unserem Fall stimmen die Basislinien von \hbox{N} und der gesamten \vtop berein. Anders ausgedrckt, Die Hhe von \vtop ist gleich der Hhe von \hbox{N}. Da streeTEX eine Box ignoriert, wenn es ein Label setzt, stimmt das Bindungsende mit dem Zentrum das N berein. Ohne \baselineskip=0pt wren N und H so weit voneinander entfernt wie zwei Linien eines Absatzes. Fast dasselbe Resultat erhlt man brigens durch eine kurze unsichtbare Bindung nach unten:
Beispiel 31
1

\ stree {/ >1 3/ >5 8 N [~ -0 -3 H ] 10}

" b b " N H

7.5 Befehle
AT X blich durch Es gibt Befehle, die Label ersetzen knnen. Sie werden wie in L E \ eingeleitet. Die Befehle knnen innerhalb der Struktur \stree verwendet werden, um die Eingabe einiger Fragmente zu erleichtern (siehe Tabelle 3). Alle verfgbaren Befehle ndern die aktuelle Position innerhalb der Struktur nicht. Das ist so, damit man die einwertigen Stcke (Spalten 2 und 3) einfgen kann. Die cyclischen Fragmente erlauben einen exibleren Einsatz. Endstndige Cyclen bentigen eine zustzliche Bindung in dieselbe Richtung vor dem Befehl (z.B. wird Biphenyl mit \stree{9\ph 3 3\ph} erzeugt). Das mag unkomfortabel erscheinen, ermglicht aber eine einfache Eingabe von Polycyclen und einfacher Heterocyclen:

"b "b " b" b b "b " b" b"

\stree{ 10\6 2\6}

H3 C

\stree{ N3\6 9\Me}

Ein Fragment wird in die Richtung, die dem Befehl vorangeht, gezeichnet (alle Abbildungen in Tabelle 3 entsprechen der 3-Uhr-Richtung).

7.6 Ausrichtung
Die chemischen Strukturen lassen sich mit \stree einfach in einer Mathematikumgebung mit mathematischen Formeln ausrichten. Man beachte dabei, dass man, obwohl

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8 ChemFig
" "

\ph

\tbu

\O \CO

\pho

 

\tbx

\OH

OH

\six \6

O \ip \COOH C OH \Me CH3

Tabelle 3: Verfgbare Befehle die gesamte Gleichung in einer Mathematik-Umgebung steht, innerhalb einer \streeUmgebung die Indices zwischen Dollar-Zeichen stellen muss.
Beispiel 32
1 2

\[ \ stree {9\6 3\ OH }+\ stree {9\ OH 1\ O 5\ Me } \ xrightarrow {[\ text { H }^\ oplus ]} \ stree {9\6 3 O 3 1\ O 5\ Me } + \ stree {{ H $_2$ O }} \]

O OH + HO CH3

[ H ]

O O CH3 + H2 O

Abschnitt

ChemFig
ChemFig geht einen anderen Ansatz als streeTEX. In ChemFig werden alle chemischen Formeln in eine tikzpicture-Umgebung gesetzt. Das bedeutet, dass fr ChemFig TikZ installiert sein muss. TikZ ist eine high-level -Makrosammlung fr die low-level -Sprache pgf. Was das genau bedeutet ist relativ irrelevant. Hier sei darauf hingewiesen, dass man mit TikZ ein machtvolles Paket zur Erstellung von Graken zur Verfgung hat, das von ChemFig ausgentzt wird.

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8.1 Grundlagen
Nachdem Sie das Paket mit \usepackage{chemfig} eingebunden haben, steht Ihnen der Befehl \chemfig{<code>} zur Verfgung. In diesen Befehl werden alle Formeln gesetzt. Dazu gehen Sie nach folgendem Prinzip vor:
1

\ chemfig { < atom 1 > < Bindungstyp >[ < Winkel > , < L nge > , < n 1 > , n 2 > , < tikz >] < atom 2 >}

Anders als streeTEX werden bei ChemFig die Bindungsrichtungen im mathematischen Sinn angegeben. ChemFig stellt acht Grundrichtungen zur Verfgung, die mit den Zahlen von 0 bis 7 angegeben werden. Die jeweilige Zahl entspricht einem Faktor, mit dem 45 multipliziert werden. Die Zahl 2 entspricht also einem Winkel von 2 45 = 90 . Dieser Winkel ist immer relativ zur Horizontalen im Gegenuhrzeigersinn zu deuten. DefaultRichtung ist 0. Eine Einfachbindung wird durch einen Bindestrich -, eine Doppelbindung durch ein Istgleich = reprsentiert. Im ersten optionalen Argument der Bindung <Winkel> geben Sie den Winkel an, den die Bindung haben soll. Lassen Sie das weg, hat die Bindung den Default-Winkel 0 . Verzweigungen werden in runde Klammern () geschrieben, Atome einfach an die entsprechende Stelle des Molekls.
Beispiel 33 2 3
1

1 0

\ chemfig {( -[1]1) ( -[2]2) ( -[3]3) ( -[4]4) ( -[5]5) ( -[6]6) ( -[7]7) -0}

4 5 6 7

Damit lassen sich erste einfache Strukturformeln realisieren.


Beispiel 34 H
1

H C H H

\ chemfig {H - C ( -[2] H ) ( -[6] H ) -C ( -[2] H ) ( -[6] H ) -H }

C H

Chemiker wollen vermutlich allerdings lieber Skelettformeln realisieren. Dafr knnen wir entweder die vordenierten Richtungen verwenden, oder um schnere Ergebnisse zu erhalten die Winkel absolut angeben. Dazu wird der entsprechenden Gradzahl einfach ein Doppelpunkt : vorangestellt.

