UNIVERSIDAD SIMON BOLIVAR

Divisin de Ciencias Biolgicas

Departamento de Biologa Celular


EXAMEN DE BIOQUIMICA PARA QUMICOS - BC. 3123
Valor 37 puntos


FECHA: 20 de mayo de 2013

NOMBRE:

Mucha suerte!


1) Explique brevemente que significan los siguientes trminos:
- Interacciones Hidrofbicas







- Interacciones de van der Waals




(2 puntos)


2) Cules son las principales diferencias entre las clulas procariotas y las
clulas eucariotas?
(2 puntos)











2
3) Utilice las abreviaturas de una letra y tres letras de los aminocidos para
representar al siguiente pptido:
triptfano-arginina-cido glutmico-tirosina-glutamina-histidina-asparragina-lisina
(2 puntos)










5) En la figura se ilustra una seccin de una cadena polipeptdica representando
dos residuos consecutivos. La cadena se muestra en la conformacin
totalmente extendida ( = 180 y =180).



Pueden los ngulos dihdricos de torsin y tomar cualquier valor dentro de
una cadena polipeptdica?. Explique brevemente.
(4 puntos)
















3
4) Preguntas de seleccin mltiple:
Escoja la respuesta y mrquela con un crculo (1 punto c/u)

4.1) La tcnica ms ampliamente usada en estos momentos para determinar la
estructura tridimensional de las macromolculas biolgicas es:

A) Espectroscopia en el Infrarrojo
B) Cristalografa de rayos X
C) Microscopa electrnica
D) Dicroismo circular
E) Espectrometra de masa

4.2) El cido fosfrico es tribsico, con pK
a
s de 2.14, 6.86, y 12.4. La forma inica
predominante a pH 3.2 es:

A) H
3
PO
4

B) H
2
PO
4
-

C) HPO
4
2-

D) PO
4
3-


4.3) La quiralidad de un aminocido puede explicarse porque su carbono :

A) Es un cido carboxlico
B) Est enlazado a cuatro diferentes grupos qumicos
C) Es simtrico
D) Est en la configuracin L en todas las protenas que ocurren en la
naturaleza
E) No tiene carga neta

4.4) En una solucin altamente bsica, pH = 13, la forma dominante de la glicina
es:

A) NH
2
-CH
2
-COOH
B) NH
3
+
-CH
2
-COOH
C) NH
2
-CH
2
-COO
-

D) NH
3
+
-CH
2
-COO
-

E) NH
2
-CH
3
+
-COO
-


4.5) Para un aminocido con un grupo lateral R neutral y no ionizable, la poblacin
de dicho aminocido en solucin a cualquier pH por debajo de su punto
isoelctrico (pI):

A) No tendr grupos cargados
B) No tendr una carga neta
C) Tendr una carga neta positiva
D) Tendr cargas positivas y negativas en concentraciones iguales
E) Tendr una carga negativa neta

4
4.6) Cul de los siguientes nveles estructurales describe el plegamiento
tridimensional completo de una cadena polipeptdica?

A) Estructura secundaria
B) Estructura supersecundaria
C) Estructura terciaria
D) Estructura cuaternaria
E) Dominios

4.7) En una mezcla de las cinco protenas que se muestran abajo, cul eluira de
segunda en una columna de exclusin molecular (filtracin de gel)?

A) citocromo c, M
r
= 13.000
B) inmunoglobulina G, M
r
= 145.000
C) ribonucleasa A, M
r
= 13.700
D) polimerasa del ARN, M
r
= 450.000
E) albmina srica, M
r
= 68.500

4.8) Al aadir dodecil sulfato de sodio (SDS) durante la electroforesis de protenas
es posible:

A) determinar la composicin de aminocidos de las protenas
B) preservar la estructura nativa y la actividad biolgica de las protenas
C) determinar el punto isoelctrico de las protenas
D) separar las cadenas polipeptidicas de las protenas sobre la base de su
peso molecular
E) determinar la estructura secundaria de las protenas


