Centro de Estudios Genmicos del Per CEGENP

FELIZ 4to ANIVERSARIO

PRINCIPALES HERRAMIENTAS UTILIZADAS EN BIOINFORMTICA

Uceda Campos Guillermo. guilluc_6@hotmail.com

GENOMA HUMANO

MANUAL DE LA VIDA
SECRETOS 4 LETRAS DEL ALFABETO Y SI IMPRIMIERAMOS EL GENOMA HUMANO? Y SI LO LEYERAMOS ?

Qu es la Bioinformtica?
La Bioinformtica es un campo interdisciplinario que desarrolla y aplica tecnologas computacionales para estudiar preguntas de las ciencias de la vida.

Antes

Prediccin

observacin

1953

Ahora

ATATTGCCGACC GGCGCCCGGTAC CTGGCCCATGTC

2012

Multidisciplinas

GRANDES REVOLUCIONES EN LA BIOLOGA

1986

REACCION EN CADENA DE LA POLIMERASA

PROYECTO DE GENOMA HUMANO

1990

PROYECTO MICROBIOMA HUMANO

2007

PROYECTO DE LOS 1000 GENOMAS 2008

ERA POST-GENMICA OMICAS

LA CASCADA DE LAS MICAS

BIOINFORMTICA Como tecnologa

la bioinformtica es una poderosa herramienta para gestionar, consultar y analizar la gran cantidad de bases de datos en las ciencias de la vida. Como metodologa la bioinformtica es un enfoque holstico, un cambio de paradigma en las ciencias de la vida, donde se aborda genomas completos para generar nuevas hiptesis.

TIPOS DE EXPERIMENTACIN BIOLGICA

Con un ser vivo (in vivo) En un entorno artificial (in vitro) En un entorno informtico (in silico)

IMPACTO DE LA BIOINFORMTICA EN CIENCIAS

Necesidades en Bioinformtica

Demanda al 2010
Se requiere personal con experiencia en Bioinformtica

Oferta de especialistas

Acumulacin de informacin genmica en la base de datos Genbank

Nmero de nucletidos en la base de datos de secuencias de EMBL

LOS TRES GRANDES BANCOS DE BASES DE DATOS BIOLGICOS.

Superior: ENA (European Nucleotide Archive). Centro: DDBJ (DNA Data Bank of Japan). Inferior: GenBank del NCBI (National Center for Biotechnology Information).

MINERA DE DATOS
En corto tiempo la Bioinformtica ha logrado imponerse como una gran herramienta, proponiendo nuevas interpretaciones y modificando el dogma de la biologa. La Minera de datos es referida a la informacin generada por el ADN, protenas, genomas, mutaciones y polimorfismos. La Bioinformtica almacena los datos de genes a travs de la minera de datos para luego observar lo que estos realizan

Donde se realiza Bioinformtica?

Centros de Bioinformtica en el Mundo Institutos de Bioinformtica en el Mundo

Centros de Bioinformtica en America del Sur Colombia Carreras profesionales en Bioinformtica

INGENIERA EN BIOINFORMTICA (2004). Talca-Chile. LICENCIATURA EN BIOINFORMTICA (2009) Argentina.

Chile

Brazil

PER: Universidad Particular Cayetano Heredia Farvest CEGENP: Tesis pregrado Trabajos de invest. Cursos de capacit.

LA TECNOLOGA BIOINFORMTICA INVOLUCRA ...

Diseo, implementacin e integracin de bases de datos

Alineacin de secuencias de ADN y protenas

Ensamblaje de fragmentos de ADN y creacin de mapas genmicos. Prediccin de estructura y dinmica de macromolculas Relaciones filogenticas entre organismos Estudio de todos los genes y protenas de un organismo: Genmica y protemica funcional

Buscando informacin

NCBI
Es una parte de la National Library of Medicine (NLM), as como un departamento de National Institutes of Health (NIH) del Gobierno de los Estados Unidos. En este portal la informacin biolgica est disponible al pblico y no se puede patentar esta informacin. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

NCBI-Facebook

PubMed
Es el portal de acceso libre y gratuito que proporciona la NLM ( National Library of Medicine), desde el que se accede a las citas y resmenes de sitios que ofrecen artculos de libre acceso. Proporciona bsquedas de consultas clnicas, enlaces a artculos relacionados, direcciones de investigadores. PubMed Cental es la biblioteca digital con artculos de libre acceso del U.S. National Institutes of Health (NIH) que contiene literatura biomdica y de ciencias de la salud. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/

PubMed/My NCBI
Desde la pantalla de PubMed, ver la opcin Sign in to NCBI en el recuadro. Haga clic en MY NCBI para inscribirse.