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Beispiel 35
1

\ chemfig { -[1] -[7] -[1] -[7]} oder sch \" oner \ chemfig { -[:30] -[: -30] -[:30] -[: -30]}

oder schner

8.2 Bindungen
Neun verschiedene Bindungstypen sind deniert, die in Tabelle 4 aufgefhrt sind. Code \chemfig{A-B} \chemfig{A=B} \chemfig{A~B} \chemfig{A>B} \chemfig{A<B} \chemfig{A>:B} \chemfig{A<:B} \chemfig{A>|B} \chemfig{A<|B} Ergebnis A B A B A B A B A B A B A B A B A B Typ Einfach Doppel Dreifach rechter Keil linker Keil rechter Keil, gestrichelt linker Keil, gestrichelt rechter Keil, hohl linker Keil, hohl

Tabelle 4: Bindungstypen bei ChemFig Ihnen ist vermutlich aufgefallen, dass die Formeln recht gro und die Keilbindungen doch sehr ausgeprgt sind. Man kann das aber sehr einfach den eigenen Vorstellungen anpassen. Dafr gibt es folgende zwei Befehle:
1 2

\ setatomsep { < l nge >} \ setcrambond { < basis >}{ < dicke >}{ < abstand >}

Lassen Sie alle Argumente leer, dann erhalten sie die Default-Einstellungen, die folgendem entsprechen:
1 2

\ setatomsep {3 em } \ setcrambond {1.5 ex }{1 pt }{2 pt }

Das Argument von \setatomsep setzt die Bindungslnge oder genauer den Abstand zwischen den Mitten zweier Atome fest. Bindungen zwischen verschiedenen Atomen sind nmlich nicht immer gleich.
Beispiel 36
1 2

\ chemfig {I - I }\\ \ chemfig {M - M }

I M

I M

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Mit \setcrambond werden die Keilbindungen angepasst. Das erste Argument <basis> bestimmt die Basis des Dreiecks, das zweite <dicke> die Dicke der gestrichelten Linien und das dritte <abstand> den Abstand der gestrichelten Linien.
Beispiel 37
1 2

\ chemfig {A < B } \ chemfig {A <: B }\\ {\ setcrambond {5 pt }{0.4 pt }{1 pt }\ chemfig {A < B } \ chemfig {A <: B }}

A A

BA BA

B B

Mir persnlich gefallen bei Skelettformeln diese Einstellungen besser:


1 2

\ setatomsep {1.8 em } \ setcrambond {3 pt }{0.5 pt }{1 pt }

Beispiel 38
1 2

\ chemfig {A - B } \ chemfig {A < B } \ chemfig {A <: B }\\ {\ setatomsep {3 em }\ setcrambond {1.5 ex }{1 pt }{2 pt }\ chemfig {A - B } \ chemfig {A < B } \ chemfig {A <: B }}\\ {\ setatomsep {2.5 em }\ setcrambond {3 pt }{}{}\ chemfig {A - B } \ chemfig {A < B } \ chemfig {A <: B }}\\ {\ setatomsep {1.8 em }\ setcrambond {3 pt }{.5 pt }{1 pt }\ chemfig {A - B } \ chemfig {A < B } \ chemfig {A <: B }}\\ {\ setatomsep {2.5 em }\ setcrambond {3 pt }{}{}\ chemfig { -[:30] -[: -30]( <[: -90]) -[:30] -[: -30]}}\\ {\ setatomsep {1.8 em }\ setcrambond {3 pt }{.5 pt }{1 pt }\ chemfig { -[:30] -[: -30]( <[: -90]) -[:30] -[: -30]}}

A A A A

BA BA B BA BA B BA BA B BA BA B

Sie knnen die Bindungslnge aber auch fr jede Bindung einzeln angeben, indem Sie als zweiten Parameter <Lnge> der Bindung einen Faktor angeben, mit dem die Bindungslnge multipliziert wird. Das kann dann zum Beispiel so aussehen:

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Beispiel 39
1 2 3

\ chemfig {A -[ ,2] B } \\ \ chemfig {A -B -[ ,2] C =[ ,0.5] D } \\ \ chemfig { -=[ ,1.5] -[ ,0.75]=[: -20 ,2]}

A A

B B C D

Zu guter Letzt noch zwei Dinge: die Doppelbindungen knnen nicht nur zentriert, sondern auch ober- (=^) und unterhalb (=_) der Bindungsebene liegen.
Beispiel 40
1 2 3

\ chemfig { -[: -30]=[:30] -[2]=[:150] -[: -150]=[6]} \ quad \ chemfig { -[: -30]=^[:30] -[2]=^[:150] -[: -150]=^[6]} \ quad \ chemfig { -[: -30]=_[:30] -[2]=_[:150] -[: -150]=_[6]}

Zum anderen ein Beispiel, wie Sie das Bindungsargument <tikz> verwenden knnen, um Bindungen zu frben.
Beispiel 41
1 2

{\ setatomsep {2 em } \ chemfig {[:30] - -[:: -60] - -[:: -60] -( -[2 , , , , red ] -[::60 , , , , red ]( -[2 , , , , red ]) -[::60 , , , , red ] -[:: -60 , , , , red ]) -[:: -60 , , , ,] -( -[2 , , , , green ]( -[::60 , , , , green ]) -[:30 , , , , green ] -[: -30 , , , , green ] -[:30 , , , , green ]) -[:: -60] - -[:: -60] - -[:: -60]}\\ 6 -({\ color { green }1 - Methylbutyl }) -8 -({\ color { red }2 - methylbutyl }) tridecan }

6-(1-Methylbutyl)-8-(2-methylbutyl)-tridecan

Zu den Winkel-Argumenten in Beispiel 41 lesen Sie Abschnitt 8.3.