4.9) Los estudios del enlace peptdico realizados por Pauling y Corey mostraron
que:

A) un gran nmero de conformaciones es igualmente probable para una
protena en solucin a pH 7
B) la estructura primaria de todas las protenas es muy similar, aunque sus
estructuras secundarias y terciarias pueden variar muchsimo
C) los enlaces peptdicos en las protenas son tan inusuales que no mantienen
ningn parecido con los enlaces peptdicos de compuestos pequeos
modelos
D) el enlace peptdico es esencialmente planar y no tiene rotacin alrededor
del eje C-N
E) la estructura de un enlace peptdico es tan compleja que ni siquiera Pauling
y Corey pudieron entenderla

4.10) Cul de las siguientes representaciones muestra mejor el arreglo del
esqueleto de un pptido conteniendo dos enlaces peptdicos?

A) C

-N-C

-C-C

-N-C

-C
B) C

-N-C-C-N-C

5
C) C-N-C

-C

-C-N
D) C

-C-N-C

-C-N
E) C

-C

-C-N-C

-C

-C

4.11) Cul de las siguientes aseveraciones es falsa?

A) La fibroina de la seda es una protena en la cual el polipptido se encuentra
principalmente en la conformacin de hojas
B) El colgeno es una protena en la cual los polipptidos se encuentran
principalmente en la conformacin de hlice
C) La -queratina del cabello es una protena en la cual los polipptidos se
encuentran principalmente en la conformacin de hlice
D) Los residuos de Gly son particularmente abundantes en el colgeno
E) La fibroina de la seda, el colgeno, y la -queratina del cabello son
ejemplos de protenas fibrosas

4.12) Cul de los siguientes grupos muestran los enlaces de hidrgeno
intracatenarios correctos en una hlice (Enlace de hidrgeno = III)?

A) N-H III H-N-
B) C=O III H-C-
C) C=O III H-N-
D) N-H III H-R-
E) C=O III O=C-

4.13) A un nonapptido se le determin que tena la siguiente composicin de
aminocidos: (Lys)
2
, (Gly)
2
, (Phe)
2
, His, Leu, y Met. El pptido nativo fue incubado
con 1-fluoro-2,4-dinitrobenzeno (FDNB), luego fue hidrolizado, y mediante
cromatografa lquida de alta resolucin (HPLC) se identific 2,4-
dinitrofenilhistidina (DNP-His). Cuando el pptido nativo fue expuesto a Bromuro
de ciangeno (CNBr) se recuperaron un octapptido y Gly libre. La incubacin del
pptido nativo con tripsina produjo un pentapptido, un tripptido, y Lys libre. Al
utilizar FDNB, se recuper DNP-His a partir del pentapptido y DNP-Phe a partir
del tripptido. La digestin con pepsina produjo un dipptido, un tripptido, y un
tetrapptido (Recuerde que pepsina tiene preferencia por cortar enlaces del tipo
Phe-X). El tetrapptido resultante del tratamiento con pepsina estaba compuesto
de (Lys)
2
, Phe, y Gly. Cul es la secuencia de aminocidos del nonapptido?:

A) Gly-Phe-Lys-Lys-Gly-Leu-Met-Phe-His
B) Met-Leu-Phe-Lys-Phe-Gly-Gly-Lys-His
C) His-Phe-Leu-Gly-Lys-Lys-Phe-Met-Gly
D) His-Leu-Phe-Gly-Lys-Lys-Phe-Met-Gly
E) His-Leu-Gly-Lys-Lys-Phe-Phe-Gly-Met

4.14) El contenido de elementos de estructura secundaria (hlices y hebras )
de una protena particular se puede determinar utilizando:

A) Sedimentacin por ultracentrifugacin
6
B) Electroforesis bidimensional en geles de poliacrilamida
C) Dicrosmo Circular
D) Cromatografa de columna tipo intercambio inico
E) Precipitacin con sulfato de amonio mediante el proceso de salting-out

