La taxonoma (del griego , taxis, ordenamiento, y , nomos, norma o regla) es, en su sentido ms general, la ciencia de la clasificacin.

Habitualmente, se emplea el trmino para designar a la taxonoma biolgica, la ciencia de ordenar la diversidad biolgica en taxones anidados unos dentro de otros, ordenados de forma jerrquica, formando un sistema de clasificacin. rbol filogentico (en este caso representado en forma de cladograma) que muestra un ejemplo de diversificacin de una especie ancestral en 3 especies presentes en la actualidad. Cada nodo del rbol (como el marcado con un crculo rojo) representa el antepasado comn ms prximo dentro de un clado, nota 1 que representa el antepasado comn ms prximo con todos sus descendientes. El antepasado comn es una poblacin que no necesariamente est compuesta de un nico individuo. En barras rojas se muestran las apomorfas: los nuevos estados del carcter. Del rbol filogentico se puede derivar una clasificacin de los organismos. Los taxones terminales se agrupan en taxones de categora ms alta ubicados en sus respectivas categoras taxonmicas. La topologa del rbol filogentico es la hiptesis que decide los anidamientos.

Caractersticas de los sistemas de clasificacin La clasificacin se deriva del rbol filogentico ms probable, pero hoy en da los taxnomos, aun dentro de la escuela cladista, tienen claro que no es de utilidad que cada nodo del rbol filogentico se corresponda con un nombre diferente.. Lo que todos los taxnomos tienen en cuenta es la utilidad que tendr la clasificacin para una comunidad de usuarios "finales" que es muy heterognea y utiliza las clasificaciones con fines muy diversos, pero que coinciden en al menos dos objetivos: Deben funcionar como contenedores de informacin. Por lo tanto los nombres cientficos de los organismos deben representar el consenso de la comunidad cientfica, slo de esta forma funcionan como llave de acceso a un cuerpo de informacin que refiere siempre al mismo grupo de organismos, aunque est disperso en libros y revistas escritos en muchas lenguas por diferentes autores, o proceda de diferentes campos de la biologa o la divulgacin: como idealmente hacen referencia Davis y Heywood, "El nombre de un organismo es la llave hacia su literatura" (Davis y Heywood 196340 ).

Deben permitir explicar y predecir en relacin a los organismos de inters en cualquier disciplina, es decir, deben permitir la creacin de hiptesis a contrastar, o "sospechas", que tengan el mayor asidero posible..Para decidir qu clados se convertirn en taxones nombrados, los taxnomos suelen mencionar estos criterios (Judd et al. 2007: p. 32-35, salvo explicitado): Para decidir qu clados se convertirn en taxones nombrados, los taxnomos suelen mencionar estos criterios (Judd et al. 2007: p. 32-35, salvo explicitado):

1. El criterio principal es la fuerza de la evidencia que apoya al clado. Primero, como la historia evolutiva (filogenia) de las especies no se ha visto sino que se infiere a partir de los datos disponibles, los clados son slo hiptesis y no todos son igual de evidentes: para convertir un clado en taxn nombrado debe haber un anlisis filogentico que lo respalde de forma robusta, en base a ms de una lnea de evidencia de forma que todas ellas muestren congruencia (en lo que se llama una "taxonoma integrativa" nota 7 ). Adems, deben habrsele encontradoapomorfas que definan su ancestro y definan al grupo como un clado (o grado) y sirvan para delimitar el grupo de los dems si se encuentran grupos nuevos como fsiles. Finalmente, debe haber una cantidad de caracteres diagnsticos que permitan diferenciarlo claramente del resto de los taxones (circunscribirlo), lo cual ayuda a la estabilidad del sistema de clasificacin. 2. Segn los autores citados, algunos sistemticos sostienen que cada taxn debera poseer una variacin en sus caracteres con respecto al resto de los taxones, que modifiquen de tal forma el plan corporal del taxn en relacin al resto de los planes corporales, que puedan inferirse aspectos de su biologa nicos a ese taxn. Una consecuencia interesante es que este criterio facilita la tarea de identificacin, en especial por los no expertos. 3. En relacin a la facilidad de uso, los autores afirman que los taxones que componen un sistema de clasificacin deberan tener, en lo posible, entre 3 y 7 subtaxones, un nmero que puede manejar con facilidad la memoria humana (Stevens 1998 44 ). En las palabras de Davis y Heywood (1963:83): "Debemos ser capaces de ubicar a los taxones en taxones de categora ms alta de forma que podamos encontrarlos de nuevo".40 Los sistemas de clasificacin admiten la creacin de categoras intermedias hasta lograr el nmero de taxones deseados en cada una. 4. Otro criterio que es un servicio a la comunidad de usuarios est relacionado con la estabilidad de la nomenclatura: los taxones que ya han sido nombrados en el pasado deben continuar con el mismo nombre en lo posible, a menos que haya fuertes justificaciones para

Primeros Sistemas de clasificacin Una vez acordado qu clados convertir en taxones, los sistemticos deben decidir en qu categoras taxonmicas ubicarlos. Hay dos criterios para decidir la categora taxonmica. Uno, el tradicional, que existe desde los inicios de la clasificacin y es anterior a la teora de la evolucin, es el que decide la categora taxonmica segn el grado de variacin del plan corporal entre

taxones. A partir de la teora de la evolucin, se interpreta a la categora taxonmica como la que deriva de un grupo de apomorfas que aportan cierto grado de variacin en el plan corporal del taxn en relacin al ancestro y a los dems taxones en la misma categora. Entonces los reinos y los filos (las categoras ms altas) derivan de transformaciones evolutivas importantes que definieron de nuevo el plan corporal, a las que sigui un batalln de novedades evolutivas forzadas a adaptarse al nuevo cambio (ver Clasificacin en categoras altas), mientras que las categoras ms bajas, como gneros y especies, poseen variaciones en caracteres ms triviales, y por lo tanto ms inestables (se pierden y se ganan con relativa facilidad, ya que afectan en menor grado la viabilidad del organismo). Esta construccin de categoras, basada en grado de variacin, se sigue utilizando hoy en da y prob ser til para los usuarios finales de una clasificacin: las categoras por grado de variacin tienen significado por ejemplo en biogeografa y conservacin (ej. Cavalier11 Smith 2010 ). Sistemas contemporneos.

Carl Woese de la universidad de Ilinois durante la dcada de los 70s realiz varias publicaciones donde sealaba que el reino mnera no estaba constituido por un grupo homogneo, sino que estaba constituido por dos grupos independientes en base a secuencias del organelo de la clula llamado ribosoma. Rpidamente otros grupos adicionaron ms diferencias entre estos dos nuevos grupos, bautizndolos como archaeabacteria y eubacteria. El sistema de tres dominios de Woese

Otro aspecto importancia fue que los anlisis de similitud dieron como resultado que las archaeabacterias estaban ms relacionadas con las clulas eucariotas que con las bacterias, a pesar de que al microscopio se ven de forma idntica, mientras que una clula eucariota es fundamentalmente diferente en su organizacin con la clula de una archae. Dado que el tipo de clula resultaba ms fundamental que cualquier otro criterio de organizacin Woese propuso a consideracin de la comunidad cientfica una nueva categora taxonmica que mayor rango llamada Dominio. El sistema de tres Dominios representa la organizacin mas general de la taxonoma moderna.