8.3 Winkel
Die acht vordenierten Winkel wurden schon in Beispiel 33 vorgestellt.

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8 ChemFig

Beispiel 42 D
1

\ chemfig {A -B -[1] C -[3] - D -[7] E -[6] F } \ qquad \ chemfig { - -[1] -[3] - -[7] -[6]}

C A B

E F

Die Winkel knnen, wie ebenfalls schon erwhnt, auch absolut angegeben werden, indem man der Zahl einen Doppelpunkt voranstellt.
Beispiel 43 E
1

\ chemfig {A -[:30] B =[: -75] C -[:10] D -[:90] >[:60] -[: -20] E -[:0]~[: -75] F}

B A C D

Winkel knnen aber auch relativ zum vorherigen Winkel angegeben werden. Dazu muss man zwei Doppelpunkte vor die Zahl setzen.
Beispiel 44

C
1

\ chemfig {A -[: -5] -[::+20] -[::20] B -[::+20] -[::20] C -[::20]}

B A

Gibt man vor der ersten Bindung einen Winkel an, wird der Default-Winkel von Null Grad auf diesen Winkel gendert.
Beispiel 45 A
1

A B C D

\ chemfig {A -B -C - D } \ quad \ chemfig {[: -45] A -B -C - D }

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8 ChemFig

Die relativen Winkel und die Default-Richtung kann man bequem ausntzen:
Beispiel 46 Ein Molekl nur mit relativen Bindungen: O R
1

C O

Ein Molek \" ul nur mit relativen Bindungen :\\ \ chemfig {R - C (=[::60] O ) -[:: -60] O -[:: -60] C (=[::60] O ) -[:: -60] R }\\ Das gleiche Molek \" ul rotiert durch \" Andern der Default Richtung :\\ \ chemfig {[:75] R - C (=[::60] O ) -[:: -60] O -[:: -60] C (=[::60] O ) -[:: -60] R }

O Das gleiche Molekl rotiert durch ndern der Default-Richtung: O O C O C R R

8.4 Atome und Atomgruppen


Bei der Atom-Deklaration knnen Sie die beiden Operatoren zum Hoch- (^) und Tiefstellen (_) verwenden.
Beispiel 47
1

\ chemfig { CH _3 - CH _3} \ quad \ chemfig { CH _3 - CH _2^\ oplus }

CH3

CH3

CH3

CH 2

Wenn Sie lngere Atomgruppen haben, wollen Sie unter Umstnden die Bindung nicht am letzten Buchstaben beginnen und am ersten enden lassen, sondern am zweiten, dritten usw. Dafr gibt es die optionalen Argumente <n1> und <n2> der Bindungen. <n1> bestimmt, an wievielten Buchstaben die Bindung beginnt, <n2> am wievielten sie endet. Zunchst einmal hngt das Anfangs- und Endatom vom Winkel der Bindung ab:
Beispiel 48
1

\ chemfig { ABCD -[:80] EFGH } \ quad \ chemfig { ABCD -[1] EFGH } \ quad \ chemfig { ABCD -[: -80] EFGH } \\ \ chemfig { ABCD -[:110] EFGH } \ quad \ chemfig { ABCD -[5] EFGH } \ quad \ chemfig { ABCD -[: -110] EFGH }

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8 ChemFig

EFGH EFGH ABCD ABCD ABCD EFGH

EFGH ABCD EFGH ABCD

ABCD EFGH

Durch Angabe der <n1> und/oder <n2> knnen Sie selbst bestimmen, wo die Bindung beginnt und endet:
Beispiel 49
1

\ chemfig { ABCD -[:80 , ,2 ,3] EFGH } \ quad \ chemfig { ABCD -[:80 , ,2] EFGH } \ quad \ chemfig { ABCD -[:80 , , ,3] EFGH }

EFGH ABCD

EFGH ABCD

EFGH ABCD

So haben Sie also eine bequeme Mglichkeit, etwa folgendes Molekl zu setzen:
Beispiel 50
1

Falsch : \ chemfig { COOH -[:80] COOH } Richtig : \ chemfig { COOH -[:80 , ,1] COOH }

COOH Falsch: COOH

COOH Richtig: COOH

8.5 Verzweigungen
In Abschnitt 8.1 wurde schon angedeutet, dass Verzweigungen in runde Klammern geschrieben werden. Vielleicht haben Sie auch schon bemerkt, dass man im Prinzip so viele Verzweigungen anlegen kann, wie man mchte. Sehen wir uns ein paar Beispiele aus dem ChemFig-Manual an.
Beispiel 51
1 2 3

\ chemfig {A - B ( -[1] W - X ) -C } \\ \ chemfig {A - B ( -[1] W - X ) ( -[6] Y -[7] Z ) -C } \ quad \ chemfig {A - B ([:60] - D - E ) ([:: -30 ,1.5] - X - Y ) -C }

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8 ChemFig
W X C E X C A B D C X Z Y

W A B Y

Hier knnen Sie auch noch einmal schn erkennen, was passiert, wenn man mit den Richtungen ein wenig herumspielt. ChemFig bietet auch die Mglichkeit, entfernte Atome zu verbinden. Dafr gibt es den Anker ?[<name>,<bindung>,<tikz>].
Beispiel 52
1 2 3 4 5