Para inscribirse en My NCBI, haga clic en el hipervnculo Register for an account. Si ya est registrado, puede ir a Sign into My NCBI.

Buscando secuencias y genomas

GENBANK

GenBank is the NIH genetic sequence database, an annotated collection of all publicly available DNA sequences GenBank is part of the International Nucleotide Sequence Database Collaboration, which comprises the DNA DataBank of Japan (DDBJ), the European Molecular Biology Laboratory (EMBL), and GenBank at NCBI. These three organizations exchange data on a daily basis. The complete release notes for the current version of GenBank are available on the NCBI ftp site.

NCBI-GENBANK
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/

Analizando secuencias

 El alineamiento de secuencias es una manera de comparar dos o ms secuencias de ADN, ARN o estructuras proteicas primarias con la finalidad de encontrar zonas de similitud y reconocer su variabilidad, las cuales permitirn una gamma de anlisis de las secuencias estudiadas. El termino similitud es referido al anlisis cuantitativo de la estructura primaria de secuencias de cidos nucleicos o protenas. El termino homologa es una medida cualitativa entre las secuencias, es observable cuando la similitud que estas tienen es atribuible a razones evolutivas.

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

BLAST es un algoritmo para comparacin de secuencias.

Existen varias implementaciones de este algoritmo, una

de las ms conocidas es la realizada por el NCBI, el NCBIBLAST. BLAST busca alineamientos de secuencias de alto puntaje entre la secuencia problema y las secuencias consultadas. La velocidad y la relativamente buena precisin han permitido que probablemente sea la herramienta de

bsqueda ms popular en bioinformtica.

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

Existen diversos tipos de Blast entre ellos tenemos: BlastN, el cual busca una secuencia ADN/ARN en la base de datos de nucletidos (ADN/ARN) BlastP, busca una protena en una base de datos de protenas. BlastX, busca nucletidos (ADN) en la base de datos de protenas. TBlastN, busca protenas en el secuencias de ADN.

CLUSTALW
Es un servidor que permite hacer alineamientos de protenas y cidos nucleicos, bastante rpido, para calcular alineamientos mltiples. En combinacin con herramientas como BLAST, CLUSTAL es muy til para definir familias de protenas y de cidos nucleicos. Al igual que BLAST, tambin hay servidores online para la utilizacin de CLUSTALW, sin necesidad de instalar software, pero asimismo tiene ventajas instalarlo localmente, sobre todo para realizar trabajos de alineamiento mltiple a gran escala y tener todo el proceso bajo control.

http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/

Eco: Escherichia coli, Sbo: Shigella boydii, Sfl: Shigella flexneri; Sdy: Shigella dysenteriea; Bhe: Bartonella henselae

http://www.megasoftware.net/

http://www.mbio.ncsu.edu/bioedit/bioedit.html

ANALISIS DE LA SECUENCIA ADN16S DE ESPECIES DE BARTONELLA Y BRUCELLA UTILIZANDO EL SOFTWARE BIOEDIT

Construyendo arboles filogenticos

 La importancia de los alineamientos mltiples radica en que son utilizados para construir rboles filogenticos los cuales representan de forma grfica las similitudes y diferencias entre determinadas secuencias, en microorganismos el gen ms estudiado para realizar filogenia es el ARNr 16S. Generalmente las secuencias de los genes y protenas son ms parecidas entre organismos ms cercanos evolutivamente. Los organismos que hace ms tiempo se han separado en la evolucin suelen tener ms diferencias en las secuencias de sus respectivos genes, y, por lo tanto, cuando se realiza un anlisis filogentico, aparecen ms alejados entre s.