4.15) En una hlice , las cadenas laterales R de los residuos aminoacdicos:

B) se encuentran en el exterior de la espiral helicoidal
C) generan los enlaces de hidrgeno que forman la hlice
D) se agrupan en el interior de la hlice
E) causan que se formen slo hlices de mano derecha
F) se alternan entre el exterior y el interior de la hlice

4.16) La conformacin tridimensional de una protena puede ser influenciada
fuertemente por residuos aminoacdicos localizados muy lejanamente en la
secuencia. Esta relacin contrasta con la observada en la estructura secundaria
de la misma protena, donde los residuos aminocidos estn:

A) siempre lado a lado
B) generalmente cercanos entre s en la secuencia
C) generalmente sobre diferentes cadenas polipeptdicas
D) generalmente cercanos al amino terminal o carboxilo terminal de la cadena
polipeptdica
E) restringidos a slo alrededor de siete de los veinte aminocidos estndar
encontrados en las protenas

4.17) Los experimentos de desnaturalizacin y renaturalizacin despus de la
reduccin y reoxidacin de los enlaces S-S- en la enzima ribonucleasa (RNasa)
han mostrado que:

A) La secuencia primaria de la RNasa contiene la informacin requerida para
que la protena adquiera su estructura terciaria especfica
B) La protena desplegada, con todos sus enlaces S-S- rotos, todava es
enzimticamente activa
C) La RNasa nativa no tiene una estructura terciaria nica
D) La protena sufre un colapso hidrofbico y a este fenmeno se le denomina
RNasa revuelta
E) El plegamiento de la RNasa es un proceso jerrquico en el cual ciertos
elementos de estructura secundaria sirven como agentes de nucleacin
para que alrededor de ellos se pliegue el resto de la protena.

4.18) En una lmina u hoja polegada , las cadenas laterales R de los residuos
aminoacdicos:

A) se encuentran de forma alternada hacia arriba y hacia abajo de la lmina
B) generan los enlaces de hidrgeno que estabilizan la lmina
C) son las responsables de que las lminas sean paralelas o antiparalelas
D) causan que las cadenas polipeptdicas tomen una conformacin extendida
al mximo
7
E) tienen hidroxilaciones que estabilizan por enlaces de hidrgeno y
entrecruzan a las hebras que conforman la lmina



6) En 1993, Chait y colaboradores (Science 262: 89-92, 1993) reportaron una
nueva manera de secuenciar protenas que fue denominada la secuenciacin
escalonada de protenas. Describa brevemente en qu consiste esta
metodologa.
(3 puntos)
















El siguiente ejemplo ilustra el anlisis de secuencia escalonada de las formas
fosforiladas (Panel A) y desfosforiladas (Panel B) de un pptido trptico de una
protena X, despus de diez (10) ciclos de reacciones. Note que en la parte
superior de cada espectro se muestran los pesos moleculares resultantes al
substraer los picos adyacentes. (Recuerde que la fosforilacin es un proceso de
modificacin covalente, que ocurre posttraduccionalmente en algunos residuos de
Ser, Thr y Tyr de las protenas)



8





9
Utilizando la siguiente tabla que contiene los valores de masa para los diferentes
residuos de aminocidos


Aminocido Masa Aminocido Masa
Glicina 57 cido Asprtico 115
Alanina 71 Glutamina 128
Serina 87 Lsina 128
Prolina 97 cido Glutmico 129
Valina 99 Metionina 131
Treonina 101 Histidina 137
Cistena 103 Fenilalanina 147
Isoleucina 113 Arginina 156
Leucina 113 Tirosina 163
Asparragina 114 Triptofano 186


Deduzca:
A) La(s) posible(s) secuencia(s) de aminocidos de este pptido.
(4 puntos)









B) Identifique el tipo de residuo que se encuentra fosforilado en la muestra.
(2 puntos)