\ chemfig {A - B ( -[1] W - X ) ( -[7] Y - Z ) -C } \ quad \ chemfig {A - B ( -[1] W - X ?) ( -[7] Y - Z ) -C ?} \ quad \ chemfig {A - B ( -[1] W - X ?) ( -[7] Y - Z ?) -C ?} \ par \ medskip \ chemfig { A ?[ a ] - B ( -[1] W ?[ a ] - X ?[ b ]) ( -[7] Y - Z ?[ b ]) -C ?[ b ]} \ quad \ chemfig { A ?[ a ] - B ( -[1] W ?[ a ,{=} , red ] - X ?[ b ]) ( -[7] Y - Z ?[ b ,{ -} ,{ line width =2 pt }]) -C ?[ b ,{ >} , blue ]}

W A B Y W A B Y C C

X A Z X A Z B B

W C Y W C Y

X A Z X B

W C Y

8.6 Ringe
Ab diesem Abschnitt verwende ich folgende Einstellungen fr die Bindungen:
1 2

\ setatomsep {2 em } \ setcrambond {2 pt }{}{}

Natrlich lassen sich auch Ringe realisieren. Man kann sie entweder zusammenbasteln, oder eine spezielle Syntax verwenden.
1

\ chemfig { < atom >* < n >( < code >) }

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8 ChemFig

Mit <n> wird die Ringre angegeben, in den runden Klammern folgt dann die Spezizierung des Rings.
Beispiel 53
1 2

\ chemfig { a *6( - b -c -d -e -f -) }\\ \ chemfig { a *6(= -= -= -) } \ chemfig { a *5( -= - - -) } \ chemfig { a *4( - - - -) } \ chemfig { a *7( -= N - - - - -) } \ chemfig { a *8( - - - - - - - -) } \ chemfig { a *9( - - - - - - - - -) }

e f a b d c

a N

Am letzten Beispiel knnen Sie gut erkennen, dass alle ChemFig-Formeln an der Basislinie ausgerichtet sind. Achten Sie einfach auf das a, dass die Startecke jedes Rings markiert. Geben Sie in den runden Klammern des Ringbefehls nicht alle zum Ring gehrenden Bindungen an, werden auch nicht alle dargestellt.
Beispiel 54
1

\ chemfig {[4]*6( - - - - -) } \ quad \ chemfig {[4]*6( -= - -) } \ quad \ chemfig {[3]*6(= -=) }

Mit der Syntax


1

\ chemfig { < atom >**[ < winkel 1 > , < winkel 2 > , < tikz >] < n >( < code >) }

erhalten Sie einen Aromaten. Dabei haben Sie die Mglichkeit, den Kreis, der in den Ring gezeichnet wird, zu modizieren.
Beispiel 55
1 2

\ chemfig {**6( - - - - - -) }\ quad \ chemfig {**[30 ,330]5( - - - - -) }\ quad \ chemfig {**[0 ,270 , dash pattern = on 2 pt off 2 pt ]4( - - - -) }

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8 ChemFig

Als erste zwei durch Kommata getrennte Argumente geben sie Start- und Endwinkel an, im dritten Argument knnen Sie mit TikZ-Code die Linie modizieren. Wenn Sie vor den Ring einen Winkel angeben, knnen Sie den Ring auch drehen.
Beispiel 56
1 2 3 4

\ chemfig { a *6( - - - - - -) }\ qquad \ chemfig {[:30] a *6( - - - - - -) }\ qquad \ chemfig {[: -30] a *6( - - - - - -) }\ qquad \ chemfig {[:60] a *6( - - - - - -) }

Um Ringe zu verbinden, geben Sie beim ersten Ring an der Stelle, an der der zweite Ring beginnen soll, wieder einen Ring an. Die darauolgende Bindung des ersten Rings wird mit dem zweiten verschmelzen. Beachten Sie, dass von dem zweiten Ring im Beispiel ein Cyclopentan-Ring nur die sichtbaren, also nicht verschmolzenen angegeben sind.
Beispiel 57
1 2 3 4

\ chemfig { A *6( - B *5( - - - -) = -= -=) } \ quad \ chemfig { A *6( - B ([: -96]*5( - - - -) ) = -= -=) } \ quad \ chemfig { A *6( - B ( -*5( - - - - -) ) = -= -=) } \ quad \ chemfig {*5( - -*6( -*4( -*5( - - - - -) - -) - - - -) - - -) }

A B

A B

A B

8.7 Lewisformeln
Eine Sache, die alle anderen Chemie-Packages vermissen lassen, wird durch ChemFig erfllt: Lewis-Formeln. Dafr stellt ChemFig den Befehl
1

\ lewis { < position > < elektronenzustand > , < atom >}

zur Verfgung. <position> kann die Werte 0 7 der vordenierten Winkel annehmen und entspricht diesen auch. So entspricht 2 also 90 zur Horizontalen gegen den Uhrzeigersinn. <elektronenzustand> kann leer (Elektronenpaar als Strich), ein Doppelpunkt :

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8 ChemFig

(Elektronenpaar als Punkte), ein Punkt . (Radikal) oder ein senkrechter Strich | (leeres Kstchen) sein.
Beispiel 58
1 2 3

\ lewis {0.2.4.6. , C }\ hspace {1 cm } \ lewis {02.46. , C }\ hspace {1 cm } \ lewis {1357 , Ar }

Ar

So sind dann auch Molekle mit den entsprechenden freien Elektronenpaaren mglich:

Beispiel 59
1 2 3

\ chemfig { C ( -[2] H ) ( -[4] H ) ( -[6] H ) -\ lewis {260 , Cl }}\ qquad \ chemfig {[:40] H -\ lewis {13 , O } -[:: -80] H }\ qquad \ chemfig {H -\ lewis {2:6: , O } - S (=[2]\ lewis {1:3: , O }) (=[6]\ lewis {5:7: , O }) -\ lewis {2:6: , O } - H }