http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html

Trabajando con estructuras proteicas

PDB
PDB (Protein Data Bank) es una web donde se almacenan los datos sobre la estructura 3D de macromolculas proteicas en una disolucin. La bsqueda en PDB se puede realizar mediante el nombre de la protena o por medio de un cdigo asignado a dicha estructura (ej.: 1REX corresponde a la Lisozima). La principal informacin que podemos encontrar en el PDB es: nombre y cdigo de la estructura proteica, descripcin breve indicando el organismo al que pertenece, tcnica experimental utilizada, publicacin, resolucin, nmero y tipos de tomos que contiene, contenido de solvente, simetra cristalogrfica, hlices, hojas-, residuos que forman el sitio activo, dimensiones de la unidad celular cristalogrfica y coordenadas cartesianas.

http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

Visualizacin estructura 3D. Las biomolculas como las protenas poseen tamaos y estructuras tridimensionales (3D) caractersticas que son resultado de su estructura primaria y sus grupos funcionales, el estudio de la estructura 3D de las biomolculas se realiza principalmente por medios fsicos como la Cristalizacin por difraccin de rayos X o Resonancia magntica nuclear (RMN), la cual muchas veces es complementaria a la cristalizacin de rayos X. Conocer la estructura 3D de una molcula es til porque nos permite inducir sobre los mecanismos de las reacciones en las que la molcula participa.

PyMOL
http://sourceforge.net/projects/pymol/

DeepView/Swiss-PdbViewer
http://www.brothersoft.com/swiss-pdbviewer442505.html

 La prediccin de las estructuras 3D es posible mediante diversos servidores como:

I-TASSER ONLINE. Protein Structures & Function Prediccions (http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/) SWISS MODEL Workspace (http://swissmodel.expasy.org/) Estos servidores necesitan de la secuencia problema en formato FASTA que se quiere enviar a modelar y de una direccin electrnica para el envo de los resultados. La prediccin se realiza siguiendo un molde cuya identidad de secuencia es superior al 25%. Para la validacin de un modelo debe someterse a evaluacin la cual puede realizarse tambin desde servidores online.

Analizando el metabolismo

KEGG
http://www.genome.jp/kegg/

BIOCYC

APLICACIN WEB ANLISIS Y HERRAMIENTAS

NCBI ERGO COG SOFTBERRY KEGG BLASTP CLUSTAW PROTPARAM ORF FINDER PROSITE INTERPRO PFAM Bsqueda de genes y protenas Genmica y protemica Grupo de Genes Ortlogos Alineamientos y predicciones Rutas Metablicas Similitud Alineamientos Parmetros de protena Prediccin de ORFs Sitios funcionales de Protenas Anlisis de protenas Familias de Protenas

DIRECCIN EN INTERNET
www.ncbi.nlm.nih.gov www.integratedgenomics.org www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/index.html www.softberry.com/berry.phtml www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.htm www.ncbi.nlm.nih.gov/blastp www.ebi.ac.uk/ClustalW/ www.expasy.ch/tools/protparam.html www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf www.expasy.ch/prosite http://www.ebi.ac.uk/Tools/InterProScan/ www.sanger.ac.uk/cgi-bin/pfam

Aplicacin web FOOTPRINTER

Anlisis y herramientas Motivos conservados en DNA

Direccin en internet
http://wingless.cs.washington.edu/htbinpost/unrestricted/FootPrinterWeb/FootPrinterInput2.pl

CONSENSO
LOGO CONSENSO FGENESB PROMOTOR PREDICTION BPROM

Motivos consensos de DNA

Motivos consensos de DNA Prediccin de operones Prediccin del promotor Prediccin del promotor

www.bork.embl-heidelberg.de /Alignement/consensus.html

http://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi www.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesb&group=progr ams&subgroup=gfindb www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html www.softberry.com/berry.phtml?topic=bprom&group=progra ms&subgroup=gfindb www.clcrnaworkbench.com

CLC-RNA Workbench Prediccin del terminador MFOLD PAIRWISE Estructura 2ria RNA Alinear dos secuencias

http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/mfold-simple.html

www.ebi.ac.uk/emboss/align/

BLAST 2SEQ MICROBES ONLINE

Alinear dos secuencias Contexto gentico

www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/bl2seq/wblast2.cgi

http://www.microbesonline.org/

AGRADECIMIENTOS
INTEGRANTES DE CENTRO DE ESTUDIOS GENMICOS DEL PER-CEGENP. DR. PEDRO CHIMOY EFFIO. MSC. CONSUELO ROJAS IDROGO FACULTAD DE CIENCIAS BIOLGICAS

 Preguntas?