H H C H Cl H

O H H O

O S O O H

Mit dem Befehl


1

\ setlewis { < dim 1 >}{ < dim 2 >}{ < tikz >}

kann man den \lewis-Befehl noch anpassen. <dim1> ist der Abstand zwischen der Bounding Box des Atoms und den Elektronen und in der Voreinstellung 1.5pt. Dieser Punkt wird in den folgenden Beispielen hoentlich klarer werden. <dim2> ist die Lnge eines Elektronenpaars und 1.5ex in der Voreinstellung. <tikz> kann ein TikZ-Code sein.
Beispiel 60
1 2 3

4 5 6 7 8 9 10

{\ fboxsep 0 pt % Bounding Box mit \ fbox veranschaul ic h en : \ fbox { Ar } \ qquad \ fbox {\ lewis {0.2.4.6. , Ar }} \ qquad \ fbox {\ lewis {1.3.5.7. , Ar }} \ qquad % Abstand aendern : \ setlewis {3 pt }{}{} \ fbox {\ lewis {0.2.4.6. , Ar }} \ qquad \ fbox {\ lewis {1.3.5.7. , Ar }} \ qquad % Elektronenp a ar e faerben : \ setlewis {}{}{ red } \ fbox {\ lewis {0246 , Ar }} \ qquad \ fbox {\ lewis {1357 , Ar }} }

Ar

Ar

Ar

Ar

Ar

Ar

Ar

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8.7.1 Einsatz mit mhchem Darstellung von Beispiel 12 mit dem \lewis-Befehl:
Beispiel 61
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11

Kettenstart : \ begin { align *} \ cee { Cl 2 & - > 2 \ lewis {0. , Cl }} \\ \ intertext { Kettenfort sc h ri tt :} \ cee {\ lewis {0. , Cl }~ + CH 4 & - > HCl + ~\ lewis {4. , CH _3}} \\ \ cee {\ lewis {4. , CH _3} + Cl 2 & - > CH 3 Cl + \ lewis {0. , Cl }} \\ \ intertext { Kettenabbruch :} \ cee {2 \ lewis {0. , Cl }~ & - > Cl 2}\\ \ cee {2 ~\ lewis {4. , CH _3} & - > CH 3 - CH 3}\\ \ cee {\ lewis {0. , Cl }~ + ~\ lewis {4. , CH _3} & - > CH 3 Cl } \ end { align *}

Kettenstart: Cl2 2 Cl Kettenfortschritt: Cl + CH4 HCl + CH3 CH3 + Cl2 CH3 Cl + Cl Kettenabbruch: 2 Cl Cl2 CH3 CH3 2 CH3 Cl + CH3 CH3 Cl

Beachten Sie, dass Sie an manchen Stellen mit ~ einen zustzlichen Whitespace einfgen mssen, damit die Zeichen nich zu nahe aneinander rutschen. Sonst kann es zu unschnen Ergebnissen fhren.
Beispiel 62
1

\ ce {\ lewis {0. , Cl } + CH 4 -> HCl + \ lewis {4. , CH _3}}

Cl + CH4 HCl + CH3

8.8 Reaktionen
Um Reaktionen zu realisieren, bietet ChemFig drei Befehle:
1 2 3

\ chemsign [ < dim >] < zeichen > \ chemrel [ < arg 1 >][ < arg 2 >]{ < pfeil >} \ setchemrel { < dim 1 >}{ < dim 2 >}{ < dim 3 >}

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8 ChemFig

Mit \chemsign knnen Sie ein + zwischen zwei Molekle setzen. Mit dem optionalen Argument <dim> knnen Sie den Abstand vor und hinter dem Zeichen verndern. Die Voreinstellung ist 0.5em.
Beispiel 63
1

\ chemfig {A - B }\ chemsign +\ chemfig { C - D }\\ \ chemfig {A - B }\ chemsign [1 em ]+\ chemfig {C - D }

A A

B + C D B + C D

Mit \chemrel knnen Sie Reaktionspfeile realisieren. Mit den beiden Argumenten <arg1> und <arg2> knnen Sie den Pfeil ober- und unterhalb beschriften.
Beispiel 64
1 2 3 4 5 6

A \ chemrel { - >} B \\ A \ chemrel { < -} B \\ A \ chemrel { < - >} B \\ A \ chemrel { < >} B \ par A \ chemrel [ oben ][ unten ]{ - >} B \ par A \ chemrel { - > , red , thick } B

A A A A A A

oben unten

B B B B B B

Mit \setchemrel knnen Sie das Erscheinungsbild der Pfeile beeinussen. <dim1> ist der Abstand zwischen Pfeil und dem Text darber bzw. darunter. Die Voreinstellung ist 2pt. <dim2> ist der freie Raum vor und hinter dem Pfeil. Die Voreinstellung betrgt 0.7em. <dim3> ist die Lnge des Pfeils und in der Voreinstellung 4em.
Beispiel 65
1 2 3 4

\ setchemrel {0 pt }{1.2 em }{6 em } \ chemfig {**6( - - - - - -) }\ chemsign +\ chemfig { Me - Cl } \ chemrel [\ footnotesize AlCl $_3$]{ - >} \ chemfig {**6( - - -( -) - - -) }\ chemsign +\ chemfig {H - Cl } AlCl3

+ Me Cl

+ H

Cl

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8 ChemFig

8.9 Weiteres
Es gibt ein wirklich umfangreiches Manual zu ChemFig. Es liegt zwar nur auf Englisch und Franzsisch vor, ist aber auf jeden Fall einen Blick Wert, wenn man mehr wissen mchte und vielleicht an den Beispielen den einen oder anderen Trick abgucken mchte. 8.9.1 Elektronenverschiebung ChemFig stellt seit Version 0.3 einen Befehl fr Elektronenverschiebungspfeile zur Verfgung.
1

\ chemmove [ < opt >]{\ draw [ < tikz opt >]( < name 1 >) < tikz link >( < name 2 >) ;}

Letztlich erstellt \chemmove ein TikZ-Bild, das man von Hand eingeben muss. Sehen wir uns ein Beispiel aus dem Manual an.
Beispiel 66
1

2 3

\ chemfig { @ { a 1}=_[ @ { db }::30] -[:: -60]\ lewis {2 , X }} \ chemrel { < - >} \ chemfig {\ chemabove {\ vphantom { X }}{\ ominus } -[::30]=_[:: -60] \ chemabove { X }{\ scriptstyle \ oplus }} \ chemmove {\ draw [ - >]( db ) .. controls +(80:8 mm ) and +(145:8 mm ) .. ( a 1) ;}

Im ersten \chemfig-Befehl wurden mit @{<name>} Anker gesetzt, @{a1} und @{db}, auf die \chemmove spter zurckgreift. Der erste Anker ist als Atom gesetzt, der zweite steht zu Beginn der optionalen Argumente einer Bindung, wodurch auf die Bindung referenziert wird. Beachten Sie, dass der Anker kein zustzliches Argument der Bindung ist. Nach @{db} folgt kein Komma. In \chemmove wird nun mit dem TikZ-Befehl \draw eine gebogene Linie gezeichnet. Durch [->] hat die Linie einen Pfeilkopf. Die Linie zeigt von (db) nach (a1). Um die Richtung und Krmmung der Linie festzulegen werden nun Stellen vorgegeben, durch die die Linie hindurchgehen soll. Dabei werden Polarkoordinaten verwendet. Der erste Kontrollpunkt bendet sich im Winkel 80 8 mm vom ersten Anker entfernt. Der zweite im Winkel 145, ebenfalls in 8 mm entfernt. Es wren noch unzhlige andere Varianten denkbar, wie die beiden Anker13 verbunden werden knnen. Wenn SIe mit TikZ vertraut sind, haben Sie vllig freie Hand. Das Paket myChemistry (siehe Abschnitt 8) stellt auf Basis des \chemmove-Befehls den Befehl
1

\ elmove [ < tikz >]{ < name 1 >}{ < startrichtung >}{ < name 2 >}{ < endrichtung >} eigentlich sogenannte nodes

13

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8 ChemFig

bereit. Dabei wurde der Pfeil nach meinem Geschmack schon personalisiert. Damit knnte man Beispiel 66 auch folgendermaen umsetzen:
Beispiel 67
1

2 3

\ chemfig { @ { a 1}=_[ @ { db }::30] -[:: -60]\ lewis {2 , X }} \ chemrel { < - >} \ chemfig {\ chemabove {\ vphantom { X }}{\ ominus } -[::30]=_[:: -60] \ chemabove { X }{\ scriptstyle \ oplus }} \ elmove { db }{80:8 mm }{ a 1}{145:8 mm }

Sie knnen den Pfeil mit TikZ-Code aber gestalten, wie Sie wollen, siehe Abschnitt 9.3. 8.9.2 Submolekle Es ist mit ChemFig auch mglich, Strukturteile vorzudenieren, die dann immer wieder eingesetzt werden knnen.
1 2

\ definesubmol { < name >}{ < code >} \ redefinesub mo l { < name >}{ < code >}

Beispielsweise knnte man eine CH2 -Einheit vordenieren, die dann wiederholt eingesetzt werden kann. Das spart nicht nur Schreibarbeit sondern erhht auch die Lesbarkeit der Formeln.
Beispiel 68 H
1

H C H H C H

H C H

H C H H

\ definesubmol \ xx { C ( -[::+90] H ) ( -[:: -90] H ) } \ chemfig {[:15] H -!\ xx -!\ xx -!\ xx -!\ xx - H }\ par \ medskip \ chemfig {[: -20] H -!\ xx -!\ xx -!\ xx H}

C H H

C H

H C H

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9 myChemistry

Abschnitt

myChemistry
Das Paket myChemistry ist entstanden, da ich von der einfachen Bedienung von ChemFig und der Tatsache, dass es mit pdatex einsetzbar ist, begeistert war, mir aber OCHEMs Mglichkeit, Reaktionsschemata darzustellen fehlte. myChemistry soll diese Lcke einigermaen fllen.14 Auerdem bindet myChemistry die Pakete ChemFig, mhchem, chemexec und chemcompounds ein, so dass man mit nur einem Paket alle wesentlichen Befehle bereitstehen hat.

9.1 Grundidee
myChemistry stellt zwei Umgebungen zur Verfgung, innerhalb derer die Reaktionsmechanismen erstellt werden. Beide Umgebungen sind letztlich eine tikzpicture-Umgebung. In dem tikzpicture, das in den myChemistry-Umgebungen erstellt wird, werden Reaktanden und Reaktionspfeile auf einer chain15 angeordnet.
Beispiel 69
1 2

3 4

\ begin { rxn } \ reactand { \ chemfig { -[::30] -[:: -60] OH } }{} \ arrow { Ox .}{} \ reactand { \ chemfig { -[::30]=_[:: -60] O } }{} \ end { rxn }

Ox. OH O

Als Grundidee werden Reaktionsschemata in eine der Umgebungen, hier die rxnUmgebung, geschrieben, innerhalb derer die Formeln in den Befehl
1

\ reactand [ < ausrichtung >]{ < formel ( n ) >}{ < anker >}

geschrieben werden und mit


1

\ arrow [ < keys >]{ < oben >}{ < unten >}

Reaktionspfeile erzeugt werden. Durch Angabe von bestimmten Keys kann z. B. Beispiel 69 auch vertikal ausgerichtet werden:

14 15

Das Titelbild dieses Dokuments wurde mit myChemistry erstellt. myChemistry verwendet dafr die tikzlibrary chains.

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9 myChemistry

Beispiel 70 OH
1 2

3 4

\ begin { rxn } \ reactand { \ chemfig { -[::30] -[:: -60] OH } }{} \ arrow [ direction = below ]{ Ox .}{} \ reactand [ below ]{ \ chemfig { -[::30]=_[:: -60] O } }{} \ end { rxn }

Ox.

Wesentlich ist die Fhigkeit von myChemistry, Verzweigungen zu ermglichen.


1

\ branch [ < ausrichtung >]{ < formel ( n ) >}{ < anker >}

Mit dem \branch-Befehl wird eine Seitenkette zur Grundkette erzeugt. Damit myChemistry wei, wo die Seitenkette erstellt werden soll, gibt man vorherigen Reaktanden, Pfeilen oder Branches einen Anker, auf den sich der Branch dann beziehen kann.
Beispiel 71
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11

\ begin { rxn } \ reactand { \ chemfig { -[::30] -[:: -60] OH } }{} \ arrow {}{} \ reactand { \ chemfig { -[::30]=_[:: -60] O } }{ carbonyl } \ arrow [ direction = below ]{}{} \ reactand [ below ]{ \ chemfig { -[::30]( -[::60] OH ) =_[:: -60] O } }{} \ branch [ right = of carbonyl ]{ \ arrow [ type ={ <= >}]{\ ce { NH 2 R }}{} \ reactand { \ chemfig { -[::30]=_[:: -60] N ( -[6] H ) -[::60] R } }{} }{} \ end { rxn }

NH2 R OH O

R N H

OH O

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9 myChemistry

9.2 Mesomerie und bergangszustnde


myChemistry stellt weitere Befehle zur Verfgung, so dass auch Mesomerie und bergangszustnde erzeugt werden knnen.
1 2 3

\ mesomeric [ < ausrichtung >]{ < formel ( n ) >}{ < anker >} \ transition [ < ausrichtung >]{ < formel >}{ < anker >} \ marrow

Die ersten beiden Befehle funktionieren analog zu \reactand, setzen aber entsprechende Klammern um die Formeln, \marrow erzeugt einen Mesomerie-Pfeil. So lsst sich z. B. die Mesomerie eines Wheland-Komplexes schnell darstellen:
Beispiel 72
1 2 3 4 5

6 7 8 9 10

11 12 13 14 15

16 17 18

\ begin { rxn } \ dummy \ mesomeric { \ reactand { \ chemfig {*6(=[ @ { e 1}] -= -( -[:120] X ) ( -[:60] H ) -( -[: -30 ,.4 , , , draw = none ]\ oplus ) -[ @ { e 2}]) } \ elmove { e 1}{60:4 mm }{ e 2}{0:4 mm } }{} \ marrow \ reactand { \ chemfig {*6( -( -[:90 ,.4 , , , draw = none ]\ oplus ) -[ @ { e 4}]=[ @ { e 3}] -( -[:120] X ) ( -[:60] H ) -=) } \ elmove { e 3}{180:4 mm }{ e 4}{150:4 mm } }{} \ marrow \ reactand { \ chemfig {*6( -= -( -[: -150 ,.4 , , , draw = none ]\ oplus ) -( -[:120] X ) ( -[:60] H ) -=) } }{} }{} \ end { rxn }

Zum Einsatz von \elmove siehe Abschnitt 9.3. Analog kann eine Reaktion mit bergangszustand verwirklicht werden:

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Beispiel 73 H2 + I2
1 2 3

4 5

6 7

8 9

\ begin { rxn } \ reactand { \ ce { H 2 + I 2} }{} \ arrow [ type ={ <= >} , length =.5 , direction = below ]{}{} \ transition [ below ]{ \ reactand { \ chemfig [ dotted ][]{ H ? -I -[2] I -[4] H ?} }{} }{} \ arrow [ type ={ <= >} , length =.5 , direction = below ]{}{} \ reactand [ below ]{ \ ce {2 HI } }{} \ end { rxn }

H H

I I

2 HI

9.3 Elektronenbewegung
In Beispiel 67 und Beispiel 72 wurde der Befehl \elmove, der lediglich ein Abkrzungsmakro fr den ChemFig-Befehl \chemmove ist, bereits eingesetzt.
1

\ elmove [ < tikz >]{ < start >}{ < startrichtung >}{ < ende >}{ < endrichtung >}

Damit wird eigentlich


1

\ chemmove {\ draw [ < tikz >]( < start >) .. controls +( < startrichtung >) and +( < endrichtung >) ..( < ende >) ;}

mit [->,red,shorten <=3pt,shorten >=1pt] als Voreinstellung fr <tikz> geschrieben. Fr die Funktion von \chemmove siehe Abschnitt 8.9.1.

9.4 Komplexere Beispiele


Zum Abschluss noch zwei Beispiele fr etwas komplexere Reaktionsschemata. In beiden Beispielen wird die zweite Umgebung von myChemistry verwendet, die nummerierte Schemata in einer Flie-Umgebung erstellt. Die Additionsreaktion vom Titelbild:

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Beispiel 74
1 2 3 4 5

6 7

8 9 10 11

12 13 14 15

16 17

\ begin { rxnscheme }{ Additionsre ak t io n } \ reactand { \ chemfig {=_[:: -30] -[::60](=[::60] O ) -[:: -60]} }{} \ arrow { $+ \ Hpl $ }{} \ mesomeric { \ reactand { \ chemfig {=_[: -30] -[::60]( -[::60] OH ) ( -[:: -120 ,.3 , , , draw = none ]\ oplus ) -[:: -60]} }{} \ marrow [ below ] \ reactand [ below ]{ \ chemfig {\ oplus -[6 ,.3 , , , white ] -[: -30]=_[::60]( -[::60] OH ) -[:: -60]} }{} }{ gf } \ branch [ right = of gf , yshift =4 em ]{ \ arrow {}{} \ reactand { \ chemname {\ chemfig {=_[: -30] -[::60]( -[::60] OH ) ( -[:: -120] R ) -[:: -60]}}{1 ,2 - Addukt } }{} }{} \ branch [ right = of gf , yshift = -5 em ]{ \ arrow {}{} \ reactand { \ chemname {\ chemfig {R -[6] -[: -30]=_[::60]( -[::60] OH ) -[:: -60]}}{1 ,4 - Addukt } }{} }{} \ end { rxnscheme }

Reaktionsschema 1 Additionsreaktion
OH OH

+H

R 1,2-Addukt

OH

OH

1,4-Addukt

Als zweites Beispiel ein mehrfach verkettetes Schema, dass den noch nicht vorgestellten Befehl \merge verwendet.

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10 Tricks mit PS (und ifsym)

Beispiel 75
1 2 3 4

5 6

7 8 9 10 11 12

13 14 15 16

\ begin { rxnscheme }{ Synthese von p - Aminodiazobe nz o l } \ setatomsep {1.5 em } \ reactand { \ chemname {\ chemfig {**6( - - -( - NH _2) - - -) }}{ Anilin } }{ start _ aa } \ reactand [ below , yshift = -3 em ]{ \ chemname {\ ce { HNO 2}}{ salpetrige S \" aure } }{ start _ ab } \ branch [ right = of start _ aa , xshift =6 em , yshift = -5 em ]{ \ reactand { \ chemname {\ chemfig {**6( - - -( - N |_2\ op ) - - -) }}{ Diazoniumion } }{} }{ ziel _ a } % = start _ ba \ branch [ below = of ziel _a , yshift = -3 em ]{ \ reactand { \ chemname {\ chemfig {**6( - - -( - NH _2) - - -) }}{ Anilin } }{} }{ start _ bb } \ branch [ right = of ziel _a , xshift =6 em , yshift = -5 em ]{ \ reactand { \ chemname {\ chemfig { N ( -[: -150]**6( - - - - - -) ) =N -[: -30]**6( - - -( - NH _2) - - -) }}{ p - Aminodiazob e nz ol } }{} }{ ziel _ b } \ merge [ direction = right ]{ ziel _ a }{ start _ aa }{ start _ ab } \ merge [ direction = right ]{ ziel _ b }{ ziel _ a }{ start _ bb } \ end { rxnscheme }

Reaktionsschema 2 Synthese von p-Aminodiazobenzol


NH2

Anilin N2

HNO2 salpetrige Sure

Diazoniumion

N N NH2 p-Aminodiazobenzol

NH2

Anilin

Abschnitt

10

Tricks mit PS (und ifsym)


AT X erstellen will, hat die Wahl: PSTricks oder TikZ. Beide Wer schne Graken mit L E habe ihre Vorteile und ich whle eigentlich nach gusto, verwende durch ChemFig und

- Seite 43 -

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10 Tricks mit PS (und ifsym)

myChemistry inzwischen allerdings vermehrt TikZ. Ich mchte hier jetzt aber keine Lanze fr die eine oder andere Variante brechen, sondern lediglich ein paar Beispiele zeigen, die ich ich muss gestehen auch nur von den oziellen Beispiel-Webseiten16 habe. Da das hier auch keine Vorstellung der entsprechenden Pakete werden soll, werden lediglich die Beispiele ohne Code gezeigt sowie die dafr bentigten Pakete genannt.

10.1 Laborgerte mit pst-labo

Beispiel 76
1 2

% in der Pr " aambel : \ usepackage { pst - labo }

PH C

10.2 Spektrum mit pstricks und pstricks-add

Beispiel 77
1 2

% in der Pr " aambel : \ usepackage { pstricks , pstricks - add }

http://www.tug.org/PSTricks/main.cgi?file=Examples/Chem/chem und http://www.texample.net/tikz/examples/area/chemistry/

16

- Seite 44 -

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10 Tricks mit PS (und ifsym)

100

90

80

70 4000

3500

3000

2500

2000

1500

1000

500

10.3 Elektronenkonguration mit ifsym

Beispiel 78
1 2

% in der Pr " aambel : \ usepackage [ geometry ]{ ifsym }

E 6

4s

3d

3p 3s 2p 2s 1s
Fe: 1s2 2s2 2p6 3s2 3p6 4s2 3d6

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11 Nachwort

Abschnitt

11

Nachwort
Auch wenn ich bemht habe, nur korrekte chemische Reaktionen und Strukturformeln zu verwenden, ist es leicht mglich, dass mir Fehler unterlaufen sind. Nehmen Sie die Chemie also nicht fr bare Mnze. Es ist durchaus wahrscheinlich, dass sich Schreibfehler und inhaltliche Fehler, sei es durch Unachtsamkeit, sei es durch Unwissen, in das Dokument geschlichen haben. Dafr mchte ich mich entschuldigen und freue mich ber jeden Hinweis! Wenn Sie Anmerkungen oder Fragen haben, zgern Sie nicht, mir eine E-Mail zuzusenden. Ich werde versuchen, jede Frage so gut es geht zu beantworten. AT X. Viel Spa mit der Chemie und mit L E

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